施琅归入郑军后，成为郑成功部下最为知兵善战的年轻骁将。郑成功对他格外器重和信任，不仅授以左先锋镇之职，而且将其视为得力助手，凡军机大事都与之商议、谋划，施琅也一心一意为郑成功效劳，郑军的楼舰、旗帜、伍阵等各种战术和布阵之法，均由施琅传授。李光地在《榕村语录》中曾经说：“郑国姓（成功）用施琅如手足。”左先锋是郑军中很重要的镇将，相当于总兵；其弟施显也为郑成功所重用，先封为左先锋镇副将，后又晋升为援剿左镇。郑成功对施琅兄弟“深相结纳”，兄弟二人也尽心效力。
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反正重归辅佐郑氏创业(4)
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施琅加入郑军后仅一个多月，即顺治六年（1649年）的三月，奉命攻打彰浦，清军副将王起俸暗中向其示降，并在不久后投了郑军，因而郑军很快即夺取了彰浦。十月十八，郑成功挥师攻打云霄。陈锦在《为云霄失守旋经恢复事揭帖》中描写了云霄在军事上的重要性：“云霄一城，处于闽广交错之地，乃士商往来之所。虽非县城可比，然为漳郡咽喉，全闽门户，且逼邻海滨，诚要区也。”云霄守备张国柱留旗鼓中军姚国泰守城，自己率兵千余于离城五里外列阵迎战。左先锋施琅等从左翼前进，未行数里便与清军相遇，施琅随即挥师直冲张国柱，两人交锋，战约数合，右先锋杨才领军赶到，清军阵势大乱。施琅部下左先锋镇副将、其弟施显跃马提刀，冲向张国柱，一刀将其斩于马下。清军溃败，郑军乘胜掩杀，直杀得尸横遍野，郑军遂攻破云霄城，活捉中军姚国泰。这是施琅、施显加入郑军后的第一次大战，彰显英勇与善战，从而在郑军中初建威名。
十月下旬施琅随郑成功南下攻诏安，从二十九日至十一月初一，连续三天围攻县城。由于诏安县城墙坚固，清军坚守不出，因而久攻不下。不得已，郑成功只好下令撤围南下，进抵黄岗，准备攻打潮州总兵郝尚久。
这时，施琅的族叔施福带领澄海人黄海如来投。施氏叔侄俩曾一同随郑芝龙降清，现在又再次聚于郑军中。在《先王实录》中杨英记载：黄海如见郑成功后，便劝说郑成功放弃攻打早有准备的潮州城，改为攻掠实力相对弱小之敌，以裕兵饷。郑成功采纳了他的建议，便以黄海如为谋士，开始挥军征剿各地不遵号令的割据势力，一方面筹集军饷，另一方面补充兵员，扩大力量。郑成功在挥军攻打这些山寨的过程中，进行过一些残酷的杀戮，以扬军威，树立威信。这个时期的郑军力量还不甚强大，在当时豪强林立的境况下，采取强硬手段以收威慑之效也是必要的，但却难免杀戮太重；《先王实录》中对此虽有所回避，但仍有记载：“藩进入洋X（左氵右戎）水，平山寇有员山寨和尚寮恃险不服，攻之，……藩挥令各镇将寨掘平之，男妇一尽剿杀无遗，余寨闻风归顺……”
当时，潮州土豪多有乡团武装，拥兵割据，占地为王，既不向清朝的官吏纳税交粮，也不服从郑成功的号令，甚至抗拒、偷袭郑军。鉴于这些地主武装力量不很强大，郑成功决定逐一分兵平定。《先王实录》记叙了这一时期施琅在郑军中的战斗经历。十二月，施琅奉郑成功之命，率兵攻破与郑军对抗的揭邑白灰寨，擒获负隅顽抗的李芳，左近各寨闻风慑服。顺治七年（1650年）正月，郑成功进军至潮阳，施琅奉命率兵攻破了对抗郑军的溪头寨。二月，郑军进入洋X（左氵右戎）水，攻打恃险不服并抗拒郑军的诸寨。四月，施琅随郑成功打败九军，“破其溪头寨之顽恶而险要者”。紧接着，郑成功与郑鸿逵合兵攻打新墟寨。此时，与新墟寨相勾结、打着南明旗号的潮州总兵郝尚久率部驰援新墟寨，郑成功下令攻之，“左先锋施琅、后镇陈斌等向前，才交一合，左右伏兵齐出，陈斌、施琅跃马冲入敌阵中砍杀，锋不可当。虏遂奔溃，生擒尚久中军陈禄而回，诸将继进追杀，横尸遍野，尚久仅以身免。”五月，郑成功率部转战至揭阳，施琅再行招抚，接收了诏安九甲的农民起义将领万礼，并收编了他所带领的义军数千人。
短短半年多的时间里，施琅随郑成功转战各地，犹如龙归大海一般，纵横驰骋，所向披靡，攻城拔寨，连获大捷，之后继续采取寓抚于剿、以剿逼降的策略，取得了显著成效，充分展示了施琅知兵善战、富于谋略的军事才干，在郑军中树立起了很高的威望，赢得了将士们的信赖和尊重。其所率领的左先锋镇，成为了郑军中作战能力最为强悍的一支部队。
