宋遗民郑思肖听到元军败讯，仍旧大喜，作《元鞑攻日本败北歌》，此诗的前序简明扼要，除数字有出入外，简捷明了地勾勒了元朝二次征倭的史实：
“元贼闻其富庶，怒倭主不来臣，竭此土民力，办舟舰往攻焉，欲空其国所有而归。辛巳（至元十八年）六月半，元贼由四明下海，大船七千只，至七月半，抵倭口白骨山，筑土城驻兵对垒。晦日，大风雨作，雹大如拳，船为大浪掀播沉坏，鞑军半没于海，船仅回四百余只。二十万人在白骨山上，无船渡归，为倭人尽剿。山上素无人居，唯多巨蛇，相传唐东征军士咸陨命于此山，故曰白骨山，又曰枯髅山。”
此诗开头，即讲明倭国乃远方九夷之一，又相隔大海，不易攻取：“东方九夷倭一尔，海水截界自飞宇。”在描述倭国道远国瘠之后，诗人笔锋一转，指斥犬羊（元朝统治者）欲心过炽，徒取污辱与失败：
“厥今犬羊贪犹炽，瞠目东望心如虎。驱兵驾海气吞空，势力虽强天弗与。鬼吹黑潮播海翻，雹大如拳密如雨。七千巨舰百万兵，老龙怒取归水府。犬羊发怒与天敌，又谋竭力必于取。已刳江南民髓干，又行并户抽厂语。凶焰烧眼口竟哑，志士闷闷病如蛊。”
占城爪哇铩羽而归
占城，中国古书中又称日南、林邑、占婆，位于今天的越南中部。隋炀帝时，曾派大将刘方大败林邑国的大象军团，攻入林邑国都，吓得林邑国王梵志逃入海中。隋兵凯旋，缴获林邑国王家庙内纯金铸制的金人十八座，振旅而还。林邑国王待隋兵回撤后，忙上表称臣。唐、宋以来，林邑王对中原王朝很恭敬，贡献不断，每年都向中原帝王孝敬沉香、象牙、玳瑁、檀香、胡椒等土产方物。北宋时期，高产的占城稻种也传入内地，使得宋朝的粮食增产不少。
元朝灭南宋后，占城国王忙不迭上表称臣，贡献金宝，忽必烈遂设占城行省，并封其国王为占城郡王，授以虎符。占城王年老，其子补的（这名字真怪）专权，竟敢在中途扣留元朝派往暹国和马八儿国的国使船只。忽必烈大怒，于至元十七年底（1280年）派唆都率兵从广州出发，乘船进攻占城。相持日久，元军数次谕降，占城皆不听，并回信表示“刻期请战”。至元二十年（1283）年正月间，元军大举进攻占城，击败占城象军，杀掉数千占城兵将。占城国王弃宫殿而逃，临行烧毁仓库，并杀掉一直扣留的元朝使臣数人。不久，出于缓兵之计，占城国王派其舅宝脱秃花一行三十余人，携金银布帛往元营请罪，表示国王病重不能亲自来营，世子补的三日后会亲自向元将道歉。一连数日，宝脱秃花均派人来借口拖延，元将不知是计，呆在原地傻等，丧失了一举歼灭占城王室的大好机会。后来，长期居于占城的南宋人曾延等人来报，说占城国王正在鸦侯山一带招兵买马，修整残兵，准备与元军再战。元将这才醒过味来，派兵追剿时，占城国王已经聚拢了两万多军马严阵以待。
元军派万户张颙统兵进攻，山寨险峻，易守难攻。元军撤退时，又在密林中遇伏兵，死伤不少。元军主将唆都见情势如此，只得率军回国。元朝江南行省不知情，仍旧派军队来助攻，由万户忽都虎率领。这只军队到达占城野眉莲港，见元军营舍在撤退前已自己放火一把烧尽，方知唆都已经撤军。占城王国见好就收，派人持书献与忽都虎表示向元朝附降。忽都虎让占城国王父子亲自入朝谢罪并入贡，这位南蛮王爷表示国穷无物贡献，并声称“来年当备礼物，令嫡子入朝”，狠狠地忽悠了元朝一把。后来，元军想借道交趾再伐占城，“不果行”。
至于爪哇，即今天印尼的爪哇岛，“其人则丑怪，情性语言与中国不能相通”。但是，大元威名，声震世界，爪哇王在1280年和1286年曾两次派使臣来元朝，很想大打一阵秋风。不料，元朝的忽必烈不是爱面子的汉人君王，他惦记的是对方孝敬自己宝物，绝不会让对方“空手套白狼”，严命爪哇王亲自来大都入见。至元二十九年（1292年）元使出使爪哇，见其国王后言语傲慢，责其献宝、称臣、遣质子往大都。本来想捞钱的爪哇王大怒，命人把元使按在地上在脸上剌花纹以示污辱。
不用说，忽必烈很生气，后果很严重。于是，元廷命福建行省集千艘战船、兵士两万多人，出征爪哇。此次出征，福建、江西、湖广三个行省皆出兵出船，在泉州集结后，大军扬帆直杀爪哇。不巧的是，爪哇王当时正与另外的葛郎国岛王对攻，并在战斗中被杀。爪哇王女婿土罕必者耶脑子活，忙派人怀揣山川户口来向元军投降，并要求元军帮助自己攻打葛郎国军队。元军大喜，立刻加入战场，葛郎国军队被杀、淹死近两万人，其国王也不得不出城向元军投降。元军“抚谕令还”，扣留了他的妻儿及百余人官属。
