中山宁人一出庭就拍着胸脯保证：“松井大将并无故意违法之嫌，而且特别注意日军的军容风纪。"中山宁人的谎言立即遭到各方面的讥笑，他却胡说：“关于'南京大屠杀'事件，还有检讨整个内容的必要。"中山宁人摆出权威架势，说日军在南京的暴行可以分为"四大端"；第一是对一般市民的屠杀，他"相信绝对没有"。
第二是对俘虏的屠杀，"可能是对日军歼灭中国军残兵的误传"。第三是对外国权益财产的侵害，"确实有少数侵害外国权益财产的行为，不过，究竟是中国兵还是日本兵并不得而知"。第四是强奸妇女和掠夺财产，"确实有这种暴行，不过都是小规模的"。
中山宁人的话被法庭律师和证人拿事实稍加对照，就发现全是伪证，当即被法庭赶下证人台。
在中国方面和检察官、法官穷追猛打下，松井石根妄图在东京法庭上给南京大屠杀描绘的田园诗般的画面被无情戳穿了，日本辩护团提供的伪证一个个被事实揭露，松井石根和日本律师团狼狈不堪，但决不想拱手投降，决定有组织地实施退却。公诉人诺兰将军却不给战犯以喘息之机，又乘胜追击：“南京暴行持续了多长时间？"松井石根故意所答非所问：“大部分暴行是在我军进入南京后立即发生的。"诺兰进一步指明问题的实质：“有充足的证据说日军暴行从南京陷落持续了６周时间，你知道吗？"松井石根矢口否认：“我在法庭上听到了这些证言，但我不相信这一说法。……"诺兰准将见松井死不认帐；便传冈田启乔出庭做证。
７９岁的冈田启乔曾任内阁海相、陆相和首相，他向来说话半真半假，使人真假难辨，在法庭上也搔着苍白头发谎话连篇，不过今天基于强大压力才好容易讲了几句真话：“１９３７年１２月１８日，我在南京的'京城医院'里同松井大将谈过话，他说，从视察中与难民谈话得知他的军队给南京带来这样大的损失，我深感遗憾。
诺兰将军当即质问松井石根：“你有过那种表示吗？"松井石根倍感沮丧，拍着满头白发说起胡话来了：“是的，如同证人指出的，我没有借助军事行动占领南京的愿望。……我并不想把南京变成血腥的战场，发生这些事，我非常懊悔。”公诉人诺兰又从另一侧面发动攻势：“你在宣誓书面供词中写有当您于１２月１９日视察南京时，曾驱车到过难民区，是吗？"松井石根断然否认说：“没有。"诺兰当即揭穿松井石根的谎言：“这就是说，你没有同证人冈田所说与难民谈话？"松井石根慌然不知所措，迟疑一下才被迫承认：“我没有到过难民区，我到过一座山上的庙堂，具体地点忘记了。在那里，我遇见了几个难民并同他们谈了话。……“诺兰脸显出胜利的微笑，便按照军人的惯例制定巧妙战术发动有计划、有步骤的进攻：“松井将军，你说你对给南京造成的损失很懊悔，你没有想用武力夺占该城，但是，证人中山在这里对我们说过，你曾要求你的参谋长塚田将军向全体参谋人员发出命令指出，因为南京是中国的首都，我军占领该城将成为一个国际事件，应竭尽所能发扬日本武威慑服中国。你下过这道命令没有？"松井石根犹如泄了气的皮球，有期无力地回答：“是的……"公诉人诺兰又从另一个角度攻了上来：“被告人南次郎在法庭上说，世界报界对南京大屠杀都有报道，你读过这些报道吗？“松井石根失去了自我控制能力，懒洋洋地回答：“没有读过。如果那些消息登在报刊上，那就相当迟了，那时我已经从上海回日本了。……"诺兰见松井石根的辩护如此乏力，又紧追不舍：“是谁肯定说发生了暴行？"松井石根黔驴技穷说：“我认为，散布这种流言的是中国人自己，是一些从中国人那里听到了一点什么就散布起这种消息的外国人，很可能是为了开个玩笑。……"松井石根的话引起哄堂大笑，结果把他的厚颜无耻面目赤裸裸地暴露在光天化日之下！
日本辩护团见松井石根等已溃不成军，又要求让他们的"否认事实"专家、内大臣木户幸一出庭作证。
检察长基南深知木户幸一狡猾异常，怕诺兰对付不了，就亲自出马传讯木户幸一。
