“大黄蜂”号的机队到达估计是敌舰所在位置的上空时，也要作同样的猜测，领队林格中校打发属下二十二架轰炸机回航，率领其余十三架无畏式机及十架野猫向前飞行。他像麦克拉斯基一样，也向西北飞了半小时，可是见到前面空无一物，便转向东南，朝中途岛的方向飞去，再转飞东北。他由于进攻心切，油箱不够汽油也不管，到最后放弃搜索时，大部分战机连飞回中途岛也没有足够的燃料。野猫机一架架都把油用罄，相继坠海；只有八名驾驶员获救。两架无畏式机在中途岛泻湖上空掉下来，机员涉水数米爬上海滩，另外十一架则把汽油用到最后一滴，于早上十一时二十分降落。岛上的美军可没怎样热烈欢迎他们。那些海军陆战队了望员因为事前没料到无畏式机会飞来，又见它们把炸弹投弃海上，误以为是敌机，于是响起空袭警，还弄来VMF221战斗中队一架遍体鳞伤的战机加以截击。
回头再说麦克拉斯基。他这时断定敌舰已掉头循反向航行，“企业”号舰长默里认为这是“整个战役中最重要的判断”，于是率领轰炸机向西北推进，他们的汽油已几乎用掉一半，若是再不快快寻出目标，美国特混舰队就不但要失掉麦克拉斯基指挥的战机，舰只本身亦要遭殃。十五分钟过去，又过了二十分钟、二十五分钟，他才看到下面隐约有一道白白的波纹，是一艘独航的日本驱逐舰的浪迹；没多久，北面远处可见三艘航空母舰，夹在护航舰中间左摇右摆地从散开的密云下面溜出来：“苍龙”号领前，“加贺”号在东，”赤城”号在西，“飞龙”号在前面稍远处，一直躲在云层下面没有露面。
此时南云派往攻击美国航空母舰的飞机正要起飞。“加贺”号的飞行甲板上有三十架战机，机库舱面板上又有三十架，全部武装齐全加足汽油，正候命侍发。就在这时，莱斯利少校率领那个“约克敦”号中队的十七架无畏式机，却向“加贺”号投下四枚炸弹，把舰桥炸得粉碎，桥上的人连同冈田大佐在内，统统当场炸死，飞机和甲板上发生一连串爆炸，一根火柱直蹿空中，高三百多米。浓烟覆盖着整艘舰，像块泻出血红火舌的黑色棺罩，舵手炸瞎了眼，掌不得舵，“加贺”号于是横冲直撞。
这时，麦克拉斯基兵分两：一路进攻“赤城”号，一路进攻“苍龙”号。他最后一次环顾四周，仍没有零式机，便俯冲下去。黄色飞行甲板上的那些巨大的红”肉球”标识就好像靶板红心那样清晰分明……。
“苍龙”号舰上也有战机六十架。三枚炸弹使舰首到舰尾的机库舱面板上泼满了炽烈燃烧着的汽油。一个弹药库爆炸了，舰的一双引擎都停下来，舰失去了舵效航速。柳本大佐从舰桥上喊道：“弃舰！全体船员撤到安全地点！谁也不要走近我！万岁！万岁！”他还喊着万岁时，已给火焰团团围住。大部分船员挣扎着逃出浓烟大火，跑到飞行甲板的前端挤在一起，后来一次猛烈的爆炸把他们全部轰到海里去。
“赤城”号由于前往袭击中途岛的机队仍未归航，舰上只有战机四十架，战机试图起飞，正当第一架加速飞出时，头一枚炸弹就在它们中间近舯部升降机处爆炸，另一枚炸中左舷艉，乍看损毁好像并不严重，可是在青木舰长命令灌水入弹药库时，发现舰泵坏了。下面一架焚烧着的战斗机波及舰桥，火势跟着蔓延。
南云召来一艘驱逐舰，把自己和船员转送轻巡洋舰“长良”号上。不出一小时，“赤城”号的飞行甲板从头到尾着火焚烧。最后发动机停下来，一名军官进入机舱内查察，发觉里面的人全部死去。
