1946年12月，国防部和内政部中的共产党领导人在既未通知总理又不同他商量的情况下开始了大规模的逮捕。当公众渐渐了解到有许多军官和政界人物在遭受秘密审讯时，纳吉试图弄清楚究竟是怎么一回事，但没有成功，而且由于受到俄国人的压力，他似乎已同意了不让小农党人参与共产党人正在进行的审查。秘密审讯了几天之后，内政部长劳伊克发表一项公报，宣布发现了一起大规模的阴谋案，这一阴谋是由一个战前就存在的名叫“马扎尔公团”的民族主义组织搞的。据称，一个七人委员会(委员大多是军官或政府官员)准备在和约签订时或者俄军撤离后发动政变。阴谋的军事领袖是韦赖斯·拉约斯将军，文职领袖中包括以前小农党的一个执行秘书鲍休特·阿拉尼。阴谋的政治目的据说是重建1944年3月德军占领前那样的霍尔蒂政权。直到这时，纳吉一直耐心地要消除同共产党人的分歧。但是，随着秘密审讯在1月间继续进行，愈来愈多的小农党领袖被逐渐牵涉进去，其中有些是纳吉的亲密同事。共产党试图进一步分裂小农党，削弱小农党在议会中的多数，这就使纳吉重又担任起调解人的角色来。在一次记者访问中，他承认有反国家的阴谋存在着，并表示小农党要清洗自己的党员队伍。可是，到了1月底，大多数小农党人已认识到了共产党的意图，开始显示了反抗的迹象。当纳吉的密友和同事科瓦奇·拜洛也被控同阴谋案有牵连时，小农党中的农民党员群起为他辩护，并且公开抗议所谓他有严重嫌疑的说法。拉科西和共产党-社会党集团的其他领导人要求中止科瓦奇的议会豁免权，但是，虽然他被迫辞去了党内的职务，并放弃了他同党报的关系，他还是保住了他不受逮捕的豁免权。2月初，小农党的一个农民党员在议会中提出一项动议，建议指定一个二十五人的委员会对科瓦奇所受的控告进行调查。议会不顾左翼集团的反对，通过了这一动议，左翼集团不承认同这个动议有任何关系，并扬言如果提案付之实施，他们就要退出政府。纳吉和蒂尔迪的主要目的仍是要保持各党间的和平，因此纳吉安排了一个妥协的解决办法，根据这一妥协办法，小农党人收回这一动议，作为交换，共产党-社会党集团的领袖们则同意停止攻击小农党。尽管共产党人施加了强大的压力，科瓦奇还是没有放弃豁免权，这是应该归功于纳吉的；但是这位总理的义气救不了他的同僚。科瓦奇终于同意连续三天到案接受警方的审讯，条件是晚上应该允许他回家，以及不能把他视为被告之一。这时，或许是俄国人失去了耐心，或许是象他们后来所说的那样，他们发现了科瓦奇同反红军的间谍活动有牵连，1947年2月26日，即阴谋案开始正式审判的前一天，在科瓦奇第二天到案接受讯问时，俄国人突然逮捕了他，并且带着他到他家里进行搜查之后，就神秘地把他抓走了。
共产党人这次揭露出一个民族主义秘密组织，使他们有了一个所需要的机会，以打击仅存的一个重要政治对手。俄国人逮捕了科瓦奇，是共产党为消除一切重大反对势力而进行的斗争的一个重要步骤，这一斗争不久就把纳吉本人也卷了进去，并迫使他流亡国外。
