在爆炸发生后，惊恐的各国游客纷纷涌入机场等候第一班回国的飞机，澳大利亚甚至派出了大型运输机将本国居民直接接回国内。就是这样还有大批的游客因赶不上飞机而继续留在巴厘岛，而这些留下的游客也无法安心住在星级酒店里，全部搬了出来露宿在公园或是海滩，以免惨剧又一次降临在自己身上。
世界各国都呼吁本国的居民不要去印尼包括巴厘岛旅游，这就迫使许多的旅行社临时改变计划，撤销了前往巴厘岛的旅游线路。这也严重影响了巴厘岛乃至整个印尼的经济情况。
当时的一些经济学家分析，爆炸事件发生后的未来一年，印尼的旅游收入将减少一半以上，这是对印尼经济的整体复苏的一重挫。
在印尼政府官员看来，过去的印尼以贪污闻名，现在又添上了恐怖主义的阴影，这将使政府原先希望提高旅游业收入来支撑经济复苏的愿望破灭。这样的担心不是空穴来风的，爆炸发生后，印尼的股市暴跌11%，印尼盾跌到9350盾兑换一美元，不仅如此，国际投资者对印尼投资的脚步也徘徊不前，这样一来，印尼缺少了外资的流入，很快就会面临经济崩溃的局面。
受到巴厘岛爆炸案负面影响的不仅仅是印尼，还有东南亚地区的其他一些国家。1997年金融危机后，新、马、泰等东南亚国家就将旅游业视为经济复苏和重振的重点。可是，最近，菲律宾和印尼先后发生的恐怖爆炸事件多少波及到了这些东南亚地区的旅游业。而且，一些国际观察家还认为，恐怖组织的恐怖活动已经从中东转移到了东南亚。面对这样的推测，新、马、泰各国不得不采取强硬措施来维护各国的安全与稳定。
在巴厘岛爆炸发生后，作为伊斯兰教国家的马来西亚也感到了恐惧，于是加强了防护措施。马来西亚的警方加强对外国使馆和西方游客经常出现的场所的安全保护，为了避免恐怖分子的袭击，马来西亚警方还与新加坡、印尼以及菲律宾警方合作，互相交换可疑恐怖分子的活动情报。但是，马来西亚总理马哈蒂认为，一天不停止仇恨，恐怖事件就一天不会终止，巴厘岛惨案就会连续不断的出现在世界各国，马来西亚同样有危险。
与马来西亚有着同样担心的还有泰国，因为泰国也是以旅游业为主的国家，它一年的游客超过500万。但是比起马来西亚，泰国相对来说比较安全，因为泰国是个具有两千多年佛教历史的古国，其中有90%的居民信奉佛教，一向有着"黄袍佛国"的美誉，所以与其他国家发生冲突的几率很小，与恐怖组织也没有任何关系，这样泰国的安全系数要相对较高。但是尽管如此，泰国警方也加强了普吉岛还有一些娱乐场所的安全监察，以防万一。
除了马来西亚与泰国，受其牵连的还有新加坡。对于新加坡来说，虽然受到恐怖袭击的概率不大，但是周围国家经济的一举一动新加坡都会受到影响。"9·11"事件后新加坡就已经采取了一系列的措施来保证安全，还拟定了应付恐怖袭击的紧急应变计划。安全受到保障，但是经济却受到损失，金融危机以后，来新加坡旅游的人已经有所下降，如今印尼恐怖事件的发生又将使新加坡的旅游业受到冲击，从而使整个收入下降20个百分点。
如此看来，似乎恐怖组织的目标有向东南亚转移的趋势。据情报机构所说，恐怖分子正在建立一个以印尼为中心的恐怖基地，他们将先后建立一个恐怖组织－穆斯林祈祷团和攻击基督教社群的团队，这个组织领导包括泰国南部、新加坡、马来西亚、印尼、菲律宾南部和文莱的广泛地区，印尼的这些动态恰恰迎合了巴基斯坦的恐怖组织和反基督教情况，以及印度的恐怖组织和反印度教的情况。
巴基斯坦的恐怖组织是本·拉登反美、反以的国际恐怖组织的一部分，包括哈尔卡特穆斯林游击队、哈尔卡特伊斯兰圣战组织、杰伊什穆罕默德和拉什卡民兵组织。这些组织在南亚的势力相对较弱，因此他们的注意力也较多的放在了南亚恐怖组织的建立与巩固。