零式机被美国鱼雷轰炸机的攻击引到低空，这时只须短距离开足马力便可追到第六侦察轰炸中队。麦克拉斯基那三十三架无畏式机中，有十八架坠海，部分是由于汽油用尽的缘故，麦克拉斯基自己也伤了肩膊。莱斯利的第三轰炸中队无恙，回到“约克敦”号上的降落圈中，尚未降落就给警告离去。那十七架飞机中有两架油尽来不及降落“企业”号上，只得迫降水中。最糟的是“约克敦”号一名战斗机驾驶员脚部中了弹，在“大黄蜂”号上紧急降落时因为没关上开关，那六支点五0口径机枪给震得开动起来，杀死五人，伤了二十人。
“约克敦”号的雷达侦察到有敌机来袭，便通知舰上战机离去。两个钟头前，在早上十时，南云已把第十七特混舰队的位置报告山本：“我歼灭这队敌舰后，继续进攻‘AF’。”他在十时五十分承认“‘加贺’号、‘苍龙’号及‘赤城’号舰上发生大火，”但又坚定地加了一句：“我打算派‘飞龙’号与敌方航空母舰交战。”十时五十四分“飞龙”号的信号灯还夸称：我们的战机现正全部起飞歼灭敌方航空母舰。
“全部”不过是夸大其辞罢了：参与这次攻击的实在只有六架战斗机和十八架轰炸机而已。“约克敦”号的雷达屏幕于十一时五十分一侦察到敌机后，空中战斗巡逻队随即前去截击。马上有十架日方轰炸机给击落，高射炮又打下两架，但是有三枚炸弹击中了“约克敦”，其中一枚贯穿第三层甲板，在咽喉爆炸，把两个锅炉的火炸熄了，锅炉舱内充满了浓烟；又烧看了烟囱上的油漆，炸断了电报和雷达的主要电缆。蒸汽压力下降；舰慢下来，最后动也不动停在海上。
佛莱区少将往飞行甲板及机库舱面板匆匆巡视一遍，攀回司令台上时，发觉那儿浓烟缭烧，信号灯和信号旗都给烟盖住了。通信系统已全部失灵，他与属下的重要幕僚便滑下一条绳索转往重巡洋舰“亚士多里亚”号，同时抢救队已把“约克敦”号的甲板补好，而工程队也使舰回复至时速二十哩，下午两点，“约克敦”号已恢复井然有序之貌，还升起了一面簇新的国旗，代替被战烟熏污了的那一面。旗褶还未抖平，另一艘舰的雷达又侦察到另一个攻击队，就在西面四十八公里处，是”飞龙”号的六架战斗机和十架鱼雷轰炸机，佛菜区的特混舰队这时孤立无援。斯普鲁恩斯离敌人更远，在东面四十八公里处，因为“大黄蜂”号与“企业”号要让战机升降必须东行。尽管如此，斯普鲁恩斯还是派了重巡洋舰和驱逐舰各两艘增强佛莱区的防空炮火。“约克敦”号的空中战斗巡逻队与各舰的高射炮合力击落了五架鱼雷轰炸机，但仍然有四架冲过枪林弹雨向“约克敦”号投弹。重巡洋舰“波特兰”号抢来拦挡，但没用，两枚鱼雷击中“约克敦”号左舷侧翼，差不多正中舰中央同一位置。一名目击者说：“它好像跃出了水面，跟着便掉回水中，全无动静。”当时是下午二时四十五分。
这时“约克敦”号的发动机停下来，漆黑一片，猛喷蒸汽，并缓缓向左绕圈于。就这样一直倾覆了。担架兵在斜斜的通路上抬运伤者。二时五十五分，巴克马斯特舰长下令弃舰，几艘驱逐舰来援，船员泅泳攀上，挤在甲板上望看”约克敦”号下沉，然而，它一直浮在海上。其时海面风平浪静，夕阳灿烂，是个美丽的黄昏。
