大约在上午十时左右，在雾中，霍恩洛赫听到从南面传来枪炮声，他命令他的步兵预备队上前接近敌人。当这个命令正在执行时，马森巴赫单骑赶来，带来了国王的命令，嘱咐霍恩洛赫不要与法军发生任何激烈的战斗，因为他的任务是防守。对拿破仑而言，真是十分侥幸。因为如果霍恩洛赫前进，并用相当的兵力占领了南德格拉芬堡，这是一个可以俯瞰耶拿的高原，那么10月14日的会战就可能会有完全不同的结果。
10月12日的上午，拿破仑从缪拉方面获得了普军并未在吉拉集中的消息；同时从俘虏的口中也得知普王仍留在埃尔弗特，手中尚有二十万人的兵力。以这个情报为基础，拿破仑得出两点结论：（一）普军的意图是想在埃尔弗特附近接受会战。（二）他们首先在埃尔弗特集中，然后退向玛内（他知道他们的预备队在那里)，再退向马德堡。为了应付这两种可能性，拿破仑决定分派第一军和第三军以及骑兵的大部分，取道萨尔河左岸，进行一个迂回的运动。而其余兵力则从卡拉与耶拿之间，强渡萨尔河，向魏玛-埃尔弗特一线前进。所以，如果普军决心迎战，则法军的主力可以钉住他们，而那两个分遣的军则可以打击他们的右翼。如果普军继续后撤，法军的主力将尾随追击，而分遣的兵力则切断敌人与易伯河之间的联系，迫使他们接受会战。结果就是一连串命令，带来如下运动：缪拉从劳姆堡向莱比锡搜索前进；第一军从吉拉进到柴兹；第三军从米提尔、普尔尼兹进到劳姆堡；第六军从希里兹进到了米提尔、普尔尼兹；第四军从维达进到吉拉；第五军从纽斯塔特进到耶拿；第七军从卡拉进到萨尔菲尔德。所有这些点都于10月12日到达，而兰纳斯把敌人的前哨逐出了耶拿城，达武的前卫也进入了劳姆堡。
拿破仑于10月12日到达吉格，在晚八时开始睡眠，休息了几个小时，于午夜起床。直到10月13日上午七时到九时间，才有重要的报告送来，而且一送就是三个。第一个报告是奥热罗从卡拉送来，他报告说敌军已离开耶拿，向埃尔弗特转进，这是普王与其主力的所在地。第二个报告是达武从劳姆堡送来的，他报告说从逃亡者和俘虏的口中，获知普军主力是在埃尔弗特，而普王则在魏玛。第三个报告是缪拉从柴兹送来的，他转来了一份间谍报告，上面说从弗尔达到魏玛，沿途都可以看见普军部队，普王和王后都在埃尔弗特。拿破仑始终认为普鲁士人决不会如此愚蠢，居然会在埃尔弗特接受会战----那就是说面对柏林而背向图林根森林----所以他认定敌人可能会采取他猜想的第二条路线。虽然如此，在他写给缪拉的回信中，开头固然很坚定，但后来仍然表示怀疑。他说：“黑幕最后揭开了。敌人已经开始向马德堡撤退。你应与在多恩堡的贝尔纳多特军，尽可能加速前进。”
接着他又说：“我相信敌人如果不是想攻击在耶拿的兰纳斯元帅，就是决心撤退了。如果他攻击兰纳斯元帅，你在多恩堡的位置仍足以允许你支援他。”
口授这个命令之后，拿破仑就启程前往耶拿；下午三时，当快接近该城时，他接到兰纳斯送来的报告，说在该城上方的高原，已经有了敌军12,000人到15,000人。拿破仑立即命令勒菲弗尔率领近卫军进向耶拿；苏尔特和内伊也尽最大的速度赶往那里；而达武则从劳姆堡出发以迂回敌人左翼。接着拿破仑继续向耶拿进发，四点钟稍过一点，在南德格拉芬堡与兰纳斯会合在一起，以后这个地方改名为拿破仑斯堡。
一旦到达该地，拿破仑根据他所能看见的情况，得出了一个错误结论，认为普军的意图是想在这个高原上接受会战。所以他决定把兰纳斯的全军和近卫军，都送上这个高原以钉住敌军，其次再分配两个军去钉住敌人的侧翼，而达武和贝尔纳多特的两个军则乘机打击敌军后背。
