遗憾的是，虽然本·拉登的大阴谋没有完全实现，但他确实得到了不少恐怖分子的支持。"9·11"事件发生之后，不少恐怖分子将本·拉登誉为"圣战斗士第一人"，认为他是敢于为了理想与美国抗衡的勇士。恐怖分子间又掀起了崇拜本·拉登的小高潮。
再加上美国在"9·11"后改变了对外政策，促使美国和中东地区的关系日益紧张，一些原本就愤恨着美国的人，淡忘了"9·11"的惨剧，坚决投身到恐怖主义中来。美国在"9·11"后一直指责沙特阿拉伯纵容包庇恐怖分子，让沙特阿拉伯非常不满，两国的关系日渐僵化。而作为保护本·拉登"基地"组织的沙特极端分子与本·拉登之间的关系则日渐紧密，本·拉登的"防护网"又加固了一层。
本·拉登策划"9·11"和他与塔利班关系的变化有关，但这不代表塔利班也参与了这起袭击。不过，本·拉登跑了，塔利班遭殃。一些塔利班分子都认为，塔利班政权是因为本·拉登而覆灭的。
因为本·拉登，塔利班所有融入国际社会的努力都化为了泡影，就在恐怖分子驾着飞机撞向世贸大楼的那一刻，塔利班毁灭的命运就注定了。塔利班是在代本·拉登受过，因为塔利班的作案动机很小，作为一个尚未稳定的政权，它没有理由冒险袭击美国，且很有可能对本·拉登的计划毫不知情。
事实上，塔利班和美国并不存在太多实际利益上的冲突，二者的矛盾主要集中在理念和信仰上，塔利班不像本·拉登那样仇恨美国。在反击苏联入侵时，塔利班曾和美国站在同一条战线上，塔利班确实进行过恐怖活动，但这些活动都没有直接针对美国人。不少塔利班成员对美国的印象"并不坏"。即使是在美国攻打阿富汗时，塔利班很多人都是怀着无奈心情与美国搏杀。在塔利班政权与美国之间的关系越拉越远、越来越僵化的时候，塔利班也不曾向世界宣称美国为自己的敌人。
曾有一名塔利班敢死队队员，在接受西方媒体采访时曾说，美国人曾经是塔利班的朋友，他们记得，在赶走苏联人时美国给他们提供的帮助，并至今感谢美国人。他很难过要和美国作战，他不想和曾经的朋友兵戎相见，只是为了捍卫信仰，塔利班别无选择。
"9·11"之后，美国对阿富汗出兵，塔利班应战也十分匆忙，很多时候都被打得狼狈不堪，本来实力就与美国相差甚远，还在战争中出现很多漏洞，可见没有做好战前准备工作。如果塔利班参与了"9·11"事件，它不可能想不到美国会对它进行报复，多少会做些准备。
令人深思的是，"基地"组织倒不像塔利班那般"措手不及"，似乎早就预料到美国会发动袭击。美军在攻打"基地"组织盘踞地时相当困难，那里的恐怖分子显然是做好了充分的准备，虽然实力不敌美国，但在地下工事上作了周密的部署，将部队很好地隐藏了起来，既防止暴露在美国猛烈的火力下，又方便与美国展开游击战。塔利班的匆忙与"基地"组织的精心准备形成了鲜明的对比，这让人们愈发感到塔利班没有参与到"9·11"袭击中来。
直到今天，国际上都没有将塔利班政权定义为恐怖主义政权，这是因为塔利班政权本身就相对复杂，虽然它曾为克什米尔地区和车臣地区的恐怖组织提供支援。即使在阿富汗反恐战争开始之后，美国和国际社会也没有明确地把塔利班政权简单地定义成恐怖主义。
塔利班和本·拉登始终保持着主客关系，塔利班政权和拉登的"基地"组织，从来没有混为一派。塔利班充其量就是借助本·拉登的力量，获得经济利益，招募更多的塔利班外籍战士参加到阿富汗的战争中罢了，对于本·拉登和"基地"组织的各种恐怖活动并不插手。塔利班不太可能是"9·11"惨案的幕后黑手，但它无疑成了本·拉登的替罪羊。
其实，在"9·11"发生后，人们也曾对这一事件的幕后主使做出各种各样的猜测，甚至还有人认为 "9·11"事件是美国自己制造的阴谋。这些人中有学者、作家，还有政治家，他们觉得此次事件如同他们揣测的当年的"珍珠港事件"一样，是美国政府为了实现全球战略需要而有意诱导安排的，是美国政府的"苦肉计"。
