世俗官员的判决书说，阿列克谢的叛国罪应处以极刑。 6月24日向太子宣布判决，但并未立即执行。两天后，他死了，可能是由于精神和肉体上备受折磨所致。
在侦查阿列克谢太子案的同时，还进行了所谓苏兹达尔案的侦查。如果说第一个案件的中心人物是太子，那么第二个案件的当事人则是前皇后他的亲生母亲。
他的母亲，世俗名叫叶芙多基娅·洛普欣娜，当修女后叫叶莲娜。在她被牵连进此案时，已在苏兹达尔修道院度过了十八个寒暑。此时她年过四十，年富力强的岁月已一去不复返了。
将叶芙多基娅休掉之后，彼得对她再也不闻不问，这位前皇后于是得以随心所欲地过日子：她从来不吃修道院里的粗茶淡饭，餐桌上摆满了众多亲友送来的佳肴美食。她只是在进修道院以后头几个月穿过修女服。大约过了十年，约在1709年左右，叶莲娜姘上了一个情夫。他就是阔地主斯捷潘·格列鲍夫上尉，到苏兹达尔来是为了招募新兵的。被废黜的皇后生活中的所有这些事，历史本来是不屑与闻的，但阿列克谢叛逃事件发生以后把这些都抖落出来了。
彼得早就对这母子二人间秘密联系一事有所闻，太子的出逃使沙皇有理由怀疑修女叶莲娜参与此事。1718年 2月 9日，沙皇向斯科尔尼亚科夫一皮萨列夫上尉发出一道手谕：“命你前往苏兹达尔，到我前妻及其亲信住所进行搜查，凡有可疑信件一经查出，立即将人犯及信件一并押送前来；人犯住所需派兵把守。”
斯科尔尼亚科夫一皮萨列夫总共花了三天功夫才到达苏兹达尔并办完沙皇命他做的一切。 2月12日，彼得从普列奥勃拉任斯科耶向侦查人发出另一道手谕：“速将吾前妻及其朋党并老母一并解押来京，但首先需查明其未曾剃度之原由。
受此案牵连的人供认，叶莲娜曾与斯捷潘·格列鲍夫昼夜厮混在一起。格列鲍夫本人也不否认这一点。
在审讯中格列鲍夫首当其冲。要他承认他曾对沙皇重婚口出微词，企图煽动叛乱等。但是，格列鲍夫忍受了三次严刑拷打，每一次除了通奸罪之外，他拒不承认所有其他罪行。但仅此一点就足以把这位情夫处以死刑——他被钉在尖木撅子上。审讯证明叶芙多基娅并未曾参与太子叛逃一事。这样，她才得以保全性命。后来她被送往拉多加修道院，受着严密监视，直到1728年她的孙子彼得二世才下令解除了对她的监禁。
太子死于 6月26日， 6月30日为他举行了葬礼，在这期间，彼得堡宫廷生活秩序丝毫没有改变。“太子之死”，我们在一位外交官的报告中读到：“并未影响第二天（ 6月27日）为波尔塔瓦战役周年纪念照例举行的庆祝活动，那次战役瑞典人遭到惨败，从此一蹶不振，沙皇开始称雄；为此，在邮政大楼里大摆筵席并举行了舞会。”
第二天沙皇出席了皇太子的葬礼。
如果把彼得和阿列克谢之间的关系仅仅看作是由于父子的气质、性格和精神面貌不同而酿成的一出家庭悲剧，那就错了。
在当时的情况下，这种对立不仅仅表现在父与子的相互关系上，而且表现在现实的俄国与未来的俄国的两种观念的对立上：父亲正在付诸实现的是一种观念，而儿子一旦获得政权以后想要实现的则是截然相反的另一种观念。俄国到底何去何从：是沿着改革的道路一往直前，使俄国有朝一日跻身于欧洲和世界列强之林呢，还是抱残守缺，顺着老路滑下去？
最后一点，在父与子的冲突中，不难发现他们对帝王在国家中的作用也持不同的看法。为父的认为自己是国家公仆，为国事操劳即便献出生命亦在所不惜；但作儿子的就不一样了，他只想当一名受上帝荫庇的“行过登基涂油礼的一国之君”，但要为国事殚思竭虑，那他是有所不为的。
阿列克谢死后，王位继承人问题仍未解决。这是因为沙皇同叶卡捷琳娜所生的皇子——四岁的王储彼得也业已于1719年夭折。失子之痛使沙皇镇日不得安宁，当时有许多人认为，皇后福体过于肥硕，未必还能为皇室添丁进口。彼得郁结成病惊厥发作，闭门谢客，三天里滴水粒米不进。
