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宣扬民生主义，筹划全国铁路
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袁世凯就职后，孙中山公布了采行法国式责任内阁制的《中华民国临时约法》，袁世凯遂任命唐绍仪为民国第一任国务总理，并负责组阁。完成一切法律程序后，袁、唐新政府正式确立，南北一统。信守诺言的孙中山于1912年3月31日辞去了临时大总统一职。从就职到辞职，孙中山只做了45天的临时大总统，这不仅在民国史上是最短的一任总统，在中华5000年历史上，也是在任最短的开国元勋了。
南京同盟会会员为孙中山举行了饯别会，孙中山在会上发表演讲，阐述了他的民生主义思想，这实际上也是孙中山在未来一段时间里为自己所作的规划。
在孙中山看来，在中国实行民生主义，就是一面图国家富强，一面防止资本家之流弊。他用自己多年在国外的考察和比较，提出了一套实行民生主义的途径和方针。
4月7日，孙中山应蔡元培之邀，乘火车到南京，改乘军舰，与胡汉民、汪精卫、廖仲恺等20多人到达武汉，同行的还有孙中山的儿子孙科及女儿孙婉以及新从美国毕业归来、年轻貌美的英文秘书宋霭龄等。他们乘马车经过的长街两旁，各路店铺民房都张灯结彩，男女老少都夹道欢迎，孙中山于是让马车缓缓而行，人人都以亲眼目睹几十年领导推翻清政府的革命领袖为荣。
4月25日，孙中山到达广州，自从1895年发动第一次广州起义失败后，孙中山已有17个年头没有踏上家乡的土地。孙中山到达时，广州城内万人空巷。5月底，孙中山又回到了阔别17年的故乡翠亨村，与卢夫人、长兄孙眉等亲人团聚，孙中山只在家里停留了短短3天又返回广州，这也是他最后一次回到故乡。
这段时间孙中山的演讲内容，都集中在“民生主义”上。回望近代中国，孙中山算是自有一套颇具原始性的建国蓝图的最高当国者。他那一套建国思想，形成所谓三民主义的理论，至此已相当成熟。辛亥之后，他对袁世凯曾寄以热忱的厚望，认为在袁氏治下，他的民族、民权两主义，已相当成功了。如今所余者只剩个民生主义有待实行。
孙中山关于民生主义的言论，在国外激进人士中引起热烈回应。他的一部分演说，被译成法文后载于7月11日比利时工人党机关报——布鲁塞尔《人民报》，又由法文译成俄文，载于俄国布尔什维克报《涅瓦明星报》上。列宁在该期刊物中发表了《中国的民主主义和民粹主义》，高度评价孙中山的纲领：
孙中山纲领的每一行都渗透了战斗的、真实的民主主义。它充分认识到“种族”革命的不足，丝毫没有对政治表示冷淡，甚至丝毫没有忽视政治自由或容许中国专制制度与中国“社会改革”、中国立宪改革等并存的思想。这是带有建立共和制度要求的完整的民主主义。它直接提出群众生活状况及群众斗争问题，热烈地同情劳动者和被剥削者，相信他们是正义的和有力量的。
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会晤袁世凯
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从表面上看，袁世凯最初也希望能与孙中山保持一个良好的关系。1912年4月，袁世凯两次向孙中山发出北上共商国是的邀请，为了表示“诚意”，袁世凯又派他的长子袁克定到上海迎接。袁世凯还以孙中山辞大勋位而拨美金1万元，资助孙科夫妇及其两个妹妹作留美学费。
6月底，袁世凯因内阁问题与同盟会冲突，急需借孙、黄两人之力，于是再次电请孙中山北上，以“调和党争”，孙中山于是回电答应了袁世凯。
就在孙中山启程前两天，袁世凯和黎元洪合谋枪杀了革命党人张振武与方维，这立即遭到了同盟会的强烈反弹。中国同盟会宣布革去黎元洪协理一职并除名，其他党派议员也联名对黎、袁提出质问及弹劾。
蔡元培等人认为袁世凯“不足信”，反对孙、黄二人北上。孙中山虽然对黎、袁的行为也颇为不满，但为了顾全南北统一大局，又被袁世凯的辩解所迷惑，他极力主张平息风潮，还给黄兴发电报敦促其北上。对劝阻他本人前往会袁的人，孙中山回答：“无论如何不失信于袁总统，且他人皆谓不可靠，我则以为可靠，必欲一试吾目光。”遂与夫人卢慕贞及居正、魏宸组等启程北上。
孙中山于8月24日下午到达北京，袁世凯派亲信赵秉钧代表欢迎，又为孙中山准备了朱漆金轮马车，由正阳门入城。孙中山本想在第二天再拜会袁世凯，但袁表现得积极主动，当晚就派人来迎接孙中山。
