1958年前后，正是各种政治运动没完没了的时期，二机部的事情不可避免要受到影响。群众运动往往有一个特点，就是容易互相传染，互相起哄。宋任穷当时算是比较清醒的，他给下面打招呼：要掌握分寸。原子能所的李毅说，我现在回想起来，部里这一点是很明确的，宋部长他们对我们说，你们那里的任务重，整风反右不能影响到基本建设啊。人家苏联专家都在那里干，你这边却停下来了，不行。最早大家鸣放得不少，有时候晚上搞，礼拜六搞，礼拜天也搞。提意见主要集中在这几个问题上，一个是当领导不懂科学的问题，一个是苏军在东北违法乱纪、撤退时拉走机器的问题。到反右时，在这些问题上大鸣大放的人被抓住不放了。但具体到划谁为右派，大家的意见并不一致，后来按我的意见搞，副研究员及其以上和工程师及其以上的专业人员没有一个是划了右派的，只划了101的一个技术员，还有一个基建处的一般技术员。以后拨乱反正的时候我叫组织部赶紧去调查，让他春节以前一定给人家落实政策摘帽子。后来周恩来不是也说过嘛，宋任穷在的时候二机部没乱。实际上，我当时处理这些事时也是非常慎重的，为什么？因为历史上有教训啊。1939年抗日战争时期，我在山东，微山湖西也叫苏鲁豫皖边区，那时曾搞过一个抓托洛茨基匪徒的运动。康生在一本小册子里说，托匪比汉奸特务还坏，然后在各个游击队中反托。湖西部队搞得最凶。四大队是梁兴初在那里，政治部主任王洪民以及组织部长、区党委书记等都到我们这里。来了后审讯人，一审当然就有问题，几天之后就把我们都抓起来了，说是要向上报告，其实没有。我们在监狱里向山东分局写信，没想到随后他们连梁兴初都抓起来了，开大会，会后把统战部长和军事部长都枪毙了。统战部长王洪涛还是我的同学。杨得志那个部队也受这个区党委管，也要他们搞。后来这事让罗荣桓知道了，他带人到湖西一了解，认为是扩大化，便把所有关起来的人全放了。湖西运动后期，曾定了七个准托匪，事后问为什么定这个，回答说肃托运动搞得这么大，不定几个人说不过去。我当时算是死里逃生，从中得到的教训就是不能给人随便戴帽子，不能随便给人定罪。后来康生又在延安搞整风，搞抢救运动，山东就没搞，罗荣桓、肖华都比较清醒。这样，到1957年以及后来搞运动时，我都特别小心。钱三强对运动之类的就很谨慎，不大说话。历史已经给了我们多次教训，人命关天，涉及到人的事可得慎重啊。
说钱三强这时比较谨慎，不大说话，也许另有原由。白文治说，1958年原子能所一堆一器落成，发表公报时，原稿上写了一句在党中央关怀下，而没写在党中央领导下，部长当场就发了火，特别严厉地批评我和李毅。我当时一言未发，刘杰接过去说他自己党性不强。这其中的一个背景，其实就是在1957年一次党组会上，钱三强曾批评说某某人搞不出原子弹来。
曾经做过钱三强秘书、后来查阅过钱三强全部档案的葛能全说，1958年2月，二机部党组集中批了钱三强三天，主要理由是说钱三强站在科学家一面，不站在党的一面，并且认为党不能领导科学技术，某部长对事物本身性质没有很好理解，用行政办法领导科研工作，部里有衙门作风等等。隔了没几天，又着重对他的所谓一贯骄傲自大情绪批了两天。我跟了钱先生好多年，他就像科学院张劲夫说的，书生气太重，说话太直，有时脾气过于暴躁，不管是在科学家里头还是行政干部中，不管是一开始还是后来，都难免得罪人。1958年那次挨批后，他心中郁闷，无处排解，就对刘允斌讲了，这是在7月份的一天。刘允斌当时没有吭气，只是表情看上去显得有些意外。两个月后，可能因为刘允斌向刘少奇反映了几个问题，也不知道究竟反馈回来了些什么，9月23日二机部党组又开会批判钱三强的所谓心服口不服。到了1961年，甚至还把钱三强在部里的分工也做了调整，基本上不让他接触九所的武器研制工作。这其中的一个主要原因是，他在苏联专家撤走以后推荐中国自己的专家如王淦昌、彭桓武、朱光亚他们时，也推荐了何泽慧去九局，当时就被认为是搞非法组织，安插自己的人。“文革”中还有个别高层人士写大字报，说他妄图把持核武器研制的领导权，当时九院的人都看到了，如今那份大字报的抄件还在。再到后来，又有人说他当年托约里奥－居里帮助购买科学仪器和后来去苏联访问都有里通外国的特务嫌疑，他被挂黑牌子，抄家，关牛棚，这些他都悄悄承受下来了。说到特嫌，这里边其实还有一个小插曲，就是钱三强在居里实验室期间，1939年约里奥小组证明了链式反应，因为特别担心有人会利用这种核反应制造原子武器残害人类，所以就将他的实验报告封存在法国科学院的保密柜里。到了1944年秋天，中共旅法支部的孟雨介绍钱三强认识了法籍苏联人盖兰夫人，她是从事微生物研究的。这位盖兰夫人在一次交谈中曾暗示，希望钱三强把约里奥－居里做的关于链式反应的实验资料弄到手，提供给苏联驻法使馆。钱三强拒绝了，说他不知道这些资料，自己只是一个搞科学的，不应该做这样的事情。孟雨也认为他说得对。他后来在1955年、1967年和1972年都曾多次向组织上和有关领导人作了说明。但他没料到的是，这样一来他自己就不明不白卷入到了政治漩涡里，这件事情也就成为特务嫌疑的现成材料。所以后来细心一点的人就能看出来，原子弹爆炸前后那一阵子，钱三强竟然奇怪地淡出了。
