9 月3 日，韩军开始进攻。其右路“二李”及陈太运部在有效争取下， 持观望态度，进展迟缓。陈毅、粟裕决心诱由韩军组成的左路深入，然后反击。6 日，在营溪以南歼其先头的保1 旅2 个团，余均回窜。为扩大影响， 瓦解顽军，陈毅决定将1500 名俘虏在教育后全部释放。
韩德勤在营溪失利后，令在姜堰的保安第9 旅张少华部严密封锁粮食， 企图使新四军在黄桥粮食困难。陈毅、粟裕为打开局面，决定攻取姜堰。9月13 日，突击队用自行车内胎包裹着马刀把子，奋力砍开电网，从碉堡夹缝中猛插进去，先打掉保9 旅司令部，再内外夹击，攻克姜堰，全歼守顽1000余人。
陈毅在打下姜堰后，中间人士劝韩德勤和解。韩乘机要挟，说：“新四军如有合作诚意，应先退出姜堰。”陈毅识破韩顽找进攻借口，为顾全大局，慨然允诺，并于9 月30 日将姜堰移交李明扬部接防。陈毅为争取陈太运，又给陈部送了100 多条枪。陈毅忍让求全的态度，赢得社会的广泛同情，加深了国民党军内部的矛盾。“两李”和陈太运再次表示愿守中立。
韩德勤总是过高估量自己，竟把陈毅退出姜堰视为虚弱，又见八路军南下部队相隔尚远，就亲率主力第89 军（辖第33、第117 师）和独立第6 旅共1.5 万人，从海安、曲塘一线分三路南犯，并以李明扬、陈太运部及5 个保安旅置于两翼配合作战，妄图聚歼黄桥地区新四军。
陈毅、粟裕鉴于决战不可避免，决心集中兵力，采取积极防御、诱敌深入的战法，于运动途中歼击韩军。部署第3 纵队坚守黄桥；第1、第2 纵队各以一部阻敌、扰敌，主力在黄桥西北地区待机。陈毅坐镇严徐庄掌握全局，粟裕在黄桥负责战场指挥。
陈毅在进行战役动员时，强调了这次战役的重要性。指出：这次迎击韩军对黄桥的进攻是一场决战，关系到苏北根据地的开辟和华中抗战局面的发展，一定要全力以赴，务求必胜。他深知形势严峻，作了。‘破釜沉舟”的准备，将自己珍藏多年的书籍、文稿都打了埋伏。
10 月4 日，韩军第33 师直扑黄桥东北前沿阵地，我第3 纵队将其击退， 予以重大杀伤。韩军第89 军军部率第117 师经古溪进至野屋基、何家塘一线。
韩军独6 旅经高桥南进，企图袭击黄桥侧背。我第1 纵队适时出击，一举将在开进途中的韩军独6 旅分割包围于高桥以南，经3 小时激战，全歼该旅， 其中将旅长翁达自杀毙命。
在鏖战之时，泰兴日伪军一部进至黄桥以西7.5 公里处观战；李明扬、陈太运部列兵于运粮河东西之线，按兵不动。
10 月4 日午夜，我第2 纵队经八字桥插至分界，切断韩军第89 军退路， 协同第1、第3 纵队在黄桥东北地区夹击该军，激战到5 日晚，将该军主力歼灭，中将军长李守维仓惶逃窜时落水毙命。6 日，我第2 纵队追歼韩军第89 军余部于营溪，并乘胜攻占海安、东台等地。此役，共歼顽军1.1 万余人。
韩德勤率残部千余人逃回兴化。
在战役过程中，陈丕显、管文蔚领导黄桥地区的民兵和群众奋力支援新四军，加固工事，运送弹药，抬担架，救伤员，磨面、烧水、烙饼，对这场大胜利的取得起了重要作用。当时，仅黄桥镇就有60 多个烧饼炉为前线烘烤烧饼。后来广为流传的《黄桥烧饼歌》，就是由此诞生的。
与此同时，八路军第5 纵队由涟水南下，进占阜宁、盐城，歼韩顽一部。
10 月10 日，新四军前锋与八路军第5 纵队先头部队，会师于东台以北的白驹镇。至此，八路军、新四军协同发展苏北的战略任务基本完成。
黄桥决战的胜利，奠定了苏北抗日根据地的胜利基础，打开了华中抗战的新局面，对抗击顽固派、争取中间派具有重要意义。
黄桥战役胜利后，南通、如皋、海门、启东地区的国民党地方武装表示接受新四军的领导，陈毅速派第3 纵队东进，帮助改造这些武装，进行民主改革，扩大了抗日根据地。
11 月17 日，党中央决定成立华中新四军、八路军总指挥部。陈毅任代理总指挥，与政委刘少奇统一指挥陇海路以南、长江以北的新四军、八路军部队。
11 月18 日，党中央批转陈毅《关于苏北统战工作的经过与主要经验》的报告。批语说：“中央及军委完全同意陈毅同志的统战方针及统战工作，为使各部队团以上干部深切研究统战策略，破除其狭隘而不开展，顾小利而忘大利、称英雄而少办法的观点，特将陈毅报告转告你们作具体教育材料。”
中央这个批语，是对陈毅开辟苏北根据地时斗争策略运用的充分肯定。