1650年8月，施琅跟随郑成功回到了福建。郑成功的军队力量虽然不断壮大，但所占据之地盘却甚为狭小，缺乏一个稳固的后方和长久的立足之地，郑成功深以为忧。《先王实录》记述说：早在1647年11月，郑成功就在为缺乏根据地而苦恼，他曾说：“我举义以来，屡得屡失……欲择一处，以为练兵措饷之地。”黄海如到来后，郑成功与之讨论这个问题，黄海如建议郑成功夺取潮州为根据地，认为潮州城池坚固，便于防守，更重要的是，潮州地域宽广，人多地广，物产丰富，可满足军队所需。为此，郑成功曾一度准备选择潮州地方作为根据地，多次对潮州城发起攻击，但均无功而返。郑成功终于意识到，己方所长是海战，陆上清军的八旗兵剽悍凶猛，势力强大，自己的军队根本无法与之抗衡。于是，郑成功决心像父亲郑芝龙一样，建立一支强大的水师，他将目光投向了厦门和金门这两个岛屿。此地距离部下将士们的家乡不远，如若据有，将其建成稳固的后方基地，不仅军心稳固，更可发挥部队善于海战的特长。
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反正重归辅佐郑氏创业(5)
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厦门背靠漳州、泉州大陆，面对金门，与台湾、澎湖列岛隔海相望，由本岛、鼓浪屿岛、九龙江北岸沿海地区及附近小岛、海域和同安县组成。占据厦门无疑会令不习水战的清军望洋兴叹，无可奈何。
当时，占据金门的是郑成功的族叔郑鸿逵，此时与郑成功的关系尚好。而占据厦门的乃是郑成功的族兄郑联、郑彩，兵力强盛，战舰颇多，且向来轻视郑成功：“少年乳臭，虚名而已，何足介意？”郑成功很想袭击郑联，但又担心郑联的战船数倍于己，其部下又多强将，倘袭取失败，反而增加了一个劲敌，；且郑联与郑成功族谱相通，尤恐担戴杀兄的罪名。
就在郑成功心存犹豫之际，他的一位族叔郑芝莞前来拜见。此人向来与郑联不睦，趁机进言：“建国远行，惟联在厦，迩来横征暴敛，民不聊生，取之正当其时。”郑成功闻言心动。
《台湾外纪》中记叙了郑成功采纳施琅的建议，智取厦门的经过。
施琅得知郑成功欲取厦门，即劝谏说：“征之未见为是，当设计图之。”郑成功道：“试陈可图之计。”施琅说：“联乃酒色狂徒，无谋之辈，藩主可领四只巨舰，扬帆回师，停泊鼓浪屿，彼见船少，必无猜疑。其余者陆续假为商船，或寄泊岛美、浯屿，或寄大担、白石头，或从鼓浪屿转入崎尾，或直入寄碇厦门港水仙宫前。藩主登岸拜谒，悉从谦恭，然后相机而动，此吕蒙智取荆州之计也。”郑成功闻计大喜，连声赞叹道：“此计甚当。”于是依计而行，挑选健将五百人，令施琅等将领统率，又配船四只，自领前往。
中秋之夜，郑成功的战船来到了鼓浪屿。为了麻痹郑联，他先派人给郑联送上稻米千石为贽见之礼。郑联原本就十分狂傲，此时见郑成功给他送来了甚为短缺的粮食，且所率的战船又少，不疑有诈，未加丝毫的防范。
第二天一大早，郑成功前去拜见郑联，向郑联请求道：“师屡败绩，赧颜相见，倘吾兄见怜，以一旅相助，得片土栖身，终不敢忘大德。”联曰：“吾弟何出此言？军旅相助，分所当然。”郑成功谦卑地表示了感激之情，之后便随郑联一同喝酒去了。此时，忙于寻欢作乐的郑联完全放松了对郑成功的警惕。郑成功见郑联毫无防备，骄兵之计已经实现，便告辞而出，密令战船陆续进港，悄悄靠近郑联的战舰，并约定以炮声为号，抢占郑联战舰。
当天晚上，郑成功在虎溪岩设宴，回请郑联。郑联接到邀请，毫无戒心，当即前来赴宴。在酒宴之上，郑成功殷勤地向其劝酒，郑联也放怀畅饮，至深夜才掌灯而回。行至半途，预先埋伏在路旁的郑成功部将杜辉等突然冲了出来，郑联毫无还手之力，刺杀行动极为顺利。杜辉等人杀死郑联后，割下其首级并藏匿起来，然后飞报郑成功。郑成功得到消息，立即令随从士卒在岩顶放起号炮，自己则火速领兵进入厦门。一进城内，郑成功便作悲状痛哭：“是谁杀了我的兄长，此仇不共戴天！”并大喊捉拿凶手，为郑联报仇雪恨。他又派兵守住郑联和郑彩的家门，下令没有自己的命令，任何人不得擅入，名为保护族兄家属的安全，实则将他们软禁了起来。随后张贴告示，悬赏捉拿凶手，有报知凶手消息者，赏银千两，同时安抚百姓，派兵维持秩序，因而厦门城内并未出现动荡和骚乱。这时，郑联的部下和战船被施琅等人所困，士卒被缴械，郑联的部将陈俸、蓝衍、吴豪等人被收编。郑彩部下将领杨朝栋、王胜、杨权、蔡新等人听说郑联已死，也尽皆归顺郑成功。
郑彩接到郑联为郑成功所杀的消息后，领着战船百余艘逃至广东南海一带。郑成功派人前去邀请，郑彩长叹一声：“我已年老气衰。依我所见，诸子弟中，能成大器者，惟大木。”于是将兵船悉数交给了郑成功。郑成功见郑彩诚恳，再无猜疑，待之甚厚。
