李斯道："不要说了。事情紧急，我们还是尽快想个办法才好。"当即，二人你言我语，反复推敲，缜密运筹，直至认为一切妥帖，万无一失，方才作罢。
第二天，李斯前往咸阳宫，觐见秦始皇。
此时，秦始皇正和方士卢生津津有味地谈着神仙之事。这卢生名赦，齐人，为秦宫博士，很受宠信。秦始皇见李斯来了，示意让他稍候，仍入迷地继续与卢生交谈。
秦始皇神情痴迷地问卢生："难道真的有神仙吗？他们长得何等模样？居住何方？"
卢生煞有介事地说："神仙亦称真人，鹤发童颜，双目闪耀如星，不似世人用喉咙呼吸，而是用脚后跟呼吸。他们入水不湿，入火不燃，乘云气，骑日月，游乎四海，与天地共存，居无定所，此时在东海之上，转眼间就会到终南山巅。"
"终南山？你在终南山见到过？"
卢生摇头笑道："微臣不过是打个比方而已。真人飘忽不定，腾云驾雾，岂是凡人所易见到的？前不久微臣奉陛下之命去寻找灵芝仙药，拜访神仙真人，走遍了名山大川也未遇到。看来是有物作祟。方术书中说，外出须远避恶鬼，如此真人就会来访。"
"恶鬼也是可知不可见，该如何远避？"
卢生道："陛下已为一统天下之君，对龙体应倍加珍重，若能隐秘行踪，不让他人知道行止，就可远避恶鬼，见到真人，求得长生不老药。"
卢生的话使李斯觉得很不是滋味儿。因为前些时候就是因为小宦官烛显向李斯泄露了皇帝行止而被处死，李斯也被迫减损了车骑。李斯瞪了卢生一眼，想说点什么，却未说出口。
卢生似乎没发现李斯的不满，仍神乎其神地大谈着"真人"。此时，秦始皇已被彻底俘虏了。在他身上，已不见了往日的威严和冷峻，倒像是个拜伏在方士卢生脚下的虔诚的信徒。他用试探的口吻对卢生说："我对真人羡慕至深，今后就叫真人，不称朕，如何？"
卢生道："如此甚好。陛下如此虔诚，定会感动真人，得到长生不老之药，到那时陛下就成了名副其实的真人了。"
秦始皇很高兴，令人重赏卢生，并让他带上金钱珠宝，再次去寻访真人和长生不老药。卢生受此厚赠，眉开眼笑，乐颠颠地下殿去了。
卢生的胡言乱语和秦始皇的愚钝不化，使李斯觉得既可气，又可笑，他问秦始皇："陛下难道真的相信这些鬼话？"
"鬼话？怎说是鬼话？卢生所言乃成仙之道也！"
李斯笑道："非也。若云真人可觅，仙药可寻，他们为什么始终未能找到？其妖言惑主，不过是骗取钱财而已。前年随从陛下巡游到琅琊，齐人方士徐市说海上有仙山，山上有仙药，陛下让他带三千童男童女前去寻找，不也是空手而归吗？所谓大风骤起，无法靠近，不过是欺人之谈！陛下焚烧诗书，禁绝异端，怎可还信此妖术？陛下万勿再被其迷惑！"
秦始皇似有所悟，却又半信半疑。
李斯又道："方士不仅妖言惑主，而且与儒生们沆瀣一气，诋毁陛下，陛下可曾知晓？"
"嗯？"秦始皇听到此处，猛地引起注意，"真有此事？"
李斯道："儒生方士，实为一体。他们对陛下当面百般逢迎，投陛下所好，背地里却散布妖言，惑乱天下。他们说，陛下为人刚愎自用，骄傲自大，认为没有人能胜过自己。又专任狱吏，疏远贤良，博士官虽有七十人之多，不过充数而已，从不重用。丞相和众大臣也得不到信任，凡事皆陛下一人决断。他们还说，陛下以刑罚杀戮建立威严，天下人唯恐触犯法律，只知小心行事，得过且过，整日以谎言欺骗，博取陛下喜欢。无人真心尽忠。陛下法律严酷，滥杀无辜，上天已出现恶兆，宫中有侯望星象者三百余人，个个精于此术，却畏惧陛下，不敢直言陛下之过……"
