到了1917年5月间，黎元洪与段祺瑞的“府院之争”日益激化，各种反段力量呈结合之势，他们要在众议院开会时，否决对德宣战议案。闻听此讯的段祺瑞在5月10日策动了一个3000人的“公民请愿团”，包围众议院，强迫议员通过政府宣战案，反对宣战的十几位议员被暴徒殴伤，议员被围困达10小时之久。如此恶劣的行径激怒了议员们，会议中止，各部总长也先后辞职，内阁只剩下了段祺瑞一个人。
5月11日，孙中山与唐绍仪、章太炎、唐继尧等人联名致电黎元洪，要求惩办滋扰国会的伪公民团，段祺瑞又唆使督军团逼迫黎元洪解散国会，黎元洪因此免除段祺瑞职务，让伍廷芳代理国务总理。在段的指使下，安徽、河南、山东、奉天、陕西、浙江、直隶等省的督军相继宣布独立。
无力对付督军团的黎元洪求助于有重兵驻扎在徐州的安徽督军张勋，请他到北京保护自己。张勋6月7日率辫子军5000人自徐州动身，到天津后却逼迫黎元洪3天内解散国会。9日，辫子军开始进入北京。引狼入室的黎元洪无奈宣布解散国会。翌日，张勋又把康有为叫到北京，住在张勋的私邸，共策复辟清室。
7月1日，张勋、康有为等入清宫拥立清废帝溥仪再次登基，并将国号改称为宣统九年。消息传出，各省的督军及各界人士一致声讨。段祺瑞自任“讨逆军总司令”打败张勋，这出复辟丑剧仅生存了十几天便匆匆退场。
张勋复辟时，孙中山于7月4日召集在上海的唐绍仪、程璧光、章太炎等人商讨讨伐叛逆、维护辛亥革命的成果，孙中山主张成立临时政府，决定邀请黎元洪南下继续行使总统职权，并致电国会议员，请他们南下护法。7月8日，孙中山乘“海琛”舰由上海赴广州，着手组建军政府，准备在广州建立护法根据地。
7月19日，孙中山电请国会议员南下开会，并致电段祺瑞，揭穿他非法复任国务总理，但段祺瑞对孙中山的警告置若罔闻，他自认是“再造共和”，不再召集国会，反而修改了国会组织法，重组国会。于是国会议员纷纷南下，25日，国会议员在广州召开了国会非常会议，会议通过了《中华民国军政府组织大纲》。
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新旧约法之争与南下护法（2）
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9月1日，会议选举孙中山为中华民国军政府大元帅，唐继尧、陆荣廷为元帅。于是，中国分裂为南北两个政府。同一天，非常国会还选举了各部总长。孙中山任命章太炎为秘书长。章太炎以往反对孙中山最为激烈，但经历这么多年的风雨和波折，他终于被孙中山宽容的气度所感动，最终成为孙中山领导的护法斗争中的积极一员。
当时的军政府最需要的是能够控制掌握的军队，所以孙中山在组织军政府期间，曾多次致电留居在上海的岑春煊、广西的陆荣廷和云南的唐继尧，请他们到广州来“公商要政”，但都被对方称病拒绝，这样，孙中山只得到了海军的支持，陆军则完全不听调遣。
此时，国内各省护法运动已渐成声势，北方的段祺瑞政府也准备动用武力进行镇压。
9月下旬，北洋军在湖南与桂军相持。10月，被孙中山派往湖南的程潜率军进入长沙，推举陆荣廷为“湘粤桂巡阅使”，谭浩明为湖南督军。但陆荣廷对程潜出任省长十分不满，于12月18日唆使谭浩明以武力迫使程潜辞职，自此牢牢地把湖南纳入桂系的势力范围之内。
北洋军在前线的失败使段祺瑞陷入困境。1917年11月15日，他向冯国璋提出辞呈。由于段的下台，日本当局期望促成“南北议和”。而力图扩充自己势力的陆荣廷，在控制了湖南后，希望通过“南北议和”捞到更多好处，并饬令前线“响应”冯国璋的停战令。北方段祺瑞的皖系势力乘机反攻，卷土重来。吴佩孚率军南下，连续攻陷岳阳、平江等地，粤桂联军迅速溃退，1918年3月长沙失守，联军退守湘南。
皖系的胜利，使段祺瑞有了复出的资本。以曹锟为首的15省3特区的督军联名要求段出山组阁，日本方面暗中支持奉系张作霖表态支持。3月23日，段祺瑞终于再次复出掌权。陆荣廷为了保住他在两广的统治权，背着孙中山与吴佩孚签订了停战协定。
陆荣廷一直视孙中山在广州建立军政府之举为抢夺其地盘，想方设法削弱军政府的权力。军政府与广东督军府的矛盾越来越大，怕广东人反桂情绪高涨，陆荣廷又任亲信莫荣新担任广东督军。
莫荣新当了广东督军后，进一步从事反孙中山、反军政府的活动，接连以“匪徒”名义捕杀大元帅府卫队数十名官兵。为了护法目的一直对军阀忍让再三的孙中山终于忍无可忍，他令陈炯明、程璧光等讨伐莫荣新，但没有得到回应。气愤已极的孙中山于是率领卫士及部分将领登上“同安”、“豫章”两舰，亲自指挥向督军署开炮，炮手连续向观音山督军府发射炮弹70余发，广州全城为之震动。迫于压力的莫荣新最后只好到大元帅府“道歉”。