土罕必者耶见元军势盛，千恩万谢之余，表示说自己要回国都，准备正式的降表并搜罗宫内所有珍宝来献。元将不疑有诈，不仅马上放行，还派二百元兵护送他回城。不料，土罕必者耶狼心狗肺，边走边算计，一路派人秘密联络旧部，在半途中忽然变脸，杀掉护送他的元军将领数人，并掉转头带领爪哇军向猝不及防的元军发动进攻。元军这下亏吃大了，加上地形不熟，边打边撤，退到岸边后上军船撤退回国。
此次征爪哇，最倒霉的当属葛郎国，本来杀掉了爪哇王取得大胜，半截被元军横插一杠子，人马军资损失无数外，国王的妻儿百官还被元军在撤退时带走，真正倒了血霉。
于元朝而言，爪哇征战，也是无功而返。
除此以外，元朝在1291年还派数千兵去征战流求（今天的台湾），但最后只控制了澎湖列岛。1292年，元军曾有二百多人登上台湾岛，人生地不熟，三人中当地土人的毒箭而死。元将不敢多待，忙登船离开。
西南森林的泥沼：安南战场的狼狈
安南，乃古交趾地。秦朝统一时，势力范围已经从今天的广东广西延伸至安南。秦亡后，秦朝的南海尉赵佗对交趾发动进攻，“击并之”。汉朝时，交趾成为正式的郡。征侧姐妹叛乱，大将马援（马革裹尸那位爷）率军击灭之，并立铜柱纪功标界。唐朝时，交趾归岭南节度。至宋建国，敕封丁部领为交趾郡王，三世之后，其臣李公蕴纂位，宋朝做顺水人情，封李公蕴为交趾王。李氏安南共传八代，至李时，他的女婿陈日煚推翻老丈人的李氏王朝，自己为王，进入陈氏安南时代。
蒙哥汗时，忽必烈带领众将平定大理后，留大将兀良合占“攻诸夷之未附者”。这位元将能战，见所遣信使未返，便在1257年秋发大军进攻安南。时值蒙古兵盛锐之时，双方甫一交手，“交人震骇”，水陆军大败。蒙军杀人无算不说，又缴获大量战船，一鼓作气，直入安南国都。国王陈日煚篡国在行，打仗不是很行，撒丫子就跑到海岛上躲避元军。蒙军入城后，发现先前所派的两个信使被安南人关在狱中，“以破竹束体入肤”，其中，一个人已经被折磨至死。蒙古人最不能忍受“杀使”之辱，马上做出他们最本能的反应：屠城。大杀九天后，“以气候郁热，乃班师”。行前，又派二个信使持信招安南国王归降。
陈日煚回到国都，见满城死人，宫殿尽毁，悲愤至极。不过，他再不敢杀使，只是派人把两个元使捆上遣送出去。
经过这次打击，陈日煚受刺激不小，转年即传位于自己的独生子陈光昺。陈光昺知道蒙古人不好惹，主动派人向蒙古纳款。
忽必烈即汗位后，马上派出使臣往谕安南，封陈光昺为安南国王，并准许其“三年一贡”。果然，时隔三年，忽必烈十分“惦记”安南，降诏其国，让安南国王每三年都要晋献苏合油、光香、金、银、朱砂、沉香、犀角、象牙等物品，并要各选儒士、医人、巫师及“诸色人匠”各三人。同时，忽必烈又派讷剌丁佩虎符充当“达鲁花赤”去监察安南。陈光昺惊畏之余，派人带大量方物贡献，但上书请求忽必烈免索儒士土匠等人。忽必烈“答诏许之”，随即想出更为苛刻的“六事”：一、君长亲朝（国王亲自入都朝见）；二，子弟入质；三，上呈编民户籍；四，出军役助蒙军攻伐；五，输纳税赋；六，仍置达鲁花赤统治之。除此而外，忽必烈还要安南进献巨象数头。
安南国王很恼火，受诏时只是一揖而受，并未跪拜。同时，他采用一个“拖”字诀，除贡献土产外，“六事”之中其它过分的要求一概敷衍，并声称象奴恋家，故而大象也不能及时贡献给元朝。反正天高皇帝远，当时蒙古人又忙于攻伐诸国，安南人事情能拖就拖，东西能不给就不给，并于至元十二年上表，“请罢本国达鲁花赤”。
忽必烈在“原则”问题上绝不让步，严诏安南依“六事”行事。
圣元十四年，安南王陈光昺病死，世子陈日烜继位。元廷知悉后，马上遣使臣来。
陈日烜态度很恭敬，亲自到驿馆奉迎国使，拜读诏书。元使柴椿很不客气，对他说：“汝国内附大元二十余年，六事从未毕从。如果你不入朝面君，马上修城整军，以待大元天军来讨！”陈日烜很会装可怜，哀乞道：“先君弃世，我初继位，闻皇帝诏书来，喜惧交集。我生长于深宫之中，不习乘骑，不谙风土，如果上路往朝皇帝，恐怕会病死在路上。希望您回京转达，我们一定按时贡献异宝奇珍。”柴椿不听这套，严斥道：“宋主（被俘的宋恭帝）年未十岁，亦生长于深宫，如何能亲至京师！我等此事，只为召你入京，非为珍宝而来！”
