纳尔逊的打法是打歼灭战，这种打法令当时流行“点到为止”的传统海军将领大为头痛，无论是在阿布基尔还是在特拉法尔加，纳尔逊都是打歼灭战，直到把对方打得全军覆没。
海战天才纳尔逊，打破了当时海战的战列线战术，经常在作战中把敌军斩成几段，分而歼之，有的时候，他抓住敌指挥官一个微小的失误，象疱丁解牛那样，不断扩大战果，直至造成敌人全军的崩盘。比如在英法交战的阿布基尔海战中，法军出于对纳尔逊的畏惧，躲进港湾，一字排开。纳尔逊发现法军军舰和海岸之间有一个不足百米的空隙，他当即派出一半兵力，插进这个空隙，从反面夹击法军。法国舰队腹背受敌，被纳尔逊一举消灭十一艘战列舰，法国海军遭到重创。
纳尔逊崇拜在十七世纪斯图亚特朝时代英荷争霸的三次英荷海战中，英荷双方的指挥官，两位以身殉职的优秀海军名将：荷兰海军上将特朗普，和英国海军上将布莱克。
纳尔逊勇猛无敌，但是，有时也很鲁莽。1898年，拿破仑东征埃及，纳尔逊率舰截击，就很上了拿破仑几当。首先，因为天气原因，纳尔逊到达土伦已经太晚，拿破仑的运输船早已踪迹皆无。法国一直扬言要登陆英国，纳尔逊信以为真，全军转舵向西，扑向地中海通向大西洋的咽喉——直布罗陀。拿破仑却正在地中海往埃及扑去。等到纳尔逊知道上了当，再往回赶时，纳尔逊又判断拿破仑的目标是土耳其，就在纳尔逊在地中海上东跑西颠的时候，拿破仑已经占领了埃及。
不过，纳尔逊虽然有时候鲁莽，但他的鲁莽，每次都被他更彻底的勇猛所取得的战果给弥补了。任何一位敌人海军将领都畏惧和他交战。纳尔逊和他的偶像布莱克海军上将一样，永远战斗在第一线，战斗在敌人的滑膛炮和狙击手面前，纳尔逊作为海军上将，在战斗中和普通水兵没有区别，这一点，更赢得了包括敌人在内的水兵们的尊敬和爱戴，只要一声纳尔逊一声令下，水手们都愿意跟着纳尔逊赴汤蹈火。
有了纳尔逊这样的超勇海军上将，是英国皇家海军的骄傲，而英国的皇家海军的舰队也是世界上最为庞大的，其战列舰达到240艘，巡洋舰317艘。
在帆船时代，英国海军根据战斗力的大小将其主要军舰分为六个等级。第一、第二、第三级军舰上至少有64门重炮，这三级军舰称之为战列舰。其主要任务是编成海军战斗纵队，进行大规模舰队炮战。第四、第五、第六级是一些较小的军舰，其中第四第五级，是巡洋舰。在大规模战斗中，这种巡航舰执行远程快速侦察和跟踪敌舰的任务。它们不直接参加战斗，准备随时用来传递情报，救援幸存者，拖曳被击伤的战列舰，第六级，是护卫舰，负责护卫和通讯送信。具体来说，其标准是：
—级军舰：这级军舰是特大型的军舰，担任舰队的旗舰，定员875人。它全长206英尺，装备各型火炮100多门。这级军舰造价昂贵，每艘十万镑，所以当时英国海军现役中一共不到12艘。
二级军舰：这级军舰也是大型军舰，但比一级军舰略小。它全长195英尺，三层炮甲板上共装有90到98门火炮。
三级军舰：这级军舰分为几种型号，从三层甲板的80门炮型，到两层甲板的64门炮型，舰上的定员从490人到720人。特拉法尔加海战时，英国海军的175艘主力军舰中包括了117艘三级军舰。
四级军舰：这级军舰全长150英尺，定员350人，两层炮甲板上装有50至56门火炮。该级军舰造价相对便宜，每艘26000英镑，定员少，350人。它们主要担任海外巡洋舰分舰队的旗舰。
五级军舰：这级军舰为普通巡洋舰，全长130至150英尺，定员250人。它们主要用于袭击海上商船。 因在这种舰上有捕获金可得，所以舰员都是些热心的志愿者。
六级军舰：这种敏捷的单桅纵帆军舰，长125英尺，常被英国皇家海军用来送信和护航。这级舰每艘定员195人，可算作护卫舰。
此外更小的船只则为辅助船只。
再看法国的军舰，拿破仑在埃及累遭重创的法国海军只剩下23艘战列舰和25艘巡洋舰，另外还有17艘中型巡洋舰。为了满足拿破仑征服英国的愿望，全欧洲的船厂都在为法国夜以继日地赶造战舰。不久，45艘新的法国战列舰就下水了。前面我们说过，至1805年，法国已有战列舰103艘、巡洋舰55艘。面对法国海军的急剧扩充，英国首相小皮特不敢怠慢，前面我们也说过，英国海军是世界上最庞大的海军，拥有战列舰240艘，巡洋舰317艘，其它船只六、七百艘，即便是法国海军急起直追，皇家海军仍然比法国海军庞大得多，除此之外，在外交上，小皮特也大力进行外交活动，组织起第三次反法同盟。
