1798年7—8月，占领埃及 法国军队7月22日攻占开罗，然后移师追击易卜拉欣，他已退向叙利亚。
1798年8—12月，联军的反应 纳尔逊歼灭法国舰队（参见下文），打乱了拿破仑的整个计划。在埃及的法国军队被完全隔绝了与本土的联系，并被充满敌意的居民所包围。“屠夫”艾哈迈德帕夏率领的一支土耳其军队在叙利亚集中；另一支军队在罗德岛集中，以便在一个英国中队的护送下入侵埃及。
1799年1月31日，拿破仑采取攻势 他率8000人进入叙利亚，2月14一巧日夺取阿利施，3月3—7日夺取雅法，3月17日包围阿卡。这一地区的守军由英国海军上校锡德尼·斯密斯爵士指挥。1799年4月17日，塔博尔山之战艾哈迈德的军队企图解救阿卡。克莱伯的师，呈方阵队形，被敌包围，但拿破仑以其剩下的部队包围了土耳其军队。土耳其军队在联合的攻击之下被击败，并被赶过约旦河。
1799年5月20日—6月14日，从阿卡退却 在阿卡抵抗了几次攻击，且军中发生瘟疫之后，拿破仑开始撤退，退却过程中不断受到袭击，6月14日法军精疲力竭地到达开罗。退却期间有2200人死亡，近一半系死于疾病。
1799年7月25日，阿布克尔之战 在英国舰队护送下，来自罗德岛的土耳其军队18000人7月15日在阿布克尔登陆，并修筑堑壕。拿破仑立即集中所有现有的军队共6000人，移师德尔塔。土耳其人配置于两个同心的阵地上。外面的阵地很快被法军的攻破，法军对里层阵地的攻击被逐，但随后让·兰尼斯将军发起的第二次攻击获得成功。穆拉特的骑兵同时突破，土耳其人被歼灭。8月2日，阿布克尔城堡投降。拿破仑的损失是死伤900人。
1799年8月23日—10月9日，回到法国 拿破仑对稳定了埃及的局势感到满意，认为没有法国国内的增援进一步的征服和荣耀是不可能的，并且他对在欧洲的进展感到吃惊，乃将指挥权移交给克莱伯，乘快速巡洋舰躲过途中的英国海军，回到法国。
海上的战争（1796—1800年）
1796—1798年，商业摧毁战争 这是连续不断进行的。双方的巡洋舰都打击对方的贸易，结果是平分秋色。
1796年，非决定性的作战行动 英国人相当无效地封锁法国主要的海军基地布勒斯特和土伦，同时观察荷兰和西班牙的动向。法军海军上将里彻利9月14日率一支小的舰队冲出土伦，航至纽芬兰，骚扰加拿大的捕鱼业。在捕获了许多商人后，安全地返回。12月15日，一支更壮观的联合军队离开布勒斯特，入侵爱尔兰；海军上将德·加尔率43艘战舰和运输舰，装载着霍奇指挥的约13000部队。由于装备不良，驾驶很差，这支分遣舰队被恶劣的气候驱散——一部分于12月21日到达班特墨湾。但恶劣的天气阻止了登陆，这一计划被迫放弃。有5艘舰只迷失于风暴之中，至少有6艘舰只被英国人捕获；其余的舰只最后返回。英国海军在地中海唯一有意义活动是霍雷肖·纳尔逊上校在法国—意大利海岸的袭击和商业摧毁活动——阻碍了法国一意大利集团军的海上交通。
1796年8月19日，《圣艾尔德丰索和约》 西班牙加入法国同英国进行战争。英国在地中海的地位受到严重的威胁，乃决定撤出。科西嘉和厄尔巴的英军撤走了。这时由杰维斯率领的地中海舰队12月1日移至直布罗陀，并将其活动转移到西班牙和葡萄牙的大西洋海岸。
1797年2月14日，圣文森特角之海战 西班牙海军上将乔·斯·德·科多瓦率27艘主力舰从地中海起航，中途经过直布罗陀，欲驶至布勒斯特，计划与法国舰队会合，准备入侵英国。杰维斯率以前的英国地中海舰队15艘主力舰，在葡萄牙海岸外巡航，阻止西班牙舰队的移动，在圣文森特角外与西班牙人相遇。科多瓦的战舰——分成分别有9艘舰只和18艘舰只的两组——性能良好，但其军官和船员缺乏训练。杰维斯呈横队驶至它们之间，然后转向较大的一组，要不是发生了下面的情况，它也许会逃脱的：指挥“上校” 号的纳尔逊未经允许冲出英舰横队，在扫除了宽广的海面后，以他的战舰挡住了西班牙分舰队的狭小去路。他攻击领头的7艘战舰，直到杰维斯舰队的其余舰只蜂拥而上。在这场混战中，4艘西班牙战舰被捕获——有2艘是纳尔逊迅速、连续地登上敌舰缴获的。被动摇的西班牙舰队第二天逃到加的斯。杰维斯的胜利标志着西班牙对英国威胁的结束。此外，这一胜利的意义是，它确切地证实了对更流于形式的战阵混战的战术优势，至少当有更高的航海技术、更富攻击性的军队发动混战时是这样。