据当时参加这次会见的人回忆，当时孙中山到了铁狮子胡同总统府，由内客厅步行出来，站在台阶口准备迎接。这时袁世凯的马队也飞驰而到，平素袁一向上下车皆须侍从搀扶，但这一次他摆手示意侍卫不要搀扶，自己硬撑着走上台阶，表示步履轻健的样子，走到台阶的最高两级他步趋慢了下来。孙走前两步，前来握手，袁亦肃然趋前握手，说：“先生路上一定很辛苦吧。”
袁世凯对这次会面显得很庄重，身穿军服、佩刀。当时军礼，室内待宾须脱帽并摘下佩刀。袁或因当天过于兴奋又相当紧张，竟将礼节忘记。他平素有挠头的习惯，落座以后，袁照常挠鬓，因手触帽，忽觉自己未曾脱帽、摘刀，于是赶紧用手解摘佩刀，而佩刀在腰间撑得很紧，一时解摘不下，才慢慢用左手把军帽脱下。一时间稍显窘迫。
在孙、袁说话之间，卢夫人由厅旁内室走出相见，宋霭龄则陪在卢旁。那时宋的身份是卢夫人秘书兼翻译。袁世凯对卢夫人也显得很客气，致问饮食及路上情形周到备至。袁世凯比孙中山大7岁，但相比之下，孙态度肃穆自然，而袁则拘束异常，两人显然不在一个层面上。
当晚袁世凯请孙中山和卢夫人在总统府大礼堂晚宴，约了内阁阁员作陪，两人席间并未正面谈及政治问题。袁世凯在欢迎辞中客套说：“财政外交，甚为棘手，尤望先生不时匡助。”孙中山答辞表示：“惟自军兴以来，各处商务凋敝，民不聊生，金融滞塞，为患甚巨。挽救之术，惟有兴办实业，注意拓殖，然皆恃交通为发达之媒介。故当赶筑全国铁路，尚望大总统力为赞助。”袁世凯在孙中山走后对别人说：“不图中山如此瞭亮！”而孙中山也对身旁人评价：“袁总统可与为善，绝无不忠民国之意，国民对袁总统，万不可存猜疑心，妄肆攻讦，使彼此诚意不孚，一事不可办，转至激迫袁总统为恶。”看得出来，孙中山最初还是心存善意，以国家大局为重，希望事态朝着好的方向发展。
孙中山此次在北京逗留约一星期有余，袁世凯嘱咐身边亲信陪孙共谒明陵、游居庸关、至张家口，每天再将亲信召至府中，打探孙中山的举止、语言等。这段时间是孙、袁关系的蜜月期，两人会面13次之多，且多为密谈，有时只有总统府秘书长，有财神爷之称的梁士诒在座。据梁回忆，每次谈话时间自下午4时至晚10时，有几次甚至谈至次晨2点。
在一日宴会上发生了一件不甚愉快的插曲。据袁世凯身边的张国淦日记记述：
中山来京后第三天，袁世凯在迎宾馆设筵为其洗尘，到者有四五百人，在大厅布置┌┐形餐案，孙及其随员北面南向坐，袁及内阁阁员及高级官吏皆向坐，北洋一般军官坐在东西两排，孙、袁在正中对坐。入座后说了一些普通客套话，吃过一个汤，第二个菜方送上来，便听到西南角上开始吵嚷，声音嘈杂，说的都是“共和是北洋之功”，随着又骂同盟会，认为是“暴徒乱闹”，随着东南角也开始响应，并说“孙中山一点力量也没有，是大话，是孙大炮”、“大骗子”。这时两排的军官已经都站了起来，在吵嚷的同时，还夹杂着指挥刀碰地板、蹬脚和杯碟刀叉的响声，但都站在自己的座位呼喝乱骂。中山态度还是从容如常，坐在他旁的秘书宋霭龄也不理会。仍照旧上菜，只是上得很慢。
我当时想袁或段（陆军总长段祺瑞）该说一说，你们不能胡闹，但他们始终没有作声。闹了有半小时左右，似乎动作很有步骤，从当时的情形看，显然是布置好的。起头的是傅良佐等，想在吵闹时等中山或他的随员起向答辩，便借机由北洋军人侮弄他一番。但出乎意料的是中山等始终没加理睬，若无所闻。筵宴终了，孙、袁回到副厅休息室，厅内便又大乱起来。北洋军人离开座位肆意乱吵，非常得意，很久才逐渐散去。
那些席上胡闹的北洋军官，究竟是否是在袁的授意下，给孙中山上演的一场“戏”，我们无从考证，但至少可以从中看出，这些旧官僚们对孙中山还是颇为不敬的。但这些丝毫没有影响两人初次会晤时对外释放的友好信息。孙中山曾对袁表态：“十年以内大总统非公莫属。”这个意见也见诸于公开言论。而据报载，袁世凯甚至也曾向孙中山表示，可加入国民党。
著名历史学家唐德刚先生在《袁氏当国》一书里，对孙、袁两人作了相对客观的点评。他说，袁世凯是传统中国里的“治世之能臣，乱世之奸雄”，才大心细，做事扎扎实实，有板有眼，是位极有效率的行政专才和标准的中国法家。但是他无理想，对现代政治思想更是一无所知。
而孙中山恰恰是袁的反面。孙中山周游世界，爱国之心极为强烈，为人又好学深思，满头脑理想，欲施之于中国，而道不得行。辛亥之后自己虽不在位，但对袁世凯倒满怀幻想，因此在与袁氏密谈时，他诚心诚意地劝袁练兵百万以强中国，而自己则愿专任修路之责，希望把全国铁路延长至20万里（一说10万英里）。
孙中山这席话虽出自一位伟大爱国者的至诚，但是听在有高度行政和经济建设经验的袁世凯的耳朵里，就是天方夜谭不切实际。所以袁氏后来在背后说孙中山是个“大炮”。孙中山的“孙大炮”的诨名，据说就是袁世凯叫出来的。但袁氏是个老谋深算的旧式官僚，他不愿开诚布公地质疑孙中山此计划的可行性，反倒为了笼络孙中山，顺水推舟，让孙氏监修全国铁路，让他完成20万里的伟大计划。
