一、对美特混舰队作战
进入1944年，战局日益告急。在东南线，盟军控制了北所罗门群岛及新几内亚与新不列颠岛之间的丹皮尔海峡，步步进逼腊包尔，使之陷于孤立无援的境地。
与此同时，美军在中太平洋也加紧了进攻，继吉尔伯特群岛失守之后，日军又于2月上旬失去了夸贾林岛。盟军向日绝对国防圈的马里亚纳群岛、加罗林群岛的中部和西部以及新几内亚岛西部逼近。
1944年2月17日和18日，美特混舰队袭击了特鲁克群岛，使驻守该岛的日军飞机与舰船遭到了毁灭性打击。驻守腊包尔的飞机及潜艇被派往中太平洋应敌，腊包尔基地只能孤军作战，不用说布因和布喀岛，就连腊包尔本身也是离不开运输的。
2月18日，美军在布朗环礁登陆，马绍尔群岛也需由潜艇进行补给。
空袭特鲁克后，美特混舰队乘胜前进，2月下旬与3月底先后袭击了马里亚纳群岛和帛琉群岛，每次都使日岸基航空兵遭到严重损失，舰船尤其是运输船遭到的损失也不小。
由于缺少航空母舰，日水面舰艇的决战兵力对美特混舰队的猛烈袭击无力予以回击，岸基航空兵也处于难以重建的状态。4月22日，盟军越过威瓦克和马丹，在新几内亚中部偏西的荷兰迪亚登陆。新几内亚西部的局势也开始告急。
面对这种形势，大本营极力设法加强马里亚纳群岛和加罗林群岛中西部的防务。2月25日，陆军成立第31集团军司令部，由其统一指挥中太平洋的陆军部队。海军也于3月4日组建了中太平洋舰队（由第4舰队及新编的第14航空舰队编成），以期加强中太平洋一带的防务。
(一)1944年2月初的潜艇部队
现将2月1日时的战时编制作一概要介绍（已下落不明的除外）。
第6舰队辖有直属部队、第8潜艇战队和第11潜艇战队。
直属部队下辖：
——“香取”号巡洋舰和“伊-10”号潜艇；
——第2潜艇队（“伊-16”号艇）；
——第7潜艇队（“伊-2”号、“伊-5”号和“伊-6”号艇）；
——第12潜艇队（“伊-169”号、“伊-171”号、“伊-174”号、“伊-175”号和“伊-176”号艇）；
——第15潜艇队（“伊-32”号、“伊-36”号、“伊-38”号、“伊-41”号和“伊-42”号艇）；
——第22潜艇队（“伊-177”号、“伊-180”号、“伊-184”号和“伊-185”号艇）；
——第34潜艇队（“吕-36”号、“吕-37”号、“吕-39”号、“吕-40”号、“吕-42”号和“吕-44”号艇）；
第8潜艇战队下辖：
——第30潜艇队（海大型潜艇3艘、小型潜艇4艘）；
——“伊-8”号、“伊-26”号、“伊-27”号、“伊-29”号和“伊-37”号潜艇；
第11潜艇战队下辖：
——“伊-43”号、“伊-44”号、“伊-45”号、“伊-52”号、“伊-53”号、“伊-183”号、“吕-41”号、“吕-43”号、“吕-45”号、“吕-47”号、“吕-114”号、“吕-115”号、“吕-116”号和“吕-117”号艇；
东南舰队辖有：第7潜艇战队。
第7潜艇战队下辖第51潜艇队（“吕-104”号、“吕-105”号、“吕-106”号、“吕-108”号和“吕-109”号艇）。
先遣部队以其直属兵力编成第21潜艇部队，但其大部潜艇已被派到下述部队，第1潜艇部队只有10艘潜艇。
东南潜艇部队下辖“伊-41”号、“伊-169”号、“伊-171”号、“伊-5”号、“伊-6号”和“伊-185”号艇。
第11潜艇部队下辖“伊-2”号、“伊-16”号、“伊-174”号、“伊-176”号、“伊-177”号、“伊-180”号、“伊-32”号、“伊-36”号和“伊-38”号艇。
2月上旬、中旬，第1潜艇部队的活动情况如下。
正在执行任务的有：
——“伊-175”号和“吕-30”号潜艇，在马绍尔群岛一带活动（未返回）；
——“吕-37”号潜艇，在新赫布里底群岛一带活动（未返回）；
——“吕-40”号潜艇，2月11日驶离特鲁克，经马绍尔群岛一带，前往吉尔伯特群岛以东海域活动；
