林启荣孤军困守九江的同时，李秀成也被清军困在桐城。
除了重镇安庆外，皖北大部太平军被石达开抽调参与天京内讧，清军看准机会，猛烈下手，攻克庐州、舒城、三河、庐江、无为、和州、巢县，肥水流域东西两路太平军被剿杀殆尽，只有潜山、安庆有太平军大部队，本来为安庆犄角的桐城，只有残兵三千，营垒两座留给了可怜的李秀成。
秦定三从广西起就参与镇压太平军，经验丰富，此时正统带八千名士兵包围李秀成。当地豪强袁得胜，因为父母在庐州被太平军刑杀，招募乡民三千协同清军作战，在破庐州的战斗中立功颇巨，清廷封赏甚厚。袁得胜善用兵，有勇力，是秦定三最大的助力，但袁得胜在庐州立功后，骄横不可一世，其乡劣绅十分忌恨，于是在秦定三面前聒噪袁得胜的丑事。李秀成得知后，派出细作四下散布谣言，以谤相助，秦定三果然逼迫袁得胜自尽，袁部精兵三千，一时散去，桐城压力减轻不少。
安庆方面派出数万援军助李秀成突围，六安一个由读书人组建的交流八股文心得的小团体发动起来，招募乡勇二千人，在十里铺地界阻挡住安庆援军。秦定三因此得以击破李秀成出城的大军，桐城仅存的营垒被毁，李秀成的辎重粮草也尽数被缴获，桐城形势十分不妙。李秀成为了挽回败局，再次出战秦定三，大败，将领被俘多人。
其时捻军在皖北势力十分强盛，部下号称百万，但军纪甚差，扰民甚重，又无大理想，李秀成初时并不愿意结交。李秀成此时穷蹙已机，唯一可以联合的盟军，只能是捻子。李秀成是个大政治家，笼络人心十分有办法，江湖声誉很好。李秀成先前曾招抚被清军追杀得上天无路，下地无门的捻首李昭寿，李昭寿和皖北捻军首领都有不错的交情，李秀成派李昭寿为特使招抚皖北捻军张洛行、龚瞎子等。“那时李招寿在我营中共事，李寿与张乐行、龚德树有交，特通文报与张乐行来投”。李秀成虽然职位低，但名望很高，洪秀全乃至石达开不能收降的人，往往对李秀成钦慕有加。捻军很快接受了太平天国的封号，正式与李秀成合作，部队并入太平军。但是为了争取捻军的支持，李秀成也做出了重大让步，允许捻军保留原有的监制和独立的指挥系统，也不强迫捻军该信拜上帝教。捻军多数土匪出身，危害地方十分严重，加上没有政治信仰，军纪差，捻军的加入彻底拖垮并败坏了李秀成系统的战斗力，忠王被俘后表示对招抚捻军懊悔不已。
虽然李秀成事后后悔，但这时数十万捻军的加入，对穷途末路的李秀成无疑是久旱甘霖。捻军合安庆援军，几近三十万，“号称三十万，自黄泥冈至吕亭驿，三面尽垒土垣，粮道不通，局人星散”。人多力量大，清军与太平军一交手，江忠源族弟，年仅二十四岁的湘军猛将江忠信就被击毙。捻军轮番上阵，持续攻击秦定三营垒达十一昼夜之久，秦定三拼尽浑身解数，依然接连败退。李秀成正待压上全部军队，彻底解决秦定三，郑魁士率领数千清兵前来增援。捻军这样有组织无纪律的队伍（捻军后来才整顿成一只劲旅，此时尚是乌合），有弱敌可打，一拥而上，声势浩大，一旦遭敌突袭，则心惊胆寒，四下奔逃。郑魁士旗鼓大张，杀声震天，数十万捻军撤围逃走，秦定三绝处逢生。
