白藻泰没有亲自前去递交战书，而是委托了一个传教士去执行这个任务。战书辗转周折，又经翻译，到何璟手中，已过11时（午刻）了。何璟开始误解战书内容，直到下午1时以后（未刻），方才急电船政局和长门炮台准备。这样就延误了战前的宝贵时间。孤拔不向近在咫尺的张佩纶宣战，而故意把战书递交福州的何璟是利用传递消耗时间的权谋。所以，所谓提前四小时“宣战”，实际上同不宣而战差不多。加上中国官员的昏庸，孤拔果然如愿以偿。
清政府对于法国要在福州挑起战争的判断存在严重失误，对于布置战备更是麻木不仁。福州前敌指挥官的处置，也有重大失误。8月19日，法国代办谢满禄照会宣称，必须在两天里赔偿8000万法郎，否则下旗出京，由孤拔自取补偿。同时清政府又听说孤拔军舰要出闽江，于是急忙电令何璟等人勿任法舰出口。21日，谢满禄下旗出京，朝廷仍未意识到国家已到战争边缘，甚至以为这是法国人示弱的一种表示。张佩纶再次电求拨船四五只，四天内速到。指出惟此才可阻法开战。如此紧迫的军情，军机处仍拖至23日才向南北洋转寄派援的电旨。法使出京后，英国领事向福州当局提供了开战在即的情报。22日，洋教习迈达路经马尾，魏瀚前去拜访时，又证实了中法外交决裂的消息。这天晚间，就在孤拔召集军事会议的时候，何璟向张佩纶拍电，通报说，根据传闻，法国人可能明天趁潮进攻马尾。张佩纶回电严备以待，但以交战照会未至，仍然迟疑不决。23日清晨，英国领事再次向福州当局透露：“三日内法必开战，其意先将船厂轰，再行渡台”。马尾方面仍然一片平静。船政局照常开工，舰队也没有接到备战指令。届近中午时，何如璋对法国人的备战举动越来越感到不安。他命魏瀚再找英国领事探听消息。英国领事此时已往闽江下游的军舰上等待观战了。魏瀚居然弄来一条鱼雷艇前去寻访。
孤拔发现一艘中国鱼雷艇从上游开来，以为中国人开始进攻，立即命令把第一信号旗升至桅顶，45、46号鱼雷艇立即出动攻击。按预定计划，其他法舰要待鱼雷艇实施突击后才开火，可是“野猫”号上的机关炮却“哒哒哒”的扫射起来。孤拔恐怕中国军舰回击，便下令降下第一信号旗。顿时，震耳欲聋的炮声响彻江面。中法马江之战提前开始了。此时是下午1时56分。 “扬武”舰实习军官，留美学生容尚谦首先发现“窝尔达”号桅杆上信号旗降落下来。他立即报告管带张成。可张成以为是法舰上有军官病死，下半旗致哀呢。正议论间，炮弹便如雨而至。这时另一位留美学生杨兆楠立即施放后主炮，第一炮便击中“窝尔达”舰桥，当场炸毙引水员汤姆斯和五个水手，孤拔仅以身免。同时木匠周宝用铁锤击断铁链，张成急令开船。然而为时已晚，46号鱼雷舰向“扬武”舯部发射了一颗鱼雷。只听“轰”的一声巨响。鱼雷命中了。“扬武”仍挣扎着开动，驶向岸边搁浅。46号鱼雷艇企图退出战场，但“扬武”的后主炮击中了它的锅炉。受了重伤的鱼雷艇歪歪斜斜地向下游驶去，躲进中立国观战军舰行列。战斗中，留美学生邝咏钟，薛有福、黄季良、杨兆楠牺牲，张成则在混乱中跳水逃生，为江水冲至上歧君竹乡江边遇救。
45号鱼雷艇的攻击目标是“福星”。它的鱼雷没有命中。“福星”在管带陈英的指挥下，同鱼雷艇接舷作战。陈英，字贻惠，福州人，船政学堂毕业生。他人极瘦弱，但心雄万夫，指挥水兵们用步枪和手榴弹冰雹般地向法舰打去。一颗子弹击中艇长拉都的眼睛。鱼雷艇狼狈不堪地逃跑，驶到美国军舰“企业”号的附近。
这时，陈英的侍从向他喊道：“‘伏波’、‘艺新’正向上游开驶，我们怎么办？”
陈英眦目大喝：“要我逃走？大丈夫食君之禄，宜在死报！今日之事，有进无退！”
全舰官兵，声诺雷动。于是鼓轮前进，向敌攻击。
“窝尔达”号副舰长拉北列尔负责指挥小汽艇载水雷袭击中国军舰。他看到45号鱼雷艇未能得逞，便跳上“淮特”号（“窝尔达”号的舰载汽艇），向“福星”的螺旋桨部位发射鱼雷。“福星”被击中了，陈英中弹牺牲。三副王涟继续指挥开炮。军舰最后在熊熊大火中沉没。
又是一阵炮声从远处传来。孤拔喜出望外地喊道：“是‘利士比’或是‘凯旋’号！”果然是法舰“凯旋”号。这是一艘4127吨的装甲巡洋舰，原来泊在马祖。早晨10时，它驶入闽江，顺利地穿过沿江各炮台，进入战场增援。孤拔见状，立即命令“窝尔达”向“扬武”冲击。“扬武”船身的四分之三都着了火，就在即将沉没的一霎，一面中国龙旗升上了它的桅顶。炮手向法舰送来最后一炮，以致法国军官也称赞它“表现出勇敢和英雄的优美榜样”。 “凯旋”炮击“振威”，“振威”虽受重伤，但在管带许寿山的指挥下，向“德斯丹”冲去，准备同归于尽。许寿山，字玉珊，福建闽县人，船政学堂第一届驾驶班毕业生。他平时以豪杰自命，也好交结天下豪杰。喜山水、善书法、能吟诗，有儒将风度。此时冒着枪林弹雨，毫不畏惧。一位外国目击者写道：“这位管驾具有独特的英雄气概。其高贵的抗战自在人的意料中。他留着一尊实弹的炮等待最后一着。当他那被打得百孔千疮的船身最后颠斜下沉时，他仍拉开引绳，从不幸的‘振威’发出嘶嘶而鸣、仇恨如海的炮弹……重创了敌舰长和两名士兵……这一件事在世界最古老的海军记录上均无先例。”