到那时为止，还没有一个美国人会在同一时间内看见超过三艘日本航空母舰，而且知道至上午十时三十分止已有三艘受创。然而这次发生在差不多四个半小时后的鱼雷轰炸机空袭事件，是敌方还有第四艘航空母舰的有力证据。佛莱区不久便得到了证实。正当“约克敦”号还在团团转时，舰上一架侦察机已报告说一艘航空母舰、两艘战列舰、三艘重巡洋舰、四艘驱逐舰，在斯普鲁恩斯特混舰队西面约二百五十公里向正北行驶。
佛莱区命令“企业”号和“大黄蜂”号马上攻击。“企业”号的战机首先出动，到三时四十一分，连同十架从“约克敦”号前来暂避的，已有二十四架无畏式机升空，战机飞了约莫一小时便看到三条烟柱从着火的“加贺”号、“赤城”号和“苍龙”号冒起。几艘驱逐舰守在一旁，其余的舰只则在北面数公里处，正同幸免于难的“飞龙”号一起逃亡。轰炸机转向西飞藉此避过下午炫目的阳光，从五千八百米的高空俯冲而下。其中三架给零式机击落，却在“飞龙”号甲板上投下四枚重型炸弹，末尾几位美机驾驶员见“飞龙”号烧成一片火海，知它劫数难逃，便转而轰炸在旁的一艘战列舰。后半队美国轰炸机，从”大黄蜂”号来的另外十六架无畏式机，于半小时后到达时，完全没理会到“飞龙”，只管向一艘战列舰及巡洋舰投弹。“大黄蜂”号的战机全部平安飞回。
“飞龙”号舰首的升降机给炸得飞脱出升降道外，摔向舰桥，遮住了它，不能再在上面指挥驾驶，”飞龙”号上当时只有二十架飞机，但己足够帮助燃烧，火势不一会就蔓延到机舱，舰身倾侧至十五度，并且开始入水了。
四艘航空母舰中“苍龙”号最先沉没。在苍茫暮色中，破烂的船壳像火炉一般烧得通红，船身倾侧得很厉害，到七时十三分便滑入水里，海面冒起一团嘶嘶作响的蒸汽。随舰沉没的还有七百一十八名船员和把自己绑在舰桥上的柳本舰长。八十公里外，盖伊少尉在那个黑色坐垫下面望着燃烧中的“加贺”号。“加贺”号爆炸时，几百名船员仍挤作一团的缩在飞行甲板上。“苍龙”号沉没后五分钟，“加贺”号也没入水中。“赤城”号与“飞龙”号在6月5日清晨才沉没。”赤城”号很顽强，舰上静止的发动机只有死尸看守，却突然复活，把舰开动兜了差不多两小时的圈几才停下来。但是仍然不肯下沉，最后在拂晓时分由一艘日本驱逐舰用鱼雷击沉。
“飞龙”号是第二航空母舰分队的司令山口多闻海军少将的旗舰。山口多闻是一名出色的军官，预料将会继山本出任海军总可令，他身材魁梧，脸如铜盘，是普林斯顿大学的毕业生，曾任日本驻美海军情报组组长，他和“飞龙”号舰长加来止男看见“飞龙”号拯救无望时，便向全体船员致决别辞，接着“向天皇表示敬意，高呼万岁，降下战旗和司令旗。凌晨三时十五分，全体船员奉命弃舰，天皇的肖像给取下来，人员开始转往驱逐舰上……分队司令及舰长却留在舰上，他们向属下挥帽致意，然后从容跟他们的舰同归于尽”。两艘驱逐舰于五时十分试用鱼雷将其击沉，但舰仍然浮在水面，直至七时始沉没。
这时四艘航空母舰已全部沉没，随舰葬身海底的船员共有二千多名。斯普鲁恩斯报称美军这时已“稳操制空权”。
另一方面，对中途岛的最高指挥人员来说，6月4日是焦虑重重的一天，他们于早上收到报告，知道敌方只有一艘航空母舰受创时，岛上的损毁情况就好像在预示更严重的后果。最令人难以置信的是，指挥空中堡垒的斯威尼中校竟未获知美方两特混舰队已在附近海面，还以为中途岛正孤军作垂死战，于是把可以马上起飞的七架战机遣回欧胡岛，一方面既可避免这些战机被毁，另一方面他以为中途岛失守在即，一旦失守，夏威夷群岛势遭侵略，这些战机正好用来捍卫，虽然空战军官南西少校所知较详，也认为“我方在日落前极有可能受到敌舰猛烈轰击”。