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孙中山的全国铁路计划
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袁氏派孙中山去修筑铁路，显然是投其所好，给这个革命领袖找个优差肥缺，安顿下来，免得他继续革命或重新造反。而孙中山是个真诚的爱国者，他并没有过多的权谋之心、看穿袁世凯的真实意图，而是很认真向中西媒体正式宣布自己今后的使命之后，就认真地干起来。
孙中山的铁路建设思想，最早见于他在1894年写的《上李鸿章书》里。辞去临时大总统一职后，作为实现其民生主义的一部分，孙中山数次向外界宣讲筹划全国铁路的必要性及诸多益处。1912年7月22日，孙中山被上海中华民国铁道协会推举为会长后说：
凡立国铁道愈多，其国必强而富。如美国现有铁道20余万（英）里，合诸中华里数，则有70万里，乃成全球最富之国。中华之地5倍于美，苟能造铁道350万里，则可成全球第一强国。
9月，孙中山专程去八达岭张家口考察詹天佑设计修建的京张铁路，并正式邀请詹天佑当他的技术助手。孙中山对筹建铁路的热情，也正中袁正凯的下怀。他特授孙中山以筹划全国铁路全权，出任中国铁路总公司总理，设总部于上海。他还把自己当年为慈禧太后回銮时所特制的豪华花车，拨给孙中山用，以便巡视全国铁路现状，同时命令各地地方官，对巡视路政的孙中山盛大招待。黄兴同时也受任为汉粤川铁路督办以助孙中山一臂之力。在袁世凯的怂恿下，孙中山率领大批失业党人，乘了豪华专车，到全国视察去了。等到后来孙、袁交恶，当局要清查铁道公司的账目，却发现铁道一寸未建，而视察公款已花了百十万两。
关于10万英里铁路、100万英里公路的建国方略，是孙中山一生的目标，但在一无资金二无人才的现实条件下，他1公里铁路也未修成过。历史学家唐德刚先生说，他后来查阅大陆资料时发现，1998年3月中国铁道部在确定今后五年加快铁路建设的总目标时说，“2000年铁路营运里程达到6—8万公里；到2002年，突破7万公里”——这就是说，中国直到21世纪初，铁路营运里程的目标尚在“突破7万公里”，而孙中山要在民国初年建20万里铁路，如果说“中山因无行政经验，乃有此失”，那袁世凯其实是明知其不可为而故意“设阱以陷之”，这就是袁之大奸巨猾的表现了。
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成立国民党
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孙中山此次北上，晤袁是一个主要内容，另一个主要内容是参加国民党的成立大会。
在南京临时政府成立后，1912年1月22日，同盟会在南京举行了一次重要会议，有来自内地18个省的2000多名会员代表参加。会上，胡汉民代表孙中山，提议将誓词修改为“颠覆满清政府，巩固中华民国，实行民生主义”，获一致通过。在讨论日后政党改组问题时则分歧很大，讨论结果，大多数认为武装革命已告结束，应改为公开的政党，因为孙中山当时在主持国政，汪精卫被选为总理，但汪精卫并没有就任。
同盟会领导的辛亥革命，终于推翻了已经腐朽不堪的清王朝。中华民国的成立，民主气氛高涨，“政党政治”一时成为热潮，在很短的时间内竟出现上百个政党，出现党派林立的局面。3月3日，中国同盟会本部于南京召开全体大会，孙中山又一次当选为同盟会总理；在宋教仁的鼓动下，同盟会通过了新修订的《总章》。这个新纲领核心精神是将同盟会从过去秘密的“革命党”变为公开合法的“政党”。在他们的心目中，“政党”就是西方那种在议会中通过选举取得执政权的党，而“革命党”并非“政党”。在这种背景下，他们将“革命党”同盟会改造成“政党”国民党。
中华民国临时政府迁都北京后，同盟会总部也于4月25日由南京迁到北京，日常事务由宋教仁主持。在参议院中，同盟会占有多数席位，这令袁世凯颇以为患，急欲削弱其力量。他支持立宪派人士张謇、汤化龙等联合统一党、民社党、国民公党、国民共进会等小党，成立了共和党，出版机关报——《国民公报》，公开称南京临时政府为“假政府”。
袁世凯就职后，让唐绍仪组成的内阁人选里，涉及外交、内政、陆海军、财政和交通等实权部门的总长人选，都清一色掌握在袁氏人物手中。
黄兴在新政府的职责是在南京留守。其实是要遣散部队，以让革命后的国家有个喘息之机，来从事和平建设。当时很多人都找上门来，希望谋个一官半职，面对挥之不去的求职者，最后黄兴只好登报声明，不允徇私，无职可给。要遣散30万官兵，最低限度的恩饷（遣散费），非250万两不可。留守处哪有这笔巨款呢？依法报请北京国务院索饷。