1804年12月，西班牙政府同法国结盟，对英宣战。法国和西班牙的联合舰队主要集中在法国和西班牙的土伦、加的斯、费罗尔和布勒斯特等港口。每个港口有5到21艘战列舰，受到岸上要塞大炮的保护。而英国海军则编成了9支分舰队在北海、海峡区、比斯开湾和地中海上封锁巡逻。他们还做好准备，一旦封锁失败，就将全体舰队集中于多佛尔海峡西口，扼守海上咽喉，阻截任何敢于入侵英国本土的法国舰队。法国舰队虽然急剧扩充，规模迅速增大，但是，面对世界上最为庞大的英国舰队，法国舰队规模上仍是远远比不上英国舰队，于是，拿破仑大费脑筋，以他的才干，终于制定了一个巧妙的计划。
拿破仑使出两条妙计，调虎离山，瞒天过海，具体来说是这样的：以维尔纳夫为统帅的法军土伦舰队突破封锁，从地中海前出大西洋，而以米西赛指挥的罗什福尔港舰队也实施突围，和维尔纳夫的舰队在西印度群岛和马提尼克岛会师，大肆骚扰英国在西印度群岛的殖民地，并且救出被困在费罗尔港和加的斯港的西班牙舰队，这实际上是法国的诱敌之计，当英军主力舰队中计前往大西洋和加勒比海搜歼法国舰队时，法国舰队则从大西洋上返回，杀他个回马枪，形成局部优势，袭击数量上占劣势的英国海峡区舰队。如果调虎离山计成功，云集在荷兰、比利时和法国西部港口的千百艘平底运兵船，则将运载拿破仑的庞大陆军，渡过海峡在英国登陆。英国陆军远远不是法国陆军的对手，则占领伦敦，指日可待。
计划已定，法军立即执行。1805年1月11日，法国海军将领米西赛率领了5艘战列舰和4艘巡洋舰，从罗什福尔突围而出，向西印度群岛驶去。一个星期后，维尔纳夫率领11艘战列舰和9艘巡洋舰，也驶出了土伦港。
封锁土伦港的是纳尔逊的地中海分舰队，他又一次中了拿破仑的计，错误地判断法国人是去埃及。纳尔逊是一员超勇上将，但是，他的战略眼光则较拿破仑要略逊一筹，他长年在地中海服役，战略眼光只局限于自己的战区，没有看到更大的范围。于是，纳尔逊舰队扑到埃及亚历山大港，没有找到敌人，又转航马尔他岛。而此次维尔纳夫的舰队也未能按计划离开地中海，因为，他们遇到了地中海风暴，维尔纳夫舰队被迫返回土伦。
1805年3月30日，维尔纳夫再次出海，驶向西班牙的加的斯港，计划是同那里的西班牙舰队会合，一同前往美洲的西印度群岛。而纳尔逊又一次判断错误，这完全是因为他缺乏拿破仑那种宏大的气魄，宽广的视野，他仍然认为法国舰队是企图前往埃及，于是，他在地中海中部等待法国舰队。于是，这一次，法国舰队顺利穿过直布罗陀海峡，到达西班牙加的斯湾。维尔纳夫海军上将是阿布基尔海战极少数幸存者之一，如前所述，那次海战，法国舰队被纳尔逊出奇兵，前后夹击，被打得很惨，维尔纳夫从心底里惧怕纳尔逊，4月9日，维尔纳夫穿过直布罗陀海峡，在加的斯港外抛锚，用讯号通知港内西班牙舰队出来，与他会合。但是，维尔纳夫非常害怕纳尔逊会尾随在他后面，生怕纳尔逊会识破法国人的计谋而追上他，于是，到了下午1时，心慌意乱的维尔纳夫不再等西班牙舰队，而先起锚开船，累得西班牙人手忙脚乱，赶紧出港，在后面紧赶慢赶，一路小跑地跟在法国舰队的后面，怎么也追不上维尔纳夫。而此时，威震敌胆的纳尔逊，还正在地中海中部等着哩。
纳尔逊在地中海中部，左等右等，始终不见法军的踪迹，凭着多年的海上经验，尽管他还没得到任何关于法国舰队的消息，还是渐渐地把舰队朝地中海西部移动，直到5月6日，纳尔逊到达直布罗陀，在那里才知道维尔纳夫已在一个月前就到西印度群岛去了。血性过人的纳尔逊当机立断，于5月10日，率领了10艘战列舰和3艘巡洋舰，立即横渡大西洋，追击法国舰队。有人对纳尔逊立即向西印度群岛进发提出了异议，因为此时，拿破仑的庞大的“英格兰军团”正在布伦热火朝天地进行渡海作战的准备，英军中有人担心纳尔逊远离欧洲，会对英国不利。但是，纳尔逊决心已定，他决不会放过从他手里逃掉的任何一支敌人舰队，直至追到天涯海角，彻底消灭为止。而此时，英国海军部又派柯林伍德率领11艘战列舰加入纳尔逊的追击行动。在拿破仑的诱骗下，英国海军的主力，投入了辽阔海洋的“追逐野鹅”行动。拿破仑调虎离山之计，眼看就要得逞。
但是，一代雄杰拿破仑，虽然雄才大略，纵横欧陆，但是，在海上，他的这位海军统帅维尔纳夫，实在是差得太远，最终坏了大事。
1805年5月14日，维尔纳夫到达西印度群岛。由于风暴影响，他未能同先期到达那里的米西赛的法国舰队汇合。而米西赛等不到维尔纳夫，又遭遇到风暴，就自己拔锚返回了法国罗什福尔港。