——“吕-44”号潜艇，由圣埃斯皮里图岛一带返回特鲁克（2月21日到达）。
前往特鲁克的有：
——“伊-43”潜艇（2月11日编入第15潜艇队），2月9日从濑户内海西部出发，预定经由塞班岛，于16日抵达特鲁克港，但未进港。
——“伊-42”号潜艇，2月12日驶离横须贺，前往塞班岛，正在航进途中。
在特鲁克休整的有：
——“吕-36”号、“吕-40”号和“伊-10”号潜艇。
在本土正进行出航准备的有：
——“伊-184”号潜艇。
2月15日，“香取”号巡洋舰调归海上护卫总司令部指挥，第6舰队司令部则将“平安丸”作为旗舰，后者与“浦上丸”当时都停泊在特鲁克。
此外，东南舰队所属的第7潜艇战队将司令部设在腊包尔基地，它从陆上指挥所派出兵力执行运输任务和实施截击作战。第7潜艇战队（第51潜艇队）的情况大致如下。
在东南线作战的有“吕-105”号、“吕-106”号和“吕-109”号艇。
在本土休整的有“吕-104”号和“吕-108”号艇。
(二)特鲁克遭到空袭
2月17日拂晓，特鲁克遭到美舰载机的猛烈轰炸。岛上岸基航空兵的300多架飞机被毁，几乎丧失了战斗力。
当天，联合舰队古贺司令长官将东南线各地的航空兵力统统集中于特鲁克，并将第51潜艇队编入先遣部队。留在东南线的，只有第6舰队派去执行运输任务的几艘潜艇了。
次日（18日），从清晨起，特鲁克岛又先后3次遭到空袭，2天内损失惨重，舰船被炸沉40艘，炸伤9艘。开战以来一直作为第6舰队旗舰的“香取”号巡洋舰，原定16日与辅助巡洋舰“赤城丸”以及第4驱逐舰大队（驱逐舰2艘）一起离开特鲁克港。但因“赤城丸”装货耽搁了时间，由“香取”号舰长小田为清上校指挥的这支部队，在17日4时30分才出港，通过北水道后，约在5时遭到美机空袭，“香取”号中弹起火。12时20分，又与美军的2艘战列舰交战，终被击沉。据美国战史资料记载，“香取”号直至沉没前还向美舰开炮。
17日，先遣部队指挥官作了如下部署：
1．命令返航途中的“吕-44”号潜艇立即驶抵特鲁克东北水域。
2．命令特鲁克可以出动的潜艇迅速出航（“伊-10”号和“吕-42”号艇于17日出航，与“吕-44”号艇一起部署在特鲁克周围。
3．将第51潜艇队编入第1潜艇部队，并令各艇随时作好出航准备，以策应特鲁克方面的作战（“吕-106”号于19日、“吕-105”号和“吕-109”号于20日从腊包尔出航）。
次日（18日），“平安丸”被鱼雷击沉，先遣部队指挥官则将司令部迁至第85潜艇基地。
“伊-42”号潜艇取消在塞班岛停靠的计划，径直驶往特鲁克岛，“吕-36”号潜艇18日从特鲁克出航。先遣部队指挥官命令这两艘潜艇和19日从腊包尔出发的“吕-106”号一起，在特鲁克岛周围伏击敌人。
此外，第6舰队航空队所属的全部小型“零”式水上侦察机（共7架）皆遭空袭起火。当时，这个航空队正与潜艇携带的飞机进行合练。潜艇出航时，其艇载机与飞行员也都随之出航。
19日，美特混舰队撤离，先遣部队指挥官命令“伊-10”号、“吕-36”号、“吕-42”号和“吕-44”号潜艇返回特鲁克岛，并将“伊-42”号及“吕-106”号潜艇的配置作了变动。
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图15 先遣部队（潜艇部队）配置图（1944年2月19日—4月8日）
下达命令日期：1、2月19日；2、2月24日；3、3月6日；4、3月15日；5、3月17日；6、3月18日；7、3月20日；8、3月23日；9、3月25日；10、3月27日；11、4月4日
20日，美特混舰队退到日机侦察范围之外，“吕-40”号潜艇转移到夸贾林与布朗之间的海域活动。
“伊-43”号潜艇13日驶抵塞班岛，佐世保镇守府第101特别陆战队97人上艇后，14日出港驶往特鲁克岛，但后来杳无音信。本来准备以潜艇载运佐世保镇守府第101特别陆战队在东南线进行破袭作战，后来由于形势发生了变化，就未再采取这种行动。