1797年4—8月，“斯匹特海德的和风” 皇家海军在国内港口受到兵变的摇撼。兵变发生于斯匹特海（4月16日）、诺尔（5月12日）和其他国内港口，士兵的暴动是针对皇家海军中存在的野蛮残暴、糟糕的食物和微薄的报酬引起的。兵变者声明如果法国舰队出海，他们是愿意重新履行职责的。经几周的骚动之后兵变被镇压，然而它却产生了一个结果：英国水兵的地位获得了极大的改善。
1797年10月11日，坎培尔当之战 英国海军上将亚当·邓肯率16艘战舰，在海军上将詹·威廉·德·温特尔由15艘舰组成的荷兰舰队从得克塞尔出现时，发动了攻击。邓肯以2个纵队冲击荷兰舰横队，将它断成三块，并在混战中捕获9艘战舰，包括旗舰。被俘战舰上的荷兰人进行了顽强的抵抗，英国人遭到严重损害，所缴获的战舰已不能使用。
1798年5—6月，英国海军回到地中海 拿破仑的部队6月进至埃及的消息传到英国后，英国海军部遂派年轻的海军上将纳尔逊率一支小舰队到地中海。法国远征军躲过了他的搜索；但它在埃及登陆（参见上文）后不久，纳尔逊发现了在阿布克尔湾抛锚的13艘法国战舰。
1798年8月1日，尼罗河之战 法国海军上将布鲁伊斯完全没有准备；部分船员还在岸上。纳尔逊在下午晚些时候发动攻击，其13艘战舰一部分在法舰阵线和沿岸浅水之间小心航行，余者从外侧封闭，使法国人受到两面夹击。黄昏时以及整个晚上，英国舰队沿法舰阵线慢慢向下航行，集中火力连续地逐舰攻击。到黎明时，只剩下3艘法国战舰；其中1艘被它的船员弄到地面上焚烧，另外2艘逃脱。布鲁伊斯也在这场灾难性的失败中被杀死。
1798年8月22日，入侵爱尔兰 让·J．A．汉伯特将军率1200人的部队在基拉拉湾登陆。查理·廉沃利斯勋爵包围了侵略者，并使其在9月8日投降。10月12日，约翰·沃伦爵士袭击并摧毁了海军上将J．B．F．邦帕尔德率领的一个法军增援舰队。
1798—1800年，在马耳他岛的作战行动 1798年9月，马耳他爆发反对法国占领军的起义。纳尔逊派军舰和人员去帮助马尔他游击队员打击法国将军C．H．沃布瓦，沃布瓦被赶入瓦尔塔并被围攻。饥饿终于迫使法德军1800人于9月5日投降。
1798—1800年，英国控制海洋
第二次联盟战争（1798—1800年）
1798年12月24日，俄—英联盟 当拿破仑的埃及战役正继续进行时，俄皇保罗一世组织了第二次联盟，英国是其主要的伙伴。奥地利、葡萄牙、那不勒斯、梵蒂冈和奥斯曼帝国也参加了联盟（后三者已与法国交战）。初时，作战行动一直在意大利进行；法国将军朱伯特在11月和12月初占领皮埃蒙特，而奥地利将军卡尔·麦克·冯·莱伯里奇指挥的一支尼亚波利特军队已在11月29日攻击罗马共和国并占领罗马，但在12月15日被法国将军让·埃提恩·尚宾内特逐出。联军总的作战计划是：约克公爵率英俄联军将从荷兰驱逐法军，查理大公率一支奥军将从德意志和瑞士驱逐法军，70岁的元帅亚历山大·苏沃洛夫率俄奥联军将从意大利驱逐法军。联军现有军队总数约达30万人，不包括麦克的6万不可靠的尼亚波里特人。法军兵力约20万人，分成5个独立的集团军：茹尔丹的46000人位于上莱茵河；马森纳的3万人在瑞士；施埃勒尔的8万人在北意大利；尚宾内特有约3万法国和意大利混合部队入侵南意大利的那不勒斯；近24000人（包括卫星国巴塔维亚军队）在基劳姆·布鲁恩将军率领下位于荷兰。法国已经把大批的荷兰人、皮埃蒙特人、意大利人和瑞士人并人其军队中（在埃及，拿破仑已征募了马穆鲁克、马尔特和科普特军团）。尽管联军占有力量优势，但卡尔诺命令先发制人，向全线进军。