早在1917年10月，陆荣廷就与唐继尧暗中策划成立另一个机构，以代替军政府。次年1月5日，他们在广州成立各省联合会议，像伍廷芳、唐绍仪、唐继尧、程璧光、陆荣廷等都在其中任外交、财政、军事要职，这已经在事实上形成了和军政府对峙的局面，孙中山虽然一再通电表示反对，但军政府被阉割局势已难以挽回。
1918年2月26日发生了海军总长程璧光被刺杀案，海军内部开始分化，一些官兵不安于护法，企图脱离军政府回上海，孙中山又失去了一支有力的依赖力量。
4月，桂系与政学会分子活动改组军政府。5月20日，非常国会在广州再次开会，选举七位总裁，孙中山是七总裁之一；陆荣廷与唐继尧推举岑春煊担任“主席总裁”，西南政局已完全被桂滇军阀所把持，军政府名存实亡。
选举次日，孙中山愤然离开广州，5月26日，由胡汉民陪同从汕头到了三河坝，当时任粤军司令部作战科主任的蒋介石前来迎接。见到孙中山疲惫、衰老的模样，蒋介石流下了眼泪，两人一直交谈到深夜。
北方军阀的派系斗争已达白热化，徐世昌就任了北京政府总统，国内的和平气氛又高涨起来，徐世昌于11月16日发布了停战命令；西南军政府也在23日下令停战。双方准备派代表在上海开始谈判。1919年5月13日，双方宣告谈判破裂。
这个时期也是自辛亥革命以来最艰苦的时期。孙中山处于这种有名无实，身为“元帅”，却调动不了军队的无奈处境，听凭军阀们左右局势。合法的西南非常国会又不接纳孙中山的主张，革命事业举步维艰。
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痛失革命同志
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就在讨袁浪潮高涨之际，许多不幸的事情却向孙中山袭来。
1915年2月21日，孙眉在澳门病逝。孙眉的一生也是协助孙中山革命的一生。年轻时，孙眉曾因政见不和，与弟弟形同水火；当他理解了孙中山从事的革命事业的意义时，便义无反顾地伸出援助之手，不惜倾家荡产，共捐出70万巨资，从富有的“茂宜王”破落成普通农民。1907年，孙眉被迫放弃了自己经营30年的产业，离开夏威夷前往香港，租房居住，并担当起赡养照料母亲杨太夫人及孙中山夫人卢氏及子女。讨袁军失败后，孙眉从翠亨村避居澳门，忧愤成疾，抑郁而死。
1916年5月18日，孙中山最得力的革命助手陈其美在上海被袁世凯派人暗杀。陈其美于辛亥、讨袁诸多战斗中，屡次在上海策划举兵，虽败不馁，对革命忠诚不渝。袁世凯对此深为忌恨，密令张宗昌伺机暗害。当天，张指使密探程子安、宋志明利用叛徒李海秋暗杀陈其美于上海萨坡赛路14号机关总部。
10月31日，与孙中山并肩战斗多年的黄兴在上海病逝，年仅42岁。黄兴自1914年与孙中山分手后，远赴美国。此后，原同盟会和国民党中的一些军界人士如李烈钧、柏文蔚和陈炯明等相继离孙中山而去他国。尚有李根源、林虎等人留在东京，适逢第一次世界大战爆发，遂发起成立“欧事研究会”，其宗旨是“力图人才集中，不分党界”；“对国内主张浸润渐进主义”；“对于中山先生取尊敬主义”。成立后联名去信美国征求黄兴意见，黄兴表示参加。欧事研究会成立后，黄兴在美国的檀香山、旧金山、洛杉矶、纽约等地积极从事反袁宣传。1915年袁世凯接受日本“二十一条”，进行称帝活动时，黄兴与李烈钧等人联名通电斥责，并改变了方针，认为“反袁斗争主要是武装对抗，但也不排斥其他方法”。和中华革命党的斗争方针渐趋一致。
黄兴托其子黄一欧去东京致函孙中山说：袁世凯必将称帝，三次革命的发难时机已届成熟，如有所命，极愿效力。孙中山也希望黄兴早去日本，共商讨袁大计。
1916年5月1日孙中山回到上海，回国前曾电邀黄兴回国共同讨袁。黄兴于4月22日从美国启程，经日本，于7月6日回到上海。这时袁世凯已暴死，革命形势大好，孙、黄再次联手，对革命非常有利。不幸黄兴突患胃出血重病，于10月中旬住院治疗，但病情很快恶化，10月31日晨逝世。黄兴病逝，孙中山十分悲伤。
11月8日，被孙中山誉为“再造民国”的蔡锷将军也在日本病逝。
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一段美丽的婚姻（1）