(三)3月下旬之前的作战
1944年2月9日，联合舰队司令长官就潜艇输送问题发布如下命令：
1．将东南部队所属的潜艇数量定为5艘（包括第7潜艇队的潜艇）。
2．先遣部队指挥官应协助内南洋部队指挥官，伺机以潜艇为马绍尔群岛进行补给。
先遣部队的在航潜艇本来就不多，还要为东南线部队优先补充潜艇，并向马绍尔群岛进行输送，而且2月25日又将第22潜艇队（3艘潜艇）编入东北线部队。这样一来，担任主要作战任务的潜艇，经常只有几艘。
2月23日，美特混舰队来袭马绍尔群岛，其舰载机给日军以相当大的打击，但先遣部队却未采取什么对策。24日，先遣部队指挥官命令“伊-10”号潜艇前往美国西海岸附近作战，并令正在执行任务的“吕-40”号、“吕-105”号、“吕-106”号和“伊-42”号潜艇进入规定部署。
“伊-10”号潜艇2月25日从特鲁克出发，前往美国西海岸附近作战；3月4日在米利岛以东袭击敌人时，被深弹炸伤后返回横须贺。28日，“伊-42”号潜艇奉命撤出阵地，急速驶向塞班岛，将佐世保镇守府第101特别陆战队运往腊包尔，29日，该潜艇划归东南线部队指挥官统辖。
3月1日，先遣部队指挥官命令“吕-36”号和“吕-42”号潜艇，分别侦察沃托岛和夸贾林岛，尔后在夸贾林岛附近活动；并令“吕-106”号潜艇对布朗进行侦察后，返回基地。
遵照上述命令，“吕-106”号潜艇4日及5日先后两次侦察布朗，报告该地停有巡洋舰以及其他舰只，但在夸贾林一带，敌方警戒严密，无法实施侦察。
奉命为米利岛输送粮食和对马朱罗岛进行侦察的“吕-44”号潜艇，因上甲板装载粮食的装置发生故障而返航，3月2日又从特鲁克出航。
3月4日，命令“吕-42”号潜艇将其活动区域向西移动约250海里，并令“伊-175”号和“吕-40”号潜艇返航。但是，后两艘潜艇均未能返回。5日命令“吕-105”号和“吕-106”号潜艇返航，这两艘潜艇于7日和8日本后返回基地。
“吕-44”号潜艇11日对米利岛进行了输送，13日对马朱罗岛进行了侦察，并报告敌情如下（14日0时48分）：
“马朱罗礁湖内有战列舰8艘、航空母舰等其他舰只多艘，机场正在使用。”
约至3月10日，正在作战的潜艇只有“吕-36”号、“吕-42”号和“吕-44”号3艘。
3月15日晨，“吕-42”号潜艇在马朱罗岛与贾卢伊特岛之间，发现一支强大的特混编队，其中有航空母舰、战列舰和巡洋舰等舰只。根据该潜艇的报告，先遣部队指挥官于当日18时45分命令前述正在执行任务的3艘潜艇和“伊-32”号潜艇予以截击，并今停泊于特鲁克的潜艇（“伊-16”号、“吕-41”号和 “吕-106”号）紧急备战备航。
“伊-32”号潜艇向沃特杰岛运输后，又于15日从特鲁克出航，前去马朱罗岛附近进行破交作战。“吕-41”号潜艇是3月14日进至特鲁克的。日军认为， “敌人的上述特混舰队，即有可能是前去增援塔罗基纳的，更有可能是从东南方向迂回，前来袭击特鲁克的。因而根据这一判断，进行了部署。
3月16日，敌方大型飞机空袭了特鲁克岛，次日（17日），“伊-32”号潜艇在警戒线上发现敌方小型飞机。因此，日军认为，特鲁克或波纳佩等地将遭美军特混舰队的袭击，必须严加戒备。先遣部队指挥官17日命令“伊-32”号、“吕-36”号、“吕-42”号和“吕-44”号潜艇，将其作战水域沿240° 方位线移动100海里；并令在特鲁克待命的“伊-16”号、“伊-169”号、“吕-41”号、“吕-106”号和“吕-108”号潜艇进至规定水域（上述潜艇均于17、18日出航）。
18日，发现美航空母舰与舰载机之间报话机通话频繁，因而断定美特混舰队很可能到特鲁克附近活动。于是，命令“伊-32”号、“吕-44”号、“吕 -36”号和“吕-42”号潜艇分别将其作战水域沿270°方位线移动80海里，“伊-16”号、“吕-41”号和“吕-106”号潜艇分别沿120°方位线移动30海里。