意大利：南线
1799年1月11日，在加菩亚投降 麦克的尼亚波利特部队叛变，他逃到法军中求救。1月24日，尚宾内特猛攻那不勒斯。随后建立了卫星国帕森诺普共和国。
1799年3月，阿迪杰河沿岸的行动 在更远的北部，施埃勒尔率41000人向保罗·克雷将军46000人的奥军移动，希望在苏沃洛夫的俄军和奥地利援军与克雷会合前赢得胜利。3月下旬，法军在维罗纳周围的侦察行动被击退。双方军队这时都移至维罗纳以南相互攻击。
1799年4月5日，马格南诺之战 施埃勒尔的攻击起初成功，之后被阻。克雷将其预备队投入法军右翼并突人其中。施埃勒尔秩序大乱而退。华而不实、古怪的苏沃洛夫很快到达。他指挥联军9万人向西推进，驱逐他前面的法国人。他留下克雷率2万人围攻曼图亚和佩斯切拉，白己在布雷西亚和米兰之间赶上了法军中路。
1799年4月27日，卡萨诺之战 已代替施埃勒尔的莫罗率约3万人抵抗近65000人的联军。经顽强抵抗后，被赶出战场。4月28日，苏沃洛夫胜利进入米兰，随后攻占都灵。大概是由于同奥地利政府意见不同，苏沃洛夫放弃追击敌军，联军被分散在北意大利围攻法国守军。此时，指挥在南意大利的法军的雅克·E．J．A麦克唐纳将军率33000人的部队正匆忙北上。以热那亚为基地的莫罗企图分散苏沃洛夫对这支援军的注意，获得了一些成功。6月中，有约4万人分散在亚历山德里亚周围的这位俄国将军突然发现自己处在两支法军之间。
1799年6月17—19日，特里亚之战 苏沃洛夫集中37000人攻击麦克唐纳，因麦克唐纳没有料想到，故经激烈交火被击败。法军损失约11500人；联军伤亡5500人。麦克唐纳被精力充沛的苏沃洛夫紧紧追击，穿越敌对国家，最后在热那亚附近与莫罗会合，途中又损失了5000人。苏沃洛夫这时推进到亚平宁半岛，要把意大利集团军逐回里维拉。8月5日，莫罗被督政府解除指挥权，而以朱伯特代替之。
1799年8月15日，诺维之战 朱伯特率35000人攻击苏沃洛夫率领的5万人。但朱伯特被杀死，他的军队被彻底击败，损失11000人。损失了9000人的苏沃洛夫立即追击，将法军赶过亚平宁半岛。然而，当他发现法国的阿尔卑斯山集团军约3万人，在尚宾内特率领下，已由森尼斯山山口进入意大利时，就停止了追击。苏沃洛夫转而向北，但他还未能对付尚宾内特，即奉命率俄军2万人向瑞士前进，将意大利的作战行动交给麦克唐尔·麦拉斯元帅率领的约6万奥地利军队。
1799年11月4日，热那亚之战 麦拉斯击败了尚宾内特，将法军向后赶过了阿尔卑斯山。
评论：到1799年末，拿破仑在1796—1797年间所占领的所有土地实际上都已被夺走，荣誉几乎完全归于勇敢的老苏沃洛夫。
德意志和荷兰
1799年3月，茹尔丹侵入德意志 有4万人的梅恩斯集团军在凯尔渡过莱茵河，开始了同有约8万人的查理大公的作战行动。3月21日在奥斯特拉奇受阻后，茹尔丹大胆地决定攻击在斯托卡奇的大公，主要攻击奥军右翼。查理不知茹尔丹意图，同时正率其半数军队前进，进行火力侦察。
1799年3月25日，斯托卡奇之战 茹尔丹初步的攻击获得了一些地盘，起初他认为已赢得胜利，但查理拚死抵抗，并调来其余的军队，这使他在战场上的人数达到46000人，而茹尔丹仅38000人。奥军的反击突破了茹尔丹联系松散的几个师的中央。此役虽奥军损失6000人，法军损失3600人，但茹尔丹的攻势被粉碎了。夜幕降临时他撤出动摇了的军队，退到莱茵河，退却组织得很好。在那里他辞去了职务。他的军队交马森纳指挥（参见下文）。这一年剩下的时间在德意志没有什么进一步的行动，双方的注意力都集中于瑞士的上莱茵河以南和荷兰的下莱茵河以西的作战行动。
1799年8月，在荷兰的作战行动 27000人的一支英国军队在约克公爵率领下，在得克塞尔之南荷兰半岛的顶端登陆。8月30日，在得克塞尔的荷兰共和国舰队未战斗即向一个英国舰队投降。约克公爵得到俄国2个师增援后发动了攻势。