攻取厦门，对郑成功军事力量的发展有着十分重大的意义。吞并郑联、郑彩所部后，郑军实力大增，厦门从此为郑成功所据，并成为郑军抗清基地。郑成功在厦门扩充整编军队，分为中、左、右、前、后五军，军下设镇，每镇辖兵一千二百人，尤其注重水师训练，辖下水师“舳舻阵列，进退以法，将士在惊涛骇浪中，无异平地，跳踯上下，矫捷如飞”。为解决军队给养，郑成功还进一步发展海上贸易，同时派遣洪政招安铜山、南澳、闽安诸岛，郑成功自领中军，以冯澄世为参谋，纵横东南海上，结成海上长城。郑成功以厦门为基地，充分利用其具有海洋与大陆相隔的地理优势，尽展郑军长于海战的特点，队伍迅速壮大起来。可以说，夺取厦门为郑氏集团坚持长期的抗清斗争奠定了基础。
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反正重归辅佐郑氏创业(6)
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郑成功袭取厦门，兵不血刃取郑联，在这场奠定抗清基地的重大战役中，施琅献计献策，亲身参与，充分显示出其过人的谋略和胆识，这也是施琅在郑军中立下的最为卓著的战功。
这一时期，施琅与郑成功可谓“有鱼水之欢”。然而，就在两人密切合作，不断取得军事胜利的时候，这种亲密关系逐渐出现了裂痕。
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嫌隙渐生施氏全家被囚(1)
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郑成功与施琅，由于不同的出身和经历，在个性、思想以及人生理想方面都差异较大。施琅虽忠心耿耿，但恃才傲物；郑成功虽谋略超凡，但刚愎自用。因为个性的冲突，嫌隙渐生，施琅被褫夺兵权。即使后来施琅为郑军重夺厦门，依然未能官复原职，不满与怨恨溢于言表，及至怒杀曾德，令郑成功怒不可遏，密令逮捕了施琅兄弟及其家人，施、郑关系彻底决裂。
施琅归顺郑成功之后，被授予左先锋镇之职，颇受重用。他胸怀韬略，智勇兼备，作战多能获胜，在郑军中以“知兵”著称，为郑军抗击清军、壮大队伍立下了卓著功勋，尤其是为郑成功袭取厦门献计，考虑甚为周密，协助郑成功兵不血刃占据了厦门，吞并了郑联的队伍。此举不仅使郑军建立了抗清根据地，而且大大增强了军事力量。然而，随着军事上不断取得胜利，施琅与郑成功之间的裂痕也日渐明显，而且由于两人都颇为自负、性格倔强，导致裂痕愈来愈大，冲突愈演愈烈。
最初的争执是因施琅对郑成功筹措粮饷的方法有不同意见，几次三番进行劝阻，引起了郑成功的不满。尔后又相继发生潮州浮桥事件、陈斌逃亡事件，使郑成功对施琅渐生怨恨和猜疑。
决定战争胜负的因素是多方面的，但粮饷供给无疑占有极重要地位，诚如兵书所言：“兵马未动，粮草先行。”郑成功为抗清所发动的各种大小战役，在许多情况下都同粮食问题有直接关系。草创时期的郑军，由于兵员不多，加上其父郑芝龙多年从事海外贸易所存蓄的大量金银珠宝，尚能依靠收购粮食得以维持，但随着郑军的不断壮大，部属和家眷也越来越多，
粮食成了困扰郑成功的一个巨大的难题。因此早在顺治六年(1649年)起，郑成功便需要不断地派遣将士分赴粤省沿海各地征取粮饷。不仅粮饷，其他军需物资的匮乏也是困扰郑成功的一个较大难题。由于郑成功所控制的地区仅限于沿海岛屿和小片滨海地区，仅仅依靠当地的物力、财力，根本无法支持他日益扩充的军队所需，要维持庞大的舟师和陆战部队的作战，还要养活官兵家属，需要极为巨大的物资供应。
为解决军需难题，郑成功继承了郑芝龙开创的海外贸易的垄断地位，充分利用在海上的优势，把内地的出口物资通过秘密渠道运往海外，取得巨额利润，这成为他解决军费的主要办法。据江日升《台湾外纪》所载，郑成功以器械未备、粮饷不济为忧，冯澄世向他建议说：“藩主（指郑成功）何不修书与日本，竟以甥礼自待，且借彼地彼粮以济吾用，然后下贩吕宋、暹罗、交趾等国，源源不绝，则粮饷足而进取易矣。成功是之，令兄泰造大舰，洪旭佐之以甥礼遣使通好日本。”通好日本，实际上就是与日本进行贸易。《台湾外纪》还记载说，当时郑成功拥有“舳舻千艘，战将数百员，雄兵二十余万，粮饷虽就地设取，尚有吕宋、日本、暹罗等国洋船可以充继。”可见当时郑成功海上商业活动的范围和规模都相当可观。
在进行海上贸易的同时，郑成功解决军需的另一种方法则是在攻占地区征收粮饷。郑成功每占一地，都要征收相当重的赋税，并大量征发因用兵所需的劳役。时任郑军户科都事的杨英在《先王实录》中对此详细记载：永历七年(1653年)七月，郑成功“驻揭阳门辟，征输行粮，各寨乐输。”八月，郑回驻厦门，与清和议，目的就在于“将计就计，权借粮饷，以裕兵食。”他抓紧时间“分遣勋镇就漳泉派征乐助兵饷，遣督饷都督黄恺追晋南地方饷二十万”。九月，“遣前提督黄廷就云霄地方征米五万石”，十月，“遣中权镇黄兴、前冲镇万礼等统领辖镇，进入龙岩地方，征饷二十万。”十一月，“遣前锋镇赫文兴、北镇陈六御、右冲杨朝栋等辖镇往惠安、仙游等地方，征饷三十万。”
