1919年年初，《新青年》轮到陈独秀编，然后依顺序是钱玄同、高一涵、胡适、李大钊、沈尹默。其他人有特殊情况不参加编，陶孟和要去欧洲，周作人去日本，鲁迅因绍兴县馆不能再住，要找房子，找好房子后还要回绍兴接母亲来北京住，因此确定这年轮编计划时，这几个人都没有安排。
新年伊始，陈独秀发表了《本志罪案之答辩书》，为《新青年》四支大笔之一的钱玄同辩护。钱玄同主张废汉文，陈独秀认为是“用石条压驼背的医法”，但社会上人因此怒骂讥笑钱玄同，陈独秀则当仁不让。“若是因为拥护德先生（民主）和赛先生（科学）受到攻击谩骂，就是断头流血都不推辞。”陈独秀字里行间，已有血腥气。
元旦正好逢出版《每周评论》第二期，李大钊写了一篇《新纪元》社论，提出“打倒全世界资本的阶级”。胡适更认准了自己的判断没有错，下决心不给《周评》写文章，后来碍于面子，答应写点小说。李大钊明显感到，胡适对自己态度上的变化始于自己发表《庶民的胜利》演讲和《Bolshevism的胜利》文章，这使胡适很不以为然。李大钊在《Bolshevism的胜利》中说，“人道的警钟响了！自由的曙光现了！试看将来的环球，必是赤旗的世界！”胡适写信在美国的朋友张奚若面前叫苦。张奚若回信说“李大钊好像是个新上台的，他的《Bolshevism的胜利》空空洞洞。”在《新青年》同人中，张奚若只恭维胡适、陶孟和，对陈独秀、鲁迅等人，他赞成蒋梦麟的话——“无源之水”。
田必美
1919年1月中旬，第一次世界大战战胜国在巴黎召开和平会议。鲁迅一开始就对此次会议很怀疑，“都说公理战胜了强权；还向公理颂扬了一番，客气了一顿……将来如何收场，我是毫无经验，不敢妄谈”。陈独秀比鲁迅说得更激烈：“难道公理战胜强权的解说，就是按国力强弱分配权利吗？”
整个一月，钱玄同、刘半农轮番上门，或写信或一道来坐，少不了替陈独秀催稿。他们来催一次，鲁迅便做一篇随感录。钱刘陆陆续续来五次，鲁迅便做了五篇随感录。陈独秀对鲁迅谈进步美术家一文很感兴趣。凑巧自己最近写《答吕澄〈美术革命〉》一文，鲁迅的文章正补了《新青年》谈美术的不足。陈独秀嗣父陈昔凡是清末画家，家中藏有200多件王石谷的山水画。可惜二次革命后被马联甲抄走了不少。王石谷的画在京城能卖大钱，但缺点是临摹仿古画，并不追求自家创作。这种方法陈独秀并不感兴趣。因此，陈独秀主张美术革命，要学西洋画写实精神，不落古人窠臼。鲁迅自己爱画画，也肯花钱搜集画。因此在美术知识上，比陈独秀专得多。
正月，光绪举人林琴南化名林之在《新申报》“蠡叟丛谈”上发表小说《荆生》和《妖梦》，攻击陈独秀等《新青年》同人。“真是无聊的举动。”看到《新申报》，李大钊来到文科学长办公室。“这个伟丈夫荆生，大约是他的学生徐树铮吧。算什么本事，拿军阀吓人么？” 皖人徐树铮做段祺瑞的军事参谋时，曾南下镇压辛亥革命，当时正操纵安福国会。“抱陆军部次长的大腿，靠写胡编乱造的小说出气，不是正派人所为。”一向心平气和的李大钊也有些愤愤然了，这些人是不怕什么“伟丈夫”的。回到图书馆主任室，李大钊拿出书刊用纸放在红漆书桌上，在绿格竖写的竹纸上写出《新旧思潮之激战》7个字，开始反击林琴南的挑战。
