根据修改后的波兰宪法，在议会和参议院选举一个月内由两院联席会议（即国民大会）选举共和国总统。以波兰统一工人党为首的执政联盟认为，波党第一书记、国务委员会主席雅鲁泽尔斯基是总统的最佳人选，据说在圆桌会议期间已为反对派所接受。议会第一轮选举后，政府发言人乌尔班为了消除人们对总统人选问题的疑惑，专门发表电视谈话，说总统一职已由圆桌会议规定由统一工人党的人担任，并且提到雅鲁泽尔斯基的名字。这个谈话引起了团结工会激进派人士的反对。他们以雅鲁泽尔斯基曾在1981年12月下令实行“战时状态”
、镇压团结工会为由，反对他出来竞选总统。
1989年6月30日，波兰统一工人党举行13中全会（该党议员团参加了这次全会）
，雅鲁泽尔斯基鉴于六月大选后政治力量对比发生了变化，他有可能得不到460名议员的简单多数的支持，宣读了不当总统候选人的声明，同时却推举政治局委员、内务部长基什查克为总统候选人。
总统选举被推迟了一个月。
1989年7月4日，新选出的议会和参议院分别举行首次
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会议，选举议长并举行宣誓仪式。反对派议员抨击政府的政策。
拉科夫斯基总理代表政府提出辞呈。
由于总统尚未选出，直到8月2日，才获议会批准。任期不到一年的拉科夫斯基政府就这样尴尬地下台了。
7月3日，正当总统选举风波发生之际，团结工会《选举日报》刊登米赫尼克的文章，题目是《你们的总统，我们的总理》。文章说：“现在需要的是一种新的、能够得到所有主要政治力量赞许的格局，新的，但要保证连续性。这一格局可以是这样一种协议，按照这一协议，总统将由波兰统一工人党的候选人中选出，而总理和组阁的使命则委任于团结工会的候选人。”
在此之前，瓦文萨表示不愿接受总统候选人的提名。天主教会由东布罗夫斯基出面阐述了如下立场：如果真的希望谅解的进程有一个良好的开端，就应该只有一个总统候选人，这就是雅鲁泽尔斯基将军。他还说，主教团赞成国内和平和安定，因而认为遵守圆桌会议达成的协议是最重要的。
据法新社1989年7月4日报道：雅鲁泽尔斯基仍没宣布他是否会收回不参加竞选的决定。波兰国防部军事委员会昨天对那些可能竞选的人警告说，波兰武装部队必须充分保障国家安全。观察家说，这种警告可能是针对议员，特别是反对派议员发出的，因为反对派议员可能会情不自禁地推出自己的候选人，同共产党的候选人竞争。
就在波兰总统选举陷入僵局之际，美国总统布什7月9日开始对波兰作为期3天的访问。布什是在波兰政治力量新的对比形成过程中来到华沙的。他一方面称赞瓦文萨是“我
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们时代的英雄之一“
，另一方面又把雅鲁泽尔斯基说成是“站在改革者前列的政治家，在东欧国家的改革中也占有重要地位。”美国历来重视波兰。这是布什第二次访问波兰，第一次访问是在1987年9月，当时他以美国副总统身份访问波兰。
美国官员主张，由布什建议由西方主要工业化国家成立一个“国际财团”
，向波兰和匈牙利提供新投资援助，同时监督他们的经济改革。
7月10日，布什在波兰议会的一次联席会议上宣布了“援助波兰行动计划”。
他答应给波兰1亿美元的基金，作为波兰发展私营企业的贷款或赠款，他许诺敦促世界银行落实一笔用于工厂现代化的324亿美元的贷款。
由于援B助基金太少，布什的这项援助计划使波兰政府和团结工会都感到失望。
7月11日，瓦文萨同布什共进午餐后对记者说：“我们期望价值100亿美元的合作。
这可能会解决这里的燃眉之急，帮助我们解决绝大部分问题。“
布什访波后，团结工会改变了对总统人选的态度。
7月14日，瓦文萨说，团结工会同意选举雅鲁泽尔斯基为波兰总统。
他的讲话为总统选举扫清了道路。
7月17日，雅鲁泽尔斯基在会见团结工会议员团时发表声明，说他已决定同意做总统候选人。
1989年7月19日，波兰统一工人党议员团主席马。奥热霍夫斯基在议会发表声明，推荐雅鲁泽尔斯基作总统候选人。当晚，两院议员选举总统，雅鲁泽尔斯基是唯一的候选人。在437张有效票中，赞成雅鲁泽尔斯基的有270票，比半数仅多1票，反对的有233票，弃权的有34票。雅鲁泽尔斯基当选为波兰人民共和国总统。
7月28日，在波兰统一工
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人党13中全会续会上，雅鲁泽尔斯基辞去了波兰统一工人党中央第一书记职务，新当选的党中央第一书记是即将卸去总理职务的拉科夫斯基。