虽然取道缪尔沙尔可以迂回南德格拉芬堡，这也是耶拿-魏玛公路所通过的地区，但是从耶拿城却只有一条小路可以通行。这条小路很窄，虽然步兵可能通过，可是炮兵和车辆却无法通过。于是工兵立即奉命去拓宽较窄的部分，拿破仑亲自提灯在那里监工。当他亲眼看到第一辆炮车通过之后，他又赶回南德格拉芬堡，并命令把他的御营安置在近卫军所组成的一个大方阵的中央，这个地点现在还留有一块“拿破仑石”做为纪念。从那里他可以看见霍恩洛赫的营火闪闪发光，占据了大部分的高原。较远还可以看到不伦瑞克的营火和艾卡特斯堡的敌垒。这个景象更使他确认普鲁士全军并不想撤退，而且有准备会战的意图。
接着在营火照耀下，拿破仑又口授命令决定第二天上午的行动：他的目的是要在高原上获得足够的空间，以便展开兵力，并且在10月15日以前避免决战。他命令奥热罗从卡拉前进，取道缪尔沙尔迂回托恩钦的右翼；苏尔特则从吉格进到本斯提德，再向克罗斯维兹跃出，打击托恩钦的左翼；至于内伊和缪拉则迅速前进支援兰纳斯。（注：在这个命令中未曾提及任何村落名称，可能的原因是营火光线太弱，使他无法看清地图。）
由于认为普鲁士全军会向他发动进攻，所以在夜里十时，拿破仑又指示布歇命令在劳姆堡的达武，于10月14日清晨向阿波达推进，然后从侧面或后方攻击敌军。在这个命令中有一段是这样的：“如果潘提阿尔弗公爵和你在一起，那么你们可以一同前进。不过皇帝却希望他已经到达指定给他的位置，即多恩堡。”达武于上午三时收到了这个命令。
霍恩洛赫的的敌情判断也是完全错误的。他绝没有怀疑到他所面临着的竟是法军的主力。他相信敌人是只在南德格拉芬堡和劳姆堡，留下一个侧卫做为掩护，而主力肯定正向莱比锡和德累斯顿赶进，所以他觉得目前并无危险。
10月14日的上午异常寒冷，在日出之前，拿破仑开始出发视察兰纳斯的部队。浓雾掩盖着整个高原，不得不由侍卫人员举着火把随护，皇帝骑着马从一个单位走到另一个单位，与军官和士兵谈话，鼓励他们，并且告诉他们说，普鲁士人今天的处境，正好比一年前奥地利人在乌尔姆一样窘迫。他每到一处，部队都欢声雷动，高呼皇帝万岁！虽然雾很浓，可是敌人前哨的距离很近，所以他们可以看见火把的光辉。当听到法军的欢呼时，萨克森部队不禁为之战栗。
上午六时，拿破仑发出攻击令。在浓雾掩护下，舒切特的师从右面进向罗斯维兹；加桑的师从左面进向柯斯佩达。到八点半钟，这两个村落连同鲁兹罗达，都已落入他们手中。半小时后，在舒切特的右面，苏尔特的领先师也从罗本斯提德出现，向柴维提勒森林挺进，在那里面对着霍尔曾多夫。同时，在加桑的左面，奥热罗的领先师也取道缪尔沙尔前进，达到弗罗堡，以便展开在加桑师的左面。所以到了大约九点时，当雾开始消蚀时，拿破仑已经使其战役计划的第一部分完全实现了：他已经获得了足够的空间，可以展开他的兵力。所以他现在决定暂停前进，好让他的部队有时间到达他们的指定位置并构成战线。第六军已经到了耶拿，因为等得不耐烦和担心丧失参加会战的机会，内伊不等命令到达，就先率领了三千精兵赶去助战。
在遇见托恩钦师的逃兵之后，霍恩洛赫才知道他所面临的已不仅是一个法军侧卫。他留下三个萨克森旅在重要的魏玛大路上，命令他们不惜代价死守，接着就命令格拉维尔特将军率领大部分普鲁士步兵，去夺回托恩钦已经丢失的阵地。为了支援他，又命令狄希尔将军的萨克森旅跟随后面前进。他又命令托恩钦的溃兵在后方集合，并补充他们弹药。在向鲁歇尔发出了求救的紧急呼吁之后，他就率领他的骑兵和骑炮兵前进，以掩护格拉维尔特展开。
