高祥是实权派，他要抵抗，段智兴无力反对，只能跟从。可蒙古军的战斗力超强，大理军虽然在金沙江周边诸多城寨中英勇抵抗，却无法阻挡蒙古军前进的马蹄。十二月，忽必烈的中路军抵达大理国都大理城下，而兀良合台西路军也在攻破龙首关之后在城下与忽必烈汇合。
到了这个地步，要么投降，要么凭借倚点苍山靠洱海的大理城防负隅顽抗。可高祥却选择了最为愚蠢的方式，在斩杀了忽必烈派来招降的三个使者后，挟持着段兴智与自己的弟弟高和率军出城决战。这样的作为可算是自寻死路，一战下来，大理军几乎全军覆没，高祥、高和兄弟与段兴智逃走，忽必烈趁机发动攻城，原本固若金汤的大理城一夜之间就被蒙古军占领。
在搜索典册图籍过程中，三个使者的尸体被发现，忽必烈勃然大怒，想要屠城。张文谦、姚枢、刘秉忠等人急忙劝谏：“杀使拒命者，其国主耳，非民之罪。” 忽必烈对他们一向言听计从，于是下令不许军队进城抢掠，大理国三百年的文明精华才算得以保存。
国都拿下了，可国主和权臣还没有抓获。这时，东路军也赶到了，于是忽必烈派大将也古率军追击大理国君臣，在姚州（今云南姚安）将高祥、高和兄弟斩杀，段兴智逃到陪都善閳（今云南昆明）。主宰大理国一百多年的高氏灭亡，大理国也就没有了主要抵抗力量。1254年春，忽必烈留兀良合台继续追击段兴智和征讨不愿臣服的部落，并任命刘时中为宣抚使治理民政，自己率主力北返。是年秋，兀良合台攻陷善閳俘虏段兴智，并将之送回漠北草原面见蒙哥汗。蒙哥汗表现的很大度，不但没有杀他，还赐给金符让他回云南帮助招抚其他部落。段兴智回国后全力帮助蒙古军平定云南各地，蒙哥汗大喜，赐他“摩诃罗嵯”称号（此为梵语，意思是“大王”），并让他管理云南各族。段氏近两百年被权臣架空，倒是在亡国之后有了实权，其太祖段思平要是地下有知，是该欣慰还是该苦笑？
【正文】
大理既平，对于南宋的战略包围也就达成了，忽必烈在此役中是总指挥，自然是头号功臣。而以武功立国的蒙古，这次南征，拓地千里，也大大的提高了忽必烈的声望。以前一些宗王还说他没有战功只重文治，现在可说事实胜于雄辩了。蒙哥汗也对弟弟的作为很满意，让他在关中、南京（汴梁）选择一处做自己的封地，在姚枢的建议下，忽必烈选择了关中。之后，蒙哥汗又把怀孟封给他，这样一来，忽必烈的汉地封户达到四万四千户，而且具有了“天府陆海”的关中，实力大大增强。
回到金莲川，忽必烈继续推行以汉法治汉地的尝试，并且上奏蒙哥汗希望能够让自己便宜治理黄河以南，不受燕京尚书省的节制。此时，君臣兄弟俩的感情是蜜月期，蒙哥汗照准此意。这样一来，几乎整个中原都受忽必烈管辖了，他大张旗鼓的进行自己改革，派遣幕府中精于民政、财政的人才充任各地官员，而且“益重儒士，任之以政” ，如任命张耕、刘肃为刑州安抚使，史天泽、赵璧为河南经略使，廉希宪、商挺为宣抚使，管理京兆分地和关中，姚枢为关中劝农使，马亨为榷课所（也就是税务所）长官。
很快，中原、关中等地出现“大治”景象，人口增长，赋税增多。原本苦不堪言的汉族百姓，对这位与其他人大不相同的蒙古王爷顿时充满了感激之情，虽然未必会如姚枢所说“如赤子求母” ，但民心向背与否已然是必然的了，时人称忽必烈为“贤王”，认为他“能用士而能行中国之道”，算得上“中国之主” 。
在获得民心的基础之上，忽必烈又大力笼络汉人世侯，对他们极尽礼遇恩赏，使之对自己感恩戴德。
所谓“世侯”，是指汉人地方实力派。在蒙古不停的打击金朝之时，因为金军的节节败退，尤其是迁都汴梁之后，中央朝廷逐渐失去了对各地的控制。一些地方上的豪门大户或者地方官员，便以“保卫桑梓”为名组织私军，割据一方。成吉思汗时代，命智将木华黎为太师国王专门经略中原，木华黎看出了这些人物的作用，对之采用招降手段，规定凡是纳土归降者，便任命为原地的地方长官，授予行省、领省、都元帅、副元帅之类的高官，后又授予万户长、千户长、百户长之类的蒙古官职，并且可以世袭。各地土豪大多都是识时务的“俊杰”，除了少部分有着忠义之心外，基本上都接受了这种招降。于是，西京刘黑马、真定史天泽、顺天张柔、东平严实、济南张荣、宜都李璮、大名王珍、中山邸顺、河东李守贤、太原郝和尚、巩昌汪世显等人都成了蒙古帝国的新贵，无不是统兵数万，辖地千里，专制一方的“土皇帝”，因为其爵位可以“父死子继，兄终弟及”，这些人便被称为“世侯”。
