随着帕里佐罗和丰塔纳纷纷落网，米兰审判在1900年1月10日中止，以便展开进一步的调查。这场审判马拉松才刚刚开始。
即使在米兰大揭露之后，帕里佐罗在拘留期间也并非没有朋友。事实上，他差点成功地免受审讯。
1900年6月，帕里佐罗的人推荐他竞选连任巴勒莫中部选区议员。面对圣乔治的审讯，黑手党需要一切可以争取的政治援助。随着西西里势力在国家政治舞台日益衰落，意大利航运总公司也需要它的老朋友。如果帕里佐罗当时选举成功，那么他将再次被授予议员豁免权。福罗里欧家族资助这次选举运动，甚至连伊纳齐奥·福罗里欧的母亲男爵夫人乔瓦纳·德昂德斯也加入了一个由帕里佐罗的妹妹发起的妇女支持联盟。光有这些当地支持并不够；政府支持帕里佐罗的对手，最后，唐·拉法莱·帕里佐罗没能获得胜利。
帕里佐罗在当地的支持者也几乎成功地阻止案子出庭。检察长科森察起草了一份报告，提出证据不足，不可审判的建议。来自国王的压力迫使他改变了结论，但是他仍然称证据“微不足道”。
第二场审讯开始前，丰塔纳的诉讼还得益于贼眉鼠眼的检票员朱塞佩·卡罗洛的死亡——他死于肝硬化。
第二场审讯在可能是意大利最庄严的法院大楼进行，那是博洛尼亚的一座宫殿，它的庭院和正面是由帕拉第奥〔※安德烈亚·帕拉第奥（Andrea Palladlo），（1508-1580）意大利建筑师。〕设计建造的。它豪华的室内是巴洛克式的，审判室镶嵌有雕刻精良的深色木料。博洛尼亚是一个政治上很保守的城市，不会出于同情而听取任何企图利用这个案子颠覆性蕴涵的人的申诉。
唐·拉法莱·帕里佐罗是第一个被从关押被告的监狱里传唤出来的证人。拘禁的日子使他显得苍老，他看起来瘦弱苍白，脸上的肉松垂在突出的下巴周围。他依然衣着光鲜，透过雅致的夹鼻眼镜细看他的记录。靠在椅背上，他以一种悲怆的姿态作证长达两天，证词伴随有阵阵呜咽和夸张的手势，他的声音时而是哀怨的低语，时而是蔑视的轰鸣。
各位陪审团成员，我相信你们没在我身上发现任何天生残暴的迹象。相反，你们看到的……是我遭受的由于派别仇恨、家族世仇和愤怒而造成的残忍、野蛮的不公正待遇所留下的不可消除的深深伤疤，而且派别仇恨、家族世仇和愤怒已经达成了一种协议，强的一方畏惧，弱者一方怯懦。那么，让不屑的、愤怒的人性说话吧！……我独自一人，我贫穷，而且我不属于任何派系。我死去的兄弟临死前对我说，“保护你自己，并捍卫家族的荣誉”。
被他激昂的证词消耗得筋疲力尽之后，唐·拉法莱·帕里佐罗因为慢性鼻出血复发而昏厥过去。
被指控事实上执行谋杀行动的朱塞佩·丰塔纳在证人席表现镇静、说话干脆利落，不像唐·拉法莱那么长篇大论。他很放松且衣着整洁。身穿一身深蓝色套装，他看起来就像他宣称的那样是一名诚实的柑橘水果商。在场的记者们注意到他强健的体格，还有他凹陷的眼缝，“就像长在泥捏的模型头上的两个深深的指孔”。丰塔纳停下来思考的方法很有特色，头向后仰，撅着嘴，然后沉着自信地继续他的陈述。有时候让人觉得他讲出来的证据似乎不是与自己有关，而是和别人有关。他甚至还在法庭上引起一阵笑声。当时他面带笑容说，如果像原告说的那样他是黑手党老板，那他大可不必亲自动手而是派他的手下去执行这一谋杀任务了。