此外，还命令拟于19日进至特鲁克的“伊-2”号及“吕-43”号潜艇，在特鲁克周围活动。
后因上述潜艇均未发现敌情，19日先遣部队指挥官命令“伊-2”号潜艇返回特鲁克，“伊-32”号潜艇前往马绍尔群岛一带活动。于同一天，还作了如下安排：
1．部署了第7潜艇战队的兵力。（后述）
2．将第12潜艇队（“伊-174”号和“伊-176”号艇）及“伊-36”号、“伊-45”号潜艇编入第1潜艇部队。
3．20日将“吕-112”号和“吕-111”号潜艇分别编入第1和第11潜艇部队。
20日，先遣部队指挥官得知，在新爱尔兰岛以东海域发现美军特混舰队，认为特鲁克及波纳佩一带仍需加强警戒，便将部署在特鲁克东南的“伊-16”号、“伊 -169”号、“吕-41”号、“吕-43”号、“吕-106”号和“吕-108”号潜艇编成甲潜艇部队，并令其将活动水域沿180°方位线移动100海里。
21日，因在特鲁克东南海域未发现敌情，使命令“吕-36”号潜艇去平格拉普岛接下瞭望人员（23日完成任务），尔后返回特鲁克；并命令紧急出航的“伊-169”号潜艇返航。
至22日，敌情仍无变化，先遣部队指挥官则调整部署如下：
“伊-16”号和“伊-32”号潜艇，完成沃特杰岛的输送任务后，前往马绍尔群岛以东海域作战；
“吕-41”号潜艇前往贾卢伊特岛以东海域作战；
“吕-106”号潜艇返回特鲁克。
23日，刚向“吕-42”号、“吕-43”号、“吕-44”号及“吕-108”号潜艇下达返航命令，前往沃特杰方向活动的“伊-32”号潜艇就报告说，18时发现一支编有航空母舰的大编队，行至贾卢伊特岛以北60海里水域。
先遣部队指挥官判断这支特混舰队可能将于25、26日前后到达波纳佩岛以南海域，便调整了部署。
直到25日，美特混舰队的动向仍然不明，先遣部队指挥官因而作了如下处置：
1．“伊-16”号潜艇前往马绍尔群岛以东海域，“吕-41”号前往贾卢伊特岛以东海域活动。
2．“吕-36”号、“吕-42”号和“吕-44”号潜艇均沿270°方位线移动。
27日，先遣部队指挥官命令“吕-36”号、“吕-42”号和“吕-44”号潜艇返航（规定在29日前回到基地），并对即将出航的潜艇作了以下部署。
第15潜艇队在马绍尔群岛以东，破坏夏威夷至马朱罗岛之间的交通线，具体配置如下：“伊-38”号在东经171°-175°间；“伊-32”号在东经 175°-177°间；“伊-16”号在东经177°-179°间；“伊-45”号在东经179°-西经179°间；“伊-36”号西经179°-西经 177°间；“吕-115”号（3月12日进至特鲁克，28日出航）在布朗岛至东经167°之间；“吕-106”号（29日出航）在东经 167°-170°间；“伊-176”号（3月12日吴港出航）在米利岛一带。
第15潜艇队的这次作战，是当时日军为切断盟军后方补给而采取的唯一行动，但“伊-32”号潜艇未在预定的日期（25日）到达沃特杰岛附近，也未能返回； “伊-38”号因美特混舰队空袭帛琉群岛而前往该地作战；“伊-45”号一到达巡逻区就被炸伤，因而返回本土；“伊-16”号和“伊-36”号艇进行过战斗，但未取得预期的战果。
(四)4月以后的作战
第11潜艇部队3月底的大致情况如下。
在海上作战的有“伊-16”号、“伊-36”号、“伊-45”号、“伊-176”号、“吕-41”号、“吕-106”号和“吕-115”号潜艇。
停泊在特鲁克的有“伊-38”号、“伊-169”号、“吕-36”号、“吕-42”号、“吕-43”号、“吕-44”号和“吕-108”号潜艇。
停泊在苏腊巴亚的有“吕-112”号潜艇。
停泊在本土或正在向本土返航的有“伊-10”号、“伊-174”号和“吕-111”号潜艇。
3月30日、31日及4月1日，西加罗林群岛连续3天遭受美特混舰队的空袭。30日，联合舰队司令长官下令：“按照丙号作战第6方案及T号作战进行警戒，”同时对先遣部队下达如下指令：