按照法律，这些世侯都要效忠于蒙古大汗，在封地收取的税款也要有相当部分上缴汗廷，军队也要随时听从大汗调遣。而忽必烈向蒙哥汗要了便宜治理中原的敕旨后，也就有了便宜和世侯们交往，将之纳入自己麾下的机会。这些世侯谁然没什么民族大义，而且几代在蒙古人治下享受荣华，但毕竟还是汉人，忽必烈这个对汉法、儒生极为感兴趣的蒙古王爷对他们来说无疑会亲近很多。何况，县官不如现管，忽必烈是直接和他们打交道的皇亲，并且是掌管漠南汉地的最高长官，是不能怠慢的。于是，世侯们对于忽必烈的关系逐渐紧密，他们是忠于汗廷还是忠于忽必烈，界限已经越来越模糊了。
同时，忽必烈还开始建设自己的“小金库”。榷课所长官马亨是忽必烈金莲川幕府的心腹，掌管榷课所之后，财政大有改观，可说日进斗银。可流水般的银钱却是一分一厘也没有交给汗廷，而是都进入了忽必烈的“藩库”。
用儒者理民政是获取了民心，笼络汉人世侯是获取了军心，现在又聚集了大量的金钱。忽必烈要干什么？当然，他这么做是有充足理由对汗廷和自己的大哥蒙哥汗交代的：这是为了攻略南宋所做的准备。但在漠北的蒙古宗王们，尤其是蒙哥汗可却不会轻易接受这个理由。原因很简单：这样的做自然可以说是攻宋，但若说你是要准备造反，也未尝不可。
对于蒙哥汗来说，这个弟弟的种种作为已经不能姑息了，私自接交世侯，不缴纳充足的税款还在其次，最重要的是他已经明目张胆的开始抛弃传统，对于从祖先那里传下里的种种制度越来越不重视。无论作为君主还是大哥，他认为自己有必要敲打敲打忽必烈了。
“正巧”，许多大臣和宗王都在弹劾忽必烈，各种罪名归纳起来主要有两端：其一，“中土诸侯民庶翕然归心”，其二，“王府诸臣多擅权为奸利事” 。有人告发，自然要调查，但这两条罪名都是可以上升到“谋反”重罪的。以这样的罪名调查，就要做好诛杀弟弟的准备。蒙哥汗虽然“刚明雄毅”，却并非冷酷无情，他还不想彻底割舍骨肉亲情，于是，他以经济问题入手，对忽必烈治理的地区进行整顿，于是在1257年，开始了著名的“阿兰答儿钩考”。
钩考，又称作理算，意思是财务审计，是中央政府对地方财政进行清理、核算的一种方式。这是避免地方截留钱谷，私设“小金库”。阿兰答儿是当时蒙古帝国都城和林的副守，是蒙哥汗的心腹重臣。阿兰答儿对忽必烈治理的汉地进行财物审计，便是“阿兰答儿钩考”。
阿兰答儿其人在《元史》中记载性格苛刻横暴，擅作威福。这当然是因为忽必烈吃过他的亏，官方记载绝对不会有什么好评价。从整个钩考过程来说，阿兰答儿确实是残暴专横，对忽必烈的势力极力打击。不过，从当时蒙古帝国和蒙哥汗利益来说，阿兰答儿又可说是“铁面无私”，他不但严格执行了蒙哥汗的命令还有所发挥，设置了专门的“钩考局”，列出一百四十二条条例，对于所有征商事宜不分巨细一律严查。一时间，关中、中原一带与忽必烈关系密切的官员都被整肃。
经姚枢、赵秉忠等人劝谏而成立的宣抚司、经略司、从宜府、行部等衙署全被被取消。赵璧、马亨等官员称为重点钩考对象，赵璧被多方罗织罪名，虽因其想来善待下属，无人告讦而作罢，但仍被处于罚款。赵璧两袖清风，拿不出钱来，所幸忽必烈代他偿还才得以免罪。
而掌管税收却从不上交汗廷的马亨就没那么幸运，被逮捕押解南下燕京关押。临行前，忽必烈为马亨送行，难过的说：“你走了，我怎么帮你脱罪呢？”可阿兰答儿有汗命在手，忽必烈只能眼睁睁看着自己的忠臣被抓走。马亨在狱中饱受摧残，但坚不招供。阿兰答儿碍于忽必烈的面子最后也不得不将之释放。
至于世侯中与忽必烈走得近的史天泽、刘黑马也都被褫夺了行政官职，只因为是“勋旧”而没有被过分追究。史天泽主动提出：“经略使司我实主治，是非功罪，皆当问我。” 希望能保护一些下属官员，可惜却起不了什么作用。在阿兰答儿严厉的钩考之下，中下级官员被折磨致死者有二十余人，免职、罚款者不计其数。
面对着如此局面，忽必烈的愤恨和委屈可想而知，但从钩考一开始，他的军政一切权力便被剥夺，他没有任何力量作出反抗，只能在开平城里生闷气。姚枢见状，连忙进谏：“大汗既是王爷的君主，又是兄长。千万不要计较置气，不然会有更大祸患。还是主动去觐见大汗，解释一切，消除大汗对您的疑心，才能长久安全。”忽必烈认为有道理，于是忍下怒气，主动前去觐见蒙哥汗。
是年12月，经过多次请求，蒙哥汗终于同意召见忽必烈，兄弟二人在可迭烈孙之地相见。俗话说人怕见面，树怕扒皮，没有见到弟弟时，蒙哥汗自然可以下手狠一些，待到一见面，同母所生的亲情便不能不顾了。没等忽必烈作出解释，蒙哥汗便主动下令停止了钩考，对一些被关押的官员，只是杖责一顿完事，安抚了一肚子牢骚的弟弟。