此外，郑成功还派部队到粮食比较富裕的地方进行抢掠。他多次出兵广东潮州、惠州等地区，就是为了抢粮。顺治六年（1649年）十一月，郑成功进驻潮州，有人献策说：“驻军措饷，莫如潮阳县。盖潮阳饶富，甲于各邑。今驻节邑中，抚顺剿逆，兵饷裕加。”郑成功所剿者虽多为土豪，而所到之处的强征横敛则也往往祸及百姓。由此固然可解一时的燃眉之急，但却以失去民心为代价。郑成功所攻占的福建、广东沿海地方往往很快就沦陷，当不仅是因兵力对比的悬殊。
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嫌隙渐生施氏全家被囚(2)
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早在广东剿匪征粮之时，施琅就对郑成功采取“男女一尽剿杀无遗”的做法表示过反对。这大概与他的成长经历有关。施家因战乱和兵匪抢掠而家道中落，施琅的父亲因战乱而变得赤贫如洗，而自己则因此自幼饱经磨难，过早地品尝到了生活的艰辛，这使施琅对兵匪之祸有着切肤之痛，因而对郑成功纵兵抢掠的行为多次正言相告。施德馨在《襄壮公传》中叙述道：“会郑成功以粮匮，议剽掠粤中，公正言以阻。”《八旗通志·施琅传》也写道：“今以粮匮，议剽掠广东，琅正言阻之，拂其意。”这里所说的是施琅反对剽掠广东。又据《福建通志·施琅传》记载，施琅同样反对郑军“掠粤之惠、潮以佐饷。”
然而，施琅对家乡百姓的体恤之情是从小到大都锦衣玉食的郑成功无法体察的。郑家多年从事海上贸易和掠夺所获得的巨额财富，确保了郑成功优裕的物质生活，对于乱世中民生之艰无从感同身受。作为一军统帅，他并非不懂军心民心向背之重要，也不可能对民间疾苦充耳不闻，但国难当头，他的思想和视线显然超越了这一层面，满心皆是君君臣臣的圣贤之道，是天下大事，是抗清大业，是军队的生存与发展——为匡复明室、还我河山，我郑氏一门尚置身家性命于不顾，区区百姓做出点牺牲又算得了什么？军中大将多来自闽粤，你施琅只知一味阻止夺粮，倒是赢得军心，而陷我于不义。但是粮饷何来，你又一筹莫展，这不是拆台又是什么！
郑成功心怀不满而又无从发作，只能隐忍于心。这位同样刚愎自用的统帅在等待时机。潮州一役终于让他抓住了施琅的把柄，不满、怨恨公开爆发。《先王实录》记载了这一事端：
潮州当时比较富庶，是著名的产粮区。1650年6月，郑成功决定出兵围攻潮州的郝尚久。此时，郝尚久虽打着南明的旗号，却暗中与清军相勾结，并在郑成功攻打新墟寨时出兵援敌，因此郑成功决定夺取潮州，一则补充军饷，二则拔出这根肉中之刺。郑成功谓诸将曰：“尚久不清不明，拂顺助逆，径出兵相加，我欲图之，计将安出？”后劲镇陈斌是潮州人，对潮州的地形十分熟悉。他向郑成功献计说：“潮邑东面环溪，只一浮桥通漳大路，惟西南北平地，可施攻击。必须断其浮桥，以绝援兵，然后移札西南围攻。内乏粮草，外无救兵，不降何待？”郑成功听从了陈斌的建议，统率部队先驻扎在城东的葫芦山。郝尚久率兵出城挑战，郑成功先令一支部队埋伏在山下。当双方交战之时，伏兵突然从左右一起杀出，郝部大败，被杀得尸横遍野。郑成功随即令施琅率兵切断潮邑东面环溪的浮桥，以绝郝尚久通往漳州之路。
浮桥位于潮州城东面河流上，地形险要，桥面狭窄，难容兵马。郝尚久部于桥头以猛烈的炮火封锁，施琅部连攻三日不下。郑成功闻知后颇为不悦，传令说：“谅一桥难拔，尚欲图大？今日本藩亲督，有奋勇拔克者，重赏升擢；退却者，不论总镇官兵，立即枭示！”施琅部左先锋亲随何义、陈法、林椿等十数人冒着猛烈的炮火冲进，敌军防守不住，被杀伤及跳水淹死的不计其数，浮桥随即被烧断。
攻浮桥不克，是施琅成为郑成功部将以后首次遭受的重大挫败。尽管此桥易守难攻，但毕竟被郑成功强令攻下。施琅也许自有辩解，但指挥不力的确难辞其咎。但郑成功的态度是施琅所难以接受的。所传之令中所言“尚欲图大”，显然是指施琅针对郑军开展抗清武装斗争所提出的宏大设想和建议，郑成功宣布“退却者，不论总镇官兵，立即枭示。”明确划定了惩罚的范围包括“总兵”，可见郑成功的这道命令的矛头指向，其语气中对施琅的轻蔑和嘲讽也显露无遗。这一点势必严重伤害骄傲的施琅。令其羞愧之余，心生怨怼。转而迁怒于陈斌，由此引发了一系列严重后果。