“飞云”由广东水师参将高腾云驾驶。高腾云行伍出身，人瘦弱，不善言辞。战斗中，手发巨炮，与三敌舰周旋。后被弹片炸断腿，又被炮弹炸入水中而殁，死事最为惨烈。 “福胜”、“建胜”两艇抵抗时间最长。在炮艇统带吕翰的指挥下，叶琛、林森林两位管带奋不顾身地向敌舰进攻。吕翰，字赓堂，广东鹤山人，也是船政学堂毕业生。当法舰驶入闽江后，他写下“翰受国恩，见危授命，决不苟免！”的遗书，并把老母妻儿送回老家，已作一死的决心。此时他短衣仗剑，督战发炮。额部被流弹打伤，血流满面，仍裹伤再战。有凫水逃生者，挥剑砍之。两艇直至2时32分之后，才被击沉。其中一艘被敌人240毫米大炮的榴弹击中，后部猛地沉入水中，船头高高树起，龙骨几乎与水面垂直。摇晃了数秒钟后，才向右舷倒下，被江水吞没。 双方军舰的炮战持续了40余分钟。中国军舰除“艺新”、“伏波”两舰负伤后向上游逃脱外，其余九艘全被击沉击毁。另有一批旧式师船被击沉。共牺牲海陆官兵700余人。包括舰长6名，其他海军军官58名，新式军舰及旧式师船士兵695人。法军方面，死6人，伤27人，一舰未沉。
接着，法舰又与陆地炮台对射。4时55分，孤拔下令军舰退至炮台火力圈之外抛锚。 江面上漂浮着木板、篷帆和尸体，高高低低地露出沉没军舰的桅杆和部分上层建筑。江水被鲜血染成红色。入夜，罗星塔附近江上渔火点点，哭唤连绵。乡民们驾船打捞死难者的遗骸。位于战场下游的洋屿乡共捞起500余具尸首。其中尸体完整的仅132具，陈放在庙中，招亲属认领。这些全尸首，多是落水后为法国人用竹竿猛击淹死的。马江之战牺牲者的遗赅后来被葬于马尾山麓，并建立了昭忠祠。
当闽江上传来第一阵舰炮的轰鸣时，张佩纶刚刚拿到译毕的何璟电报。张佩纶立即带人登上中歧山观战。江面上枪林弹雨，浓烟烈焰，水柱冲天，血肉横飞。他目睹着一艘又一艘中国军舰沉没江底，心如火焚，万念俱灰，却拿不出一点办法。开战必败，这样的心理准备是早已有了的，却没想到败得这样快，这样惨。数月之前，京师之中，议论海防边务，那是何等痛快，何等气派。及至今日，方才体验到身败名裂，罪无可绾的绝望心情。天黑之后，张佩纶向朝廷发出了第一份马江战败的电报，自请处分。然后退居山后彭田村居住。后来人们出于对他及何璟、何如璋、张兆栋在战争中指挥失误的激愤，作词讽刺为“两个是傅粉何郎，两个是画眉张敞”，语句自然十分刻薄了。
何如璋也是第一次经历战阵。当法国舰炮的轰击停止后，他仓惶地换上便衣，坐上竹舆，带着80余名勇丁，匆匆离开船政衙门，当晚宿在距马尾十余里的快安乡施氏祠堂。何氏一行引起农民的好奇，竟相前来观看落难的船政大臣。第二天，他又派人回局，取出库存的36000余两白银，押着前往省城。
24日，孤拔打算派陆战队员占领船政局，但临时改变了主意。因为局中有守军千余人，又有传说中国人早在船厂埋下大量地雷，于是决定用大炮摧毁这座由法国人帮助兴建的造船企业。由于吃水关系，他派吨位较小的“野猫”、“德斯丹”和“蝮蛇”号去执行。从上午开始，法国的炮弹雨点般落在车站、仓库和船台上，工厂熊熊燃烧，发出五次剧烈的爆炸声。据战后调查，除了船政局内新设立的炮台被破坏外，“砖砌之厂，以合拢厂、画楼为最，水缸厂次之，炮厂、轮机厂又次之，铸铁厂为最轻。架木之厂，以拉铁厂为最，广储所、砖灰厂次之，船亭、栈房又次之，模厂为最轻。船槽陡出江干，受炮最烈。新制第五号铁胁船身将要下水，被敌炮击穿90余孔。至学堂匠房等处，虽受炮较轻，而器具书籍亦有残缺”。其余法舰则在罗星塔附近江面，搜索中国火攻船。停泊在闽江口处的法舰“拉加利桑尼亚”号企图闯入闽江，策应孤拔舰队，被金牌炮台守军击退。夜幕降临后，法舰泊在原先的锚地。次日凌晨4时，又有两艘中国水雷艇悄悄地向法舰驶去，可惜被法国人发现后迅速击沉了。 25日早晨，“杜居士路因”和“凯旋”号上的陆战队员登上罗星塔炮台，拆去3门克虏伯大炮作为战利品。11时，孤拔下令舰队启航，冲出闽江口。他换乘“杜居士路因”号。航行序列为：“凯旋”、“杜居士路因”、“费勒斯”、“德斯丹”、“窝尔达”、“野猫”、“蝮蛇”、“益士弼”。打头的两舰各拖带1艘鱼雷艇。