1．部署在马绍尔群岛一带的潜艇，继续按原计划行动。
2．驻特鲁克及本土的潜艇需向帛琉方向开进。
因此，先遣部队指挥官命令“伊-38”号潜艇前往帛琉群岛东南海域作战，命令从本土紧急出航的“伊-44”号、“吕-47”号、“吕-116”号和“吕-117”号潜艇进入帛琉群岛以东海域作战。4月2日，“伊-174”号和“吕-104”号潜艇也相继出航。
4月4日，联合舰队命令先遣部队派出1艘潜艇去威瓦克，将新几内亚部队司令部（第9舰队司令部）转移到荷兰迪亚，先遣部队司令部指定“伊-38”号潜艇执行这项任务。“伊-38”号艇于8日到达威瓦克，两次往返于威瓦克与荷兰迪亚之间，终于完成了任务。
从本土出航的几艘潜艇，除“伊-174”号6日开往布朗以东海域以及“吕-104”号于同一天经塞班岛驶向特鲁克外，其余几艘后来都回到了本土，以期进一步组织训练。上述潜艇于13日至15日先后回到濑户内海西部。
4月12日，部署于马绍尔一带的潜艇，除“伊-36”号艇以外，全部奉命返航，于18日至20日先后回到特鲁克。除“吕-115”号艇发现1艘敌方巡逻艇外，其余各艇都未发现敌情。
“伊-36”号潜艇4月15日发现敌方航空母舰，但未能攻击；16日用鱼雷攻击1艘大型航空母舰，听到命中声2响（美方资料无此记载）。后于4月22日，根据先遣部队的命令，又用飞机侦察了马朱罗岛，并发出如下报告：“22日侦察了马朱罗岛，发现敌战列舰3艘、航空母舰11艘、运输船3艘、其他船只4 艘”。
30日，“伊-36”号被炸伤，5月9日返回本土。
4月9日至11日，在卡维恩以北海面出现一支强大的美海上编队，先遣部队指挥官认为，这是来袭东加罗林群岛的，10日命令“伊-174”号及“吕 -104”号潜艇（在塞班岛补给后）驶向特鲁克群岛以南海域。11日命令停泊于特鲁克的“吕-36”号、“吕-42”号、“吕-44”号和“吕-108” 号潜艇出航，也驶向特鲁克群岛以南海域，至于在卡维恩以北出现的美特混舰队，因情况不明，估计很可能是向西驶去。12日调整了“吕-108”号及（完成运输任务的）“伊-38”号艇的配置水域，13日命令下述潜艇返回特鲁克：
“伊-174”号，实际上未能返回；
“吕-36”号、“吕-42”号、“吕-44”号和“吕-104”号，于18日前返回基地。
3月底，帛琉群岛遭空袭时，古贺联合舰队司令长官乘水上飞机转移时殉职，由西南舰队司令长官高须继续指挥联合舰队。继美特混舰队4月21日的轰炸之后，盟军22日在荷兰迪亚一带开始登陆。在这种情况下，西南舰队司令长官下令：“开始实施‘Z-1’号作战”（即对来袭新几内亚西部之敌实施的截击作战）。
约于4月中旬，特鲁克岛的潜艇情况如下。
在执行任务的有“伊-36”号和“吕-108”号潜艇。
停泊于特鲁克或向特鲁克返航的有：
——“伊-38”号，19日回到特鲁克，后返回本土；
——“伊-41”号，为东南线完成运输任务后，返回特鲁克，19日驶回本土；
——“伊-16”号、“伊-176”号、“吕-41”号、“吕-106”号和“吕-115”号，在10日至20日间从马绍尔群岛一带先后返航；
——“吕-42”号和“吕-44”号，17日遭空袭时被近失弹炸伤，返回本土；
——“吕-104”号潜艇，18日进至特鲁克。
此外，“伊-169”号潜艇4月4日在特鲁克遭到空袭，下潜时发生故障沉没；“吕-30”号潜艇15日离开特鲁克，返回本土。
驻泊在塞班岛的潜艇有“吕-109”号和“吕-112”号，这2艘潜艇是20日分别从本土与苏腊巴亚来到此地的。
4月18日，侦察机在特鲁克西南430海里水域发现一支美特混舰队。为了防止遭敌空袭，先遣部队指挥官命令“吕-41”号、“吕-106”号和“吕 -115”号潜艇出航，命令“伊-176”号和“吕-108”号潜艇进入伏击阵地。后因没有新的情况，除“吕-108”号艇外，其余潜艇皆奉命返回特鲁克。
