指挥所是指挥员指挥作战的机构和场所，它是战场一切活动的中枢。城防战役指挥部应在战役开始前，组织开设指挥所，对城防军民实施高效、稳定、不间断地指挥，驾驭战场形势的发展，并夺取城市保卫战的胜利有重要意义。
为了适应现代城防战役的需要，城防战役指挥部通常应开设下列指挥所：
基本指挥所。它是城防战役指挥员实施指挥的基本场所，通常由城防战役军才的正职指挥员、参谋长、军兵种部队的主要指挥员、市政府有关领导同志、城市警备部队的主要指挥员和战役司令部的主要参谋人员，以及战役政治机关、后勤机关的有关人员组成，并配备通信、警卫、防空、工程兵、防化学兵、侦察兵等保障部（分）队。基本指挥所的位置一般应配置在外围，并力求在（靠近）主要防区（方向）开设，有时也可配置在市区核心防区内。应尽量利用有利地形，隐蔽于坚固的地下工事内，对城防战役实施全面指挥。
预备指挥所。它是为接替基本指挥所而建立的，是备用的指挥所，这在现代条件下作战尤为必要。预备指挥所通常由城防战役军团的副职指挥员率必要的参谋、政工、后勤人员及必要的军兵种部队的代表参加组成，并配备必要的通信、侦察、警卫等勤务保障部（分）队，在城区或外围比较稳定的地区开设。它与基本指挥所同时展开工作，但通常采用监听的方法掌握情况，不对下属实施指挥。当基本指挥所需要其实施指挥或基本指挥所的指挥中断时，立即接替基本指挥所的指挥，行使基本指挥所的职权。
前方指挥所。它是为了更好地掌握战场情况和加强主要防御方向或主要防区的指挥而尽量靠前建立的指挥所，通常由城防战役军团的副职指挥员率少数参谋人员和通信分队组成，可与基本指挥所同时开设，也可以作战进程中临时开设，主要是负责辅助基本指挥所指挥该方向（防区）部队的行动。城防战役军团的正职指挥员有时亦可进入前方指挥所实施指挥。
后方指挥所。它是为了统一组织与实施后方指挥而建立的，通常由城防战役军团分管后勤工作的副职指挥员负责，以后勤机关为主，司、政机关和市政府有关人员参加组成，配置在城区或外围便于指挥和隐蔽安全的地域，负责组织指挥军队的物资供应，医疗救护，武器装备修理和运输任务，以及军工生产、后方防卫等。
防空指挥所。它是为了统一组织与实施对空防御作战指挥而建立的，通常由空军部队指挥员为主，与陆（海）军对空作战部队的指挥员及市政府人民防空部门的领导同志组成，负责组织要地防空，野战防空和人民防空，统一指挥对空作战，夺取制空权，控制和开辟空中走廊等重大作战行动。
城防战役指挥部除开设上述指挥所之外，还应根据作战需要，不失时机地开设必要的临时指挥所和军兵种作战指挥所，以便对临时出现的重大情况和对高技术兵器实施有效地指挥。根据现代战争战场信息量宽大，情况变化急剧等特点，城防战役指挥所的开设应特别注意以下三个问题：
第一，尽量靠前配置。现代条件下作战，将指挥所尽量靠前配置，便于及时地掌握战场上的主要情况，实施有效指挥。我们不否认指挥员运筹帷幄，决策千里之外的可能性，但也不可否定指挥所靠前配置，实施靠前指挥的必要性。例如，发生在80年代的英阿马岛之战，英军登陆部队司令部始终在作战第一线。攻打马岛首府斯坦利港时，穆尔少将的指挥所就设在仅距市区20公里的肯特山上。正因为如此，才使英军指挥机构能及时地掌握战场形势的变化，及时修正决心，确保了作战指挥的需要，连阿方人士也不得不佩服英军这种靠前指挥的做法。我军各级指挥所靠前是一贯的传统，具有丰富的经验，应当在现代城防战役中继承和发扬。强调现代城防战役指挥所尽量靠前配置，并非是越靠前越好，而是在便于确保自身生存，保持指挥稳定的前提下尽量靠前，特别是基本指挥所的开设，力求能在外围就不在市区，能在（靠近）主要防御方向（防区）就不在次要方向（防区），千万不能依赖前方指挥所而贻误指挥。
第二，利用先进装备。为了增强指挥的快速反应能力和指挥所工作的高效率，保证指挥员不失时机的实施指挥，现代城防战役开设指挥所时，必须积极采用先进的科学成果，力争利用先进的技术装备，努力提高指挥工具的现代化、自动化水平，以便有力地辅助指挥员在错综复杂的情报信息流中迅速作出正确的决策。比如说，运用先进的侦察技术器材和手段，构成高效能的侦察情况体系。提高战场信息的反应力、摄取力和快速传递及处理能力，保证指挥员正确地判断情况，定下有针对性的决心；运用现代决策科学和决策手段，参入城防战役的组织准备和实施过程，改变过去那种单纯凭借指挥员的阅历、知识和智慧进行决策具有一定局限性的状况，提高指挥员决策的科学性；运用现代指挥通信手段，装置现代通信工具，建立可靠的通令保障体系，改变和防止那种信息不通，耳目不灵，反应迟钝的现象，达到通信联络灵敏畅通，命令指示传递迅速，情况信息反馈及时的要求。
第三，组织可靠保障。指挥所做为指挥中枢，要确保其实施指挥，就必须组织可靠地保障。有了可靠保障，才能适应现代战役指挥所的开设对隐蔽、疏散、机动的要求，才能提高指挥所的生存能力和再生能力。现代战役对指挥所的破坏与反破坏斗争十分尖锐，而且指挥所的类型多种多样，因此，保障可靠性的难度更大，任务更重，要求更高。所以，城防战役指挥员要十分重视组织指挥所的保障，周密计划，制定多种保障预案，有重点地合理使用各类保障部（分）队，充分发挥保障人员的积极性和主动性，采取各种有效措施，切实搞好指挥所的安全保障、技术保障、机动保障等等，以保证指挥所在任何情况下都能实施高效、稳定和不间断地指挥。
城市防御战役指挥机构序列表