陈日烜学他老爸，又用“拖”字诀，派三个大臣随柴椿等人还大都，“兼贡方物及二驯象”，他自己装病，上表忽必烈哀求说：“孤臣廪气软弱，恐道路艰难，徒暴白骨，致陛下哀伤，而无益于朝之万一。伏望陛下怜小国之辽远，令臣得与鳏寡孤独保其性命，以终事陛下。此孤臣之至幸，小国生灵之大福也。”
忽必烈平生见硬口刚强的不多，这种“可怜”装孙子可是见多了。见到安南使臣后，他丝毫不为所动，认定陈日烜是“饰辞托故，延岁引时”，并表示：“若果不能自觐则积金以代其身，两珠以代其目，副以贤士、方技、子女、工匠各二，以代其土民。不然，修尔城池，以待其审处焉！”话虽严厉，满含威胁，实际上也做出了让步，只要派子弟工匠带着与安南王身量一样大的纯金人来献，就饶你可以不亲来大都。
陈日烜当然不来，也不敢来，但胳膊又拧不过大腿，便派自己的叔叔陈遗爱来朝，自己在国内装病。
忽必烈不高兴，宣诏立陈遗爱为安南国王，准备发兵讨安南。
但安南并未明叛，元廷就以讨伐占城为名，要安南出兵出粮助战，还要“借道”安南。
占城是安南的附庸，陈日烜当然不干，他一方面上表元朝哀求皇帝大慈大悲放过占城，一面暗中派两万兵及二百战船帮助占城抵抗元军。见安南如此“执迷不悟”，元世祖决定用兵。不久，陈日烜的弟弟陈璨向元朝荆湖行省写信，“自愿纳款归降”。元朝的荆湖行省右丞唆都也上奏：“交趾（安南）与占腊、占城、云南、暹、缅诸国接壤，可即其地立省；及于越里、潮州、毗兰三道屯军镇戌，因其粮饷以给士卒，庶免海道传输之劳。”
元军由忽必烈儿子镇南王脱欢率领，在至元二十一年向安南进发。当然，元军声称是借道安南攻占城，并要安南提供粮草支援。安南王不傻，下令其堂兄光道王陈峻提兵在边界戒候元军。元军两道进击，安南人也调兵拒守丘温（今琼山北）、丘急岭等隘路险关，元军过可离隘，在油板隘大败安南军，杀其大将。不久，元军又分六路攻击，陈峻不敌，慌忙遁逃，元军追至万劫，攻破诸隘，直逼富良江（今红河），并缚筏为桥，大败安南水陆军。安南军抵抗一阵后，不敌，皆败走。元军乘胜，直抵其都城升龙（今河内），安南王弃都而逃。
这位安南王也很有意思，败逃之余，他先自称“大越国王宪天体道大明光孝皇帝”，又改名为“陈威晃”，接着，他做惊人之举，自称太上皇，禅位于自己的儿子。而且，陈日烜还命人四处张贴告示，不许安南人投降。由于元军一向残暴，安南的百姓投降者甚寡，倒是王室宗亲及南宋败逃到这里的汉官有不少人入元营投降。
元军“自入其境，大小七战，取地二千余里、王宫四所”。陈日烜和他爸一样，不羞逃跑，反正安南水阔林密，往来走匿，和元军捉起了迷藏。最后，陈日烜的弟弟陈益稷“率其本宗与其妻子官吏来降”。
表面上看，元军形势大好，屡战屡胜，其实处境非常不妙。时至夏季，大军深入，久战兵疲，给养困难。安南兵“虽数败散，然增兵转多”，特别是当地的地形，“蒙古军马不能施其技”，崎岖湿滑，昔日战无不胜的蒙古铁骑根本不能施展。于是，诸将集议后，元军放弃升龙，渡江北岸，开始撤军。
回撤途中，安南军一路追堵截杀，元军或被杀、或溺死，损失惨重。
特别值得一提的是，狼狈撤退中，元朝名将李恒、唆都二人皆丧命。李恒是为了保护镇南王脱欢，自告奋勇率兵殿后，被安南人用毒箭射死。唆都不知元军主力回撤，领兵趋奔乾满江附近时，为安南军邀击，力战不支被杀。
李恒本西夏皇族，七岁时城陷被俘，被蒙古宗王收为养子。后来，在灭南宋战役中，李恒数败宋将，特别是在江西等地，追杀文天祥一部宋军不遗余力，并在厓山充当张弘范副手最终灭亡了南宋，可称是蒙古人的最得力鹰犬。李恒在安南撤退时，只是腿部中箭，但安南人使用了环保的“生物武器”，使得这位元将在思明州（今广西宁明）毒发身亡，时年五十。
唆都乃蒙古扎剌儿部人，骁勇善战，禁卫军出身。他在元朝平宋过程中获功不小，曾大败宋将范文虎的舟师，并随伯颜一路攻城掠地，直杀到临安城下，也曾当过主要负责监视文天祥的“馆伴”。张世杰在福州等地抗元，唆都在福建大肆杀人，兴化、漳州等地的居民全部被他屠杀一空。而后，他又率兵攻打潮州，城陷后故伎重施，遍屠当地居民。后来，元朝攻占城，唆都率战船千艘出广州，把号称有众二十万的占城兵杀得大败，首战得捷，“斩首并溺死者五万余人”，百战良将，凶神恶煞，竟然也在仓皇撤军途中遭遇安南兵，浑身被捅成血窟窿。
从这两个大将之死，就可见出此次元军安南之役的损失之大。