汉地众多官员们的噩梦终于结束，忽必烈也获得了安全保障，可汉法治汉地的改革夭折了，自己失去一切权力，成为了闲住王府的“富家翁”，什么抱负、理想似乎都成了泡影。
兄弟君臣之间第二次暗斗，忽必烈大败亏输。
【正文】
除了父亲暴死之时，被钩考之后的忽必烈是最低落的时期，他只能在众多谋臣的劝解下，隐忍蛰伏等待时机。
时机似乎很快就来了。
兄弟相见之后的第二年，1258年2月，蒙哥汗开始了对南宋的总攻击，宗王塔察儿（成吉思汗幼弟帖木格之子）统率东路军攻打荆襄、两淮，蒙哥汗自己率西路军军攻打四川，汉地世侯们的军队分别归于东西二路。两路大军十万余人，声势浩大。
从蒙哥汗即位以来，虽进行过多次对外战争，但他从来没有御驾亲征过。对于西亚的远征，他把指挥权交给了三弟旭烈兀，南征大理总指挥是二弟忽必烈。这一次，蒙哥汗的亲自上阵，除了鼓舞士气之外，还有着难以言说的苦衷。
蒙古在还是小部落时，便是用战功来衡量一个统治者是否称职。成吉思汗时代，近乎所有的大型战役，可汗本人都要亲临阵前。成吉思汗缔造了一个无往不胜的“战神传说”。窝阔台汗时，虽然自己身体不好，仍然亲自指挥灭金之战。到了蒙哥汗时代，虽然他本人“刚明雄毅”，使得帝国上下纲纪肃然，可自己却没有值得夸耀的战绩。两个弟弟一个灭了大理国，一个远征西亚灭了亦思马因宗教国和阿拉伯阿拔斯王朝，显得自己这个大哥在在战功上相形见绌。而忽必烈在平定大理之后种种的“不臣”之举，更让他感到自己必须打一场大仗巩固自己权威的紧迫感。
正如蒙哥汗自己所说：“我们的父兄们，过去的君主们，每一个都建立了功业，攻占过某个地区，在人们中间提高了自己的名声。我也要亲自出征，去攻打南家思（南宋）！”
在蒙哥汗出征前，忽必烈和其他宗王赶到玉龙栈为兄长送行，除了说些预祝胜利的吉利话，忽必烈也希望大哥能够让自己参与这次南征。可是，蒙哥汗却下旨：“忽必烈合罕腿有病，他以前已率师远征，平定作乱地区，今可让他留在家中养病” ，宴会之后，忽必烈悻悻然返回。
蒙哥汗当然不会愿意忽必烈跟随南征再建立功勋，他希望自己能够独立完成灭亡南宋的使命。可是，当蒙哥汗一路上攻克诸多要塞逼近南宋四川的大本营重庆时，东路军的塔察儿却在攻打樊城失利后便顿兵不前，恣意享乐，放纵抢掠，数月之中没有攻下一个城池。蒙哥汗大发雷霆，派使者申斥，表示要“下令狠狠惩罚你们！”但东路军不能前进，自己西路军即使能够一帆风顺也难以达成一举灭亡南宋的目的，他必须选择换帅。
同时，忽必烈和他的参谋们也随时在关注着前线的战事，听闻塔察儿失利的消息，近侍、康里人燕真进言道：“主上素有疑志，今乘舆远涉危难之地，殿下以皇弟独处安全，可乎？” 忽必烈于是立即上书蒙哥汗请求统兵。蒙哥汗虽然并没有解除对忽必烈的疑虑，但第一正是用人之际，第二毕竟血浓于水，于是下令：“今可让他率领塔察儿诺颜的军队向南家思边境推进。” 同时，命留镇云南的兀良哈台率军自南而北包抄南宋。
忽必烈终于再次获得了兵权，兄弟二人第三次暗斗，自己算是小赢一局。
当然，无论是蒙哥汗还是忽必烈都不会想到，这一次也是他们最后一次暗斗。接下来，蒙哥汗将退出竞技场，换上忽必烈与自己最小的弟弟阿里不哥明刀明枪的大打出手了。
兄弟阋于墙（下）——忽必烈与阿里不哥争位之战
站在高处的人最容易迷失自己，尤其是站在高处又作出了成绩的人，就更容易失去对自己的把握。古代的帝王们鲜有能认清自己只是一个凡人，充其量只是个优秀的凡人而已，在一片赞颂和阿谀之中，总认为自己天赋异禀，无所不能。很多杰出的帝王会犯一些低级的错误，其根源，往往就在于此、
这样的通例，蒙哥汗自然不能例外。他是一个杰出的草原帝国的政治家，他可以将诺大的帝国治理得井井有条，他可以选拔最得力的人去做他们最擅长的事，他可以让祖上的功业继续发扬光大，但是，他绝不是一个优秀的军事统帅。虽然他身上流着军事家成吉思汗和拖雷的血，可他并没有遗传他们神鬼莫测的军事谋略和机变百出的战场指挥能力。
这一点，从他亲自指挥的第一次也是最后一次远征中，表现得淋漓尽致。
