刘柏罗说，专委开第二次会议时，总理审查会议纪要，在开展科学研究工作事项上，加了一句话：设置专委机动费××××万元，由专委办公室掌握。具体数字要我去填。有时出现好多没有预见到的科研项目，有了这个钱，马上就可以运作了，这个钱就起大作用了。但由于没经验或者不熟悉专业，也走过一些弯路。比如说，化工部搞氟氢酸，那可是好大的项目啊，他们按二机部提出的质量指标，费老大的劲，花很多的钱，把氟氢酸搞出来了，到二机部的铀浓缩厂一用，发现没问题，但当初把这个产品的标准提得太高了，提的是万分之二，实际上百分之二都能用，使化工部费了很多冤枉劲，花了很多冤枉钱，而二机部说他们没用过，是按国际资料上的最高标准提的要求，化工部也不好说什么话了。还有一次，二机部提出一种化工液体产品，要求也提得特别高，人家也是费了不少劲，给整出来了，但后来二机部才发现，用不着了，不要了。赵尔陆听说这个事儿很着急，说你跟人家提出这么严格的要求，现在又不要了，那哪行。赵尔陆就在会议上正式宣布，不要了，你二机部也要把它收回去。要倒掉，也要在二机部倒掉，不能叫人家研制单位白白承担这个损失。
专委会刚成立，就接二连三研究有关原子弹的一系列事宜，为二机部调集人马，确定协作项目，解决大量的设备设施问题，对刘杰而言，反而感到了一种更沉重的压力。周恩来在专委第四次会议上说：在座各位同志和专委会的委员都负有极大的责任，但主要的责任还在二机部的党组书记、部长和副部长身上。
刘杰说，专委会成立以后，整个原子弹大的方针，以及具体的实施，是由专委会来领导确定的。有许多项目是无法预知的，所以有时在专委会上一提出来，就使主管经费的领导为难。但也没办法，因为我们以前没干过。那时心里没底，骑驴找马，有时布置的头绪多，提的要求也不明确，所以才会发生像白白费劲研制那种化工液体产品的事情，赵尔陆不是说了嘛，倒也倒你二机部去。那时从军工部门调来一批同志，他们是学苏联那些规矩的，所以到二机部一看，就说二机部的管理太不正规了。包括赵尔陆同志也批评过二机部管理不正规的问题。有的人说我们非驴非马，我开玩笑说，非驴非马是骡子，有杂交的优势。其实我也知道问题是存在的，但当时是特殊情况，你正规管却办不了事啊。当然，提意见的人事后证明也没什么不对。这个时候，聂总对有关事情也盯得特别紧，我们通过他的秘书，就是范济生啊，刘长明啊，还有安东，经常向聂总汇报。聂总在确定两年计划之后特别提出来，一要紧，二要稳。他主要的精力是从科学技术各个方面来进行支持，并派军队方面支援工程技术人员的生活保障。他曾经给我打电话，一讲就半个小时，给我带来了鼓励，树立了信心。他也曾经批评过我，说刘杰你刀子不快啊。因为在当时人们最困难的时期，确实发生过许多不好的现象，说我处理得不坚决。周总理在中央专委第三次会议上特别强调，为了力争实现既定的计划，二机部必须围绕这个目标，制订出详细、具体的进度计划和措施计划，并认真抓紧，踏踏实实地努力工作，促其实现。按照专委的要求，二机部做了规划，各部门各单位都根据生产建设和科研任务，先倒排年月，也就是按最终完成日期往前面排，借以暴露工作衔接中的矛盾，然后再顺排年月，就是说按工作向前推进的顺序往最终目标排，定任务，定进度，定措施，使这个规划步步落实。在这个基础上，再进行全范围的综合平衡，前后衔接，左右配套，环环紧扣，最终把实现两年规划的各项要求都落到实处。为此，我们成立了一个专门搞规划的办公室。
