阿桂擒住了泽旺，一面差人将他送到京师，一面下书到索诺木，叫他将僧格桑引渡出来。谁知索诺木不惟不奉命令，反骂辱来使。阿桂大怒，当下会同温福请旨清廷，廷命温福为定边将军，阿桂为副将军，移师讨大金川，仍分两路进发。
大金川地势险恶，从前讷亲、张广泗屡遭失败，如今温福进兵，也被番众阻住。温福令提督董天弼还守小金川，自率军驻扎木果木地方。番众照昔年故事，遍筑碉卡抗拒清兵，温福也徒知攻碉，得不偿失。两边正相持不下，忽番兵从间道围攻，温福的兵和瓮中的鳖一般，被杀死的不可数计。温福到了此时，才奋勇起来，已是不及，被一弹穿过喉际，倒地死了。兵士不是被杀，便是逃走，幸亏海兰察一骑兵杀来，才突出重围。这时，阿桂正在河东，听了这消息，忙报告皇帝，当由皇帝令阿桂为定西将军，丰伸额明亮为副将军，并授福康安为征西总参赞大臣；《平定金川方略》书影一面又将泽旺在西市磔死，饬阿桂等扫穴犁庭，方许蒇事。阿桂等奉了朝命，感激圣恩，奋不顾身，分三路大进。这时是乾隆三十九年正月，直到七月方攻入那穆山。索诺木见清兵攻入，大惧起来，忙将僧格桑杀死，连僧格桑的家属，一并献出。
后来阿桂仍是前进，在酷冷的天气，并不停止。到了第二年正月，才到乌勒围。
乌勒围是索诺木的巢穴，防备得格外严密，不知死了多少兵士，才破入乌勒围。那索诺木早吓得一溜烟地逃去，偕同莎罗奔逃走到噶尔崖，会合了残部，死命抵抗，只是不肯投降。清兵到了此时，奋勇前进，番兵分道抵抗，死命拒战。
接连又是三月，才到了噶尔崖城下，兵士个个精神陡长，阿桂也奖励兵士。算计自启行以来，至此已历两年，途中几经艰苦，恨不得立平噶尔崖，稍泄胸中忿气。奈攻了三五日，毫不见效；又攻了一二十日，虽轰坏城堞数处，仍被敌兵补好，直至乾隆四十一年二月，城中食尽，索诺木始与莎罗奔挈家族二十余人出降。阿桂立饬人献俘京师，乾隆帝御午门受俘。因索诺木、莎罗奔等罪大恶极，着凌迟处死，其余家族人等，或斩或绞，或永远监禁，或充发为奴。封阿桂为一等诚谋英勇公；丰伸额本袭公爵，加赏继勇字号；明亮封一等襄勇伯；海兰察摧坚夺隘，格外超擢，封为一等超勇侯；福康安参赞有功，加封一等轻车都尉，照王公亲军校例，赏他补从六品蓝翎三缺，给护卫，并同阿桂皆画像紫光阁；又命留明亮为四川将军，改大金川为阿尔古厅，小金川为美诺厅，直隶四川。着令明亮镇守，阿桂等一律凯旋郊劳，如傅恒例。越数月，再命阿桂赴云南，与总督李侍尧勘定边界，严修战备，拟再图缅甸。缅酋孟驳闻风而惧，愿奉表入贡，献还俘虏，惟求开关互市。阿桂令先将俘虏释放，他只放一半。后来孟驳死了，奉暹罗国郑昭为王。郑昭又病死，雍藉牙少子孟云，服中国天威，乃由木邦赉金塔一座、驯象八只及宝石、番毯等，款关求贡，并将俘虏一并送还。清廷乃敕赐册印，封孟云为缅甸国王，并谕暹罗缅甸，不得继续用兵。自是暹罗、缅甸，统服属清朝。乾隆皇帝见大小金川已平，缅甸、暹罗又服，心中快乐，便和福康安、和珅等，不是下棋，便是喝酒；高兴的时候，和珅和皇帝常微服出宫，私逛京城里有名的窑子。弄得不好，被御史们晓得了，叩头谏奏，皇上总是一笑而已。只有刘统勋能正色直言地规谏，皇帝因他是个老忠臣，颇有几分忌惮。便是和珅看见了刘文正，也有点胆寒。这且不说。
在这年的秋天，中国的属境台湾，又有个林爽文作乱，闹得天翻地覆，死掉不少的官兵。谈起这林爽文本没什么势力，只因台民半是土着，半是客籍，彼此不睦，时常械斗。林爽文起义军军令地方官不去弹压，爽文假和解为名，结了几个党羽，设起一个天地会来。起初入会的人不过数十名，后来越结越多，连官署的差役也都入会。官吏虽有些风闻，终究得过且过，不愿查究，因此天地会竟横行了数十年。此时，适值总兵官柴大纪受职到台，闻知天地会横行无忌，遂命台湾知府孙景燧、彰化知县俞峻、副将赫生额、游击耿世文带兵缉捕。这孙景燧等统是酒囊饭袋，哪里敢去缉捕会徒？
奈因上峰督饬，没奈何前去搜查。林爽文本住彰化县的大理杙，地方很是险僻。孙景燧等不敢深入，只在五里外扎营。
无缘无故地将五里外的村落纵火焚毁，兵役乘势抢掳劫夺一空。村中的百姓并非天地会党羽，无罪遭祸，铤而走险，都逃入大理杙中，哭报爽文，哀求保护。爽文乃纠众出来，夤夜攻营。孙景燧等连忙逃走，带去的兵士，多被杀死。爽文遂进陷彰化，破诸罗，扰淡水。贪官污吏死的死，逃的逃。柴大纪忙令兵备道永福固守府城，自率兵出城五十里，到盐埕桥，遇着爽文前锋，奋力杀退，府城总算保全。大纪派人到福建告急，水师提督黄仕简、陆路提督任承恩、副将徐鼎士陆续带兵渡海，来援台湾。大纪接着，由黄仕简分派将士，督令恢复诸城。不想福建的援兵统是没用，都被爽文杀败。
任承恩亲攻敌巢，见了路途险僻，也畏惧不前，只差大纪收复诸罗，凌濠增垒，力任守御。清廷因黄任无功，严旨召还；命提督常青为靖逆将军，往台湾督师；又命署闽浙总督李侍尧，调粤兵四千、浙兵三千、驻防满兵一千，赴台助剿。