木户幸一在证人席上吹嘘自己精通英语，热爱英国文学，常读著名原著，常看英美报纸，了解国内外大事，可以回答各种问题。
基南见木户幸一把自己吹得天花乱坠，就单刀直入问道：“您听到过在日本议会或什么别的地方对日军在南京地区行动的讨论吗？"木户幸一拿出他的有力武器：“我不记得了。"基南耐着性子询问道：“我提醒你回忆一下外相广田（被告人之一）当时所作的声明：'鉴于谈判进行得不顺利，决定派出派遣军'。你记得这个吗？你听到广田在议会上作过这样的声明吗？它是不是后来在东京的报纸上刊登过？“木户幸一又用出"绝妙招数"，说既没听到过广田声明，也丝毫不了解什么南京事件。
基南其冲牛斗，但丰富的法庭经验使他机智地若无期事地问道：“你知道南京是中国首都，在一次大的战役中被日军攻占了吗？"木户幸一果然中计：“是的，这个我知道。"基南这才怀着正义感，痛快淋漓驳斥说：“木户先生，日军对千千万万无辜中国人采取野蛮行为，难道不是这样吗？这一事实你当时知道得清清楚楚，但是你和其他人串通好，在这里，在法庭上保持沉默，拒不承认了解日本军队的行动，这是因为日本军队的行动具有犯罪性质。"木户幸一被揭露得慌然不知所措，语无伦次：“不，完全不是这样。那个时候，我不了解这方面的事情。……“检察官和法官见松井石根和日本律师百般巧辩，就传见证人许傅音出庭作证，许傅音义愤填膺揭发说：“当时我是南京红十字会副会长，目睹日军野蛮暴行，日军见人即予枪击。当日军占领南京后第三日，我曾往市内巡视一次，见随处皆有尸体，约计有５００之数。余曾亲见相识之中国人被杀，卧倒于其住屋大门进口，尸体均为一般男女老幼，从未见着军服者。平时余往难民所配给红十字会物品，有日兵前来用绳将难民捆缚，约解去千余人之数，凌晨８时许，在国际委员会及红十字会附近，听到机关枪声音，嗣后调查，知多数中国人已被杀死。余等知此，即前日解去之中国人。其后在任何华人集中场所，日军一来，必有人被拉去杀死。日方谓此即为中国兵，实则被杀害之任何人，均无武器。日军对于妇人行为更坏，为文明国所想像不到者。某次日军开来货车三辆，至华人集中地，将所有妇女尽行载去强奸，余曾将此等暴行，向驻南京的日副领事（现吉田总理之秘书官福田笃泰）陈述，并请发给禁止日军出入收容所布告。
布告张贴后，仍无效。又余素所尊敬之一家族，于乘船渡河中，被日兵２名检查，日兵见其中有青年妇女２人，即在其双亲及丈夫面前实行强奸，将全家人都推入河中溺死。日军占领南京后，中国人被杀死者极多，经红十字会埋葬者为数约４万３千人，此为最低数之估计。死骸多自河中或建筑物中发现，且将手连结集体杀害。日兵遇见爱好之物，即随便携走，并用火将房屋烧毁灭迹，此为常见之事。苏联驻华公使馆亦被火焚。"许傅音的见证控诉引欺人们的强烈愤怒，松井石根的辩护律师伊藤清坐不住了，他见松井石根频频向他投去救命的目光，实在无法可想，就慌忙追问日军在南京的暴行继续了多长时间。
许傅音毫不含糊地回答：“至少三个月，三个月后亦未继绝！"这更使日本战犯和辩护律师处于狼狈境地，伊藤清无理搅三分，硬说中国人的证言不算数，英美人士的话才可信。
审判长韦勃微微一笑说：“那好吧，就请金陵大学医院外科主任、美国教授贝蒂斯出庭做证。"这时，一个高个白发教授走上证人台，以凌人不可侵犯之势揭露日本侵略者罪行说：“我是当时南京国际安全地带委员会之创立委员，此会于１９３７年１１月下旬成立，其主要任务为在南京陷落后救护难民。"中国首席检察官向哲浚的秘书裘绍恒向美籍教授贝斯蒂投去钦佩的目光，他是在向东京法庭申请回南京进行实地调查时，遇到这位老教授的，老人主动到东京法庭制服日本杀人魔鬼，这时以大学教授的善辩才能射出一发发制敌于死命的子弹：“入城日军对人民态度极坏，数周间发生杀人事件９００起，其残虐行为，极为广泛。