于是有人认为，巴厘岛爆炸案的发生并不是恐怖分子无由来的示威，而是因为巴厘岛大多数人是印度教，而且印尼总统梅加瓦蒂的母亲是巴厘岛穆斯林。尽管有这样的猜测但是却没有相关可靠的证据来说明，巴厘岛的爆炸事件与这两者有关。然而，印尼情报及安全机构的解释是由于当局者的疏忽给了恐怖组织可乘之机，才导致了巴厘岛惨案的发生。
可是，综观国际恐怖组织阵线，不难发现其中也有不少的美籍穆斯林(多为非裔美国人)西欧人、泰国人、马来西亚人、新加坡人和印尼人。但是事实上，他们的加入并不是因为由狂热情绪的支配，而是被哈尔卡特穆斯林游击队、哈尔卡特伊斯兰圣战组织和拉什卡民兵组织假扮扎玛特运动(巴基斯坦所有圣战组织之母)的传教士招募来的。一定程度上，他们是受到了蒙蔽。不仅如此，马来西亚、印尼和泰国的哈尔卡特穆斯林游击队、哈尔卡特伊斯兰圣战组织和拉什卡民兵组织还雇用了一批外国学生参加圣战，当然他们在执行任务之前也要经过思想上的洗礼。
由此可见，巴厘岛的爆炸事件就有史可寻了。伊斯兰堡的一份报纸在2002年3月15日报道，亲美的阿富汗军队在沙希科特地区同恐怖分子交火后，发现一具携有印尼身份证的尸体。不仅如此，在阿富汗反美的战争中，也有印尼籍恐怖分子参与，他们在旁遮普省穆里德克地区的拉什卡民兵组织训练营受训，在战争爆发后被送往阿富汗。
恐怖组织都会在适当的地区建立一些组织来训练新人，譬如卡拉奇的杰伊什总部就训练来自马来西亚和新加坡的恐怖分子，拉什卡民兵组织(在拉合尔附近)的穆里德克营地则接收来自印尼的恐怖分子，那些来自菲律宾、缅甸、东突、俄罗斯车臣和中亚国家的参与者则由哈尔卡尔穆斯林游击队来负责，而孟加拉国的恐怖分子由哈尔卡特圣战组织专门负责。
恐怖组织的散布面积之大，也为恐怖组织的头目提供了有利的逃跑条件，2002年7月，在卡拉奇等地就有这样的传言，说本·拉登的副手扎瓦里以及一些阿尔盖达成员，在哈尔卡恐怖组织的帮助下逃亡到孟加拉国。
这些传言都还未经证实，一位阿尔盖达亚洲地区的恐怖组织的头目，36岁的印尼人伊萨穆丁出现在孟加拉国。这位恐怖组织的头头被美国和4个东南亚国家所通缉。
如此的巧合，使印尼的恐怖势力逐渐浮出水面。接下来的巴厘岛恐怖袭击案件正是国际恐怖组织对美国攻伊计划的果断的回应。这表明，国际恐怖组织的成员在世界各地尤其是东南亚展开的一系列的恐怖袭击都是针对西方公民和西方利益的，都是美国攻伊计划的警告。
不难看出，国际恐怖组织通过巴厘岛爆炸向世界宣布，恐怖活动的重心已经转移到东南亚。从此，东南亚就将成为西方反恐的重点地区。东南亚的反恐斗争已不可避免，并且不会一帆风顺，它将面临更多的考验与磨难。
印尼的宗教和社会条件与恐怖组织的发展非常吻合，恐怖组织所尊崇的信仰在印尼占有了主体地位，而印尼政府的作用屈居其下，这样的条件无疑使世界各国感到担心，担心印尼会成为下一个被恐怖主义控制的国家。
据印尼有关部门所言，"基地"组织的重要官员阿札瓦黑利和阿蒂夫曾经赴印尼考察，当地穆斯林对他们的支持让他们万分激动，这就更坚定了他们在印尼生根的决心。再加上印尼独特的地理环境，恐怖分子会如鱼得水。
在印尼，由于岛屿繁多，印尼中央政府对爪哇岛以外的地区控制力一直薄弱，这就导致了一些岛屿的离心倾向比较严重。可想而知，如果国际恐怖主义利用这一点大做文章的话，那么印尼的问题将会上升到另一个层面。
巴厘岛的爆炸就已经显示出了印尼在东南亚反恐的薄弱，而其弱势的政府力量对此有些有心无力，它既要承担国际社会要求其加大反恐力度的压力，又要面对国内的宗教势力。在这样双重压力下，印尼政府陷入了无比艰难的处境。
