噶尔丹实力严重受损，策妄阿拉布坦又切断了南疆与他的联系，经济支柱断了，大本营科布多的财政问题日益严峻起来。为改善经济危机，康熙二十八年（1689）八月末，噶尔丹亲领大军16000余人，兵分两路，长驱直入喀尔喀，发动了第二次东征。他收取了色楞格河右岸臣服于沙俄的喀尔喀部众，并向俄方做了严正声明，后因策妄阿拉布坦乘虚攻掠科布多，不得不于十月返回大本营。
同年十二月初，噶尔丹又率2万铁骑第三次东征喀尔喀，纵横驰骋，如入无人之境，但是强大的对手就要现身了，失败就要向他招手了。
起初，康熙是想和平解决准噶尔与喀尔喀争端的，注意不是大清与准噶尔的争端，因为噶尔丹之前根本就没有侵犯过大清的疆域，这也可间接证明尼布楚割让土地的真相了，康大帝再有和平友爱精神，也不会为了化人家的干戈为玉帛，而把自家最宝贵的财富土地送给别人吧。
噶尔丹雄心是想征服喀尔喀，自然不会答应，最后康熙决定动用武力，胜败未打已定也。准噶尔与大清本就不在一个层次上，综合实力相差巨大。策妄阿拉布坦的叛离又消弱了噶尔丹力量，这一次只有2万人马出征足见一二。道义上他也有点讲不过去，与第一次不同，现在大部分喀尔喀部众已归顺大清，你噶尔丹打它，就等于犯大清呀。还有康熙一直担心的沙俄可能援助噶尔丹的问题，通过尼布楚条约的签订，也解决了吗。
其实康大帝的提心很有点可笑，且不说俄国人是否会援助，就是援了又怎么样？自己的人马被清军围困在雅克萨五个月，不通过与清廷和谈都解不了围，他拿什么来给予噶尔丹坚强的援、有力的助呢？况一纸和约能束缚谁？沙俄这样侵略成性的家伙，除非能力不够、条件不足，谁能阻挡他征服的步伐？其最终没有推波助澜，不是和约，不是康熙的义正词严，而是在东亚他还不具备与大清抗衡的实力，得罪了反而更吃亏，干吗做这蠢事呢？尼布楚条约只会束缚大清，不会制约俄罗斯的，25万平方公里疆土可惜了。
康熙二十九年（1690）三月，清军先头部队两路齐发，挺进土拉河、克鲁伦河，欲左右夹击噶尔丹。六月二十一日，理藩院尚书阿喇尼，率左路2万人马与噶尔丹战于乌儿会河边，惨败而归，清军初战失利，是为乌儿会之战。当然喽，这绝不是康大帝的错，是阿喇尼违令轻战造成的，如按大帝的指示办哪会发生这样的事？阿喇尼，你也太不象话了，革原职降四级调用！
七月，康熙征调十几万大军兵分两路出塞，和硕裕亲王福全为抚远大将军，出古北口；和硕恭亲王常宁为安北大将军，出喜峰口。他自己也决定亲自出征，后因病停驻于博洛河屯（今河北承德隆化县），节制诸军。后四字很重要，往后的胜利便都是在他的英明领导之下了，遥控指挥吗。
八月一日，福全率大军与噶尔丹2万卫拉特军会战于离京城七百里的乌兰布通（今内蒙古克什克腾旗境内）。噶尔丹据山林，隔河以“驼城”为障迎战，即用万峰骆驼布置一个环形营阵，士兵躲于驼峰后射击。清军隔河为阵，凭借火器优势，发动猛攻，击溃驼城，但卫拉特军兵少却勇，顽强抵抗，双方激战两日，清军也未能取胜，战事一时间处于胶着状态。
噶尔丹与随军达赖喇嘛使者济隆考虑长期被围，兵马粮草不济，不战自败也。遂由济隆携弟子70余人，八月四日下山，会见福全，为噶尔丹说项求和，一席话很动听，福全被打动，答应放行。当天晚上，噶尔丹带着剩余人马全身而退，此战是为乌兰布通之战。
噶尔丹在力量极为悬殊的情况下，最后能安然退出，也算不胜中的胜利吧，而清军却错失全歼敌军的好机会，等到福全醒悟过来，悔之晚矣。至于损失，双方都很惨重，康熙舅舅佟国纲也战死于疆场。真是很奇怪，清军并未胜呀，为何大多记载中都删繁就简，搞成噶尔丹大败溃逃了呢？
此战，康熙是花了心思的，组织了一个这么大的部队，却是这样一个结局，焉能不怒？福全、常宁因此被罢去议政并罚俸一年，福全还被撤去三佐领。但是噶尔丹北撤途中，军士穷困疲弊而亡者甚重，牲畜等尽失，加之战斗伤亡，以后回到科布多时只有几千人马了。回来之前，大本营又被侄子策妄阿拉布坦袭击过一次，噶尔丹真是雪上加霜，但他的血性没有丧失，拒不接受清廷的招降，实有英雄本色也。
纵观康熙一生的对手，吴三桂毫无疑问最为强劲，郑经可以说最难对付，而噶尔丹却最具英雄气质也最有点不自量力，明知山有虎偏向虎山行，精神可嘉，孰不知一般的概率都是被虎吃掉。
最后战败昭莫多