十点钟时，雾已经完全消尽了，霍恩洛赫的骑兵共计四十五个中队，已经接近了费尔曾海里根村，于是分为两翼，当他们正准备向苏希特和加桑两个师的前进散兵群冲锋时，却突然遭到一个猛烈的攻击，而不能不暂停前进。这个攻击并不是由那两位法国师长发动的，而是内伊乘着大雾掩护，已经率领他的三千精兵前进到了兰纳斯和奥热罗之间，这是连拿破也不知道的。不久他就与普鲁士骑兵发生了激烈的战斗，终于被完全切断，于是被迫把步兵组成方阵以防止骑兵的冲杀。
此时在南德格拉苏堡的拿破仑听到在费尔曾海里根附近突然发生猛烈的枪声，不禁大感诧异；再等他听到这是内伊的行动，就更加莫明其妙，因为他还以为内伊仍留在后方。他立即派伯坦德率领两团骑兵前进----这是他手中仅有的全部骑兵，因为缪拉还没有赶到----同时他也通知兰纳斯前进。兰纳斯立即照办，攻下了费尔曾海里根，到达与格拉维尔特战线对峙的地位，后者正展开在该村北面。在遭遇到猛烈的排枪火力之后，兰纳斯的部队就缩了回去，并在房屋和果园中，利用掩护物向普军还击，火力非常可怕。霍恩洛赫的幕僚们力劝他命令格拉维尔特发动突击以夺回村庄，但是他却不听，决定等待鲁歇尔来到，此时他也已经派马森巴赫上校，去催促鲁歇尔赶紧前进。毛德上校在他的《耶拿战役史》中说：“接着就发生了一件怪事，这是军事史上最离奇和最不幸的怪事。”一个外表极为壮观的步兵方阵，人数约为两万人，在整整两个小时中，站在开阔地上，暴露在法军无情的火力之下，而法军却都躲在土墙后面，几乎使他们找不到可以还击的目标。结果到处死伤枕籍，只有少数还在继续射击。
当格拉维尔特的人员正在作无益的牺牲时，兰纳斯和内伊的步兵已经透入了依斯尔斯提特尔森林，切断了在魏玛路上的萨克森旅与普军中央兵力之间的联系。为了填塞这个缺口，霍恩洛赫将狄希尔旅以及他手中所控制的若干萨克森预备队都投了进去。到一点钟，除托恩钦师的残部以外，他所有的全部兵力都已列成阵线以等候鲁歇尔到达。
奥热罗的左翼正在与魏玛公路上萨克森人交战，这个地点叫作蜗牛湾----是个一连串的湾道。在右翼方面，苏尔特的领先师，在圣希莱尔的领导下，除了留下少数部队监视霍尔曾多夫以外，其余兵力都向内旋转以攻击普军左翼。此时，缪拉的骑兵也到达近卫军后方，至于内伊和苏尔特两军的主力也已集中在他们的侧翼。所以在大约下午十二点三十分时，除已经交战的54,000人以外，拿破仑手里还有42,000人作为预备队。
拿破仑监视着两翼方面的发展，当他判断会战已经到了最高潮时，就命令全军前进。他的部队也都感觉到胜利是已经在掌握之中，于是立即迅速前进，压迫敌军向下退走，将他们赶到苏尔巴赫河谷中。最后霍恩洛赫承认大势已去，命令部队向大小罗门斯提德撤退。可是到了此时，他的人员是已经疲惫不堪，组织瓦解了，所以除了一个萨克森营方阵以外，其余所有部队都一哄而散----他自己也就以那个方阵为避难所。法军在逐步推进时，到处都可以收容到俘虏，全部炮兵都投降了。
现在只有一件事可以阻止霍恩洛赫军团的完全毁灭，那就是鲁歇尔能在卡普仑多夫与哈米尔斯提德之间的萨尔茨达赫河上构成一个防御阵地，那么所有残部就都可撤到它的后面加以收容重组，然后等到夜间再向后撤。可是事实并不如此，当马森巴赫在法朗根多夫附近与鲁歇尔相遇时，就指示他应用全速向卡普仑多夫前进，并攻击在霍恩洛赫右面的敌军。当得到霍恩洛赫的求救通知之际，鲁歇尔已经离开了魏玛，虽然他与马森巴赫相遇的地点，距离卡普仑多夫最多不过六英里，但是他的前进是如此迟缓，直到下午二时，他的领先部队才到达该村。他把他的主力展开在大罗门斯提德与柯特晓之间，那就是在斯普林斯堡山脊的脚下，在依斯尔斯提德西北，相距离为一英里多一点。他刚一站住脚，就有一支法国轻型炮兵开始在斯普林斯堡的山头出现，并立即向他们射击。虽然如此，普军还是继续前进，突然，法军步兵好象蜂群一样涌来，在炮兵支援下，冲过设伏地，发射强烈的火力。在十五分钟之内，鲁歇尔的多数步兵营就已减少了一半的兵力，再过一刻钟，法军骑兵发动攻击，普军就完全崩溃，向魏玛逃窜。鲁歇尔本人也受了致命伤。