初上任的唐绍仪总理也两手空空，除举外债之外，别无财源。不得已，他向四国（英、美、德、法）银行团商借外债8500万两。在签约之前，请求对方先垫付3500万两，以解燃眉之急。四国原已答应垫款，但是日本、俄国闻之后抗议——每个列强在中国的目的不一样，英国意图占西藏，俄国要新疆、蒙古、满洲，日本要占南满和闽南，它们唯恐彼此分赃不均，因而各国势力相持不下。不得已，唐氏内阁决定改向六国银行团（加入日俄两国）商借，但日俄又另提要求：此款不得用于满、蒙地区，因为它们早已视满、蒙为自己的势力范围。
另一方面，唐绍仪与英、美、德、法四国银行团谈判借款也陷于僵局。因银行团不信任中国官僚，即便允许借款，也坚持应由四国派员监督使用为条件。唐绍仪终因无法应对内外交困，任职未及三个月，竟然弃职离京。袁世凯只好任命原外交总长陆征祥为代理国务总理，但这一任命遭到议会的反对。
1912年7月26日，袁世凯不顾议会反对，出动军警威胁参议院强行通过陆征祥出任国务总理。面对袁的专权，原本在唐绍仪内阁任“农林总长”的宋教仁，深感必须组织一个强大的政党，造成两党对峙局面，引向“宪政轨道”。
当时南北小党共有数百家之多，但宋教仁更青睐于几个较大的小党，其中统一共和党是参议院中的另一大党（其党魁是蔡锷），也极不满陆征祥组阁，也深感有扩大力量的必要，提出与同盟会合并的愿望。
经几次商谈后，合并之事进展颇为顺利，国民公党也表示愿意加入合并，国民共进会和共和实进会得知三党将合并，也表示愿加入合并谈判。结果五党于8月13日达成协议：
一、合并之前，取“共和之制国民为国主体”之体，更名为“国民党”。
二、拟定党纲15条，其主要内容有：“保持政治统一”，“发展地方自治”，“励行种族同化”，“采用民生政策”，“维持国际平和”。
三、总部组织分：总务、文事、政事、交际、会计五部。各地组织一律改称支部。
1912年8月25日，国民党在北京召开成立大会，与会者数千人，极一时之盛。孙中山出席大会作主题演说，称五党合并为一大政党，“乃民国大幸福”。会议选举中，孙中山以1130的绝对多数票，当选为理事长。孙中山力辞不就，国民党中央于是决定由宋教仁代理。宋教仁于是成为当时中国第一大政党的党魁，锋头之盛，气势之高，一时无二。那一年，宋教仁年仅30岁。
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宋教仁遇刺案
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1913年3月20日晚10点左右的上海北站显得热闹非凡，宋教仁、黄兴、廖仲恺等都聚集在此，准备送奉袁世凯电召北上的宋教仁乘夜车北上北京。
10点45分，当宋教仁被黄兴等人簇拥着走到剪票口时，忽背后中了一弹，穿入胸中，直达腰部。宋忍痛不住，靠在铁栅栏上，凄声说道：“我中枪了。”正说着，又闻枪声两响，车站顿时大乱，刺客乃趁机逃去。于右任等赶来急忙送宋教仁入沪宁医院抢救。但因子弹射中心脏附近，3月22日凌晨宋教仁不治身亡。黄兴、陈其美、于右任、居正等人皆悲愤填膺，情不可抑。
宋教仁遇刺后，举国震动，舆论大哗。国民党人认为此案的幕后黑手，一定是袁世凯。
1912年8月，宋教仁联合五党组成国民党，出任代理理事长，一时锋头甚劲。袁世凯对宋教仁一直心存忌惮。袁世凯先是对宋教仁有意拉拢，让他出任总理，孙中山、黄兴、唐绍仪等也劝他就任。但宋教仁坚持政党内阁的主张，所以坚辞不就。据说袁世凯送他西装，连尺码都非常准确，还送他交通银行50万元的支票一本，请他自由支用，但宋教仁只略取少许，离京南下前夕即让赵秉钧交还袁，留信一封表示“实不敢受”。不久，宋教仁领导的国民党在国会两院选举中大获全胜，宋氏政治前途如日初升，所到之处，欢迎会上无不人山人海。国民党元老谭人凤一语中的：“国民党中人物，袁之最忌者唯宋教仁”。这正道破了问题之要害。
其实在袁世凯眼里，孙中山并无多大威胁。孙中山只是宣传自己的主义，不外平均地权、节制资本和修建铁道。而被评价为“议会迷”的宋教仁则热衷于西方议会民主、多党选举制度，鼓吹责任内阁、政党内阁。在各地演讲中，宋教仁极力宣扬将总统改为没有实权的虚位领袖，甚至宣传夺权。在国民党湖北支部讲演时，宋竟赤裸裸地批评袁政府“自掘坟墓，自取灭亡”，并说“到了那个地步，我们再起来革命”云云。宋教仁屡屡言辞激烈，因而党内同志很为他的安全担心，而宋少年气盛，不以为意。