拿破仑的庞大军队云集海峡边，准备到英国作战。拿破仑派人渡过大西洋，告知维尔纳夫，命令他在西印度群岛坚持35天，以诱敌之计，将纳尔逊死死拖在西印度群岛，然后，再以瞒天过海之计，寻机返航，先救出被封锁在费罗尔和布勒斯特的法国和西班牙的舰队，然后一同赶往英吉利海峡，掩护大批法军渡海登陆英伦。
维尔纳夫接到了命令后，刚过两天，他便得知纳尔逊已于6月4日到达西印度群岛的巴巴多斯。维尔纳夫实在是被纳尔逊吓破了胆，还哪管什么瞒天过海？他不顾一切地于6月10日率舰队返回欧洲，简直就是逃命。纳尔逊穷追不舍，也紧跟着追过大西洋，1805年7月20日，纳尔逊在直布罗陀登岸。就这样，纳尔逊以其勇猛和威名，弥补了他的鲁莽，破了拿破仑的调虎离山之计。
英国海军部经过几个月的扑朔迷离，绞尽脑汁，渐渐弄清了法国舰队的意图，于是决定，全力阻止维尔纳夫接出分散在大西洋各港口的法国、西班牙舰队。如果让这些法国军舰会合，无疑将对英国本土造成严重威胁。英国海军部长巴尔汉勋爵接到维尔纳夫舰队向西班牙行驶的报告后，立即命令负责封锁英吉利海峡的康华里上将解除对罗什福尔等港口的封锁，将英国各舰队集中起来，来阻止维尔纳夫的企图。于是，除布勒斯特和西班牙的加的斯港之外，其它法西两国港口的封锁都解除了。从另一个方面来说，拿破仑调虎离山之计虽被纳尔逊破了，但是，他却也得以渐渐集中兵力，他的战略目标已经实现了另一半。此时，只要维尔纳夫能集结所有法、西军舰，在英吉利海峡，他的军舰将在数量上占据优势。
1805年 7月22日，维尔纳夫在西班牙西北的菲尼斯特雷角，遇上了英国海军上将考尔德爵士的一支只有15艘军舰的较小的舰队。当时有雾，双方进行了一场非决定性的交战，结果有2艘法国军舰投降。第二天，两国舰队各奔东西，考尔德继续向北进发以与康华里会合，维尔纳夫的舰队也张着满帆驶向费罗尔，并于8月1日到达。这一战虽不关键，却有很强的震慑作用，经此一战，维尔纳夫对于自己的舰队彻底失去了信心，8月6日，他在日记中写道：“在浓雾之中，因为我方舰长对战斗和舰队战术完全缺乏经验，除了紧跟前面的船只以外，更无其它良策。在这里我们已成为欧洲的笑料。”之所以产生这种情况，是由于法国舰队长年被英国海军封锁在港口里，无法操演并获得实战经验的缘故。
而此时，屯兵在布伦的拿破仑心急如焚，他下令维尔纳夫迅速与罗什福尔和布勒斯特两个分舰队会合北上，或是与二者之一会合，然后迅速向爱尔兰和苏格兰行驶，与荷兰舰队会合，进攻英国。如果形势不利，维尔纳夫不能完成其任务，则应驶向西班牙的加的斯湾。对于维尔纳夫这样一个懦夫，命令中的最后这句指示，对于拿破仑而言是一个极严重的错误。因为维尔纳夫根本不想去有英舰重兵封锁的布勒斯特，英军封锁兵力薄弱的加的斯才是他最想要去的地方。拿破仑的命令给了他逃避的借口。
维尔纳夫把海战中打坏的3艘军舰留在费罗尔港后，前往罗什福尔和布勒斯特。维尔纳夫一路上提心吊胆，生怕遇到纳尔逊，突然，他发现远方有一支舰队，他以为遇到了英国舰队，他本来就不想去英军重兵封锁的布勒斯特，于是立即掉头南下，抱头鼠窜。谁知道，恰恰这支舰队是友军，他们是接替了米西赛的法将阿里曼德的罗什福尔分舰队，正在赶来与维尔纳夫会合。如果维尔纳夫不逃走，那么联合起来的法军舰队，将拥有34艘军舰，将在英吉利海峡区占数量上的优势，足以击败封锁英吉利海峡的康华里的20艘军舰，而如果这支数量占优势的法国舰队继续向北，则可以接着救出布勒斯特的法国舰队，那样的话，掩护法国陆军登陆英国的法国海军，实力将大为增强。可惜，这一切都没能实现。
1805年8月2日，拿破仑离开巴黎前往布伦。在这里，拿破仑再一次向维尔纳夫发出命令：“启航！不要浪费一分钟，率领我集中的兵力进入海峡，英国就是我们的了，我们的一切都已准备就绪。你只要出现24小时，则一切都可结束！”可就在第二天，拿破仑接到两个至关重要的情报，一是维尔纳夫舰队并未抵达布勒斯特，而是驶向了西班牙的加的斯；二是东方的俄国军队已经出发，准备与奥军会师。拿破仑立即意识到情况的危险性——法国将面临着强大的大陆敌人的进攻。拿破仑决定抓紧时间，在对付大陆敌人之前先给英国以致命的打击，因为他实在不忍心这个经过长期酝酿、周密运筹的出征英国的伟大计划就此烟消云散。他又一次催促维尔纳夫率领舰队起航北上。但是，被纳尔逊吓破了胆的维尔纳夫却抗命率领舰队驶向西班牙的加的斯，远离了英吉利海峡。庞大的法国陆军，永远失去了登陆英伦的机会。