据金陵大学教授罗伯特·威尔逊调查，有一万二千非战斗员被杀。华军于解除武装后，均被押送到长江畔用机枪扫射，在７２小时内，南京国际安全地带委员会埋葬军民死尸达３万具。此外被杀死者，尚不计其数。妇女亦多被强奸。我所认识的３个妇女曾被带去强奸，其中一人且为大学教授夫人。我曾５次目睹强奸事件。在金陵大学校舍内收容难民３万人，曾发生强奸事件数百次。日军入城后曾连日在城内各街巷及安全地带搜索妇女，其中且有将校参加。南京占领后一月，计有妇女两万人被强奸。日本对市民家具食粮任意刮取，且有军官指挥用卡车装运，即使各国大使馆有价值物品亦难幸免。日军曾任意没收私人财产，限此等财产所有人于１２小时内将房屋让出，市民无地容身，多露宿街头，上述残暴事件，我曾频频向日本驻南京官员报告，当时福田领事等均以畏惧军部，仅向东京报告而已。此种行为，直至占领南京六、七周之久，仍旧继续发生。日军高级军官亦有亲至暴行发生地点参观者。当时驻京日本宪兵仅１７人。"贝斯蒂刚讲完，约翰·梅奇牧师又登上证人台，以国际红十字会南京委员会主席身份控诉说：“日军占领南京后，就有组织地进行屠杀。南京市内到处是中国人的尸体。日本兵把抓到的中国人用机枪、步枪打死，用刺刀刺死。强奸到处都有发生，许多妇女和孩子遭到杀害。
如果妇女拒绝或反抗，就被捅死。我拍了照片和电影，从这些资料上可以看到妇女被砍头或被刺得体无完肤的情形，如果妇女的丈夫想救自己的妻子，他也会被杀死。……"梅奇牧师又滔滔不绝揭露侵华日军１００多件罪行，松井石根向他的本国律师伊藤清求救，伊藤清低头不语；松井又向他的美国律师布鲁克斯求援，布鲁克斯便盛气凌人地质问梅奇牧师：“你看到过强奸的现行犯吗？”“当然看到过。”“那么是几个？”“我看到过一个日军士兵在实际上进行这种行为，还看到过两个日本士兵把一个１５岁的女子按在床上。"布鲁克斯是无耻之徒，故意在不太好说的事情上做文章：“一个是现行犯，另一件未遂，是不是？"椅奇牧师仔细寻找在大庭广众面前能说得出口的话：“我看见他们两人压着１５岁的女子在床上，干。……简直是野兽……"布鲁克斯在铁的事实面前无话可说了，不服气又转换目标问：“你认为强盗或者你本身被强盗抢过的事件经历过几回？”“我见过偷电冰箱的日军士兵。……"，他还有更使日本人丢脸的事，犹豫说还是不说，布鲁克斯以为梅奇牧师没词儿了，就幸灾乐祸地问：“还有吗？"在美国律师布鲁克斯催促下，梅奇牧师只得带着讽刺口吻讲起了令人可笑的故事：“一天夜里，一个日本兵竟三次闯进我的住宅。他的目的是想强奸藏在我家里的一个小女孩儿，当然也顺手偷些东西。
他进来一次，我就大声斥责他一次，但每次他都要偷点东西。
为了满足他的欲望，最后一次，我故意让他在衣服口袋中掏了仅有的６０元纸币。日本兵偷到这点钱，便满足地向我表示感谢，然后一溜烟似的从我后门窜出去了。"东京法庭审判南京大屠杀案期间，法庭气氛极为沉痛庄重，唯有梅奇牧师讲的这个故事引起了人们的哄堂大笑，纷纷耻笑日本侵略者贪得无厌。
这时，被告们也忍俊不住失声笑了起来，松井石根苦笑不得，慌然不知所措，日本人的丑态给人们留下深刻印象。
突然，法庭陷入一漆黑暗之中，一束强烈的光柱投射到审判厅正中悬挂的白色银幕上，美国牧师梅奇拍摄的南京大屠杀电影开始放映：只见枪声四起，刀光闪闪，到处是滚落的人头，到处是被刺刀捅死的婴儿，到处是被强奸后杀死的中国妇女。……松井石根不服输，写了《对检察官季南之意见书》，想从根本推翻“侵略"这个罪名，强词夺理说：“西方帝国主义侵略东亚的战争同我日本进行的日清、日俄战争是本质上完全不同的两种战争。……东洋日本与中国之抗争，一方面应视为两国人民自然发展之冲突，同时亦可视两国国民思想之角逐。盖中国国民之思想，最近半世纪间明显受欧美民主思想与苏联共产思想之感化，致东洋固有思想（儒教、佛教）发生显著变化，中国国内亦招致各种思想之混乱与纷争，乃至形成同日本民族纷争之原因。"松井石根还借早期与孙中山的交往造谣撞骗，朗诵他做的汉诗搅乱法庭：迟暮昏昏，鬼影憧憧。