1940 年末到次年1 月伊始，皖南一带的大地寒风袭人，国民党顽固派反共的叫嚣更盛，他们蓄谋已久的阴谋终于实施了。
这就是1 月7 日，国民党顽固派制造震惊中外的皖南事变。新四军军部和皖南部队遭受重大损失。17 日，蒋介石发布反动命令，取消新四军番号。
20 日，中共中央、中央军委决定重建新四军军部，任命陈毅力代军长，刘少奇为政委，张云逸为副军长，赖传珠为参谋长，邓子恢为政治部主任。
1 月25 日，在盐城游艺园举行重建军部的大会。陈毅在发表就职演说时， 庄严表示：决心“统率全军9 万之众，誓与日寇、汉奸、反共投降派奋斗到底！”会上群情振奋，顿时响起热烈的掌声。这次盛会，标志着新四军进入了新的发展时期。
陈毅为重振军威，在就职后那段时间内，和刘少奇一起，着重抓了四件大事：
第一，整编部队和明确任务。陈毅、刘少奇迅速研究整编方案，儿经调整，经中央军委批准，将陇海路以南、大江南北的新四军、八路军部队统一整编为新四军7 个师、1 个独立旅。第1 师，由苏北指挥部所属部队编成， 粟裕为师长，刘炎为政委，原第1、第2、第3 纵队改编为第1、第2、第3旅。第2 师，由江北指挥部所属部队编成，副军长张云逸兼师长，罗炳辉为副师长，原第4、第5 支队编为第4、第5 旅，江北游击纵队与淮南津浦路西一部分地方武装编为第6 旅。第3 师，由八路军第5 纵队编成，黄克诚为师长兼政委，原第1、第2、第3 支队改编为第7、第8、第9 旅。第4 师，由八路军第4 纵队编成，彭雪枫为师长兼政委，原第4、第5、第6 旅改编为第10、第11、第12 旅。第5 师，由豫鄂挺进纵队编成，李先念为师长兼政委， 所属部队编为第13、第14、第15 旅。第6 师，由江南指挥部所属部队及江南人民抗日救国军编成，谭震林为师长兼政委，辖第16、第18 旅。第7 师， 由无为游击纵队、原第3 支队挺进团及皖南突围部队编成，张鼎丞为师长， 曾希圣为政委，辖第19 旅及挺进团。独立旅由八路军第115 师教导第5 旅改称。
陈毅、刘少奇根据中央指示，从坚持华中敌后抗战出发，明确各师的任务是：第1、第3 师坚持苏中、苏北，建设巩固的根据地，建立强大的地方武装，以便主力机动作战；第2、第4 师分别在淮河南北，巩固津浦路东， 坚持津浦路西，加强对西防御，随时准备迎击反共军的进攻；第5 师独立坚持鄂豫皖阵地，并以一部沿江而下，打通与第7 师的联系；第6 师坚持苏南， 阻止反共军北渡；第7 师发展皖中，坚持皖南敌后游击战争，积极打通与第2、第5、第6 师的联系。这就形成了新四军新的战略布局。
同年5 月，中原局改为华中局，同时组成中央军委华中分会。华中各根据地党的领导机构，相继调整为苏中、淮南等区党委。
至此，新四军组建3 年后，在组织上、军事指挥上终于完全统一起来。
第二，反投降。皖南事变是国民党发动第二次反共高潮的顶点。此后，侵华日军和汉奸汪精卫加紧诱降活动。国民党军苏鲁皖游击军副总指挥李长江同日军密谋，妄图配合日军“扫荡”，消灭新四军新军部及苏北主力。陈毅、刘少奇指示粟裕、刘炎：注意掌握情况变化；在李部未公开投降前，仍应大力进行争取工作；当李长江公开投敌后，立即抓住时机予以痛击。随着李长江投敌面目的暴露，陈毅由盐城亲赴海安具体部署，并对参战部队营以上干部作动员。陈毅指出，只有坚决打击投降势力，才能孤立日军，利于坚持华中抗战，保卫华中抗日根据地。他要求参战部队行动要快，动作要猛，迅速消灭投降势力。
2 月17 日，获悉李长江已于15 日公开投敌，陈毅、刘少奇18 日令第1师主力发起讨逆战役。19 日，参战部队沿海（安）泰（州）公路向西横扫， 进展神速。王必成率第2 旅攻克姜埝；叶飞、陶勇率第1、第3 旅于20 日晨攻克泰州城，李长江率残部百余人落荒而逃。这一仗，李伪军5000 余人被歼， 两个支队反正，反共投降势力受到了沉重打击，民族正气得以伸张。讨逆部队随即于21 日主动撤离泰州城。这次讨逆行动，打乱了敌人部署，使日军进犯盐城、“扫荡”苏北的计划被迫推迟。
第三，抓干部培养。新军部成立后，将华中指挥部的抗日军政大学第5分校划归军部直接领导，仍由陈毅兼任校长和政委，学员除班长和排、连干部外，余为上海、南京和苏北、苏南的青年学生。6 月，抗大第4 团团长洪学智率第2 华中派遣大队到达盐城，加强了抗大5 分校。随后，以抗大5 分校为基础，成立抗大华中总分校，仍由陈毅兼校长，着重培养营、团干部和参谋、工兵人才。经过华中总分校和各分校培养的干部，在部队中发挥了很好的作用。
