１７７５年１２月，大陆会议不满足于改装的商船，批准建造１３艘护航舰，最终经它批准建造的军舰已达３０多艘。但是，由于缺乏加农炮、钢材、风帆、干燥木材，造船厂从未完成任务。大多数下水的战船的命运也很不幸，在１３艘护航舰中，美国人为防止落入敌手自己烧毁了３艘，英国人烧毁了２艘，被俘７艘，还有１艘在战斗中被击沉。
大陆海军最不利的条件是缺乏训练有素的船员。私掠船由于船员可以分得大量钱财，而且纪律松散，又能避开敌战舰，危险性小，比海军有更大的吸引力。美国海军常因缺少船员而停泊在港内，编队作战更是难上加难，缺乏整体作战能力，没有取得过重大胜利。
第一支海军建成后，伊塞克·霍普金斯受命去切萨皮克湾执行命令，但途中却擅自决定改变航向，向巴哈马群岛的新普罗维登斯岛发起了一次远征，据说那儿有军火。１７７６年３月３日，２００名陆战队员和５０名水兵缴获了大量战利品。但装载弹药却花了两个星期的时间。当舰队满载返航时却在４月６日与英国的一艘快速战舰相遇。在４个小时的混战中，这个没有作战经验的舰队被打得七零八落。美国海军在独立战争期间唯一的一次编队行动以失败告终。后来，这支舰队由于种种困难不能执行巡航任务。同时，霍普金斯个人树敌太多，遭到大陆会议一些代表的非议，１７７７年霍普金斯被停职，１７７８年被免职。从此以后，这支舰队的一半舰只锚泊在那拉冈塞托湾，另４艘曾单独出去巡航，往往也像私掠船一样，把目标放在对英国商船的袭击上，有的还远航到欧洲水域，在英国的大门口进行商船战，取得了相当的战果。
大陆海军的第二支舰队７艘快速帆船很短的时间里就损失了４艘。“汉考克”号被１艘４４门炮的英国船俘获。“罗利”号遭遇强敌被迫抢滩。“华伦”号在一次远征中失踪。１７７８年３月，“兰道夫”号在力量悬殊的一次战斗中，中弹沉没。到１７８０年，这支舰队实际还有３艘帆船可供使用，但在１７８０年５月保卫南卡罗来纳州的查尔斯顿市时，被迫投降。１７８０年，美国海军做为一支军队实际上已经不存在了。美国最早的海军倡导人约翰·亚当斯在他的回忆录中写道：“回顾美国的那一长串被俘或被毁的舰船名单，重写我们海军建立和发展的全部历史，常常催人泪下。”
美国海军作战虽没有什么大的成果，但这一时期却对海军作战形式及新科技有重大贡献。１７７２年，那鲁大学数学系高才生戴维·布什内尔证明了炸药可以在水下引爆，并于１７７４年发明了水雷。然后，他又设计制造了世界上第一艘潜艇“海龟”号，这只单人驾驶的潜艇可将水雷置于敌船底部。１７７６年，当英军进攻纽约时，华盛顿同意让布什内尔的“海龟”号出击英军的旗舰”鹰”号。虽然“海龟”号开到了“鹰”号的底部，但未能将水雷置于敌舰的外壳上，随后的两次努力也失败了。尽管“海龟”号在实战中失败了，但他的努力却预示着未来，不仅潜水艇成为强大的海战武器，而且他还将工程科学引入了战争。
在独立战争初期，一支临时建立起来的江河舰队却打了一场有影响的战斗，就是著名的尚普兰湖上的瓦库湾之战。
在独立战争进行中，英国制定了一个分进合击的战略，即从纽约向北，从蒙特利尔向南，南北进军奥尔巴尼，然后扫荡独立运动的基地一新英格兰。
根据这个战略部署，南下的英军要经过圣劳伦斯岛，通过尚普兰湖，然后到达哈德逊河。
尚普兰湖是英军入侵路线的咽喉要地，把守这个地方的美军指挥官是本尼迪克待·阿诺德。此人出身名门望族，后来成为大商人，用自己的船，航行于西印度群岛至欧洲一线。为了迎击英军，阿诺德匆忙建立了一支小船队，利用尚普兰湖沿岸生长的栎木、橡木和松木，自己设计建造了４艘两桅人力划桨的单层甲板大帆船，携带不同数量的大炮，装有高挂的三角帆，还有９艘大型平底船、各有３门炮，靠单桅方帆推进，也可以用人力划桨。其余４艘是小型帆船。船上的士兵７５０余人，都是从陆军中或沿海地区招募来的，他们大都是未出过海的新手，被阿诺德称为“可怜的混杂的人群。”
从北向南进攻的英军指挥官，加拿大总督盖伊·卡尔顿爵士认识到要通过尚普兰湖，不可避免地要进行海上战斗，他开始在加拿大的魁北克建造了一艘１８０吨单桅战舰和２艘大型平底船，各装有１８门炮，此外还有一些小型帆船和２０艘炮艇。将造好的船只部件通过陆路运到尚普兰湖，重新组装成一支舰队。
１７７６年１０月１１日，英国舰队开始南下。阿诺德避其锋芒，悄悄把船队隐蔽在瓦库岛后的瓦库湾内，把英军放过岛之后，突然从背后发动攻击。美舰队抓住战机发动攻击，英军一时阵脚大乱，但英舰队终于进入阵地开始反击。至傍晚，美船队遭到重创，趁夜幕降临逃走，英舰队乘胜追击至第二天，大部分美舰只被俘，或被击沉，阿诺德只得弃船逃走。
瓦库湾一战，英国人取得了完全的胜利，打通了南下的路线。但是，在战略上却陷于被动，因为英国人为建造战船耽误了几个月的时间，结果严冬到来，英军只好退到加拿大过冬，第二年英军司令伯戈因接替卡尔顿发动进攻时，美军早已严阵以待，最后迫使伯戈因在萨拉托加投降。所以美国海军历史学家艾尔弗雷德·马汉认为，萨拉托加大捷”应归功于尚普兰湖上一支小小的舰队为此换来了极其宝贵的一年时间。”瓦库湾之战是美国海军第一次战略性的胜利。