本来，忽必烈已经设立征东行省，准备派众将三征日本，正是因为安南失利，忽必烈才不得已取消此次征日行动。元朝吏部尚书刘宣也力谏：
“近议复置征东行省，再兴日本之师，此役不息，安危系焉。唆都建伐占城，（阿里）海涯言平交趾，三数年间，湖广、江西供给船只、军需、粮运，官民大扰；广东群盗并起，军兵远涉江海瘴毒之地，死伤过半，即日连兵未解。且交趾（安南）与我接境，蕞尔小邦，遣亲王（脱欢）提兵深入，未见报功；唆都为贼所杀，自遗羞辱。况日本海洋万里，疆土阔远，非二国可比。今次出师，动众履险，纵不遇风，可致彼岸，倭国地广，徒众猥多，彼兵四集，我师无授，万一不利，欲发救兵，其能飞渡耶！隋伐高丽，三次大举，数见败北，丧师百万；唐太宗以英武自负，亲征高丽，虽取数城而还，徒增追悔。且高丽平壤诸城，皆居陆地，去中原不远，以二国之众加之，尚不能克，况日本僻在海隅，与中国相悬万里哉！”
安南之役的失败和刘宣一席话，其实也是一轮“神风”，又一次使倭国列岛免于灭顶之灾。
元军各行省军在潭州修整后，为报“奇耻大辱”，在至元二十三年（1285年）大举南伐，下命镇南王脱欢和左丞相阿里海涯平定安南后，扶投降元朝的陈益稷为安南国王。
六月，元朝大军一入境，安南王陈日烜“复弃城遁”，逃跑成习惯。
由于太子真金的病亡以及卢世荣被杀后元朝财力的捉襟见肘，忽必烈对安南之征心存犹豫。为此，吏部尚书刘宣又上言，指出：
“安南臣事已久，岁贡未尝愆期，往者用兵无功，疮痍未复，今又下令再征，闻者莫不恐惧。且交、广炎瘴之地，毒气害人，甚于兵刃。今以七月会诸道兵于静江，比至安南，病死必众，缓急遇敌，何以应之？又，交趾无粮，水路难通，不免陆运。兼无车牛驮载，一夫担米五斗，往还自食外，官得其半，若十万石用四十万人，止可供一二月军粮，搬载船料军需，通用五六十万众。广西、湖南，调度频数，民多离散，户令供役，亦不能办。况湖广密迩溪洞，寇盗常多，万一奸人伺隙，大兵一出，乘虚生变，虽有留后人马，疲弱衰老，卒难应变。何不与彼中军官深知事体者，论量万全方略！不然，将复蹈前辙矣。”
元朝的湖广宣慰司也上奏说民力已尽，不胜其困，希望“俟来岁天时稍利”再南伐。思考后，忽必烈同意，下诏止军，暂停伐安南。
但是，转年正月（至元二十四年，1286年），元朝“发新附军千人从阿八赤讨安南。又诏发江淮、江西、湖广三省蒙古、汉军七万人，船五百艘，云南兵六千人，海外四州黎兵五千，海道运粮万户张文虎、费拱辰、陶大明运粮十七万石，分道以进”，并设征交趾行尚省，由镇南王脱欢节制。
此次元军十万左右大军进攻安南，准备充足，水陆并进。除在思明州派人留守辎重外，脱欢自率一道兵马由东道女儿关入击，程鹏飞等人领兵从西道永平进攻，并令阿八赤率万余精兵为前锋军，直杀安南境内。元军水军从海道出发，在安邦口遭遇安南水军四百多艘，首战克捷，斩首四千多，活捉一百多，获敌船百余艘。获胜后，直趋安南。程鹏飞一军连夺老鼠关、陷河关、茨竹关，十七战全胜，杀伤安南军甚重。镇南王脱欢一军进逼茅罗港，安南的兴道王陈峻慌忙逃遁，元军攻克浮山寨。
脱欢稳扎稳打，留程鹏飞率兵二万守万劫，在普赖山至灵山沿线修筑木栅工事。然后，他下令乌马儿与阿八赤率元军水陆两军，直趋交趾都城。陈日烜当然故伎重施，带着世子等人脚底抹油，弃都而逃，跑到敢喃堡固守。不久，元军攻克敢喃堡，陈日烜父子又乘船遁入茫茫大海之中。元军诸军齐追，在天长海口扎营，“不知其所之”。见追不上安南王陈氏父子，军粮马上要吃完，元军只得还军升龙，并派出乌马儿率水军出港迎接张文虎等人的粮船，同时，派数股部队入山，杀人搜粮。其间，元军各个击破，攻克个沉、魏寨、磨山等多个安南军战略据点。
至元二十五年三月，脱欢自己率军往万劫方向回军，命阿八赤为前锋，又破三江口，夺取安南屯兵据点三十多处，斩首万余级，获船二百多艘，得米十余万石。乌马儿水军在海上遇安南水军千余艘，突前冲击，打破对方，并获米四万多石。但是，元朝水军并未接应到张文虎等人的运粮船，只得掉头返回万劫。其实，张文虎那只运粮船队，在绿水洋（今越南广宁）遭遇大批安南水军，只得沉粮于水中，遁回琼州。费拱辰粮队也在惠州出发后遇大风，漂往琼州。而徐庆那一只运粮船队，同样是遇海风不得进，被吹至占城，最后也只得去琼州靠岸。由此，元军的补给基本无望。
