但是，自强军及新建陆军对封建军事制度的变革还是很不彻底的，它刚刚脱胎于旧军，不可避免地保留有浓厚的封建残余，这主要表现在下述三个方面：
（一）向军队灌输“忠君”、“尽孝”等封建思想。“凡兵丁入伍之初，必须择忠义要旨，编辑歌诀，由将弁等分授讲解，时常考问”。如新建陆军的劝兵歌，一开始就是“谕尔兵，仔细听，为子当尽孝，为臣当尽忠，朝廷出利借国债，不惜重饷来募兵，一年吃穿百十两，六品官俸一般同，如再不为国出力，天地鬼神必不容”。军队思想教育的实质就是要把士兵驯服成为清廷效忠卖命的工具和奴才。袁世凯还在各营房供设他的“长生禄位”，每天强令士兵叩头行礼，造就一种“袁大人是我们的衣食父母，我们要为袁大人卖命”的气氛，以使官兵“只知有袁宫保，不知有大清朝”，便于他的驾驭控制。
（二）严厉控制士兵。自强军、新建陆军都制订了一套森严的军纪军法，涉及到训练、行军、宿营各个方面，对“结盟立会”造谣惑众”和“遇差逃亡，临阵诈病”者都要问斩，逃兵一月无下落就要追究家属，士兵入伍时都要亲邻甘具保结。正像袁世凯曾自己夸口说过的那样，“练兵的事情，看起来似乎很复杂，其实也很简单，主要的是要练成绝对服从命令，我们一千拿着官和钱，一手拿着刀，服从就有官有钱，不从就吃刀”。袁世凯就是靠他这正反两手维持着对新军的控制。
（三）上下级间的封建私属关系。不论自强军还是新建陆军，军队的创建者都和他的军官保持着一种封建性的私属关系，这不仅在于军队创建者控制了军队各级官吏的命运，并且就是在创建者本人调离后，仍能遥控该军，并对它发生影响和作用。自强军奉旨调往山东，远在湖北的张之洞尽管早已离开该军，却仍要过问其事。这种封建性的私属关系，在新建陆军中，表现更为突出。袁世凯通过金钱收买，拜义父，拜老师，拜把兄弟，结儿女亲家，封官许愿，安插亲信等种种手法，培植自己的军官队伍，造成兵为将有、上下级依附关系浓厚的封建私属性质。
以上三个方面的封建残余，有的是军事改革不彻底的问题，有的则是同社会的封建性质相关联，因此不能单纯从军队的角度来分析论证，而更应从整个社会为背景来探讨分析。
自强军、新建陆军等新式陆军的创建，无疑首先是为了维持摇摇欲坠的清王朝统治的需要，跨入近代军队行列之新式陆军也确以一种新的姿态，为清王朝的苟延残喘起到了作用。在清政府的最后10余年中，新式陆军镇压了义和团起义，革命党人的起义，充当了清政府反革命的忠实工具。但是，10余年后，清王朝精心培育的新军倒戈相向，发动了武昌起义，导致了清王朝的最终覆灭。清王朝“以兵兴者，终以兵败”！