因为鲁歇尔的溃退如此迅速，所以霍恩洛赫企图收集他的残部再去支援他的企图也完全变成了泡影。于是，他退过了依尔姆河，向萨切豪森和利布斯塔特逃走。此时，萨克森军在魏玛公路上进行了非常英勇的战斗，拒绝放弃他们的阵地，结果不是被杀就是被俘，没有一人幸免。
到下午四时，耶拿会战已经结束，法军开始追击。缪拉的骑兵一口气挺进到了魏玛，又俘获数以千计的普军残部。那天夜里，兰纳斯前进到了乌门费尔斯提德，奥热罗和内伊进了魏玛，苏尔特到了士瓦本斯多夫。拿破仑和他的近卫军又启程回到耶拿，他深信已经击败了普军主力。
在回程途中，拿破仑首先注意的就是伤员后送问题，直到夜幕低垂之际才回到总部，在那里发现达武元帅的一位参谋正在那里等他。参谋向皇帝报告说，第三军已经单独击败了七万普军，地点是在奥尔施塔特附近，率领普军的主将是普王本人和不伦瑞克。这个消息使拿破仑大吃一惊，他不禁向这个参谋说：“你的元帅一定是把一个人当成两个人来看的。”但是不久他就搞清了事实，于是对达武和他的部下大加赞扬。以下就是事情的经过。
当拿破仑在耶拿进行会战时，因为他拥有数量上的优势，已经立于不败之地；可是当达武在北面十三英里的奥尔施塔特进行另一个会战时，依照一切战争规律他都不可能获胜。前面已经说过，在10月13日，普军开始在魏玛-劳姆堡公路上运动，共有五个师，分为五十二个步兵营，八十个骑兵中队和十六个炮兵连，共有步兵四万人，骑兵一万人和火炮二百三十门，包括团炮兵在内。领先的师长是施密特将军，当他到达阿波达时，听到南方传来炮声，就命令停止前进。后来发现没有什么问题，又命令继续前进。那天夜间，普军宿营在奥尔施塔特，以道路计算，它在柯森桥以西，相距为八九英里。
10月14日，普军的命令是以一个师的兵力，加上一个骑兵中队，前进到柯森以掩护隘路，而其余军队在到达哈森哈森之后沿弗莱堡道路向北转进，越过恩斯陶特河，并在弗莱堡和劳卡宿营过夜。因为已经知道法军在劳姆堡，那么在十月十三日清晨不伦瑞克为什么不先派一支强大的骑兵并加上一个步兵师的支援去抢先攻占柯森隘路，一直等到后卫已经撤出了哈森哈森时为止，这一点几乎很难理解。不伦瑞克所作的事情可以说是糟糕到了极点。在10月13日黄昏时分，他派了少数骑兵去进行搜索，这实在无异于提醒了敌人，在与达武的前哨在陶格维兹相互射击了几枪之后，就退回来报告说这个隘路已被敌军据守。
这时达武还在劳姆堡，听到这个消息就立即策马前进。从俘虏的口中得知普军主力在国王率领下已经接近了。他立即派了一个步兵营去增强柯森桥的防御。
达武在劳姆堡，共有步兵24,500人，骑兵1,500人，火炮44门，他奉到的命令是采取最短的路线，即经过柯森，向阿普尔达前进。那里的道路在萨尔河的左岸上成之字形延伸，一直通到一个高原中。在这个高原中央，是一个相当大的村庄，那就是哈森哈森，它距离奥尔施塔特约有五英里远。
贝尔纳多特的司令部也设在劳姆堡，而他的部队则在沿着劳姆堡到多恩堡之间的道路上宿营。他也奉命向阿普尔达前进，但是却应取道多恩堡，因为当拿破仑下命令的时候，他还是认为贝尔纳多特可能会遇到普军主力。因为达武获得的情报，已经证明敌军的半数现在都在奥尔施塔特，所以这个命令当然应该改变。当10月14日上午三时，达武接到布歇在前一天下午十时发出的命令时，他就力劝贝尔纳多特与他一同取道柯森前进。也许是因为妒嫉，贝尔纳多特却表示反对，还是决定依照前面的命令行事。他向多恩堡前进，并于上午十一时到达该地。虽然阿普尔达沿着大路走，距离多恩堡只有八九英里远。可是他直到下午四时才到该地，此时耶拿会战已经结束了。（注：拿破仑看透了贝尔纳多特的用心，本已下令审讯他，以后因为他的妻子求情才收回成命。）