高须司令长官是21日发出“开始实施‘Z-1’号作战”命令的，同时还命令中太平洋指挥官，派出多艘潜艇前往荷兰迪亚一带迎击敌人（根据军令部的指示，除主力部队、西南部队、东北部队外，联合舰队司令长官将其他部队一律划归中太平洋部队指挥官统一指挥）。
遵照中太平洋部队指挥官的命令，“吕-104”号潜艇出航，“吕-109”号和“吕-112”号潜艇在塞班岛补给后，前往南方作战。上述潜艇均部署在阿德米勒尔提群岛以北海域。“吕-41”号潜艇也于23日出航，但其配置水域不明。
23日，先遣部队司令部迁往吴港，前方作战由第7潜艇战队司令官指挥，第51潜艇队（“吕-111”号、“吕-113”号，缺“吕-114”号艇）及“吕-41”号潜艇也被编入第7潜艇部队。
4月26日，第7潜艇部队指挥官命令“吕-108”号潜艇返航。这样，部署在新几内亚一带的潜艇只有4艘了。29日接到报告，在北纬0°50′、东经 148°40′水域发现一支美特混舰队，正以31°航向、18节航速航进。因此，又将上述4艘潜艇调到美利温岛以南水域。
从30日开始，特鲁克就受到美特混舰队的袭击，第7潜艇部队指挥官命令停于特鲁克的“伊-16”号、“伊-176”号、“吕-45”号（25日从本土到达这里）、“吕-106”号、“吕-108”号和“吕-115”号潜艇出航，将其配置在特鲁克群岛以南海域。
5月2日，部署在美利温一带以及塞班岛与特鲁克以南的潜艇，奉命返回特鲁克。来到特鲁克不久的“吕-45”号潜艇，未能返回。此外，“伊-183”号潜艇4月28日从丰后水道驶向特鲁克岛，后来下落不明。
对吉尔伯特群岛作战进行研讨后，先遣部队采用了新的作战方针，并开始实施断敌后勤的作战。但是美军开始进攻夸贾林岛后，日方只能以少数潜艇与美特混舰队周旋，而且还需根据敌情或对敌情的判断，频繁地调整部署。尤其是3月份的作战指导，与吉尔伯特群岛作战时，毫无变化。
各潜艇只是东奔西走，而无遇敌机会，只有在马绍尔群岛以东海域实施断敌后勤作战的“伊-36”号潜艇，有机会袭击一艘航空母舰。
二、东南线的潜艇输送
1943年12月初，第7潜艇部队的兵力（几乎所有的小型潜艇都从事运输）如下：
第7潜艇战队（第51潜艇队）所属的潜艇有“吕-104”号、“吕-105”号、“吕-108”号、“吕-109”号潜艇。
从第6舰队等单位调给东南部队的有“伊-6”号、“伊-16”号、“伊-38”号、“伊-177”号和“伊-181”号潜艇。
第7潜艇战队司令官在腊包尔从陆上指挥作战，各潜艇以腊包尔为基地，为新几内亚以及新不列颠岛西部地区进行运输。
鉴于为东南前线实施潜艇运输的重要性，先遣部队指挥官1944年1月5日决定，优先考虑为东南部队补充潜艇。1月7日，东南部队参谋长提出增加潜艇载运量的期望，先遣部队指挥官则决定：近期即将编入东南部队的“伊-41”号和“伊-180”号潜艇在特鲁克将主炮拆掉，并将弹药卸下，“伊-171”号只将弹药卸下即可。此外，还命令来东南线担任输送任务的“伊-42”号、“伊-43”号和“伊-184”号潜艇，自本土出航前，就将主炮拆除，并将弹药卸掉。
2月9日，联合舰队司令长官将编入东南部队的潜艇（包括第7潜艇队的潜艇）改为5艘，并将东北潜艇部队所属的第7潜艇队调给第6舰队。
从1943年12月到1944年2月中旬，被轮换调到东南部队的潜艇如下：
12月18日，“伊-38”号换为“伊-36”号；
1月5日，“伊-177”号换为“伊-41”号；
1月6日，“伊-36”号换为“伊-171”号；
1月15日，调来“伊-180”号；
1月22日，“伊-16”号和“伊-180”号换为“伊-169”号和“伊-185”号；
2月5日，“伊-6”号和“伊-171”号换为“伊-42”号和“伊-43”号。