故友亡魂飞何处，
可在紫金陵寝中？
中山门下，
低首策马。
两军交战事堪悲心伤欲碎难回首。
松井石根胡诌完谁也听不明白的"汉诗"，又恶狠狠一口否定检察长季南的控诉：“季南检察官所云对俘虏、一般人、妇女施以有组织且残忍之屠杀奸淫等，则纯系诬蔑，而超过军事上的需要破坏房屋财产等指责亦全为谎言。"松井石根意犹未尽，又到处张扬他攻占南京后的一首七绝：悬军奉节半星霜，圣业未成战血腥，何乳生还老瘦骨，残骸誓欲报英灵。
松井石根的嚣张气焰使南京大屠杀的幸存者伍长德怒火满腔，他当时听到枪声先倒下一秒钟，被大平尸首压住才得以幸存，此时以亲身经历揭露松井石根指挥下的日军，在南京汉中门外屠杀中国军民２０００余人的血腥罪行：民国２６年１２月１５日，中岛部队在南京难民区司法院无故查出军警百姓２０００余名，用机枪１２架将我等押送汉中门里，每一行列用绳捆绕圈住，赶至城外用机枪扫射，已射死才及未死者被日军用木柴、汽油焚烧之，同时本人业已带伤脱逃。
接着，亲自到南京等地实地调查的美军上校托马斯·Ｈ·莫罗向法庭提供了８件证据确凿的宣誓证词，英国证人皮特·罗伦斯和中国人许傅音、尚德义、梁廷芳等走上证人台，宣誓揭露日军在南京的暴行。中国检察官向哲浚又向东京法庭提供了美国的费吴生、史密斯和中国的鲁苏、陈瑞芳、孙永成、吴经才等１３人的宣誓证词。
检察长基南望一眼懊丧颓唐的松井石根，又拿出侵华日军士兵外贺关次的日记当庭朗读，揭露日本侵略者屠杀中国军民的暴行：１９３７年１２月１３日，３３联队一个大队转入攻击。一面接近举着白皮的敌军，一面继续射击。……途中遇到二、三十名中国士兵，都枪杀或刺死了……。……南京南门车站，日本工兵队的小伙子们刺死了７０多个中国士兵。城外敌人尸体很多，其中还有痛苦呻吟的，他们就给他补上一刺刀，送他上西天。
１９３７年１２月１５日，太平门城门口堆着５００多具中国士兵的尸体，全部是被杀死的。
１９３７年１２月１７日，有中国人从距离日军宿营地５００米的房子走出，我们开枪把他们打死了。也许是良民，但在目前情况下，是不能让他们跑了的。
１９３８年１月２４日，下关是个美丽的港口，从南京城里出来不远，马路两侧有数千名中国人死在那里。每当有风吹来，尸臭太平门鼻，连行军都很困难。
检察长基南又拿出英国《曼彻斯特卫报》记者田伯列１９３８年３月根据从各方面搜集和实地观察的确凿证据编写的《外人目睹之日军暴行》一书，无情揭露说：英国记者田伯烈怀着新闻记者的正义感，认为日军在南京的暴行是现代史上破天荒的残暴记录，堪称现代文明史上最黑暗的一页！
检察长基南晃动魁梧身躯，怀着一个检察官的凌然正气将日寇暴行示众如下：日军进城后的两天之内，连续不断地屠杀，经常大规模地劫掠，侵扰私宅，侮辱妇女，一切都失去了控制。外侨目睹街道上堆满了太平门民的尸体。……未及退出的中国士兵，都已抛弃了枪械，有的则已脱去了军服，但日军大肆搜捕，捆绑在一起而加以枪杀。
１２月１７日，星期五，劫掠、屠杀和奸淫的事情有增无减。昨天白日和夜间被强奸的妇女至少有１０００人。一个兽兵在强奸时，因为５个月的婴孩哭声不断，便把她活活闷死，对反抗的就是刺刀惩罚。
１２月２０日，星期一，暴行继续不已，全城大火蔓延。午后５时，我偕史密斯君乘车外出，城内最重要的商业区太平路一带，烈焰冲天，向南行，我们看见日本兵在店铺内放火；更向南行，我们看见日本兵忙着把东西装入军用卡车。
