尽管如此，巴希尔始终不承认自己带领着恐怖组织，更加不承认有这样的组织。对于指控他与本·拉登的关系，巴希尔则宣称，他对本·拉登的认识同其他普通人一样，只是听过他的宣传和故事，这所有的一切如果算做罪证，那么所有知道本·拉登的人都应该有嫌疑。
但是美国、澳大利亚等国却不是能被这三言两语就蒙骗的，他们的手中有诸多关于巴希尔及其宗教组织从事恐怖活动的证据。2000年11月，一名马来西亚公众人物被暗杀，以色列驻新加坡大使馆爆炸案，菲律宾驻印尼大使馆爆炸案，2000年12月的马尼拉火车爆炸案，这一桩桩的血案都与巴希尔有着莫大的牵连。
据美国的媒体称，在"9·11"之后，巴希尔的宗教组织一直在伺机发动恐怖活动，美国的特工和新加坡警方相继破获了巴希尔宗教组织在新加坡的一次恐怖活动，并且在突击活动中逮捕了数十名其宗教组织的成员，其中有些人供认了两次策划暗杀印尼总统梅加瓦蒂，但是未能得手。
在巴厘岛爆炸案件发生后，一些国家对印尼政府处理巴希尔的方式很是不满，特别是澳大利亚，对巴希尔仍然在印尼自由活动表示了极大的愤懑。
可是对于印尼总统梅加瓦蒂来说，国内的宗教问题一直是最难处理的事情。在印尼2.2亿的人口中有85%的人是穆斯林，宗教组织和社团遍布全国，影响极其广泛。在过去的几年中，印尼的政局一直受到宗教的影响而动荡不安。在梅加瓦蒂执政之后，一直致力于政治和宗教之间矛盾的调和，这样，印尼的社会秩序才趋于安定。在"9·11"后，印尼政府一边坚持反恐，一边为宗教提供相对较为宽松的环境，在印尼温和的控制下，印尼政府和人民都愿意相信，恐怖袭击在自己国家发生的概率是很小的。
但是，事与愿违，巴厘岛的爆炸使印尼所有人的愿望毁之一旦。这也激起了印尼人民的愤怒，他们要求政府及早破案并对凶手加以严惩。可是，案件一旦和恐怖主义挂钩，就会有很多利益团体站出来反对，他们说印尼政府的做法是完全受到西方国家的左右。
面对国内宗教的压力，印尼政府只能从中调解。虽然在印尼有一些温和派支持政府的反恐，但是他们反对将反恐与政治联系起来，因为他们认为，一些国家在以反恐之名向东南亚谋取利益。
有一种观点认为，梅加瓦蒂带领的政府为了维护宗教和政治之间的关系，还会延续宽松的政策，可是一味的宽松会让外界出现对印尼不利的舆论，所以印尼不得不采取一些强硬的手段，那么就要从巴希尔下手。不过，逮捕巴希尔的举动会招致国内不满情绪的加深，一些宗教组织将被迫走向极端，而印尼的温和做法也不会被外界舆论认可，这样印尼政府的压力将会更大，内外的矛盾势必激化，而印尼面对的挑战将空前强大。
四、为什么又是巴厘岛
2005年10月1日，美丽的巴厘岛再次遭遇了噩运，正当人逐渐忘却了三年前的不幸遭遇，重新沉浸在巴厘岛舒适宜人的环境中时，接连两声巨响又一次将人们的美梦彻底炸毁。
印尼三次爆炸事件对比
2005巴厘岛连环爆炸
2003雅加达酒店爆炸
2002巴厘岛连环爆炸
爆炸时间
2005年10月1日
2003年8月5日
2002年10月12日
爆炸地点
金巴兰海滩的四季饭店附近、库塔广场的太阳购物中心和1家酒吧、努沙杜阿海滩地区
印尼首都雅加达的万豪大酒店外 距离我国使馆仅百米左右
库塔海岸的一个餐馆中、巴厘首府登巴萨
爆炸方式
由炸弹引起
用手机引爆炸弹
汽车炸弹
伤亡人数
25人死亡127人受伤 尚无中国人伤亡
13人死亡149受伤
死亡人数为189人
制造者
目前疑为"伊斯兰祈祷团"
基地组织宣称对负责
伊斯兰祈祷团
当天傍晚时分，人们在海滩边摆起桌椅，世界各地的游客们开始享受独具风味的海鲜烧烤，同时小乐队弹奏着乐曲，人们在夕阳下谈笑私语，享受美景和美味，这时海滩的纽曼餐厅和曼内格餐厅突然发生爆炸。炸弹袭击的噩梦再次降临到这个"人间天堂"上。爆炸声响之后，桌椅的碎片和残肢断臂到处都是，通信和电力系统瞬间中断，原本陶醉在快乐之中的人们四散而逃。10多分钟之后，距此5公里之外的库塔广场上一家名为拉贾的餐厅发生第三起爆炸，这次系列爆炸案共计造成 20多人死亡，100余人受伤。