远征一开始，蒙哥汗把自己的主攻方向放在川蜀，就已经犯了兵家大忌。蒙古军擅长平原野战，山地作战经验不足，对于四川的气候也很不适应。而四川则是南宋“吴家将”吴玠、吴璘、吴挺兄弟子侄两代苦心经营的战略防御重地，名将余玠又依靠山地构建了固若金汤的山城防御体系。虽然自古北方政权南征都要先夺取四川然后顺江而下，形成“王睿楼船下益州，金陵王气黯然收”的局面，可首先要确定当时的四川属于软柿子才能成功。如三国时曹魏灭蜀汉，是因为蜀汉弱于东吴，好下嘴。宋太祖统一江南，先灭掉后蜀，也是因为当时的后蜀后主孟昶暗弱无能。而南宋时的四川可以说是整个防线中最硬的一块骨头，直到日后南宋灭亡，四川也是在最后被拿下的地区。蒙哥汗出兵时，忽必烈的谋臣商挺便说过：“蜀地险远,瘴疫时作,难必有功,万乘岂宜轻动?”可说是预言了蒙哥汗日后的失败。
一路之上，虽然剑门苦竹隘、长宁山城（今四川广元西南）、蓬州运山城、阆州大获城（今阆中县东北）、李居山（今四川南充市）、大良山（今仁寿县境内）、隆州（今四川仁寿）、雅州（今四川雅安）在兵锋扫荡之下先后被攻陷，但有很多都是守将不战而降，真正的恶战并未发生。待到1259年初，西路军主力抵达重庆合州钓鱼城下，这才算是遇到了劲敌。
钓鱼城坐落在今重庆合川县城东5公里的钓鱼山上，其山突兀耸立，相对高度约三百米。山下嘉陵江、渠江、涪江三江汇流，南、北、西三面环水，地势极为险要。城分内、外两城，外城筑在悬崖峭壁之上，城墙都系条石垒成，坚固无比。外城之外还修建有一字墙，守军可以用之阻碍城外敌军运动，而自己却可通过外城墙运动至一字城墙拒敌，与外城墙形成夹角交叉攻击点。城内有大片田地和四季不绝的丰富水源，周围山麓也有许多可耕田地。可谓外有天险可抵御大军强攻，内有粮秣可供长期坚持。
当然，坚城如果是庸将把守也不难攻破，可这时守卫钓鱼城的是勇将王坚，其人忠义双全、有勇有谋，斩杀了蒙哥汗的劝降使者，督率所部殊死抵抗。蒙哥汗率军从二月开始围攻直到七月，钓鱼城都巍然不动。蒙古军不但损失无数士兵，还折损了大将汪德臣、董文蔚。到了六月，天气逐渐炎热，军中疟疠、霍乱横行，士气低落。
面对不利局势，大将术速忽里提议留少量军队困扰，而以主力沿长江水陆东下，出三峡，捣荆楚。可蒙哥汗却并没有采纳这合理建议，而是呈血性，继续强攻。结果，是年7月，蒙古帝国的最高统治者蒙哥汗便死于金剑山温汤峡（今重庆北温泉），有记载说他是身患痢疾，有记载说他是被炮石所伤 。
作为军事统帅，蒙哥汗既不知己也不知彼，既不能临机应变，也不愿采纳臣属的正确意见，只是一味蛮干，结果竟然以大汗之尊战死阵中，真是“千金之弩，为鼹鼠而发“ ，败得窝囊，死得不值。
【正文】
人比人得死，相对于蒙哥汗的莽夫作为，他的二弟忽必烈却在得到统兵之权后，镇定自若，举措的当，无论是筹划还是进兵都有章有法。
接到诏旨后，忽必烈先妥善安排了自己大本营的种种事项，然后带着众多谋臣侍从于1258年十一月离开开平，1259年五月到达濮州（今河南濮阳东），召集谋臣以及东平名士宋子贞、李昶商议南征策略。
宋子贞等人以及刘秉忠、姚枢、张文谦都提出，要攻打南宋顺利，必须要以罚罪、救民、不嗜杀为宗旨，才能尽量减少抵抗。忽必烈当即表态：“保为卿等守此言！” 算是确定了南征总方针。
七月十二日，忽必烈到达汝南正式接手了东路军，因吸取了塔察儿顿兵樊城之下的教训，他将主攻方向设为江汉。命木华黎之孙霸突鲁先率一部直趋汉水，然后任命老臣杨惟中和自己幕府心腹郝经为江淮荆湖南北等路正、副宣抚使，率归德一带军队至长江北岸设立行台，招纳降附，宣布恩信。
八月十五日，忽必烈率军度过淮河，二十日攻入大散关，二十一日，抵达黄陂。与此同时，汉军世侯张柔率军攻破南宋五关之首的虎头关。
九月一日，蒙哥汗猝死的消息传到军中，忽必烈命全军驻扎，为蒙古汗举哀。这个时候的忽必烈会是什么心情，史书的记载简单而不可信，以常理推测，其心应该是“且哀且喜”，毕竟亲大哥身亡是难过的事，但另一方面自己最大的竞争对手和谋取大业的绊脚石没有了，对于一个政治人物来说，喜多于悲，再正常不过。
下一步，就要决定该怎么办了。很多下属提议立即北还，可是忽必烈却拒绝了。他的考虑是：第一，战斗刚刚打响，没有什么大的进展便回军，会让自己如塔察儿一样被人笑话，自己要继承汗位，就必须有更大的战功；第二，兀良合台的南路军已近北上进入南宋腹地，自己不去接应，必然要全军覆没，那是一支精锐之师，兀良合台又是自己在南征大理时便笼络的悍将，绝不能放弃；第三，除了蒙哥汗，他实在想不出还有谁能威胁自己继承汗位，奉蒙哥汗之命留守都城和林的幼弟阿里不哥，是不应该被放在眼里的。
