尽管如此，汉卓还是成功完成了计划。
就在人们纷纷赶往纽约世贸中心进行救助时，世贸中心再次发生剧烈爆炸，其中一座大厦由上而下地坍塌下来，整个街区都被烟尘笼罩。不久，另一座大厦也发生了坍塌，悲鸣声和倒塌声交相呼应，此起彼伏，不少救援人员都被这两次突然的坍塌夺去了生命。一阵惊慌过后，人们发现，这幢让纽约人引以为豪的大楼，在转瞬间就只剩下了1/3，伤痕累累地支撑着。
而在华盛顿，五角大楼也陷入了爆炸声中，撞击引起的大火难以遏制，五角大楼和白宫慌忙疏散。
让人们恐慌的消息再次传来，还有一架波音737客机遭到了劫持，正在华盛顿不远处的郊外盘旋。这架飞机就是93号航班，恐怖分子原计划架着它冲向白宫，可不知何故，该飞机在距离匹兹堡80英里处坠毁，机上有90名乘客。事后有人推测，很可能是机上的乘客得知了恐怖分子的真实意图，和他们展开殊死搏斗，才让飞机在匹兹堡坠毁，挫败了恐怖分子的计划。
这起灾难给美国人心灵上的影响，不亚于几十年前的"珍珠港事件"，事件发生后美国各大机场的航班都被取消，美国总统布什也迅速发表声明，表示要和恐怖分子战斗到底。一场轰轰烈烈的反恐浪潮就此掀起。
二、调查，目标锁定本·拉登
"9·11"惨案发生后，美国最紧迫的工作除了加强防止再次遭受恐怖袭击外，莫过于追查凶手了。在五角大楼燃起大火之前，美国总统布什曾发表讲话，称袭击纽约世贸大楼，是针对美国的一次明显的恐怖袭击。之后，布什取消了在佛罗里达的事务，迅速返回华盛顿，部署调查此案的事宜。
有民众指责联邦调查局，恐怖分子为了这次袭击筹划了很长时间，却没有引起联邦调查局足够的重视，正是因为他们的疏忽，才让恐怖分子有机可乘，酿成了 "9·11"惨剧。事后联邦调查局承受着巨大的言论压力，为了挖出"9·11"真凶，他们差不多投入了所有资源，仅在白宫工作的特工就有500多人，他们轮流执勤，昼夜不停。此时的美国人也积极为政府提供线索，联邦调查局一下子就收集了13000多条线索，这些线索有的来自普通民众，还有的来自外国当局。每条线索都有专门人士进行评估，一旦认定其具备一定可信度，特工们就会立即出动，采取相应行动。
大规模的搜捕行动很快展开，短短几天的时间里，就有80多人因为被怀疑和"9·11"有关遭到逮捕，他们中有相当一部分都被带到纽约接受询问。
同时，联邦调查局也派出了大量特工防御恐怖分子再度袭击。他们接到的一些线索显示，恐怖分子曾计划在世贸大楼和五角大楼遇袭后，继续在美国本土发动恐怖事件。特工们怀疑，在9月11日当天，被劫持的飞机不只有4架，至少还有2到5架民航班机也曾是恐怖分子的袭击目标。
在世贸中心和五角大楼的废墟上，调查人员也在日以继夜地搜寻线索，在一批又一批碎片和瓦砾中进行筛选，鉴证人员纷纷出动，紧锣密鼓地工作起来。特工们还调来了1993年世贸停车场袭击事件的资料。他们的努力没有白费，尽管"9·11"袭击者的电脑没留下什么线索，但1993年纽约世贸中心大楼汽车炸弹爆炸案主犯的笔记本电脑中却记载了不少有价值信息，其中就包括袭击纽约标志性建筑的计划。
在证据搜集阶段，联邦调查局还动用了大批高科技设备，比如间谍卫星、各种舰艇器材和先进的侦察机等。不少国家也都为"9·11"事件的惨烈所震撼，积极向美国提供相关情报。不找出该事件的真凶，不摧毁策划该事件的组织，就无以告慰遇难者在天之灵。
经常遭遇恐怖袭击的以色列有着丰富的反恐经验。"9·11"事件发生后，中央情报局开始和以色列的摩萨德频繁接触。摩萨德全称是以色列情报和特殊使命局，该部门的高级官员表示，他们会将最优秀的特工送到华盛顿，帮助美国反恐。美国缺乏反恐经验，但以色列却已反恐多年。摩萨德有两个精锐单位，分别名为" 联结"和"彩虹"，前者负责管理摩萨德内部的阿拉伯裔特工，后者则擅长用高科技手段搜集情报。"联结"的特工将以搜捕策划"9·11"事件的恐怖分子为重，只要接到命令，他们就会暂时搁置手头上的一切工作，专心致志地搜集恐怖分子的资料。