事后，拿破仑对此不胜遗憾：“维尔纳夫所丧失的机会实在太大了！” 8月20日，维尔纳夫的舰队进入了西班牙的加的斯港。当时，封锁加的斯的英军柯林伍德，一共只有3艘军舰。不久，比克尔顿和考尔德的舰队先后赶来增援，英国军舰增加到25艘，把加的斯港严密地封锁起来，形成瓮中捉鳖之势，维尔纳夫的法西联合舰队再也无法出海了。就这样，拿破仑入侵英国的所有机会随之化为乌有。8月22日，拿破仑写信给海军部长德克雷说：“我认为维尔纳夫连指挥一艘快速炮帆船的资格都没有。他是一个既无决断能力又无魄力胆量的人。”9月2日，拿破仑率领庞大的法国军队，离开了布伦，于是法国的“英格兰军团”变成了法国的“大军团”，调头东进，不渡海而开始准备渡过莱茵河了。英国得救了，本来准备给它的打击，落到了维也纳的哈布斯堡朝身上。
再说纳尔逊，他追击维尔纳夫，返归伦敦后，进行了短暂的休整。1805年9月2日拂晓，纳尔逊正在伦敦一小溪边散步，他的部将，巡洋舰“欧亚拉斯”号的舰长黑木大佐布莱克伍德给他带来了一个消息，说维尔纳夫已经进入加的斯港，于是纳尔逊立即赶往朴茨茅斯。9月15日，纳尔逊乘他的旗舰“胜利”号扬帆出海。9月28日，纳尔逊赶到了西班牙加的斯港的外海，与柯林伍德的舰队会合在一起，并接管了全部舰队的指挥权。9月29日，正好是纳尔逊的47岁生日，他在“胜利号”豪华的军官室宴请了他的舰长们，向他们解释他深思熟虑已久的作战计划。
纳尔逊的计划是：把全部舰队分为三个支队，包括两个进攻支队和一个预备队。一队由他亲自率领突击敌舰队中央，切断其前后联系，打乱敌人队形，使其首尾不能相顾；另外一支由柯林伍德率领攻击敌人后卫；预备队则在发现敌人的旗舰后，再发起进攻，一举打乱其指挥机关，迫使敌舰队陷入混乱状态，最后将被分割的敌军军舰各个歼灭。
纳尔逊给予舰长们在攻击方式上极大的自主权，只要求他们充分发挥勇猛顽强，积极主动，敢于近战的精神。这个新战术非常冒险，因为穿插支队中的每一艘军舰切入敌阵时都会受到被包围歼灭的威胁，所以，成功的关键在于，充分发扬皇家海军勇猛攻击的传统精神，打敌人一个措手不及，坚决迅猛地歼灭敌人。
新战术用纵列穿插打破了双方排成横列，互相用一侧的舷炮射击的旧传统，充分发挥了单舰使用两舷火炮向两个方向同时射击的优越性，火力等于增加一倍。所以，此作战方案一经纳尔逊提出来，就使得大家极为振奋，齐声称赞！他们把这种战术称为“纳尔逊秘诀”。1805年10月9日，纳尔逊正式下达了作战命令。
相对于士气高涨的皇家海军，此时龟缩在加的斯港里的维尔纳夫，则面临着成堆的困难：违抗皇帝命令擅自脱逃的后果是，金库空空如洗，粮食、火药和其它补给品样样缺乏，长期航海后，水手因病减员严重。此外，法西两国的官兵还经常起内讧，擦枪走火事件不断发生。此时，拿破仑对贻误了进攻英国战机的维尔纳夫已极为不满，准备让海军上将罗西里来替换他。拿破仑对法国舰队的作用已不抱什么希望，只要求法国舰队从加的斯出发，在那不勒斯一带完成牵制性运动，然后回到土伦检修、休整。
这位胆小如鼠的法国海军主将维尔纳夫是一位法国贵族出身的海军军官，比纳尔逊小5岁，他受过良好教育，倒是一个饱学之士，他在法国大革命中升迁很快。拿破仑看中他能在残酷的阿布基尔之夜杀出重围，因而对他委以大任，不想这次拿破仑却看走了眼。维尔纳夫虽然饱读兵书，也很“勇敢”，但是，实际上他是一个高级参谋之类的人物，并不善于实地指挥庞大的舰队，虽然他并不缺乏个人的勇气，但本质上却是一个失败主义者。他不相信拿破仑的侵英计划，他对于部下和盟友都缺乏信心，更糟糕的是他对自己也缺乏信心，对自己的对手纳尔逊畏之如虎，使他在以后的作战中作出了一个又一个的错误决定。在最后一次军事会议上，维尔纳夫预计到了英军会采用切入战术来打击法军后卫，这是他高级参谋才能的体现，但是，接下来，就显露出他统帅才能的缺乏了。法国舰长们士气低落，大家都不知道如何对付英国舰队的这种战术。而维尔纳夫对这种局面也没有信心，而且也没有办法，他拿不出可行性对策，无计可施，于是下了一道不着边际的命令：“假如法西联合舰队占上风，则应迫近敌人，然后一对一地作战。”
10月15日，维尔纳夫得知新任舰队司令已上路来替换他。这时候，维尔纳夫的虚荣心却不合时宜地发作了，他愤愤不平，不甘受辱，他决定不等罗西里到来接替他，自己率舰队冲出加的斯，通过直布罗陀海峡，前往地中海，去配合拿破仑在意大利的军事行动。10月19日上午，维尔纳夫愤然率法西联合舰队冲出加的斯港。两个半小时后，纳尔逊就发现了法西联合舰队已经出港。纳尔逊发出了“敌舰已在海上”、“全力追击”等信号。10月20日早上，纳尔逊发现了法西联合舰队的踪迹，立即命他的军舰死死咬住。英国舰队如同狼群一般，迅速集结而来，跟在法国舰队身后，一直跟踪了一夜，双方渐渐接近直布罗陀海峡。