不日，蔡元培也到北大红楼陈独秀办公室闲谈。“这家伙出语伤人，连我、适之、玄同一起骂了。”陈独秀点了一支烟说。“田必美、狄莫、金心异，细一想，还真是你们3个。”蔡元培说。《荆生》里讲，有三个人在一起放言高论，诋毁前贤，被荆生痛打了一顿。“田必美”指陈独秀，“必美”与“独秀”同，“狄”与胡适的“胡”同，“金心异”与“钱玄同”同。“到底是古文学家，对仗工整，亏他想得出。还好，只是被痛打一顿，没有抓去杀头。”“不至于。新旧思想交锋，难免讲过头话。”蔡元培想起，钱玄同也骂守旧派为“谬种”。
“你也被骂了呢。”陈独秀笑道。“是么？”“这‘元绪公’不是讲你么？”陈独秀提醒蔡元培。《妖梦》里的教务长田恒影射陈独秀，副教务长秦二世影射胡适，白话学堂校长元绪影射蔡元培。林纾写道：白话学堂有一“毙孔堂”，田秦二人毁伦常，赞扬白话文，元绪则点首赞赏。有一个能啖月亮的罗喉罗王妖魔直扑白话学堂，“攫人而食，食已大下，积粪如邱，臭不可近”。蔡元培和林琴南都是清末科举出身，以前也认识，入主北大时，有人提到聘林纾教国文，蔡元培考虑其桐城文风已过时，未加聘用。蔡元培不聘林纾后，徐树铮请“恩师”到自己主办的北京正志中学讲授《史记》。林纾希望“荆生”打“田必美”，就是唆使北洋军阀干涉新文化运动。刘半农已明显感到，文字狱黑影渐渐压了过来。
全无根据的谣言
和林琴南发表隐射小说同时，1919年2月，《神州日报》发表北大学生张鹆子（张厚载）《半谷通信》，说陈独秀、胡适、陶孟和、刘半农等人，以思想激烈，受到政府干涉，陈独秀已去天津，态度消极云云。无风不起浪，张厚载发表《半谷通信》起因是北大关于文理合并的改革。理科的秦景阳等人不帮夏浮筠，恨他废止年功加俸和每年更换聘约制度（不知道是胡适的点子），也不希望本科学长落到陈独秀头上，建议用教务长取代学长。蔡元培还没有采纳，张厚载便迫不及待将此消息公布，加上揣测之辞，犯了捕风捉影大忌。
张鹆子去年曾来信谈新文学及中国旧戏问题，陈独秀在《新青年》上给予反驳。
一年前，张厚载对胡适编《尝试集》也有微词，说胡适“轻于尝试”。
2月19日上午，陈独秀、钱玄同和胡适在文科学长室闲谈。“适之太容忍了！看得起宋春舫，看得起张厚载……再这样，我要脱离《新青年》了。”钱玄同生气地说。去年，胡适给张厚载写了一封信，张厚载到处炫耀；此后，胡适找张厚载写文章，请他帮自己找材料，两人来往频繁，引起了钱玄同的反感。
陈独秀、胡适等人名气很大，张厚载的流言立即被上海等报刊转载，《神州日报》一时走俏。张厚载见陈独秀缄默，3月初，又在《神州日报》发表《半谷通信》说，“北京文科学长近有辞职之说，记者往访蔡校长，询以此事，蔡校长对于陈学长辞职一说，并无否认之表示”。
3月10日，惊蛰已过了几天，前夜的雨雪还未干，地湿漉漉的。胡适致函《北京大学日刊》说：“两个星期以来，外面发生一种谣言，说文科学长及胡适等四人，被政府干涉，驱逐出校，并有逮捕的话，还说陈先生已逃至天津。这个谣言越传越远，竟由北京电传到上海各报，惹起了许多人的注意。这事乃是全无根据的谣言。”
就在胡适致函《北京大学日刊》同一天，鲁迅开始誊抄《孔乙己》。这篇小说还是去年冬天做的。抄毕，鲁迅给高一涵写了一封信，打算寄给他。这一期轮到高一涵编辑。周作人正有事找高一涵，便说：“我给他吧。”