噶尔丹遇到了他发迹以来最艰难的时期，幸好西藏权臣第巴桑结嘉措，以达赖喇嘛（已经圆寂）的名义，多方给予支持。调解缓和其与策妄阿拉布坦的关系，这一点很重要，后者一直是康熙积极拉拢与噶尔丹作对的。又让青海和硕特部帮助噶尔丹，并拦杀清廷派往策妄阿拉布坦方面搞分化的使者。噶尔丹也积极发展农牧业生产，内外一结合，几年下来，他的大本营科布多又趋繁荣，恢复到乌兰布通战役前的水平，而他的雄心再次万丈了。
很奇怪，为何噶尔丹不先想办法搞定策妄阿拉布坦，再与清廷较量呢？这样有一个稳固的大后方，进可攻，退可守呀，以康熙的个性，是不会出师西域的，就是策妄阿拉布坦后来也跟他对着干，他也从没有这个打算吗。据此看来，只要后方稳定了，其实噶尔丹再怎么打，都不会败得倾家荡产，按游牧民族的特性，很快又能卷土重来，就像明前期的蒙古各部。永乐大帝就被此困扰，一心想灭掉蒙古而不可得，康熙雄心不大，机会却很好，遇到一个没有稳定后方的侵扰者，结果在被打击后，走投无路而亡，当然这都是后话了。
康熙三十四年（1695），噶尔丹亲率2万多卫拉特骑兵，第四次踏上东征喀尔喀的征程。这一次他吸取了乌兰布通战役的教训，采取与清持久作战的方针，也就是游击战与民心战相结合。敌少我战，敌众我退，敌退我袭；同时，切实做好群众工作，争取喀尔喀民心。
不过他忘了一点，再好的方针策略，归根结底还要以实力为后盾，你和人家差距这么大，又没有一个安稳的窝，搞什么都是白搭，运气好坚持长一点，反之，一战而亡，道理就这么简单。
康熙得知噶尔丹又卷土重来，决定御驾亲征，必其功于一役，彻底歼灭之，绝不再犯乌兰布通的错误了。三十五年（1696）二月，十几万清军三路并进，欲将噶尔丹夹击于土拉河一带。
西路军由抚远大将军费扬古率领出呼和浩特等地，直奔土拉（今蒙古乌兰巴托西南）；中路军由康熙亲统，出独石口北时，与费扬古约师于土拉；东路军则由黑龙江将军萨布素亲领开往克鲁伦河下游，严防卫拉特军东进。
据记载，行军途中，康熙事无巨细全部过问并指示到位，就像平三藩、收台湾、战雅克萨一样，大事小事，没有一件不是在他的英明领导下完成的，如果非要寻一点特殊，恐怕施琅平台海上打仗时，那时也没无线电通讯工具，派人坐船带大帝指示又不方便，可能具体战斗怎么打，细节方面是施琅自己做的主，其他大方面应该也是领受机宜的吧。反正不管怎么讲，史上再也没有一个军事统帅，能比咱康大帝厉害了。
这次清准10：1的大决战，更是康熙第一次真正亲征，自然伟大之处体现得更明显了，噶尔丹的所思所想所为，哪怕他的每一步行动，尽在康大帝的意料之中。噶尔丹？一个行劫小寇，有啥子远识吗？以为俺天兵不能即至，才敢窜犯，如知天兵已到，尤其知道俺来了，他还不立马远逃？我军即行追杀就行了，如他向土拉退去，费扬古又在那等着呢，必死无疑呀。
颇吃惊，这是经清官方过滤后的康大帝对大臣们讲的话，噶尔丹一代雄主竟被他说成一个打家劫舍没出息的小贼了。这么说吧，除了他拥有的帝国更强大，让他有底气看轻并十拿九稳打败别人外，有哪一样说对了？
具看噶尔丹是怎么面对清军进击的。一开始制订的战略方针就已说明他不是一个小寇了，接下来一一粉碎康熙自以为是的高招，只是实力差距太大了，到头来还是输。
清军三路出发前，康熙先后派多人到噶尔丹处，为的是羁縻一下，防其远逃，顺带侦察敌情，都被噶尔丹一一看穿。其中搞笑的是，一个被派去假投降的，没摸到真情报，反把噶尔丹放的烟雾弹给带了回去，敌“有兵二万，又借俄罗斯火器兵六万”（《平定朔漠方略》卷22），弄得康熙手下大臣们惊恐万分，当然康熙肯定泰然自若了。更搞笑的是，这句话日后竟被无数人拿来，作为噶尔丹就是卖国贼的一个有力证据。
其实噶尔丹早料到清军三路而来，就是想在土拉河一带夹击围歼他，于是决定撤离土拉河，沿克鲁伦河至达尔罕敖拉一带驻扎，走前一把火烧掉土拉河布尔察克以南10余站内的草原，以绝西路军，康熙料事没如神呀。
康熙亲率中路军紧跟，为在西路军到来前稳住噶尔丹，以便中西两路夹击，又施了一个“美人计”，把从京城专门带来的长史多禅公主（与电视剧讲得完全不同吧），连同精美礼品一块送给他。
噶尔丹岂会中计，美人是收了，人也照走了，往哪去呢？又返回土拉河，准备与费扬古所率西陆军决战。五月十三日，两军会战于昭莫多（今蒙古乌兰巴托南宗英德），当年永乐大帝破阿鲁台的旧战场，清军人多，火器更优，东亚最先进大炮威力无穷，结局已然注定。一番激烈搏杀后，卫位特军大溃，死伤2000余人，噶尔丹的妻子阿努也中炮身亡，另有包括妇女等3000余人被俘。