10月21日清晨，法西联合舰队驶抵特拉法尔加海角，英国舰队追到距联合舰队只有十二海里的距离，英法海军一决雌雄的时刻终于来到了。纳尔逊如同猎手对猎物发起最后猎杀那样，发出“成两个纵队前进”、“奋战”的信号，维尔纳夫看到风力微弱，知道逃不掉了，于是下令舰队调头，和英军拼死一战。19世纪规模最大的一场海战——特拉法尔加海战开始了。
开战前，双方的海军实力相差不大。法西联合舰队有战列舰33艘，包括当时最大的四层火炮甲板战列舰“三叉戟”号，其它的战列舰包括：3艘三层甲板战列舰；6艘80门炮战列舰；22艘74门炮战列舰；1艘64门炮战列舰。此外，法西舰队中还编有13艘各类巡洋舰。法西舰队中的战列舰，共有侧舷火炮2626门，共载官兵21580名。而英国舰队，原来共有战列舰33艘。由于派路易少将组织马尔他护航队，调走了6艘。留在纳尔逊编内的27艘战列舰中；7艘是三层火炮甲板战舰，其余20艘为双层火炮甲板战列舰。合计火炮2148门，官兵16820人，外加4艘巡洋舰和几艘辅助船。
法西联合舰队，在舰船、火炮和兵员数量上略多些。但是，英军无论从士气、官兵素质和战术上都遥遥领先，英国军舰上的大炮大部分是加农炮，它因毁船效果大而有“粉碎者”的外号。加农炮有一个后座力滑板，炮口能升高，也可以大弧度调转，很灵活。由于英国炮手成年累月地操练发射技术，技艺精湛，他们操纵的火炮射速比法国人快一倍，命中率也较高，而法西联合舰队长年被封在窄小的港湾里，演习有名无实，尤其没有在大洋上实战的机会，各方面均远逊于英国水兵。
纳尔逊在数量和武器上处于劣势，以27艘战列舰对抗联合舰队的33艘战列舰。但是，在舰队的航海术和短距重炮这两个关键因素上，皇家海军的舰队处于优势地位。因此，纳尔逊决定突破联合舰队的防线并近距接战，从而发挥自己舰队的长处。如前所述，他摒弃了传统的线列式战术，把他数量上处于劣势的舰队分为两队，并垂直地穿插到敌舰队形中去，不过这样做，最危险的就是得承受敌舰铺天盖地的火力。纳尔逊清楚地知道，如果他采取传统的线列式战术，与在数量上占优势的联军舰队比拼单舷火力，则他取胜的机会简直就是微乎其微，因此，他宁愿暂时暴露在联军舰队的火力下，也要集中力量来突破其队列，从而使交战从比拼单舷火力转变比拼航海技术和双向近距射击，而这正是英国舰队所擅长的。他计划用他那非正统的但却非凡的近战，把联合舰队的前队9艘军舰从大队中分割开来，并且用他的舰队猛攻后队的西班牙和法国军舰，而那里正是联军最薄弱的地方。
面对英国军舰的追击，法国维尔纳夫下令联合舰队掉头返航，这使得舰队打乱了已经列好的队形。舰队中不少地方出现缺口，影响了士气。联合舰队后方是刚离开的加的斯港，有些官兵不愿恋战，准备打不赢就逃回去。而纳尔逊也担心敌人舰队再缩回港内，于是指挥英国舰队切入法西舰队和加的斯之间，令敌人无处可退。纳尔逊用旗语，向所有英国军舰下达了著名的命令： “英格兰要求每人恪守职守！（England expects that every man will do his duty）”英国舰队分成两支，分别由柯林伍德和纳尔逊指挥，乘风破浪，逼近敌人。柯林伍德和任务是歼灭敌军后卫，而纳尔逊则率队直插法国舰队的中间。（后世的日本，与英国颇多相似之处，日本海军也颇以英国海军为榜样，在日本海大海战中，联合舰队司令东乡海军大将升起Z字旗，发出著名的指令：“皇国兴废，在此一举”，亦颇有英国海军之风。）
纳尔逊以“胜利”（HMS Victory）号为旗舰，而在纳尔逊的南面，卡斯伯特•柯林伍德（Cuthbert Collingwood）将军以“皇家王权”号（Royal Soverign）为旗舰，他们各率一个支队，冲向联合舰队。纳尔逊的战舰完全暴露在联合舰队侧翼的火力中，而且自己的舷炮并不能向前攻击。纳尔逊必须冒着风险，集中他有限的舰队，凭着自己船员高超的航海技术和射击技术，迅速插进联合舰队的中间，好在英国舰队已抢占了上风头，两个英舰支队都是顺风而行，因此航速很快，迅速冲向法舰。
上午11点30分，柯林伍德已经接近法西联合舰队的后段，法舰队司令维尔纳夫发出了“开火！”的命令。11时45分，法国战列舰“弗高克斯”号射出了第一炮，射向柯林伍德的旗舰“皇家王权”号，此时，交战双方都升起他们的国旗。在英、法、西三国的船上，鼓乐齐鸣，士兵举枪敬礼。