结果，2月上旬前，调入的潜艇为“伊-41”号、“伊-42”号、“伊-43”号、“伊-169”号和“伊-185”号5艘，以及“伊-5”号（调入日期不明）。在此期间，各潜艇的运输情况大体如下（西奥和伊包吉在新几内亚北海岸，加里岛在其附近）：
“伊-6”号，向西奥运输3次，向伊包吉运输2次，向苏尔密运输1次，2月12日从腊包尔返回横须贺。
“伊-16”号，向西奥运输1次，12月25日从腊包尔返回横须贺。
“伊-38”号，向苏尔密和西奥各运输1次（用运输罐），12月26日从腊包尔返回吴港。
“伊-177”号，向西奥运输5次，从西奥向马丹运送1次（送陆军集团军司令一行），1月15日从腊包尔返回佐世保。
“伊-181”号，向西奥运输1次，向布喀岛运输2次，1月13日从腊包尔向加里岛运输，出港后下落不明。
“伊-26”号向苏尔密运输1次后，返回佐世保。
“伊-41”号，向苏尔密、布因各运输1次。
“伊-171”号，向加里岛运输1次，1月30日从腊包尔驶向布喀岛，后来下落不明。
“伊-180”号，因发生故障未能运输，返回佐世保。
“伊-169”号，向格林岛运送1次陆战队，向伊包吉运输1次物资。
“伊-185”号，同上。
“伊-42”号，在特鲁克一带执行任务，未参加运输行动。
“伊-43”号，在驶往特鲁克的途中下落不明。
“伊-5”号，2月19日驶抵腊包尔。
这期间，第7潜艇战队的运输情况大体如下：
“吕-104”号，向苏尔密和加里岛各运输1次，1月31日从腊包尔返回吴港。
“吕-105”号，向苏尔密运输4次。
“吕-106”号，向苏尔密运输2次。
“吕-108”号，向苏尔密运输1次（但未成功），12月20日从腊包尔返回本土。
“吕-109”号，向布因运输3次，向苏尔密运输1次。
(一)2月中旬以后
如前所述，2月17日第51潜艇队被编入先遣部队，第7潜艇战队司令官大和田昇指挥第6舰队派出的潜艇执行输送任务。
3月2日，由于战时编制的更改，第7潜艇战队被编入第6舰队，联合舰队司令长官将第7潜艇战队司令部编入东南部队，并将东南部队所属的潜艇改为3艘。
根据上述命令，“伊-169”号艇于3月6日归建，“伊-185”号艇在“伊-42”号调入东南部队（2月28日）后，也归还先遣部队。
此后，东南部队的战况日益恶化，已无法以腊包尔为基地进行潜艇作战。鉴于这种情况，联合舰队3月15日通知尚未完全编入东南部队的第7潜艇战队司令部及其所属潜艇，仍归先遣部队指挥，先遣部队指挥官3月20日将第7潜艇战队的兵力作了如下部署：
指挥官——第7潜艇战队司令官
兵力——第7潜艇战队司令部、“伊-2”号、“伊-41”号和“伊-42”号潜艇
主要任务——袭击敌方舰船，并实施作战运输。
这样，以腊包尔为基地的潜艇作战使告结束，第7潜艇战队司令官乘“伊-41”号潜艇于25日到达特鲁克，在第85潜艇基地进行指挥。编入东南部队各潜艇的活动情况大致如下：
“伊-5”号，2月19日到达腊包尔，向苏尔密运输2次，3月10日离开腊包尔，向本土返航。
“伊-169”号，2月19日向布因运输，3月6日离开腊包尔，返回特鲁克。
“伊-185”号，向布喀运输2次，但第2次因被击伤未能完成任务，3月31日回到佐世保。
“伊-41”号，2月20日向布因运输，27日从腊包尔运送飞行人员到特鲁克，尔后又将第7潜艇战队司令部全部从腊包尔送到特鲁克（3月25日到达）。
“伊-42”号，执行截击美特混舰队的任务后，3月3日驶抵塞班岛，在这里载上陆战队出航。19日到达帛琉，23月从帛琉驶向腊包尔，出港后下落不明。
“伊-2”号，4月2日成功地向西库逊湾（新不列颠岛东北部）及腊包尔进行了运输，但向特鲁克返航时下落不明。
“伊-41”号潜艇4月1日从特鲁克出航，成功地对布因进行了运输（7日），后经特鲁克返回本土。这是日军对布因的最后一次运输。
三、“阿”号作战计划