至此，元军在战争中虽获军粮十多万石，屡战屡胜，但进入安南的元军人数太多，人吃马喂，粮草后勤很快就成了大问题。更可怕的是，天气渐热，安南的气候对于蒙古人、北方汉人等兵士来讲是最大的敌人，很快疾疫流行，元军减员严重。与此同时，“诸蛮复叛，所得险隘皆失守”。
在这种情况下，诸将不得不向脱欢直言：“交趾无城池可守，无仓庚可食，张文虎等人粮船又不至。天时已热，恐粮尽兵疲，不能久支。为避免朝廷蒙羞，宜全师而还。”
镇南王脱欢很郁闷，老父忽必烈这次给自己第二次机会来攻安南，正是想让自己戴罪立功挣回面子，殊不料又无功而返。审时度势，他也只能下令退军。于是，四月间，脱欢命乌马儿率水军先还，并派程鹏飞等人将兵护送。他本人率军从陆道往回撤。
安南王陈日烜此时来了精神，集散兵三十万守御东关，控扼元军归路，“诸军且战且行，日数十合”，元军撤军路上危险重重，安南兵又在暗处，挖陷阱，放毒箭，元军死伤无数。脱欢运气好，最终从单已县走小路逃往盝州，最终得还思明州。但是，乌马儿一部水军就没那么好运气了，他们在白藤江正中安南军队的埋伏，又遭火攻，元军不是被杀死就是被烧死，命好的掉入江中淹死得全尸。乌马儿等将领也在交战中被杀，几万人的水军全被安南人包了“饺子”。
虽然取得大胜，安南王陈日烜也怕元军第四次重来，他得便宜卖乖，“遣使来谢，进金人以代己罪”，总算让忽必烈面子上稍稍过得去，有台阶可下。
损兵折将不说，耗费钱财无数，大元朝的脸面丢得精光。蒙古自起兵以来，灭国无数，驰骋无敌，偏偏在安南这小河沟一而再、再而三翻船，确实让忽必烈震怒不已。特别是对儿子脱欢，更是恨他不争气，“令出镇扬州，终身不容入觐”。
其实，安南这只“耗子”之所以能击败元朝这只“大象”巨无霸，无非是地形、气候起了决定性因素，与战争性质的“正义”、“非正义”一点儿关系都没有。此外，元军残暴的声名也最终使安南内部团结起来，一致“抗鞑”，最终阻止了元军征服的步伐。
老皇帝忽必烈对安南之败耿耿于怀，一直想伺机报复，并在1292年部署兵力，准备四征安南。诏令未下，忽必烈病死，安南终于躲过大劫。
忽必烈死后，元成宗即位，罢征安南。当时，陈日烜已死，其子陈日燇在位，遣使入贡，双方关系保持得还算可以。安南使臣也胆大，趁朝贡期间私自绘制元朝宫苑图样，暗中购买元朝地图与禁书。到元仁宗时代，安南人更加放肆，数万军队进攻镇安州，“杀掠居民，焚烧仓廪庐舍”，大掠而去。不久，安南王世子亲自带兵进犯养利州，又杀掠两千余人。此时的元朝早无昔日威风，特别“讲理”，最终双方在外交层面“解决”了问题，元朝吃下哑巴亏。但无论如何，从名义上，安南一直以元朝藩属存在着。
8元朝帝王的“精神生活”——佞佛滥施
蒙古帝国兴起之后，施政残酷，赋税繁重，但在宗教政策方面却出奇的开放，允许“百花齐放”。当然，一切均有一个前题：为大元帝国服务！刀光剑影之中，十字架、降魔杵、道锣袄火，好不热闹。蒙古人本身信奉的宗教，是一种多神的萨满教，即女巫跳大神的那种原始宗教，占卜烧骨，驱魔治病，祈祷“长生天”，信仰“三魂”，形式比较低级。成吉思汗时代，中原汉地的僧人海云和道士邱处机等人深得青睐，但并非是这些人的道行和佛法让铁木真开窍，主要是老可汗想从这些人身上得取“常生不长”术，典型的蒙古实用主义思想。蒙哥汗时代，密宗大和尚那摩获得信任，并在1255年僧道第一次于和林举办的“大专辩论会”上击败道士，蒙哥汗为此宣布：“佛门如掌，余皆如指”，把藏传佛教置于儒、道两教之上。三年以后，僧道第二次辩论会开平之辩，由忽必烈主持，由于他本人的“上师”就是吐蕃人八思巴，倾向性明显，自然佛教又获胜。
八思巴像讲起元朝的藏传佛教，必定要讲八思巴这个人。此人是萨思迦派首领萨班的侄儿，七岁时即能诵经数十万言，“国人号之圣童，故名曰八思巴。”萨班去世后，这位少年便被拥戴为萨迦派第五位教主。1252年，八思巴在六盘山与时任“总领漠南军事”的蒙哥汗之弟忽必烈相见。由于要行军经过藏地，忽必烈把八思巴请来，本是想让他协助蒙军到藏地征集军需物资。八思巴婉拒，表示说藏地地广人稀，财源稀少。忽必烈恼怒，便想马上打发八思巴回老家。但是，由于忽必烈的正妻察必信奉密宗，便劝夫君说，八思巴功德盛大，应该把他留下。此前，察必刚刚接受了八思巴的“喜金钢灌顶”。“灌顶”本是古印度一种宗教仪式，即取四海之水灌洒于国王头顶以致福运，后为密宗借用，常以此仪式向人行传法灌顶和结缘灌顶。女人喜欢这些奇怪的仪式，察必受灌后把自己价值连城的一粒硕大珍珠“贡献”给八思巴，崇敬得不行。枕边风最硬，忽必烈又传八思巴入见。为了保住萨思迦派在藏的优势，八思巴历数自己宗族教派长期以来在吐蕃、西夏、印度等地的崇高地位。派人察问，一切属实，忽必烈大悦，与八思巴日见亲近。
