粟裕达到目的后令部队隐入农村，因为南浦襄吉的独立十二旅团不仅战斗力强悍，而且装备好，需要时有飞机、大炮、坦克的支援，这些武器在陆战中杀伤力大。所以粟裕不肯和南浦襄吉打阵地战。对南部襄吉而言，粟裕的人如同遁地一样消失无踪了。
南浦襄吉恼羞成怒，于八月中旬集中一万余兵力向苏中地区进行空前的报复性大“扫荡”。
八月十二日，潘家的日寇出动占领三仓河。第二天南浦襄吉率日寇由南通、如皋、海安、东台等据点出发全面扫荡苏中抗日根据地，袭击苏中党政机关，所到之处大肆烧杀淫掠。
粟裕率师部离开新河边，晚上移到芦家河宿营，隔天又移到张家灶。各部则与敌周旋，运用正宗的共产党游击战法还击扫荡的日寇，跟日伪捉迷藏，捕杀那些掉队或脱离大队的日伪官兵。
十六日，粟裕将师直机关分为前后梯队，粟裕和秦叔瑾、周蔚昌、严振衡等人，只带一部电台和一个加强排为前梯队，在敌扫荡区与敌周旋，当夜宿在马家墩子。
每到一个宿营地，粟裕总要亲自过问针对敌情的侦察活动布置和警戒分队的配置情况。他对每一个地点呆的时间长短都有严格规定，要求警戒分队必须完成警戒位置上的战斗设置，以随时应付敌情。粟裕告诫管理部门，机要科的驻地一定要安全、隐蔽，并要警卫连派出卫兵警戒。又亲自叮嘱机要员：“密码一定要保管好，绝对不能丢失。备用的、现用的要分开，随时准备应付紧急情况。”每当天快亮时他还亲自检查对有敌情顾虑方向上流动战斗小组的派遣情况。就这样，在长江下游的平原上，粟裕带着他的人从一个村庄到另一个村庄，在敌人的间隙间穿插过来迂回过去。
十八日到公界庵。二十日到周家仓，半夜里得到情报，说日寇已占李堡，又移到富家套。二十一日粟裕率师部于拂晓前到达周家洋。在周家洋时，干部和战士刚躺下不久，外出买菜的炊事员气喘吁吁地回来报告，说南面一里路赵家墩子发现日寇，还放了信号枪。哨兵也发现情况不妙。粟裕赶紧命令大家起床向北转移。这天作战参谋周蔚昌和侦察参谋严振衡另有任务不在，粟裕要秦叔瑾带电台及一个班到新街等他，粟裕自己则带两个班掩护。因为秦叔瑾一向担任书记和测绘工作，缺乏战斗经验。当天晚上师部住在丁家灶，二十三日晚上到达何家灶。二十四日移张家灶。据悉，敌“扫荡”已快结束，所以在张家灶住了两天。二十八日到芦家河，三十号到兔儿塘与后梯队会合。
此次反“扫荡”中，粟裕所部连续作战四十二昼夜，战斗一百三十多次，毙伤日伪军一千三百多人，活捉日军十四名、伪军八百多名，毁敌汽艇三十多艘。在此期间，粟裕带着师部与秦叔瑾、严振衡等人在左右或前后皆有敌人的情况下活动。因为粟裕的机警，在与敌人紧张的周旋中，敌来我去，敌去我来，往往他们紧紧跟在敌人后面前进，同走一条路，同奔一个方向，甚至敌人在海堤上面走，他们就在海堤下面潜伏着，也没有发生一次意外情况。
到了九月份，在皖南事变中被俘的陈茂辉从上饶集中营跑出来到达苏中地区，粟裕闻讯喜出望外。粟裕的老部队二支队有三团和四团两个团共四个营，在皖南事变中有三团全部和四团一个营共三个营倒在国民党部队的枪口下，逃脱劫难的没几个人，让粟裕痛心不已。陈茂辉作为军部的巡视员和粟裕一起在韦岗伏击过鬼子。粟裕亲自接见陈茂辉，并将他留下来。粟裕正缺少干部，他派陈茂辉去如东警卫团担任副团长。粟裕嘱咐陈茂辉：如东是苏中四分区通往盐阜地区军部的要道，到那以后一定要搞好工作，特别要重视团结孙二虎。
当时三仓地区的形势暗波汹涌，日伪的“扫荡”使局面更加复杂。孙二虎在陶勇的感化下加入新四军行列，由营长升为团长，但此人一时匪性难改，收编不受调。此次日伪军大“扫荡”后，形势骤然紧张，孙二虎手下的吴道生率部分人员背叛海防团，孙二虎只剩余两个连。粟裕说：“孙二虎虽然只有一、二个连，部队没有你们多，但他对当地情况熟悉，有一定影响，你们千万不可瞧不起人家，要同他‘平起平坐’，尊重他，团结他。”
