袁保龄主持的工程，主要是海门疏浚、拦潮大坝、船澳及泊岸工程、周边炮台、水雷营、鱼雷营、电报局、水陆医院及军港内部的道路、库房、码头、小型机器厂等。其中尤以拦潮大坝最为艰巨。大坝为整个项目中的首要工程，将东港与入海口分开。此工程原由黄瑞兰经手，在袁保龄接任时已近完成。由于坝底胶泥四五丈未曾挖净，且坝身收坡太小，故产生渗漏下塌，随时有崩溃的危险。袁保龄到任后，想方设法予以补救，一方面增高加厚旧坝，另一方面又在东面加修备坝以为候补方案。从他到工之日起到1883年底，工程一年之中数次发生危情。尤其是从1883年10月28日起，连日雷雨，潮水大涨，狂风巨浪，工程告急。10月31日上午，大坝南段在一二分钟内突然陡陷5尺，下午又进一步陷落8尺许，几乎与水面持平。南段四十余丈近中段二三十丈处均出现横裂大缝。袁保龄率局员及民工在提督宋庆及所部毅军3营、总兵王永胜及所部护军营1营3哨官兵的全力配合下，奋力抢险。所幸11月1日起，天气转晴，风势减弱，潮水亦小。他们使用我国传统河工办法，层土层阶加筑护坝小埝。10日，昼夜狂风震撼，拔木破屋，为袁保龄到旅顺后所见到的最大风势，大坝依然经受住了考验。至19日，所有塌陷之处，全部堵闭合龙。袁保龄在给周馥的私信中说：“敝工竭一年之力，澳工将近九分，而坝工陡塌四十余丈。变生顷刻，不遑措手，几令人心胆俱碎。请各队伍帮忙不过场面文章。”“仰天太息，涕下弥襟，代人受累乃至此极。上帅（李鸿章）禀中咬定牙不说前人一字坏处，以力避世俗诿卸之习。恃公爱我，一倾吐之”。其后，袁保龄督率部下，于冰雪风雾中植立坝上40余日，仿栗毓美石坝纯用块石护坝之法，终于使得大坝获得坚稳。
袁保龄刚到旅顺时，因缺乏技术顾问，根据德璀琳的推荐，聘请德国工程师善威任工程局帮办。由于善威没有主持过这么巨大的工程。不仅没有解决问题，反而与中国官员在工作中发生了许多分歧。1886年10月，在袁保龄的建议下，中方决定用招标方式聘请外国公司承包，工程进入第二阶段。英德法三国就此展开激烈竞争，最后法国辛迪加以最低造价，并由上海法兰西银行及法国驻天津领事林椿承担保修十年的担保而中标。袁保龄则因主持从德人手中收回工程的繁忙活动，“竭二十昼夜之力，笔秃唇焦。幸得就绪，计节公帑十七万余金”，而心力交瘁，中风病倒，晕绝复苏，后延请曾给慈禧太后治过病的名医汪守正诊治，方渐恢复。他曾说：“税务司德瑞琳者，性最贪狡，百计干预。旅役荐德人善威为工员，两年无尺寸效，犹以华官掣肘为辞，荧惑长官之听。龄再三争之不可得，无日不呕气，此病根所由来也。”他请求退休，李鸿章以其久任要防，乃派刘含芳督工，仍以袁保龄任防务。1889年8月19日，袁保龄病逝于旅顺，终年48岁。朝廷追赠以内阁学士。
法国负责工程的总工程师，初为德威尼，后为吉礼丰。承揽项目，包括大石坞、各修理厂、储料库、办公住人各屋及船澳泊岸、铁道、码头、电灯、自来水等设施，共需银125万两，工期30个月。1888年，又增筑船澳拦潮石坝及铁码头，追加经费14.35万两，展期6个月，至1890年11月9日全部竣工。李鸿章派丁汝昌、周馥、刘汝翼验收。工程总的质量是高的。历尽兵燹战乱之后，不少设施至今仍在使用。但也有些问题。如机器局与船澳毗连基址，用砖石水泥筑成，砌缝中有渗水现象。此后，由龚照玙负责，又在基地内陆续添建了一些新的厂房设施。至甲午战争之前，旅顺堪称远东一流、配套完善的海军基地。
袁保龄曾为黄金山炮台撰对联曰：大海澜回忆从前唐战辽征往昔英雄垂信史高山天作愿此后镐京丰水中兴日月丽神州又为白玉山行宫撰对联曰：创四千年未有之规愿成渤海屏藩留都堂奥 环九万里无远弗届漫谈昆明池水汉武旌旗可惜现在这些对联早已不存，人们也早已淡忘了袁保龄这个名字。今天的旅顺口白玉山巅，竖立着日本人为纪念在日俄战争中战胜俄国而建立的表忠塔。
日本吞并琉球
同治朝最后几年和光绪皇帝登基的最初几年，大清帝国对外没有发生大的军事冲突。虽说1874年同治帝的突然驾崩，和1880年慈禧太后病恹恹地折腾了一年，还下诏全国举荐名医进京会诊，却换来第二年4月慈安太后的猝死和慈禧太后的康复，并重新主持朝政这样两件宫闱大事，在部分接触上层的懿亲贵戚、官僚士大夫中引起一些猜测外，各项政务依然按部就班地运行着。左宗棠在西北收复了除伊犁以外的全部领土，洋务派倡言”求强“，在各省创办了许多军用和民用企业。容闳率领120名幼童前往美国留学。尽管抽样统计表明，在1870至1880年9个重要省份中，40～50％的州县处于歉收，尤其在1877～1878年间，北方的山西、河南、直隶、陕西等省出现了极为严重的干旱，造成1000余万人的直接死亡，饿殍载途，白骨盈野。但席卷全国的农民起义已被平定，朝廷毕竟可以坐下来喘一口气了。封建文人将这样一种恢复生息的局面，差强人意地叫做”同光中兴“。