陈斌身材魁伟，勇猛过人，是一员骁将，颇受郑成功重用。他于顺治六年（1649年）加入郑军，在短短的时间里立下了诸多战功。如顺治七年的正月，他率领郑军攻打狮头寨，寨中首领听闻陈斌率部来攻，吓得心惊胆战，不敢与之交战，哀求陈斌饶其性命，情愿率部投降；同年四月，在迎击郝尚久的战斗中，陈斌更显其勇猛过人，武艺超群，他提刀跃马，冲入敌阵中奋勇砍杀，锐不可当，杀得郝部四散奔逃，并生擒郝之中军陈禄。另外，从所献攻潮州的计策来看，他还是一位具有谋略的将领，并非匹夫之勇。像陈斌这种勇力过人且又受郑成功重用之人，难免与孤高自傲的施琅产生摩擦和矛盾。《先王实录》记载，陈斌曾放言：“彼恃兵力，吾兵足与敌；若彼手段，虽兄弟，吾只手揉躏之。”口气如此狂妄，足见其日常为人。施琅又岂能忍受他人的轻视，故平素时常是“针尖对麦芒”。在攻潮州一役中，素负谋略过人之名的施琅未陈善策，反倒是计出于陈斌，且又得到郑成功的采纳，更让施琅气恼的是，他挥军攻桥不下，受到郑成功的当众奚落，威信受损，脸面无光。施琅受此咎责，认为究其根源与陈斌所献之攻潮策略密切相关。以施琅的性格，自是迁怒于陈斌。一方面与陈之间冲突升级，另一方面，不时在郑成功面前数落陈斌的种种不是。郑成功本就对其有所不满，故对其言不予以理睬，却也未对陈斌加以安抚。而陈斌听闻施琅常在郑成功面前诉说其所作所为，遂心生疑惧，担心郑成功因袒护施琅而加害于己，遂趁郑成功调兵遣将准备南下勤王的混乱局面率部潜逃。
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嫌隙渐生施氏全家被囚(3)
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陈斌临阵脱逃一事发生在潮州之战数月后。顺治七年（1650年）十一月，清兵攻入桂林，永历政权的兵部尚书瞿式耜被捕，随即被杀。永历帝狼狈逃至南宁，谕令郑成功驰援。郑成功闻令而行，闰十一月，率军驻扎潮阳，命令各镇官兵整装上船，准备南下勤王。就在全军上下紧锣密鼓地进行着南下勤王的各项准备之时，后劲镇陈斌却率兵逃亡了。据杨英《先王实录》记载：“时施琅兄弟俱握兵权，每有拔（跋）扈之状，动多倚兵凌人。各镇俱受下风，惟后劲镇陈斌每与之抗。郎知之，亦让之，但每诉于藩，斌有戒心，至是率兵而逃，密启一禀，陈所逃缘由，藩心含之。”
郑成功知悉陈斌逃离之因由后，既为因陈斌率部离去打乱了军事部署，不得不推迟南下计划而恼怒，又为失去一员大将而痛心，于是自然将责任归咎于施琅，从而心生怨恨。据江日升《台湾外纪》中所载：顺治七年（1650年）十一月，郑军南下勤王至潮阳，“时施琅与陈斌不睦，成功因未进师。”难怪郑成功对施琅要“心含之”。如果说施琅之前对郑成功“掠粤之惠、潮以佐饷”的方法以“正言阻之”，尚还仅仅是引起郑成功的不满的话，潮州之役施琅攻浮桥不克，郑成功也只是敲山震虎，压制一下施琅的狂傲气焰，那么，陈斌出逃事件则使郑成功对施琅产生了猜忌，有了戒惧心理。陈斌临逃时，曾“密启一禀”给郑成功，信的具体内容虽不得而知，但可以想像陈斌在信中定然备陈处境艰难，出走实属无奈之举：施琅兄弟仗势欺人，与自己势同水火，自家性命堪虞；他们手握重兵，势力坐大，连藩王大人也不放在眼里，久之必然作乱，还望主帅保重云云。郑成功读罢此信，自然会产生联想，施琅既可欺凌同为重要将领的陈斌，逼其出逃，现在他对自己的一些做法也已颇有微辞，那以后会不会在其兵权更重之时，威胁到我的头上呢？陈斌的出逃，使郑成功对施琅产生了戒备，怨恨和猜忌之心日重，只是隐忍未发罢了。
纵观陈斌率兵出逃事件，施琅恃才傲物、气量狭小，浮桥不克迁怒于陈斌，与陈斌发生冲突，是原因之一。在这件事情上，施琅自尊自负的性格已影响到郑军内部的团结，已经不再是他个人的事。而陈斌既不满于施琅的跋扈，本应诉诸于郑成功，以减缓二人之间的矛盾，但他却狂妄自大，吹嘘自己兵力雄厚、武艺高强，单凭一只手足以打败施琅兄弟，这无异于火上浇油，对两人之间矛盾的加剧负有不可推卸的责任。而且在未探明郑成功的态度的情况下，临阵而逃，陷施琅于被动。显然此举已经超越了一般个人之间的矛盾。
事实上，在整个事件中，最为令人费解的是主帅郑成功的态度。首先，郑成功性格刚毅，向来以治军严厉而著称，施琅管左先锋镇，陈斌率后劲镇，均是郑军中勇猛善战的高级将领，每一场战斗都需要他们带兵拼杀，郑成功怎会放任施、陈之间矛盾加剧，而不加以制止呢？是未予足够的重视，还是对可能造成的严重后果估计不足？抑或坐山观虎斗？
尽管事件发生时郑成功似未苛责施琅，但从后来发生的一系列事情来看，陈斌出逃的后果对施琅来说几乎是灾难性的。
就在郑成功对施琅含恨之时，施琅却不知收敛锋芒，不懂韬光养晦，在战略方针上又与郑成功分歧，再次触怒郑成功，让郑成功借机解除了他的兵权。