粤人陈铁生写《驳《〈新青年〉5卷5号〈随感录〉第三十七条》：“鲁迅君何许人，我所未知，大概亦是一个青年……卒之有一位系鲁迅先生最憎恶之拳术家，他说我是偏练之故；如用拳术，手足一齐动作，力与气同用，自然无手愈足否，足愈手否之毛病。我为了身体苦痛，只可试试看。不料试了3个月，居然好了；如今我日日做鲁先生之所谓拳匪……”去年11月，陈独秀在《新青年》5卷5号发表《克林德碑》，认为，克林德碑虽被拆迁，但并不能消除“保存国粹三教合一”等封建思想的影响。
3月2日，鲁迅写《集外集·拳术与拳匪》，替陈独秀说话：“此信单是呵斥，原意不需答复，本无揭载的必要；但末后用了‘激将法’，要求发表，所以便即发表。既然发表，便不免要答复几句了。来信的最大误解处，是我所批评的是社会现象，现在陈先生根据了来攻难的，却是他本身的态度。如何是社会现象呢？本志前号《克林德碑》篇内已经举出……”
3月中旬，陈独秀在《每周评论》13号上发表署名“只眼”的文章《关于北京大学的谣言》说：“张厚载因为旧戏问题，和《新青年》反对，这事尽可从容辩论，不必藉传播谣言中伤异己。若是无心传下来，岂不失了新闻记者的资格吗？若是有心传播，更要发生人格问题了。”针对林琴南，陈独秀说他的小说也不会受到旧文学家欢迎。因为荆生正是孔夫子不愿会见的阳货一流人物。林琴南是翻译家，陈独秀对他和对张厚载不一样，称作“林先生”。胡适和陈独秀公开驳斥张厚载谣言后，蔡元培发表《致神州日报函》，替陈独秀“辞职”辟谣，并依据大学规程，令张厚载退学。
汤宅密谈
1919年3月26日，大总统徐世昌指令教育总长傅坛湘致函蔡元培说：“时论纠纷，喜为抨击，设有悠悠之词，波及全体，尤为演进新机之累。” 蔡元培请傅斯年执笔回信，说：“元培亦必勉励俱生，为学问之竞进，不为渝越轨物之行也。”
夜里，愁眉不展的蔡元培和平素相处不错的尹默、夷初一道，去北京医专校长汤尔和处商谈陈独秀的事。最近报上又传出文科学长陈独秀有嫖娼一事，谈这种事在北大里面不合适。
“陈独秀逛窑子、嫖妓之事，流传甚广。陈君个人事小，有辱北大门风事大。孑民，何不趁学制改革，撤销文理科界线之机，免去陈独秀文科学长一职？”汤尔和知道蔡元培不想免去陈独秀，极力劝说。去年5月，汤尔和给陈独秀写信，不料陈独秀在《新青年》4卷5号上给他回了一封不太客气的信，想起来就不愉快。
“以你之见非撤不可？”蔡元培犹豫不决。“非撤不可。前年你聘他时，称他品学兼优，事实证明此君私德太坏，不堪斯任。”汤尔和毫不含糊地说。蔡元培说，“要免去陈君，理由事小，只是迎合了外人的心，决非本意。况且，年初我也和玄同君说过，驱逐陈独秀，除非‘上谕’将我革职。今我未革职而先除陈独秀，也不合我初衷”。
沈尹默说：“只怪这位先生太不检点，被人抓住把柄，倘若再任文科学长，社会上沸沸扬扬，大学斯文扫地呀！”汤尔和附和说：“尹默所言极是。陈独秀私德太坏，这是我和尹默当初都没有想到的。要不然，我们也不会极力向你推荐。今日到了这个地步，说起来，我们也有责任。成也萧何，败也萧何，我也不怕担当这个罪名。”
陈独秀此时还蒙在鼓里，一心一意做他的文章。3月30日，他在《每周评论》发表“林纾的留声机”，揭露林纾活动他的同乡议员，叫该议员弹劾教育总长和北大校长。3月，国会议员张之奇提出弹劾教育当局，撤换北大校长提案，未被通过。
陈独秀说：“这是叫议员做他的留声机器。” 4月1日，蔡元培在《神州日报》发表了他的《致〈公言报〉并答林琴南君函》，信上说：“革新一派，即偶有过激之论，苟于学课无涉，亦不干预。”