尽管贝尔纳多特拒绝合作，达武还是毅然前进，毫不犹豫的迎击普军，尽管他相信敌人总数有七万之多。在拿破仑的众将中，达武也许要算是最能干的。上午六时，他率领他的三个师向柯森进发，这三个师分别由古丁，福利安和莫朗德指挥。大约在八点钟时，前进到哈森哈森周围的平原上。在浓雾中，布吕歇尔率领六百名骑兵，直向他冲来。在布吕歇尔后面是施密特的师，普鲁士王、不伦瑞克和莫伦道夫也都在一起。应该感谢浓雾的掩护，达武才有时间来展开古丁的这个师----它是领先的一个。这个师有第十二，第二十一，第二十五和第八十五共四个团----后者留在哈森哈森。古丁把第二十一和第二十五两个团，列成战线，位置在该村右面（北面），控制着第十二团作为预备队。
当古丁正在部署兵力时，普鲁士王，不伦瑞克和莫伦道夫三人也正在考虑应如何对付。不伦瑞克一向谨慎有余，他主张暂停前进，等后面的瓦尔特斯内本师赶到后再采取行动。但是莫伦道夫却主张立即进攻，而国王也同意他的见解，于是施密特也开始展开兵力，当他正在展开时，雾已消失，可以看清楚古丁的全部阵容。普鲁士军方面于是又命令布吕歇尔率领二千五百名骑兵攻击古丁的右翼，但是古丁却马上看清了敌人的意图，立即把第二十一和第二十五两个团的侧面各营构成方阵，而第十二团则在后方构成一个单独的团方阵。布吕歇尔一连冲杀四次，每次都被击退，到上午九时，福利安师也赶到了，因为达武看到敌人是以右翼方面为主攻方向，以求打通弗莱堡公路，所以把古丁的师摆在哈森哈森的周围，把福利安放在他的右方，即夹在哈森哈森与斯普尔堡之间。
现在瓦尔特斯内本的师已经赶上了，后面接着就是奥南格亲王的师，他们是因为行李车辆阻塞道路而迟误了时间。前者进到哈森哈森的南面，帮助施密特进攻，因为莫朗德尚未到达，古丁就动用了他的预备队第十二团来增援这个村庄。在这次攻击中，施密特负了致命伤，不伦瑞克公爵看到法军的抵抗如此激烈，就亲自率领一个团的掷弹兵向该村冲锋，结果双眼为弹丸所伤。他被抬出战场，于11月10日死于汉堡附近。于是普鲁士军实际上已经丧失了指挥官，因为普鲁士王既不指派一个接替者，自己又不亲自担当指挥。
不久，奥南格师的两个旅也赶了上来。一个旅由鲁措指挥，被派去支援瓦尔特斯内本的左翼；另一个旅由亨利亲王指挥，赶往施密特师左方，在那边，福利安已经开始向切克瓦进展。莫朗德的师也已经到达，展开在哈林哈森左方（南方）。尽管面对重炮的火力，他还是逐渐压迫瓦尔特斯内本和鲁措后退。因为他们的撤退又使施密特师的左翼暴露出来，为了避免受到包围，于是也只好撤退。
为阻止莫朗德的进攻，普鲁士王集中了所有骑兵，交给威廉亲王指挥，他是在瓦尔特斯内本后到达的。此后莫朗德就又把他的各营构成方阵，他进入这个方阵，达武本人也进入这个方阵。当普鲁士军的骑兵冲来时，象所有对步兵方阵的冲锋一样，结果一定会被击退。普鲁士军一再冲锋直到筋疲力竭，才开始向苏尔查和奥尔施塔特撤退。接着莫朗德前进到了利豪森。