27日下午3时，舰队在金牌水道上游，与“雷诺堡”和“梭尼”号会合，协同进攻金牌、长门炮台。金牌、长门炮台的岸炮因射向固定朝外，不能向内射击，守军便以轻炮封锁航道，阻拦法舰。“杜居士路因”和“蝮蛇”号被击伤。28日清晨4时30分，法国舰队猛烈炮击两岸炮台，两军继续作战。这天，金牌炮台被法国舰队摧毁。
29日，法国舰队驶出闽江口，同利士比所乘的“拉加利桑尼亚”号会合，共同驶向台湾。这天，法国“东京”、“中国”两个分舰队正式合并，组成远东舰队，孤拔任总司令。 探索马江之败的原因，可以找出许多经验教训。
从直接原因来说，这是朝廷犹豫于和战两端，不敢向法国侵略者决战的妥协心理造成的。按当时国际惯例，外国军舰驶入别国口岸，数量不得超过2艘，时间不得超过2周。清政府在中法已经交战的情况下，居然允许敌国舰队深入本国军事要地40余日，不能不说是中外战争史上的奇闻。美国历史学家马士认为，孤拔的来临使得清廷束手无策。这并不完全是他们的实力薄弱，而是因为在处理有关国际法的问题上，他们不知如何去做，诸如怎样叫孤拔退出港外。这就使船政局和所属军舰直接处在法国大炮的威胁之下。中国人又信守“不先发第一炮”的战争伦理，等待着“衅自彼开”，等于自己把脖子伸进绞索后，还在幻想等到刽子手收紧绳子的时候一脚踹死他。
聪明的战略家指出，战争具有四重性，即外交、经济、心理，最后一招才是军事。在第一颗子弹发射之前，军事战役的胜负往往已经决定了。有人把前三轮的较量称作为“寂静战场”的格斗。马江之战从某种程度上证实了这一点。外交与经济的较量，清政府敌不过法国，在心理方面，也是如此。心理上的优势，并不仅仅是道德正义论所决定的。它还依赖于经济和国防的实力后盾。近代中国，震慑于洋枪洋炮威胁而产生的民族虚无主义和迷信精神万能、妄自尊大的顽固派是屡见不鲜的。能够冷静地分析敌我双方力量，审时度势，制定正确战略的人物却是凤毛麟角。这使当道者的心理总是无法达到平衡。因此，在每次民族危机来临时，无法做出正确的抉择，在左右摇摆和彷徨中贻误了战机。
当然，军事角逐对于战争胜负仍然具有十分重要的作用。战争是政治的继续，但政治判断不等于军事指挥。农业民族的特点是重文轻武，军人地位很低。随着近代战争科学化、工业化程度的提高，军事指挥越来越具有浓厚的专业色彩。清政府没有认识到这种趋势，在引进军事装备的同时，没有着意进行军事家的培养，仍然依靠文官典兵。当时的高级军官，基本上是从镇压太平天国起家的，缺乏近代战争的基本训练。而新近毕业的船政学堂学生，地位尚低，得不到重视。这种做法，用于反对列强侵略的近代战争，显得极不适应。张佩纶是个突出的例子。不少人认为他纸上谈兵，书生误国。其实，做为一个言官，一个智囊，一个政治战略家，他是出色的。但他不是军事战略家，更不是战术家。当战争进入直接的武力对抗时，他只能在中歧山上顿足长吁。没有总参谋部，没有合格的战区指挥官，远至枢廷，近至前线，仅靠一伙文官来控制战争，怎会不失败呢？这个教训，清廷一直没有记取。十年之后的甲午战争，日本大本营中已拥有一批懂政治、懂军事的指挥人才，清政府依赖的仍是这批文官和行伍。
在讨论了各种原因后必须指出，当时军队的基本素质较差，是导致战争失败的重要原因。在近代抵御侵略的民族战争史上，除了运用人海战术取得个别战役的胜利外，在绝大多数角逐中，无论是旧式八旗、绿营、防军，还是用外国最新装备武装起来的海军，基本没有取得过成功。马江之战揭开了中国近代海战的第一幕，从这天起，到清王朝覆灭止，两支中国舰队遭到全军覆灭的厄运，竟从未击沉过一艘敌舰。这仅仅归罪于政治腐败和装备落后是不够的。清朝军队中，虽然不乏为国捐躯的烈士，但是，作为一支军队，它在整体上缺乏敢于牺牲、敢于胜利的集体英雄主义气概，缺乏主动寻求战机、力求全歼敌人的军人勇气，缺乏高超的军事指挥艺术和娴熟的作战技能。结果只能是屡战屡败，望风披靡。
海防大筹议
《北京专条》签订后的第六天，恭亲王以总理衙门的名义向皇帝提出了一份重要的奏疏，指出台湾事件明知日本理曲，苦于我之备虚。溯自庚申（1860年）之衅，创巨痛深。当时姑事羁縻，本需亟图振作，然而迄今并无自强之实。本衙门提出的练兵、裕饷、习机器、制轮船等建议，有的被阻格，未能实行；有的实行了没法坚持。同心少，异议多，局中委屈，局外未能深知，以致敌情猝至，仓惶无备。现在日本寻衅，以一小国之不驯，防御已苦无策，西洋各国观变而动，就更没法弭救了。
在这个奏折里，恭亲王等提出练兵、简器、造船、筹饷、用人、持久六条紧要应办事宜，请求饬下南北洋大臣、滨江沿海各督抚、将军逐条详细筹议，于一月内奏复，再由在廷王大臣详细谋议。经皇帝批准，这个文件由军机大臣密寄各地封疆大吏，由此引发了关于海防建设的著名大讨论。