郑、秦合兵，有众一万五千人，战斗力颇为不弱，其中还有原来罗泽南和江忠源带出来的老部队。李秀成用兵方略绝不低过秦定三，只苦于“强将手下尽弱兵”，二十万大军反被秦定三所制。太平军老部队和新部队配合很差，和捻军则是完全无法配合，分散在桐城、练塘的大军无法协同作战，被秦定三和郑魁士各个击破，桐城再度陷入危机。
关键时候，在清军背后猛插一刀的，总是清军。战事稍微有点进展，秦定三和郑魁士就开始相互倾轧起来。先前挑拨秦定三杀袁得胜的绅士们也没闲着，上窜下跳、煽风点火十分热闹。清军粮饷不济，秦定三和郑魁士在当地征收保护费，不少地主投靠秦定三，西南一带却是郑魁士罩的地盘，双方争斗不休，“秦帅老固贪财，郑帅亦刚愎轻听，文汉光独树一帜，忌才如仇，” 于是福济出来当和事佬，替双方谈判，“分局筹饷，西南归郑，城东北归秦”。朝廷大员，搞得像黑社会一样划分地盘收保护费，在天下人面前丢尽了脸。
秦定三、郑魁士忙着带小弟找场子，李秀成的求援信如雪花一般飘舞，于是“惊恼出一位好汉”——陈玉成决定率军来援。
李秀成、陈玉成是广西藤县老乡，有资料说二人是总角之交，自小亲善，在太平军中意气相投，多次并肩抗击强敌，陈玉成接到李秀成求救信，立撤宁国之围，率大军八万，乘三千艘战船、二百艘炮船来援。李秀成知陈玉成来援，大喜过望，率劲卒突围到枞阳会见陈玉成。双龙相会，自然机变百出，二人商议后决定，李秀成正面迎抗桐城清军，陈玉成率军东进，先断清军粮道，再攻克附近州县，孤立桐城清军，最后折而向西，迂回包抄桐城清军后背，前后夹击以图歼灭清军。
单从战术上看，正面吸引敌人主力，生力军包抄迂回，打一场大纵深的歼灭战，是兵法上的杰作。但笔者认为，桐城清军不过万余人，李秀成、陈玉成的战术，未免小题大做。陈玉成的部队战斗力远非捻军可比，装备又十分精良，万余清军，大可正面突击一举歼灭，打一场大迂回歼灭战，浪费了时间，以至于无法快速挺进江西、湖北，使得林启荣孤立无援，属于弄巧过甚。
桐城、六安等地大饥，饥民百万流离失所，陈玉成大量吸收饥民从军，部队更见雄大。陈玉成轻取无为，围和事佬福济于庐州。不但平民乏粮，皖北清军也无粮草可支，秦定三部下每日以粥度日，壮勇等杂牌军更是数日一食，本来对清廷就缺乏忠诚度的壮勇干脆倒戈一击，杀秦定三部下向太平军邀功投降。陈玉成用兵神鬼莫测，在他手下，临时收编的饥民发挥出了相当的战斗力。陈玉成风驰电掣，胆雄万夫，大军一鼓顺下，从仓头、黄雒河、东关一路扫荡，取巢县、破庐江。陈玉成进取庐江时，清军策划从背后组织力量，占领陈玉成的后方基地枞阳。陈玉成打仗勇猛，但是不如李秀成有政治手腕，没有处理好和枞阳本地士绅的关系。枞阳豪强刘怀义与朋友张开兰等人纠集亲友，暗地里四处破坏枞阳防御，并派人与秦定三联络，预谋里应外合，彻底颠覆陈玉成在枞阳的势力。陈玉成留守的部将发现了刘怀义的阴谋，将刘怀义捕杀，同时四下搜捕刘党残余。枞阳正忙着镇压内患，秦定三的军队杀到。陈玉成的部队都是临时招募的，且战斗经验丰富的“兵胆”已经被带到了庐江，秦定三只用了三千人就破了枞阳。不过，秦定三还没来得及巩固地盘，太平军回师一击，秦定三可怜的部队被轻易吃掉，枞阳再度易手。