在表面平静的景象下，各种国际矛盾和危机却正在积累。1875年春，日本屡派军舰到朝鲜侦察和挑衅。9月20日，日舰”云扬“号又进入江华湾，企图占领江华岛草芝镇炮台，被守军击退，遂炮击永宗岛，并在该岛登岸，造成”江华岛事件“。总理衙门在同日本特使森有礼的谈判中妥协。次年2月，日本与朝鲜签订《江华条约》，规定朝鲜除釜山外，另开元山、仁川两港，日本在汉城设立使馆，在各港口派遣领事并享有领事裁判权。日本把西方列强强加于它的炮舰政策接了过来，用作对东亚邻国的侵略扩张。
日本又阴谋并吞琉球。1875年6月，日军正式进驻琉球，强迫琉球改奉日本年号，停止对中国的一切臣属关系。1877年6月，闽浙总督何璟向朝廷报告，琉球国王向中国求援。朝廷并不以为然，下旨琉球之事着出使日本大臣何如璋到日本后相机妥办，琉球使臣着饬令回国，毋庸在闽等候。1877年至1878年，日本国内政局混乱，先是西乡隆盛发起了萨摩藩的叛乱，史称”西南战争“，9月24日，西乡战死。次年，大久保利通被暗杀。日本政府无暇在此困境中解决琉球问题，清政府也没有抓住短暂的有利机遇。从深层次来说，他们根本就认为不值得为了这个孤悬海外的藩属，去与日本打仗。1879年3月，日本把琉球国王尚泰掳往东京，宣布改琉球为冲绳县。恭亲王却在奏疏中说，何如璋在日本办理琉球交涉事宜，欲假以兵力以示声威。但从中国现在局势看，跨海远征，实觉力有不逮，故仍然只能据理辩论。李鸿章则请求来华旅行的美国前总统格兰特设法调解。10月，琉球耳目官毛精长等3人向总署递禀泣援，总署只是发给他们300两川资，将他们打发回国。
同年10月2日，钦差大臣崇厚在沙俄胁迫下，擅自签订《里瓦基亚条约》，规定中国收回伊犁城，但沙俄割去伊犁西面霍尔果斯河以西，伊犁南面特克斯河流域和塔尔巴哈台地区斋桑湖以东的土地，使伊犁实际成为孤城，还向俄国赔款500万卢布。消息传来，举国大哗。总理衙门和不少大臣指出，如此则伊犁成为弹丸孤注，控守弥难，收回后毫无意义。朝廷将崇厚革职下狱，定为斩监候，并派曾国藩的长子，出使英法大臣曾纪泽前往俄国，重开谈判。俄国为到嘴的肥肉又将失去而愤怒咆哮。1880年7月10日，沙俄国务委员会主席康斯坦丁亲王亲自主持有海军部、陆军部、外交部参加的会议，策划以海军袭击中国的海岸与港口。接着，列索夫斯基上将率领一支由4艘铁甲舰、3艘快速巡洋舰、3艘海防舰、6艘炮艇、4艘运输船和相当数量驱逐舰组成的舰队出现在远东海面，扬言封锁渤海、黄海，直接威胁北京。李鸿章接到命令，着其严防天津海口，以备俄国。
正是在这种背景下，总理衙门同日本驻华公使［宀六］户玑开始谈判琉球问题。10月底，恭亲王向朝廷报告，拟在修改《中日通商条约》时，将琉球冲绳岛以北归日本，南部宫古、八重山诸岛归中国，准日本人入中国内地通商，加入”一体均沾“条款。这显然是日本在趁火打劫。而总理衙门的妥协，是企图避免两条战线作战。消息传出，清议立即反对。惇亲王则表示，为防止日俄勾结，宜照恭亲王所奏办理。朝廷征询李鸿章、刘坤一意见，李鸿章说，宜购铁甲、齐船械，水师练成，纵不跨海远征，日本嚣张之气亦当为之稍平。至于球案，原定需要由御笔批准，3个月内换约。可视中俄交涉的消息，倘伊犁问题能在3个月内议结，就拒绝批准《中日通商条约》。刘坤一说，琉球臣中国，只假我声灵，琉球臣日本，实奉其号令。平日无端剥削，无故拘囚，一任日本所为，琉球未尝赴诉中国，中国也未尝过问。故一旦夷为郡县，而要中国强与之争，务使日本俯首听命，琉球扬眉吐气，又怎么可能？他主张琉球国王在南部诸岛重新立国。 3个月中，曾纪泽在圣彼得堡与俄国交涉归还伊犁和修改《里瓦基亚条约》取得进展。审批《中日通商条约》一事便被搁置起来。中俄交涉的主要成果，是中国以增付400万卢布的代价，收回伊犁南部特克斯河流域2万多平方公里的领土。这是中国外交家在极困难的条件下取得的成果，曾纪泽因此获得很高的历史地位和美誉。但人们很少从全面的角度去评估中国外交的得失。此后，中日之间没有签署任何琉球问题的条约文件，中国也没有就琉球问题向日本采取进一步措施。随着岁月的流逝，具有极为重要战略地位的琉球群岛便被日本完全吞并了。