顺治八年（永历五年，1651年）正月，位于两广的南明政权遭到清军的围剿，处境危险。郑成功遂留郑芝莞镇守厦门，自己亲率大军南下，准备全力营救，同时也打算在相对富庶的南粤一带征收粮饷。当郑成功领军到达广东南澳时，郑鸿逵也引兵来会，两人议定让郑鸿逵回厦门，协助郑芝莞镇守根据地，其部众交由郑成功统一指挥，攻打潮州、惠州，以实施“勤王”计划。镇守南澳的忠勇侯陈豹得悉其计划后，寻机劝谏郑成功放弃南下计划。《先王实录》中记载，陈豹入见郑成功，说：“藩主统师勤王，先帝在天之灵，实鉴贶之。但闻二酋已破广州，杜永和入琼南矣。此去或恐不遇，而中佐根本，亦难舍也。不如将此南澳地方，听藩主驻节，居中调度，豹愿前驱，督同各镇南下，诣会王师，俟有信，请藩亲行未晚也。”应该说陈豹的建议具有合理性，但却遭到拒绝。郑成功表示：“我家世受先帝厚恩，捐躯难报，今有旨吊师，即使越山逾海，义当趋赴岂暇谋及身家？”从郑成功的谈话中可以看出，他本人亦知南下勤王计划难以成功，因为“二酋已破广州”，他深知此去不是“或恐不遇”永历帝，而是必定不遇，但郑成功强调的却是“我家世受先帝厚恩”，足见其执意南下的原因是为报君恩。不过，郑成功虽未采纳陈豹建议，但也没有责罚陈豹，反而称赞其进言是效忠。
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嫌隙渐生施氏全家被囚(4)
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郑成功这种不顾危险、执意南下的做法，为左先锋施琅所竭力反对。施琅对南下的不利形势有着清醒的认识，见陈豹直言劝谏未果，于是采取了委婉的方式向郑成功进言，假借“托梦”劝说郑成功放弃南下勤王之举。据《先王实录》中记载，顺治八年“正月初四日，藩驾至南澳。左先锋施琅入告曰：‘勤王臣子职分，但郎昨夜得一梦，甚然不利，乞复细思。’藩知来意，心含许之。遂令将左先锋印并兵将令副将苏茂管辖，其后营万礼吊入戎旗亲随协将。施琅带陈埙、郑文星等俱回中佐。”阮旻锡在《海上见闻录》、夏琳在《闽海纪要》对此事亦作了同样的记载。由此看来，施琅假借托梦的方式劝谏郑成功放弃南下计划，因而冒犯了郑成功。郑成功对施琅的反感情绪久蓄于心，对于他的再度冒犯怒不可遏，借口施琅托梦劝阻南下是心存胆怯，临阵闪避，所说的话有动摇军心之嫌，阻碍了自己的战略部署，于是立即解除施琅的先锋之职，摘去左先锋印，将其遣回厦门。
其实，施琅的建议是经过深思熟虑的。
永历政权从建立之初就存在着先天不足。永历帝庸碌无能，在抗清活动中只知不停地逃命，人称“走天子”。自政权建立几年来，就在两广之间奔来逃去，实为流亡政府。施琅心下早已认定，依靠这种人建立起来的政权根本不可能恢复明朝江山，也是不值得去拯救的。事实上，江山之于永历帝，不过是个吃饭的饭碗而已。至顺治八年（1651年）春，清朝平南王尚可喜、靖南王耿继茂陆续平定了原来广东群雄林立、各自占山为王的混乱局面，广西的大部分地区也被定南王孔有德占领，形势更为严峻。永历帝局促于南宁，朝不保夕。其实不需要深谋远虑，施琅仅凭一般经验就不难看到，郑军海师距离永历朝廷的行宫遥远，如果郑成功定要前去勤王，就必须同清平南王尚可喜、靖南王耿继茂、定南王孔有德这三藩进行大规模的陆上作战。而要想同陆上雄兵清军作战，收复失地，就必须依靠步兵和骑兵。而东南沿海缺少马匹，郑成功在组建骑兵时受到很大的限制，这也是后来郑军在同清兵作战中往往失利的一个重要原因。郑成功的舟师虽可称雄于海上，但陆战较弱是郑军的软肋，征取粮饷又必需占领较大的地盘，且耗费的时间也长；企图营救远在广西的永历政权，不仅需要长途跋涉，还要穿越清兵的封锁线，可以说是步步凶险，这样的军事行动几乎是注定要失败的。不仅如此，若郑军主力南下，其辛苦建立起的厦门根据地有可能遭到清军的袭击。郑成功欲救永历政权，置生死于不顾，其忠勇精神令人钦佩。但他全然无视客观形势的变化和自己军队的实际情况，一意孤行，执意南下，知其不可而为之，这对具有卓越指挥才能的军事家来说，不能不说是个决策上的重大错误。
郑成功的性格中有为人急躁、易怒的一面，因而在处理问题时常常表现为刚愎自用、主观武断。而施琅虽恃才傲物，有不少缺点和错误，但到此时对郑成功尚无二心，跟随郑成功纵横天下，渴望着建功立业、光宗耀祖。然而，郑成功“英年得志，局量未弘”，此时感到施琅屡逆其意，对其因不满而怨恨，竟疑心其拥兵自重，无端生出猜忌，终于伺机削去了施琅的兵权，这是施、郑矛盾发展到一定程度的必然结果。
