巴基斯坦面对这样的变化自然欣喜不已，这个变化很可能会使当权的穆沙拉夫政权被国际社会承认，并在克什米尔问题上得到美国的支持，这大大有利于巴基斯坦改变目前的处境。倘若美国选择了印度进行反恐合作，并将巴基斯坦列入恐怖主义国家的名单，那么巴基斯坦想翻身就是难上加难，它目前落后于印度的状况必然加剧。
但是，对于巴基斯坦而言，对付塔利班并不像想像中那般容易。巴基斯坦曾辛辛苦苦地帮助塔利班建立政权，而现在，转眼就要帮助美国将塔利班消灭，在感情上着实有些不舍。打击塔利班虽然不要巴基斯坦出兵出财，却也会为巴基斯坦带来不小的麻烦。巴基斯坦在支持塔利班政权的同时，其内部的伊斯兰原教旨主义势力也在不断扩张，还逐渐渗透到巴基斯坦军方内部，在军方的高级将领中蔓延。
在这样的局面下，如果巴基斯坦与塔利班政权划清界限、果断断交，则必然会遭到伊斯兰教原教旨主义势力的强烈反对，直接危及巴基斯坦国家的安定发展。这种说法并非夸大其词，在巴基斯坦同意向美国开放领空后不久，巴国内多个地区就爆发了骚乱。巴基斯坦新闻媒体的民意测验显示，巴基斯坦62％的民众反对政府支持美国的军事行动，63％的人认为一旦战争爆发，巴基斯坦应当坚定地站在阿富汗一边。
面对如此艰难的选择，巴基斯坦的领导人穆沙拉夫在决定与美国进行反恐合作时公开说道，巴基斯坦面对的，是从印巴战争以来最为严峻的挑战。
虽然巴基斯坦与美国结成了反恐联盟，但这并不意味着要与塔利班完全断绝关系。巴基斯坦在与美国合作的同时，也没有停止与塔利班政权的斡旋，面对重重压力，巴基斯坦仍然想给这个孤独的政权留一条后路。
在"9·11"发生以后，巴基斯坦立即投入到塔利班与美国的斡旋之中，穆沙拉夫提议在第三国由伊斯兰国家按照伊斯兰教法审判本·拉登，并且组成了高级代表团，前往喀布尔劝说塔利班交出本·拉登。巴基斯坦不时向阿富汗提供一定援助，包括制造有利于塔利班的舆论。比如，在美军与塔利班交锋后不久，塔利班释放了从前挟持的西方国家的记者，巴基斯坦抓住这点大做文章，表示这是"塔利班趋向和平，迈向政治解决的重要一步"。
除此之外，巴基斯坦在2001年10月15日还明确表示，"塔利班政权本身绝不是恐怖主义组织"。由此可见，巴基斯坦还是愿意为塔利班提供声援的，塔利班的大多数政治声明都是通过塔利班驻巴基斯坦特使发出的。
可是，在支持塔利班的同时，巴基斯坦也感觉到包括美国在内的国际舆论压力越来越重。对此，巴基斯坦一方面反复强调自己会坚决打击恐怖主义，一方面又频繁与"反塔联盟"以外的政治力量，进行磋商，探讨未来阿富汗政权的组成问题。
2001年10月15日《今日美国》网络版发出一条爆炸性的消息，巴基斯坦总统穆沙拉夫建议美国"要抓住本·拉登，必先除掉奥马尔"。该消息一经发出，就立即被巴基斯坦官方发言人鲁兹·迈哈莫德·卡罕否定。不管这条消息的真假，巴基斯坦的一系列举动都在向塔利班发出暗示，希望塔利班能打破本·拉登问题中的僵硬局面，免除政权被颠覆的厄运。
但是令巴基斯坦失望的是，塔利班似乎并没有考虑到巴基斯坦这番良苦用心，对巴基斯坦的斡旋没有做出任何回应，不仅如此，还对巴基斯坦的态度越来越冷淡，甚至和本·拉登一起责难巴基斯坦的行为。塔利班警告巴基斯坦，如果它帮助美国，塔利班就会对它发动攻击。巴基斯坦对塔利班的极度维护，却换来塔利班的无情警告，这样的回报让巴基斯坦彻底失望，并最终忍痛放弃了一切挽救塔利班政权的努力。巴基斯坦封锁了巴、阿边境线。塔利班丧失了唯一的援助，走投无路。
塔利班的错误源于本身的固执和草木皆兵得过度警惕。从阿富汗内战以来，塔利班就表现出对国际社会的不信任，它排斥联合国，让联合国对其彻底灰心。在塔利班看来，美国一直影响着联合国的方向，联合国是不公正的，不应对其寄予希望。实际上，"9·11"之后，联合国并没有及时介入到美国和塔利班的事务中来，这种情况本来就对塔利班不利，而塔利班不仅不和联合国亲近，还动辄与联合国为难，即使联合国有心给它帮助，它也概不接受。