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1915年10月25日，49岁的孙中山偕22岁的宋庆龄，去东京市政府办理了结婚手续，日本著名律师和田瑞为他们主持签订了《婚姻誓约书》。
此次孙文与宋庆龄之间缔结婚约，亲证立以下誓约：
一、尽速办理符合中国法律的正式婚姻手续。
二、将来永远保持夫妇关系，共同努力增进相互间之幸福。
三、万一发生违犯本誓约之行为，即使受到法律上的任何制裁，亦不得有任何异议；而且为了保持各自的名声，即使任何一方之亲属采取任何措施，亦不得有任何怨言。
以上诸条约，均系在见证人和田瑞面前各自的誓言，誓约之履行亦系和田瑞从中之协助督促。
本誓约书制成三份，誓约者各持一份，另一份存于见证人手中。
誓约人孙文（章）
立约人宋庆琳
见证人和田瑞（章）
一千九百十五年十月二十六日
为了书写方便，宋庆龄把名字的最后一字写成了更简单的“琳”字。为求双日吉利，也将签约日期改为10月26日。
1894年，孙中山在宋家第一次见到了1岁多的宋庆龄，那时他怎么也没料到，21年后，这个可爱的女孩竟会不顾父母亲的强烈反对，奔赴日本成为他的新娘。
1908年，15岁的宋庆龄带着妹妹宋美龄一起到美国留学，考入了佐治亚州的威斯里安女子学院文学系学习，1913年获得学士学位。她在离美回国时，在致其老师的信中写道：“我也很自豪地带了一封致他（指孙中山）的私信。”看得出，那时候的孙中山，已是宋庆龄心目中非同一般的人物。
当宋庆龄乘坐的远洋轮船刚刚驶到加利福尼亚时，她收到了父亲发来的电报，要她“暂缓行程”。原来，宋耀如追随因“二次革命”失败的孙中山流亡日本，希望与女儿在日本会合。20岁的宋庆龄也许不知道，生命里最重要的一个故事就要发生。
1913年8月29日，宋庆龄抵达横滨，见到了久别的父亲与姐姐宋霭龄。第二天晚上，她就由父亲和姐姐陪着去拜访孙中山，这是宋庆龄成年后首次会晤孙中山。宋庆龄对孙中山的仰慕，很大程度来自父亲宋耀如的影响。在孙中山的革命事业里，宋耀如都是他最坚定的支持者，数十年未变。宋庆龄带着崇敬与兴奋的心情，见到了孙中山。
以后的一段日子里，宋耀如带着两姐妹，频繁出入孙中山的寓所。那时宋耀如已有肝病，不能长时期坐在日本矮桌边从事书写，而宋霭龄马上要回国结婚，被紧急召唤过去的宋庆龄由父亲陪同，每天到东京赤坂区灵南坂26号孙中山住处工作。
1914年9月宋霭龄回上海与孔祥熙结婚，宋庆龄接替姐姐，做了孙中山的秘书。爱的火苗不知何时在两人之间悄悄燃烧起来，并且越烧越旺，年岁的差距显然已经不是阻碍，即使孙中山已有妻室和三个子女。
以《西行漫记》闻名的美国记者斯诺曾在20世纪30年代问宋是如何爱上孙先生的。她答道：
我当时并不是爱上他，而是出于敬仰。我偷跑出去协助他工作，是发自少女浪漫的念头——但这是一个好念头。我想为拯救中国出力，而孙博士是一位能够拯救中国的人，所以，我想帮助他。
宋庆龄一连写了好几封信给仍在美国求学的妹妹宋美龄，信中热情地述说她为孙中山工作的愉快与期待：“我从来没有这样快活过，我想，这类事是我从小姑娘的时候就想做的。我真的接近了革命运动的中心。”“我能帮助中国，我也能帮助孙博士，他需要我。”
两人究竟是如何捅破了这层窗户纸呢？宋庆龄在1921年的《自述》中写道：
孙博士得悉我正在学习中文，他赠我一些中国文学方面的书籍和有关当代政治方面的英文书。他非常关心我的学习和生活，对我的工作鼓励甚多，使我不知不觉渐渐地被他吸引，所以当他要求和我结婚时，我就同意了。
晚年宋庆龄回忆起那段日子，似乎仍沉浸在甜蜜的回忆中。
1915年夏天，宋庆龄陪母亲看病回国后，留在日本的孙中山完全变了样，经常陷入深思状态。打开着书本，眼睛却凝视着别处，甚至不思饮食。房东梅屋夫人很担心，直率地问：“您是不是患了相思病？”孙中山沉默了一会回答说：“我忘不了庆龄。遇到她以后，我感到有生以来第一次遇到了爱，知道了恋爱的苦乐。”
当梅屋夫人提醒他们之间的年龄差异过大，结婚会折寿的，孙中山却坚定地说：“如果能与她结婚，即使第二天死去也不后悔。”梅屋夫人也深深地被这一片深情所打动。
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一段美丽的婚姻（2）
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起初宋耀如并不相信女儿会嫁给一个有妻室的人。孙中山写信试探他态度时，宋耀如回信说：“她耻于和妾谈话，怎么会想让自己成为这样的人。您知道，在热海的时候，她甚至从未和张静江的二房说过话，此外，不论是谁，我们不允许女儿和一个已有家室的人结婚。对于我们来说，好的名声远比荣誉和面子重要。”