昭莫多之战，大清平定噶尔丹最著名也是最后一次决战，但是战果及作用被严重夸大了，看看上面的数字，主力何曾尽失？历史记载有时过于简略，前说噶尔丹2万多人东征，也没打什么仗，与费扬古决战时只有万把人了，其他人到哪里去了？分兵把守他处了？途中伤病散失了？未知数！其实这场大战的规模远不能与乌兰布通之战相比，噶尔丹投入的兵力薄弱了，与清军悬殊也太大啦，这场仗不该打。
游牧失败是必然
且说噶尔丹，在50余骑拼死护卫下逃离战场后，沿途收扰失散部众，又达5000余人，并不比乌兰布通战后回到大后方的力量小，上次几年后便东山再起，这次为何不可以呢？但现实是残酷的，他不仅未能再起，还一蹶不振，穷途末路了。昭莫多影响还是很大的，军队伤亡不讲，败后部众的离心也随之产生，周边大环境肯定也更不利于失败者，不过最后败亡的根子倒并不在此。
自从策妄阿拉布坦叛离后，噶尔丹早已不是全准噶尔的大汗，甚至连战前的半个也算不上了。策妄阿拉布坦实际控制了准噶尔，前虽稍有缓和，毕竟还是对手，能不乘火打劫已算不错，他逃出了战场，却无大后方可回，这才是最根本的败亡因素啊。项羽无颜回江东，噶尔丹是想回却不敢回，生怕被侄子吞了去。他处呢？关系亲密的西藏路途太远不切实际，原臣属的哈密如今投靠了大清，与俄罗斯盟邦关系也只是传言胡扯型的，喝尔丹从未想过投靠。
因为讨论去处，大家意见不和，发生分歧，又有一帮人离去了，包任他的岳父察珲台吉和爱将丹津鄂木布（策妄阿拉布坦的弟弟，过去却站在叔叔一边）等，大败之后的众叛亲离，往往孪生兄弟也。噶尔丹带着剩下的3000人马继续着艰难困苦之行，部众不断丧失，前方一时半会也难见光亮，就在这种情况下，他仍坚拒康熙的招降，斗争到底，真乃难得之英雄好汉也。不过能屈能伸方为雄也，暂时低头，卧薪尝胆又有何不可？噶尔丹太过刚硬了，当然这个刚硬相比于软骨头,更应该受到称赞与歌颂，而不是贬低，甚至诬蔑。
为了铲除顽抗到底的噶尔丹,康熙决定发动第三次征讨。三十六年(1697)初，他亲赴宁夏指令费扬古、马思哈两路进兵，扼住噶尔丹可能逃亡青藏必经要道。三月，积劳成疾的噶尔丹最后跋涉迁居于阿察阿穆塔台，病情日益恶化，终于十三日病逝，享年53岁（1644～1697）。
康熙又一次战胜了对手，而且胜的是历代中原王朝都要面对的苦手～游牧铁骑，这为他的武功加分更多，秦皇汉武不过如此吗，实则大不一样也。前已多次论述，不再详叙，简单说一下康熙击败噶尔丹的主要因素。新时代新形势下，中原王朝对游牧民族的优势越发明显，包括军事上的。蒙古民族的分裂与衰落，只剩下窝里斗和东蒙古人血性的丧失了。历来中原王朝的前期，除北宋都能打败游牧民族的，大清也不例外。相比之下，噶尔丹实力较弱，最多也就二、三万人，参加昭莫多大战时仅万把人，堪称历代最不济的游牧对手，汉唐宋明谁不面对十万之众甚至更多呢？
还有极其关键的一点，清军拥有更为先进的火器，特别是大炮威力，对手远难相比。无论是乌兰布通还是昭莫多，都未出现大规模的骑兵冲杀，相反两军对垒打前阵的都是火器，战争方式已悄然改变也。游牧铁骑威力仍在，但早已不是明代以前那种叱咤光景了。
当然打了胜仗，作为大清无可争议的最高领袖，康熙有功劳呀，只是过于拔高就讨人厌了。其实任何一个正正常常的人，处在他那个位置上，都能带领东亚超级帝国去赢得这场战争胜利的。他的三次亲征，比起许多只愿待在京城里安享太平的帝王，确实要更令人倾佩，仅此而已。亲征并不能与杰出划等号，明武宗干过，打得也不错，没人赞扬过；明英宗也干过，土木堡之变，带来的却是耻辱；秦皇汉武从没干过，不失为一代伟大征服者。领袖就是领袖，看的不是细节，而是整体与结果，这才更能代表你的水平与成就。
至于康熙亲征的表现，只能说没有出彩的地方，很是一般般，说是三次，实则带兵上前线的只有一次，清军二征噶尔丹时。他亲领的中路军并没参加什么战斗，打垮噶尔丹的昭莫多之战也与他无关，那是人家费扬古带着西路军打赢的。当然圣祖实录之类说成靠着康大帝事先安排部署才打赢的，就无话可说，只好谁它去了。
倒是有一件事，可以怎么歌颂康大帝都不为过的，那就是漠北喀尔喀蒙古归属大清，一件大功业，真正的大功业。康熙不是一个有雄心壮志的帝王，从没想过要开疆拓土，问题是命运却总是给他这样的机会，你说幸也不幸？没有三藩之乱，会拿下台湾吗？噶尔丹不“闹事”，喀尔喀能归并吗？还有对西藏统治的巩固与加强，也有策妄阿拉布坦的“推动”呢，这以后会细讲。相比之，一代游牧枭雄噶尔丹只能仰天长叹，命运为何如此不公了。不过，结果才是最重要的，这功业被康熙实实在在拿了，他就是功臣，大大的功臣。