"一派胡言！"秦始皇气得脸色发青，胡子也抖了起来。
"他们还有更恶毒的话呢！"李斯火上加油，继续说，"儒生方士对陛下恨之入骨，声称，如此暴君，不可为其求仙药！"
"啊？"秦始皇暴跳如雷，"原来是一帮不逞之徒，快与我捉来，朕要亲自审问！"
正在这时，上卿、御史大夫姚贾拿着一捆简册入殿，奏道："禀陛下，这里有一份劾奏，请陛下过目！"
秦始皇打开一看，原来是劾奏丞相王绾的，王绾笃信儒学方术，与儒生方士来往甚密，侯生、韩众等皆为其好友。焚书令下达之初，王绾即密告侯生等让其速将禁书秘藏。二人深夜藏书，后被发觉，二人畏罪潜逃。奏疏称，二人得以逃脱是因王绾提供了方便。
秦始皇看罢劾奏，很是气愤，但没有当即表态。李斯和姚贾不便追问，拜辞秦始皇，下殿去了。
秦始皇没有找王绾前来对质，而是派人去寻侯生、韩众的下落，准备先找他们二人问个究竟。但是，接连找了好几天，竟不见二人踪影。紧接着，卢生也不见了，携巨资和童男童女三千去海上寻找仙山仙药的徐市也一去不归，这样一来，多疑的秦始皇便犯了疑心，怒不可遏地对人说："朕前些时候收缴天下书籍，不合时用者尽去之，又招方术之士，炼丹求奇药，欲谋求太平，朕平日对他们不薄，多有赏赐，想不到他们竟如此负我！侯生、卢生、韩众皆逃亡，徐市一去不归，岂非心中有鬼？他们还制造流言，诋毁诽谤，真是大逆不道，罪不容诛！"于是，下令在全国进行缉捕，并捉捕咸阳的儒生进行审问。这样，焚书坑灰未冷，儒生们又将大难临头，丞相王绾也处于严密监视之中。
其实，侯生、韩众的逃亡与王绾根本无关。他们起初也并未逃亡，他们离开咸阳是去华山拜访茅濛去了。茅濛颇知方术，常居山中，传言能乘云驾龙，白日升天。曾有歌谣唱道："神仙得者茅初成，驾龙上升入泰清，时下玄州戏赤城，继世而往在我盈，帝若学之腊嘉平。"秦始皇听此歌谣后曾问于左右，答曰：此仙人歌谣，劝帝求长生之术也。从此，秦始皇才有了求仙之志。
侯生和韩众都是信奉仙术之人，故而不辞辛苦访茅濛。谁知，他们离去的消息却被李斯、姚贾得知，并就此作了一篇旨在打击王绾的文章。侯生、韩众在寻访茅濛的途中得知了追捕他们的消息，这才开始了真正的逃亡。
卢生是在觐见秦始皇的第二天逃亡的，因为他被告知，李斯在秦始皇面前说了不少他的坏话，卢生恐遭不测，一走了之。
方士们的逃亡对秦始皇的刺激是很大的。李斯又从中挑唆，秦始皇便决定对捉捕到的儒生严加审讯。儒生们受不了严酷的刑讯，纷纷自诬和牵连他人，这样，竟使四百六十余人被捕。秦始皇一气之下，下令将这些人全部坑杀，以极其野蛮残暴的方式又制造了一起骇人听闻的人间惨剧。
坑儒事件并非只此一次，有一则记载写道，秦始皇还阴险地对儒生进行过一次诱杀：他令人冬天在骊山麓一个叫马谷的地方种了瓜，此处因有温泉，地气上升，至使冬日瓜熟，秦始皇诏令博士儒生前往观看，并进行解释。事前秦始皇安置了机关，待儒生们争议激烈时，机关由上而降，将儒生们全部活埋。这一次，被坑者竟达七百人。
我们无法断定这个记载的真伪，但秦始皇恨透了儒学和儒生却是确实的。他不想以儒学立国，他推崇的是法家的严刑峻法。
秦始皇坑杀儒生之后，对丞相王绾进行了处置。但他没有按照李斯的意见坑杀王绾，而是将他发配到岭南。王绾因年事已高，加之忧愤成疾，半路上就死去了。