陈毅不仅重视培养军政干部，还重视培养技术干部。当时医疗任务重，卫生人才缺乏。新军部成立后，他立即决定成立华中卫生学校，还答应亲自参加预定7 月20 日的开学典礼。这时，日军开始“扫荡”，形势紧张，正当大家担心陈毅能否参加开学典礼时，他在军卫生部副部长崔义田的陪同下，骑马准时赶到盐城以东高作镇学校驻地。陈毅在讲话中，首先讲了形势和反“扫荡”计划，要求全校师生做好战斗准备。他号召学员在战斗间隙坚持学习，重视技术工作，学好医务基本理论，掌握战伤治疗技术，救死扶伤，发挥革命人道主义的精神。陈毅的教诲，给师生们留下了深刻印象。
陈毅还应邀给卫生学校题了词：“医学是自然科学与社会科学中间的桥梁。对人的治疗，药物方面是属于自然科学。而精神安慰和救护方面必须借助于革命的社会科学，新四军的医务工作同志与一般医生不同之点在此。”
这个题词，对该校师生是极大的鼓舞和教育，成为新四军卫生工作的基本原则。
第四，组织部队协同进行反“扫荡”。1941 年7 月20 日，日伪军1.7万余人从东台、兴化、射阳、陈家洋等地出动，向盐城猛扑。陈毅要求第1、第3 师协同作战，粉碎敌人的“扫荡”，他率军部及直属队转移到盐城外围隐蔽指挥。
当日伪军向盐城进犯时，第1 师主力遵照陈毅电令在苏中地区发动攻势，围攻泰州、泰兴城，在姜埝歼伪军1000 余人，攻克黄桥、加力、古溪等重要据点，积极向南通、如皋境内日伪据点和盐城至东台的交通线进袭，使敌顾此失彼，“扫荡”盐城的日伪军被迫回撤。
8 月初，当日伪军被迫从盐城、阜宁抽兵去苏中进行报复“扫荡”时， 陈毅又指挥位于盐城，阜宁地区的部队实行反击。第3 师2 个团攻湖垛、上冈；军特务团和抗大5 分校袭击伍佑、冈门等地；第1 师第2 旅在攻克盐城东南裕华镇战斗中，歼日军2 个小队，生俘日军5 名。这就造成盐城地区日伪的恐慌，迫使“扫荡”苏中的日伪军主力北调。
至8 月20 日，苏北、苏中1941 年夏季反“扫荡”胜利结束，共歼日伪军3800 余名。陈毅对苏中、苏北协力进行反“扫荡”，甚为满意。
在那40 多年以后盐城重建新四军军部纪念塔的碑文中，对陈毅的“雄才大略”作了充分的肯定。
烽火连天的岁月，斗争极其残酷复杂。1943 年，日伪军又发起了“扫荡”。
韩德勤忘恩负义，妄图进击我淮北抗日根据地。陈毅颇有远见，被迫反击，通过捉放韩德勤，争取了主动。
国民党鲁苏战区副总司令、江苏省主席韩德勤是反共磨擦专家，也是陈毅的老对手。
这年初，在日伪军对新四军盐阜区和淮安以东地区韩德勤部“扫荡”前，韩德勤派人到新四军第3 师谈判。陈毅指示黄克诚按统战政策予以接待和争取。经商定，当日军“扫荡”韩部时，新四军配合作战，韩部在不得已时可转移至抗日根据地暂避。2 月中旬，日军“扫荡”韩部驻地时，新四军信守诺言，频频出击，分散日军兵力，掩护韩部转入淮海区休整，还接济其粮食和经费。然而韩德勤背信弃义，竞于3 月中旬率部西渡运河，侵入泗阳县山子头一带，妄图在洪泽湖畔建立反共基地，并派其重建的第89 军西进接应反共军王仲廉部。与此同时，王仲廉率5 个团东越津浦路，闯进华中根据地西大门。为粉碎反共军东西夹击淮北抗日根据地的企图，陈毅决定调集兵力实施反击，由第4 师师长彭雪枫、政委邓子恢统一指挥，歼击韩德勤部。
战役于3 月17 日夜发起。第9 旅冒雨直扑韩德勤副总部所在地山子头， 经激战，将韩的副总部及保安第3 纵队全歼。盘踞在盛圩的顽独立第6 旅，被第5、第7、第11 旅等部歼灭。至18 日结束战斗，俘韩德勤以下官兵1000余人。
第9 旅在清查俘虏时，韩德勤承认自己是“副总司令”、“江苏省主席”， 战士本要释放他。因战前领导有指示，这次反顽以团结抗战为重，对韩德勤不打死、不活捉，私放为宜。但韩却赖着不走，要求见第4 师领导人。
3 月18 日，韩德勤被送到洪泽湖西岸的半城4 师师部时，演出了一幕所谓“不成功便成仁”的假自杀丑剧，先吞下10 多根火柴，接着又假绝食1天，并要求见军首长。