在上海，陈其美也要宋教仁提防暗杀，宋狂笑说：“只有革命党人会暗杀人，哪里还怕他们来暗杀我们呢？”许多朋友来信要他多注意安全，他都以为是谣言。就在他3月20日，动身北上那天与《民立报》记者话别时，对方请他慎重防备，宋坦然地说：“无妨。吾此行统一全局，调和南北，正正堂堂，何足畏惧，国家之事，虽有危害，仍当并力赴之。”
很多历史学者认为，宋教仁死于年轻气盛、锋芒毕露，对中国根深蒂固的封建专制体制缺乏深刻认识，在全无民主经验和训练的彼时中国，宋教仁的存在和做法被当政者视为最大威胁。其实，袁世凯及北洋集团握有的资源，远胜于国民党，但由于对那种新兴的民主政治的运作方式的不熟悉以及不重视，袁党没有在大选中下力竞选，因而输给了深谙此道的宋教仁。
虽然宋教仁只活了32岁，但正如一位学者所言，“他掀起了20世纪初那个昙花一现的瞬间所掀起的民主旋风，至今仍是中国民主宪政史上一道最壮丽的风景线”。宋教仁遭暗杀，“是中国民主化步履艰难、充满痛苦、血腥的开端”。
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“宋案”真相
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宋教仁遇刺案的破获，出乎意料地顺利。
1913年3月23日，古董字画商王阿发到英租界捕房报称：一周前因卖字画曾去应夔丞（即应桂馨）家，应即拿出一张照片，要他谋办照片上的人，愿出酬金1000元。他未允。宋被刺后，王阿发见各报刊所登宋的照片与应给他看的照片相同，特来报告。
公共租界巡捕房根据密报，在一妓院中将应夔丞抓获，并立至应家搜查。在应家搜查中发现其中一人神色慌张，遂带回巡捕房审讯，这位自称叫张福铭的人最终供出真名为武士英，而他正是杀害宋教仁的真凶。
山西人武士英早年曾投奔革命党，充当敢死队，转战数省，升为下级军官。以后又脱离军旅，到了上海，结识了当地会党头目应夔丞。应夔丞，其实也是上海滩大名鼎鼎的角色。他有两个头衔，一是中华民国共进会会长，一是江苏驻沪巡查长。他原是策动武昌起义的共进会的一个干部，算是武汉军政府中的“三武”张振武的党羽。张振武后来与黎元洪争权，被黎骗往北京，并乞袁世凯代为杀之。正在拉拢黎元洪的袁世凯迅速将张振武枪杀。
张振武一死，黎元洪便完全投向袁世凯，而原先捧他上台做开国元勋的革命党，尤其是共进会，便成了他的对立面。共进会的应夔丞也因反黎也被黎所通缉，从武汉逃回上海。在同盟会扩大为国民党之后，应夔丞也与陈其美、宋教仁、黄兴、于右任等都很熟识。国民党在上海为宋教仁操办丧事时，应夔丞也进进出出，做热心帮忙状。等到应东窗事发，陈其美等都大为惊异：杀宋的凶手竟是国民党自己的同志。
应夔丞被捕后，法捕房总巡率人至应宅进行数次搜查，起获了大量公文凭据，才发现应的背后指使人，竟然出自北京国务院内务部的一位秘书洪述祖。抄获文件显示，洪述祖又受命于国务总理赵秉钧。
在袁世凯与孙中山暗中角力时，袁世凯的党羽想在革命党内搞个反间组织，应夔丞成了他们的人选。应某也顺势倒入袁党，成为袁世凯在国民党中的“卧底”。应夔丞在北京的顶头上司便是洪述祖，由国务总理赵秉钧直接指挥。
自此，由洪述祖经手，应夔丞每月从国务院秘密领取2000元的活动经费。他们不但在新闻界收买了一个叫做《民强》的刊物，专门替袁党作宣传，以与国民党报刊相对抗，甚至遍访或捏造孙、黄、宋等人的“劣迹”，以做人身攻击。
当宋教仁的言辞越来越激烈时，袁世凯手下的这群党羽也越来越坐立不安。应夔丞与洪述祖形成密约，由应物色杀手并具体指挥刺杀宋教仁。应夔丞见武士英精于枪击，且贪财胆大，遂与之商议刺宋一事。两人一拍即合。
真相大白于天下，幕后黑手竟然是袁世凯身边的亲信，这使袁世凯一下子置于千夫所指之境地。问题是，赵秉钧是否直接向手下下达过刺杀宋的命令，以此为袁世凯排除隐患之忧？而袁世凯，对这一切是否真正知情？
据章士钊回忆，当宋教仁遇刺的电报传到时，他正在总统府与袁世凯一起用餐。袁闻讯后的反应是叹息说，“遯初（宋教仁的字）可惜，早知如此，何必当初？”随后闲谈中，袁世凯意指宋案的凶手是黄兴，理由是“黄、宋争国务总理，两派大决裂为证”，章士钊闻之不满，愤然辞出。
宋教仁遇刺消息传来时，赵秉钧正在主持内阁例会，“闻听消息，大惊失色，一边绕桌子不停转圈一边转自言自语：‘人若说我打死宋教仁，岂不是我卖友，那能算人？’各总长相顾均未发言。少顷，府中电请总理，总理即仓皇去府。”赵秉钧的反应是一种“表演”还是真的意外？
宋教仁遇刺后自知不久于人世，还授意黄兴拟了一份电文上书袁世凯作最后诤谏，一直到死，他都没有怀疑过袁世凯。