康熙二十七年（1688）秋，被噶尔丹击败的喀尔喀归附大清，乌兰布通大战后，清廷于三十年（1691）夏，集合内外蒙诸部在多伦诺尔（今内蒙多伦）会盟，康熙亲临主持，规模宏大，盛况空前，这就是历史上著名的多伦会盟。主要内容：喀尔喀诸部行政体制依内蒙49旗例，实行札萨克（旗）制，并分左中右三路；保留诸部首领汗号，汗王以下赐以满洲贵族封号；并令土谢图汗察珲多尔济等具疏请罪，以结束喀尔喀内部纷争；鉴于西藏方面一直暗中支持噶尔丹，遂打破黄教唯一中心在拉萨的局面，特封哲布尊丹巴为大喇嘛，掌管漠北黄教事务。
宗教乃是清廷于联姻外，对内外蒙古进行统治的另一有效举措。噶尔丹败亡后，喀尔喀返回漠北，康熙又拨银十万两兴建库伦庆宁寺，成为漠北宗教中心，后又捧起章嘉胡土克图掌管漠南教务，于是前藏、后藏、漠北和漠南教务，遂由达赖、班禅、哲布尊丹巴和章嘉分掌，消弱了达赖喇嘛对内外蒙古的影响，收到分而治之的效果。
漠北动荡之局终于结束，稳定之势却未持续多久，三十多年后，策妄阿拉布坦的儿子噶尔丹策零，又两次东征喀尔喀，没成想还未享受到噶尔丹的待遇，与清军交个手打个仗呢，就出人意料地被喀尔喀三音诺颜汗策凌打败了。顺便交待一下，平定噶尔丹后，康熙在土谢图与札萨克图两部中，增设了三音诺颜部，喀尔喀也由三部增为四部。
困扰中原数千年的游牧问题，并未因康熙击败噶尔丹而终解，只要准噶尔还在，就会依然持续下去，只不过斗争的方向改变了，漠北渐渐退出第一线，大西北与青藏高原变成了再次PK的主战场。
元后西藏小小史
噶尔丹逝后，策妄阿拉布坦正式成为准噶尔的领袖，他同样是一位勇健之主。在西藏权臣第桑巴结嘉措以“达赖喇嘛”名义的暗助下，一心要建立包括天山南北、青海、西藏、哈萨克、布鲁特及西迁土尔扈特等在内的雄伟大汗国。
起初，策妄阿拉布坦刚脱离噶尔丹时，合纵连横的需要，与清廷处得还不错，后来逐渐转淡，最终的理想追求不同吗。康熙曾希望他攻打噶尔丹，遭拒绝，平定噶尔丹后，也规劝他降顺大清，得到的结果又是“不”。为达此目的，康熙还曾设法挑拨土尔扈特阿玉奇汗与策妄阿拉布坦的关系，通过彼此争斗，削弱后者的力量，但没能得逞。大帝还派人去打探哈萨克与准噶尔相争的原因，希望什么不必多说了吧。可以说，策妄阿拉布坦逐渐成为康熙下一个对手，个人单挑有望胜，却和噶尔丹一样，起点较低，平台不足，注定了不会是胜者。
策妄阿拉布坦的大汗国自然要一步步来了，他先南征回疆，重并其于准噶尔，再两次出兵哈萨克，夺取了额尔齐斯河西岸及哈萨克草原的大片领土，势力扩张至锡尔河下游，同时积力寻求与土尔扈特的合并，准噶尔从此步入全盛时代。下一步，他的目光便投向了西藏与青海。看来与叔叔一样，终标目标还在东方，只是小方向上略有不同，也难怪，蒙古人吗，东方大中华的系统怎会脱离？
说到西藏与青海，噶尔丹时简略提及过，这次要略加详细的介绍一下了，因为它们将会是清廷与准噶尔争斗的主战场。
西藏从元朝开始正式纳入中国版图，当时教派宁立，势力最大者萨迦派（花教），噶举派（白教）几与之相当，另有宁玛（红教）、本布（黑教）等派。萨迦派被忽必烈封为“大宝法”的八思巴，创建了西藏第一个政教合一的萨迦地方政权，后噶举派推翻之，建立第司政权，也称帕竹政权。这时已到元末明初，第司政权从第二代法王开始，被明廷封为“灌顶国师”，当然其他教派凡赴京朝贡者也都授予相应法号。
明初，宗喀巴新创格鲁派（黄教），弟子克主节即第一世班禅，根敦珠巴即第一世达赖。根敦珠巴逝后，黄教学习噶举派“转世”相承制度，认定根敦嘉措（二世达赖）为其转世“灵童”，此为黄教第一个大活佛转世系统。
嘉靖年间，蒙古右翼土默特部首领著名的俺答汗，邀请索南嘉措（三世达赖）青海，赠其“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”尊号，“圣识一切”意“遍知一切”，“瓦齐尔达喇”梵文意“金刚持”，“达赖”蒙古语大海。“喇嘛”藏语上师。从此，便有了达赖喇嘛的称号，索南嘉措为三世达赖喇嘛，前两世为追认。万历十六年（1588），索南嘉措应邀赴京，不幸死于途中。
崇祯十年（1637）正月，卫拉特和硕特部顾实汗（固始汗）从新疆率部往占青海，后又攻占西康大部地区，十四年（1641），受五世达赖和四世班禅密诏，再入西藏，明年，推翻噶玛政权，支持五世达赖罗桑嘉措建立噶丹颇章政权。达赖自任法王，集西藏政教大权于一身，下设第巴一人，总理政事，首府拉萨，不过实际控制政务的还是顾实汗。