当韩德勤受到彭雪枫接见时，见新四军无意杀他，又狡猾抵赖，但当彭师长列举韩部制造磨擦的罪状，并拿出其电报证据后，韩德勤才老实起来。
接着，彭雪枫又讲述了历史上诸葛亮七擒孟获、我们一再擒获他的事例，明确指出：共产党以民族利益为重，只要枪口对外，我们对他仍可不念旧恶，但如果还执迷不悟，那将会后悔莫及。韩德勤这时低头表示：“新四军坚决抗日，宽大力怀，兄弟回去一定广为宣传，并为团结抗日全力以赴。”彭雪枫及时指出：“但愿你言行一致，照自己说的去做。”
时在盯胎县黄花塘军部的陈毅，接到4 师报告后，从战略全局考虑，仔细权衡了对韩德勤的处理办法，认为：韩德勤为了其自身利益，会愿意与我方私合的，以力图保住其江苏省主席的位子；如能私合，韩就不会再策动蒋介石派部队东进；只要韩德勤在，国民党别的派系想争江苏省主席的位子不一定能争到，蒋介石也不便让别人代替他；而汤恩伯等因派系不同，如得不到江苏省主席的位子，也就不会派主力东进。这对华中抗日根据地的巩固是有利的。于是，陈毅立即向党中央报告，建议与韩德勤私合，订立协定，并迅速将韩释放。
陈毅连夜赶到半城，在与彭雪枫、邓子恢研究后，立即同意让韩德勤的电台先与重庆及顾祝同恢复联系，以试探那里的态度。韩德勤在彭、邓教育下，态度又有好转。
陈毅对韩德勤的分析和处理办法，很快得到了党中央的赞同。
3 月31 日，陈毅会见韩德勤。他首先阐明了对抗战合作的基本主张，讲了山子头事件的起因，接着表示：我方对韩“主席”坚持敌后抗战，采取帮助态度，即使今后局势演变，不幸有大规模磨擦发生，也力争与韩“主席”
保持友善态度。韩德勤对陈军长不计前恶，深为感动，表示：“彭、邓与陈军长之表示，均坦白诚恳，贵党贵军确有顾全合作的诚意，对本人的优待，至为感激。”韩德勤承认：“陈军长曾多方托人向我示意，我认为彼此无商讨余地，..故未理会，现在想来，这也是我的错。”韩德勤表示同意陈毅关于要以地方的相融来争取国共全局好转的看法，表示要照着去干。然后，双方议论了一些事项。
陈毅鉴于韩德勤表示检讨和认错，根据党中央指示精神，确定对其实行宽大处理，将其释放，并发还其部分人枪。
对此，韩德勤甚为满意。确定由韩的参谋长吕汉劲代表其“副总部”，彭雪枫代表新四军，具体商谈签订协定事宜。
4 月1 日，韩德勤回拜陈军长。陈毅设宴为韩送行，发还他的手表、皮包、手枪，吕汉劲和彭雪枫签订了“合作抗日的协议”。韩德勤提出借钱，陈毅当即送给8 万元。宴后，韩德勤带着新四军发还的人枪编成的两个连队及电台，由新四军礼送出境。不久，王仲廉部会同第89 军溜回津浦路西，韩德勤也将其副总部及“江苏省政府”搬到了安徽省阜阳城。
抗日战争的第8 年，胜利的曙光在望，激励起抗日军民更高的斗志。
对日大反攻在即，新四军面临着新的使命，即保卫胜利成果。
1945 年8 月，抗日大反攻终于开始了。当时身在延安的陈毅，心却在华中，对华中军民大反攻的情况十分关注。
这时，蒋介石在美帝国主义支持下搞蒋敌伪合流，伪军纷纷挂起蒋家旗号，接应国民党军主力下山抢夺胜利果实。
8 月13 日，毛主席在延安干部会议上，发表《抗日战争胜利后的时局和我们的方针》的著名讲演，指出：“抗战胜利的果实应该属于人民，这是一个问题；但是，胜利果实究竟落到谁手，能不能归于人民，这是另一个问题。”
他号召解放区军民对胜利成果一定要“力争”。
在华中如何“力争”？陈毅边听报告边思索，迅即向新四军发去贯彻意见，指出：在江南方面，立即有计划地分路发动进攻，占领吴兴、长兴、宜兴、溧阳、溧水、郎溪、广德、金坛、句容、高淳诸城镇及太湖西岸各地、浙西敌区各县。在江北方面，应把津浦路以东、长江以北、陇海路以南、运河两岸整个地区打成一片，占领所有城镇，解放所有地区，打下长期巩固根据地的基础。
华中军民根据党中央、中央军委电令和陈毅的要求，在大反攻中解放县城30 余座，攻克据点400 余处，歼灭日伪军5 万余人。
8 月25 日，陈毅同刘伯承、邓小平与参加“七大”的各地领导人一起， 乘飞机从延安飞抵晋东南黎城机场。恰好冀鲁豫军区司令员杨得志返回部队，就由他安排组织护送陈毅去华中。
8 月26 日，党中央致电华中局：陈毅已于昨日飞抵太行，转赴华中；任命陈毅为新四军军长。在日本9 月2 日正式签字投降的前7 天，陈毅正式担任了新四军军长。