当怀揣军机大臣字寄上谕的信使正在初冬的寒风中策马疾驰时，朝廷收到了广东巡抚张兆栋转呈在籍守制养病的前江苏巡抚丁日昌所拟《海洋水师章程》。早在1867年，丁日昌担任江苏布政使时，便考虑改革水师旧制。他分析说，鸦片战争证明中国水师不能御敌，沿海炮台也呆无所用。建议制造中等炮艇，分别由北洋提督、中洋提督、南洋提督统帅。北洋提督驻大沽，下属直隶、盛京、山东各海口；中洋提督驻吴淞口，下属江苏、浙江各海口；南洋提督驻厦门，下属福建、广东各海口。无事出洋梭巡，习劳苦、娴港汊、捕海盗；有事则一路为正兵，两路为奇兵，飞驰援应。那是最早提出的三洋水师构想。这次丁日昌所建言的，是他1868年在江苏巡抚任上，因与两江总督曾国藩在如何创建江苏内外洋艇船部队出现意见分歧，而撰写的海军发展构想。其要点包括六条建议：一、外海水师，专用大兵轮及招募驾驶之人；二、沿海择要修筑炮台；三、选练陆兵；四、沿海地方官精择仁廉干练之员；五、北东南三洋联为一气；六、精设机器局。其中关于三洋水师，改为北洋以山东益直隶建阃天津，东洋以浙江益江苏建阃吴淞，南洋以广东益福建阃南澳。每洋各设大兵轮船和炮艇。三洋提督，半年会哨一次，无事则以运漕，有事则以捕盗。丁日昌这些建议，对于未来海军的蓝图设想得十分具体。总理衙门提出，把丁日昌所拟《海洋水师章程》转交沿江沿海各大臣及在廷王大臣，一并归入海防建设讨论。 12月6日，大学士文祥上奏，进一步强调了加强海防的问题。文祥是满洲正红旗人，字博川，号文山，1845年取中进士，1859年入值军机处。从1862年起到1876年去世，他一直在军机处和总理衙门排名第二，是恭亲王的密友，中央洋务集团的重要首脑。文祥提出：
目前所难缓者，惟防日本为尤亟。以时局论之，日本与闽浙一苇可航。倭人习惯食言，此番退兵，即无中变，不能保其必无后患。尤可虑者，彼国近年改变旧制，大失人心，叛藩乱民一旦崩溃，则我沿海各口岌岌堪虞。明季之倭患，可鉴前车，……夫日本东洋一小国耳，新习西洋兵法，仅购铁甲船二只，竟敢藉端发难；而沈葆桢及沿海疆臣等佥以铁甲船尚未购妥，不便与之决裂，是此次之迁就了事，实以制备未齐之敌。若再因循泄沓，而不亟求整顿，一旦变生，更形棘手。
文祥透过日本侵台事件已经看到，日本将成为中华民族最危险的敌人。后来其他洋务政治家也相继指出：“泰西虽强，尚在七万里以外，日本则近在户闼，伺我虚实，诚为中国永远大患……是铁甲船水炮台等项诚不可不赶紧筹备。”“日本倾国之力购造数号铁甲船，技痒欲试，即使日本能受羁縻，而二三年内不南犯台湾，必将北图高丽。我若不亟谋自强，将一波未平一波又起。……《诗》云：‘未雨绸缪’，何况既阴既雨乎？”“日本狡焉思逞，更甚于西洋诸国，今之所以谋创水师不遗余力者，大半为制驭日本起见。”由此奠定了中国近代海军的战略使命和主要假设敌。但文祥对于明治维新的深远意义没有认识清楚，以为大失民心，将酿成事变。在这种历史转变关头，中国政治家的错误判断，正是中日两国在现代化道路上拉开距离的重要原因之一。 可是文祥毕竟是同光年间中国最有远见的智者。1860年他随恭亲王与英法联军议和，亲身感受家国沦丧、火烧圆明园的切肤之痛，恐怕要超过看准洋枪洋炮厉害，索性借洋兵来打太平军的李鸿章。李鸿章在给湖广总督李瀚章的家信中袒露：“文相为倭事气愤不过，发此正论，但恐有唱无和，言易行难。……此间正拟构思，尚不知何处说起。尊处虽居上游，遇此大议论，不免随众涂抹。幕僚中有可商榷属稿者否？弟自凌筱南南旋后，洋务笺奏皆自起稿，苦涩殊甚。”信中所提到的凌筱南，是李鸿章乡试同年，1862年即入李鸿章幕府。李鸿章曾称他久历艰险，赞画戎机，于筹议通商事务尤思精虑密，力持大体，“于洋务公牍实能曲折赴题”，但毕竟还是旧式文人，对于19世纪的世界变局缺乏真正的了解。李鸿章处尚且如此，其他督抚在讨论中就更难以置喙，反映出整个中国官场在走向现代化的历史转型初期，从观念到人才都缺乏准备。 李鸿章还告诉其兄：“海防自强复疏，文相又专函催嘱畅所欲言。若弟不畅所欲言，各督抚未必尽知，未必敢说。连日百忙中采择各营局洞悉军情洋法者议论，又历年来所阅历蕴蓄，逐条详答，推阐出许多新意，或日做一条，或数日一条，兹拟就六条草稿，尚须改定，先抄寄秘览。将来王大臣会议，即不能尽行，存吾此言，以俟后世。不一一做到，洋务断不能振作，自强断无实际也。兄未经办洋务，有许多话可说不到，复疏或不必分条详对（于正折内条对似可藏拙），或分条撮要言之，幸勿过于雷同耳。”如此严肃的海防讨论背后，忽然读到李氏兄弟这番坦率体己的私房话，我们不难体会到，古往今来，庙堂上许多重大的历史决策，在幕后就是这样讨论的。