西藏与大清最早联系是在皇太极时期，顺治九年（1652）十二月，达赖亲率班禅等至京谒见顺治帝。清廷对这位藏蒙普遍信奉的黄教最高领袖，自然高度重视，予以隆重接待，并册封其为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，开启达赖喇嘛由中央政府册封之制。康熙时自然也不例外，对达赖等重视有加也。
错综复杂青藏局
康熙二十一年（1682），五世达赖罗桑嘉措去世，第巴桑结嘉措秘不发丧，选择一相貌酷似者假扮之，企图借机掌控西藏统治大权，抵制顾实汗之孙达赖汗的控制。
原来顾实汗生前将青藏和硕特部分为左右两翼，封给他的十个儿子。其中长子达延长居藏地，协助顾实汗管理西藏事务，汗位也由他继承；其余诸子皆在青海，因九子无嗣，一般合称为和硕特八台吉。
时间一长，这青藏之域便俨然有三大矛盾也。以桑结为代表的西藏地方势力与和硕特汗王之间矛盾最突出，住藏和硕特汗与青海八台吉们在顾实汗逝后的矛盾也不小，另外青海诸台吉们也时有磨擦。
这些矛盾都影响了青藏政局，特别是首当其冲的那一个。到桑结嘉措欲掌权时，顾实汗与子达延汗都已先后逝去，孙子达赖汗即位了。
桑结嘉措以达赖名义行事，外联噶尔丹，制衡达赖汗，并一再唆使前者与清廷对抗。康熙长时间也蒙在鼓里，不知真相，为了安抚西藏，还曾封他为土伯特王，与达赖分为政教领袖。
噶尔丹败亡后，桑结嘉措失去援手，声威大减。他暗助噶尔丹抗清和隐满达赖去世之举也真相大白，受到康熙责难，因表现得恭顺有加，康大帝又龙心大悦，对其宽大为怀了。
桑结嘉措在康熙三十六年（1697）终于公布了五世达赖死讯，并扶立年已十六岁的仓央嘉措为六世达赖，康熙予以承认，然其政敌不干了。和硕特部达赖汗子拉藏汗在位时，与桑结嘉措关系日益恶化，权争甚烈，终兵戎相见。康熙四十四年（1705），桑结嘉措兵败被杀，西藏一代权臣就这样告别了历史舞台。
拉藏汗获胜后，占据拉萨，废掉了仓央嘉措，另立自己的一个私生子益西嘉措为六世达赖，结果成为引发日后青藏局势大乱的导火索。康熙对这一事件没做过多考虑，像上次一样也予以承认，但西藏的贵族、喇嘛与民众却不承认，视之为假达赖。青海诸台吉也不相信，另奉噶桑嘉措为六世达赖。
这些青海台吉们当初与桑结嘉措的关系，就比与同血脉的和硕特汗好。噶尔丹与清廷相斗时，他们还曾按桑结嘉措以达赖名义的要求，暗中相助过呢。清廷获胜后，台吉们也有接受册封的，大体上与中央还是保持一致的，如今却因真假达赖问题（实为权力分争），与和硕特汗（现为拉藏汗）的矛盾大爆发了。
康熙咋做的呢？出面调解，坚决支持拉藏汗，封益西嘉措为达赖喇嘛，并遣侍郎赫寿前往西藏，协助拉藏汗办理事务，五十二年（1713）正月，又封五世班禅罗桑益喜为“班禅额尔德尼”，提升班禅与达赖同等地位，共助拉藏汗，稳定西藏大局。班禅是梵文“班智达”（学者）和藏文“禅保”（大）的简称，意为大学者；“额尔德尼”是满语“珍宝”的意思。
遗憾的是，局势的发展并未遂康熙的心愿，真假达赖之争越演越烈。康熙举措也有点失当，心向拉藏汗，一味压制反对势力，未取得效果，反而激化了矛盾，因为站在拉藏汗对立面的甚至包括了青藏各个阶层，上至贵族、高层喇嘛，下至一般喇嘛与民众，联盟至为广泛，事态的发展也就可想而知了。
在拉萨三大寺上层喇嘛暗中鼓动下，以察汗丹津、罗卜藏丹津为首的台吉们也磨刀霍霍，准备武力护送噶桑嘉措，前往拉萨坐床（并不是反清）。康熙得知后，赶紧增兵西宁，严令西宁护军统领晏布、四川提督康泰、松潘总兵程正李等做好征讨准备，暂时武力威摄住了待发之青藏内战。继而又对青海左右翼首领进行了重新调整，每翼都增设了几个部长，互不统属，以达到彼此牵制的目的。这一招有利有弊，确实进一步分化了青海诸台吉，但他们的矛盾也因此更加激化，日后雍正朝罗卜藏丹津（顾实汗之孙）的叛乱与此也有很大关系。
其实，真假达赖之争，更多是一场牵涉到宗教的各方权力纷争，而且主要矛盾还在顾实汗的子孙们中间，绝不是一场脱离清廷的叛乱。康熙完全不必强硬到底，坚决支持寡助的一方，什么结果？人心会失呀！暂时也许能起到作用，但解决不了根本问题。结果呢？由此引发的青藏大动荡，直到雍正年间才得到根治，康大帝给儿子丢了一个不小的包袱啊。