陈玉成占领庐江，，上界河，攻大关，包过桐城之后，截断清军粮道。秦定三、郑魁士自知不敌，计划撤退到庐州与福济会合。清朝军法甚严，失地是杀头大罪，秦定三和郑魁士两个忙于火拼的大哥赶紧停止内斗，开会商议，为逃跑寻找说法。秦、郑二人部下的师爷和刀笔吏商议多时，最后通过福济上奏朝廷，说秦定三撤围“追击”敌人到庐州前线，去堵住李秀成北窜之路，郑魁士折回到庐州和庐江的交通要道上，以杜绝李秀成逃到庐州。咸丰皇帝也不是傻瓜，敌人明明在重重包围里面，现在包围的部队要撤退到别的城市去防止敌人逃窜，真是滑天下之大稽。
咸丰严旨驳回奏折后，秦定三、郑魁士硬着头皮留在桐城。两军粮草缺乏，内外交困，一车粮草，往往要出动数百兵押运，以防止敌军、友军和饥民的抢掠。时机成熟，李秀成率队出城袭击清军，陈玉成救兵从清军后路包抄过来，两面合攻，清军节节败退，安庆太平军再横插一刀，清军彻底崩溃。战斗意志一崩溃，饥饿的士兵纷纷投靠太平军，“饥勇多从贼入城”，李秀成收得正规军逾万人，部队战斗力迅速提高，成为陈玉成之外的又一支劲旅。秦定三等人丢弃所有的步兵，率马队烧营逃跑，陈玉成没有料到秦定三逃跑如此神速，一时追赶不及，秦、郑逃得性命。
桐城大捷，太平军取得自天京变乱以来最辉煌的胜利，开始夺回在局部战场的主动权。李秀成、陈玉成两位青年将领，在战斗中充分显示了他们卓绝的军事才华。历史表明，太平天国虽然遭到大动荡，大打击，但是内部仍然有一定的凝聚力，部队中依然有独挡一面的大将，并不是石达开一出走就举国无人。陈玉成、李秀成的胜利也证明，太平天国的事业，仍然有上升的空间，并不如石达开所预料那样，已经是一盘死棋。
桐城大捷，洪秀全大喜过望，封陈玉成为成天豫，封李秀成为合天侯，正式确立二人在军中的统帅地位。
桐城大捷，陈玉成欲趁势攻取寿州，席卷淮北。淮北守将金光筋，率领数千人死守寿州，寿州清军虽然远少于桐城，但指挥统一，粮饷充足，尤其配备了犀利的火器，战斗十分顽强。陈玉成军在桐城分兵，军力较桐城大捷时单薄了许多，一时与寿州清军相持不下。陈玉成气急败坏，日夜督部下强攻寿州，这已经不是杨秀清时代那支百战精兵了，数万人日夜围攻，非但没有在寿州打出任何一个缺口，反而损失惨重，陈玉成只得撤围返回。
寿州的战斗，让陈玉成认清了一个事情，就是自己的部下精锐程度不但比不上太平天国的老部队和湘军这样的虎狼之师，甚至比不过受过基本训练的清朝正规军。战事紧迫，士官缺乏，陈玉成暂时无法整顿出一支强兵，只能靠数量弥补质量的不足。自从后，陈玉成为了最大限度地发挥人海战术的优势，在战斗中尽量避免与敌人的精锐之师在坚城之下久耗，往往采取机动迂回的战术，诱出敌人主力在平地列阵，集中大部队一口气解决战斗。这也是陈玉成相当显著的战术特点。
九江是太平军与清军争夺的重要战场，“吴楚之腰膂”，是清军从上游溯江而下的桥头堡。陈玉成看出九江的重要意义，于是迅速调整部署，收拾部队增援九江。太平军的解围战术，从杨秀清时代起就一直没有太大的改变，无非就是攻其必救，围魏救赵。陈玉成援军不趋九江，反而突入湖北，攻打湘军后方。陈玉成有三个意图，一，攻击湘军后方，使湘军腹背受敌；二，迫使李续宾撤九江之围，增援湖北；三，在湖北建立新的据点，重新控制长江上游，把湘军驱赶回湘。