陈毅回返华中途中，党中央根据局势发展，确定了“向北发展，向南防御”和“发展东北，巩固华北，坚持华中”的战略部署。包括：八路军山东军区主力大部和新四军第3 师全部开赴东北；将新四军军部北移山东，与山东军区机关合并为新四军兼山东军区领导机关；将新四军主力一部调赴山东，阻击国民党沿津浦路北犯。9 月下旬，陈毅接到党中央电报，要他不去华中，速去山东同罗荣桓司令员兼政委会面交接，以便罗荣桓率主力赶赴东北。
10 月3 日，陈毅抵达鲁西南微山湖东岸的夏镇，迎接他的是山东军区第8 师24 团政治处主任杨广立。说来也巧，陈毅1943 年12 月赴延安途中，由鲁南铁道游击队护送到津浦路西，在微山湖畔负责迎接、护送的，也是杨广立。
由于军情紧急，陈毅当晚在临城（今薛城）至沙沟间穿过津浦路，次日赶到峄县城8 师师部，随即乘汽车转赴山东解放区首府临沂，同罗荣桓会面。
陈毅在临沂期间，同罗荣桓、副政委黎玉交流了情况，进行了工作交接。
当时徐州国民党军趁津浦铁路通行，将两个军于10 月上旬北运济南；由伪第3 方面军改编为国民党军第5 路军的吴化文部，已北进至滕县。这使陈毅愈感到破击津浦路的紧迫性。
10 月12 日，陈毅和罗荣桓、黎玉接到中央军委电报：目前山东的中心任务，就是截断津浦路，阻止国民党军北上，并力求歼灭其一部或大部。为此，必须组织强大的突击力量，布置在徐州以北、济南以南的适当位置，控制铁路一段，创造战场，以便打击北上的国民党军。
10 月20 日，中共中央决定陈毅兼山东军区司令员。同一天，陈毅和黎玉向中央报告，津浦前线指挥部已成立，并于10 月15 日进到邹县的香城。
新四军首批人鲁的第2 纵队第5、第9 旅，从淮南、淮北昼夜兼程，于10 月下旬进到滕县东北指定地区。
11 月初，陈毅获悉吴化文部将从界河北进的情报后，立即决定由第8 师和第5、第9 旅等部在界河以北地区伏击。
11 月3 日上午，吴化文令其部队由到济南集中投降的日军1 个大队在前面掩护，沿津浦铁路以西的公路北进。他自以为得计，那知道陈毅已为他布下天罗地网。下午1 时，当吴部后卫刚离开北界河，第5 旅立即切断其南逃之路。这时一声令下，埋伏在界河西面一线山上的第8 师，同在界河东面一线山上的第5、第9 旅，放过为吴部开路的日军，迅速对吴部进行分割围歼。
吴部被打得昏头转向，来不及还手，就大部被歼。吴化文见势不妙，丢下部队，带着几名亲信和卫士飞奔到日军队伍里。替吴部开路的日军刚到两下店，明知吴部在后面挨打，却不敢回援，只是放几炮以示“支援”。陈毅得知将吴化文部4000 余人全歼的消息，甚为满意。
在吴化文部被俘的官兵身上，发现佩带着两种符号：一种是日伪的白底蓝边红字的“兴亚爱华”；另一种是国民党军的白底蓝字的“五路”。陈毅气愤地说：这就是蒋、敌、伪合流的罪证！
毛主席在延安接到报告后，以中共中央名义，于11 月11 日打电报给津浦前线指挥部，庆祝取得歼灭吴化文部的胜利，要求他们沿铁路线向南北扩展，将创造战场当作战略任务。
界河战斗后，陈毅召集参战的团以上干部开会，总结经验，动员准备再战。他在讲到敌情和下一步作战任务时，越讲越激动，以高昂的声音讲道：
山是老子开，
树是老子栽，
谁敢来摘果，
叫他把枪放下来！
陈毅即兴所咏的诗，表达了他保卫人民胜利果实的坚强决心，逗得在场的干部笑起来。
这时，新四军2 纵第4 旅和第7 师3 个旅已从淮南、皖中到达。在陈毅的指挥下，参战部队向南扩张战果。2 纵在7 师第19 旅配合下，于11 月25日向临城、韩庄地区发动进攻。26 日下午，陈毅给主攻韩庄的第4 旅10 团团长吴华夺打电话，要求该团迅速打下韩庄，关住山东大门。韩庄位于苏、鲁两省交界处，是从徐州沿津浦路北进的必经之路，战略地位重要。当夜，吴华夺指挥部队先用炸药炸毁韩庄以南的运河大铁桥，接着猛攻韩庄。困守在据点里的日军1 个中队，自动放下武器，伪军800 余人大部被歼，少数向徐州逃窜时堕入运河葬身。
12 月12 日至14 日，第8 师经3 天激战，攻克滕县，将国民党军9000人全歼。这次攻坚战打得漂亮，我军年轻的炮兵发挥了威力。不幸的是8 师师长王麓水在前线指挥时牺牲。陈毅亲自参加了王麓水的追悼会。
陈毅指挥的津浦前线自卫反击作战，共歼国民党军2.8 万余人，受降日军4000 余人，控制铁路200 余公里，迟滞了国民党军北进，掩护了兄弟部队向东北进军，保卫了山东解放区。