血腥的事实，铁一般的证据，迫使松井石根低下了头，审判长韦勃威严地宣读题为"攻击南京"和"南京大屠杀"的宣判词，郑重宣布：１９３７年１１月下旬，日军占领上海约一个月以后，到达了南京郊外。当日军兵临南京城下的时候，对中国军队进行诱降。中国方面对于日本的招降置之不理，于是疯狂的日军对南京进行了轰击。１９３７年１２月１３日南京终于失陷了，自１９３７年１２月１３日启发生了人所共知的南京大屠杀事件。
远东国际军事法庭以无可辩驳的事实宣告：１９３７年１２月１３日早晨，当日军进入南京市内时，完全没有遭遇抵抗。日本兵云集市内并且犯下了种种暴行。据目睹者们说，日本兵完全像一群被放纵的野蛮人似地来污辱这个城市。目睹者们又说，南京市像被捕获的饵食似地落到了日本人的手中。
该市不像只是由有组织的战斗者所占领的。战胜的日军捕捉他的饵食犯下了无数的暴行。日军单独的或者以二三人为一个小集团在全市游荡，实行杀人、强奸、抢劫、放火。
……中国人像兔子似的被猎取着，松井率领日本军队，１９３７年１２月１３日占领了南京市。
中国军队在南京陷落前就撤退了，因此所占领的是无抵抗的都市。接着发生的是日本陆军对无力的市民施行了长期持续的最恐怖的暴行。日本军人进行了大批屠杀，杀害个人、强奸、抢劫及放火。尽管日本籍的证人否认曹大规模进行残虐行为；但是各种国籍的、无可置疑的、可以凭信的中立证人的相反证言是绝对有力的。
这种暗无天日的犯罪是从１９３７年１２月１３日占领南京市开始的，至１９３８年２月初还没有停止。在这六、七个星其中，数以千计的妇女被强奸，１０万以上的人被屠杀，无数的财产被抢劫与焚毁。
当这些恐怖的突发事件达到最高潮时，即１２月１７日，松井进南京城并曾停留了５至７天左右。
根据他本身的观察和考证的报告，他只要看见哪个人一动就开枪射击。由于这种不分青红皂白的屠杀，在日方占领南京市的最初两三天期间，至少有一万两千名非战斗的中国男女和儿童被杀害掉了。
……日本陆军的野蛮行为是无可原宥的，这并不是最后攻入了一个顽强坚守的阵地因一时照顾不及的军队所为。强奸、放火及杀人，在占领南京后至少有６个礼拜中，一直不断地在大规模地进行着。
经过两年半正义与邪恶的大搏斗，终究邪不压正，１９４８年１２月１２日下午，松井石根光着头，摘掉眼镜，在左右两名戴着"ＭＰ"臂章的宪兵监押下，站在受审席上，倾听东京国际法庭的判决：……松井是日本陆军的高级军官，１９３３年晋级为大将，他在陆军中具有丰富的经验。……理应知道发生了什么事情。他自己承认曾从宪兵队和使领馆人员处听说过他的军队有某种程度的非法行为。在南京的日本外交代表曾每天收到关于此类暴行的报告，他们并将这些事报告给东京。
本法庭认为、有充分证据证明松井知道发生了什么样的事情。对于这些恐怖行为，他置若罔闻，或没有采取任何有效办法来缓和它。在占领南京市以前，他确曾对他的军队下令要他们严肃行动，后来又曾发出同样的命令。正像现在所知道的，这些命令并未生效，并且这在他也是理所应知的。他为他的行动辩护时说，这是由于他生病的缘故。他的疾病并没有阻碍他指挥在其指挥下的作战行动，而对于这类暴行具有责任的军队又是属他指挥的。他是知道这类暴行的。他既有义务也有权力统制自己的军队和保护南京的不幸市民。由于他怠忽这些义务的履行，不能不认为他负有犯罪责任。……松井石根听到这里如雷轰顶，暗想大事不好，只听韦勃庭长威严地宣判道：本法庭根据法庭宪章第１５条第４款宣判如下：被告松井石根根据起诉书中判决为有罪的罪状，远东国际军事法庭处你以绞刑。……松井石根听到宣判他"绞刑"，顿时失去当年骑着大白马举行南京入城式时的洋洋得意神态，脸色苍白，如丧考妣，两腿瘫软，眼冒金星。韦勃庭长鄙弃地冷笑一声，命令身强力壮的国际宪兵，像挟小鸡一般，将松井石根拖出法庭，打入巢鸭监狱，严加看管，等候明正典刑！