当莫朗德正在达武左翼作战时，福利安在他的右面，攻占了斯普尔堡和波佩尔，后者曾经失而复得，然后到了利斯多夫。所以到正午时，古丁仍然扼守着哈森哈森，而莫朗德在南，福利安在北，由他们的炮兵实行纵射来威胁施密特、奥南格和瓦尔特斯内本的撤退。当这些师后退时，古丁也随之前进，攻克陶格维兹，向吉恩斯塔特挺进。在普军方面，卡尔克劳斯已经在那里集中了两个预备师的主力。有了这个兵力，再加上全部的骑兵，布吕歇尔和卡尔克劳斯立劝普鲁士王再回戈一击。可是威廉·腓特烈却以为霍恩洛赫和鲁歇尔两个军团依然完整无恙，所以决定退向他们那边，准备会合之后再在第二天向法军挑战。
普鲁士军于下午十二点三十分开始撤退，法军的追击以艾卡特斯堡为限度，因为达武的部队已经力竭，而且他的骑兵也不足以逐退普鲁士军。在卡尔克劳斯的掩护之下，普鲁士军保持着相当良好的秩序，一直退到马特斯提德为止。从那里可以看见阿普尔达周围地区的营火。他们还认为那是霍恩洛赫的部队，可是不久就碰到了惊弓之鸟似的溃兵，才知道霍恩洛赫已经被击溃了，那些营火是法军的。这也就是说魏玛道路已经被切断，普鲁士王立即命令他的军队向北旋转，改从索米达道路行走。在布特尔斯提德，这些精神已经痪散的人员遇到大批溃兵，如潮水一般从耶拿方面撤退而来。于是情形更加混乱。因为他们相信法军正在跟踪追击，所以各个单位都已经溃不成军。法军一共俘获了25,000人，火炮200门，军旗60面。
除第三军，法军其他各部的死伤数字都已不可考。这个军损失了军官258人，兵员6,794人，约相当于这个军全部兵力的四分之一，由此可以证明这个战役是何等激烈。古丁师的损失约为百分之四十一，在会战中，胜利部队的损失高到如此的程度，可以说是破了有史以来的记录。
10月15日，拿破仑在他的第一次公报中曾经这样说：“耶拿会战扫除了罗斯巴赫的耻辱。在我们的右翼，达武元帅的部队表现最为优异。不仅阻止了敌军前进，而且击败了敌军主力。这位元帅表现出来的过人英勇和坚定性格，都是战士的第一流楷模。”
10月15日上午，法军开始进行历史上最著名的追击：缪拉、苏尔特、内伊和贝尔纳多特，分别痛剿敌军残部，并消灭其抵抗力；而拿破仑则率领达武、奥热罗、兰纳斯和近卫军，沿大路向柏林进发。此外，路易和莫提尔也奉命向希斯进攻。
10月27日，拿破仑以胜利者的姿态进入柏林，虽然和约的条件已经讨论并决定了，普鲁士王还是接到圣彼德堡送来的一个通告，说如果他仍与俄国保持同盟关系，那么沙皇就将亲率十四万人来援助他，所以他就拒绝批准和约。这时，普国境内的要塞，都连续向法军投降，其中包括着埃尔弗特、普林兹劳、斯潘多、斯特丁、昆士庭、马德堡和哈米仑等地。11月7日，布吕歇尔也在卢贝克投降了。所以在二十四天之内，普鲁士和萨克森的全部军事力量都已经毁灭殆尽：战死和负伤者共25,000人，被俘者为100,000人，其余的兵力也都完全瓦解。法军所获得的战利品更是多得无法计算，单单在柏林就有火炮4,000门，马20,000匹和枪100,000枝。
从战略和战术两方面来看，很少有哪次胜利具有的决定性能够与耶拿-奥尔施塔特双重会战相比拟。不过在政治方面，拿破仑却并未能达到他的目的。普鲁士的失败并未使英格兰退出战争，而也正是因为这一点，才使这两个会战在历史上具有广泛的影响。它们没有带来和平，反之在它们之后，欧洲还是连年苦战，终至民穷财尽，结果当拿破仑最后被推翻时，英国的世界霸权也从此奠定了基础。从此英国变成了全世界的工厂和银行，这也正是拿破仑所竭力阻止的事情。
如果与这个后果比较一下，那么一个绝对王权的被推翻，一亿六千万法朗巨额战争赔偿，和萨克森和魏玛被迫加入莱茵同盟，都只能算是次要的事件。拿破仑对这一点也十分明了，因为在他大获全胜之后，马上就想转过身来解决其尚未解决的难题，就是如何消耗英国人的存金和如何最后毁灭英国人的信用。
