奇怪的是，到了元代，这个城突然梢失了，这给人们留下一个不解之谜。
黑龙江省考古部门曾组织人力对故城进行了两次发掘，发现蒲峪路城毁于一场激烈的战乱。1975 年，黑龙江省考古队对蒲峪路城南门进行了试掘，发现城门早己坍塌，城门板烧焦，城门洞内无规律散布了许多大大小小的圆石。这些圆石，就是最早的“炮”一一古代攻城用的抛石机所用的“炮弹”。城门内外的堆积中，还出土了大量的铁甲碎片、马镜、箭锨等。正常的城市，这些东西应该得到情理的，这些东西证明，这座城市是在战斗之后马上就被毁掉了。
蒲峪路城的消失，与忽必烈时代的一次重大而不大为人关往的战争有关。
蒙古族政权到了忽必烈，改蒙古国号为元，定都大都（今北京），达到了鼎盛。可就在这时，却发生了一场空前的内战。游牧于嫩江、松花江一带的蒙古贵族乃颜不服天朝管，要和忽必烈争夺皇位。成吉思汗控制嫩江、松花江后，将牧场封给了他的弟弟帖木格与斡赤斤，这个乃颜就是斡赤斤的玄孙子。乃颜，元朝蒙古宗王，铁木哥斡赤斤（成吉思汗幼弟）玄孙，承袭其父阿木鲁为斡赤斤分地，据有哈刺温山（今大兴安岭）东西两侧和辽东大部分地区。至元二十三年（公元1 286 年），谋起兵呼应西北叛王海都、笃哇，对元世祖形成东西夹击之势。元世祖闻讯，在辽阳设立东京等处行中书省，以对其控制。次年四月，乃颜联络诸王势都儿、腾纳哈儿、哈丹秃鲁干等，举兵叛乱。随后，进兵演河（今辽河上游西拉木伦河）流域。1 287 年，乃颜挥师南下，一路直取上都（今内蒙古正蓝旗境内）。兵临大都城下，危在旦夕，忽必烈抱病亲自率军抵抗，结果是乃颜兵败。
可是乃颜余部哈丹秃鲁干，次年又一次起兵反元。至元二十五年（公元1 288 年），乃颜余党哈丹秃鲁干复叛，李庭的元军得胜于挑儿河后，与哈丹秃鲁干在齐齐哈尔一带展开决死战，当时世界上最强大的蒙古铁军自己打了起来，战斗之惨烈可想而知。
＜元史• 列传第六》 ：至元二十五年（公元1 288 年）“乃颜之遗孽哈丹秃鲁干复叛，再命出师，两与之遇，皆
败之，追及两河，其众大画，遂遁。时己盛冬，声言侯春方进，乃倍道兼行过黑龙江… … 哈丹秃鲁干莫知所终”。
嫩江、乌裕尔河流域是哈丹秃鲁干的根据地。哈丹秃鲁干一叛再叛，都是从这一带出发的，战败后也是退守这一带。蒲峪路城是金代留下的城堡，也是当时这一地区最大的城市，哈丹的统抬中心也应该是蒲峪城。元军以“声言侯春方进”为诈，却暗度陈仓“倍道兼行过黑龙江”，深入黑龙江作战略大迁回，从后方攻击哈丹。哈丹败后，元军“捣其巢穴，杀戮殆尽”, “夷其城，抚其民而还”。这里所说的“巢穴”应该就是蒲峪路城，这座城的结局是遭遇“夷其城”。《 元史》 先说“杀戮殆尽”，后说“抚其民而还”，这“抚其民”显然是伪饰的虚词，“杀戮殆尽”才是真的。己经“夷其城”，民无所居，就谈不上“抚”了。
因一次又一次的反叛，元朝伤透了脑筋，就采取了屠城手段，以图斩草除根，永绝后患。蒲峪路城就这样成为
废墟，从此无声无息。
元、明两朝，嫩水一带是纯粹的游枚之所，清初又是封禁之地，等关内汉人来到这里时，看到的是一片荒芜，
就误以为这里从来都是一片荒凉。
直到1 956 年，克东县金城乡古城村社员孙青云，在城内铲地时铲出了一方铸有汉文九叠篆书“蒲峪路印”的铜印。有这方铜印，蒲峪路故城遗址的位置方始确定。
现在，黑龙江流域找不到一座明朝之前的完整古城。假若当年役有蒙古贵族的那场内战，像蒲峪路城一样的辽金城市继续发展下去，黑龙江流域应该是另一个样子。