在老婆察必撺掇下，忽必烈也想“灌顶”。关系好归关系好，八思巴非要忽必烈在仪式上跪受仪式，以弟子身份膜拜“上师”（即八思巴本人）。忽必烈不悦，蒙古人当时正在兴盛的巅峰，自然不愿意宗教凌驾于世俗王权之上。最后，还是察必提出一个折中方法：“听法及人少之时，上师可以坐上座。当王子、驸马、官员、臣民聚会时，恐不能镇伏，由汗王坐上座。吐蕃之事悉听上师之教，不请于上师不下诏命。”这稀泥和得好，既让忽必烈脸面过得去，又给了八思巴在吐蕃“话语权”的实惠。皆大欢喜之余，1253年初，忽必烈在大营中接受“喜金钢灌顶”仪式。当时，“弟子”38岁，“上师”才16岁。
仪式结束后，忽必烈向八思巴“孝敬”了一块由巨大羊脂好玉雕成的印玺，并赠黄金白银珍宝袈裟无数。而后，有好长一段时间八思巴经凉州返回西藏，但师徒二人精神上的关系十分亲密。
忽必烈支持密宗、推崇藏传佛教的最初出发点，无非是想“因其俗而（怀）柔其人”，统战手段而已。但蒙古人一直缺乏健全的、高级的“精神生活”，佛教又“博大精深”，忽必烈很快就成为真正虔诚的佛教徒。中统元年（公元1260年），忽必烈继汗位后，马上封八思巴为国师，授其白玉大印，“任中原法主，统天下教门”。至元元年（1264年），忽必烈又设总制院（圣元二十五年改名为“宣政院”），负责蒙古的一切宗教事务，并让八思巴负责。所以说，忽必烈时代，八思巴成为元帝国的一切辖地的“精神领袖”，真正的“教皇”。藏传佛教，终于奠定了他们在蒙古统治地区的无上地位。
八思巴对元朝做的真正有实际意义的一件事，是至元六年奉诏创制蒙古新字，“其字仅千余，其母凡四十有一”。在此之前，蒙古人自己没有本民族文字，刻木结草记事而已。蒙古人兴盛后，主要以汉语和畏兀儿语传递文书和发布命令，“考诸辽（国）、金（国），以及遐方诸国，例各有字。今（蒙古）文治浸兴，而字书有缺，于一代制度，实为未备”，所以，八思巴的“蒙古新字”，终于填空了元朝“立国规模”的一顶大空白。由此，忽必烈“升号八思巴曰‘大宝法王’，更赐玉印”。八思巴“新字”，实际上是在藏文字母的基础上，又弄出整套方形竖写的拼音字母。由于他本人精熟梵语、蒙古语，又是学者出身，在弟子帮助下，鼓捣出这种文字方案，应该不是件很难的事情。但是，由于八思巴文难于习写，不能在帝国中下层以及汉人中间推行，元末渐废弃不用。现在，八思巴文的研究反而成为不少中外学者的“饭碗”，因为忽必烈时代不少公文、案牍、碑刻以及钱币上均有八思巴文，许多佛经也译成八思巴文。
1276年，八思巴回藏地。忽必烈依依不舍，一直把这位“精神导师”送到青海的阿尼玛卿雪山之下，二人才依依惜别。估计在大都八年多，大和尚得了“氧中毒”，四年之后，八思巴就病死，年四十六。忽必烈闻之震悼，赐号“皇天之下一人之上开教宣文辅治大圣至德普觉真智佑国如意大宝法王、西天佛子、大元帝师”。基本把能用上的好字都用上了。
从八思巴本人讲，他不仅推动了蒙藏之间的关系，又加强了吐蕃藏地依附中原帝国的纽带，确实算个“好人”。而后，清朝帝王有样学样，进一步利用宗教关系加强了对西藏的统治，并推陈出新，创造出达赖、班禅等转世制度，确保了对藏地的统治。
此外，据元末作家叶子奇的《草木子》记载，忽必烈尊崇八思巴，还有以下的一个原因：
世祖（忽必烈）既定天下，从容问刘太保（刘秉忠）曰：“天下无不败之家，无不亡之国，朕之天下，后当谁得之？”刘（秉忠）曰：“西方之人得之。”世祖以八思麻（八思巴）帝师有功，佐平天下，意其类当代有天下。（忽必烈）思为子孙长久计，欲阴损其福，而泄其气。于是，尊其爵至于一人之下，万人之上。丰其养至于东南数十郡之财不足以资之，隆其礼至于王公妃主皆拜伏如奴隶。甚而为授记，藉地以发摩顶以足代马凳子以脊，极其卑贱。及其（八思巴）既死，复于西方再请一人，以袭其位，事之一遵其制。其所以待之如此者，盖所以虚隆其至贵之礼，冀阴消其天下之福，以延其（忽必烈的元朝）国家之命。岂知历数不可以虚邀，福禄为彼之妄得？