听说女儿要和孙中山结婚，宋家上下像遭遇了大地震。宋母反对犹甚，但意志坚定的庆龄始终不为所动，父亲只好将她软禁在家。
那一边，孙中山的友人亦纷纷表示异议。与他患难与共的亲密战友胡汉民、朱执信、汪精卫、廖仲恺等都曾试图劝阻，但孙中山心意已决，只回答说：“展堂（胡汉民字），执信！我是同你们商量国家大事的，不是请你们来商量我家庭的私事。”“我不是神，我是人。”这种坚定和磊落也体现了孙中山对宋庆龄感情的珍视与尊重。
10月的一个夜晚，宋庆龄在女佣的帮助下，爬窗逃走，来到日本。她在给在美国上大学的弟弟宋子文信中说：“自己仅有的欢乐，只有和孙博士在一起时，才能获得。”给同样在美国读大学的三妹宋美龄的信里写：“我一生最大的快乐，是和孙先生一起为中国而奋斗中获得的，我情愿为他做一切需要我去做的事情，付出一切代价和牺牲！”可以说，孙中山与宋庆龄的个人情感，自一开始就超越了单纯的男女之情，而与那个大时代下国家、民族的命运联系在一起。
宋耀如在女儿离家出走后，立即与妻子搭船追至日本拦阻。宋庆龄晚年向斯诺回忆说：“我父亲到了日本，对孙博士大骂一顿，我父亲想要解除婚约，理由是我尚未成年，又未征得双亲同意，但他未能如愿，于是就和孙博士绝交，并与我脱离父女关系。”庄吉女儿的回忆是，宋耀如站在大门口，气势汹汹地吼道：“我要见抢走我女儿的总理！”庄吉夫妇很担心出事，打算出去劝宋耀如。孙中山向他们说，这是他的事情，不让他们出去。孙走到门口台阶上对宋耀如说道：“请问，找我有什么事？”暴怒的宋耀如突然叭的一声跪在地上说：“我的不懂规矩的女儿，就托付给你了，请千万多关照。”然后磕了三个头就走了。
宋庆龄极为伤心，65年之后的1980年9月17日，在致老友爱泼斯坦的信中说：“我的父母看了我留下的告别信后，就乘一班轮船赶到日本，想劝我离开丈夫，跟他们回去。”“我母亲哭着，正患肝病的父亲劝着……他甚至跑去向日本政府请求，说我尚未成年，是被迫成亲的！当然，日本政府不能干预。”“尽管我非常可怜我的父母——我也伤心地哭了，但我拒绝离开我的丈夫。”宋庆龄这段发自肺腑的话也令爱泼斯坦感慨良多。他后来说：“她（宋庆龄）写这些话的时候已年过80，可以看出这事给她内心的伤痕有多深。”
宋庆龄违抗父母之命与孙中山结婚，起初对父母打击非常大。宋耀如为此病情加重，回国后便病倒在青岛别墅。当时宋霭龄在山西生孩子，长子宋子文与三女儿宋美龄都在国外求学，他只好由大女婿孔祥熙来陪同照料。宋庆龄对此也非常内疚。晚年时她对人提起此事时还说：“我爱父亲，也爱孙文，今天想起来还难过，心中十分沉痛。”
宋氏夫妇阻婚未成后，仍送了一套古家具和百子绸缎，给宋庆龄做嫁妆。这也许是天下父母心的投射。而见多识广、通情达理的宋耀如很快就与女儿、女婿和解了。尤其难得的是，他仍一如既往地支持孙中山的革命事业，并未因女儿的行为而动摇自己的信念。
孙、宋的结合尽管在当时遭到了各种各样的阻力甚至非议，但过了近百年后再回头看来，它是一段堪称“伟大”的婚姻。宋庆龄在给她的美国同学一封信中，表达了她结婚的快乐心情：婚礼是“尽可能地简单，因为我俩都不喜欢繁文缛节。我是幸福的。我想尽量帮助我的丈夫处理英文信件。我的法文已大有进步，现在能够阅读法文报纸，并直接加以翻译。对我来说，结婚就好像进了学校一样，不过没有烦人的考试罢了”。
孙中山也同样感受着妻子带给他的那种新鲜而温暖的感觉。在给恩师康德黎信中他说：
从您最近的来信，我发觉您还没有获悉我三年前在东京第二次结婚的消息。我的妻子在一所美国大学受过教育，是我最早的一位同事和朋友的女儿。我现在过着一种前所未有的新的生活，一种真正的家庭生活。能与自己的知心朋友和助手生活在一起，我是多么幸福。
在两人身边工作的卫士也说：“在孙的工作人员中，最得力的就是孙夫人。在孙办公的时候，孙夫人从不打扰他。唯有她才能使孙在动乱生活中心情舒畅。”
学着过公众生活，是宋庆龄婚后生活的又一转变。她从来不喜欢抛头露面，生性腼腆而羞涩。但作为一位政府领袖夫人，她每天要陪同孙中山会见不少人，学着和各种人打交道。她给美国一位朋友的信中说：“你知道，我是多么害怕抛头露面！但是自从结婚以后，我不得不参与许多事务……我每天要会见许多人，实际上是环境迫使我打破沉默而与人交谈。”
1921年，孙中山在广州就任国民政府非常大总统，宋庆龄随丈夫住进了广州的大总统府，开始了她短暂的“第一夫人”生活。