陈玉成确定了入鄂的战略后，从寿州撤退，进驻桐城，与劲敌李孟群相遇。陈军号称十万，实数不下六万，李军不过数千，面对如此浩大的敌军，骄狂如李孟群，只得对着长江，“徒呼负负而已”。
陈玉成驻扎桐城，四处招募饥民从军，控制附近州县，威慑九江城下湘军围城之师，并阻截湖北援皖清军。各路清军乱做一团，战区最高统帅，作秀天才都兴阿眼看着湘军将士各自为战，呼告无门，并不居中协调、增援。都大帅白天宴饮从容，到了夜里就靠近战场继续表演“似此星辰非昨夜，为谁风露立中宵”。
胡林翼从湖北派出传令兵，狂奔至九江前线，调动多隆阿部进攻陈玉成。先前陈玉成在桐城招募的饥民中，混有不少李续宾部下细作，陈军的部署湘军一清二楚，多隆阿与鲍超因此得“知”敌先机，在桐城附近多次击败陈玉成大军。太平军受到多、鲍二人压迫，从桐城转进黄梅，不料此时，一直无所事事的都兴阿突然来了精神，率队翻山越岭，“不舍昼夜”，绕到太平军前头设下埋伏。陈军视都大帅如废物，轻松击溃埋伏后继续前进，谁知都大帅的埋伏居然有四重之多，陈玉成连遭袭扰，心惊胆战，不敢冒险夜行，下令军队停止前进，在山谷中一平地扎营休息，待天明起行。都兴阿的战术成功牵制了陈玉成大军，为多隆阿的追兵赢得了两个时辰的行军时间。多隆阿的劲骑在黎明时分赶到，咬住了刚动身出发的陈玉成后队，都兴阿则统带一直隐藏在山坳里的生力军杀出，前后夹击，陈军大溃。作秀高手都兴阿打败了名将陈玉成。
多隆阿一鼓作气，连续发动对太平军的进攻，斩获甚众。陈玉成在一连窜的打击之后终于醒过神来，重整队伍，在一次撤退中，突然返身杀回，以回马枪战术击破鲍超的部队，鲍超身中两枪，被太平军打落马下，湘军只得停止了对太平军的进攻，陈玉成率三万人进入湖北黄梅。
陈玉成进入湖北，一改先前的颓唐，各路清军在太平军打击下土崩瓦解。清军和太平军先前已在湖北进行过长时间的拉锯战，湖北在战争的摧残下赤地千里。湖北人久经战争考验，绵羊熬成了猛虎，当兵吃粮，个个争先，陈玉成不费吹灰之力，就招到数万如狼似虎的士兵。陈玉成自黄梅分兵，攻打广济、蕲州、蕲水、罗田等地，斩清将李景湖、张鹏高、胡德礼等。胡林翼和官文在武汉不过数千人，无兵可用，只得眼巴巴地看着太平军斩将拔旗、攻城略地而无所作为。
都兴阿是个“愚人千虑，必有一得”的草头将军。都大帅多数时候都被敌人打得丢盔弃甲、狼奔豕突，关键时候却能出其不意地跳出来捅出致命的一刀。更令人吃惊地是，都大帅一生败仗无数，偶有几次人品爆发，亮出了雪亮的刀子，捅中的都是太平军头号牛人陈玉成。陈玉成大军数万，被都兴阿派出的前锋多隆阿在广济以二千人击退，不得以转攻青石镇。陈军在青石镇大获全胜，乘胜反扑广济，欲擒多隆阿泄愤。太平军复仇在即，都兴阿却率湘军悍将王国才杀到。都、王、多三人奋力拼杀，陈玉成新招的部队不耐久战，阵脚松动，被多隆阿冲破，太平军大败，损失营垒二十一座。所幸都兴阿再次起了“风露立中宵”的雅兴，陈玉成得以整顿部队撤退。