对于一项大的国家工程，有预见，做出恰当的规划，意义特别重大。于敏说，做好正确的规划是非常重要的。原子弹是这样，随后我们的氢弹更是如此。氢弹是比原子弹更复杂得多的系统，所以领导预见到要早做准备，在原子能研究所找一部分人先从事氢弹原理研究，这时是1960年底了。当时正逢三年困难时期，最困难的还是工作条件。但是大家有爱国主义激情，无私奉献精神。另外主要靠的是我们非常细致、深入、活跃的学术气氛。大家齐心协力一起研究，后来证实，当时发现的一些东西是很重要的，而且基本是正确的，是必不可少的。由此可见，刘杰和钱三强是很有远见的，对我们这么快突破氢弹是英明之举。但是，和过去不同，现在核武器又进入了一个新的历史阶段，第一，某些核大国的核战略有了根本性改变，正在由过去的核威慑变为实战。第二，他们正加紧反导系统的研究，使得对方的核武器发生不了效力。而防御了对方的核威慑，就成为新的核垄断。中国当初费了这么大劲研制核武器是因为什么，不就是为了打破核垄断嘛，所以，如果我们丧失了核威慑能力，我们就等于退回到了过去的历史年代。这个事情必须加以重视，当然，我们也不能搞核竞赛，不能被一些经济强国拖垮。可以用创新的方法，打破垄断，保持我们的核威慑力。
1962年12月4日，专委会在西花厅听取关于原子能工业生产、建设情况和原子弹研制两年规划问题。会议厅面积不大，几只沙发椅摆成一圈，周恩来和专委会的成员们围坐在一起，面对的是堆积如山的问题。朱光亚说， 1962年11月，二机部提出研制原子弹的两年规划，过了几天，第三次专委会的主要议题就是审议这一规划。由于它几乎牵动全国各条战线，许多问题需要在会上商定，会议从上午一直开到下午。午饭就在总理那儿吃，餐厅在会议厅背后，摆了两张大圆桌就没有多少空地了。每桌都是一大盆肉丸子炖白菜、豆腐。四周摆几小碟咸菜和烧饼。好几年后，余秋里同志说，这种大盆菜是周总理创导的国务院的传统饭菜，既有营养，又很方便。下午汇报完后，中央专委讨论和批准了两年规划，周总理讲了四点：实事求是，循序而进，坚持不懈，戒骄戒躁。要求我们在工作中必须按照客观规律办事。实事求是，既是思想方法，又是指导原则。要认识客观规律，也不能怕失败。在科学实验中，有时必须经过失败，甚至多次反复，才能成功。要循序而进，想超越阶段跳过去是不行的。还要坚持不懈。做任何事，总是靠突击是不行的，只能在有一定可能性时才能突击。无论成功或失败，都要戒骄戒躁。略有所成就骄傲起来固然不好，急躁也容易犯错误。我们大可在现有的工业基础上，自力更生，立足于全国，搞出一点名堂来。
在原子弹两年规划制订小组中，成员主要是三个人：卢荣光、怀国模和张绍诚。他们多方协商，经过反复的调查研究和计算，编制成了《二机部两年重要工作任务、总进度和措施计划》。这是实现第一颗原子弹爆炸试验的纲领性文件，很快即得到中央专委的批准。
卢荣光说，我当时在设计院，临时被调到部里，要我参与搞两年规划。因为两次去苏联我都参加了，许多设计工作我也都是身在其中，比较熟悉。按照部里交代的几个原则，我们就倒排时间，顺排计划，以基建和设备安装为主，从1964年往前推。怀国模在编制这个规划的时候出了不少力，主要是由他来计算。资料都是由各个厂矿提供的，比较可靠。搞了一段时间，大家心里都有一种早响原子弹的愿望，信心很足，拼命工作。两年规划中有很多文字图片，搞出来后报到上头，先到罗瑞卿那里。后来听说，对这个规划也有不同意见。