总之施琅未能洞悉郑成功的心理。他以为劝阻郑成功放弃南下计划是正确的，错不在己，无罪而受罚，是为不公，因而心存怨气，全然没有考虑到后果的严重性。从后来施琅重夺厦门的事情来看，尽管被削夺了兵权，但他依然有表现自己能力的渴望。然而，心存猜忌的郑成功此时已不为所动了，决意不复其职。这对于渴望建功立业、光宗耀祖的施琅的打击，无疑是致命的。如此这般施、郑关系势必恶化。决裂的种子已然埋下了。
罢免施琅的兵权后，郑成功即刻率兵南下。顺治八年（1651年）三月初十，郑军舟师进至大星所（今广东平海海口），一伙夫上岸砍柴，被清兵和当地百姓赶走，郑成功大怒，传令扎营，进攻大星所城。部将万礼奉命阻击惠州来援的清军，在龙盘岭伏击得胜，全歼惠州来援之敌。十五日，郑军攻克大星所，缴获了城中囤积的米谷。就在郑军取得小胜之际，却传来了一个令人震惊的消息：厦门失守！
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嫌隙渐生施氏全家被囚(5)
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清朝福建巡抚张学圣、巡道黄澍、福建右路总兵马得功早就对郑氏家族垄断海外贸易积累下的巨额财富垂涎三尺，获悉郑成功主力南下，厦门守兵力单，决定攻取厦门。顺治八年（1651年）闰二月二十七日，清福建巡抚张学圣和提督马得功调集同安县十八堡、刘五店等各处之军队，然后找到随郑芝龙降清后一直被清军派驻于安平的郑芝豹，向他借调了八艘战船，又从其他地方搜集小船数十条。一切准备妥当之后，马得功领清军乘坐战船渡海，悄然偷袭厦门。郑军守将前冲镇阮引、后冲镇何德事先毫无防备，在清军临近之时方才发现，匆忙率兵迎敌，却因兵力不足而一触即溃，无奈之下率舟师撤至金门。负责厦门军务的郑芝莞闻知清军来攻，吓得惊惶失措，不敢迎战，急忙自卷珍宝弃城下船，逃往海上。临逃之际，为不让清军查知其去向，竟下令城内居民不准转移，连郑成功的妻子董氏也一并被瞒。三月初一，清军攻入厦门城内。董氏怀抱木主及祖宗牌位，乘小舟逃至郑芝莞船上。清军把郑氏家族的金银财宝和百姓的财物掠夺一空，并焚毁店舍，城中百姓及出征将士之家眷纷纷四散逃难。初四，马得功行牌于各乡安民，意欲长期据守。
厦门丢失的消息让郑军极为震惊。《先王实录》中记载，众将士获知厦门失守，军中人心惶惶，有人甚至失声痛哭，一致主张立即回师厦门，但郑成功却坚不回兵，一心继续南下勤王计划。他对部下将领说：“奉旨勤王，今中左既破，顾之何益？且咫尺天颜，岂可半途而废？国难未报，遑顾家为？”然而，此时全军上下已是人心思乡，部下将领尽皆前来劝归，认为三军各怀家属，若不迅速回军厦门，恐怕军心不稳。无奈之下，郑成功向南叩拜，说道：“臣冒涉波涛，冀近天颜，以佐恢复，不意中左失守，将士思归，脱巾难禁。非臣不忠，势使然也。”言罢挥泪痛哭，众将士闻言哀恸不已。郑成功召集诸将商议：“班回杀虏，须足粮食，先就近处取粮满载，俟风开驾，何如？”诸将再无异议，均表赞同。
郑成功为他的刚愎自用付出了惨重的代价。事已至此，只得下令回师厦门了。三月二十五日，郑成功率舟师从大星所一带返航。然而，四月初一，当郑成功回到厦门时，厦门已经失而复得，清军马得功部已逃回大陆。更出乎郑成功意料的是，重新为郑军夺回厦门的人，正是被他削官免职的施琅。
厦门被攻占四天之后，郑鸿逵率领部分人马反攻厦门。马得功率军迎战，一箭射死郑鸿逵的部将吴渤，各将领见状，尽皆不敢与之交战。此时，被罢职遣回的施琅惊闻厦门失守，遂率领部下亲兵陈埙、郑文星等六十人从厦门港上岸，正遇马得功所部，于是与近千人的清军展开了厮杀。马得功被施琅杀得败回城内，坚不应战。施琅与郑鸿逵围攻厦门城，马得功势穷，向巡抚张学圣求援，张学圣派漳州参将冯君瑞领兵六百前往援救，遭到郑军阻击，无法进城。马得功困于厦门城内无法脱身，又估计郑成功主力回师后必遭灭顶之灾，于是想到了郑鸿逵之兄郑芝龙受困于京城，家眷又居于安平，都掌握在清政府的手中，遂派人就近去安平向郑芝龙的母亲求情，请她写信给郑鸿逵，放清军返回大陆。郑鸿逵接信后，碍于母命，索性人情送到底，除了归还缴获清军的八艘战船外，另派三十艘兵船将马得功及其部将送回大陆。
关于施琅主动奋勇收复厦门的事迹，许多史料中都做了详细记载。《先王实录》对此有言：“时左先锋施琅率陈埙、郑文星等数十人与虏战，杀败之，进至城下。”阮旻锡在《海上见闻录》中叙述说：“施琅率陈埙、郑文星百余人登厦门港与战，败之，得功几为所及”。《襄壮施公传》中写道：“祖仅有亲丁六十余人，敌杀马得功之弟，马得功遽逸。”在清军占领厦门岛、形势极为严峻的时刻，施琅主动率领六十名亲兵攻打马得功之近千清兵，真可谓以一当十，神勇无比，并取得了胜利，最终夺回了厦门。施琅之英勇善战，于此可见一斑。更为难能可贵的是，施琅虽无守城之责，并未对厦门的失守置之不理，反而主动带兵出战，为收复郑军的这一根本重地立下了大功，忠勇之外，也表现出了强烈的责任感，以及对郑军的认同和归属感。