在接近敌方舰队的最后时刻，冲在最前头的英国军舰被击中，开始燃起熊熊大火。不过，他们还是插进了联合舰队的队列，并且给予敌人以迎头痛击。纳尔逊支队在战斗中将联合舰队的前队（前9艘军舰）与中军分割开来，柯林伍德支队则以楔形插入了联合舰队后队与中军之间的空隙，并猛攻西班牙和法国战舰的后队。
会战开始。特拉法尔加大海战分为三个阶段：柯林伍德的攻击，纳尔逊的攻击和法将杜马罗尔反攻失败。
当法国战列舰“弗高克斯”号向英国战列舰“王权”号开炮时，英舰“王权”号仍继续保持航向不变，插入了法国战列舰“弗高克斯”号和西班牙战列舰“圣安拉”号之间。英舰“王权”号以一敌二，先用左舷炮轰击敌舰“圣安拉”号的船尾，使之遭受重创，接着，又用右舷炮猛轰敌舰“弗高克斯”号，然后，又驶近西班牙舰“圣安拉”号的身后，向它猛烈射击，直到吧“圣安拉”号揍得完全丧失了战斗力，降旗投降。勇猛的英舰“王权”号以一敌三，也身负重伤，英巡洋舰“欧亚拉斯”号赶来营救旗舰。而对于已经投降的西班牙舰“圣安拉”号，英舰“欧亚拉斯”号舰长黑木大佐布莱克伍德上校跃过船去，把重伤垂危的阿尔发海军少校运到“欧亚拉斯”号。
在英国战列舰“王权”号出战8分钟后，英国战列舰“贝里岛”号也从法国战列舰“弗高克斯”号的后面切入敌舰队之间，随即，英国战列舰“火星”号也投入了战斗。此后，其它每一艘英国军舰都是以这种方式陆续切入敌舰之间，向两端的敌舰用两侧的舷炮猛击，使每艘敌舰都受到了连续的集中火力打击。下午3时，柯林伍德的最后一艘战列舰“亲王”号也投入了攻击。
英舰以两面炮火攻击敌舰，相当于火力增加了一倍。法西舰队被英舰的切入搅得阵势大乱，面对英舰队的猛烈炮火，抵挡不住，到战斗结束时，与柯林伍德交战的15艘法西两国军舰，其中10艘被俘，1艘被击沉。逃走的只有4艘，其中有1艘为西班牙旗舰“奥国王子”号，而此旗舰上的西班牙海军将领格拉维拉已经身负重伤，奄奄一息。
就在柯林伍德支队开始作战25分钟后，纳尔逊支队也投入战斗，它始终保持着不规则的鱼贯形队形。纳尔逊亲乘旗舰“胜利”号，率“提米莱尔”号、“海王星”号等3艘三层甲板大型战列舰向联合舰队的前队与中军之间插入。下午12点24分，“胜利”号的左舷炮开始射击。纳尔逊一直在寻找维尔纳夫的旗舰。虽然“胜利”号上的一切望远镜都在拼命寻找，想发现维尔纳夫的司令旗，但是一无所获。于是，纳尔逊遂假定维尔纳夫可能是在法国最大的军舰，四层甲板的巨型战列舰“三叉戟”号上，于是指挥“胜利”号向“三叉戟”号发动猛攻。
正当“胜利”号向“三叉戟”号发炮猛轰之际，“胜利”号的一名观测兵发现在“三叉戟”号后方有一艘不起眼的两层火炮甲板中型战列舰，此舰是法舰“布森陶尔”号，上面挂着总司令维尔纳夫的旗帜，维尔纳夫的旗舰被发现了。“胜利”号冒着敌人的炮火，钻到了“布森陶尔”号的身后，用其船头上的68磅短炮和侧舷的火炮，对准“布森陶尔”号的舷窗一顿猛射，由于“胜利”号逼得太近，炮火太猛，“布森陶尔”号被打得千疮百孔，人员死伤惨重。
此时，英国战列舰“海王星”号和“征服者”号也赶来围攻法国旗舰“布森陶尔”号，“胜利”号把这艘中型舰交给他们，自己转而进攻法国的大舰“敬畏”号。“胜利”号和“敬畏”号立即纠缠在一起，“胜利”号和“敬畏”号两艘战列舰互相逼近，双方投钩手立刻就把对方的战舰勾住了。英国水兵和法国水兵都准备跳上敌舰甲板，进行古老而残酷的接舷战。法舰“敬畏”号舰长、法国海军上校卢卡斯指挥法国水兵冲上“胜利”号的甲板，立即遭到英军水兵用步枪猛烈扫射，英军火力太猛，法军纷纷倒在英军枪口之下，死伤惨重。战斗持续了一小时。纳尔逊和“胜利”号舰长、皇家海军上校哈迪亲临甲板指挥战斗，就在法军的冲锋即将被英军击退之时，法舰“敬畏”号上的一个狙击手打来一枪，正中纳尔逊的胸膛，纳尔逊应声倒地，水兵们急忙将他抬到后舱抢救，纳尔逊一直平静地躺在那里等到战斗结束。
正当“胜利”号与“敬畏”号交战时，英国战列舰“提米莱尔”号和“海王星”号向法国最大的战列舰“三叉戟”号发起围攻，激战一个半小时后，“三叉戟”号死伤惨重，这艘四层甲板巨型战列再也支持不住，不得不降旗投降。英国人登上这艘大舰去收容俘虏，发现，“其死伤人数在三四百之间，到处都是血肉，后甲板上堆满伤兵，有的没有脚，有的没有手。”