朝鲜的壬午事变 进入19世纪80年代以后，资本主义列强在远东的争夺日益加剧，朝鲜成了国际政治力量冲突的重要舞台，日、俄、英、美诸国觊觎的一块肥肉。从历史传统上看，朝鲜长期是中国的藩属，对外隔绝，欧洲人曾称其为“隐士之国”。为了保护朝鲜以屏御中国东北的安宁，总署理衙门建议，把与朝鲜公牍往来中涉及洋务者，从原来的礼部管辖，改为由李鸿章及出使日本大臣直接与朝鲜通递文函、相机开导，并将结果报告总理衙门。这样，李鸿章就成为中国政府处理朝鲜事务的主要负责人。李鸿章和驻日公使何 如璋都主张采用向各国开放朝鲜门户的方法，施展“以夷治夷”的平衡政策，以避免朝鲜成为某个列强的独占物。1882年5月至7月，丁汝昌奉李鸿章之命，两次率军舰护送道员马建忠前往朝鲜，协助朝鲜与美、英、德国分别签订通商条约。
日本从《江华条约》签订后，在朝鲜获得了许多不平等权利，并对朝鲜统治阶层进行拉拢渗透，引起朝鲜人民的愤怒。朝鲜国王李熙，1863年12岁时，以旁支入承大统，由其父大院君李正应摄政。14岁，李熙与闵氏女结婚。1873年，大院君归政。但李熙十分庸懦，大权落入闵妃手中。闵妃引带外戚势力参政，和大院君遂成对立，各树党羽。在外交政策上，大院君是坚定的“尊王攘夷”论者，主张闭关锁国，反对对外开放。闵氏集团则在外国力和清政府的倡导下，寻求对外开放，但他们对清政府自鸦片战争以来，屡屡在对外交涉中丧失权益的情况知之甚详，对琉球最近被日本并吞也很关注，所以对能否依靠清政府保护，对付日本、俄国等列强的觊觎心存疑问，甚至在不少官员中出现了媚日的倾向。使得朝鲜内部的政治局势十分复杂。 1882年7月23日，汉城驻军因俸米事件发生兵变，暴动队伍冲入王宫，杀死闵氏集团大臣，捣毁达官显贵的住宅，袭击日本公使馆，杀害8名日本人。日本公使花房义质夤夜逃往仁川。24日，大院君被暴动群众迎入宫中，掌握政权。闵妃在乱兵入宫时，化装成宫女逃往忠州，与朝鲜派在中国的使节金允植联系，敦请清政府出兵，这一事件，史称“壬午兵变”。
壬午兵变从群众自发的反腐败、反暴政开始，迅速演变成声势浩大的反开放、反日本的政治斗争，带有强烈的排外情绪和党派斗争色彩。
中国在朝鲜向不设官，兵变的消息至8月1日才从驻日公使黎庶昌的电报中得知。此时，李鸿章已回合肥奔丧，直隶总督兼北洋大臣由张树声署理。兵变发生后，枢臣担心日本借机介入，一面急召李鸿章还津，一面饬令张树声派水陆两军迅赴朝鲜。北洋营务处道员马建忠先前方奉张树声之命，赴合肥向李鸿章言事，甫到上海，即接电谕，命其立即返回烟台，与丁汝昌率军舰东渡朝鲜。8月7日，丁汝昌抵达登州（蓬莱），与帮办山东军务的广东水师提督吴长庆商援朝鲜事，并转交张树声亲笔信。8日，马建忠到达烟台，吴长庆则率幕僚张謇赶往天津。吴长庆，字筱轩，安徽庐江人。为淮军“庆军”首领，因早年派系原因，与江西巡抚刘秉璋走得较近，在淮系内独自立异，结交朝贵以为攀缘，罗致文人以通声气，而不为李鸿章所喜。此时虽官居广东水师提督，却并未到任，仍带所部，驻防山东。张謇，字季直，江苏南通人，16岁中秀才，23岁入吴长庆幕府，时年29岁。虽尚未显达，已是吴长庆的重要助手。9日，吴、张抵达天津，与张树声闭门密谈东征大计。马建忠、丁汝昌则带领“威远”、“超勇”、“扬威”3舰从烟台出动。此前，黎庶昌致电国内，主张对日强硬，并在解决朝鲜危机后“由我主持国是”。张树声对此表示赞同。同日，在华朝鲜官员金允植还提出了拘捕大院君的方案。11日，吴长庆、张謇乘轮返回登州，发布开拔命令。
张树声、吴长庆决策的核心是以迅雷不及掩耳之势平定事变。张树声虽为淮系中除李鸿章以外最有影响的人物，也是李离任前自己选定的继任者。但从前述的李鸿章、张树声、张佩纶三角关系中，我们已能感觉到彼此间的微妙关系。张树声临时替代李鸿章做“看守总督”，直督衙门里全是李鸿章留下的旧人。他要在短短数月中崭露头角，壬午兵变正是一个难得的机会。好在李鸿章幕中的袁保龄、马建忠都主张对日强硬，薛福成更强调吸取日占琉球的教训，吴长庆所部又驻扎在烟台附近，便于调动，所以这次出兵行动部署得极为迅速周密。
10日，中国分舰队抵达仁川时，日本的“金刚”舰已先期到港。经过考察，丁汝昌12日乘“威远”回天津汇报局势，马建忠同“超勇”管带林泰曾、“扬威”管带邓世昌坚守仁川。十天中，日本向仁川增派了7艘军舰，1营陆军，形势日益紧张。20日，吴长庆、丁汝昌率2000人分乘“威远”、“日新”、“泰安”、“镇东”、“拱北”5船衔尾而来。吴长庆幕中，除张謇之外，还有一个23岁的青年袁世凯。袁世凯是袁甲三的从孙，袁保龄的侄子。去年到登州投军，帮办庆军营务处。他于次日黎明，率500人赶往汉城，吴长庆也带大军随后出发。26日，吴长庆、马建忠、丁汝昌在汉城设计扣留大院君，由丁汝昌护送，冒雨夜行120里，次日清晨抵达南阳，登上“登瀛洲”舰，直送天津，旋幽禁于保定。
