在进军阿富汗前，布什就曾说过，美国的反恐之战会从打击"基地"组织开始，但不会止步于打击"基地"，它会一直持续下去，直到世界上每一个恐怖主义组织都被找到、被消灭。就在对阿富汗的轰炸开始之际，布什政府在联合国的大使，即现在的美国情报局局长内格罗蓬特曾对他的同事说，可能有必要对其他组织和国家采取进一步行动。
打赢阿富汗战争，对美国来说轻而易举，因此，在阿富汗战争开始没多久，布什政府的官员就为日后的反恐筹划了。不久，人们就察觉到，反恐之战的候补打击对象有很多--伊拉克的萨达姆自海湾战争以来，进行了长达12年的独裁统治，他和他领导的伊拉克，是美国的心腹大患。萨达姆没有放弃制造大规模杀伤性武器的意图，因此成为美国接下来要打击的首选目标。此外，黎巴嫩真主党、哈马斯、伊斯兰圣战组织也是让美国警惕，而且相当活跃的恐怖组织。
人们纷纷猜测到底哪个国家会成为布什政府接下来的打击目标，就在这时，美国政府开始发表大规模杀伤性武器说。当时的美国副总统切尼表示，他非常担心恐怖分子使用放射性武器、生化武器甚至核武器。在"9·11"袭击发生之后，他就立即意识到，假如恐怖分子用这些武器袭击美国，后果将更严重。更可怕的是，有资料表明，"基地"组织正努力寻找这些武器，切尼认为，某些"邪恶"国家很可能会为"基地"提供武器援助。
恐怖分子一旦持有大规模杀伤性武器，就绝对不会让它仅仅成为一种摆设，一种威胁。切尼的担心并不是多余。"9·11"袭击过去不过20多天，佛罗里达州就发生了人吸入炭疽菌致死事件，死者是《太阳》周报的编辑。炭疽病在美国非常罕见，人们起初认为，这名编辑是外出旅行期间不幸染病的，但很快这种想法就被可怕的事实推翻。《太阳》周报的办公室里发现了炭疽孢子，其他新闻机构也收到了掺杂着炭疽菌粉末的信件，炭疽病患者人数迅速增多，很快就又有5人因为感染炭疽不幸身亡。
10月中旬，美国有官员对媒体声称，这是一场生物恐怖。而发动生物武器主导的恐怖袭击，并非难事，炭疽粉信件一事就是最好的说明。美国很快就陷入炭疽恐怖中，不少美国人只要看到粉末状物体就会联想起炭疽。
举报炭疽的电话响个不停。10月下旬，人们又纷纷传言，美国即将迎来下一场大规模恐怖袭击。这次恐怖分子很可能在炸弹中添加放射性物质，让整个城市都被放射性物质感染。而在与生化武器相结合的恐怖袭击面前，"9·11"事件也会相形见绌。
官员们开始研究，恐怖组织究竟可以通过哪些途径得到这些武器。并迅速列出一份"黑名单"，名单上的国家，既拥有大规模杀伤性武器，又"心肠歹毒"，极有可能和恐怖分子联手打击美国，而伊拉克，"恰恰"就位居"黑名单"之首。
不过，此时，美国的情报部门并没有充分证据显示伊拉克拥有大规模杀伤性武器，有关伊拉克掌握大规模杀伤性武器的说法，是各种情报拼凑而成的，这些情报中既有真实的，也有虚假的，容易引人误解的。但是听罢情报部门的这一报告，布什总统"忧心忡忡"，他身边的官员也明显感受到这点。
布什很快就命令战时委员会，将核威胁上升到所有针对美国的威胁之首。紧接着，各种精密的传感器材便被设置在美国边境口岸、华盛顿交通要道，还有一支专门的特种作战部队随时待命。美国对核威胁的防御骤然加强。
但是布什并不满足于此。2001年11月6日，布什在国际反恐会议上警告人们，如果恐怖分子得到大规模杀伤性武器，他们就会成为每一个国家的威胁，并最终威胁文明社会本身。美国决心向这股邪恶势力宣战，直到将它消灭。布什还表示，人们不应该坐以待毙，而要立即行动，消除邪恶的威胁。
布什的此番说话，为他之后提出的"先发制人"式反恐，为美国外交政策的转变，埋下了伏笔。
2002年1月，布什又在国情咨文中重申了这一观点，他认为美国面临的恐怖威胁不仅仅来自哈马斯、黎巴嫩真主党等恐怖组织，还来自那些"致力于制造大规模杀伤性武器的无赖国家"。这些国家中就包括伊朗、朝鲜还有伊拉克。布什还说，这些国家和恐怖主义同盟已经构成了"邪恶轴心"，他警告人们，对这些国家无动于衷，会为美国招致致命灾难。