经过各自不同的准备，督抚们对于海防建设，开始发表意见了。李鸿章、文彬、杨昌濬、王凯泰、刘坤一、沈葆桢主张三洋水师之议，唯地域所分略有不同；李瀚章、李鹤年主张于南北洋分设外海水师；王文韶称简任重臣督办海防，驻节天津，慎选熟悉海洋之提镇作分统，分布沿海；左宗棠则明确反对，认为海防一水可通，若划三洋，畛域攸分，彼此势均力敌，意见难同，督抚亦成虚设。关于铁甲舰，除了丁宝桢明确宣布山东暂时不购，李宗羲表示要慎重，需酌定停泊所，试验是否适用外，各地疆臣都支持购买。此外，对于总理衙门和丁日昌提出的其他问题，督抚们也各抒己见，虽互有出入，但至少在表面上大同小异，都表示出对洋务活动中各项求强事业的支持。 李鸿章是绝顶聪明的人物，他对海防大筹议并不抱乐观的态度。讨论初起时，他就透露出对时局的忧虑：“近日热闹，万寿排日筵宴，恬嬉歌舞，皆幸倭事速了，意乃不以为耻辱。窃料奏议即多，仍是空话。农部及外省一毛不拔，必亦一事无成也。闻恭邸模棱缄默，畏祸实甚宝鋆、沈桂芬，自邸以下，更无建白。升除多出特简，如新补豫臬（河南按察使）兴奎，由宦者荐引；周寿昌名字吉祥，擢署户左（户部左侍郎）；张家骧值南斋，不知所由推之。西林（英翰）督粤、寿山（裕禄）抚皖，似皆意外。仲仙（吴棠，时任四川总督）退志已决，雨亭（李宗羲，时任两江总督）必不耐久，替人亦不知谁何？不得人则江海固不必防，防亦虚文，何用？”此处万寿，是指慈禧太后虚岁40的生日。恭邸模棱、缄默、畏祸，是指恭王在刚刚结束的关于是否重修圆明园的争议中，率全班军机抗旨，迫使同治帝收回成命之后，不欲在反击日本侵台事件上再持激烈态度，破坏普天同庆太后生日的热烈气氛。我们以往注意到恭亲王谏阻重修圆明园时的执着坚毅，却忽略了他在处理台湾问题上的踌躇。李鸿章表面上也力主对日议和，私下则认为如此草草求和，是不知羞耻，并对朝政的腐败提出尖锐的批评，更展示了他对官场的透彻观察。这年他本人51岁。但到十年、二十年以后，恰逢中法、中日两战，他也开始考虑战争与太后祝寿的关系，并力图以屈辱求和的方式来回避战争。那时，他是更圆熟了，还是更胆小了呢？ 然而李鸿章的奏折还是所有参与讨论的督抚中最有切实之言的。他强调“洋人论势不论理，彼以兵势相压，我第欲以笔舌胜之，此必不得之数也”。“‘穷则变，变则通’，盖不变通，则战守皆不足恃，而和亦不可久也。”他同意丁日昌提出的三洋各设大兵轮船6艘，炮艇10艘的建议，更提出三洋各配置2艘铁甲艘，合计装备6艘铁甲舰的构想。在讨论到人才培养问题上，他指出传统的文武进身之途，考章句弓马，太蹈虚饰，不是培养人才之道，若不破此故习，天下危局，终不可支。建议“另开洋务进取一格，以资造就”。
这年年底（同治十三年十二月初五日，即1875年1月12日），20岁的同治皇帝驾崩，懿旨立醇亲王之子载湉入继大统，年号“光绪”。此前三天，朝廷宣布武英殿大学士、直隶总督李鸿章接替10月17日去世的瑞麟，荣膺文华殿大学士，体仁阁大学士文祥改任武英殿大学士。清代不设丞相，以大学士为内阁首领。授大学士是极高的荣誉，习称“拜相”，又以文华殿大学士为首辅。据说是文祥自谓功业不如李鸿章而相让。李鸿章、文祥等人的这次职务安排在此非常时期匆匆作出，其中必有深意，涉及到同治去世之后最高政局的发展脉络，但对海防事业的发展也有推动作用。15日，两宫皇太后再次宣布“垂帘听政”。同治皇帝在世的时候，对政事就不太留心。亲政两年余，大事仍由太后作主，日常朝政靠恭亲王和军机处处理，所以龙驭宾天后，各项政务仍然井井有条地执行着。太后垂帘后，即宣布停止园囿工程，褫革怂恿同治帝重修圆明园的内务府大臣贵宝、文锡和引导同治微服冶游的御史王庆祺，发遣遇事招摇、营私舞弊的7个太监，使得军机大臣大受鼓舞，李鸿章进京时发现，恭王、文祥、宝鋆、沈桂芬、李鸿藻“奋兴之象，不似春间楚囚相对情景”。恭王还告诉李鸿章，海防讨论各折，数他和沈葆桢写得最好。2月22日明发上谕，将总理衙门筹办海防事宜、丁日昌条陈、李鸿章、左宗棠及其他各大臣复奏中引申讨论各节，发给在京亲郡王、大学士、六部九卿悉心妥议，限一月内复奏。