这个插曲未能阻止调整陈独秀。4月8日，清明后的第三日，蔡元培召集文理科教授会议，通过文理科教务处组织法。文理科统由教授会领导，教授会主任由文理科主要教授轮流担任，鲁迅的老乡马寅初被推为第一任主任(教务长)。三天后，由北而南行的陈独秀遇到回寓所途中的汤尔和，陈独秀脸色铁青，怒目而视，汤尔和见不是滋味，匆匆低头而过。
鲁迅也很关注这场撤换陈独秀的冲突，4月19日，他给回家乡的周作人写信说:“大学无甚事,新旧冲突事,已见于路透电，大有化为‘世界的’之意。”他对外国记者报道北大这场争战很感诧异。
4月20日，胡适翻着《每周评论》18号刊登的陈独秀《二十世纪俄罗斯的革命》一文，大吃一惊：“仲甫越来越左倾了。”上次见陈独秀写《贫民的哭声》这样纯苏俄式的文章，胡适心里就不是滋味。陈独秀写道：“20世纪俄罗斯的社会革命，当时的人都对着他们极口痛骂；但是后来的历史家，都有要把他们当作人类社会变动和进行的大关键。”胡适记得陈独秀在《每周评论》4号上批评十月革命“用平民压制中等社会，残杀贵族及反对者”，那时他看了这样的文字，心里是多么高兴啊！没想到短短数月，仲甫变了。除了汤尔和等人唆使蔡元培免去陈独秀的职务原因外，就是李大钊《Bolshevism的胜利》发生的直接影响了。
李大钊担心胡适的态度影响《新青年》内部的团结，写信说：“我觉得外面人讲什么，尚可不管，《新青年》的团结，千万不可不顾。”
文理科合并后，陈独秀一时失落，便一头埋进书房，每日专做带有火药性的文章。《每周评论》上便有陈独秀的文章十几篇，为各地激进社团报刊大量转载。4月20日，陈独秀公开点章宗祥、曹汝霖、江庸、陆宗舆为亲日派四大金刚，这几个人日子一天天不好过了。
“五四”运动
1919年5月4日，星期日，北京李大钊、高君宇、邓中夏、张国焘、赵尔康等3000多人上街游行。学生火烧曹汝霖住宅、痛打章宗祥，队伍走到国务院门前时，紧闭的铁门内架有机关枪，走在前面的李大钊突然跑出队伍冲了上去，赵尔康等人一看不妙，紧紧地把他拖住。军警逮捕30多人。
这天，陈独秀在家中写文章：“我看这两个分赃会议，与世界永久和平人类真正幸福，隔得不止十万八千里，非全世界的人民都站起来直接解决不可。”
过了几天，到上海接杜威夫妇的胡适收到陈独秀来信。陈独秀说，30多人中有江绍原等22名学生。“京中舆论，颇袒护学生；但是说起官话来，总觉得聚众打人放火(放火是不是学生做的，还没有证明)，难免犯法。”
5月15日，李大钊将《新青年》6卷5号办成“马克思主义研究专号”，发表《我的马克思主义观》，公开把运动引向社会主义。鲁迅不太留意李大钊的文章，但自信和他是站在同一阵线上的伙伴。在写《“来了”》和《“圣武”》时，鲁迅赞美列宁领导的十月革命，他也不怕胡适不高兴，写道：“在刀光火色衰微中，看出一种薄明的天色，便是新世纪的曙光。” 同期发表了鲁迅写的小说《药》，看了鲁迅的小说，陈独秀说：“豫才的政论我不恭维，他的小说我是真的佩服。”
6月8日，陈独秀在《每周评论》发表《研究室与监狱》，提出入监狱和入研究室，是青年人生最高尚最优美的生活。次日是星期一，这天陈独秀和李大钊一上班就商量，群众运动正澎湃向前发展，被捕的学生已陆续放出，陆、章、曹免职已不成问题，大家日益感受到了胜利的喜悦。现在要趁热打铁，再烧一把火，把斗争引向深入。讨论了半天，他们决定起草《北京市民宣言》，向政府提出最后最低的5点要求，倘政府不接受，“我等学生、商人、劳工、军人等，惟直接行动，以图根本之改造”。