有一位美国的国际新闻社记者在那段时间前去拜访孙氏夫妇。这位记者这样描写了宋庆龄：
当她与他（孙中山）交谈时，闪亮的眼睛中充满仰慕之情，神态羞怯、温柔而又崇敬。人们告诉我，孙夫人是可爱的，但是我未想到她是那样容光焕发，那样高雅优美，她的理想又是那么炽热！这位像花一样的妇人，穿着精致的蓝色长袍，是那么文雅、富有魅力、仪态端庄，很难想象是一位革命领导者。然而，她已献身于自己的丈夫……献身于他为之奋斗的革命事业。
如果说早期的宋庆龄，更多的是因为容貌与气质而受到赞美，那么到了后来，特别在伴着孙中山经历了许多磨难之后，她显现出来内心的坚强和果敢品质，则使她受到更多的尊重与景仰。
1923年8月的一天，宋庆龄陪同孙中山来到广州郊区的大沙头飞机场，参加和主持“洛士文”号飞机的试飞典礼。这架飞机是辛亥革命后，在孙中山、宋庆龄的亲自关怀和赞助下，制造出的中国第一架飞机，特别以宋庆龄的英文学名“洛士文”命名。
此时的中国航空事业刚蹒跚起步，新制造的飞机是否能顺利升空，安全落地？人们自然会有疑虑。但在众人的目光中，宋庆龄从人群中走了出来，泰然自若地与驾驶员黄光锐登上“洛士文”号。不少官员劝孙中山：“这毕竟是试飞，万一飞机失事……”孙中山很镇定地说：“夫人已做好了准备，她说，‘万一失事，也是值得的，因为这是我们自己制造的飞机。’”
“洛士文”号螺旋桨很快转动起来，马达轰鸣，飞机加速，腾空而起。在空中盘旋了两圈，平稳地完成一些动作后，飞机稳稳地降落在地面。
试飞成功了。宋庆龄微笑着走出飞机舱门，孙中山和众文武官员一起拥上前去，祝贺她试飞成功，众人纷纷向她投去敬佩的目光。
孙中山曾赠与宋庆龄这样一对条幅：
精诚无间同忧乐笃爱有缘共生死
庆龄贤妻鉴
孙文
尽管宋庆龄与孙中山的婚姻只有短短的十个年头，而且在这十年，她陪着孙中山经历了刀光剑影，也经历了甜蜜温馨，可以说，这对条幅是对两人十年婚姻的最高褒奖。
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悄然隐退的卢慕贞
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在孙中山与宋庆龄结婚的一个月前，元配夫人卢慕贞悄然抵日，与孙中山商谈离婚之事。也许是出于愧疚，在卢慕贞9月1日到达后，孙中山不但陪她游览了公园还陪她出去购物，9月23日，孙中山送卢慕贞回到澳门。
1884年，18岁的孙中山先生奉父命与比他小1岁的卢慕贞结婚。卢慕贞是一个典型的南方女子，身材矮小，肤色较黑，自幼缠足，是一个相貌很普通，个性内向的旧式女子。而孙中山温文儒雅，相貌秀美，身材适中，堪称为美男子。孙中山前后所受的中西式教育，多达20年之久，长久留学于海外，学贯中西，见多识广。因此，从传统观念看，夫妻二人不管从哪方面来衡量，条件都不相当，相似之处也少。
为了孙中山的革命事业，卢慕贞也付出了巨大的牺牲，过了很长一段艰险而又漂泊不定的生活。武昌首义革命功成，孙中山就任临时大总统，民国肇建百废待举，每天从早到晚因公而忙，实在抽不出很多的时光陪伴家人。而卢夫人生性好静，且较孤独，她是一个旧式妇女、典型的贤妻良母，对政治性应酬毫无兴趣。在南京面对中外来宾甚多的各种政治场合，对她来说，与其说是一种尊荣，倒不如说是一种精神上的负担，日久而生知难而退的念头，这也就是她后来为什么同意跟孙中山分手的重要原因之一。
孙中山和宋庆龄结婚，需要征求孙中山元配夫人卢慕贞的意见。有材料记载，1915年3月，孙中山给卢慕贞写信说明了理由，让侍卫官郑卓和儿子孙科把信送到澳门。卢慕贞见信后十分平静，问了宋庆龄的一些情况后，立即表示同意离婚，她让孙科取过笔，在信上写了一个“可”字。
当时部分革命党人反对中山先生与卢夫人离婚，而卢夫人当着大家的面慨然表示：“孙先生为革命奔走海外，到处流浪，身心为之交瘁，既然现有人照料他身边的生活，且有助于其政治活动，我愿意成全其事，与先生离婚。”大家听罢自然也无话可说。
孙中山在1918年10月17日致康德黎的信里也曾提及卢慕贞：
我的前妻不喜欢外出，因而在我流亡的日子里，她从未有在国外陪伴过我。她需要和她的老母亲定居在一起，并老是劝说我按照旧风俗再娶一个妻子。但我所爱的女子是一位现代女性，她不能容忍这样的地位，而我自己又离不开她。这样一来，除了同我的前妻协议离婚之外，再没有别的办法了。