转战华东战场
在解放战争年代里，陈毅指挥数十万至百万之众的解放军，同国民党军进行了激烈的战斗，消灭国民党军245 万余人，解放了华东大陆，和兄弟野战军一起，共同迎来了新中国的诞生。
战争胜利后，国民党反动派在大肆掠夺物质财富的同时，迫不及待地发动反革命内战，妄图消灭共产党，统治全中国。由于在津浦路、平汉路等地受到我军沉重打击，国民党被迫于1946 年1 月10 日签订停战协定。
蒋介石见仗打不赢，一方面请美国人出面调停；一方面贼心不死，继续寻机进犯解放区，破坏停战协定。
对停战，陈毅的头脑是清醒的。他告诫部队说：和平谈判是高级领导人的事，你们部队的责任就是准备打仗。
2 月初，济南执行小组美方代表雷克上校到临沂与陈毅会晤。陈毅有理有节，揭露国民党军进攻的阴谋，表明了不亢不卑的态度。雷克对陈毅的纵横谈吐印象很深，称赞他是“有才能的中国军事将领”。
在那几天以后，青岛美军司令克莱门将军到临沂拜访陈毅，讲到顾祝同在徐州就有30 万人马，共产党无力对抗，劝共产党妥协占政府一席之地时， 陈毅斩钉截铁地说：“他只要用5 万兵力就能进占我这个临沂，但1 个师进来，10 个师也出不去了。”说得这位西点军校毕业的将军目瞪口呆。
3 月1 日，陈毅奉党中央指示，到济南迎接从北平来的张治中、周恩来、马歇尔“军事三人小组”，当天一起飞抵徐州，谈判解决苏北淮阴地区国共双方摩擦事项。第二天，陈毅作为新四军军长，英姿勃勃，面对美国五星上将马歇尔，谈吐自如，以事实揭露国民党军假和平真内战的阴谋和挑衅进攻的真相，伸张了我军自卫斗争的正义性，闪现出外交家的风采，使马歇尔感到惊讶，对徐州国民党当局在头天晚上宴会时故意降低陈毅席位规格一事，一再查询，并当面向陈毅表示歉意。
陈毅在停战期间，密切注视敌情变化，经常教育各级领导：是战是和，最终不取决于共产党，而取决于国民党，我们必须抓紧练兵、减租、生产，从各方面做好准备工作，应付突然事变。各部队根据陈毅的指示，进行形势任务教育，使广大指战员认清了国民党的反动本质；抓紧战术、技术训练，提高了战斗力；在组织上，扩编了主力兵团，加强了地方武装，扩大了民兵队伍。从而为迎击国民党军的大举进攻作了直接准备。
4 月12 日晚，陈毅从广播中突然听到王若飞、秦邦宪和叶挺、邓发等同志从重庆乘飞机赴延安途中，在山西兴县黑茶山罹难，当即写了《痛悼与奋勉》一文，在讲到中国的情况时指出：“一方面和平民主的潮流已坚强的确定下来，这是中国共产党与各阶层民主战士协同中国人民的伟大成就，可是一方面那些腐朽的阶层，人民的公敌，他们不甘心自己的失败，正在以各种技巧，明目张胆向人民进攻，企图阻击和平民主潮流，要把中国重新推到内战分裂专政暴虐的黑暗世界中去，光明与黑暗的决斗，就是而今中国的新面貌。”
在停战时期，国民党毫无诚意，积极调兵遣将，唆使收编的伪军、“绥靖”军作内战急先锋，蚕食解放区。陈毅令山东野战军和山东军区部队，于6 月7 日起，在胶济、津浦路两侧地区展开讨逆攻势作战，至16 日止，攻占德州、泰安、枣庄、周村、张店、胶县等城镇，歼伪军3 万余人，控制铁路线500 余公里，改善了战略态势，策应了苏皖解放区的斗争，为尔后粉碎国民党军的大举进攻创造了有利条件。
这时美方代表郝汀上校来到临沂，陈毅在介绍讨逆事实真相时说：“彼等过去凭藉敌寇势力，无恶不作，山东人民恨之入骨。乃胜利以后，竟被国民党全部改编，命为内战先锋。自1 月10 日停战令后，该伪军等毫不遵守协议，仍不断向我解放区袭扰。..凡此情形，我军已不止一次向徐州、济南各小组及北平军调部提出抗议及备忘录，要求制止，但迄今并未有一件获得圆满解决。..我军迫于不得已，遂采取自卫手段，将该伪军等缴械。”郝汀6 月15 日返回军调部后，立即向各方披露事实真相。
这是陈毅将军事和政治斗争相结合的成功范例，军事上赢得了胜利，政治上争取了主动。
6 月21 日，新四军第二副军长兼山东军区副司令员罗炳辉在鲁南部署战备后返回临沂途中，突患脑溢血于兰陵逝世。陈毅十分悲痛，立即组织隆重悼念。23 日，他在罗炳辉墓前发表演说时，先赞颂罗炳辉的戎马生涯和光辉业绩，接着指出：“国民党反动派正在向我们狞笑，正在计划消灭我们。..