这时，一张大网正向陈独秀张开。北京各警察区署接到京师警察厅密令：严密监视陈独秀、李大钊、邓康、陈为人等人。罪名是以印刷物品传播过激主义煽惑工人，在大沟头18号设立印刷机关妨碍治安。但警察只知陈独秀住在中一区界内，不知陈独秀确切地址。
6月11日午饭后，陈独秀匆匆忙忙穿了一套白色西装，戴上礼帽，随身带了一筒传单出门。昨天，陈独秀等人在中央公园等处散发传单。北京政府视为“扔炸弹”，严命警署迅速捉拿印发传单的人。
陈独秀直奔新世界游艺场而去，他丝毫没有想到会有什么危险，口袋里蓝公武给他的信也没有拿下。外形似弓弩一样展开的四层高大主建筑的北京城南新世界游艺场人影憧憧，小摊小贩的叫卖声，人潮如涌的嘈杂声浑成一片。胡适与陈独秀、高一涵在游乐场吃茶聊天。胡适还是去年春天来这里玩的，街上熙熙攘攘，路面还留着昨天下雨的痕迹。正在说话，陈独秀突然从他的上衣怀里取出一筒《北京市民宣言》传单来向周围散发，茶房里一阵骚乱。胡适吃了一惊，他是一个胆小怕事的人，忙朝高一涵看了一眼。陈独秀使了一个眼色，说：“我一人留下。
”他一个人穿过人群直奔新世界顶部露天平台。高一涵和胡适便先离开游乐场。
新世界是北京外右五区警察署侦察重点地区，每天都有数名侦缉人员、巡官、巡警在这里活动。头一天，他们接到侦查传单的任务。约中午两点，一个叫朱霞的巡警神色慌张地找到巡官刘永德、邓海熙，从口袋里拿出一张刚捡到的传单。
在新世界顶部露天平台，两名巡官发现陈独秀形迹可疑，一边一个扭住陈独秀左膀右臂。“暗无天日，竟敢无故抓人。”陈独秀大吼大叫。一名巡官从陈独秀身上搜出一筒传单和一封蓝公武给陈独秀的信。陈独秀不再叫了。几个人见抓到了陈独秀，警官与侦缉队洪分队长发生了争执。警官人多，强行将陈独秀押往警察厅外右五区警察署解宪厅。
审讯时，陈独秀说：“我是北大文科学长，蔡校长走后，我也请假回安徽，昨天才到北京。今天到新世界商场，在头层楼矮墙上捡到一筒传单，看到三分之二处，大意还没有看明，就被你们抓来了。”“传单从哪里来的？”巡官一再讯问，陈独秀总是回答：“因为是捡来的，确实不知传单来历。”
晚上12时许，一群军警荷枪实弹，包围了北池子箭杆胡同9号陈氏住宅。两扇对开的破旧的窄木门被震得摇摇晃晃，门前一对矮小的石狮无奈地呲着大嘴。从梦中惊醒的高君曼战战兢兢。她这才知道，陈独秀出大事了。
陈独秀案之大疑团
陈独秀起草的《北京市民宣言》要求罢免6个人官职，其中有北京政府步兵统领王怀庆，所以王怀庆坚持主张将陈独秀按军法处理。京师警察厅总监吴炳汀是安徽合肥人，他要将陈独秀按警律处理。双方争执不下，告到总统徐世昌那儿，徐世昌决定送法庭判决。徐世昌迫于形势，1919年6月10日免去曹、陆、章职务，6月11日提出辞职。抓住陈独秀后，徐世昌又收回辞意，只是换了内阁总理，由龚心湛接替钱能训。
第二天，胡适听说陈独秀被捕，十分担心。陈独秀平时为人倨傲，加上“私德不修”，官高势大的同乡们早就嫌他，正好抓住了借口，把他捉将官里去了。半夜，一家报社来电话说，日本东京有大罢工举动。胡适一时睡不着，写了一首《威权》小诗：“奴隶们同心合力，一锄一锄的掘到山脚底。山脚底挖空了，‘威权’倒撞下来，活活的跌死！”胡适希望北洋政府早日垮台。这以后，胡适天天都接到关于陈独秀的消息。余斐山来信说：“闻独秀先生被捕，甚为骇异！”南通的张孝若来信提醒胡适：“陈独秀被逮，文字狱之先声也。”