于是，在举办完蒙哥汗的追悼会后，忽必烈继续督军南下。而此时的南宋朝廷则聚集了十万大军，两千艘战船于长江南岸。九月四日黎明，忽必烈派遣董文炳、董文用兄弟为先锋，以二百艘战船强渡长江，宋军前来接战，两军在江中战斗十七次，宋军大败，损失兵士无算，战船被俘虏千余艘。蒙古军渡江成功包围了鄂州（今湖北武昌）。渡江之后，忽必烈履行了当初对宋子贞等人的诺言，严肃军纪，军士擅入民宅者一律军法从事，并将俘虏百姓全部释放，尤其是其中的五百多名儒生，放走前还给不少安家费。
可是，这样的怀柔并不能稍减南宋军民的抵抗意志。鄂州守将张胜拼死据守，而从南宋军从重庆而来的吕文德所部，汉阳而来的贾似道、高达所部也奋力前来支援。百余日内，鄂州城下双方鏖战不休，死伤枕籍。南宋守将张胜战死城楼，军士死伤多达一万三千余众，可鄂州成仍然没能拿下。尤其是著名的奸相贾似道，此时表现得极为英勇顽强，率军进入城中后，负责守城全部事宜。蒙古军多次用掘洞的方式将城墙破坏，可贾似道总是在一夜之间率将士用木栅栏修补完毕，让蒙古军望城兴叹。忽必烈不禁感慨：“吾安得似道者用之？”
鄂州城下的战斗出现胶着，而霸突鲁率军进攻岳州（今湖南岳阳），郑鼎等率军骚扰江西兴国、瑞州、南康、抚州等地都进展顺利。尤其兀良合台所帅的由一万蛮兵和三千蒙古骑兵组成的南路军更是势如破竹，从云南出发一路之上攻克广西衡山寨（今广西田东）、贵州（今广西贵县）、象州（今广西象州）、柳州（今广西柳州）、静江（今广西桂林），进入湖南后，又接连突破全州（今湖南全州）、辰州（今湖南沅陵）、沅州（今湖南芷江）的宋军堵截，攻至潭州（今湖南长沙）城下。南宋的临安朝廷惶惶不安，已经有迁都的打算。
而在鄂州城中亲临战阵的南宋奸相贾似道，此时深知鄂州城破已经是时间问题，一旦鄂州失守，岳州、潭州等地必定出现连锁反应，南宋朝廷将会危如累卵。于是，他秘密派遣宋京为使节求和。
忽必烈原本并不想和谈，正如谋臣赵璧回答宋使宋京所说：“驻濮州未拜旗时，汝国遣行人来议尚可。今已渡江，江南之地，悉为我有，何出此言？”
可是很快，忽必烈就做出了率军北返，并同意和南宋议和的决定。这倒不是真如表面的言辞所说“以生灵之故”，而是因为他先后接见了来自漠北的两拨信使。
【正文】
十一月，忽必烈的大妃察必派人来到军中，向忽必烈通报了他的小弟阿里不哥派遣那个钩考过他的阿兰答儿和脱里赤到漠南和中原抽调兵丁的消息。并用隐喻暗示道：“大鱼的头被砍断了，在小鱼中除了你和阿里不哥以外，还剩有谁呢？你回来好不好？” 。两天后，阿里不哥的使节也来到军中，声称是来“请安和转达问候的”，忽必烈问起调兵之事，使节支吾应付。忽必烈这才发现，自己实在小看了弟弟，阿里不哥已经积极运作，准备和自己争夺大汗宝座了！
身边的谋臣们也纷纷进谏，请求忽必烈立即班师。郝经分析道：“阿里不哥已行敕令，令脱里赤为断事官、行尚书省事，据燕都，按图籍，号令诸道，行皇帝事矣。虽大王素有人望，且握重兵，独不见金世宗、海陵王之事乎！若彼果决，称受遗诏，便正位号，下诏中原，行赦江上，欲归得乎？” 当初金废帝完颜亮率军攻打南宋，金世宗完颜雍趁机在后方称帝，导致前方军心大乱，金废帝被部将所杀。这段历史似乎就快要重演了，如果阿里不哥这时候宣布继位，那忽必烈的所有优势都会丧失，很可能成为金废帝第二了。
时间紧迫，不容犹豫。忽必烈立即下令以进攻临安的名义撤掉围攻鄂州的军队，并开始整军北上。在留下霸突鲁、兀良合台和张柔等率部屯驻江北的同时，也答应了贾似道的求和，口头达成协议。之所以用口头方式，实在是来不及细细谈定议和条件再签字画押了，而这个仓促的决定，倒为日后再次进攻南宋留下了借口。
阿里不哥是忽必烈同母所生最小的弟弟，虽然他是“灶主”，继承了拖雷和嗦鲁和贴尼大部分的部众，实力雄厚，而且是蒙哥汗南征之时，受钦命留镇都城主持庶政的“监国”。但第一在自己上面有两个战功赫赫，实力也不弱于自己的哥哥，第二自己从来没有单独领过军，拿不出什么像样的战功。所以并非一开始就觊觎汗位。可所谓“一个好汉三个帮”，成大事要有很多帮手，而要坏事，也往往要有些“损友”挑唆。蒙哥汗的死讯一传到和林，汗廷上下很快便形成了一个拥立阿里不哥为新任大汗的集团。