24日，李鸿章上“代奏丁日昌议复海防六条折”。他报告说，在上年的海防大筹议中，他想到丁日昌随办洋务多年，熟悉机宜，究心时事，曾密抄总理衙门原奏六条，嘱其筹议切实办法，以为集思广益之助。1月20日，丁日昌从广东揭阳老家寄来了逐条议复的折稿，现在转呈朝廷。在这份约六千言的文件中，丁日昌进一步发挥其在《海洋水师章程》中阐述的思路。关于练兵，他认为中国四边，东北为最要，东南、西北为次要，西南又次之。当分别缓急，选练重兵，以息敌人觊觎之心。他强调沿海水师应当全洋统筹兼顾，化散为整，不可稍分畛域。他说：“今日驭远之法，内则力图整顿，不可徒托空言，外则虚与委蛇，不可稍涉虚骄”，力保目前和平环境，以待水陆各军练成。关于造船，他详细介绍各国铁甲舰的情况，认为中国洋面辽延袤阔，目前至少须有10艘铁甲舰，将来能够制造，至少须30艘，方敷防守海口及游历五大洲，保护中国商人之用。目前各项船械，购买贱于自造，但如果不能制造，则“终受人把持，终无自强之日”。主张在购买的同时，派人到国外船厂，学习制造技术。关于筹饷，他认为中国地大物博，为五大洲第一繁盛之区，提出建立纺织工业，开发矿产，开发台湾，设立银行，发展交通，设立电报，彻底禁烟。力主打破保守者的阻挠，所谈思路，已从海防扩展至国家经济发展的大战略。李鸿章称之“与拙作一鼻孔出气”。有的观点更是他“意中所欲言，而未敢尽情吐露者”。
4月1日前后，在京王大臣、大学士、六部九卿关于海防筹议的复奏拟就了，醇亲王奕譞单衔独上一奏，其余官员由礼亲王世铎领衔，上一合奏。这几天，相关官员络绎不绝地前往内阁奏事堂会看复奏稿。时任内阁学士的翁同龢记录说，昨天曾拟一稿，军机大臣李鸿藻认为不妥，又易新稿，其实仍是空言。他在讨论时说，借洋款一节，似未可行，当时颇有附和者，醇亲王也以为然，就将借洋款归为“不可行”。其余内容皆不疼不痒，光说海防宜早布置，具体如何筹饷则毫无措置。他在奏稿上签名而出，心中以为“真是儿戏”。 3日，两份复奏递上。醇亲王此时正被儿子立为皇帝而诚惶诚恐，奏疏写得空泛而不着边际。如说购买铁甲舰，“固不可轻于一试，尤不可因噎废食”，用词圆滑，看不出主见。礼亲王等人的复奏同意添设轮船，辅以陆兵，裁撤旧式木船以专养轮船，铁甲船应俟沈葆桢购到后观其实效，再行续买。筹饷项下，一如翁同龢所说，“增盐厘、借洋款、开矿厂等事，深恐流弊易滋，诸多窒碍，此议之不可行者”。虽然京官们远没有像封疆大吏们那样认真地参与讨论，不以为然者多数也只是在自己的心里表示了不以为然，但有两位不太重要的京官－－通政使于凌辰和大理寺少卿王家璧觉得是可忍孰不可忍，分别上奏表示反对。 于凌辰攻击说：“古圣先贤所谓用夏变夷者，李鸿章、丁日昌直欲不用夷变夏不止！”他认为李、丁讲求洋学是败坏风气。其推论是：制洋器、造洋船，就不能不学洋学。学洋学就不能不以是否精通洋学作为人才的取用标准。但师事洋人，不是可耻吗？大家都学洋学，天下就会将礼义廉耻看作无用，那么谁来与国家共缓急呢？他的主张是：“但修我陆战之备，不必争利海中也。”“但固我士卒之心，结以忠义，不必洋人机巧也。”“复不可购买洋器洋船，为敌人所饵取。又不可仿照制造，暗销我中国有数之帑项掷之汪洋也。” 王家璧则上一折五片，抨击丁日昌“矫饬倾险，心术不正，实为小人之尤”，是“丁鬼奴”。他认为铁甲舰及其他各种军舰水雷，不但毋庸购买，亦不必开厂制造，更不宜借洋款购办。“但就我所能办之炮台、轮船、洋枪、洋炮，参以我所常用之艇船、舳板、快蟹、长龙等船，劈山炮、子母炮、线枪、火弹、火箭、刀矛弓矢及易得之铜铁各炮，练习不懈，训以忠义，水陆兵勇互相援应，即足以固江海之防矣。” 恪守传统观念的士大夫，有时固执和迂阔得不能理喻。李鸿章怀疑于、王复奏，背后主谋附和者，不止二人，目的是阻止丁日昌出任两江总督。“书生无识，可为悲叹！”就观点而论，于凌辰、王家璧的煌煌高论，只是道咸同光四朝如何对待西方文明的无数场辩论中颟顸庸迂一群的代表而已。
1875年5月30日，恭亲王等上奏，对海防筹议进行总结并将总理衙门原奏六条，参酌诸议，提出办理意见。关于练兵，由于限于财力，请先就北洋创设水师一军，俟力渐充，就一化三，择要分布。旧有舢板、红单等师船，倘实不堪用，即行裁撤。关于简器、造船、新立外海水师应用枪炮、水炮台、水雷，应随宜购办。并派员赴各国学习制造诸艺。铁甲船拟先购一二只试用，果有实效，再行购买。恭亲王等还提出，对于凌辰、王家璧的各项批评，均应无庸置议。
同日又发布了上谕，著派李鸿章督办北洋海防事宜，派沈葆桢督办南洋海防事宜，所有分洋、分任练军、设局及招致海岛华人诸议，统归该大臣等择要筹办 李鸿章对于海防筹议的结果不甚满意。他表示他本人“甘为众矢之的，无所疑惧，即有于、王等十辈，亦不敢竟避其锋！惟此次总署为群议所持，复陈数条，大都模棱敷衍，而又必强我辈以万做不到万办不好之事，只有挺身而出，不欲强拉旁人”。上谕颁布后的第3天，他给丁日昌写信，说“海防一节，虽奉简派，徒拥虚名，恐鲜实济。第一是无财，次则无人，又无激励之法。衰暮负此重寄，瞬见颠蹶，如何可支？”一针见血地提出了资金、人才和激励机制问题。事实上，古往今来，要办成任何事业，所面对的，都是这三个条件。
