韦昌辉带进城的部队只有三千人，而城中忠于杨秀清的部队却有数万之多，这些士兵在天京城闹起兵变来，如果处置不得当，恐怕连天王都要被推翻。斩杀东王余党成了洪秀全、韦昌辉等人最重要的任务。秦日纲赶到天京后，和洪秀全、韦昌辉设计了一个毒计：
洪秀全先发布一个布告，痛斥韦昌辉对东王府的杀戮，宣布韦昌辉和秦日纲为叛逆，把韦昌辉和秦日纲锁上铁链，跪在天王府门前，挂了一副两米多长的判决，用金粉和朱砂刷上判决书，宣布两人将被杖责五百后处死。东王的余党都被邀请来参观行刑的场面，他们都被骗先解除兵器，坐到天王府内高墙下的院子里，等东王余党都到齐了后，大小院门一起关闭，韦昌辉等人开始实施对杨党的大屠杀。当时的爱尔兰传教士对此有详细记载：
“次日黎明时分，关押东王余党的大厅门窗打开了，一些炸药包扔向被关押的人群，而出口则被严密地把守着。士兵们没遇到什么反抗就冲进了其中的一座大厅，将被押者统统杀死。但在另一座大厅里，被押者用厅墙和隔墙上的砖块拼死抵抗了六个多小时才被消灭。屠杀者除了用枪扫射外，还向被押者发射了一枚两磅重的葡萄弹，这些可怜的人们脱光了上身的衣服，许多人都力竭而死。最后，第五位和第七位人物（韦昌辉和秦日纲）为了让他们的人与第二号人物（东王）的人区别开来，命他们的部众挽起右袖，然后冲进去杀光了还活着的人——过了一会我们走进大厅，天啊！真是惨不忍睹，有些地方尸体堆了五六层，有的人自己吊死，还有的人被扔进来的炸药包炸焦了——尸体从这里搬到了一块空地上，也没有遮盖——这之后，全城每户户主都得报告他的屋里住着多少男人、女人和小孩，每个人都发给了一个小牌（刻有印记）戴在胸前，如果他们发现第二号人物的人就抓起来——几个星期里这些人被五人一队，十人一队，百人一队，千人一队地押到刑场砍头，妇孺也不能幸免。所有吃过第二号人物饭水的人都遭了殃。”这场屠杀又持续了三个月，有二万多名东王旧部被杀。
杨秀清被杀后，韦昌辉气焰大张，有取杨而代的意思，韦昌辉欲邀石达开为副手，先请他到北王府用饭。韦昌辉以肉羹招待石达开，石达开觉得味道不对，问韦昌辉是什么肉，韦昌辉回答：“此羊羹也，畜养数十年，肥甚矣，其味如何？”石达开知道这是杨秀清的肉，恨韦昌辉残忍，出言痛斥，韦昌辉以石达开有异志，欲杀之，石达开连夜出城逃跑，秦日纲率军追赶不及，与韦昌辉灭了石达开满门。
石达开在西征战场大获全胜，隐隐然已是新一代的军神，十万余将士听从石达开指挥，从前线撤回，自安庆渡江，欲回天京杀韦昌辉“清君侧”。十万大军打来，天京城无兵将可以抵挡，老奸巨滑的洪秀全弃卒保车，擒拿韦昌辉，以告慰石达开。
韦昌辉被“五马分尸”， 洪秀全分割其肉为每块两寸，挂在天京城内各栅示众，上标：“北奸肉，只准看，不准取”，以平息石达开和天京城众人的怒火。石达开并不满足，以兵逼洪秀全杀秦日纲，洪秀全无奈，只得派人逮捕燕王秦日纲，斩首示众，把韦、秦二人首级装匣，派人送至率大军自泾县到宁国的石达开军中，并以石达开主政，一场暴乱就此平息。
天京变乱，是诸王争夺权力的产物，也是人性丑恶一面酿造的悲剧。韦昌辉杀杨后被杀，算是个被利用的可怜虫，东王杨秀清仗势凌人，最终群起而攻之，最后竟被煮了吃掉，一代英雄如此下场，令人叹息。
天京变乱中，东王及部下数万人被杀，这些都是久经战争，谋略丰富的太平军老兵和东王府的政治军事参谋，是太平天国事业的精华，他们被杀，太平天国在指挥上出现了一个断层，在士兵的训练上也出现了断层，军事力量大幅度下降。
从战略上讲，太平军先已破“江南大营”，牢牢掌握战场主动权，大可顺势取苏杭等天下财赋之地，百倍扩充财力，老对手湘军在西征战场上连遭打击，万余人被分割包围在武昌和南昌两个地方，尤其曾国藩在江西，遭到石达开七八万人的威胁，几乎是没有任何抵抗力，此时正是歼灭湘军的好机会。因为天京变乱，部队回撤，湘军逃出生天，更扩大了规模。天京变乱自相残杀的几个月中，天京几乎是不设防的城市。因为向荣其时不在军中，清军没能进攻，却也重建了江南大营，再度围困天京，使得之前破江南大营的战果化为乌有。同时，湘军胡林翼也乘机攻下武汉，湘军得到湖北基地，战略力量增强，影响深远。
天京变乱，北王杀东王，天王杀北王，太平天国的信仰彻底破灭。宗教上的信仰破灭，立国根本动摇，人才凋敝，太平天国事业摇摇欲坠。石达开在天京主持军务，他的特长是在前线打仗，战略部署和政治管理并非他所长，根本无力接替杨秀清留下的摊子。不久，太平军在各个战场上节节败退，这幅烂摊子几乎无可收拾，加上洪秀全信任奸人，石达开干脆一走了之，扯旗自立，太平天国势若狂飙的发展，就此终结，全面转入战略防御。
卷九 天下名将