早在清军发兵之前，清政府即根据金允植的说法，把兵变的祸首推定为大院君，此说是否确有依据令人怀疑，把亲华排日的大院君说成是亲日派更是个错误。但大院君入宫后，乘机扩充势力，将其带走，显然可以保证清政府在朝鲜继续推行对列强均等开放的政策，也以此敉平事端，防止日本的介入。这是中国近代海军第二次直接参与保卫国家利益的军事斗争，也是北洋创办新式海军以来的第一次对外行动。事定之后，吴长庆部暂留朝鲜，袁世凯更是在朝鲜度过了漫长的12年。朝廷在平定壬午兵变中体会到海军的快速机动作用，甚为满意，以李鸿章创办有功，交部从优议叙。中国出兵朝鲜，是为了阻止日本对朝鲜的干预介入，强化在朝的宗主权。但在随后的朝日谈判中，却没有正确指导外交斗争，致使日本在8月30日即与朝鲜签订《济物浦条约》和《修好条规续约》，朝鲜向日本赔偿损失费55万元，允许日本在朝鲜驻兵，并开放通商口岸。此时，中国海陆大军云集仁川、汉城，在取得战略主动的情况下，居然默认日本前所未有地取得了海外驻兵权，为后来的中日冲突埋下祸根，不能不说是外交上的一大失败。
朝鲜事态给李鸿章马上返回天津创造了机会。他写信告诉张树声：“今中旨叠催，而前咨王夔翁（王文韶）文内原有假满后海上或有警报，即赴津筹办之语。朝日纷争，虽未足云警报，究于海防微有关系。明知大才筹画，悉合机宜，即鸿章前去亦断无所增益。圣意殷盼，岂敢漠视，自食前言？……粤中人来，谓沅帅（曾国荃）五月二十四日由湘登舟，忽病发而止。果尔则执事回任两粤固在意中。若无意南行，而鸿章被诏迫趣，终不免此行，只可专办通商，奉屈台旆驻省经理直督事宜，兄必力为筹助，无分畛域。服制期内，无再握畿篆之理。”此信意思十分明白，朝廷夺情，我李鸿章即将回任。曾国荃奉旨署理你的两广总督，现在看来因病不去了，你回广东应无问题。如果你不愿南下，则我俩合作，我署理北洋大臣，你署理直隶总督，如何？官场之中，把话说得如此明白，无处不透露着凛然的霸气，自然显示出李鸿章在淮系中的盟主地位。
张树声在处理壬午之变中是得了分的。张謇在朝鲜时，撰“朝鲜善后六策”，向其建言。大意包括：或将朝鲜废为郡县；或在朝鲜设置监国；或置重兵，守其海口，而改革其内政；或令其自改，而为练新军，联合我东三省为一气；对日本，则三道出师，归复琉球。旋因李鸿章回到天津，嗤为多事，搁置不议。而张华奎却又将其早早携至北京，交五六清流密友传观。一时流传都下，潘祖荫、翁同龢咸以为善，宝廷、邓承修等人还专折上奏，连慈禧太后都引起关注，转询之李鸿章。在李鸿章看来，此事显然是张树声、吴长庆联手自立山头的又一举措，私下暗作防范置，欲将庆军改属马建忠节制，而令吴长庆回津待命。消息传来，张謇等一干幕僚愤愤不平，力劝吴长庆引退，并请其上奏解除本职住京。吴长庆开始同意，这就势必演化成与李鸿章的公开决裂，后经袁保龄、周馥等人的斡旋才没有实行。到1884年春，李鸿章又以越南形势紧张，复将吴长庆赴朝庆军6营一析为二，命吴长庆带正营3营回奉天金州一带驻防，留副营3营由吴兆有统带，继续驻防朝鲜；同时委任袁世凯办理该部营务处。吴兆有才能平庸，这为袁世凯后来乘势崛起创造了机会。袁世凯从此直接投靠李鸿章，一切更革，颇让吴长庆难堪。张謇为此特地写信痛斥袁世凯，此后，张謇与袁世凯20年不通音信。
1884年7月13日和10月26日，吴长庆和张树声分别病逝于金州和广州。
海军经费与颐和园工程 对于慈禧太后来说，京西三山五园的绮丽风光是难以忘怀的。青年时代在那儿度过的美好情景更是记忆犹新。以至她人过中年之后，对于修复园子的兴趣越来越强烈。历代帝王都修苑囿，或是在宫禁之旁起盖别院，或是在城郊和外地兴建离宫。这种风气，清代尤盛。西山一带，连绵二十里，逶迤着康熙、雍正、乾隆三朝修建起来的圆明园、畅春园、万寿山的清漪园，玉泉山的静明园和香山的静宜园等一大片皇家园林。紫禁城皇宫中附会《礼记》、《周礼·考工记》建造的宫殿群落，体现了封建时代严格的宗法等级制度。刻板的布局，高度规格化的建筑风格，大面积相同的色块和一个又一个大大小小，紧密相套的四合院，常常使人产生沉闷压抑的心理负担。所以康熙已降各位皇帝都常年居住在圆明园和避暑山庄，既处理政务，又游燕逸乐。1860年第二次鸦片战争中，英法联军焚烧了经营百年的西郊林苑，使得惯于奢侈享受的清朝皇室在北京附近竟无处避暑消夏。环绕着复修苑囿，晚清政局出现了各种大小事件，而修园经费，又和海军经费扯在一起。 同治末年，慈禧母子曾谋复修圆明园，而与主持军机处的恭亲王及朝野大臣发生激烈冲突。为了缓和折衷，有人建议改修三海。未过多久，同治帝暴病而崩，4岁的的光绪帝载湉继位。两宫太后再度宣布垂帘听政，三海工程对她们不再有直接意义。于是便告停工。