李鸿章与清流的微妙关系
从同治年起到光绪十年初，朝廷一线工作一直由恭王主持。他在军机处的主要班底人马，为文祥、宝鋆、沈桂芬、李鸿藻等。
沈桂芬，字经笙，江苏吴江人，官至兵部尚书，协办大学士。沈桂芬干练有识，又以”洋务长才“自认，熟悉外国事务，甚得恭王倚信，也同宝鋆关系密切。文祥去世后，他成为恭王在军机处的主要助手。1878年，沈桂芬又援引湖南巡 抚王文韶入军机，他同他的追随者，被人称为”南党“。沈桂芬在外交事务中，遇事持重，以保和局。崇厚出使俄国谈判归还伊犁，即为沈桂芬推荐，因此后来颇受诟病，郁愤致疾，于光绪六年的除夕（1881年1月29日）去世。
李鸿藻，字寄云，号兰孙，直隶高阳人，工部尚书，曾当过同治帝的师傅，思想正统，是著名的理学家。沈桂芬病假后，他在枢廷秉笔，李鸿章顿感”洋务甚为隔膜“。他与依附追随他的一批言官和文学侍从，被称作”北党“。他们继承了历史上儒家知识分子关心政治，抨击时弊的传统，以刚直不阿、主持清议为己任，面对吏治腐败，敢于上疏言事，评议朝政，纠弹大臣，指斥贪官。在短短几年里，连续劾下工部尚书贺寿慈、吏部尚书万青藜、户部尚书董恂等一批高官，还敢于为庚辰午门案的护军张目，逼使慈禧太后更改主张，从而煊赫一时，满朝侧目，人们称之为”清流党“。在沈桂芬去世之后，清流基本控制朝议，成为一股重要的政治力量。在1884年中法战争爆发前，清流的代表人物是张之洞、张佩纶、陈宝琛、黄体芳、邓承修、宝廷等，他们又被称作”前清流“。南党人士，在光绪帝师傅、户部尚书翁同龢进入军机后，奉翁为领袖，被称作”后清流“。翁同龢，字叔平，江苏常熟人。当时在政治上亦属保守正统，走的却是醇王奕譞的路线。
前清流抨击的对象，是那些直接主持政务、贪赃受贿、昏庸无能的大官僚。他们认为李鸿藻在军机处发言不受重视，因此频频施加压力。在对外事务上，他们一直是强硬的鹰派，凡稍谈对外妥协，一律斥为汉奸大佞，口诛笔伐，不遗余力。比如他们就公开批评沈桂芬、王文韶的外交是”背恭亲王、文祥卧薪尝胆之初心，但求苟且无事“。尽管他们对于战争的了解完全来自书本、传闻和想象，对于军事力量、武器装备的对比全不知情，对于枪林弹雨、血腥污秽的沙场完全隔膜，却以为自己握灵蛇之珠，抱荆山之玉，因而盛气凌人，不可一世。清流的出现，一方是19世纪80年代错综复杂的社会矛盾所致，另一方面也是慈禧太后在一个时期内故意纵容的结果，她要利用这股力量平衡其他政治派别。
曾任李鸿章幕僚的晚清著名学者吴汝纶说过：”近来世议，以骂洋务为清流，以办洋务为浊流“，表面上两派势成水火，但在私下，却有不少沟通的渠道。以清流中的最著名者张佩纶为例，就能看出双方渗透的蛛丝马迹。
张佩纶，字幼樵，号蒉斋，直隶丰润人。1870年22岁中举，次年连捷进士，是光绪初年北京政治舞台上锋头极健的人物。1875－1884年间共上奏折127件，其中弹劾和直谏的占三分之一。1879年，崇厚擅签《里瓦几亚条约》，割让伊犁周边给俄国，他上奏极言其非。同年，他上”疏陈大员子弟不宜破格保荐折“，批评四川总督丁宝桢特膺保荐大学士宝鋆之弟四川候补道宝森和刑部将翁同龢之侄刑部郎中翁曾桂列入京察一等，王文韶在日记中称其”风骨崚嶒，可谓朝阳鸣风，无形之中裨益良多也。“而翁同龢本人也认为”张侍讲原折甚切实，真讲官也。“1882年，云南报销案起，牵涉王文韶，御史洪良品、邓承修连续奏劾王文韶而不能动摇其地位，张佩纶旋上四折，终于使王文韶挂冠而去。野史中说，后来王文韶东山再起，出任直隶总督，”见文卷中有张佩纶手笔，自谓愧对“。王文韶是否有此雅量，今人不得而知，但张佩纶在政坛的杀伤力是无与伦比的。所以，就连他爱穿竹布长衫，都有人竞相模仿。
然而张佩纶从不攻击李鸿章，这同他父亲张印塘早年在镇压太平天国时，官居安徽布政使，与李鸿章关系密切有关，也同前江苏巡抚张树声之子张华奎（字蔼青）私下为他们拉拢牵线有关。张华奎在北京与清流走得很近，被人讥为”清流靴子“，因是贵公子，自有一套与名士公卿交际的手段。1879年5月，张佩纶因母亲去世丁忧，张华奎推荐他去北洋幕府相助，李鸿章欣然表示欢迎。未几，张佩纶出京赴苏州迁庶母灵枢过津，李鸿章助营葬之资千两。1880年4月，张佩纶又应李鸿章之邀，住天津直隶总督衙门两旬，讨论海军建设的诸多问题，并观览周边炮台。他在日记中记载：”夜请合肥（李鸿章）定北洋水师规模，以阻浮议、戒因循，合肥遂以相嘱。谈次及进退人才事，余以为此本朝强弱之机，未可委诸天数，合肥瞿然。“此后，张佩纶虽未入幕，但他们的私下交往更为密切。张佩纶对李鸿章说：”年来交谊已深，所以为公代筹者，非尽执古议，而颇参以时政。“积极入仕，大展身手的心情跃然如画。且不论张佩纶的实际操作能力高低，渴望摆脱单纯纸上谈兵，在军国大事中一展个人治国平天下的抱负，正是许多清流人物的共同志向。在这点上，张佩纶同张之洞十分相近。而李鸿章，对张佩纶也十分看重，期望把李鸿藻门下的这员最孚时望的大将纳入帐下。李、张之间的这种微妙关系，洋务、清流集团的彼此攻讦和渗透转化，构成这几年政坛斗争的重要内容。