法舰一艘接艘地投降，而英舰还在源源不断赶来助战，此后，英国战列舰“不列颠”号，“巨人”号和“征服者”号，先后加入战阵，围攻法国旗舰“布森陶尔”号，下午2时5分，维尔纳夫终于坚持不住，下令“布森陶尔”号降旗投降，维尔纳夫被俘。据英国人记载，法国旗舰上“到处都是死尸，景象非常之凄惨。死伤总数在四百人以上，多数尸体没有脑袋。”
英舰虽然数量比法舰少一些，但是，仅就火力来说，英舰以两面炮火攻击敌舰，已经相当于火力增加了一倍，再加上皇家海军技艺精湛，所以，皇家海军战斗力超过法舰数倍。因而，此战只是一部分英舰投入战斗，就已经击败了法国舰队，在“胜利”号开始作战40分钟后，英国战列舰“阿贾克斯”号才开始作战，而后战列舰“阿伽门农”号，“非洲”号、“奥利安”号，也都相继赶到参战，而当维尔纳夫降旗投降时，纳尔逊支队中的最后两艘战列舰，“米罗陶尔”号和“斯巴尔特”号都还不曾参加战斗。
特拉法尔加海战的最后阶段是法西联合舰队将领杜马罗尔的反攻，不过这只是法军的垂死挣扎而已。杜马罗尔的分舰队一直处于联合舰队的前卫，战斗打响时，维尔纳夫命令“各自为战”。但杜马罗尔缺乏主动攻击精神，一直在舰队的前卫位置徘徊，等待具体指示。而此时，舰队司令维尔纳夫正被纳尔逊打得焦头烂额，自顾不暇，那里有功夫管他？此时，杜马罗尔仍然没有主动参战的意思，还在等待命令。直到下午2时，维尔纳夫支持不住了，这才想起杜马罗尔，急忙发令，令他调转头来支援自己，但是，此时不巧风恰好停了，杜马罗尔舰队的调头转向十分困难。等到他好不容易转过头来，法军主力维尔纳夫已经投降了。最后时刻，杜马罗尔把10艘军舰编成两队投入反击。当时，联合舰队败局已定，但不管形势的恶化，杜马罗尔还是最后打了一下，总算是有所交代吧。经过一番炮战，法国战列舰“圣奥古斯丁”号、“拉约”号、“英提皮德”号、西班牙战列舰“海王星”号（作战双方各有一艘“海王星”号）纷纷向英国舰队投降。杜马罗尔则乘旗舰“恐怖”号连同“蝎子”号、“布朗山”号、“杜高陶因”号、“英雄”号等战列舰逃走。
10月21日下午4时30分，震天的炮声终于停止了，战场上空仍然硝烟弥漫，久久不散，鲜血染红了海面，有的军舰还在燃烧。整个会战历时近五个小时，法军死3373人，伤1155人，西班牙军死1022人，伤1383人，总计联合舰队两万余官兵，毙、伤、俘加在一起，损失了一万四千人，其中七千人被俘；而英军人员损失则小得多，死449人，伤1214人，死伤仅一千六百余人。军舰方面，法国和西班牙联合舰队的33艘战列舰中，有12艘被俘，7艘被摧毁，只有14艘逃脱，而在逃脱的14艘中，1艘起火燃烧，9艘逃往加的斯，4艘逃向直布罗陀。而当夜晚间，风暴大作，连续四天，多数负伤的法西军舰都沉没了，包括被俘的法西军舰。而在整个会战中和风暴之中，英国舰队则无一船损失。
身负重伤的纳尔逊得知海战已胜利的消息后说：“我感到满意。”他亲吻了哈迪舰长：“感谢上帝，我总算尽了我的职责。”然后与世长辞，时年47岁。
10月27日，柯林伍德派拉皮罗提尔中尉回国报捷。11月4日，拉皮罗提尔在法尔茅斯上岸后，火速前往伦敦。他一路调换了19次马，于11月6日清晨1时赶到海军部。拉皮罗提尔见到英国海军部长的第一句话是：“报告！我们获得了伟大的胜利，但是，我们失去了纳尔逊子爵！”
特拉法尔加海战是帆船海战史上著名的以少胜多的一场歼灭战，也是19世纪规模最大的一次海战，特拉法加海战也是装备实心炮弹的木制帆船之间最大的一次海战。纳尔逊在这场海战中敢于突破陈旧的战斗序列理论，运用灵活机动的战术，以大无畏的英雄气概，彻底歼灭了法西联合舰队。纳尔逊非凡的胆略和高超的指挥艺术，使他成为一代名将而名垂史册。英吉利民族为他深感自豪，就连他的敌人拿破仑对他也是推崇备至，当听到纳尔逊的死讯后，拿破仑当即命令在每艘法国的军舰上，都挂上纳尔逊的画像，一是为纪念他，同时也是以他作为法军学习的榜样。英国军事理论家富勒在《西洋世界军事史》中评价说：“无论从那一方面来说，特拉法尔加海战都是一个值得记忆的会战，它对于历史具有广泛的影响。它把拿破仑征服英国的梦想完全击碎了。一百年来的英法海上争霸战从此告一结束。此战使英国获得了一个海洋帝国，这个帝国维持达一个世纪以上。
2005年6月28日，来自六个国家的一百六十余艘舰船，聚集在英格兰南部朴次茅斯港附近的索伦特海峡，参加特拉法尔加海战200周年纪念活动。庆典十分隆重，这是一次盛大的聚会，来自欧盟、美国、俄国、日本、埃及，印度的军舰，列队依次向英国女王致以最高的敬意，伊丽莎白二世女王的脸上光彩照人，似乎又看到了昔日大英帝国的无限荣耀。自特拉法尔加海战以后，海洋在人类生活中的地位越发重要。历史证明，近代以来，海洋决定了国家和民族的兴起与衰落，所以纪念特拉法尔加海战二百周年成为世界各重要国家参加的重大纪念活动。