集团的主要人物，首先是蒙哥汗的儿子们——阿速台、玉龙答失、昔里吉等，他们没有战功，实力、能力、威望都属于一般水平偏下，没有竞争汗位的资格，为了日后获得更多的好处，便决定拥立小叔叔阿里不哥。其次便是蒙哥汗生前宠信的大臣们，如阿兰答儿、孛鲁欢、浑都海、脱火斯、脱里赤等，这些人要比蒙哥汗的儿子们有更长远的眼光：蒙古帝国没有立储制度，每任大汗都要召开“库里台大会”由宗王、贵族们推选。可从窝阔台汗去世以来，每任大汗的登基“库里台大会”都只是个形式，最终决定谁来执掌大权的还是军事实力。现在最有实力的是蒙哥汗的三个弟弟忽必烈、旭烈兀和阿里不哥。旭烈兀远在西亚，拥立他不现实，而忽必烈却是自己在当年“钩考”时强力打压过的，拥立他等于自杀。对他们来说，阿里不哥是唯一的、最佳的人选。
于是，阿兰答儿和孛鲁欢作为说客来说服阿里不哥：“忽必烈和旭烈兀二人出征去了，蒙哥合罕把大兀鲁思托付给了你，你有什么想法，难道你想让我们像羊一样被割断喉咙吗？”
权力的诱惑很少能有人拒绝，尤其是自认为与权力仅一步之遥的人。不需要更多的语言，阿里不哥迅速做出了先下手为强，与哥哥争夺汗位的决定。
正在鄂州鏖战的忽必烈之所以迅速作出回军的决定，便是因为阿里不哥的第一招：派脱里赤到漠南诸州抽调兵丁，派阿兰答儿到漠北诸部抽调人马，以便控制漠南漠北主力军队。
可惜，阿里不哥的图谋刚一开始，便走漏了消息。当阿兰答儿在开平附近抽调军队时，忽必烈的大妃察必便发觉了异状，她一面派使者责问，一面迅速通知了忽必烈。
这位察必大妃以后是大元王朝的首位皇后，其人深明大义，是忽必烈的贤内助，每当重要的历史关头，她总是有着比丈夫甚至丈夫身边谋臣更精明深邃的眼光。这一次，只是她的牛刀小试。
【正文】
刚结束了和哥哥的暗斗，又要和弟弟斗智斗勇。忽必烈想必相当郁闷，但相对于蒙哥汗，阿里不哥还是要好对付的多，他没有如郝经的估计那样抢先宣布继位，这给了忽必烈充足的应付时间。在郝经的谋划下，忽必烈轻装简从，以最快的速度向大本营挺进。途中，又接受廉希宪的建议，派赵良弼入关中监视蒙哥汗留在六盘山由浑都海统帅的四万骑兵，为日后控制关中做准备。
是年闰十一月二十日，日夜兼程的忽必烈回到燕京。紧接着迅速将脱里赤召集的部队遣散，并派出使者对弟弟进行斥责。
阿里不哥等人都没有想到忽必烈胡来的如此之快，一时间慌了手脚，为了暂时安抚住哥哥，他只好派使者去做解释，并送上很多礼物，表示自己不再调兵。但同时，他也向哥哥提出了一个难题：请忽必烈回和林，参加“库里台大会”，商议汗位继承人选。
阿里不哥的支持者都在漠北，又掌握着和林实权，现在兄弟二人已经摊了牌，去和林开会可说凶多吉少。但要是不去，便是理亏，在法统上又说不过去。
忽必烈左右为难。
谋臣的职责，就是在主君犹疑之时及时的提出建议。廉希宪、商挺立即进言，认为忽必烈不但不应该回和林，而且应无视传统，立即宣布继承汗位，“今若早承大统，颁告德音，彼虽迁延宿留，便明叛逆。安危逆顺，间不容发，宜早定大计” ，“先发制人，后发人制。天命不敢辞，人情不敢违，事机一失，万巧莫追！”
与此同时，成吉思汗弟弟的后裔们，也就是蒙古帝国的东道蒙古宗王也在塔察儿的带领下来到燕京。塔察儿是成吉思汗幼弟帖木格嫡孙，所领蒙古千户最多，是东道诸王之长。他在自己的师傅撒吉思劝告下倒向忽必烈，塔察儿一表态，所有的东道宗王便都决定了将宝压在哪一方，这也带动了合丹（窝阔台汗幼子）、阿只吉（察合台孙）、只必帖木儿（窝阔台次子阔端之子）等西道宗王。
谋臣的谋划，叔伯兄弟们的支持，使忽必烈选择了一个折中的方法——在开平召开“库里台大会”，借宗王之口确定自己继位。
1260年三月初，金莲川滦河畔开平城召开由忽必烈主持的“库里台大会”， 合丹、阿只吉、只必帖木儿、末哥（忽必烈异母弟）、塔察儿、移相哥(成吉思汗弟哈撒儿之孙)、忽剌忽儿(成吉思汗弟哈赤温之孙)、爪都(成吉思汗弟别勒古台之孙)、纳邻合丹（哈赤温孙）等宗王和以木华黎之曾孙忽林池为首的功臣贵戚共推忽必烈继承大汗汗位。
因为和儒士们相处久了，忽必烈也学会了中原皇帝“三辞三让”的礼节，多次推让后，才“勉强”答应继位。与历任大汗不同，忽必烈颁布了年号“中统”，还颁下即位诏书，这已经完全是中国皇帝的做派了。这一年，他46岁。
此次“库里台大会”在蒙古历史的重要性仅次于1206年在斡难河畔召开的那次拥立铁木真为“成吉思汗”的大会。成吉思汗的被拥立，标志着“也客•蒙古•兀鲁斯”（大蒙古国）的建立，而忽必烈成为可汗，则标志着蒙古帝国的崩溃。