我们应进入自卫的准备，千万不能让法西斯反动派得手。我们今天，要擦干眼泪，勇敢地坚定地站在自卫的岗位上，去继承死者未竟的事业。伟大的中国人民的革命斗争是万分艰难的，第一批倒下了，第二批冲上去，第三批冲上去，以头颅热血换取人民的自由和保护民族的独立，最后胜利是操在我们人民手掌中的。”陈毅用感人肺腑的语言，把悼念罗炳辉的活动变成了进行自卫战争的誓师动员。
6 月底，蒋介石自恃兵力、装备优势，还有美援，遂撕毁停战协议，以大举围攻中原解放区为起点，向各解放区发动了全面进攻，华东解放区是其进攻的主要方向之一。陈毅被迫领导华东军民，和各解放区军民一道进行自卫，抗击国民党军的进攻。
蒋介石亲自发动的内战来势迅猛，企图三星期消灭苏北我军。
陈毅面对困难，力挽狂澜，态势转折。
1946 年7 月，国民党军开始向华东解放区大规模进攻，重点在苏皖解放区。国民党军的11 个整编师30 个旅约25 万人，分为3 个突击集团，分经苏中、淮南、淮北，进攻苏皖边区首府淮阴，在山东，以8 个整编师21 个旅约17 万人，进攻胶济路和鲁南，作为牵制。
陈毅鉴于淮南、淮北敌情严重，除已将山东野战军第2 纵队第5 旅派往淮南外，亲率山东野战军主力于7 月20 日前进入淮北。他指挥2 纵和第7师及华中野战军第9 纵队，于27 日发起朝阳集战斗，经两日激战，将国民党军整编第69 师第92 旅5000 余人全歼。与此同时，华中野战军在司令员粟裕、政委谭震林的指挥下，进行了历时45 天的苏中战役，歼敌6 个旅及5 个交警大队，共5.3 万余人。这些胜利，使蒋介石“三个星期内消灭苏北共军”的企图成为泡影。
然而陈毅也遇到了很多困难。首先在敌强我弱的情况下，苏皖边区战局急剧恶化，我军主力被迫于7 月、8 月底先后撤出淮南、淮北，特别是淮阴于9 月19 日过早丢失，使原来缺乏精神准备的军民思想波动，后方转移仓促， 产生了埋怨情绪。其次，兵力严重不足。当时，山东、华中两野战军只有13万多人，而要保卫的地区多，难以兼顾。陈毅随后给毛主席的电报中还说过：
“山东部队常不安心南下作战，华中部队亦不肯入鲁作战”。加之，当时部队只靠两条腿跑，转换使用困难。再是，由于作战指挥不统一，动作协调不够，以致未能大量歼敌。特别是8 月上旬的泗县战斗，侦察得不够，协同得不好，组织得不严密，致使山东野战军第8 师伤亡很大，攻城受挫，对部队情绪影响很大。此外，当年淮北雨水多，给作战带来的困难很大。同年7 月26 日陈毅在一份电报中说：“野指率第2、第7、第8 师已进到淮北地区。
此次作战最感困难的是到处一片汪洋，每夜部队只能走20～30 里，手榴弹遭水湿即不能用，部队特别疲劳，病员增多。”
面对当时存在的困难和问题，陈毅严肃地进行了自我解剖。他10 月4日写信给第8 师的领导，说：“3 月来未打好，不是部队不好，不是师旅团不行，不是野战军参谋处不行，主要是我这个统帅犯两个错误..我应以统帅身份担负一切，向指战员承认这个错误。”“在艰难困苦的日子里，我从来不抱怨部属，不抱怨同事，不推拒责任，因而不丧失信心，..我从来不向敌人低头，但对自己同志我常常自我批评很愿意低头；胜利时如此，不利时也如此，即失败时亦如此。”陈毅这种严于律己的精神，在部队中产生了良好的影响。第8 师的领导更是深受感动，自下而上地总结了泗县战斗失利的教训，成为夺取新胜利的动力。
10 月底，陈毅在江苏省涟水西北陈师庵等地多次召开干部会议，传达学习毛泽东的《三个月总结》一文，分析了华东战场形势，肯定了胜利和成绩，找出了问题，号召部队认真贯彻毛主席制定的积极防御的作战方针和集中优势兵力各个歼灭敌人的作战原则，树立高度集中统一的思想，增强内外团结，密切协同，争取消灭更多的敌人，进一步改变军事形势。
12 月6 日，陈毅获情报：国民党军徐州“绥靖”公署主任薛岳指挥25个半旅，分4 路从江苏东台、淮阴、宿迁和山东峄县出犯，企图先占苏北， 打通陇海铁路东段，消灭山东和华中野战军主力，或迫使山东和华中野战军北撤山东。陈毅和粟裕、谭震林等研究了敌情，认为国民党军虽是4 路进攻， 但正面宽300 多公里，间隙大，应援不便，而宿迁出犯的1 路孤立突出，对苏北解放区威胁最大，应先予以歼击。经报请军委批准，除以一部分兵力钳制其他3 路外，集中第1、第2、第9 纵队、第8 师和第7 师主力，共24 个团，歼击由宿迁出犯的国民党军。