安徽布政使李孟群率队后撤，与陈玉成在罗田狭路相逢。太平军新败，士气低落，军心涣散，不敢恋战，让开大道，四散突围。李孟群部下二千五百人，都是湘军的老队伍，训练有素，更兼李孟群指挥得力，在罗田击破陈玉成的后卫后，穷追不舍，在黄梅追及陈玉成大队，与前来增援的多隆阿协力打破陈军防线。稍后，李孟群、都兴阿、多隆阿及鲍超会师大河铺，又胜一场。太平军败退至十里铺，再撤至望天阪，均被李孟群军驱赶，无法立足，最后只得撤退到青石镇。
陈玉成指挥水平并不逊色于李孟群等人，只是士兵新招，指挥困难，无法贯彻自己的战术思想。湖北清军合李孟群、都兴阿部不过七八千人，陈玉成军在会合皖北捻军后，号称数十万，在数量上有绝对的优势。李孟群、多隆阿对自己的弱点十分清楚，他们知道数千清军在正面决战时无法与声势浩大的太平军对敌，于是采用一种十分狡猾的战术：在太平军阵势未稳时率精兵突袭，集中实力在一瞬间给太平军以强大的压力，迫使太平军新兵惊恐逃窜，然后采取驱赶的战术，使得太平军前队踩后队，自相践踏而抵消太平军人数上的优势，以此获取胜利。
陈玉成分析了数次败仗的教训之后，采用“重”、“迟”、“静”的战术。太平军每到一处，先派出大量斥候侦查，防止清军偷袭，遇到战斗先让老部队环绕在外，新部队在圈内从容列阵，在战斗中尽量避免调动。这貌似愚鲁的战术有效地发挥了太平军在人数上的优势，制止了清军的突袭，找回了战场的主动权。不久，在一次战斗中，陈玉成发挥出兵力优势，部队轮番上阵，把清军拖入长时间的消耗战中，果然大获全胜，击杀猛将王国才。
斩杀王国才后，太平军继续出击李孟群部。时值雨季，气候湿热，道路多被滂沱大雨冲坏，陈玉成再次调整战术，专挑险峻的山岭和水田泥淖为战场。湘军前番屡屡攻击得手，主要依靠多隆阿马队的冲击力和机动力，此时战场改在崇山峻岭、道路纷歧或水田泥淖之处，骑兵无法发挥冲击力，相对太平军来说“重装”的湘军步兵也很难发动冲击，清军的冲击力和勇猛都打了折扣。陈玉成以偏将率大队正面迎战湘军，自己率亲兵“或潜出林莽”，出湘军之后，“或伏匿穷谷”，邀湘军之前，李孟群东走西顾，赶前跋后，疲苦不堪。两个月间，李孟群和多隆阿“日日拔营，日日出队，奔驰暑雨，力倦精疲，马匹日有倒毙”。
“久走黑路必撞鬼”，李孟群在连日的疲惫后，终于在蕲水附近数十里陷入太平军的包围，太平军“群起围抄”，各路援军翻山越岭猛插李孟群后腰，巴扬阿救援李孟群不成，反被歼灭，湘军分散突围，在黄州得胡林翼接应，得脱死地。
胡林翼赴黄州救援，官文在省城有兵仅八百人，湘军陷入空前危机。经过几次大战后，太平军士兵得到锻炼，开始形成战斗力，用胡林翼的说法，太平军招募的饥民“进则可图一饱，退则无所得利。人同此心，是以力击不退”。胡林翼调李续宾部撤围援鄂，李续宾抗命不遵，胡林翼只得抽调瑞州湘军援黄州，王錱使李续宜率一千五百人赴援，终究无事于补。李续宾的算计是，只要在九江保持对林启荣的压迫，陈玉成顶不住压力一定会从湖北后撤。“盖长江之险，贼所必争……彼之有浔（九江），实江左老巢之命脉所关，而江右诸股之咽喉所通也。我必得此，斯足以下规建业，上固荆鄂，通西南之门户，为澄清之本根”。他算定，陈玉成除了“乘虚上犯，必无解救之策”，最后必然会撤军回九江，九江是陈军“尤所必援”。陈玉成的算计也与此相似，他在等待湖北湘军顶不住压力后调走李续宾部队。双方坚持不下，最后李续宾决定分围城兵力一半，由自己率领攻打陈玉成。