孙中山与宋庆龄结婚的第二天，就给在澳门的卢慕贞汇款，此后，一直到去世的十年时间里，孙中山也一直关心着卢慕贞的生活和健康，他还与卢慕贞保持着书信往来。如今，翠亨村孙中山故居纪念馆里还保存着6封孙中山写给卢慕贞的信。
与孙中山离婚后，卢慕贞一直蛰居于澳门，她还听从孙中山的劝告，皈依基督教。1949年，大陆解放，孙科蛰居香港，特接母亲来港同住。每晚临睡以前，必至母亲寝室，看看被子盖好了没有。每天清晨6点祷告完毕，即侍奉母亲到花园去散步。后来时局逆转，孙科夫妇不得不先去法国，后往美国定居，卢慕贞则重返澳门，过着孤独的生活。1952年9月7日，卢慕贞在澳门文第士街寓所病逝，享年86岁。
孙中山与卢氏夫人生有一男两女：长子孙科、长女孙娫与次女孙婉。其中孙科比较为人所熟知，而孙娫在美国柏克莱大学读书期间突染重疾后转为糖尿病，1913年3月回澳门养病，6月，病逝于澳门；次女孙婉的第一任丈夫是孙中山的朋友王伯秋，1921年又嫁给哥伦比亚大学哲学博士戴恩赛，1979年，孙婉在澳门去世。
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陈粹芬：被遮蔽的“红颜知己”
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宫崎寅藏在《孙逸仙其仁如天》（陈鹏仁译著《宫崎寅藏论孙中山与黄兴》）里曾记录一个故事：
有一天犬养毅问孙先生说：“您最喜欢的是什么？”孙先生毫无犹豫地答说“revolution”（革命）。“您喜欢革命，这是谁都知道的，除此而外，您最喜欢什么？”孙先生边看犬养毅夫人，边笑而不答。犬养毅再催问说：“答答看吧。”孙先生答说：“woman”（女人）。犬养拍着手说：“很好”，并问：“再其次呢？”“book”（书）。“这是很老实的说法，我以为您最喜欢的是看书，结果您却把女人排在看书前面。这是很有意思的。不过喜欢女人的并不只是您！”犬养毅哈哈大笑，并佩服孙先生说道：“您这样忍耐对于女人的爱好而拼命看书，实在了不起。”
从以上一番对话可以看出，孙中山是位性情中人。孙中山一生和女人的关系，在很多历史传记中，只出现了两位，一位是卢夫人（卢慕贞），一位是宋夫人（宋庆龄），其实在他生命里，还有一位很重要的女人，也是长期以来被遮蔽的革命伴侣兼红颜知己——陈粹芬。
陈粹芬，原籍福建厦门同安，1873年出生于香港新界的屯门，因排行老四，故人称陈四姑，她原名香菱，又名瑞芬。
1891年，正在香港西医书院读书的孙中山，经陈少白介绍，认识了年方18岁的陈粹芬。他俩初次相见，即畅谈推翻满清，效法洪秀全、石达开，陈粹芬万分钦佩孙中山，认为他是一个杰出的领袖人物，于是立志追随孙中山革命。不久，两人便在香港屯门附近的红楼租屋而居，策划反清工作。当时革命党人来面见孙中山，多是夜里秘密乘舟前往红楼。
在孙中山革命初期，陈粹芬贡献颇多。在镇南关之役中，陈粹芬也跟着孙中山、黄兴、胡汉民等一道上了前线。陈粹芬一直随军作战、送饭，终日忙碌，从不言苦。随后，孙中山到南洋各地奔走革命，陈粹芬也一直跟随服侍，还经常亲自印刷宣传品。
曾追随孙中山到南洋参加革命、担任英文秘书的池亨吉是最早记述见到陈粹芬的日本友人，他在1908年所写的《支那革命实见记》中说“陈粹芬工作非常忙碌，性格刚强”，颇有“女中豪杰”的气概。在日本，她经常为往来的同志洗衣、做饭。革命党人在香港和横滨之间，密运枪械，她上下船只，传递消息。孙中山及其革命同志都十分钦佩这位革命女性，当年胡汉民、朱执信等人反对孙中山与宋庆龄的婚姻，其部分原因也在于陈粹芬的存在。
当年“伦敦蒙难”之后的孙中山告别英国时，恩师康德黎特意送给自己的得意门生一只像小螃蟹一样大的金质怀表，金壳面上刻有英文名字——Y.S.Sun，并配有一条金链。孙中山将此中国革命史上的传世之宝赠与陈粹芬珍藏，从此等贵重信物可以看出当年两人之情深意重。
关于陈粹芬与孙中山分手的时间，说法不一。1912年4、5月间，孙中山在广州及香山故居门前全家合影照片中没有陈粹芬，有人推测陈粹芬已和孙中山分手。黄三德所写的《洪门革命史》也说两人分手于1912年春夏之间。一种说法是在5月下旬，英文秘书宋霭龄出现为止。
1912年秋后，陈粹芬到澳门风顺堂4号孙眉家中居住，而这时，她一直风风雨雨追随的革命伴侣孙中山已做了民国大总统，不少人认为陈粹芬对孙中山的革命事业做出巨大贡献，付出良多，但最终一无所获，有欠公允。