这时中途岛的空军实力已大为削弱，只有两架战斗机、十一架俯冲轰炸机、十八架巡逻机、四架空中堡垒，以及在修理中的飞机。斯威尼率领四架空中堡垒在下午第一回合空袭中对付分散的日本航空母舰。另外两架修理好后也于一小时后升空飞往同一目标。下午六时三十分，当那些驾驶员进行轰炸之际，看见下面一公里半处多了六架空中堡垒，原来这是从欧胡岛东南毛洛开岛直接飞来加人作战的一支中队。这三个机队均报称击中目标，南云的日记却说无一命中。
接着，海军陆战队的战机出击。诺里斯少校指挥十一架俯冲轰炸机于入暮时分出发，可是适逢月黑风高，一片漆黑，只得放弃搜索敌舰。一路上只凭战机排气槽发出的蓝光保持队形，直到中途岛的火光引导它门回航为止。十名机员无恙归来，诺里斯少校却没有回来。中途岛当晚又出击一次。十一艘鱼雷艇干晚上七时三十分出发，希望打沉一艘掉队的敌舰，但一无所获。
鱼雷艇刚离去，毛洛开岛的空中堡垒便已降落，带来惊人的消息：进攻时遇到零式机袭击。中途岛这时已知敌方第四艘，大概也是最后一艘，航空母舰已于五时受到重创，因此相隔两小时后出现的这些零式机，就表示敌方还有第五艘航空母舰。其实那些零式机是正在焚烧的“飞龙”号的遗孤，但中途岛人员又怎会知道呢？他们也不知道一架巡逻机于九时报称西面九十六公里库耳岛上有敌军登陆一事，原来只是心慌意乱之余产生的幻觉，反之，这两个消息相辅相成，使人人以为敌方进攻已迫在眉睫。
中途岛致电嘱咐其警戒潜艇紧守防线，抵挡逐渐迫近的敌人，并且派出两架装有鱼雷的卡特琳那机帮助堵截，卡特琳那机于午夜起飞。6月5日凌晨一时三十分，敌方一艘潜艇突然向泻湖作八次袭击，然后潜遁，中途岛守军以为这是日方为了掩护登陆而故意转移美军注意力的把戏；到了凌晨二时十五分，美国海军潜艇“谭波”号报称就在西面一百四十四公里处发现“多艘不明舰只”，这似乎又证实了上述的想法。
中途岛守军这时可说是已经竭尽所能了。他们只好不断维修飞机，枕戈待旦。
中途岛东北远处，美国的战舰也正在等待。佛莱区的特混舰队损失了“约克敦”号，此时只由斯普鲁恩斯的舰队护着，“大黄蜂”号及“企业”号没有受损，但是斯普鲁恩斯对日本快速的战列舰有所顾忌，“觉得不宜冒险夜战……另一方面，我也不想在第二天早上离中途岛太远，我希望找到一处据守地点，使我们既可追击撤退的敌军，又可截击登陆中途岛的部队。当时那里一带……仍可能有敌方的第五艘航空母舰。”
斯普鲁恩斯的舰队慢慢东行，然后转北驶了几公里，再转东驶最后又南驶几公里，等到“谭波”号有所发现才结束这漫无目标的航行，以时速二十五哩直指中途岛。
6月5日破晓，卡特琳那机于凌晨四时十五分在中途岛起飞，空中堡垒也跟着升空。六时，头一个报告拍回来：“两艘战列舰漏油”，并道出方位、距离、航向速度。这两艘其实并非战列舰，而是重巡洋舰“最上”号和“三隈”号。卡特琳那机驾驶员错认了也情有可原，这两艘姊妹舰同“熊野”号和“铃谷”号，原来就是日本臭名昭著的“骗人巡洋舰”，表面是根据伦敦海事会议的规定制造的，但其实强大得多，比珍珠港的任何美国战列舰都要长。