只是这以后的事哪有功夫去想哟，当务之急就够他烦得啦。青藏动荡迅猛间竟又上了一个更高层次，康熙原来担心的和硕特自家武斗，即使爆发也是小儿科了，一场更大的战争即将扑面而来。
以桑结嘉措老部下及拉萨三大寺上层喇嘛为代表的西藏地方势力，看到联合青海武力迎回噶桑嘉措的计划落空，便把希望寄托在了策妄阿拉布坦身上，向他发出了出兵相助的求援书。雄心勃勃的策妄阿拉布坦求之不得呢，青藏咱早就想拿了，缺得正是时机与借口，好啊，这下全来啦！
策妄阿拉布坦和拉藏汗乃是亲上加亲的关系，本人娶了拉藏汗的姐姐，又把女儿博托洛克嫁给了拉藏汗长子噶尔丹丹衷，据说是为麻弊对方，使其放松警惕，仿佛也是，后来策妄阿拉布坦兵发西藏时也利用了这一点。
从准噶尔所在的新疆进兵青藏，哈密是一咽喉之地，但已归属大清。早在康熙四十四年（1715），策妄阿拉布坦先派了一支2000人的部队，抵达哈密北境，来个试探性进攻，连拔五寨，一看清廷迅速有大军增援，并增兵封锁了所有通往青海的要隘，只好放弃了由哈密、吐鲁番打进青藏的设想
随之一个大胆的直入西藏的计划出台，并付诸实施。结过一年的筹备，康熙五十五年（1716）十一月，策妄阿拉布坦遣其最勇武统帅策凌敦多布，以护送丹衷小夫妻归藏省亲为由，带领6000精锐，从伊犁（今新疆伊宁）取道叶尔羌（今新疆莎车），绕过塔里木大沙漠，翻越和田以南昆仑山等三层大冰山，涉险冒瘴，昼伏夜行，终于次年七月初四，经纳克产（今西藏奇林错东南、加林错东北）隘口突至藏北，再由腾格里海（今西藏纳木错）直趋达木（今西藏当雄）。此次远征堪称史上海拔最高的一次远征，所过之处很多更是悬峰绝壁，人迹罕至，其险其苦其壮其勇非言语所能表述，汉尼拔翻越阿尔卑斯山的那一次相形远绌也。
起初，拉藏汗得知前方传来的零星消息，并不在意，与他的次子苏尔扎等在达木避暑游玩呢，也难怪如此高难度的远征，确实出人意料啊。待准噶尔军已向达木进发时，他才慌了神，赶忙调集卫藏军队在达木草原北部布防，引兵拒战不利，只得退守拉萨。
策凌敦多布即挥师直趋拉萨，康熙五十六年（1717）十月二十八夜破城，三十日攻入布达拉宫，拉藏汗逃亡途中被杀，其所立达赖益西嘉措被拘。之后，策凌敦多布发兵攻占前藏等地，继而准备进攻青海，与诸台吉配合夺取被清廷安排居于塔尔寺的另一达赖噶桑嘉措，但青海的形势已然巨变。
清廷瓦解了青海诸台吉的力量，西安将军额伦特和侍卫色楞领兵驻扎西宁，基本控制了整个青海，察罕丹津也被康熙召入北京，当多罗郡王去了。青海此时的稳定，对清廷掌控大局并收复西藏，意义至关重要，否则准噶尔所据新疆、部分中亚与青藏连成一宏大整体，尽为策妄阿拉布坦所有，西北形势不堪设想啊。
康熙初闻准噶尔军队远征西藏时，还并不知策妄阿拉布坦真实意图，是攻取拉藏汗收取西边之地？还是帮其共侵青海？看来康熙与清廷虽对策妄阿拉布坦有所防备，并作为一个对手来看待，认识却严重不足啊，竟一点也未想到策妄阿拉布坦的雄心壮志，是要与他康熙争夺大西北的。
康大帝的战略眼光实在不咋的，大方向上很容易短视。当初收台湾后差一点放弃，幸亏施琅等汉大臣力谏。抗俄时大优之下签了一个实在算不上平等的条约，完全不知彼应是众因之一吧。打噶尔丹这样一个实力不强的游牧对手，仍然跟着别人屁股后面转了将近十年，缺乏主动进取歼而灭之的气魄，要不是人家闹了家窝子，还不知猴年马月能平定呢。这次又是，既然把人家当成对手看了，实录之类留下的大帝语录中也有过太多高瞻远瞩的话，咋十几年过去了，对人家还是如此不了解呢？
清军两次进西藏
直到五十七年（1718）初，康熙收到拉藏汗的奏疏，才决定由额伦特、色楞领兵征剿西藏，但对敌情严重估计不足，极端乐观轻敌了，认为准噶尔军长途跋涉而来，几千疲兵不足为惧，结果自家清军准备也不充分，兵员也不多，便仓促上阵了。
清军分两路而进，色楞带2500人向拜图岭出发，额伦特领4500人向库赛岭出发。策凌敦多布闻知后，迅速部署准藏数万联军在喀喇乌苏（今西藏那曲）严阵以待，再命前方之军屡屡佯败退却，诱清军深入，最后于八月初，相会进入了他精心设计的大包围圈。一场激烈搏杀，清军突围不成，相持月余，弹尽粮绝，至九月中旬，全军覆没，额伦特、色楞阵亡。另外，四川提督康泰率军1000，经打箭炉进入藏地，欲与额伦特会师而未能，在拉西附近被黑帽喇嘛诱杀，所剩之兵又被准噶尔军截获，也是尽没也。