这时，石达开派人前来争取陈玉成加入他的阵营，理由是陈玉成父亲陈承瑢是被洪秀全处决的“韦党”。洪秀全也在争取陈玉成，理由是处决陈承瑢是被石达开所逼迫。陈玉成徘徊于石、李之间，举棋不定，他的盟友李秀成也处于同样的状况，太平军在湖北的战略反攻就这样停顿了下来。
李续宾出队攻打陈玉成后，九江城下的湘军只有四千人。林启荣在九江的守军有两万人，城外黄文金的部队也有两万，如果在此时抓住时机主动出击，打垮湘军应该不成问题。但林启荣守城太厉害，厉害过了头，就成缺点了。林启荣过于依赖城池的防御攻势，反而对自己野战的能力缺乏信心，于是林启荣的军队在九江采取消极防御的政策，坐视陈玉成在湖北激战，并不配合出击，以至于错失良机，让人叹息。
林启荣不出城作战，李续宾的部队以迅雷不及掩耳之势对湖北太平军发动了攻击。李续宾亲率精兵二千五百人，突袭陈玉成在童司牌的防御工事。太平军猝不及防，被李续宾击退，撤回北岸。北岸太平军尚未来得及组织抵抗，湘军在一夜之间就搭成浮桥，渡江追击，陈玉成指挥锐卒三千人抵抗，不敌退走。湘军持续进攻，太平军三战皆北，在童司牌附近经营的营垒全部丢失。湘军连战连捷之后，渡江撤回南岸，虚晃一枪之后，选择另一个渡口渡江，再次从侧翼发动攻击，再破太平军营垒十三座。陈玉成大怒，尽起部下精锐来战，谁知李续宾留下空营数座，主力已经退回九江了。
李续宾在鄂东的战斗，阻止了陈玉成向西进取的势头，太平军的战略反攻被破坏，湖北清军重新夺回了战场主动权。胡林翼调兵遣将，策划反击陈玉成，杨载福的水军也开始进入战区，陈玉成在湖北的处境开始困难。李续宜的援军到达黄州后，湘军的反攻达到高潮。李续宜的士兵不如其兄李续宾的迅捷、勇猛，却有坚重的特点，火器的精良在湘军部队中首屈一指。李续宜依靠火器的精良，连战连捷，攻克孙家嘴等地，给太平军以较大的打击。陈玉成策划在黄蜡山与湘军决战，以老弱防守营垒，虚张声势，主力埋伏于黄蜡山附近村落，准备伏击湘军。太平军的计划天衣无缝，清军已成瓮中之鳖，谁料都兴阿大帅再度人品爆发，指挥鲍超从黄蜡山侧面进攻太平军，又以多隆阿的马队在正面战场上接应李续宜。鲍超偷袭得手，太平军的伏击圈被打破，多隆阿的马队和李续宜的火器配合，把黄蜡山的村寨给犁了一遍。陈玉成率军撤退，这次都大帅估计心情郁闷，没有“风露立中霄”的闲情，率队穷追不舍，太平军在湖北南路的部队先已被李续宾大杀一通，再遭此大劫，几乎全军覆没。
李秀成从六安选兵万人来援助陈玉成，太平军两大主力会合，整顿兵马决战胡林翼。胡林翼大获全胜，仅李续宜部就杀敌三千余人，陈玉成在鄂东的基地全部丧失。
太平军围魏救赵的计划失败，湖北湘军逐步向江西推进，都兴阿等人重重围困湖口和小池口，计划在此获得突破。而湖口，正是之前湘军遭到惨重失败的地方。
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