6月13日，北京《晨报》、《北京日报》在第二三版用几行字小心翼翼地刊出了陈独秀被捕的消息。上海的《民国日报》则全文刊出《北京市民宣言》，发表《北京军警逮捕陈独秀黑暗势力之猖獗》时评。北方的报纸遮遮掩掩，南方的报纸摆出替天行道的架式，趁机给北方政府施加压力。
为了大造营救陈独秀的舆论，罗家伦、黄昆仑写信给上海安徽协会及全国学联，李大钊和高一涵分别给章士钊拍电报，请他出面和龚代总理斡旋。与此同时，旧势力希望重罚陈独秀，京师总商会申明《北京市民宣言》是假借市民名义。《神州日报》说“营救能否有效，殊难预卜也”。不日，上海《民国日报》刊出“陈独秀案之大疑团”，披露陈独秀已释放的谣传，同时披露了邮局克扣李大钊致章士钊电文事。一时扑朔迷离，疑团重重。
6月23日，设在上海的安徽协会潘赞化等4人给李辛白和胡适来了一封信，胡适没想到为营救仲甫还闹出一大堆事来。章行严致电北京政府财政总长王克敏后，王克敏回电说，陈独秀已放出，警察厅已派人到陈独秀家慰问。潘赞化等人正准备给陈独秀写信慰问，江彤侯来信说陈独秀仍在狱中。章行严怀疑王克敏的信是别人伪造，而自己的信，他可能没有收到。因为高一涵来信，章也没有收到。昨天，章行严又给王克敏、龚仙舟写信。此外，潘赞化、章行严等人还请章太炎写信给蔡元培；请李光炯转托吴；请吴守一托马通伯；李次山给张敬尧电报，张敬尧给段祺瑞、王怀庆、吴静潭去电报，李次山听说仲甫已放后又给张敬尧去电感谢，张敬尧也回电说已电谢北京……闹了半天，原来是一场滑稽剧。
6月23日下午7时，胡适在六味斋招待周作人、高一涵、李大钊等12人，商议《每周评论》善后事。陶孟和没有来，他3月份到美国去了。胡适说：“自孟和离开、仲甫被捕，《新青年》就像是衰了……要编好《每周评论》，需要有专门的人投入精力，我现在没有课……”胡适想一个人编《每周评论》，是想多发表一些杜威的演讲，他对宣传马克思主义早有看法。感到《新青年》色彩过于鲜明。因为过去胡适不乐意于《每周评论》，现在有了热情，不管出于什么动机，都是件好事，在外人看来，这意味着《新青年》内部的团结。李大钊是“好好先生”，他说：“我希望《每周评论》要体现《新青年》同人的团体的精神……”大家七嘴八舌商量了3个小时，商议结果，是维持现状，由李大钊和胡适共任编辑。
次日，上海《时事新报》刊登严修儿子严智怡游说徐世昌的消息。原来，严范孙（严修）的儿子带着父亲的信找到私交深厚的徐世昌，徐世昌开始说：“这是司法部的事。”严智怡说：“陈独秀生平的言论思想是一件事，陈独秀因嫌疑传单被拘又是一件事，不能拿他的平日的言行来裁判他……大学为新思想发源地，无论什么思想都要拿来研究的事，怎能够去干涉他呢？藉新旧思想暗潮来兴‘文字狱’，实在于教育前途有碍。”徐世昌听了，“颇动容”，答应“维持”陈独秀。严智怡又趁热打铁游说司法总长朱深，朱深推辞说：“此案还没有交到司法界，不便过问。”最后也答应“维持”陈独秀。除了严范修，马通伯等人也参与营救陈独秀。
问题与主义