三海位于紫禁城西侧，一片秀丽的山水包蕴在高大的土红色宫墙之内，因南海、中海、北海三个著名的湖泊而得名。三海面积2500余亩，其中水面占一半以上。湖光潋滟，回映着四岸的亭台楼阁，景色绝佳。到了1885年，慈禧太后考虑到光绪帝即将亲政，自己归政后若要重修圆明园，不但国家财力难以支持，同时又会遭到反对，于是决定援引同治年旧例，于6月21日下懿旨重修三海。而根据档案记载，工程在此之前已经开始动工。
三海工程包括三海所有的殿宇房屋、道路河池、假山堤泊、点景花园，电灯铁路等等。重点在南海的瀛台，中海的丰泽园、仪銮殿、西苑门一带。全部工程有一百多处，几百个项目，整个大修工程经费总额约在白银600万两左右。奉宸苑工程处从光绪十一年四月至十六年十月，共收银513万两。其经费来源主要包括官员捐修银、户部及内库帑银、各海关解银、海军衙门、神机营借拨银。其中海军衙门和神机营的借拨银为2 294329两，占总经费收入的44.7％。以后海军衙门还代奉宸苑借拨欠发厂商实银66万余两。从1891年至1895年，三海在正常岁修和为慈禧太后庆寿工程中，又从海军衙门挪借141.5万两。总计1885年至1895年10年中，整个三海工程（包括大修、岁修及庆典）共计挪借海军衙门经费437万两。
根据近年来对清宫档案的研究，工程并没有无偿占用海军衙门经费。所借款项后来都指定专款归还。关键在于同光年间，中央财政空虚，户部和内务府往往难以随时满足工程需款。设立海军衙门，就能多建立一个账户，以使朝廷多了条调用资金的渠道。海军衙门有固定的经费收入，因此在用款时有很大的机动余地。在营建三海及以后营建颐和园的过程中，醇亲王控制的海军衙门确实起了调剂资金的作用。醇亲王深知其中的奥秘。在后世看来，皇太后、皇帝君临天下，自然可以恣意调拨全国财富，其实不然。封建国家机器本身具有制约机制。它通过祖制祖训、部院规章、御史谏官和朝野清议来平衡天子的言行。从这个角度看，皇太后、皇帝的自由也是十分有限的。但另一方面，制度都是人创的。在一个人治的社会，最高统治者又会通过各种方式巧立名目，以避开制度对其的束缚。诸如以海军衙门为中继站，调节缓冲内务府施工急需的银帑，就是例证之一。海军衙门所垫的款项虽然后来如数归还，慈禧太后孜孜以求的三海工程也如期竣工了。拆东墙补西墙，受损的依然是海军。
李鸿章显然精通此道。处于封疆大吏的立场，他既希望巴结皇太后以巩固慈眷；又不愿因建造园囿，使得海防经费挪用过多而影响北洋实力；更知道哪些挪垫是不合规矩、摆不上桌面的，因此采取了灵活的态度。他有时积极表示赞同，有时找理由婉辞，有时还用海防名义向外商借款以保工需，在夹缝中居然左右逢源。
到了修建颐和园时，挪垫进一步发展成为挪用。 1886年11月19日，户部尚书翁同龢在日记中写道：“庆邸（按指奕劻晤朴庵（奕譞），深谈时局。嘱其转告吾辈当谅其苦衷。盖以昆明（湖）易勃（渤）海，万寿山换滦阳（按：指承德避署山庄）也。”
这段话透出一个大秘密：虽然三海工程正以慈禧归政后颐养之所的名义大张旗鼓地进行施工，皇太后依然未能忘情西郊的旖旎景色。复修清漪园之事已被提上议事日程。清漪园是乾隆皇帝1750年为庆贺母后六十寿辰而兴修的林苑，位于圆明圆西侧，万寿山、昆明湖都是园中的景致。慈禧太后深知圆明园局面过于散漫，复修工时浩瀚。且是一马平川，有水面无山色，反不如清漪园倚山傍湖的翠微灵气，还能抬出乾隆帝为母后修园祝寿的先例来堵住反对者的嘴巴，是以选定清漪园作为自己晚年的另一处怡乐之所。三天以后，翁同龢再谒醇王，他记录这次访问是“深谈时局，极耿耿也”。所谓时局，当指复修园囿的工程及可能带来的各种社会反应，翁同龢在政治上是走醇王路线的，他显然是最早知悉这一秘密的上层官员。
园工是悄悄开始的。醇亲王找了规复昆明湖水操旧制，在湖内修建水操学堂做理由。昆明湖水操是乾隆仿效汉武帝在长安昆明池训练水军故事，于1751年开始在昆明湖定期进行操练。当时还专门建造了16艘大型战船，调福建水师官员担任教习。这种训练当然只是象征，军事意义并不很大，到了19世纪更与海防无关。醇亲王以祖制为借口，却能讲得头头是道。他在奏折中说：“因见沿湖一带殿宇亭台半就颓圮，若不稍加修葺，诚恐恭备御操时难昭敬谨……拟将万寿山暨广润灵雨祠旧有殿宇台榭并沿湖各桥座、牌楼酌加保护修补，以供临幸。”接着，被英法联军毁坏了26年的东宫门、仁寿殿、玉澜堂、乐寿堂、长廊、排云殿、后山佛殿、南湖岛诸殿、十七孔桥等建筑便开始动工修造了。李鸿章知晓这一计划。1887年8月15日，他在给醇亲王的信中表示：“禁苑工款及万寿山各座陆续经营。截长补短，实费荩筹。鸿章愧不能效一臂之助。”