这种记述，很有可能也是忽必烈的一种心理因素，毕竟元朝皇帝都是大迷信之人。可见，后来的清朝达赖和班禅的转世制度，最早的灵感都是源于忽必烈。
由于八思巴受到如此宠遇，蕃僧在元朝国内的地位日益提高。这些人自恃能为蒙古帝王祈祷行愿，恃恩恣行，成为“色目人”中势力最大的一伙儿。忽必烈即位不久即颁诏书，下令各级官员、军队对藏僧“皆不准欺凌，不准摊派兵役、赋税和劳役”。密宗的殿舍，金牌使者也不能占宿，更不准向喇嘛庙“索取饮食和乌拉差役”，并且详细列明密宗寺庙不能占用的财产名目。
至于施舍赏赐方面，元朝皇帝对密宗僧人的滥赏，数目之巨，骇人心目。仅忽必烈对八思巴一人的赏赐，就令当时的汉人大臣感慨：“国家财赋，半入西蕃。”而且，元朝基本上每位皇帝即位前，都要接受形式繁琐的藏传佛教仪式，“先受佛戒，方正大宝。”由此，元朝皇帝对藏僧赐物赐田，不计其数。举例来讲，据“虞集大护国仁王寺恒方碑”记载，这一处寺庙，就在大都城外拥有水地近三万顷，陆地三万五千倾，并占有山林湖泊鱼荡竹场等二十九处；泰定帝时，大天源延寺在吉安、平江二地就有一千多亩田为“永业”；元文宗时代，川地的大承天护圣寺，一次就获赐十六万九千多顷土地为“永业”。与之相较，云南一地，建孔子庙为学校，元廷仅拔地五顷。没过几年，这五顷地仍为当地的大德寺所侵夺。
由于地位尊崇，有地可图，藏僧来内地也络绎不绝。元朝大德年间，藏地每年平均有千名僧人来内地，其中除一些奉召为帝王宗室做佛事外，不少人是来中原和江南贩运货物求财的。他们往返的巨额费用不仅元政府要“报销”，连交通工具都是元朝政府全程提供。由于贩运货物数目巨大，每年都累死驿马无数。为此，元朝的汉臣痛心疾首地讲：“佛以清净为本，而僧徒（包括内地的汉僧）贪慕货利，一事所需，金帛无算。生民脂膏，纵其所欲。（此辈）又复畜养妻子，行不修法，适足以亵慢天神。比来佛事愈烦，累朝享国不永。”特别可恶的是，不少藏僧身佩金虎圆符，“络绎道路，驺骑数百，驿舍至不能容。”气焰嚣张之外，还常常霸占民房，逼淫妇女，没有一点佛家子弟气象。
可笑的是，元朝统治者，不仅帝王宗室男子受戒，妃主及贵臣妻妾，也常常延诏帝师入家中“受戒”。“其夫自外归，闻娘子受戒，则闭户不入。”如此，“受戒”竟成为贵族妇女与番僧淫乱的绝佳借口，蒙古王公往往戴大绿帽也不悟。八思巴见忽必烈壁画
“妃王寡居者，间数日，则亲自赴堂受戒，往往恣其淫佚，名曰‘大布施’，又曰‘以身布施’”（《草木子》）。这些大和尚平日酒肉不离口，营养丰富，吃嘛嘛香，身体特棒，自然踊跃兴奋地“为淫民服务”，满足那些寡居久旷的贵族妇女欲求。由此，他们又会得到更多的物质回报。“为其徒者，怙势恣睢，日新月盛，气焰薰灼，延于四方，为害不可胜言。”最嚣张时，不仅藏僧敢从监狱抢人，连宗王王妃也敢因争道而拉之下马，痛打恶骂，胆大包天。“事闻，诏释不问”。元文宗时，还颁旨令：“凡民殴西僧者，截其手；詈（骂）之者，断其舌”，对藏僧回护至极。
番僧中最恶者，当属杨琏真加。忽必烈时代，此人被任命为“江南释教总统”。这位杨琏真加“怙恩横肆，势焰烁人，穷骄极淫，不可具状”。他最大的“功劳”，是在元世祖默许下，发掘南宋诸帝陵寝。穷刨深掘后，杨琏真加盗尽南宋陵墓内的珍宝，然后把诸帝尸骨混在一起，又杂置牛马枯骨埋于地下，上筑一塔，名曰镇南塔。而且，密宗习俗，“得帝王骷髅，可以厌胜致富”，所以，南宋诸帝的头盖骨，均被杨“总统”挖出镶金嵌银当成洁器和酒器。特别是宋理宗尸体，由于传说中他嘴里有大粒夜明珠，被杨琏真加派人倒悬于树上，沥干水银后，遍剖胸腔头部，探找那只大珠子。除南宋诸帝陵外，杨“总统”连南宋旧臣的坟墓也不放过，共掘坟一百一十一处，彻头彻尾一个“掘坟贼”。杭州任上，杨琏真加“受人献美女宝物无算，且攘夺盗取财物，计金一千七百两、银六千八百两、玉带九、玉器大小百十有一、杂宝贝五十有二、大珠五十两、钞一十一万六千二百锭、田二万三千亩，私庇平民不输公赋者二万三千户（赋税直接交他）……”这些“罪状”，只是他贪渎的很小一部分，“他所藏匿未露者不论也”。对此，元廷的处理也只是“籍其妻孥田亩”，抄家了事，没过多久就把杨琏真加放了。现在，杭州灵隐寺内那些山上不伦不类的石佛像，皆是当年杨“总统”的杰作。