他的表现极其熟练。作为黑手党军事组织的成员，丰塔纳比黑手党家族的政治赞助人抛头露面的机会更多。连准备接受帕里佐罗为他们自己人的政治家也为花费任何政治可信度去保护一个暴徒而感到紧张不安。
法庭上人们对使得丰塔纳长时间免受起诉的不在场证明给予了高度关注。他提供大量同伴证人来证明案发当天他事实上在突尼斯。1895年春，莱奥波多·诺塔巴托洛勇敢地前往北非去探查黑手党的踪迹。（圣乔治认为有一整个黑手党家族在那里运作。）莱奥波多在哈马马特〔※突尼斯东北部的一座古城和著名的旅游区。〕及附近遇到的西西里人以“留声机般的一致性”证实了丰塔纳的不在场证词。但是经过对突尼斯的邮政汇票单登记册和巴勒莫的邮政汇票登记册仔细对比，莱奥波多和他的律师对证词提出了质疑。很有可能是丰塔纳的一个同伙替他寄出并接收汇票，证明他在案发时已经离开了西西里。
在关键的时间点有人看见丰塔纳这名黑手党分子。比如，在案发前的那个晚上，有人看到过丰塔纳，当时戴着圆顶礼帽的两名犯罪嫌疑人在阿尔塔维拉从火车上下来。然而，在法庭上几个之前声称见过丰塔纳的证人不安地做出前后矛盾的否认。
帕里佐罗对交互讯问的反应证明了一条真理，那就是：借口不在多。不顾明显的不真实性，唐·拉法莱·帕里佐罗把自己描述成政治阴谋的受害者，甚至否认原告任何最无足轻重的声明。他非黑手党的头目，他说，他是黑手党的受害人之一。丰塔纳和帕里佐罗否认互相认识。然而，结果证明帕里佐罗在意大利航运总公司的股票诈骗中的中间人也是丰塔纳的生意伙伴——此人提供了大量证据证明丰塔纳当时不在现场而是在突尼斯。
一名证人的陈述引起了听众的特殊兴趣，这位证人就是朱塞佩·彼得，一位有名的民俗学专家。这位“人民心理学”教授热情洋溢地赞美了帕里佐罗的性格——被告人是他在地方政府的一名亲密同事。彼得表明，帕里佐罗年轻时曾写过一篇小说的事实表明他有“高尚的思想，崇尚美德，厌恶邪恶”。当被问及如何定义黑手党时，彼得解释说，它起源于阿拉伯语中的单词“masclas”。它的意思是过分的自我意识．不愿甘受欺侮；在下层社会可能会导致犯罪行为的发生。
被叫到证人席的时候，警察局局长埃曼诺·圣乔治采取了不那么书生气的做法。黑手党，他说，是基于保护费之上的宣誓犯罪组织。它在整个西西里西部甚至其他国家都有根据地。当时圣乔治患了重感冒，对法庭上的很多人来说，他沙哑的声音几乎是听不到的。被告律师的支持者反驳说，最近的这次巴勒莫审判几乎没能提供令人信服的证据来支持他的说法。
博洛尼亚陪审团在1902年7月30日晚上9点3刻休庭商讨诺塔巴托洛谋杀案的裁决。人们的期待一点不亚于审讯的规模。审讯已经持续了将近11个月，提交了50卷厚厚的证据。听取了503名证人的证词，有证人亲自作的证词，也有宣誓证词。证人中包括3位前政府部长、7名参议员、11名国会议员还有5名警察局长。审判笔录中记录了54次“骚动”。其中有6次法庭不得不清场才得以恢复秩序。其中有几次为避免双方律师打起来不得不将他们分开。一名审判长在审讯期间去世；两名陪审员由于身体欠佳而被换下。双方的支持者们在法庭上将其演讲才华发挥到极致：诺塔巴托洛家的一名律师发表了长达8天的总结性演说，另外一名则讲了4天半。