纸包不住火。随着时间推移，清漪园动工复修的消息终于传了出去，弄得朝野沸沸扬扬。袁保龄在给军机章京钱应溥的私信中一针见血地说：“昆明（湖）习水战，赋绝好题目，借款得所藉手，挥洒较易”1888年3月13日，皇帝发布上谕，向天下诏示此事。上谕宣称，三海修缮将次告竣，现将清漪园改名颐和园，量加修葺，以备慈舆临幸。园中万寿山大报恩延寿寺为高宗侍奉宪皇后三次祝嘏之所，敬踵前规，尤臻祥治。恭逢大庆之年，朕躬率群臣，同伸祝嘏。从此颐和园工程便公开进行了。到了1889年1月16日，紫禁城中贞度门发生火灾，火势延及太和门。这在当时看来是不祥之兆，表明人怨激起天怒，天意示警。再加上不少臣工对工程的批评，慈禧太后不得不发布懿旨，表示“遇灾知儆，修省宜先。所有颐和园工程，除佛宇暨正路殿座外，其余工作一律停止”。这样，园工缩小了规模。1891年6月4日，慈禧首次巡幸颐和园，以后常驻园中。而园工中尚未完成的项目，则加紧施工，直到1895年上半年方告结束。 颐和园工程究竟耗费了多少银两，现在尚难考证清楚。根据承办工程的算房对1888年至1895年修建的佛香阁、谐趣园、德和园大戏楼等56项工程估价，约为318万两。1886年以修建水操学堂名义拨款67.8万两。而1886年至1887年修建的仁寿殿、玉澜堂、排云殿、长廊等建筑缺乏明确的造价资料。鉴于整个三海工程用银为600余万两，这批建筑估计不会超出此数，因而推算整个颐和园工程用费约在1000万两白银上下。
长期以来，人们一直传说颐和园是挪用海军经费修造的，清末维新党人梁启超首创将园工同甲午海战失败相联系的说法，以激起人们对慈禧太后的仇恨。挪用的确切数额则说法不一，多则谓8000万两，少则仅300万两。一般的看法认为在2000～3000万两。根据目前能够找到的清宫档案，海军衙门在1888年把45.3万两银挪至园工。次年，奕劻又决定每年从海军经费中腾挪30万两交颐和园工程处。至1894年共挪用180万两。1891年3月25日，奕劻奏称“查颐和园自开工以来，每岁暂由海军衙门内腾挪三十万两拨给工程处应用，复将各省督抚认筹海军巨款二百六十万两陆续解津发存生息，所得息银专归工用……惟每年拨工之款原属无多，各省认筹银两亦非一时所能解齐。钦工紧要，需款益急，思维至再，只有腾挪新捐暂作权宜之计，所有工程用款即由新海防捐输项下暂行挪垫，一俟津存生息集有成数，陆续提解臣衙门分别归款。”以后又从出使经费中挪垫了工程银100万两，申明从海军巨款260万两生息项下按年拨还。从这些数字统计，海军衙门经费有案可稽的腾挪共达325.75万两。1889年1月6日，海军衙门还在奏折中提到“余平、捐输二款，拟另款存储，专备工作之需。”根据海军衙门的规定，北洋海防经费的平余，划抵下一年度“定远”等八舰的粮饷油修经费，而海军衙门发放的八舰经费及东三省练兵饷，则由海军衙门拨付时扣除。有人统计，从1887年到1894年，海军衙门克扣南北洋将士员弁及东三省练兵饷的平余银，总数约达库平银86万两。按照余平专备“工作”之需的说法，这笔款子也被挪用于园工。
此外，海防捐和新海防捐被挪至园工的，约在250～350万两之间。所有数字相加，海军衙门经费用于颐和园工程的总额，当不超过750万两。
在三海和颐和园大兴土木的时候，朝廷财政正十分窘迫。以1888年为例，这年户部在正常的年度开支之外，又筹拨皇帝大婚典礼费500万两，郑州河工600万两，山东河工289万两，制钱工本90余万两，铜本50万两等等。大工未尽，大礼方兴。将历年铢积寸累之余罄于数月，只能大量腾挪海军衙门的经费了。庆郡王私下坦承“以昆明湖替代海防建设是其无可奈何的苦衷”。庆郡王奕劻是乾隆第十七子庆禧亲王永璘之孙。他在政务上比醇亲王更无建树，但在谄媚慈禧和接受贿赂方面却有过之而无不及。谄媚和腐化的升级标志着一个王朝没落的加剧。到这种时候，祖制、规则、谏议就都被抛到一边去了。这里，还应提一下“海军巨款”事件。
1888年10月底，醇亲王致函李鸿章，透露“万寿山工程用款不敷”，嘱其与各地督抚设法“集款二百万两存储生息，以备分年修理”。李鸿章悟出此乃慈禧的旨意，立即通报两广总督张之洞、两江总督曾国荃，湖广总督裕禄、湖北巡抚奎斌，四川总督刘秉璋、江西巡抚德馨等人：“去岁在京时，醇邸即以此事相属，当以‘工程太大，费用不赀，外省情形素所深悉，恐难办到’，一再婉复。邸谓：‘目前海部、神机营两处解款皆可支用，将来事务仍须奉商。’今年二月朔日遂见明谕，以万寿山大报恩寺及延寿寺为将来慈圣六旬祝嘏之所。”
他对张之洞说：“窃以粤中指款名目繁多，若能酌节用项，分次匀提，正与朝旨邸教不动正款主意相合，且时逾五稔，尚可分岁经营。但每年得二十万，五年积成百万，则尊处已独任其半。此外南洋各处一二善国从而附议，便可观成。……此为功力，岂可测量？”
