【 更为重要的是，新疆的叛乱既混合了种族矛盾，也混合了阶级矛盾，其与太平天国的余部及捻军等都有呼应，当然是心腹大患。几经权衡，中央终于下定决心：在逐渐兴建南北洋海军的同时，国防重点向西北倾斜，全力解决新疆危机！】
大清帝国到了最危险的时候。北极熊和东瀛狼，同时在西北和东南两个方向发难，帮助清廷对抗过太平军的英国军官甚至发出了迁都才能挽危亡的惊呼。
西北方向，沙皇俄国乘新疆叛乱之际，“主动帮助”中国从叛军手中“收复”了伊犁地区，历经10年却并不归还，而是索要高额赎金及大片土地。左宗棠率领西征平叛得胜之师，屯兵六万，厉兵秣馬，与俄军对峙，全世界的军事专家都预料中俄战争将难以避免。
在这危急存亡之秋，大清政府的老朋友、曾担任过著名的洋枪队统领的戈登，受大清政府的邀请，到访天津与北京。戈登认为中国并不具备抗击俄国的军事实力，至少要打5年以上的游击战，才能稳住局面，因此必须做好迁都的心理准备，焚毁北京，坚壁清野。他同时也坚信，一旦迁都，则大清王朝将会立即被汉人起而推翻。
东南方向，正在飞速崛起的日本，加快了吞并琉球的步伐，此时更悍然宣布将琉球撤蕃立县，改名为冲绳，下一步的野心就是朝鲜和中国台湾。琉球国王派出的秘密使节，向中国政府“泣血”求援，要求中国尽快出兵。抗日情绪同样充满了大清朝野，主战的奏折雪片般地飞进紫禁城。
该雄起！应亮剑！在危机的刺激下，以恭亲王为领导核心的大清，上下都充满了激情的呐喊，但是，激情并非实力，口水绝非拳头，大清国根本没有两线作战的实力，只能在陆地与海洋、“塞防”与“海防”、“固疆”与“保藩”、抗俄与抗日之间，做出艰难的抉择。
此时，琉球问题带给大清帝国的刺激，远远高于新疆问题：如果没有强大的海军，连昔日赢弱的日本也敢于在太岁头上动土！但是，扩建海军的努力迅速被日益严重的新疆问题所阻断。左宗棠的西北备战已经基本就绪，只待一声令下，便可以西征入疆。有限的财政资源和国防经费，究竟应该是满足新疆的平叛，还是先兴建海军？一场有关“海防”、“塞防”的大争论在大请展开。
“海防派”以李鸿章为代表，他们认为日本是中国最危险的敌人，海防建设刻不容缓。而且，自乾隆年间平定新疆以来，每年都要花费数百万两饷银经营塞防，效率低下，成本高昂。如今又要竭尽天下财力西征，不如听从英国的建议，承认阿古柏政权，接受其称臣入贡，将节省下来的塞防费用转而建设海军，对抗日本。
“塞防派”以左宗棠为代表，主张抗俄优于抗日，新疆决不可弃。左宗棠认为：“重新疆者所以保蒙古，保蒙古者所以卫京师，西北臂指相连，形势完整，自无隙可乘。若新疆不固，则蒙部不安，匪特陕甘山西各边时虞侵轶，即直北关山亦将无安眠之日。”放弃新疆，将令整个中国失去西部的国防缓冲地带，只能导致今后的“塞防”成本更为高昂。而且，不战而弃新疆，对于民心士气及朝廷威严都将是沉重的打击，也不利于加强海防。
“塞防派”得到了更多的支持，当时的大清精英阶层普遍将俄国看做是战国时的强秦，危害最大。林则徐在伊犁“靠边站”时，就曾严峻地指出：俄国“将来必为大患”。著名思想家郑观应认为俄国“尤为中华之所患”，提出“防英乎？防法乎？抑防俄乎？曰：防俄宜先”。薛福成则认为：“泰西诸国，畏俄忌俄，如六国之摈秦。据守海道，扼其咽喉。御俄之水师不得纵横四出，俄人亦以久居陆路，未骋厥志，辄思发愤为雄……俄非无事之国，不得于西，将务于东，此必之势也。”
“海防”与“塞防”的选择，对大清中央来说，是痛苦而艰难的。两相比较，“塞防”似乎更为紧迫：
一、日本人的目标还只是琉球，而非台湾，琉球远在波涛之中，即使弃置，也还不伤根本；而新疆与内地山水相连，一旦失守，整个国防西线立即崩溃，无险可守。
二、琉球毕竞只是藩属，关乎“面子”，并不直接牵涉到军事或经济上的实际利益，而新疆则直接关系到国家安全的“里子”。
三、俄国与日本相比，威肋更大。俄国既不同文，更不同种，而且力量强大；日本同文同种、一衣带水，而且力量还比较弱小，即使翻脸，也容易善后。
四、危机紧迫程度不同，新疆危机迫在眉睫，稍有延误，则整个西北局势就会糜烂，而琉球乃至台湾危机，还在萌芽发展，对日以防为主。
更为重要的是，新疆的叛乱既混合了种族矛盾，也混合了阶级矛盾，其与太平天国的余部及捻军等都有呼应，当然是心腹大患。
几经权衡，中央终于下定决心：在逐渐兴建南北洋海军的同时，国防重点向西北倾斜，全力解决新疆危机！
