１９４１年，轴心国征服了南斯拉夫，使保加利亚人进入了瓦达成塞尔维亚马其顿，这就为整个马其顿问题揭开了一个新阶段。因为除了已为意大利军队占领的希腊西部的马其顿外，整个马其顿此时都落在保加利亚人手中，就象过去根据１８７８年的圣斯特法诺条约所规定过的那样。虽然德国人否决了保加利亚人的正式兼并行动，但是保加利亚人却把瓦达马其顿看作是解放了的保加利亚领土。他们在斯科普里办起了保加利亚小学，开设了一所民族剧院、一个图书馆和一个博物馆，并在１９４３年１２月创办了“博里斯国王大学”。瓦达马其顿人看到南斯拉夫王朝这般结局，真是太高兴了，但是不久，他们又对保加利亚王朝同样感到愤满。
南斯拉夫共产党和保加利亚共产党都暴露出一种同各个政府官员所流露出来的相仿的沙文主义。两党都向马其顿人保证说，它们的目的在于建立一个自由而统一的马其顿，一面却尽力想实现南斯拉夫或保加利亚对整个马其顿，包括形式上处于希腊北部的那一部分在内的领土要求。事实上，这两个兄弟党就谁应控制塞尔维亚南部的党组织这一问题展开了剧烈的竞争。１９４１年８月， 共产国际作出了支持铁托的党的决议，理由似乎是，保加利亚同志们对俄德战争的态度过于消极了。南斯拉夫共产党的代表是由一个名叫科利舍夫斯基的南斯拉夫马其顿青年人率领的；他们着手在普里累普和库马诺伏组织了一些游击支队，可是１９４１年１０月１１日，他们就在那里被敌人消灭了。不久以后，这个科利舍夫斯基也落到保加利亚警察的手中。铁托在１９４２年秋天到达比哈奇以前简直没有时间来挽回马其顿的局势。比哈奇代表大会的纲领的第六点中有关马其顿的部分，上文已经提到过了。同年１１月初，铁托派了他最信任的密使之一，通称膝波的门的内哥罗人斯韦托扎尔，武克马诺维奇，经由萨格勒布和贝尔格莱德前往马其顿。等滕波到达斯科普里（他早先曾在那里工作过的一个城市）时，已经是１９４３年２月下旬６７３了。他显然成功地为铁托的纲领和把马其顿包括在南斯拉夫联邦里争取到很大的支持。人们曾经简明地指出过，这个计划是含糊不清的。它可能就指瓦达马其顿，认为它象以往那样是南斯拉夫的一部分，也可能意味着要把较大部分的马其顿地区并入南斯拉夫的疆界，又可能意味着大马其顿并入那个包括保加利亚在内的南方斯拉夫联邦。克罗地亚的政治领袖如斯特耶潘?拉迪奇，就经常坚持认为，保加利亚人象塞尔维亚人一样，也是南方的斯拉夫人，因此联邦制的南斯拉夫——实际上就是南方的斯拉夫——也要把保加利亚人包括在内。很可能克罗地亚人铁托就是在效法拉迪奇。
１９４３年１０月初，一个新组成的亲铁托的“马其顿民族解放军和游击支队参谋部”在特什尔韦瑙沃达开会，发表了一个宣言，明确表示该参谋部愿意为之战斗的南斯拉夫境内的马其顿将是一个统一的大马其顿。但是在各有关方面中，保加利亚人对这种希望显然抱着敌视的态度。一个自称为民族解放行动委员会的斯科普里团体提出了抗议。在亚伊采，人们都已知道，马其顿曾经象过去在比哈奇那样被提到，但并无任何迹象表示它将扩大到把皮临和希腊马其顿（它包括萨洛尼卡在内）也包括进去。而且，在亚伊采，马其顿出席的代表非常之少，同时并没有民族解放委员会的马其顿委员参加。下一个月，即１９４３年１２月，保加利亚祖国阵线宣称，唯一的解决办法应是成立“一个完整、自由和独立的马其顿。
在滕波进行访问时，曾作出这样的决定，即从控制得并不十分严密的意大利一阿尔巴尼亚占领区采取行动，同时滕波本人则同阿尔巴尼亚和希腊共产党的领导人建立了联系。随着意大利的垮台，游击队在马其顿西部获得了武器和土地。将近那年年底，保加利亚开小差的士兵开始投奔他们来了；事实上，赫里斯特?鲍特夫营和其他一些保加利亚游击队最初就是在马其顿地区建立起来的。１９４４年游击队取得越来越大的成功以后，马其顿民族解放委员会在８月２日召开了反法西斯大会，并宣告在南斯拉夫联邦内成立马其顿人民共和国。８月２日这一天是１９０３年马其顿人起义反对土耳其统治的纪念日。到了９月９日祖国阵线在索非亚夺取政权时，６７４先前一直同皮临马其顿的各支游击队合作的南斯拉夫马其顿游击队指望从保加利亚手里取得皮临马其顿，并把它并进他们自己的马其顿人民共和国。可是，铁托这时却同意延缓就这个重要问题作出任何决定，并接受了保加利亚的诺言，实行广泛的自治，以便在一个较晚的日期再使马其顿实现统一。