这四艘是占领部队的开路先锋，由驱逐舰掩护，派往炮轰中途岛以备登陆。一个了望员看见“潭波”号潜艇时，“谭波”号也正看见这四艘战舰。日舰指挥命令紧急转向，可是“最上”号错过了信号，撞破“三隈”号的左舷，自己的船头也撞歪了，因此两舰都不能超过十五哩的时速行驶。（第二天美舰载机把“三隈”号炸沉。）
凌晨二时五十五分，山本属下的指挥官收到一纸出人意表的急电，电文说：攻占“AF”计划取消……撤退……
直到这里为止，日本攻击中途岛的动机以及策略都是从官方文件拼凑出来的。但有关这紧要的一点，何以山本决定终止行动，文件却只字不提。山本五十六已死，所以我们只能揣测。前一晚六时三十分，南云舰队的一个侦察机驾驶员报称发现“四艘敌方航空母舰，六艘巡洋舰、十五艘驱逐舰……位置在焚烧并正倾侧的航空母舰西面四十八公里……敌方舰队现止向西航行”。原来这名驾驶员是个近视眼。美舰队当时只有两艘航空母舰可用而且正向东行驶。不过南云没有理由怀疑侦察报告不确，虽然他的日记没有如此记载，大概他马上就通知了山本。山本却似乎没有立即接到他的报告，因为到了下午七时十五分他还在作以下的广播：
“一、敌方特混舰队己撤退到东面。其航空母舰队也几乎歼灭殆尽。”
“二、该区联合舰队各单位打算追击歼灭这支舰队，同时占领‘AF’”。
“三、机动部队‘南云忠一’、占领部队及先头部队‘潜艇’将尽快歼灭敌舰。”
南云记道：“此项宣布显然由于对敌方估计错误而发出，因为敌方仍有四艘可以作战的航空母舰，驻中途岛上的战机亦可随时出击。”于是他在晚上九时三十分把那驾驶员的发现再向山本报告一遍，十时五十分重复第二遍。这些消息想必有一个上达山本。山本一直以为美舰已受创撤退了，所以当他听说对方竟然多了两艘航空母舰助阵，而且还在采取攻势时，虽然这些消息无一属实，便大为震惊，因而下令日军撤退。
可是在这里得强调一点，这一切纯属揣测。然而中途岛战役确是结束了。
中途岛的仗打是打过了，但善后工作还没做完6月4日早上，美国第一个驾驶员从他那着火的飞机跳伞下来时，善后工作便告展开。当日整天、第二天，以及在过后的几个星期中，卡特连拿机一直在海上搜索，找寻筏子和救生衣。他们终于在6月5日下午寻获盖伊少尉。
六月六日他们又救起另一名驾驶员，是一名中尉，他用手捂住腹部的弹孔已有两天。原来他在筏子里给日机扫射，为了证实所言不虚，他把那被击折断的桨拿回来，卡特连拿机救起了五十多人，其中三十五人是“飞龙”号机舱内的日本人，他们已漂流了十三天。
最大宗的善后工作还是抢救“约克敦”号。拯救工作开始时很顺利。驱逐舰“休斯”号在6月4日晚上守在“约克敦”号旁，救起两名伤者。他们是在弃舰时给人忽略了的）和一名战斗机驾驶员，当时他是自己划着筏子来的。6月5日下午，扫雷舰“维利俄”号把“约克敦”号拖着走，翌晨两点，巴克马斯特舰长和一支一百七十人的工作队带同另外三艘驱逐舰回来。修理工作进行得十分慢，就如“约克敦”号的行驶一样。到中午因为采取了投弃舰上物品及抗倾覆注水两种办法，舰身开始减低倾侧度，又得系在右舷的驱逐舰“韩曼”号之助，供应水电，舰上的火势逐渐受到控制，到下午一时三十五分，一名了望员看见右舷对开有四枚鱼雷的浪迹。“韩曼”号开火，希望把鱼雷弹头引爆，舰长同时努力想把“韩曼”号拉开，但一点用处也没有，一枚鱼雷掠过舰尾，一枚击中“韩曼”号，另外两枚击中“约克敦”号，这两艘战舰注定完了。