他对曾国荃讲得更为露骨：“邸意所注……首望香帅，次则台端。能于江粤集得大宗，此外略加附益，便有成数。但当频年搜刮之后，何处得有闲款？目前需用已亟，无论正杂各款，均可移缓就急，分年提解。将来能在外筹还固佳，即至无可挪填，统俟凑齐后，再行酌量办理，谅无不可。”
各地督抚心领神会，争先恐后，结果合计集款竟达260万两。为了掩人耳目，故意将这笔款项称为“海军经费”，“以海防、工作并为一案词意尚觉浑融”。“存诸北洋生息，按年解京，以补正杂款之不足。本银专备购舰、设防一切要务。”不久，御史林绍年上奏要求停止报效，竟遭懿旨严行申饬，而李鸿章、张之洞及所有参与“海军巨款”的督、抚、藩、臬、运司共25人却受到奖叙。这一事件，充分暴露了官场的腐败和吏治的黑暗。 更有意思的是，督抚们虽然向皇太后行了贿，却害怕同样的索贿经常发生，将使他们难以应付，所以大家要为自己留下余地，不能显得地方财政过于富裕。同时，在清末，修园囿本来就是一个敏感的话题，同治年间复修圆明园的争议在许多人的脑子里还记忆犹新，督抚们当然也会小心翼翼地顾忌到自己身后的名声。好在海军衙门总办章京恩佑早已表示，“除两广不动正款外，各省择无碍京协各饷之正杂诸款腾挪挹注，分别奏咨办理”，所以，两江总督张之洞就在奏折里明白地告诉皇帝，粤省虽然认筹100万两，第一期应付的5万两也已划出，但现在一时难以指定专款名目，故只能先向百川通商号借垫。四川总督刘秉璋也汇报说，他汇出的银子是藩司商同盐茶道、官运局各向商号借得，俟以后岁收盐厘除拨解京协各饷外，即以盈余分年归还。其最后一笔5万两款项，挪用的是官运局的运本。其他各省的划款途径，还有盐斤加价、厘金、地丁收入等等。所有这些见不得人的肮脏交易，居然可以在正式公文中赤裸裸地陈述于庙堂之上，近乎在同皇太后直接做生意报账，这在清朝前期显然是不可想象的，一方面说明了大员们了无顾忌的末世心态；另一方面也反映出封疆大吏对朝廷腐败的一种蔑视。比如清流出身的张之洞，既然已经安排好了报效，又说尚未想好出处，只得向商人借垫，是否还有揶揄一下朝廷的用意呢？张之洞是一个聪敏机灵的读书人，再过十几年，他还敢说向各国宣战的上谕是“矫旨”，公然发起“东南互保”呢。
需要说明的是，醇亲王、庆郡王主持园工，筹措经费，甚至在工地上张贴的告示也落海军衙门的款，给人以海军衙门即颐和园工程处的印象，但两者毕竟是有区别的。修园经费也非海军衙门独任。260万两巨款虽然打着海军名目，其实完全是各地督抚对慈禧的报效，不能算在海军经费的账上。从事后来看，这笔款子的本金全部存在外国银行及借给开平矿务局，利息用于解还从出使经费中挪用的100万两。但颐和园工程毕竟妨碍了清季海军的发展，从而对于中国近代化的进程产生了消极的影响。
从琅威理看洋顾问 北洋海军在引进装备的同时，还聘用了一批外籍雇员。 海军作为国家机器的重要组成部分，无疑具有抵御侵略的功能。西方列强既要侵略中国，又向中国提供军事顾问；清政府既要发挥外籍雇员的作用，又要维护中国主权。这是一个微妙而复杂的问题。从外籍雇员中最著名的人物、两次担任北洋海军总查的琅威理身上，我们可以集中地看到这种矛盾关系的详尽体现。
琅威理，1843年1月19日出生于英国。14岁进入皇家海军学校，16岁入海军实习。以后一直在英国海军服役。1863年随“李－阿舰队”首次来华。1877年又为金登干所聘，护送炮艇前往中国，颇得郭嵩焘、丁日昌的赞赏。所以，当李鸿章在1879年委托曾纪泽向英国海军部访觅外国顾问时，曾纪泽便告诉他，根据金登干的推荐，琅威理新近又将送炮船来华。其人“诚实和平，堪以留用”。这年9月，英国海军上将古德路过天津时，李鸿章与他谈到择派兵船熟手，古德也说琅威理明练可靠。恰好11月，琅氏护送四“镇”抵津，李鸿章与他晤谈数次，又看他调阅操演，甚为满意，便当面延聘，月薪600两。
琅威理表示，来华任职，第一，须有调派弁勇之权；第二，他须向英国海军部请假并获得允准；第三，中国方面须与英国海军部商妥，将他在华服务年限作为海上服役年资，不能影响他在英国海军中的升迁。李鸿章立即请曾纪泽与英国海军部洽商，而英国海军部却犹豫不决。一则不愿其现役军官为中国训练军队，二则琅威理既为中国所聘，应该留职停薪，海上年资亦当暂停计算。此事遂陷入僵局。直到威妥玛、赫德、金登干等人出面多次活动，才使事故有了转机。
1882年秋天，琅威理来中国任职，头衔是副提督衔（The Brevet Rank of Vice Admiral，名誉中将衔）北洋海军总查（他在英国的军衔是中校），负责北洋海军的组织、操演、教育和训练。琅威理治军严格，办事勤快，认真按照英国海军的条令训练，为海军官佐所敬惮。他还根据国际惯例，为舰队制定了中外海军交往的礼节，扩大了中国海军的影响。中法战争爆发后，琅威理因英国政府宣布局外中立而回避去职，请假回国。1886年1月应邀重返中国。此时他已升任英国海军上校，故月薪增至700两。