1881年，张华奎曾暗示张佩纶，李鸿章说他母亲年老多病，为作后事安排，嘱张树声襄助处理淮军事务。意思是说，若李太夫人故世，李鸿章必然要丁忧守制，希望届时张佩纶能协助张家父子。张树声，字振轩，安徽合肥人，1854年起随李文安、李鸿章父子办团练抵抗太平军，是淮系集团中地位仅次于李鸿章的重要人物，因善于同名士交接，又被称作”诰封清流“。果然，1882年4月17日，李鸿章获准请假一月，去武汉其兄湖广总督李瀚章处探视母病，朝廷调张树声署理直隶总督兼北洋大臣。未及成行，李太夫人已于19日去世，24日，张华奎到达天津，为其父亲来天津接班做前期准备。26日，朝廷宣布夺情，要李鸿章穿孝百日后即行回任。但在李鸿章的幕僚中，对于他是否真要坚持守制发生了争论。
旧时值父母去世，儿子做官者须解除职务，在家守孝27个月，称作”守制“。但朝廷对重要官员，可命其不必去职，素服办公，称作”夺情“。在朝廷宣布夺情后，官员仍然坚持守制者，会引起舆论的尊重，以为其举措合符礼制。比如李鸿藻，连庶母去世也坚持去职守制，极受人们赞誉。此时，小圈子中主张守制者，仅袁保龄、周馥、章洪均等数人，他们认为此事将关系到李鸿章一生名节。也有不少人劝说李鸿章早点回津，这样，他们的地位就不会受到影响。李鸿章奔丧，夫人并不随行，继续留在天津，甚至连总督衙门都不想搬出，给人的感觉就是李鸿章马上要回来的。袁保龄、周馥力劝李夫人搬家，以免遭人议论。盛宣怀、刘含芳等人不愿在张树声手下做事，纷纷思去。整个督署内部陷于混乱。
袁保龄，字子久，河南顶城人。父亲袁甲三，官至钦差大臣漕运总督，长期在安徽与太平军、捻军作战，与淮系有着极深的关系。袁保龄本人14岁入邑庠，受知于李鸿藻。后随父在籍办团练，周历于各团之间，使苗沛霖部始终未能进入河南。张宗禹率捻军进攻陈州，袁保龄会合清军、团练，分筹堵御，迫使捻军退去。曾国藩一见奇之，目为国士。袁甲三去世后，朝廷赏袁保龄为内阁中书，先后参与校勘、编纂《剿平粤匪方略》、《剿平捻匪方略》、《穆宗毅皇帝实录》等重要官方文献。在阁13年，博览群书，精熟典章制度。1877年起，山西、河南出现连续三年的特大旱灾，其兄刑部左侍郎袁保恒奉旨帮办河南赈务，次年得传染病而死。袁慨然以兄志未竟，豫民未活，呈请辞官归里，力肩赈务，尽括家资以救灾民，是晚清官场中难得的为官清正、极有责任心和办事能力的人物。上年，李鸿章以北洋海防交涉，求贤佐理，奏调袁保龄赴直隶委办海防营务。由于袁保龄既是李鸿藻的门生，与京中清流关系密切，又是世家子弟，与李鸿章渊源深厚，所以就成为沟通二李关系的一条重要渠道。
张树声是李鸿章离开北洋时自己选定的替手，3月21日，李鸿章在做离职准备的时候，一面把徐建寅从欧洲回国时所撰《德国海部述略》和中国驻长崎理事（即领事）余隽建议设立海军衙门的条陈转交张佩纶参考，一面告诉他，”振帅（张树声）有志整备师船“。5月4日，李鸿章在给张佩纶的信中再次提及：”北洋水师，振公自应接办“。7日，袁保龄写信告诉张佩纶：”合肥（李鸿章）望公，将以水师相累，谅新帅当有同心。亦须看时局乃发，水师丁统领恐不胜任。“袁保龄是张佩纶的好朋友，与张华奎的关系也不错。他透露的督署内幕，显然是可靠的。5月30日，李鸿章自天津乘”保大“轮南下奔丧，行前致函张佩纶，对他允诺协助张树声提出保留意见，称”恐致它日进退两难“，”若于事有济而于公出处大计有裨，则鄙早乐赞其成矣“。这一意见，是否出于李鸿章已明白自己即将夺情复出，张树声仍将回两广任职而做出的考虑尚待探讨，但却驱使张佩纶立即改变态度，回函张华奎，婉辞对其的邀请，并将张树声父子的活动连同他给张华奎的回信一同密呈李鸿章，以表白自己与他们并无更深的关系，使得张树声父子措手不及，31日，有上谕称张树声奏请派翰林院侍讲张佩纶帮办北洋水师并请加卿衔，”帮办大员及赏加卿衔向系出自特旨，非臣下所得擅请“，张树声之奏著毋庸议，这证实张树声按照原先的约定开始了行动。而张佩纶则通过李鸿藻控制的军机处，否定了张树声的提名，使得刚刚署理直隶总督的张树声讨了个极大的没趣。6月1日，张佩纶的密友陈宝琛又奏，张树声擅调近臣，实属冒昧，请照例议处。部议罚俸9个月，虽得旨准予抵消，却使得张佩纶从此与张树声父子交恶。
