以诺沃提尼为首的捷共中央在坚持高度集中统一的苏联模式的同时，采取了若干重要措施，以求缓解社会矛盾，维护其统治地位。除了上述经济改革的措施以外，在政治上实行了以下重大步骤。
一、捷共12大通过新党章，强调党的集体领导和民主原则，进一步消除个人崇拜的后果。
12大决定将党中央政治局改为主席团，但不设党中央主席，保持中央第一书记。要加强党在政府部门、经济组织等方面的领导作用，加强党的各级委员会的作用。还决定在党中央设立经济、农业、生活水平和意识形态这四个委员会，对党和国家有关政策进行综合的原则的研究，提出建议，供中央决策。关于党组织的发展问题，捷共中央决定，一方面要防止党员人数下降，一方面不能突击吸收党员，应使党员人数保持在现有140万人的水平上。还强调要反对党内严重存在的形式主义倾向。捷共在党内生活方面，也是照抄苏共的一套。党组织开会，都有一
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套固定的程序，讨论问题，往往流于形式。
以捷共12大为例，仅4天的会议，各国党的代表团致祝词者达70多人，真正发言者仅40人，而且发言稿事先经书记处审定，官话套话占去不少篇幅，很难就实质问题开展深入讨论。
各级党组织会议，也有固定的议程，往往重形式不重内容，使党员对党的会议失去兴趣。基层党组织开会，党员出席达40％，就算是个成绩。不少党员为挂名党员，党支部起不了战斗堡垒作用。党的一些领导干部搞特权，犯官僚主义，脱离群众。党的威信下降，群众中流传着许多讽刺党员的政治笑话。党在群众中的根基日渐削弱。这是捷共面临的一个严重问题。
二、逐步对40年代的政治案件进行复查和平反。
以诺沃提尼为首的捷共领导在此问题上一直是被动应付，动作迟缓，远远落后于东欧其他国家。
直到1962年，诺沃提尼在捷共12大上才承认，经过复查，“40年代大部分政治案件的判决不正确，与被判刑者所犯的罪过的程度和性质不符”
①，决定作进一步复查。
1963年4月，捷共中央才在较大范围内进行平反，但仍不够彻底，而且为时太晚，难以平息人们的不满。平反的情况是：1恢复斯兰斯基、什林格等4人的公民名誉，但B仍确认开除其党籍的处分；2恢复胡萨克、克利门蒂斯、什B维尔莫娃等11人的党籍，但仍确认开除他们出中央委员会和撤销职务的处分；3斯姆科夫斯基、诺沃麦斯基等多人被恢B复党籍。与此同时，处分了对政治案件负有重大责任的几个领导人，开除前捷共中央干部部长、政府公安部长科普日瓦，
①《诺沃提尼言论集Ⅲ，1962～1964》，捷文版，第94～94页。
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前捷共中央主席团委员、司法部长、国防部长切皮契卡等人的党籍。
三、解除西罗基捷共中央主席团委员、政府总理的职务，令其退休。
1963年9月捷共中央全会公布的撤销西罗基职务的理由是：贯彻党的路线不力、不接受批评、官僚主义和历史上有政治错误。实际上是将经济未搞好的责任推到西罗基身上。
斯洛伐克共产党领导人列纳尔特被任命为政府总理。
同时被撤职的有副总理杜兰斯基和扬科夫卓娃，还有交通部长、财政部长、计委主席、农业部长。斯洛伐克党政领导人也发生了变动。斯共中央第一书记巴契列克（40年代初任政府公安部长）被解除职务，杜布切克被选为斯洛伐克共产党中央第一书记，同时被选为捷共中央主席团委员，步入了捷共主要领导人的行列。
四、捷共中央主席团委员、政府副总理兼内务部长巴拉克被撤职判刑。
巴拉克为诺沃提尼的亲戚，一度负责40年代政治案件的复查工作，为捷共主要领导人之一。因与诺沃提尼发生分歧，曾写密信给赫鲁晓夫，指出捷经济困难同消除个人崇拜动作缓慢有关，还称捷共中央主席团有人参与了40年代的政治审讯，把矛头直指诺沃提尼。赫鲁晓夫将此信转给了诺沃提尼。
1962年2月，巴拉克被以复查政治案件工作不力和犯有贪污罪为由，撤去一切职务，并被判处14年徒刑。
诺沃提尼的上述措施，并未能改善和加强他的地位。
60年代下半期，他陷入了更加困难的境地。除日益恶化的经济状况，以下几方面的问题越来越严重地困扰着他，最终迫使他退出了政治舞台。
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一、知识界出现了联合起来反对捷当局的趋势，斗争日趋激烈。
捷克斯洛伐克知识界，特别是作家和大学生中间，如果说过去主要存在有一股反对当局的暗流，这时则公开出来批评和反对当局及其内外政策，要求“民主和自由”
，主张结束“一党统治”。
1967年7月举行的捷作家协会第四次代表大会，成为知识界反对诺沃提尼政权的转折点。在有党的领导人出席的大会上，有的作家站出来指责捷共和它的政策，否定捷共的领导和社会主义制度。他们称捷资产阶级共和国为捷文化上“最繁荣的时期”
，说捷正经历着“第二个黑暗时代”
①，党和政府正在“鞭打作家”
，宣称“文艺和统治当局永远不能和睦相处”。
认为当局任用的是些“俯首贴耳的庸才”。
他们要求捷共改变文艺政策，取消检查制度，给作家以自由。