清军首次进藏完败，胜利者准噶尔气势当然更盛，而清廷上下则一片震惊，结果每一次都会发生的事情再上演，又是在大臣们纷纷犹疑反对的情况下，康熙力排众议，英明地决定第二次发兵西藏。真是让人感慨，这康熙一朝61年呢，就是亲政也有50多年，怎么竟干这样的事呢？大臣们也太笨蛋了，花多么多银子，给那么多特权，养着他们干吗？皇帝也太伟大了，人类史上还有谁能出其右？这么长时间，朝堂上作出的所有重大决定，特别是正确的，都是皇帝他老人家一人神武决断的。不服不行呀，千年一帝的牌子要挂，且要永远挂下去！
其实进兵西藏打到这种程度，继续下去很正常吗，远比准噶尔实力要强的大清，败一场就打住，到真让人不可理解了，何况这一败还是自己过于轻敌所致，看似全军覆没，由于人数并不多，清军远未伤筋动骨，干吗不打呢？原属自己的地盘被人家拿去了，如放弃还会影响青海甚至四川、云南等地？无论如何也要打下去呀？噶尔丹那一次不就是个例子吗？你不来扰就算了，来了就一定反击的，不然，大清成什么了？抗俄那一次？不一样？你能跟人家比吗？那是外国，国与国之间的事，当然不一样了。
应该相信讨论出兵时，不少大臣是赞同的，不然就不可理解了，又不是多深奥的事。同样认为康熙作为最高领袖，决定出兵是令人称颂的事，保卫边疆不受侵犯吗，只是觉得不要把并不是很考验决策能力的事，非要给它神化，好象作出这种决定的人都是神一样。这世界没有神！
既然决定再打了，怎么打？首战完败的教训一定要认真吸取，好好规划部署一下了。康熙与清廷考虑到青海、西藏与征服者准噶尔都承认在西宁的噶桑嘉措为真达赖喇嘛，便开始酝酿一个两路进兵护送达赖的作战方案。清廷嘴上没承认，实际心里也已认识到在真假达赖问题上，过去不问青红皂白，不问民意，一味支持拉藏汗的做法，起码有一点点失误了。还好，知错就改，仍是好同志。
紧接着，清廷又制订了详细作战方案：诏封噶桑嘉措为六世达赖喇嘛（乾隆后称七世），并送往西藏坐床，青海王公护送，内外蒙古也要遗使会送；清军由青海、四川两路进兵西藏，并攻打准噶尔汗国边境，使策妄阿拉布坦首尾不能相顾，无暇增援策凌敦多布。
康熙命第十四子固山贝子胤禵为抚远大将军，坐镇青海木鲁乌苏指挥，统揽全局。正蓝旗满洲都统延信为平逆将军，具体指挥青海一路2万多进藏大军及护送人员，共护噶桑嘉措至西藏，由巴尔库尔（今新疆巴里坤）军前调来的巡抚噶什图负责。四川护军统领噶尔弼为定西将军、岳钟琪为副将军，带领四川和云南1万人马，由川西巴尔喀木进藏，四川总督年羹尧负责办理粮饷事务。同时，继续加强阿尔泰与巴尔库尔的兵力，陈兵准噶尔边境，与进藏大军遥相配合，使策妄阿拉布坦首尾不能相顾，无暇增援策凌敦多布。
五十九年（1720）四月，噶尔弼率军自成都出发，一路几无抵抗，策凌敦多布任命的第巴达克咱也不战而降，八月二十二日渡过噶尔招穆伦河，随后兵分三路，于二十三日轻松拿下拉萨。这边，延信一路大军由西宁出发，沿着额伦特曾走过的库赛岭进军拉萨，路途近但险，又连遭敌军袭击，行程略缓。
策凌敦多布将主力集中于达木和喀喇乌苏一带，欲与延信大军决一雌雄。无奈力量悬殊，又闻拉萨已失，供应线被断，大势去矣，无心恋战，率领部属经纳克产隘口，越克里野岭，逃回伊犁去了。九月十五日，延信大军抵达拉萨，并为达赖喇嘛噶桑嘉措在布达拉宫，举行了隆重的坐床典礼，清军第二次进藏完胜也。
其后，大军返回，留下公策妄诺尔布和额驸阿宝率兵三千驻守，此为清廷驻兵西藏的开始。如果说顾实汗统治时，西藏与清廷的直接关系还不是很紧密的话，现在通过征讨准噶尔，清廷对西藏的管理得到进一步巩固与加强，作为帝国的最高领袖，康熙当然功不可没。如果说从执政能力看，康熙只能算一个平常之资的帝王，那有了西藏及外蒙的功业，他可以称得上是一个有作为的帝王了，但绝不是千年一帝！
清廷败准噶尔复西藏，实也在情理之中。准噶尔实力本就悬殊，且侵藏人马又少，英勇倒是英勇，抗衡清军大部队还是远远不够的，就像噶尔丹，除非清廷不重视，失败实已早注定。说大一点，纵观环宇，除热兵器领先之欧洲，倾力一战可能打不过外，还有谁能与大清争锋？不，能与中原王朝争锋？周边传统强敌皆已明日黄花也，他们威猛的时代已经过去了，文明（不是指文化）在与落后的较量中逐渐占据了上风。这到是历史发展的必然趋势，谁也改变不了的，就如晚清惨败于西方，你不得不承认，当世界已变成宋代那样便可天下无敌时，咱们却成了辽金！
大帝未了准噶尔