7月30日晚是一年中最热的。里面燃着的煤气灯把挤满人的审判室搞得令人窒息。外边的街道也挤得满满的。法庭由半个连的步兵、50名警察和40名宪兵守卫，他们其中很多人围着被告席排成队，佩带着刺刀。在法官做总结时，传出了黑手党密谋杀害诺塔巴托洛的一名律师的谣言。
11点25分，陪审团一行回到法庭。陪审团团长，一名小学老师，站起来把手放在胸口。听着法官的一系列发问，他的声音明显很激动。
“被告拉法莱·帕里佐罗指使他人行刺艾曼纽·诺塔巴托洛的罪名成立吗？”
“是的”，这一回答受到鼓掌欢迎，同时伴随着惊讶的尖叫。丰塔纳也被判谋杀诺塔巴托洛。
法官宣判之后——两名被告分别被判30年的监禁——帕里佐罗要求发言：“你们被骗了，我发誓，就像我第一天所说的那样，我是无辜的。上帝会为我报仇，不是对你们，陪审团，而是对那些明知我是无罪的还诋毁我的人。”
丰塔纳插了一句，“我以我死去的母亲的名义发誓，我也是无辜的”。然后他们就被带下了法庭。
辩护律师离开法庭，旁听席上传来喧闹的口哨声。莱奥波多·诺塔巴托洛和他的律师们已经被一阵欢呼声包围了：“陪审团万岁！”“博洛尼亚正义长存！”“民事诉讼万岁！”他们根本没法穿过外边的人群走到旅馆，不得不先在附近一名律师的办公室里躲起来。在那里，他们在阳台上表达了他们感激之情以回应群众的呼喊。
巴勒莫的情景也几乎与此相同。大量的人群已经聚集在电报局和报社。消息传来不到50分钟，街上已经出现了特刊。那时，人群已经默默地散开。第二天，写着“哀悼中的城市”的标语出现在了巴勒莫的一些商店橱窗。警察局局长圣乔治报告说，这些标语是黑手党分子印制分发的。《时刻》，伊纳齐奥·福罗里欧拥有的一家报社表达了它对最终判决的困惑，并质疑法庭有何具体证据来证明帕里佐罗的罪名。
在一篇被意大利多家报刊引用的文章里，《泰晤士报》也表达了诧异：
鉴于受到恐吓的证人推诿搪塞的证据和几名西西里权贵作出的对帕里佐罗有利的证词，人们期望法官会得益于被告罪名的证据材料不足而给予他们有利判决。
但是，文章总结道，“正义得到了伸张，得到了勇敢的伸张”。
有些报纸上是庆祝的语气。“荣耀归属陪审团成员”，《民族》报宣告。社会主义党的《前进》报为“最野蛮最恶毒的犯罪形式——黑手党”的失败而喝彩。西西里对此案件还是意见不一。在审讯过程中一直看好莱奥波多·诺塔巴托洛事业的《西西里日报》称这一结果是对“黑手党主要拥护者、政治力量”的打击。许多报纸和博洛尼亚的《钱报》一起表达了正义获胜的喜悦，但同时也从官方当局串通保护罪犯的事实中吸取严峻的教训：“希望我们都从这起令人震惊的诉讼案件中吸取教训，并希望在意大利的天空下这类案件不会再次发生。”
六个月后，罗马最高法院因一技术细节问题撤销了整个博洛尼亚审判。
一名次要证人被叫来作证。他刚宣誓完就不得不退下，因为律师们需要争论他作证的必要性。第二天，他又一次出现在证人席上，但是这次没有重新宣誓就开始作陈词。莱奥波多·诺塔巴托洛理所当然地认为这个情节是故意为辩护安排好的防故障保险措施。
在西西里，博洛尼亚裁决引起了一个协调一致的政治反响。在“人民的心理学家”朱塞佩·彼得的倡导下，成立了一个“支持西西里”委员会，他们对帕里佐罗的定罪表示“公愤”，认为这是对整个西西里岛的一次攻击。有20万人签字表示支持。