汽油、水和碎片像喷泉似的射上高空，哗啦哗啦的又堕回海中。甲板上下剧烈震动，不少船员的足踝和腿都被折断。那些吓得发呆的人给抛落海中，随而被吸进正在入水的舱室，“韩曼”号的龙骨折断，沉得很快，船头首先没人水中，就在沉没之处发生爆炸。好些泅在水里的人当场震毙；有些人则眼、鼻，嘴慢慢流血至死。
“约克敦”号巨大的舰身吸收了两枚鱼雷部分的冲击力，但它高高的三脚前桅也还是给震得像树苗那样晃动，铆钉亦震得飞脱，在空中飕飕作响。水涌入右舷锅炉舱内，起初减低了船身左倾的斜度，但巴克马斯特知道“约克敦”号气数已尽。太多保险门弹开，太多舱壁受损了，于是召集工作队弃舰。有几名工作人员没上来，鱼雷把他们困在完全淹没了的舱室里。一名军官逐舱打电话找他们，当听到无法通达的第四层甲板有人回答时便问道：“你们可知道自己现在的处境？”
“知道。”那声音说，“我们在下面真他妈的好玩哪，不过，有一件事……”
“什么事？”“你们炸舰时，把鱼雷瞄准我们这儿，我们想快一点。”
他们毋须炸“约克敦”号。第二天清晨，“舰靠左舷倾覆[ 巴克马斯特说]沉下三千六百五十多米深的海底，舰上所有战旗飞扬着。”舰首滑人水中时，驱逐舰上的人员肃立敬礼。
中途岛战役就此结束。美国损失了一艘航空母舰、一艘驱逐舰、一百四十六架战机，士兵阵亡三百零七名。日本损失四艘航空母舰、一艘重巡洋舰、二百五十三架战机，士兵阵亡二千三百名。这是美国一场决定性的胜利：珍珠港事件后刚刚六个月，太平洋的海上均势恢复了，此役也是自1592年后日本在海上吃的首场败仗。那年朝鲜人有史以来首次用铁甲船把丰臣秀吉的舰队逐出顺天湾。
从战术方面来说，日本沉没了的航空母舰和阵亡的战斗机驾驶员，约一百名日本最精锐的飞行员，另外还有受伤的一百二十名，大大改变了日本整个海军的编制。为了补替那些损失了的航空母舰，日本不但要改装水上飞机供应船，因而缩减远程侦察，还要在两艘战列舰上加装飞行甲板。那些阵亡的驾驶员却是无从补替的了，津田舰长说：“这次的损失，使我们事后在这场大战中一直吃亏到底。”
就战略方面而言，中途岛解除了日本对夏威夷和美国西岸的威协，制止了日本向东推进，并迫使日军把主力集中在新几内亚及所罗门群岛。此外日本再也不图扩张势力，只求保持势力。
美国取得了日本失去的主动，套用金格上将的话，美国由“守攻”进至“攻守”，然后长驱直入日本的东京湾。在那里的了结，从中途岛上已经开始了。高田利钟少将说：“中途岛一役的失利，是日本全盘败仗的开始。”
美军指挥官当时也许早就领略到了这一点，却把乐观想法压制下来。战事一完，尼米兹上将只宣布：“珍珠港之耻现已部分得雪，日本海军力量一日未完全摧毁，还不能算尽雪前耻，在这方面我们现已大有进展。”接着他终于按捺不住心中的兴奋，语带双关地说：“如果说我们雪耻之路已差不多走到中途，也许还不算过分吧。”
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