宿迁国民党军于12 月13 日出动。左翼为整编第69 师，向北新安镇（今新沂）方向进犯，右翼为整编第11 师，向东沐阳方向进犯。14 日，整编69师进到人和圩等地，整编l1 师进至曹家集地区。陈毅在查明宿迁国民党军进攻部署后，于13 日定下决心，对整编11 师进行坚决阻击，集中优势兵力先围歼较弱的整编69 师。
宿北战役于12 月15 日发起。参战部队以迅猛的动作，从东、西两个方向实施突击，切断了整编69 师向宿迁的退路，割断了其与整编11 师的联系， 构成了对整编11 师的阻击正面。原来担任阻击的部队转入进攻，协同攻击部队乘敌混乱，完成了对整编69 师的分割包围，接着展开逐点攻歼。激战至19 日，我军将该师所属3 个半旅共2.1 万人全歼，师长戴之奇自杀。这是山东、华中两野战军会师后的第一个大胜仗，对华东战局的转折有重要意义。
军委致电陈毅，祝贺宿北战役的胜利。
1947 年元旦，陈毅将宿北战役情况向中央作了详细报告，讲道：要确立以战养战的思想，认真处理和利用缴获的物资，始能使战争持久进行，为解决使用炮兵和防空、打坦克的困难，又提出树立以战教战、打一仗进一步的思想。军委看后十分满意，第二天就复电：“以战养战、打一仗进一步的口号甚好。你们应以宿北战役为例，力争打大歼灭战”。
从1947 年初起，华东主要战场转到山东境内。
陈毅率部在齐鲁大地上同国民党军展开了激战。
1946 年12 月下旬，由峄县向临沂进犯的国民党军整编第26 师及归该师指挥的第1 快速纵队闻整编69 师在宿北被歼，被迫在临沂西南30 余公里的向城、长城一线转入防御。此时，中央军委电示陈毅：下一步作战，宜集中主力歼灭鲁南之敌，相机收复枣庄、峄县。遵照军委电令，陈毅和粟裕率山东、华中两野战军主力移师鲁南，围歼孤立突出的整编26 师及第1 快速纵队。
1947 年1 月2 日晚，我军参战的27 个团分左、右两纵队发起攻击。至3日，歼整编26 师大部。4 日10 时，装备有坦克、榴弹炮和大量汽车的第1快速纵队及整编26 师余部，向峄县方向突围，这时雨雪交加，道路泥泞，加剧了行动的困难和混乱。我军左、右两纵队抓住时机，以追击、侧击、堵击等手段，用炸药爆炸、火烧和集束手榴弹炸等办法，打炸坦克及装甲车辆。
激战至15 时，将整编26 师余部及曾在缅甸同日军作过战的第1 快速纵队全歼。陈毅在《鲁南战役》的诗篇中，对此作了生动描述：“快速部队走如飞，印缅归来自鼓吹。鲁南泥泞行不得，坦克都成废铁堆。”
接着，陈毅挥军乘胜扩张战果。至20 日，攻占峄县、枣庄等地，全歼整编第51 师。
鲁南战役共歼国民党军5.3 万余人，缴获美制坦克24 辆，榴弹炮、野炮、山炮89 门、汽车474 辆。陈毅满怀豪情地对外国记者说：“如果蒋介石还想再送些来，我是愿意打收条给他的。”
l 月下旬，奉军委命令，华东地区的解放军统一整编，撤销新四军和山东、华中军区及山东、华中野战军的番号，组成华东军区和华东野战军。陈毅任军区司令员、野战军司令员兼政委及党的前委书记，粟裕为副司令员，谭震林为副政委。野战军辖11 个步兵纵队和1 个特种兵纵队，共27 万人， 军区所属地方武装共36 万余人。
为搞好整编，华野前委于1 月底在临沂附近举行扩大会议（又称鲁南会议），陈毅代表前委作了“一面打仗，一面建设”的报告。他指出：必须增强整体观念，克服山头主义、本位主义、游击主义；坚决贯彻建军路线，加强党对军队的绝对领导，增强群众观念、纪律观念，密切军政、军民关系，实行以战养战、以战教战。这次会议，对尔后华野建设和作战发挥了重要指导作用。
这时，蒋介石侦悉陈毅主力集结于临沂附近，决定组织“鲁南会战”，调集31 万人，以临沂、蒙阴为目标，作出南北对进夹击的部署。南线，由整编第19 军军长欧震指挥8 个整编师为主要突击集团，由陇海路新安镇等地向临沂进攻，于1 月31 日出动；北线，由第2“绥靖”区副司令官李仙洲指挥3 个军为辅助突击集团，由胶济路南下莱芜策应，于2 月2 日出动。
陈毅等根据敌情和军委指示，拟制了作战方案。其中之一，就是打郝鹏举来诱击欧震集团。郝鹏举曾任伪淮海省省长、国民党军第6 路军总司令， 1946 年1 月9 日率部起义，任解放军华中民主联军总司令，1947 年1 月27日又叛变投蒋，并扣押解放军联络人员，被蒋介石委任为第42 集团军总司令。2 月6 日至7 日，华野第2 纵队一举歼灭郝总部及2 个师，活捉了郝鹏举。