当事态周期性地在国家层面上对黑手党不利的时候，黑手党及其政治盟友又诉诸于此类的请愿活动，甚至开始制造西西里呼吁独立的声势。这一战术是为了在西西里岛激起一种强烈的“西西里主义”情感。在诺塔巴托洛一案审判期间，新闻界确实有一些有偏见的干预。“西西里是意大利脚上的一颗毒瘤”，一名评论员这样宣称。这些年，还有一些学术家认为意大利南部人是一个落后的种族，他们长着奇形怪状的脑袋，天生就有犯罪倾向。
更为重要的是，帕里佐罗所说的他的“殉难”导致了“支持西西里”委员会背后保守主义政治和商业利益的强强联手。“支持西西里”委员会这一组织不单单是黑手党的前锋组织，甚至还是规模扩大了的意大利航运总公司的游说闭。帕里佐罗的案子正处于西西里重要的右翼政党在罗马不再有影响力的时候。现在自由党政府甚至还对社会党表示友好。“支持西西里”委员会是保守党对他们觉察到的无权力的回应。这一施压团体并没有持续很久，但是他们确实想方设法让政府倾听了他们的意见。这种团体的组合可以是任何执政联盟的重要组成部分。博洛尼亚审判的撤销很可能就是向团结在“支持西西里”周围的势力以示友好的表示。
1903年9月5日，此案在佛罗伦萨再审，此时距泰尔米尼一巴勒莫火车杀人案已有十多年了。这次只有丰塔纳和帕里佐罗站在被告席上（那些在博洛尼亚被宣判无罪的人，包括火车上的刹车手不需要接受第二次审判）。然而，佛罗伦萨审判只比上一次审讯短了两周，并且在很多方面都与上次相似。
莱奥波多·诺塔巴托洛的律师们确实传召了一个具有潜在重要性的新证人。据说马特奥·费利佩洛就是那个代表维拉巴泰黑手党家族和帕里佐罗保持联络的人。1896年，他在一场被认为由瓜分谋杀诺塔巴托洛所获得的报酬所引起的争端中受伤。巴勒莫早期还有传言说他也是凶手之一。
费利佩洛受到拘捕的威胁后，才肯出庭聆讯。在佛罗伦萨，他曾因恐吓另一名证人并假装发疯而被逮捕。在本该出庭的前一天，他失踪了。他在圣十字教堂附近的寄宿处被发现在楼梯栏杆上吊而亡。经调查鉴定为自杀。
但时至今日，公众舆论对此案件已经变得厌倦和怀疑了。自莱奥波多·诺塔巴托洛在米兰大肆披露黑幕之后，已经过了将近四年。这个案子起初引起了人们对黑手党的广泛争论。一些有价值的记述发表了出来，其中有两篇来自西西里的警务督察。然而，尽管对这个有名的犯罪组织有许多有用的调查，还是有二三项调查会把问题搞复杂。依然有很多声音——包括有名望的证人否认黑手党的存在。他们认为黑手党只不过是一种被夸大了的个人自豪感，是岛上人民在历史过程中受到压迫的产物。另一些人认为它不过是西西里语中对每个欧洲及美国的现代城市都存在的下流社会的叫法。
令人吃惊的是，连莱奥波多·诺塔巴托洛在博洛尼亚的拥护者们也相信这种说法。在西西里西部，他们认为，只存在几个零散的、有时拥有相同的保护者的家族。“如今的黑手党是什么？是像一些人想的那样，有大老板和二老板吗？不。那只不过是老警察局长的想象罢了。”之所以这么说是有明显的理由的。如果把在诺塔巴托洛一案中定罪的可能性怪罪于圣乔治企图打击整个黑手党的失败是很不明智的。尽管如此，这个说法给这场争论更增添了些混乱。
于是，尽管“黑手党”是米兰和博洛尼亚的焦点，但是它仍然是个杂乱浑浊的概念。这势必导致人们对黑手党产生了疲劳感。这种情况降低了宣布被告无罪后所有可能引起的一场有政治破坏性的公愤风险。