夸贾林岛1944年2月初失守后，日军竭力加强绝对国防圈的防御。在美特混舰队袭击内南洋的几个要地以及美潜艇大肆活动期间，日军向塞班岛、关岛、帛琉群岛、马洛克瓦里等地各增派了一个师。关于在中太平洋成立负责统一指挥的第31集团军及中太平洋舰队以期加强防务的情况，前面已经提过，这里不再赘述。
另一方面，日海军预定在第1机动舰队（以第2和第3舰队于3月1日编成）及第1航空舰队（可以机动的岸基航空部队）的兵力基本准备就绪之后，截击并击败5月下旬以后来袭的美国舰队，以期挽回败局，此行动称为“阿”号作战。
5月3日，丰田副武上将继任联合舰队司令长官，大本营也于同日下达了军令部总长关于“阿”号作战的指示。丰田长官与军令部磋商后决定以“大淀”号巡洋舰为旗舰，对联合舰队实施指挥。此外，丰田副武上将还根据大本营的指示，下达了联合舰队实施“阿”号作战的命令。
联合舰队在“阿”号作战计划中将其作战目的作了如下阐述：“联合舰队的主要作战行动以中太平洋以南到‘新几内亚’北岸的海域为正面，集中决战兵力，协同友军一举歼灭来袭之敌，尤其要消灭敌特混舰队，以彻底打破敌人反攻的企图。”其作战要点大致如下：
1．迅速将全部决战兵力集中到主要作战海域。
2．尽可能充分利用前方各据点，以察明敌情。
3．重视实施突袭，竭力削弱敌军的战斗力。
4．预想的决战海域大致如下：
——第一决战海域在帛琉群岛附近；
——第二决战海域在西加罗林群岛附近。
5．将大部分岸基航空兵及全部机动部队集中于决战海域周围，将敌诱至上述海域后，以全军兵力实施决战。
6．先遣部队的潜艇主要用于实施出敌不意的袭击，搜索敌人以及进行追击。
以上是决战前应付各种情况的作战要点。在此作战要点中，赋予先遣部队的任务是“‘阿’号作战开始后（日军完成作战部署时），(1)侦察敌方要地，(2)实施出敌不意的袭击；(3)将部分兵力部署在加罗林群岛以南海域，主要行动是查明敌情。‘阿’号作战准备实施决战时（如有敌人出动的征兆），除迅速将部分兵力部署于加罗林群岛以南海域外，其他同前。”
联合舰队的作战计划，将西加罗林群岛判断为美军的进攻方向。处于劣势的日军所采取的方针是，以第1机动舰队和第1航空舰队的协同行动，首先打垮美特混舰队，尔后消灭其登陆部队。因而要求先遣部队在决战前，重视出敌不意的袭击，并加强搜索与侦察，决战后，对敌进行追击。后于5月20日，联合舰队调整兵力部署时，为先遣部队规定了4项主要任务：(1)出敌不意地攻击敌舰队；(2)监视敌人与查明情况；(3)实施作战运输；(4)进行破交作战。
(一)先遣部队的作战计划
根据联合舰队的上述作战计划，先遣部队制定了自己的作战计划，现概述如下。
1．在“阿”号作战开始前，先遣部队全力以赴，对敌要地进行侦察，同时实施出敌不意的袭击，以期削弱其战斗力。如果敌人出动的征兆益愈明显，则迅速进入截击部署，以歼灭敌人。
2．“阿”号作战开始时，先遣部队的兵力部署如下。
直属队 辖第6舰队司令部，在吴港对作战实施全面指挥。
第1潜艇部队 由先遣部队指挥官直接指挥，辖第7潜艇队（缺“伊-6”号艇）、第12潜艇队（缺“伊-176”号艇）、第15潜艇队（缺“伊-16”号艇）、第22潜艇队（缺“伊-177”号、“伊-180”号和“伊-183”号艇）、第34潜艇队（缺“吕-41”号艇）以及“伊-10”号、“伊-36”号潜艇。其任务是：(1)出敌不意地攻击敌舰队，进行侦察与巡逻；(2)破坏敌方交通线；(3)捕捉、攻击并消灭敌特混舰队及其运输船队；(4)实施战斗运输。
第7潜艇部队 由第7潜艇战队司令指挥，辖甲潜艇部队（甲SSB）和乙潜艇部队（乙SSB）；前者由第51潜艇队司令指挥，其兵力为第51潜艇队（缺“吕-115”号艇），其任务为：(1)巡逻警戒、侦察敌情和攻击敌舰船，(2)截击敌特混舰队，(3)捕捉与攻击敌登陆输送队；后者由第7潜艇战队司令直接指挥，其兵力为“伊-16”号、“伊-176”号、“伊-183”号、“吕-41”号和“吕-115”号潜艇，其任务为：(1)实施作战运输，(2)侦察敌情，(3) 攻击敌舰船。