对于宗教，忽必烈其实也是一个彻头彻尾的实用主义者，只要对他“有用”。信奉什么都可以，前提是必须为蒙古统治服务。看似开明的宗教政策，实则蕴含勃勃杀机。举例讲，忽必烈对伊斯兰教大力扶持，但当有基督徒告诉他《可兰经》中有“尽杀一切多神教徒”时，他登时青筋暴露，马上找来大都的伊斯兰教士（蒙语译为“答失蛮”）询问此事是否属实。其中一名教士回答说确实有此类记载。忽必烈冷笑：“真主既然命令尔等尽诛异教徒，奈何尔等现在不立时杀尽他们呢？”此教士傻不拉叽回答：“时机未至，吾等尚缺尽诛异教徒的手段。”忽必烈大脸一沉，怒叱道：“我倒有此手段！”立命卫士把回话教士的脑袋卸掉。同时，他对回回人割喉杀羊的习俗和其他饮食习俗也十分不满，表示：“此辈乃我大元奴属，饮食敢不随我朝乎！”同时下令，敢有再以断喉法宰杀羊只的，将被以同种方式处死。
虽如此，由于元朝回回人能经商致富和为蒙古人敛财，仍旧大受信任。特别是阿合马专政二十年，援引同类，回回人的势力更是渗透到帝国各个角落。值得注意的是，阿合马本人似乎并不是虔诚的伊斯兰教徒。
在宗教方面，忽必烈也擅长在各教之间搞制衡。乃颜叛乱失败后，望见战场上狼藉遍地的顶端饰有十字架的乃颜部军旗，元军中的伊斯兰教徒欢呼：“看吧，跟随这种宗教的人，已经被歼灭了！”忽必烈闻言，坐在大象背上顿发雷霆，发表高论，指出乃颜的失败，正是他叛逆之行激怒了上帝，所以才遭严惩。“上帝”是不能被冤屈的，上帝不会站在乃颜这种谋逆之贼的一边。所以，每逢复活节等节日，忽必烈总是装出一脸虔诚，与基督徒们一起举行宗教仪式，像模像样，收买人心。从他对马可·波罗一家的厚待，可以看出忽必烈对基督徒确实有好感。这些人不仅能向他贡献各种异宝奇珍，又能向他讲述各种奇闻佚事和蒙古人未到之地的风土人情。
忽必烈时代，中国的本土宗教道教最为沦落。邱处机死后，全真派随着教长的死亡一蹶不振。特别是二次佛道大辩论，倾向性明显的忽必烈彻查道教徒伪造道经之事，并下令当众剃掉参与辩论的道士头发，迫其为僧，狠狠羞辱了这些“仙风道骨”的道徒。当然，道教中的正一道“天师”张可大由于在忽必烈攻南宋鄂州时献过媚言，说“王爷后二十年当一统天下”，忽必烈记之于心。大元建立后，张可大已死，忽必烈便把其子召至大都封官晋爵，派他主持江南地区的道教事务。所以，忽必烈本人身上“萨满教”的蒙古人心性十分明显，对于谶言、巫术、烧骨、施咒等等怪力乱神最感兴趣，教门义理倒成为次要。除正一派外，北方的太一道因能为皇帝“祠醮”，也一度大受青睐。总体而言，元代社会中，汉人本土宗教道教颓势明显，连遭打击。且一蹶不振。到了清朝，异族入统中原的帝王们与元帝一样崇佛，道教更是被排挤得几无立足之地。
值得一提的是，蒙古人对亚洲特别是中西亚的伊斯兰化，做出了很大的“贡献”。以伊儿汗国为例，旭烈兀与其蒙古、突厥上层统治集团曾到处残杀迫害伊斯兰教徒。但是，到他曾孙合赞汗统治期间，为了能使宝座稳固，合赞汗下令全体上层蒙古统治集团及军队将领、士兵全部皈依伊斯兰教，由此，波斯大地彻头彻尾变成了伊斯兰地区。昔日存在的多种宗教，几乎全为一种宗教所代替。这种局面，如果不是蒙古人的铁血政策，单靠宗教本身的力量，不可能如此快地“立竿见影”。在汉地，忽必烈并未被儒臣说动“以夏变夷”，伊儿汗国和金帐汗国蒙古统治者却被当地征服者同化。同化后，他们靠强力使广大地区泛伊斯兰化。世界历史上最饶有趣味的一个现象是：一个地区一旦伊斯兰化，就会永远伊斯兰化。可悲的是，强力的合赞汗死后，伊儿汗国迅速衰落，军事帝国的弱点很快把汗国带入坟墓。而他推行的伊斯兰化，不过是为他人做嫁衣而已。
9虚幻的“大一统”—忽必烈死亡时的政治现实
至元二十四年（公元1287年），东北宗王乃颜造反。乃颜乃是成吉思汗弟弟斡赤斤的后代，其祖父乃着名的塔察儿国王也速不花。忽必烈统治后期，为了抑制东北诸王的势力，罢去北辽东道等宣慰司，在东北置行省进行统治。由于利益受损，乃颜大为不满，便勾结以海都为首的西北诸王，发动叛乱。
“时西北诸王多欲从之，帝以为忧”。由于侍臣出主意，忽必烈对骑墙的西北诸王大加赏赐，暂时分化了乃颜的联合阵营。虽如此，依旧有胜纳合儿、也不干等蒙古宗王与乃颜联兵，共同造反。忽必烈军事方面很有一手，他派伯颜先据和林，割断乃颜与海都等人的联系。然后，年逾古稀的老皇帝御驾亲征，从上都出发，往讨乃颜。