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对“宋案”犹豫不定的国民党
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宋教仁遇刺时，孙中山正率大批国民党随员作访日之行，得知消息后，他立即中止访问，于1913年3月25日返抵上海。当晚孙中山等人便在黄兴寓所召开国民党高级干部会议，以商讨对策。据当时的报纸报道，“随至黄克强（黄兴）先生家，相见泪下，谓不意海外归来，失此良友……”
孙中山此前对袁世凯的种种幻想这时已完全破灭，在极度悲愤的情绪之下，他力主起兵讨袁。但与会者中除戴季陶一人随声附和之外，其余多力主通过法律方式解决，黄兴尤其主张慎重。
此时的国民党已非在野时的同盟会，冒险犯难的精神已大不如前。握有兵权的同志大都作了各省都督，有了自己的地盘和既得利益，对孙中山的讨袁指令大都借故推脱，坚决支持的只有江西的李烈钧和上海的陈其美，武力解决的事遂耽搁下来。由于赵秉钧拒绝上海特别法庭的传讯，法律解决也陷于停顿。
4月26日，南方革命党本已燃烧的怒火又被浇了一桶油。袁世凯为了筹集军费对付国民党，不顾各方反对，未经国会讨论通过，便完全接受银行团所提的苛刻条件。当天夜里，由国务总理赵秉钧、财政总长周学熙、外交总长陆征祥与汇丰、德华、东方汇理、道胜、横滨正金五银行代表违法在北京签字，共借2500万英镑，名曰“中国善后借款”，以全部盐税及关税余额为担保。参议院议长张继、副议长王正廷得讯后阻拦无果，遂以议长资格通电，不承认借款合同。
1913年4月29日，安徽都督柏文蔚率先通电反对借款。5月3日，孙中山与黄兴联合通电“各省政府和人民”，要求禁止银行团借款给北京政府，国民党籍的江西都督李烈钧、广东都督胡汉民与湖南都督谭延闿也表示了同一立场，但在当年各省都督，表示反对借款的只有他们4位，而通电赞成者则有17省的都督。
实际上，早在国民党内部对待袁世凯态度摇摆不定时，袁世凯已开始了一系列应对之策。5月6日，袁世凯在总统府召开秘密会议，布置南方的军事，宣称要“除暴安良”，严厉指责孙、黄等人是“捏词耸听、淆乱人心”；陕西都督张、山西都督阎锡山、直隶都督冯国璋、奉天都督张锡銮、山东都督周自齐与河南都督张镇芳等联名通电，指斥黄兴等“不惜名誉，不爱国家，谗言横行，甘为戎首；始以宋案牵诬政府，继以借款冀逞阴谋”，其中张凤、阎锡山都是国民党人，表明国民党已经分裂。
在完成军事部署后，老谋深算的袁世凯为了逼迫南方首先发难，以中央名义，先是解除了李烈钧江西都督的职务，以自己阵营的黎元洪代之，接着又罢免了胡汉民与柏文蔚；与此同时，袁世凯拟定军事计划，三路大军向江西、安庆及南京出发。袁当然知道革命党人不会甘心束手就擒，而是一定要反抗，这样中央对南方用兵就可以名正言顺地进行。
果然，1913年7月12日，李烈钧在江西湖口宣布独立，以江西讨袁军总司令的名义发布讨袁檄文，号召“天下共击之”。此后数日内，国民党控制的江苏、安徽、广东、上海、福建、湖南及重庆的部队川军相继响应，一时间颇有声势，似乎要重现辛亥年的局面。
但实际上，形势已与当年大不相同。满清政府退位后，全国人心思治，希望国家早日走上安定建设的轨道。宋案的发生虽使举国哗然，但多数人认同由法律解决。至于国民党方面，由于许多杂牌小党的加入，已成为一个谋求政治利益的俱乐部，就是原来老同盟会的同志，大多以为大功告成，转而热衷于仕途名利。所以国民党声势虽大，但肯于跟孙、黄反袁者甚少，其中又多犹豫动摇者。内部分歧，举事仓促，军队的战斗力可想而知。起义各省的部队，在兵精饷足的北洋军面前，望风披靡，没有经过什么像样的战斗就溃败。孙、黄及革命同志们只得东渡日本再度流亡。革命党人原有的地盘悉数为北洋所接收，北洋的势力第一次越过了长江。
为了获得当选总统的足够选票，把中间的进步党人（5月底，与国民党相对立的黎元洪的共和党、章太炎的统一党与梁启超的民主党合并为进步党）从国民党中彻底分化出来，坚定他们的拥袁立场，袁世凯还特地挑选了进步党人的熊希龄，由他组成了所谓“一流人才内阁”。“一流人才”，主要是指内阁成员多为政坛名流，如梁启超、张謇、汪大燮等。
10月6日，参、众两院议员举行总统投票选举，本来袁世凯已将对手打尽，当选不成问题。但他仍然担心当天不能选出来，就在议员都到会之后，操纵了数千人，号称“公民团”，包围了议会，声称不选出总统不准议员出来。投了两次票，袁世凯都没有得到法定应得的选票，被关在内的议员们人困马乏，直到晚上才被迫选袁为总统。这种卑劣的做法也成了历史的一大笑料。