第一点，他没收了普鲁士和萨克森境内的一切英国货物。（注：在莱比锡，他没收了大量的英国衣料。所以他向每个法国军官赠送一套全新的军服，向每一名士兵赠送一件外套和一件上衣。）其次，他命令莫提尔占领汉堡和汉莎的城镇。最后于11月21日，他发布了他的《柏林敕令》，这就是他准备用来毁灭不列颠贸易的伟大计划。它共有十一条，其中前八条是最重要的，内容可以略述如下：
第一条：不列颠各岛被宣布处于封锁的状态中。
第二条：一切往不列颠各岛的旅行和通信均应禁止。
第三条：所有在我军和联军所占领的国家中，如果发现任何英国臣民，一律当作战俘收容。
第四条：所有仓库、一切商品和一切财产，无论何种性质，只要是属于英国人的，都一律加以没收。
第五条：一切买卖英国商品的商业都在禁止之列，一切属于英国的商品，或是从英国工厂中和殖民地中出来的，都一律宣布为没收的对象。
第六条：一切充公没收的财产中，应提出半数来赔偿因为商船被英国巡洋舰所捕获而受损失的商人。
第七条：自本敕令公布之后，一切直接从英国和其殖民地开来的船只，以及曾经到过该地的船只，一律不准进入欧洲的任何港口。
第八条：一切假借名义，企图违反上述规定的船只，一律加以没收，对于船只本身和所载的货物一律视同英国货来处置。
这个敕令就成为拿破仑政策的奠基石。凡是愿意接受其约束者就成为法国的友人，否则就被当做法国的敌人。英国当然立即发动反击。1807年1月7日，英国发布命令，禁止任何中立国的船只在任何两个法国港口之间或其同盟国的港口之间进行贸易。如果违反这个规定，船只和货物都一律加以没收。为了报复，1月27日，拿破仑命令没收汉莎各镇市中的英国货，连同其殖民地所生产的都在内。这样，真正的战斗就开始了。
不过俄国尚未屈服，因为亚历山大是欧洲大陆上英国信用制度的大主雇，既然拒绝接受条件，所以拿破仑决心先击毁他。
本尼格森已经率领了六万俄军，驻在华沙；而布克斯霍登还有四万多兵力，在一个月内可准备就绪。11月25日，拿破仑已经离开柏林前往波森，缪拉于11月28日进入华沙；接着在12月18日，拿破仑也到了该城。此时，两个俄国军团已经联合在一起，由哈姆斯科伊指挥。1807年2月8日，在大风雪之中，拿破仑在普鲁斯希-艾劳向他们发动攻击。结果成了一场惨烈的血战，可是法军并未获得确实的胜利，因为俄军保持着良好的秩序撤退了。拿破仑在一个激烈的会战中失手，这几乎还是第一次；4月26日，普俄两国签订了巴森斯坦条约。根据这个条约，沙皇和威廉·腓特烈应联合一致，把法国人赴出日尔曼。英国人对他们则作幕后支援，他们贴补普鲁士军费一百万磅，并派兵力20,000人到斯塔尔松德增援古斯塔夫斯四世所率领的16,000名瑞典兵。
接着，拿破仑围攻但泽城，在它投降之后，本尼格森就开始愚蠢地采取攻势了。6月10日在弗里德兰会战中他被法军击溃了。这是一个具有决定意义的胜利，因为沙皇不仅求和，并且还提议与其征服者签订一个同盟条约。6月25日，这两位皇帝在涅门河中的一个木筏上会晤，花了三个小时谈判和约条件，而威廉·腓特烈则冒着大雨在河岸上等候他们的决定。拿破仑最希望的就是恢复保罗一世时的“武装中立联盟”，其意义就是封闭波罗的海，不让英国船只进入。两天之后，法普两国也在提尔希特签订了和约，依照这个和约，普鲁士丧失了易伯河以西的领土、1793年吞并的波兰省区和1772年获得的西普鲁士南部，而柯特巴斯则割让给萨克森。但泽则变成了一个自由港。普鲁士的面积只有从前的一半，并且还要与法俄两国采取一致行动以对抗英国。这时，拿破仑似乎已经彻底胜利了。
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