拿破仑在海上是彻底失败了，但是，在大陆，他却是无敌的。英国在海上大获全胜，反法同盟中的俄国和奥地利的军队也不甘示弱，在大陆上展开广泛的战斗活动。为了解除后顾之忧，拿破仑不得不放弃渡海征英的计划，撤掉了布伦大营，回师东征，去迎击俄国和奥地利的军队。拿破仑的军队在陆上是很有威力的，他首先击溃了奥军，10月间迫使奥军在乌尔姆要塞投降。在库图佐夫指挥下的俄国军队，不得不赶快撤退到多瑙河彼岸。
1805年11月13日，拿破仑率军进入了维也纳，12月2日，也就是拿破仑加冕一周年，在摩拉维亚的奥斯特里茨村附近，爆发了著名的奥斯特里茨战役，也称“三皇之战”，在拿破仑的杰出指挥面前，俄奥联军不是对手，遭到彻底失败。至此，第三次反法同盟实际解体了。英国首相小皮特闻讯后，收起欧洲地图，叹道：“今后十年，用不着它了。”竟忧愤而致重病，不久就撒手人寰，年47岁。第三次反法同盟被粉碎。七十年代末，我国曾上演过一部法国历史巨片，《拿破仑在奥斯特里茨》，片中，小皮特和纳尔逊都出场了，影片中，当英国人担心拿破仑的入侵时，一只眼失明戴着眼罩的精明强干的纳尔逊敏捷地说道：“有我在，他休想！”给人以深刻印象。小皮特与老皮特一样，是非常有才能的政治家，他开创了近代英国保守主义的政治传统。
1806年1月，小皮特去世，此时，拿破仑正在欧洲大陆上所向披靡耀武扬威，为了全力抵抗拿破仑，而两党又无人能比得上小皮特的才能，英国不得不组成了两党联合执政的联合政府，由辉格党为主，由格伦维尔为内阁首脑，福克斯为外相。这届政府的最大成就不是抵抗拿破仑，而是废除了奴隶贸易，自1808年1月1日起，英国禁止奴隶贸易，命令英国海军拦截各国的奴隶贸易船，必要时不惜动用武力。
新任外交大臣福克斯，一向以反对小皮特的强硬政策而著称，他一上任，立即派代表到巴黎与拿破仑进行和谈，拿破仑同意英国的求和，转而全力在大陆上对德国作战，这次遭殃的是普鲁士。为了巩固对德意志西部和一部分中部地区的统治，拿破仑建立了西德同盟（“莱茵同盟”），参加同盟的包括德意志西部和中部的一些小邦国。1806年7月12日，德意志各国君主根据拿破仑的命令签订了相应的条约，同时还“选举”拿破仑为保护这个西德同盟的大保护人，西德同盟成为法兰西帝国的附属国，存在了大约一千年的德意志罗马帝国就这样灭亡了。哈布斯堡君主不得不接受拿破仑的建议，放弃德意志罗马帝国皇帝的称号，只做了奥地利的皇帝。
与此同时，拿破仑积极准备发动新的战争。1806年9月13日，英国唯一竭力主张同法国议和的外交大臣福克斯去世，政权重又回到托利党手里，这是小皮特上台之后的半个世纪中辉格党唯一的一次短暂的执政机会，辉格党本来已与拿破仑讲和，英国已接受拿破仑在大陆的统治，但是，托利党的上台，又推翻了与法国的协议。托利党此次执政，一直持续到1830年。而托利党的历任内阁首脑，都是小皮特的追随者。
拿破仑先没有理睬英国，他在做好充分准备之后，于1806年10月8日下令将军队开进萨克森，继而攻入普鲁士。法军长驱直入，于10月27日进入柏林。11月8日，普鲁士的最后一个重要据点投降。普鲁士被法国彻底征服，被迫割让了一半领土，而且面临亡国的危机。此后，对于出尔反尔的英国，拿破仑决心给英国人点厉害瞧瞧，拿破仑于11月21日在柏林发布了“大陆封锁令”，宣布对不列颠群岛实行封锁，禁止一切与不列颠群岛的贸易和联系。后来连邮政和其他方面与英国的联系都一律禁止。同时拿破仑还下令，逮捕大陆上的所有英国人，并没收他们的商品和财产。
拿破仑的“大陆封锁令”，其目的在于在经济上使英国陷于完全瘫痪状态，最后导致英国经济破产而不得不向法国屈服。但是，英国是当时世界的海上霸主，拥有世界上最大的舰队，拿破仑尽管是欧洲大陆的霸主，不过，只要拿破仑一天不掌握制海权，他就不可能完全封锁英国。而且，拿破仑没有充分估计到英国社会经济结构的活力。他错误地认为，英国的经济主要是建立在信贷和出口之上的，只要断绝了它的海外贸易，这种经济结构就将瓦解，并将引起破产、失业，甚至革命，最终将导致英国屈膝投降。实际上，拿破仑战争期间战事主要在欧洲大陆进行，英国并未受到严重破坏，特别是工商业活动和英国人的生活并未受到很大影响。