李大钊上了警察厅黑名单上第二号人物后，准备回老家躲避。尽管报上讲仲甫受了两次拷刑，陈夫人也担心仲甫胃病发作，但有章行严给龚心湛写信、田桐致徐世昌函，估计仲甫没有生命危险。李大钊走后，《每周评论》交胡适负责。
天气渐热，警方同意高君曼送书籍、衣服及少数饮食品，但不允许和陈独秀见面。后来，警方突然又允许高君曼见陈独秀了。铁门咣咣啷啷的打开后，借着昏暗的光线，高君曼看见一张低矮的床上，卧着他的先生：衣衫不整，胡子拉碴，正染着寒热病。此时的陈独秀，正应了北大庶务主任李辛白小诗《怀陈独秀》里的话：“依他们的主张，我们小百姓痛苦。依你的主张，他们痛苦。他们不愿意痛苦，所以你痛苦。你痛苦，是替我们痛苦。”
7月20日，胡适在《每周评论》31号上发表《多研究些问题，少谈些主义》，说：“我主张一个一个地研究问题，一点一滴地解决问题。”李大钊看了，知道胡适针对的不是别的主义，而是马克思主义；针对的主要的不是陈独秀，而是自己，说：“胡适真是胡说，不懂主义，怎么研究问题？”一次胡适讲课，文言白话掺着讲，在黑板上写“孔说”、“孟说”，写到自己写了“胡说”，成了笑话。胡适无所谓，去年上半年作诗《胡说》，讽刺“拟古”。
7月下旬，李大钊利用回老家避难时间，写了反驳胡适的文章。适之说“偏向纸上的‘主义’，是很危险的。不错，纸上的空谈的‘主义’是危险的，但主义本身并不带来危险呀？！”李大钊直接了当地写道：“我可以自白,我是喜欢谈谈布尔什维主义的。”拉杂写了三五千字，李大钊自觉口气还是心平气和的。反复看了几遍后，8月初寄出。胡适将李大钊的文章登在8月17日《每周评论》35号上，又写了《三论问题与主义》载在下一期《每周评论》上。
秋天，李大钊从五峰山回到北京。对于胡适的反驳，李大钊觉得和他的前文重复，不必再反驳了。胡适似乎话还没有说尽，又写了《四论问题与主义》，专谈输入学理的方法，拟刊在《每周评论》8月30日37号上。就在这天，徐世昌政府查封《每周评论》。
9月上旬，急欲与西南和解的徐世昌政府派出和谈代表许世英到上海。针对沸沸扬扬的陈独秀案，孙中山说：“你们做的好事，很足以使国民相信，我反对你们是不错的。”许世英连连点头，说：“东海、心湛都是主张从速开释陈独秀的，孙先生的意见，我立即打电报回去禀报。”
孙中山发话后，9月16日下午4时，警察厅同意安徽同乡会以陈独秀胃病为由，保释出狱。出狱前，警方当着保人的面，提醒陈独秀行动仍受限制，重大行动须得政府批准。当天，北大同学会召开欢迎会，欢迎陈独秀出狱。会议主席张国焘致欢迎辞说：“我代表北大同学，热烈欢迎陈先生光荣出狱，并对陈先生狱中所受的迫害，表示深切的慰问。” 张国焘二十二三岁，江西萍乡上粟人。陈独秀见他方方的脸盘，鼻隆眉直，话虽不多，却很得体，对这位北大理学院的学生印象不坏。他致答辞说：“此后无论是否在北大工作，都将和同学们一道与恶势力作斗争。”北大已免去陈独秀文科学长一职，改任国史馆编纂。
陈独秀出狱后，李大钊写了欢迎诗：“你今天出狱了，我们很欢喜！他们的强权和威力，终究战不胜真理。什么监狱什么死，都不能屈服了你；因为你拥护真理，所以真理拥护你……”刘半农的欢迎诗开头是：“D——！我已八十多天看不见你。人家说，这是别离，是悲惨的别离……”他们来看陈独秀时，房里进来了一个獐头鼠目的陌生人，客人只好告辞。来人是警方的探员，奉命每日到陈宅巡察，并叫陈独秀填写《受缘戒令者月记表》。
