据日方统计，至11月8日止，日军在上海战场阵亡9115名，负伤31257名，合计40672名。④但是，中国方面损失更大。据何应钦11月5日报告，淞沪战场中国军队死伤187200人，约为日军的4倍半。⑤更加严重的是，溃退后的军队虽然仍有庞大数量，但缺乏武器、弹药、粮食，士气低落，丧失斗志，不经整顿，已经很难再次投入战斗了。
南京：守乎？弃乎？
日军攻占上海后，军方出现两种意见，一种认为军队已经非常疲劳，必须休整，一种意见认为，军队虽然疲劳，但仍应攻占南京。11月7日，日军编组华中方面军，以松井石根兼任司令官，规定以苏州、嘉兴连结线为"统制线"，在此以东作战。但是，第二天，日军就兵分两路。一路以上海派遣军为主力，沿沪宁铁路线西进，一路以第十军和国崎支队为主力，沿太湖南岸向湖州集结。13日，日军一部在常熟白茆口登陆，声势更盛。15日，第十军幕僚会议认为，中国军队已处于溃散状态，如果把握战机，断然实施追击，二十天即可占领南京。华中方面军赞同占领南京的意见，认为"现在敌军的抵抗，各阵地均极微弱"，如不继续进攻，"不仅错失战机，且令敌军恢复其士气，造成重整其军备的结果，恐难于彻底挫折其战斗意志"。①
日军自太湖南北同时西进，威胁南京。11月13日，蒋介石决计迁都，长期抗战，粉碎日寇迫订城下之盟的妄念。日记云："抗倭最后地区与基本线在粤汉、平汉两路以西。""抗倭之最大困难，当在最后五分钟。""决心迁都于重庆。"②但是，南京是战是守，意见不一。高级将领中普遍反对"固守"。有人明确表示，不应在南京作没有"军略价值之牺牲"，白崇禧主张改取游击战，刘斐主张适当抵抗之后主动撤退，只作象征性防守。③蒋介石一时也拿不定主意。11月17日，他曾经考虑过请美、德两国出面调停，也曾考虑请英美促进苏联参战，在南京固守或放弃之间"踌躇再四"。④不过，蒋介石和唐生智都认为，南京为首都所在，总理陵墓所在，不可不作重大牺牲。蒋并表示，愿自负死守之责。将领们认为统帅不宜守城，时在病中的唐生智遂自动请缨。①19日，蒋介石任命唐生智为南京卫戍司令长官，刘兴为副司令长官，负责守卫南京，时间为三个月至一年。②不过，蒋介石也确知南京难守。11月26日，蒋介石拜谒中山陵及将士公墓，叹惜道："南京城不能守，然不能不守，对上、对下，对国、对民无以为怀矣。"③这正是蒋内心矛盾的表现。
淞沪之战打响后，主和之议一直未歇。9月8日，蒋介石日记云："主和意见派应竭力制止。""时至今日，只有抗战到底之一法。"④次日日记云："除牺牲到底外，再无他路。主和之见，书生误国之尤者，此时尚能议和乎！"⑤及至淞沪战败，主和之议再盛。居正原来坚决反对和议，力主逮捕胡适，此时转而力主向日方求和，并称："如无人敢签字，彼愿为之！"⑥11月30日，蒋介石处理南京战守事毕，慨叹道："文人老朽，以军事失利，皆倡和议，高级将领皆多落魄望和，投机取巧者更甚。若辈毫无革命精神，究不知其昔时倡言抗战如斯之易为何所据也。"⑦
为了守卫南京，中国统帅部的第三期作战计划规定：京沪线方面，以最小限之兵力，利用既设工事，节节抵抗，同时抽调兵力，以一部转入沪杭线，抵御向太湖南岸进军的日军，一部增强南京防御能力。计划称，在后续援军到达时，将以皖南的广德为中心，与敌决战，在钱塘江附近歼灭日军。⑧当时，中国军队已退至第一道国防线--吴福线，但是，这道被誉为中国兴登堡防线的国防工程却"无图可按，无钥开门，无人指示"。①19日，日军进占苏州。俗话云："兵败如山倒。"吴福线不守，中国军队主力继续向锡澄线及太湖西南的安吉（浙江）、宁国（安徽）等地溃退，蒋介石原来以为"有良好地形，坚固阵地，可资扼守"的锡澄线同样没有发挥作用。11月20日，蒋介石调集第二十三集团军川军刘湘部五个师、两个独立旅，由四川赶到皖南广德、浙西北的泗安、长兴一线。不过，川军作战能力很低，纪律很坏，"闻敌即走"，并未发挥多大作用。②11月23日，蒋介石到常州，召集前方将领训话，局势也并无改变。11月25日，无锡失守。26日，位于太湖南岸的吴兴失陷。蒋介石得悉锡澄线守军撤退秩序不良，日记云："不分步骤，全线尽撤，亦未得呈报，痛心盍极！"③29日，日军侵占宜兴。30日，日军攻陷广德，从东南、西南两个方面对南京形成包围之势。12月1日，江防要塞江阴失守。同日，日方下达"华中方面军司令官应与海军联合进攻中国首都南京"的皇命，日军分三路进攻南京
