后来，蒋介石逐渐发现，有大量债券去向不明，曾经在日记"杂录"栏中记下了一组数字："美金公债案；甲、各省市售出四千三百万元。乙、国库局交业务局五千四百万。丙、预售户有收据者只四千二百万。丁、尚差数一千六百六十余万元。"这1660余万美金公债的差额就是蒋介石要追查的地方。5月22日，蒋介石因中央银行业务局的黄金舞弊案发现重大嫌疑，电召孔祥熙速回。②
同年5月5日，国民党在重庆召开国民党第六次全国代表大会。19日，选举国民党新一届中央委员。长期以来，孔祥熙的贪渎名声早已流传在外，口碑甚坏，但是，孔是蒋的姻亲，宋蔼龄、宋美龄都"护孔"，蒋在财政上也要依赖孔，因此，外间虽反孔，而蒋介石却常加维护。选举中，孔祥熙和粮食部长徐堪的票数都很低。后来选举常委时，孔祥熙竟至于落选。蒋介石感叹地在日记中写道："其信望坠落至此，犹不知余往日维持之艰难也。可叹。"③同月28日，六届一中全会开幕，任务之一是解决行政院的改组问题。1938年1月，孔祥熙任行政院长，至1939年11月，蒋介石自兼行政院长，孔祥熙改任副院长。此后，社会"反孔"情绪更趋强烈，蒋介石不能不考虑"换马"。六届一中全会期间，蒋介石日记云："为庸兄副院长职务亦甚烦恼，但为党国计，不能不以公忘私也，苦痛极矣。"①从这一页日记不难看出，蒋介石既想甩开孔祥熙而又难于决断的矛盾心理。次日，蒋介石宣布，他本人和孔祥熙分别辞去行政院正副院长职务，改以宋子文、翁文灏充任。6月1日，蒋介石考察干部状况，在日记中写下了他对孔祥熙的考语："（庸之）不能为党国与革命前途着想，而徒为本身毁誉与名位是图。"②至此，孔祥熙不仅在政治上失势，在蒋介石心目中的地位也很不堪了。
陈赓雅、傅斯年联合，向国民参政会提案揭发
国库局的知情年轻人除了向国民政府秘密检举外，有些人又将所掌的舞弊情况提供给国民参政会参政员陈赓雅。陈原任云南劝储分会委员，兼主任干事，负责云南全省的美金公债推销工作，熟悉情况。同年7月7日，国民参政会第四届大会在重庆开会，陈赓雅根据所掌握的资料写成提案，题为《请政府彻查三十一年度同盟胜利美金公债发行余额大舞弊嫌疑案》，该案揭发：国库局局长吕咸"利用职权，公然将该项未售出之债票，一方逢迎上司，一方自图私利，以致不可究诘，构成侵蚀公款至美金一千一百五十万余元巨额之舞弊行为嫌疑。该项债票市价因之狂涨，由二十元递涨至数百元，刺激物价，扰乱金融，莫此为甚。"③该案共提出三笔可疑账款。其中最重要的一笔就是：吕咸"借推销公债之名，签呈中央银行当局，怂恿购买美债余额三百五十万零四千二百六十美元"。这里所说的"中央银行当局"，指的就是孔祥熙。陈赓雅等提出，"如果舞弊属实，国库损失之巨，与官吏胆大妄为，可云罕见"，要求国民参政会送请政府"迅予彻查明确，依法惩处"。
7月10日，司法行政部部长谢冠生到参政会报告。此前，参政员傅斯年也多次听到该局美金公债的舞弊情况，即在谢冠生报告后提出口头质询。他说："中央银行国库局同人分购成都没卖完的两百多万美金公债，因为分赃不均，便向主管当局告发，已经在查了。这比黄金透漏消息还要严重，因为国库局事先呈请该行核准了"可"字。"他要求法院、检察官"自动检察"。傅斯年的发言引起大会震动，被称为当天七个口头询问中最响的"一炮"。①会后，陈赓雅向傅出示所拟提案，原原本本，既有数字，又有证据。傅为之大惊，立即签名联署。这一提案也得到其他几位参政员的支持，签名者共九人。
王世杰时任参政会主席团主席，他得知陈赓雅等人的提案情况后，便出面做工作。王称："此案提出，恐被人借为口实，攻击政府，影响抗战前途，使仇者快意，亲者痛心。同时，案情性质尚属嫌疑，若政府调查事实有所出入，恐怕对于提案人、联署人以及大会的信誉都会有损的。为此，拟请自动撤销，另行设法处理。"陈答以证据确凿，请不必代为顾虑。接着，陈布雷又以新闻前辈的身份访问陈赓雅，对陈说："这提案资料的搜集，可谓煞费苦心，准备在大会上提出，当然也很有价值。不过，有个投鼠忌器问题，就怕一经大会讨论，公诸社会，恐使英、美、苏等友邦更认为我们真是一个贪污舞弊的国家，对抗战不继续予以支持，那么，影响之大，将不堪设想。"陈布雷建议陈赓雅将议案改为书面检举，由参政会主席团负责人亲交蒋介石，认真查办。当年5月，美国财政部长毛根韬曾严厉指责中国在抗战期间的各种经济失策与舞弊，国民政府的国际信誉大受影响。陈赓雅觉得王世杰、陈布雷的说法有道理，便同意了。该项提案因此未提交大会讨论。