1886年5月，醇亲王巡阅北洋，以琅威理训练有功，授予二等第三宝星并赏给提督衔。以后李鸿章在发给琅威理的文电中，常用“提督衔琅威理”或“丁琅两提督”的称呼。在北洋海军的正式公文中，他的头衔全称是“会统北洋水师提督衔二等第三宝星琅威理”。
1887年，琅威理带队前往前英德两国接收“致远”等4舰。琅以“靖远”为旗舰，升提督旗指挥一切。直至厦门与丁汝昌会合前仍高悬提督旗。
由于丁汝昌不熟悉海军事务，舰队训练任务多由琅威理主持。接触过他的人说：“琅威理终日料理船事，刻不自暇自逸。尝在厕中犹命打旗语传令。”丁汝昌在琅威理第一次辞职后曾说：“洋员之在水师最得实益者，琅总查为第一，葛雷森次之。其人品亦以琅为最。平日认真训练，订定章程，与英国一例，曾无暇晷。即在吃饭之时，亦复手心互用，不肯稍懈。去秋退处烟台，已经禀辞薪水，尚手订舢板操章，阅两月成书寄旅。此等心肠，后来者万不能逮。……去冬濒离烟台时，贻示一书，略曰：水师已有一半功夫，未竟而去，耿耿此心有不能寝食者。若从此守住，则后来或可一线到底；若见异思迁，则前功尽弃。我深愿为中国出死力，奈国法不准。如中国能与我订立合同，常为中国水师之官弁，我所应得本国终身廉俸，中国亦能认给，则我亦不难舍英趋中，冲锋陷阵，惟命是听，盖我有妻子儿女，胥恃此也。”“琅亦深得各管驾、弁兵之心，于今尚有去后之思。”他日夜操演，士卒欲求离船甚难。在他的作风影响下，无人敢出差错。军中流传着“不怕丁军门，就怕琅副将”的说法。琅威理自己也回忆，某次“深夜与其中军官猝鸣警号以试之，诸将闻警无不披衣而起，各司所事，从容不迫，镇静无哗”。在其任内，北洋海军的训练水平达到了颠峰。
1886年，琅威理重返北洋海军。在第二次签定的服务合同中，中方不仅要求琅威理承诺在五年内将中国海军的训练提升到国际水准，并且必须应允在战时帮助中国作战，除非作战对象是英国。对此项条件，英国外交部和海军部还有不同意见，但琅威理与中方的关系似乎没有中法战争前那么融洽。当醇亲王检阅海军时，琅威理为了某种怠慢或其他的事而一直不悦。不久，在秋天发生的“长崎事件”中，访问日本的北洋海军官兵遭到日本人的追杀，而琅威理却“一意袒倭”，使得丁汝昌对他大为不满。但琅自己却认为在中国得不到足够的信任和授权。他以眼疾为理由，在《北洋海军章程》获得朝廷批准的第二天（1888年10月1日），向李鸿章请假回国治病。同时，琅威理给金登干写了一封长信，表示如果明年3、4月份身体转好，而英国外交部又要求他返回中国的话，他自然会回去。但他本人很不愿意回去。赫德对此批评说：“如果琅威理能坚守岗位，而不是每隔几个月中断工作回家一次，他会有所长进和少抱怨些。我对他已无能为力，他已实际掌权－－能接触到合适的人物，因此完全应该由他自己来办。……如果他不能下决心留下干上五六年时间工作的话，那就干脆辞职，这样对大家－－他本人、我、海军等，都有好处。他具备优秀的品质，但大自然没有赋予他某些最重要的品德。”
1889年初，琅威理在伦敦拜访了英国首相沙里士伯勋爵，谈及他在中国的令人不满的处境。他认为，如果发生战争，中国人不会信任他指挥舰队。如果为了英国的利益的话，他可以暂时放弃自己的国籍。在他看来，中国人迟早会因朝鲜问题与俄国开战，而日本会站在俄国一方。3月，琅威理带着妻子和两个孩子返回中国。 1890年2月，北洋舰队南下避冻。24日，丁汝昌率“致远”、“济远”、“经远”、“来远”四舰至南海一带操巡，预定3月10日左右返回。琅威理、林泰曾、刘步蟾督带“定远”、“镇远”、“超勇”、“扬威”在香港维修。3月6日，“定远”管带刘步蟾忽然降下提督旗换升总兵旗，表明自己是舰上的最高长官。琅威理责问：“丁提督离职，有我副职在，为什么撤下提督旗？”刘步蟾答：“按海军惯例应当如此。”琅威理立即致电李鸿章，对自己的地位提出质问。北洋海军提督旗图形为黄灰黑蓝红五色，角上饰以锚形。而总兵旗为黑、绿、红三色。这就是著名的“撤旗事件”。 3月7日，李鸿章致电北洋海军第二号人物，左翼总兵林泰曾：“琅威理昨电请示应升何旗，《章程》内未载，似可酌制四色长方旗，与海军提督有别。”制四色旗自然是调和折衷之语。但李鸿章的电报，明确表明了北洋海军只有一个提督。6月初，丁汝昌、琅威理率舰队远航西贡、新加坡、马尼拉，25日返回威海。丁、琅一同赴津，与李鸿章面谈撤旗事件。李鸿章明确以刘步蟾为是，琅威理当场提出辞职，李鸿章接受了他的请求。