四月，晚了一步的阿里不哥于和林在阿速台、玉龙答失、昔里吉、阿鲁忽(察合台后王)、木哈儿(旭烈兀之子)以及阿兰答儿、脱里赤等蒙哥汗重臣的簇拥下，宣布继大汗位。两位大汗相差不到一个月相继出现，忽必烈向阿里不哥派出使臣宣布自己继位，希望他能够承认，可根本得不到回应。而阿里不哥向各地颁布诏旨表明自己的正统地位，忠于忽必烈的将领和官员也根本置若罔闻。
这个时候，忽必烈和阿里不哥已经不是兄弟，而是必须你死我活的竞争对手，蒙古帝国也随之分裂几大块。忽必烈基本上控制着漠南汉地，阿里不哥掌握着漠北，窝阔台的后裔们分别支持二人，他们的封地也便分属两边，察合台汗国的监国兀鲁忽乃王妃和金帐汗国可汗别尔哥对双方都持观望态度，而远征西亚的旭烈兀则占据伊朗高原和小亚细亚，“自帝一方” ，等着哥哥和弟弟最后斗出个结果再表态。
祖宗的家业虽然分成几大块，但要争做家长的战斗主要是阿里不哥和忽必烈之间的事情。以当时的情况来看，如阿里不哥获胜，蒙古帝国还会暂时的在大体上保持统一，金帐汗国本就倾向于蒙哥系，由蒙哥汗之子们拥立的阿里不哥可以很容易获得金帐汗廷的承认；察合台汗国的监国兀鲁忽乃王妃是因为蒙哥汗处死前任察合台汗也速蒙哥而夺位的，自然也偏向于蒙哥系；窝阔台诸后王中的佼佼者海都，最反对改变传统，属意于阿里不哥是理所当然；旭烈兀已经没有了竞争大汗位的可能，只是想在伊朗立国，忽必烈和阿里不哥又都是他的同母兄弟，谁继承汗位，只要承认他在伊朗的统治，便会服从。
但是，阿里不哥与蒙哥汗一样是丝毫“不蹈袭他国所为”的人物，他的胜利会给中原地区以及日后将要征服的江南地区带来什么，是可以预见的。而以军事扩张和分封殖民方式扩张到如此之大的蒙古帝国，崩溃的趋势在贵由汗时代已经出现，只是横空出世了位蒙哥汗，以自己的能力强行将这一趋势减缓，而阿里不哥却没有这样的本事，大崩溃必然会到来，到那时，汉文明被毁灭，蒙古因帝国崩溃而无力发展，整个东亚会是什么样子，就难说得很。
相对而言，虽然忽必烈的胜利使得帝国的崩溃提前，对于汉文明自然是否极泰来，对于蒙古本身来说，也是祸兮福所倚。
【正文】
兄弟二人的战斗其实从刚一开始已经悬念不足。阿里不哥的部队主要是蒙古本土的六十多个千户军以及蒙哥汗南征时所带的部队，尤其以六盘山驻扎的四万铁骑最为精锐。忽必烈麾下主要是南征时的东路军，以及所有汉地世侯的部队。从军队数量上来说，忽必烈处于下风，但他曾经南征大理和南宋，有着丰富的大军团指挥经验，又有兀良合台、霸突鲁、史天泽、张柔等大将及刘秉忠、姚枢、廉希宪等谋臣，相对于阿里不哥从未指挥过作战以及身边如阿兰答儿等上不得台面的属下，实在强过太多。以经济实力，蒙古高原的补给大部分来自于中原，忽必烈占据中原，掐断供应，阿里不哥就会立即陷入粮荒，若要向掌握着中亚富庶地区的察合台汗国要给养，却不得不经过战争。在人才和经济上，忽必烈有着压倒性优势。
战争的序幕，在秦陇地区拉开。
按照忽必烈的部署，是漠北为主，秦陇为辅，两路夹击。但控制秦陇的原蒙哥汗南征军却是相当重要，直接关系到自己能否有个稳固的后防。1260年（中统元年）四月初，忽必烈派廉希宪、商挺为宣抚使，赵良弼为参议，进入关中组织兵马。而与此同时，阿里不哥所派的行尚书省官刘太平、霍鲁怀也来到关中宣抚各地。
兄弟二人都对关中很重视，动作也都很快，可阿里不哥却输在自己没有哥哥在汉地世侯中的崇高威望。廉希宪等人派出使者招抚驻军六盘山的浑都海所部失败后，立即果断的联络西京万户刘黑马、巩昌总帅汪惟正两路世侯分头行动，将刘太平、霍鲁怀绞杀于西安，并先后擒杀蒙哥汗派驻成都的将军密里霍者、派驻青城的将军乞台不花，收领了川蜀兵马，完全孤立了六盘山浑都海所部。
这时的浑都海最好的策略，是趁着西安空虚立即前往攻打，一旦西安掌握在手中，秦陇局势便会改观。但廉希宪在没有请示忽必烈的情况下，命大将八春领四千人驻防，命汪惟正的四弟汪良臣总制巩昌、秦州、平凉等二十四城兵马，用重兵防御的假象迷惑浑都海。浑都海不知是计，放弃了出兵西安，而是率军渡过黄河，进兵甘州，与奉阿里不哥之命南下的阿兰答儿所部汇合，进攻宗王只必帖木儿的西凉州领地。
八春、汪良臣率军西进御敌，初战失利。九月，合丹率精锐骑兵与八春、汪良臣汇合，在甘州附近的耀碑谷与阿兰答儿、浑都海展开决战。其时忽刮大风，天昏地暗，汪良臣命军士下马以短兵器突袭敌军左翼，使之混乱溃退后又趁势击溃右翼，八春率兵突袭敌军中军，合丹以主力骑兵绕敌背后截断退路。阿兰答儿、浑都海一败涂地，双双被斩于阵中，数万精锐几乎全军覆没，只有极少数残兵逃回漠北。