袁世凯后来更加明目张胆，他先取消了国民党议员资格，各省议会也纷纷取缔国民党，于是，自辛亥以来国内最大政治势力的国民党土崩瓦解了。1914年1月10日袁世凯更是直接解散了国会。自此，袁世凯的北洋集团在中国真正占据了主导地位。
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流亡日本，建立中华革命党
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孙中山到达日本后，许多老同盟会员李烈钧、柏文蔚、胡汉民、廖仲恺、居正、许崇智、谭人凤等陆续到达日本，聚在一起共商讨袁大计。而陈其美、戴季陶、朱执信、邓铿等仍坚持在国内作斗争。当时流亡日本的国民党人，生活十分艰苦，衣食不周，甚至向公费留学生索取一点食物糊口。
国民党是一个曾经拥有几十万党员的大党，但此时几乎被袁世凯瓦解殆尽，孙中山认为，二次革命的失败，并不是因为袁世凯过于强大，而是因为国民党内部过于涣散。虽然党员众多，声势浩大，但内部意见分歧太多，“党魁则等于傀儡，党员则有类散沙”，因而患难之际，彼此“疏如路人”。
1913年秋，孙中山决心要缔造一个组织坚强的“中华革命党”。基于对以往革命失败的认识，孙中山特别强调“服从党魁”这一条件，他期望的这一个新的政党，凡入党者，“必自问甘愿服从文一人，毫无疑虑而后可”。
孙中山严格入党程序，起草了中华革命党入党章程和誓约，并决定党员必须在立约宣誓的署名下，盖上右手的中指指印。誓约内容有五条：一、实行宗旨；二、服从命令；三、尽忠职务；四、严守秘密；五、誓共死生。除此之外，还有一句：从兹永守此约，至死不渝，如有贰心，甘受极刑。
这份誓词遭到了几位老同盟会中坚人物的反对。黄兴认为“附从孙先生再举革命”一词不妥，不能“附从”；李烈钧说：“牺牲一己之自由，附从党魁为屈辱”，并且反对捺手印。1914年6月初，孙中山与黄兴的矛盾日渐暴露，黄兴决定赴美。27日，孙中山赴黄兴寓所送行，并集古诗联句书相赠：“安危他日终须仗，甘苦来时要共尝”，表示一片惜别之情，并希望以后再度合作。黄兴在赴美途中船上赋诗曰：“口吐三峡水，足蹈万里云，茫茫天地间，何处着吾身？”黄兴的矛盾复杂心理可见一斑。
1914年7月8日，中华革命党在东京举行选举大会，孙中山当选为总理。根据中华革命党原始党员名册，从1913年9月至1914年7月，共有692人入党，并规定以青天白日旗为中华民国国旗，旗以红色为地，青天白日为章，章在旗首上隅。
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二次讨袁
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二次革命失败后，袁世凯在国内已经没有足够的反对力量，行事嚣张。1913年10月6日，在大批军警包围下，袁世凯“当选”“正式大总统”。10月10日，袁世凯在清宫太和殿上举行盛大的大总统就职典礼，当日下午又在天安门上阅兵，将勋章授给前清内务府总管世续和太保徐世昌，想以此表明民国大总统的地位不是从革命党手中夺来的，而是由清王朝“禅让”而来。
1914年7月，在组成宪法起草委员会后，关于何种国体适用于中国的讨论，突然成为舆论关注的中心和焦点。舆论先行，这是帝制发动的第一步。8月3日，总统府顾问古德诺（Frank J. Goodnow） 发表了《共和与君主论》，认为中国国情不适用于共和制。14日，杨度、严复、刘师培、孙毓筠等“六君子”发起成立“筹安会”，杨度后来发表《君宪救国论》的长文，全国阐述中国应该实行君主立宪制的理由。
此后，袁的亲信段芝贵等密电各省长官，要求各地以公民名义向参政院上书请愿更改国体。在一系列精心安排下，1914年9月1日，参政院代行立法院开会，一些代表请愿改变国体。对身边亲信炮制出的“民意”，袁则佯装不知。但暗地里，他已一步一步地按照计划，为称帝做准备。
此时第一次世界大战刚刚爆发。日本利用各国无暇过问中国之时，于1914年11月出兵占领青岛，取代了德国的殖民统治，控制了胶济铁路。1915年1月，日本向袁世凯提出臭名昭著的“二十一条”，条约主要内容是：日本继承德国在山东的一切特权，增加筑路通商的新的权利；日本享有在南满、东蒙一带的特权；将日本租界旅顺、大连港口和南满、安奉两条铁路的期限延至99年；中国沿海港湾、岛屿不能租借或割让给其他国家；中国政府聘用日本人做政治、财政、军事顾问；中国警政和兵工厂要由中日合办，等等。