受益于之前的博洛尼亚服装彩排，佛罗伦萨的辩护律师得以更好地表现自己。唐·拉法莱放弃了之前令人作呕的演说口吻，而是扮演了一位必须在宪兵的帮助下才能走到证人席上的顺从的病人的角色。
这起诉讼案件没能获得它在博洛尼亚那样的动力，没能像上次那样因为被告辩护证词的矛盾和混乱而得出有罪的结论。1904年7月23日，陪审团以8比4的票数宣判被告因证据不足而无罪释放。听到判决后，帕里佐罗昏倒在地。
尽管审讯完一周后身体恢复得奇快，已是自由人的唐·拉法莱8月1日在巴勒莫港口踏下跳板的时候又一次晕倒。“支持西西里”委员会从意大利航运总公司雇了一艘轮船得意洋洋地把他从大陆接回来。
在这天庆祝气氛达到了高潮。福罗里欧的报纸《时刻》说，这座城市被佛罗伦萨陪审团从噩梦中解救出来。帕里佐罗的支持者们在上衣翻领里放着他的照片。为了能让这位凯旋的英雄参加庆祝，卡米尼圣母节还被推迟了。恢复神智之后，帕里佐罗在欢呼喝彩的混乱人群的陪同下回家了。他发现自己的房子装饰着拼写有“帕里佐罗万岁！”字样的灯。他一出现在阳台上，乐队就奏起了特意为庆祝他的胜利而写的颂歌。一个谄媚者把这种兴奋之情记录了下来：
在遭遇56个月悲惨的折磨之后，拉法莱·帕里佐罗迎来了胜利的喜悦，沐浴在他耀眼的磨难和美德的光环中。他的磨难和美德来自他过去5年里在空前的折磨下显示出的高尚的自我否定。为了熬过在狱中的惨淡时光，他像用洒满泪水的花朵编成的残酷苦难的花环一样编织他磨难和美德的光环。
黑手党的游说团一向不懂得如何克制自己的情感。很多西西里人，甚至那些认为指控唐·拉法莱的证据不足以使其定罪的人也对这种猖狂感到厌恶了。
然而，喜悦并没持续很久。在11月份的议会选举中，这位博洛尼亚的受难者一败涂地。尽管帕里佐罗获得了选举胜利，但是由于他现在过于妥协让步，他被那些有权势的朋友抛弃。由于帕里佐罗继续在地方政府任职，那些床边的追随者又回来了，但是他作为西西里强大的客户网络建立人的日子已经一去不复返了。
在帕里佐罗受到热烈赞颂前不久，莱奥波多·诺塔巴托洛登上了邮轮回到了巴勒莫。在那里，只有为数不多的几位朋友无声地迎接他，手里拿着帽子。与妹妹相聚时，他眼里噙着泪水。继承了父亲与帕里佐罗斗争的传统，使他付出了昂贵的代价。他不得不变卖曼多里拉庄园来支付诉讼费用。
幸好在接下来的几年，莱奥波多的海军事业让他远离西西里岛。他获得了海军上将的头衔，但却从公众记忆中消失了。自帕里佐罗被判无罪之日起，他就下决心不丧失前进的信心，不陷于世界混乱、不公的消极想法中。他找到的为正义斗争的唯一方法就是记录下父亲一生的经历，他把人生最好的年华都献给了这项事业。漫长的海上航行给了他充足的时间撰写传记，他系统地记载下了1893年到1904年这段时间所发生的戏剧性事件，对自己在其中所起到的作用轻描淡写一笔带过。如果他的父亲还活着，一定会赞成他这种谦逊的做法。1947年，在长期病痛之后，莱奥波多在他的第二故乡佛罗伦萨去世，膝下并无子女。两年后，他的妻子出版了这部传记。
审判结束后，朱塞佩·丰塔纳也离开了西西里。带着他的四个女儿，他移居纽约，在黑手党新开辟的疆域里继续发展他的敲诈、谋杀事业。