经此一战，秦陇大定，阿里不哥被砍掉了一只臂膀。
与此同时，忽必烈也在鏖战漠北。
为了能尽快夺回蒙古本土和都城和林，确定自己的合法大汗身份。在廉希宪等人在关中奋战的同时，忽必烈则征调驻扎在淮河的霸突鲁、兀良合台所部，汉军世侯军、诸宗王军共十五万之众，御驾亲征，以那邻合丹、也相哥为先锋，迅速向和林推进。
1260年秋冬之交，忽必烈率部到达巴昔乞地区，遇到旭烈兀之子主木忽儿和斡儿答（术赤长子，白帐汗国开国汗王）之子合剌察儿所帅阿里不哥军的迎击。主木忽儿与合剌察儿都有着能征惯战的父亲，可自己却没有遗传多少名将素质，一经交战便败下阵来，所部兵将损失无算，哥俩仓皇逃走。
和林城在忽必烈封锁物资供给之后，已经发生粮荒，物价暴涨，人心离散。阿里不哥困守危城已经是苦不堪言，闻听前方战败，连忙率部逃出和林，回到自己的封地吉尔吉斯。
以忽必烈用兵的惯例，一定会乘胜进兵，一举全歼阿里不哥残部。但此时的阿里不哥倒是学了乖，立即遣使向哥哥求饶，完全是一副小弟弟做错事的口吻，称作为弟弟因无知而犯罪，兄长可以审判，让自己去哪里就去哪里，待养壮了牲畜即去见忽必烈请罪。忽必烈在对待兄弟之情上很像蒙哥汗，不忍心过于相逼，认为：“浪子们现在回头了，清醒过来，聪明起来，回心转意了，他们承认了自己的过错了” ，于是派也相哥领十万军队驻守和林一带监视阿里不哥，自己解散了征调的诸王军队，回到燕京。
政治是不讲情面的。忽必烈忘了自己这个小弟弟已经不再是当年在母亲身边的同胞骨肉，阿里不哥可没有忘记这个哥哥是自己必欲除之而后快的竞争对手。忽必烈的一念之仁使他付出了惨痛代价。中统二年（1261年）秋,阿里不哥恢复了元气后，发兵前往和林，诈称是来投降，对戍守的也相哥军发动突袭。移相哥猝不及防，全军溃败，无奈之下只得南撤。蒙古正统的象征和林再次落到阿里不哥手中，为了尽快扩大战果，阿里不哥稍事休整后继续南下进逼忽必烈的大本营——开平。
弟弟的出尔反尔让忽必烈大为光火，再次御驾亲征，率以张柔为主的七个世侯所部以及塔察儿、纳邻合丹等宗王之军迎战。十一月,与阿里不哥遇于昔木土脑儿之地。
阿里不哥能够夺得和林，全靠着诈降和突袭，一旦与哥哥正面交锋，立即露出不善统兵的缺点。一战下来，麾下大将合丹火儿赤战死，兵士损失无算，全面溃败，奔逃五十余里。其部将阿脱等见大势已去，遂向忽必烈投降。
这一次，阿里不哥的本钱已经赔得十去七八，再也拿不出像样的部队了。而忽必烈却再次放了弟弟一马，没有继续追击，说道：“不要去追他们，他们都是些不懂事的孩子，应当使他们明白过来，后悔自己的行为。” 但是，对于弟弟的经济封锁却毫不放松，各种物资，尤其是马匹和粮食，都严禁买卖。
此时的阿里不哥虽然已经没有可能再和忽必烈争夺大汗宝座，但若是举措得当，如旭烈兀那样“自帝一方”还是有可能的。可这位志大才疏的金枝玉叶却用一系列的昏招彻底把自己搞成了山穷水尽。
为了应对哥哥的经济封锁，他派支持自己的察合台系宗王阿鲁忽接管了察合台汗国，囚禁了原监国兀鲁忽乃王妃。希望察合台汗国能够成为自己的大后方，可是阿鲁忽此人野心不小，稳定了察合台汗国内部之后，羽翼渐丰，就不再听阿里不哥的摆布了。
阿里不哥多次要求阿鲁忽支援武器和粮食，但阿鲁忽置之不理，积极扩张自己的势力,派人前往撒麻耳干(今乌兹别克撒马尔罕) 、不花剌(今乌兹别克布哈拉) 和河中地区,杀掉了金帐汗国别儿哥在该地区的官员，接管了原本应由大汗直辖的上述地区。当阿里不哥使者在察合台汗国境内征集了大批物资准备带走时,阿鲁忽杀死使者,夺取物资，正式与阿里不哥决裂决定投靠忽必烈。愤怒之下，阿里不哥领兵攻打阿鲁忽。虽然先头部队在速惕阔勒(今新疆赛里木湖) 被阿鲁忽打败，但阿里不哥的军队趁阿鲁忽不备,攻取伊犁河地区及察合台汗国的京城阿力麻里(今新疆霍城西) 。阿鲁忽带领残部逃往忽炭(今和田) 和可失哈耳(今喀什) ,不久又迁往撒麻耳干。
阿里不哥总算是有了相当富庶的根据地，若是仔细经营，也可为一方之雄。但他处置政事不公，任意杀害军民。属下诸王那颜对他大失所望，相继离他而去,尤其是最铁杆拥护他的蒙哥汗之子玉龙答失的离开，更让他陷入众叛亲离。不久，阿力麻里发生饥荒，阿鲁忽趁机前来进攻。阿里不哥抵挡不住，便放回兀鲁忽乃王妃以为缓兵之计，结果，阿鲁忽顺势便娶兀鲁忽乃王妃为妻，更加确定了自己察合台汗国之汗的合法性，实力大为增强。