1914年，陈粹芬去南洋庇能，与商人陆文辉合股开设橡胶园。因为早年曾随孙中山多次到南洋从事反清革命活动，结识众多的庇能华侨，因此陈粹芬也得到那里华侨的尊重。在那里，她一直被尊称为“孙夫人”或“孙太太”。但陈粹芬淡泊名利，从不提自己的身世，生活也很俭朴，留的是民国初期女学生的发式，不了解她的人，很难想象她曾经有过那么一段惊心动魄的历史。
1942年，一位国民党将领专访陈粹芬，已69岁的陈粹芬说了如下一段话：
我跟孙中山反清建立了中华民国，我救国救民的志愿已达，我视富贵如浮云；中山自伦敦蒙难后，全世界的华侨视他为人民救星；当了总统之后，贵为元首，崇拜者众；自古共患难易，共富贵难。我自知出身贫苦，知识有限，自愿分离，并不是中山弃我，中山待我不薄，也不负我。外界人言，是不解我。……中山娶了宋夫人之后，有了贤内助，诸事尚顺利，应为他们祝福。中山一生博爱为怀，以华侨作为革命之母。著了《三民主义》、《建国方略》、《建国大纲》、《五权宪法》，立志把中国变为民主国家，使人民有自由平等的幸福。他一生师基督，一无所私，二无所畏，可惜壮志未酬而逝，实为中国人之不幸！
虽然陈粹芬与孙中山分开了，但孙家人对陈粹芬一直保持相当的尊重，也一直把她当做家族一员。陈粹芬秉性朴实厚道，与卢慕贞相处融洽。晚年时，卢慕贞住澳门，陈粹芬住石岐，二人常相聚，互相慰问，谈心，情同姐妹。1960年秋，87岁的陈粹芬因病去世。
自从广州首役失败，清政府追缉孙中山到清政府覆灭之前，陈粹芬一直跟随在孙中山身边，陪伴着孙中山从30岁到46岁，但这位堪称伟大的女性，很长一段时间却被历史的尘烟所遮蔽，成了被遗忘的一角，这是不公平的。
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《建国方略》之一：《心理建设》
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1918年，有名无实的“元帅”孙中山愤然离开广州，6月底到达上海，居住在法租界内。孙中山是位勇于不断思考的革命者，辛亥革命虽然成功，但这几年内遇到的无穷无尽的新矛盾，使他陷入了对中国前途命运的新的思考，探索中国革命的症结之所在，也“时时研究建设”，积极构思关于国家现代化的总体设想。其最终体现，便是由《孙文学说》、《实 业计划》和《民权初步》三篇文章组成的宏伟蓝图——《建国方略》。《孙文学说》原拟包括卷一“行易知难”、卷二“三民主义”和卷三“五权宪法”，但后两卷未能完成，仅卷一部分于1919年春夏间出版，后编为《建国方略之一：心理建设》。
知行学说是中国古老的哲学命题之一，对“知”与“行”的关系，也各有各的看法。这次蛰居上海期间，孙中山从总结经验的需要出发，再次关注这一古老的哲学命题。他发现反“知易行难”之道可以用来鼓动革命，于是产生他的学说《行易知难》。孙中山从哲学的高度来认识民国以来，“人心涣散”、“不图进取”、“国事日非”的根源，就是国人存在着传统的“知之非艰，行之惟艰”的心理障碍。
关于现代化事业的《建国方略》，为何要从“心理建设”、论证“知难行易”的哲学认识论讲起呢？原因在于孙中山相信，振兴一个国家，首先要解决的是国人的心理认识问题。在这一点上，孙中山不赞成简单理解和实行王阳明“知行合一”的格言，也明确反对“知之非艰，行之惟艰”的古训。为了使自己的学说通俗易懂，他援引生活中饮食、用钱、作文、建屋、造船、筑城、开河的实例和《孟子·尽心》的说法，论证了“行易知难”“实为宇宙间之真理，施之于事功，施之于人心，莫不皆然也”。
与古代流传下来的“知易行难”之说相对，“知难行易”是孙中山提出的一种“心理建设”的号召，其目的是批判当时革命党人在革命前惧怕困难的退缩思想。需要特别指出的是，孙中山积极主张“知难行易”说，本意并非要在知行关系的哲理探讨方面有所作为。实际上，他的有关论述并不严密周全，从学术意义上分析，也并无特别之处。重要的是孙中山想通过鼓吹“知难行易”说，从解放思想入手，动员广大民众，积极行动起来。孙中山强调，勇于探索，敢于冒险，是推进国家现代化所必需的心理准备。为此，他特别批评国人的保守心理：“盖中国之孤立自大，由来已久，而向未知国际互助之益，故不能取人之长，以补己之短。中国所不知所不能者，则以为必无由以致之也。虽闭关自守之局为外力所打破者已六七十年，而思想则犹是闭关时代荒岛孤人之思想，故尚不能利用外资、利用外才以图中国之富强也。”这些批评，不仅在当时切中时弊，在今天看来，仍不失为思想解放的先声。