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嫌隙渐生施氏全家被囚(6)
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厦门的失守也反映出郑氏集团同清政府的微妙关系。除了这个集团的首领郑芝龙被软禁京城外，郑芝龙的母亲黄氏和五弟郑芝豹居住在安平，处于清政府的控制区内。巡抚张学圣等决定偷袭厦门时，搜集数十条船，其中便有郑芝豹提供的八艘，马得功之所以能轻易攻占厦门，同郑芝豹所提供的援助不无关系。
郑成功闻厦门失守详情后，震怒不已。在《先王实录》中记载着，郑成功“引刀自断其发，誓必杀虏。又传令不许芝莞及定国与诸亲相见。曰：‘渡虏来者澄济叔，渡虏去者定国叔，弃城与虏者芝莞功叔，家门为难，与虏何干？’”郑鸿逵写信请郑成功到厦门商议善后事宜，郑成功拒不入城，派人答复说：“定国公与虏通好，请我似无好意。回报定国，谓不杀虏，无相见期也。”郑鸿逵闻听信使之言，长叹道：“马虏之归，盖以吾兄身在于清，重以母命故耳。不然，我亦何意何心也？侄有疑吾之言，不亦惜乎？”郑鸿逵自此心灰意冷，离开了自己的驻地金门，迁往白沙居住，除留下部分船舶从事海上贸易外，其余军队和战船均交予郑成功，再未参与郑军的军事活动。
郑鸿逵离去后，郑成功于当月初十进入厦门港，召集诸将，议商厦门失守之功罪，先赏施琅花红纹银二百两，辖下陈埙等一百两。施琅开始时以中左曾失守、又未擒得马得功为由，辞谢不受。郑成功曰：“虏生渡海，水陆失守，该镇假回闲员，目击虏氛，身率数十人与虏对敌，追逼城下。使蓝登水路诸人如是，虏无只还矣。功而不赏，罪将何施？”
尽管厦门失而复得，但对郑军的影响十分巨大。因为郑家多年从事海外贸易及海上劫掠所得的财富皆因此失尽。而且厦门是郑军老巢，家眷集中在此。倘张学圣等在其攻占厦门后能有时间即调集大军于厦门，以郑军家眷为质进行招降，那么郑军士气必严重受挫，甚至就此瓦解也不无可能。因此，对郑军来说，迅即夺回厦门不啻于重生。
郑成功对厦门失守相关失职者的惩处相当严厉，尤其是对弃城而逃的亲叔郑芝莞，也不徇私情，将其处斩，既严明了军纪，又顺应了郑军将士的心声。然而，郑成功对夺回厦门的施琅所给予的奖赏却并不妥当。施琅被罢职后，以“闲员”的身份，率领寡微之数十将士，击败袭占厦门的清军，施琅为郑军重新夺回这一至关重要的根据地，可以说居功至伟，足见其诚心。显然二百两银子的奖赏，让施琅难于心服。施琅辞谢赏银不受，其实是希望能够重新受到重用，暗示郑成功恢复其左先锋之职，这个愿望和要求也是合理的，郑成功作为带兵打打仗的主帅，当然了解施琅心中所想。然而郑成功非但不让施琅官复原职，反而正式提升施琅的副将万礼为左先锋，相当于总兵，彻底断了施琅重新掌镇的念头。很显然，郑成功此举充分表明，当初削夺施琅的兵权既不是为了惩戒，也不是为了警示，而是有意排斥。无论施琅怎样表现，重获郑成功信任与重用已无可能了。
厦门失守事件处理完毕后，郑成功即移师于金门的后埔，扎营操练。然而，作为曾是郑成功部将中深谙水师之道、最懂军事训练，并曾教授郑军各种战阵战术的施琅，却并没有跟随前往。杨英在《先王实录》中记载：“先时琅在南澳，假不勤王，请兵任苏茂代将，意班回日，必复归管也。至是藩不与，又拔其原副将万礼为镇，已令闲住，即有愠色，因启为僧，以揣藩意。藩谕令再募兵，许受前锋镇，琅不报，竟自削发，不赴见，藩心衔之。”夏琳在《闽海纪要》中对此事也有类似记载。成为“闲员”之后，施琅这员猛将的激愤之情可想而知，依其个性，绝非真想遁入空门，无非姿态而已。郑成功明知他希望官复原职之意，却不为所动，严谕其不许出家，并明确告知施琅，只有在另行募兵组建前锋镇之后，才授与他前锋镇之职。这再次表明郑成功存心不让他有重新带兵的机会。兵权被削夺，且复职遥遥无期。对于施琅的打击是巨大的，怨恨愈加深重，因此，施琅置谕令于不顾，径自削发，不再参见郑成功。施琅公然抗命不遵的行为，自然让御下极严的郑成功大为恼怒。如果说郑成功削夺施琅兵权时，还能够以“动摇军心”为理由，那么从施琅重夺厦门而郑成功不予复职，直至施琅公然违抗谕令开始，施、郑矛盾完全公开化、白热化了。傲慢自负、暴躁易怒、气量狭小的施琅以其一贯的狂傲个性去抗主犯上，引火烧身的结果是迟早的事了。