条约内容被记者们捅了出来，举国哗然，国内各界纷纷集会、通电、罢工罢课，抵制日货以示反对。孙中山虽居海外，亦及时揭露日本“二十一条交涉的真相”，他说：“此次交涉之由来，实由夫己氏（指袁世凯）欲称帝，要求日本承认，日本政府欲先得到相当之报酬，……夫己氏隐诺之，故有条件之提出。”
袁世凯企图称帝的野心还没被国民看透，多数人并不赞同孙中山进行反袁斗争，但孙中山还是坚定自己的立场。1915年10月，陈其美在孙中山的指派下到上海策划讨袁，策动了肇和兵舰起义，青年军官蒋介石还在其中担任军事一职，起草《淞沪起义军事计划书》，但起义很快遭致失败。
另一方面，袁世凯已经按照“民意”要求，为登基做最后的准备。参政院在第一次送“推戴书”，“推戴”袁为“中华帝国皇帝”而被其故作姿态地退还后，1915年12月11日晚，参政院再次递交“推戴书”。这一次，袁世凯不再推辞，12月13日正式宣布改国号为“中华帝国”。
此时，袁世凯的用心已完全大白于天下。如果说孙中山此前的反袁宣传和行动还不被理解的话，那么在此关头，“倒袁”已成为共识。而在这一轮新的倒袁活动中，曾经被袁世凯极力拉拢的力量，则成了倒袁中坚。其中起主导作用的，就是袁世凯原来的盟友——进步党人，其主脑一文一武，文为梁启超，武为蔡锷。12月23日，蔡锷、唐继尧与李烈钧等在云南起义，宣告云南独立，并通电各省要求取消帝制，联合讨袁；唐继尧留守云南，蔡锷、李烈钧二军分别出师四川、广西，护国战争爆发。
云南已经举起讨袁大旗，而袁世凯已止不住自己在称帝之路上的脚步。1916年1月1日，他在北京黄袍加身，举行登基大典，改国号为洪宪元年。
这使得已经点起的护国运动之火，很快蔓延到了全国，就连袁世凯的心腹——四川督军陈宦、湖南的汤芗铭也站到他的反对面。3月22日，众叛亲离的袁世凯不得不宣布取消帝制；1916年6月6日，只做了83天皇帝美梦的袁世凯，在举国一片讨伐声中黯然死去。
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新旧约法之争与南下护法（1）
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孙中山在日本得知国内反袁消息后，甚为振奋。因为担心中华革命党仍不够强大，所以他决意回到国内，亲临指挥这场保卫共和国体的斗争。
1916年4月27日，孙中山偕廖仲恺、戴季陶、张继等由日本启程返沪，同时还向在美国的黄兴也发出了邀请。为了保护共和，孙中山尽可能地团结各派。他同意仍然使用民国建立时决定的五色旗国旗，而不是他在组建中华革命党时规定的青天白日旗。他不去为个人地位作任何考虑，只要求坚持民国元年的约法。一直反对革命党的梁启超对孙中山的这个主张也表示赞同。
1912年3月12日，孙中山公布了经参议院通过的《中华民国临时约法》，这是中国宪政史上的首部宪法，它是用法律的形式确定在中国实行民主共和制度，规定了：“中华民国人民一律平等，无种族、阶级、宗教之区别”，“人民有人身、居住、财产、言论、出版、集会、结社、通信、信仰等的自由，有请愿、选举和被选举的权利”。但是袁世凯掌权后，便开始破坏临时约法，1914年5月，他颁布《中华民国约法》代替临时约法。
1916年6月6日袁世凯死后，作为袁内阁总理兼陆军总长的段祺瑞发布通告，根据袁氏《中华民国约法》，由黎元洪继任总统，恢复国会。孙中山和黄兴在上海通电反对；国会议员也发表宣言，不承认根据袁世凯的约法继任；南北军界各派人也表示反对。在各界压力下，国务院内阁总理兼陆军总长段祺瑞不得不放弃袁世凯的约法，黎元洪也宣布恢复民国元年的约法，重开国会。新旧约法之争随之结束。
但北京政府并未就此安定下来。自黎元洪继任大总统、段祺瑞当了国务总理后，两人矛盾不断，被称为“府院之争”。到1917年，“府院之争”的焦点集中到对德问题上。
1917年春，第一次世界大战的战火已燃烧了3年之久。段祺瑞主张对德国宣战想借机扩大势力，其真实目的在于以此和日本挂钩，借机取得日本的贷款和军火，并接收德国在中国的利益。
而孙中山认为“参战”一事关系到整个国家生死存亡的前途大事，因而主张“除严守中立外，不能望有他种行动”。孙中山又致电北京的参、众两院，希望不要加入协约国。但赞成他主张的只是一部分中华革命党党员。这一年春夏间，孙中山与朱执信、胡汉民等人经多次讨论后，决定由孙中山口授内容与观点，由朱执信执笔撰写《中国存亡问题》一书。此书从世界形势、各国间利害冲突以及中国政局，反复说明了中国参战有百害而无一利。意义远远超出了有关参战问题的争论，实际上是全面表达了孙中山对于当时国际政治、军事、外交等诸方面的理论和思想。