他们还批评捷共盲目追随苏联，在中东战争后同以色列断交，认为这是40年代政治案件中反犹太主义表现的继续。此外，捷一些作家，如哈韦尔、瓦楚利克等人在其作品中攻击捷共，指责它制造政治案件，维护“斯大林主义”等等。与此同时，不少大学生利用各种机会组织示威游行，高呼“我们要民主，自由，光明”等口号，在示威活动中，各种非正式的大学生团体开始取代捷青年联盟组织。作家和学生的种种活动，给捷社会带来巨大的冲击，引起捷当局的不安。诺沃提尼、党内第二号人物亨德里赫等大力反击，批评知识界的言行是“反对党的领导”
，是“反社会主义行动”
，“给唯心主义观点和资产阶级道德开辟道路”。
捷当局改组文化部和作协领导机
①“黑暗时代”系指1620年后捷克被哈布斯堡王朝统治的时期。
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构，开除几位作家的党籍甚至国籍，加强对文艺界的控制。
对学生的抗议活动，则实行武力镇压，打伤和监禁示威者，但以上措施未能奏效。学生的抗议活动有增无已，一些作家则继续活动，成为后来“布拉格之春”和1989年剧变中的重要人物。
二、诺沃提尼同斯洛伐克的关系日益紧张。
1960年捷议会通过社会主义宪法，削弱了斯洛伐克民族议会的权力，实际上取消了该地区的权力执行机构——斯洛伐克行政委员会，压制了民族自治的要求，引起该地区领导和群众的不满。
1964年，诺沃提尼仍坚持“无须改变”对“斯洛伐克资产阶级民族主义”的批判，反对为胡萨克彻底恢复名誉，指责杜布切克也有“资产阶级民族主义”
，认为要求实行两个民族的联邦制也是民族主义的表现。诺沃提尼甚至下令对斯洛伐克领导人进行种种监视。捷当局还削减国家对斯洛伐克的基建投资，按计划对斯洛伐克的基建投资应为总的基建投资的28％，结果仅实现22％。
斯洛伐克反诺沃提尼的情绪高涨，关系日趋紧张。
1967年9月，诺沃提尼赴斯洛伐克访问，抵达历史名城马尔丁时，怀疑斯洛伐克人要暗害他，不按事先安排同欢迎群众见面，不饮用服务人员送上的饮料，不去准备好的旅馆下榻，甚至拒绝去斯洛伐克民族复兴者墓献花圈。
更有甚者，他还提出要将斯洛伐克重要历史文物搬迁到布拉格。
这种种伤害斯洛伐克民族感情的作法，既遭到斯洛伐克领导人杜布切克、比拉克等的强烈抵制，更引起广大群众的不满。
三、捷共领导层形成反诺沃提尼阵容。不少领导人反对诺沃提尼在政治上坚持错误、独断独行、迟迟不为40年代的
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政治案件平反；在经济上搞主观主义的高指标、坚持苏联模式、不思改革，造成经济滑坡；在思想文化领域实行高压政策，使党和知识分子的关系紧张；在民族问题上，不尊重斯洛伐克的民族要求，等等。因此，有的人直截了当地说，诺沃提尼不下台，捷经济改革无法进行，斯洛伐克的民族权利得不到尊重。一些原来站在诺沃提尼一边的领导，如亨德里赫等，也开始同他拉开距离，逐步站到反对他的一边了。
1967年下半年，在捷共中央主席团会议上，杜布切克等人公开站出来反对诺沃提尼，主张将党的中央第一书记和总统的职务分开，提出要诺沃提尼辞去第一书记的职务。诺沃提尼意识到自己的危险处境，准备全力反击。
他一方面采用笼络办法，允诺让某某领导人将来接替他的职务，一方面试图动用武力，开展军事演习，以示威胁。结果事情败露，受到捷共中央主席团的批评，认为他企图发动军事政变。使他陷入更加困难的境地。
诺沃提尼面临四面楚歌、走投无路的形势，只好求助于苏联领导人。因为当时的惯例是，捷在重要人事安排、大政方针等问题上，均得听命于苏联。诺沃提尼只要继续得到苏联领导的支持，就可保住地位。
1967年12月8日，诺沃提尼邀请苏共中央总书记勃列日涅夫访捷，向他汇报捷国内严重局势和党内斗争情况，希望得到苏联的支持。但出乎诺沃提尼的意外，勃列日涅夫明确地说：“这是你们自己的事情。”
很明显，苏共领导已不再支持诺沃提尼，而另有打算了。这并不说明苏共领导不想插手捷内部事务，而是另有原因。
1964年10月，勃列日涅夫取代赫鲁晓夫时，捷共中央主席团“未
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跟上形势“
，竟然致电苏共中央，对赫鲁晓夫下台表示“遗憾”。
这当然影响了勃列日涅夫同诺沃提尼的关系。
但更重要的原因则是苏共领导看到诺沃提尼大势已去，无法继续扶植，只好另换新人。
1968年1月，经过长时间的激烈的争论，捷共中央全会决定将党中央第一书记和共和国总统的职务分开，解除诺沃提尼捷共中央第一书记的职务，保留他的捷共中央主席团委员和总统的职务，选举斯洛伐克领导人杜布切克为捷共中央第一书记，捷共中央主席团增补了4名成员。
斯共中央选举比拉克取代杜布切克为第一书记。从此，诺沃提尼的统治时代宣布结束。但因为他还担任着党和国家的重要职务，保持相当的影响，因此，反诺沃提尼的浪潮并未平息，政治斗争仍在继续。不久，与诺沃提尼进行军事威胁有牵连的两名将军被揭露，一名逃往西方，一名自杀身亡。
1968年3月22日，诺沃提尼被迫辞去共和国总统和捷共中央主席团委员的职务。
捷人民军创建者之一斯沃博达将军于3月30日被选为共和国总统，诺沃提尼完全退出政治舞台。诺沃提尼的下台，不仅是他个人政治上的失败，也是苏联模式在捷的暂时终结。从此，捷克斯洛伐克开始了“布拉格之春”的改革时期。
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