西藏收复了，清廷与准噶尔的斗争远未结束呢，不过战场拉到了准噶尔的边境。自康熙四十四年（1715）策妄阿拉布坦试探性进攻哈密后，康大帝向阿尔泰和巴尔库尔派出两路大军，防其进攻青海和喀尔喀，并对其构成强大军事压力。
当然了，康大帝一向爱好和平，一生从未主动打过仗，不要说秦皇汉武唐宗明成那样的“赎武”主义者，就是人家打到他门前来，一般不还手也行时，他也绝不会撕破脸皮的，虽然自己有更强大的武力后盾，这一次也不例外。
康熙起初还是想让策妄阿拉布坦主动认罪了事，但遭拒绝，于是加大兵力投入，陈兵北路阿尔泰山23000余人，靖逆将军富宁安统率；西路巴尔库尔17000余人，振武将军傅尔丹领衔，并要求明年夏季两路并袭准噶尔边境，致其国内慌乱，迫使策妄阿拉布坦请罪臣服。
真是没办法，陈集如此大军，增援部队还可援援不断而来，干脆一举打垮对手，一劳永逸不就得了？可他想的却是只要你认输，啥事都没有了。唉，你有好心肠，人家可没有呀，事实证明，直到他孙子乾隆时，准噶尔问题才算彻底解决掉呢。
康熙五十六年（1717）六、七月间，清军对准噶尔进行了几次规模不大的袭击，效果甚微，策妄阿拉布坦也未屈服。此时，策凌敦多布的远征军就要打到拉萨了，而熙当时并不知。
五十九年（1720）七月，为配合收复西藏，清军又发动了第二轮较大规模的袭击波，所向无敌，连战皆捷，还占领了乌鲁木齐、吐鲁番等城，可是八月份，又自动退回啦！这种打击力度，能有多大影响呢？
就在策妄阿拉布坦矛头直指青藏，与清廷发生对抗时，俄国人又向准噶尔逼近了。他们企图占领亚梅什湖以南的额尔齐斯河流域及宰桑泊地区，策妄阿拉布坦不得不抽出力量，放在抗俄上。还是远征西藏的那一年（1716），小策凌敦多布（攻藏的是大策凌）领兵近万，包围沙俄以考察为名的侵略军3000人，一年有余，主动解围放生时，俄军只剩700来人了。
当准噶尔遭遇两路清军之压，西藏统治也岌岌可危时，仍在宰桑泊打退了俄军450人的入侵，统帅就是策妄阿拉布坦的儿子噶尔丹策零，日后准噶尔的又一位雄主。
看准噶尔人的抗俄，更感沙俄在东方的不足为惧。18世纪初了，彼得大帝改革也差不多了，沙俄比起上个世纪来要强大得多，竟仍然搞不定一个比大清综合实力小得多的还以游牧为主的中亚国家，甚至还有一支3000人的部队（清军连千人俄军也未打过呢）被人家围困差一点全完，更感当年尼布楚条约之签订，殊为可惜也。
策妄阿拉布坦两面都有比他更为强大的对手，无疑继续抗衡下去，不是好出路。他请喀尔喀哲布尊丹巴呼图克图代为向康熙说项，请求与清廷和解。同时，也与沙俄谈判，还巧妙利用俄国人，表面上与他们走得很热乎，一定程度上促使康熙临终前同意和解。其实康大帝只是教训教训他，从无毁灭他的意思，虽然完全可以做到。
再以后就是雍正皇帝的事了，康熙六十一年十一月十三日，即1722年12月20日，康大帝走完了他不失精彩却也被过度高捧的68周年的人生路。太多人说他留下的是一个伟大的盛世，甚至中国历史上最黄金的岁月就是他打造，是否如此，非三言两语所能道哉。之所以把康熙最被称颂的几个大伟业，一一详细讲来，就是想在具件事件中，初步看一看他和他的那段大历史，以后会在讲完乾隆时，再对整个所谓的康乾盛世来一个深入的剖析，那时也许才能彻底看出，笼罩在千年一帝光环下的究竟是个啥？
至于清廷与准噶尔的西北大PK，康熙只是开了个头，并完成了前期的工作，主要的尚在后面呢。说来很有意思，开创了那么大盛世的康大帝，很多方面却给子孙留下了一个烂摊子，就像大西北，他本来完全可以搞定的。
清军在准噶尔边境已经陈兵4万多人，袭击战无往不胜，进藏部队3万多人也可以拉过来用，这些都是现成的，不需要再动员再准备，马上便可以投入战场，另外帝国还有那么多部队可以增援，只要康熙一声令下，一举荡平准噶尔，难道不可以吗？没办法，康熙不会这样做的，大帝的境界和一般人不同吗，就是苦了接班人雍正了。这里简要述一下，以保证叙事的连贯性，详情请看以后的雍正卷和乾隆卷。
且说策妄阿拉布坦的求和，康熙临终前表示同意，接班人雍正正式降下谕旨，认真贯彻落实了先皇遗言精神，准噶尔遂与清廷开始了一个短暂的密月期。策妄阿拉布坦与俄国的谈判也随即告吹，他坚决拒绝了沙俄要求其臣服的无理要求及在准噶尔修筑要塞等建议。
但策妄阿拉布坦儿子噶尔丹策零即位后，没几年又与清廷关系搞僵了，乃至兵戎相见，准噶尔既有大败清军之荣，也有惨败清属喀尔喀三音诺颜部之辱，总体清准打了个平手，雍正乾隆之交，双方再度罢兵言和。