1799年9月16日，第一次卑尔根之战 俄英联合军队35000人受到布鲁恩率领的22000人法国一巴塔维亚部队迎击。俄国人和英国人不能协调他们的作战行动，被击败了。联军损失4000人；法军伤亡3000人。两周后联军再次进军。
1799年10月2日，第二次卑尔根之战 这一次联军将共和国军队赶出战场，双方各损失约2000人。约克利用有利的形势继续南进。
1799年10月6日，卡斯特里之战 联军在北海沿岸沙丘地带猛烈的战斗中受阻，损失3500人，共和国军队则损失2500人，又是俄英之间缺乏联络造成约克的失败。约克认识到他没有足够的军队将法军逐出荷兰，而且他的主要使命——摧毁荷兰舰队——已经完成，于是他向北撤退。
1799年10月18日，《阿尔克马协定》 这一协定结束了在荷兰的战争。联军从荷兰领土撤退；在英的8000名法国和荷兰俘虏被遣返，但荷兰舰队仍在英国手中。
瑞士和阿尔卑斯山
1799年3月，在瑞士的作战行动 马森纳在中瑞士有近3万人，按照卡尔诺的总体计划，他应穿过多山的福拉尔贝格和格里松地区，牵制茹尔丹军队的右翼。使奥军吃惊的是，马森纳过早穿越积雪的山口，迅速渡过梅恩费尔德附近的上莱茵河，俘虏了在格里松省库尔周围的7000人军队的大部。然而，在马森纳左翼的费尔德克奇的奥地利守军，3月7—23日击退了法军两次占领该城的尝试。马森纳这时停止前进，等待莱茵河北岸的进展。同时，他派克劳德·莱库尔布将军率1万人从斯普鲁根山口附近沿上因河河谷而下，袭人提罗尔省。在这里，莱库尔布与从意大利集团军北进的一个小的法军纵队会合，会合后的法军引起在提罗尔西部的联军的惊慌。
1799年4月，奥军的压力增大 在德意志和意大利的法国军队的失败暴露了马森纳的北翼和南翼。奥地利将军海因里希·J．J．贝尔加德和弗里德里希·冯·霍茨以数量占压倒优势的军队攻击在因河河谷的莱库尔布的军队，但被逐回至上莱茵河。
1799年5月，多瑙河集团军的组成 马森纳除了自己的军队又接管了茹尔丹失败的军队。他负责莱茵河美因茨以南地区的瑞士的防御。他率45000人的主力缓慢地向苏黎世撤退，查理大公爵和霍茨率约55000人追随其后。6月4日，马森纳在苏黎世击退了奥军对其堑壕的一次攻击，但奥军的数量优势有压力，瑞士人的忠诚也有疑问，这使他在6月7日进一步向西撤退。在随后的两个月里，瑞士的形势趋于平静。因为查理感到他的力量不允他再往前进。
1799年8月，马森纳恢复主动 他在上莱茵河和罗呐河河谷崎岖的山间击败了查理的左翼。然后他向苏黎世进军，但8月14日被击退。两天后他在多庭根击退了奥军对其左翼的攻击。
1799年8—9月，联军的新计划 查理应通过西德意志北进，同约克公爵的俄英联军会合，从荷兰驱逐法军。苏沃洛夫率其俄军将从意大利北进至瑞士，将马森纳逐回法国。查理离开后，在瑞士留下不到4万联军，由亚历山大·M．科萨科夫将军指挥。苏沃洛夫还在意大利前进。当莱库尔布率12000人据守圣特哈尔德山口的时候，马森纳率4万人在中瑞士打击敌军。
1799年9月25日，第三次苏黎世之战 马森纳以33500人将科萨科夫的2万人逐出战场，使其伤亡8000人，损失100门炮，法军损失4000人。苏沃洛夫到达圣哥特哈尔德山脚后，发现自己出乎意料地被封锁。他以巨大的代价冲过山口，结果得知科萨科夫的灾难，于是又费了好大的劲翻过阿尔卑斯山中部的山脊回到莱茵河上的伊兰兹。轻浮不稳、动摇不定的沙皇保罗解除了他的指挥权，一个伟大的战士最后一场和最辉煌的战役就这样悲惨地结束了。同时，在苏黎世的灾难，加上俄英联军在荷兰的失败，迫使查理放弃了向低地国家进军的计划。
评论：1799年的战役对双方来说一直是令人失望的。法军被赶出意大利，尽管他们经历几次代价很大的失败后还极力占据所控制的地盘。另一方面，痛失良机，这些机会很多年都不会再来了。俄国厌恶地退出联盟。
欧洲
英国