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《建国方略》之二：《实业计划》
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孙中山当年辞去大总统后，曾信心十足地表示要专心致志“办理实业”，迎接“产业勃兴”的到来，但一系列复杂的政治斗争中断了他的梦想，也是在上海期间，他完成了这部宏伟的《实业计划》。
《实业计划》是用英文写成的，原名“The International Development of China”，发表于1919年6月号《远东时报》，后编为《建国方略之二：物质建设》。这部洋洋十万余言的著作，集中体现了他对中国工农业、交通等实现现代化的宏大设想，无疑是一份全面发展中国经济的宏伟纲领。
《实业计划》由六大计划共33个部分组成。在这个庞大的总体构思中，发展交通通讯是孙中山关注的重点。他提出：修建10万英里的铁路，以五大铁路系统把中国的沿海、内地和边疆连接起来；修建遍布全国的公路网，修建100万英里的公路；开凿、整修全国的水道和运河，大力发展内河交通和水力、电力事业等。
而在中国北部、中部及南部沿海各修建一个“如纽约港”那样的世界水平的大海港，即是孙中山一生孜孜以求的一个大目标。为此，连战先生2006年４月在参观上海洋山深水港时曾激动地说：“没想到中山先生90年前写的这个实业计划中的理想，今天由各位变为现实。对此我非常钦佩！”
孙中山也在《实业计划》中提出在“三峡建坝”的理想：“当以水闸堰其水，使舟得以逆流而行，而又可资其水力。”据考证，这是中国人首次提出三峡水力开发的设想。当时连孙中山先生自己也被这个宏伟的梦想感动了。他写道：“其所以益人民者何等巨大，而其鼓舞商业何等有力耶！”
关于发展经济和实业的所有制问题，孙中山主张个人经营与国家经营并行不悖，相辅相成。他主张鼓励发展个体经济，并为之提供各种便利条件，例如要改革税制，统一货币，排除各级官吏的种种压制，等等。这些设想，对于地域广大、人口众多，资金短缺且现代产业基础十分薄弱、各地经济发展水平又极不平衡的中国，显然是非常适宜的。
但是，《实业计划》也有一个重大的根本性失误，就是将中国的发展完全寄希望于国际共同发展中国实业。他甚至一厢情愿地设想了实行这一计划的三个步骤：（一）准备投资于中国的各国政府，共同行动，统一政策，组成一国际团，以便开展工作；（二）设法取得中国人民的信任，使其热心配合；（三）与中国政府正式谈判，签定协议，实施计划。此时的孙中山，尚未认清西方列强是不会真心诚意来帮助中国实现现代化的。像中国这样一个数亿人口的大国，不立足于自力更生的基点，而主要依赖于国际援助，要想实现现代化的经济腾飞，是不可能的。由此而论，孙中山的《实业计划》虽然气魄宏伟，但其可行性基础却异常薄弱，无法付诸实施。
另外，孙中山在此也显示出他不顾客观、不从实际出发的主观主义。孙中山计划建设三大港，10万英里铁路，20万英里公路，大江大河整治，工业全面启动，遍地开花，并认定：十年内即可实现。但以中国当时的国情，这根本不可能。
当时的澳大利亚记者端纳，在事后记述他曾亲见孙中山首次披露全国铁路计划时的状态时写：
孙中山带了一幅约六英尺见方的大地图，当他把它摊在地板上时，我看到了一个最令人信服的证据：他不仅是个狂人，而且简直是个疯子。他不因地图上的种种阻隔而气馁，只是握着画笔，在地图上尽可能地用铁路线填满各个省区和属地（包括蒙古）。说他疯了，不是因他在地图上画线，……而是因为他竟天真地认为，画了这些铁路线，外国资本家就会给他足够的钱，在五至十年内把这些铁路全部建成！
端纳记述的这一情况非常形象地反映了孙中山一贯的思想作风。说他是“狂人”、“疯子”太过刻薄，但也反映出孙中山有时作风简单、粗率、盲目自信的一面。尽管如此，《实业计划》作为中国近代史上最早的一份完整、系统的经济现代化计划，它仍为人们所重视和怀念，不在于它的每一个具体内容的参考价值，而在于它的原则精神的启示和激励。
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《建国方略》之三：《民权初步》
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《民权初步》原名《会议通则》，完成于1917年，后编为《建国方略之三：社会建设》。从严格意义上说，此书并非孙中山的理论创作，而是他根据中国国情实际需要，参照西方有关同类书籍编撰而成的。