思想界的明星
1919年中秋之后，仲甫邀玄同、半农、守常、适之、尹默、启明等人开了编辑会议，鲁迅因修理八道湾房子,没有来。但启明说了长兄的意见，最后还是鲁迅意见占了上风，反对胡适一人编《新青年》。决定从12月1日7卷1号起，《新青年》仍由陈独秀一人编。蔡元培回校后，邀陈独秀任历史系教授。
11月1日，《新青年》6卷6号出版，晚上，胡适作《新思潮的意义》一文，继续主张研究一个一个的问题：“最简单的解释要算我的朋友陈独秀先生所举出的《新青年》两大罪案──其实就是新思潮的两大罪案……”在胡适看来，陈独秀还没有相信马克思主义，甚至曾坦白地反对社会主义。陈独秀对《新青年》“罪案”作了个承诺，但陈没有替新文化运动下定义。胡适认为，新思潮的根本意义表现出“研究问题”和“输入学理”两种趋势。新思潮的惟一目的是再造文明，即这个那个问题的研究和解决。
陈独秀出狱后，对布尔什维主义已经有了倾向性，但他对布尔什维主义并没有多少了解。他写文章说：“我们不情愿阶级争斗的发生，我们渴望纯粹资本主义。”
冬天的一个夜晚，上完法文班的潘赞化顶着初冬的寒风离校回家，远处昏暗的灯光下，一个人影以手抚肩背，瑟瑟缩缩向他迎面走来，像是沙漠上一只离群的小羔羊，走近才知是延年。陈独秀去北京后，延年、乔年兄弟住在亚东店堂的地板上，今年入震旦大学读书。
见延年仍然穿着秋天的夹呢袍，潘赞化停下问：“你不冷吗？”延年说“还好”。“到我家去，我给你找件棉衣。”潘赞化怜悯地说。“不需要，谢谢。”延年摇了摇头。近日，他打算和乔年赴法勤工俭学，正在刻意吃苦锻炼自己。潘赞化不再勉强他，问：“上次，你父亲在北京被京警局长吴炳湘逮捕，不少朋友以同乡关系营救他，你知道吗？”“已听说了一些。”延年当时已和无政府主义者吴稚晖、黄凌霜、郑佩刚等人有来往。“你对此事有什么想法？怕不怕？”“既作就不怕，怕就不作。况且这次学潮的意义千古未有。情况这么复杂，肯定有危险；仁人志士有这么一个机会光荣牺牲，是求之不得的呢，有什么可怕的。”潘赞化吃了一惊，说：“假如同仁救援无效，你会怎么想？”“中国失去一个有学识的人罢，当然可惜。”延年说。
1920年1月初的一天，毛泽东到箭杆胡同9号，拜访陈独秀。“五四”时期，毛泽东在湖南办了《湘江评论》，这次带一班湖南人进京请愿，要求驱走湖南军阀张敬尧。《湘江评论》创刊于去年7月14日，连载了毛泽东的《民众大联合》长文。
胡适在《每周评论》36号上写文章推荐说，这篇文章“眼光很远大，议论也很痛快，确是现今的重要文字”。
在《湘江评论》创刊号上，毛泽东发表了《陈独秀之被捕及营救》一文，称陈独秀为“思想界的明星”：“陈君曾自说过，出试验室，即入监狱。出监狱，即入试验室。又说，死是不怕的。陈君可以实验其言了。我祝陈君万岁！我祝陈君至坚至高的精神万岁！”
谈到驱张运动，陈独秀赞扬道：“我觉得你们湖南人的精神十分可贵，懂得生命的价值。个人的生命最长不过百年，真生命是个人在社会上留下的永远生命。我很赞赏你们驱张，也赞成你们打算组织‘改造湖南联盟’的计划。”最后，陈独秀答应毛泽东，作一篇《欢迎湖南人的精神》，支持驱张运动。这次见毛泽东，陈独秀增添了对湖南青年人的好印象，趁着余兴未了，他研墨挥毫，写道：“我听了这类声音，欢喜极了，几乎落下泪来！”
