康熙二十九年（1690年），清军在乌兰布通（今内蒙古赤峰西北）大败噶丹。次年，康熙至多伦抚慰喀尔喀各部，并正式任命各部首领，编审成旗，建立了与内蒙古一致的行政区划。三十五年，康熙帝再次亲征，大破噶尔丹军，收复了蒙古高原，喀尔喀三部回到漠北。至此，内外蒙古完全统一于清朝。
当时，噶尔丹之侄策妄阿拉布坦占有阿尔泰山以西各地，受到噶尔丹压迫的和硕特部青海各部乘机脱离噶尔丹。康熙三十六年，清军继续深入，噶尔丹自杀。三十七年，和硕特部固始汗第十子达什巴图尔降清，青海和套西归入清朝版图。
在清朝统一蒙古之前，蒙古和西藏的关系已经相当密切了，这是由于从16世纪开始喇嘛教在蒙古地区的流传。喇嘛教早已流行于今青海地区，所以在蒙古的阿勒坦（俺答）汗（1507－1582年）占领青海地区以后，喇嘛教就传到了蒙古人中间。阿勒坦汗迎来宗喀巴的三传弟子索南嘉错，尊为达赖喇嘛（三世）。又将他迎至归化（今呼和浩特西南）传教。从此，喇嘛教格鲁派教）就在东西蒙古广泛传播。三世达赖死后，阿勒坦汗的曾孙被认定为转世灵童，立为四世达赖。以后他派了一位大喇嘛去蒙古主持教务，成为以后世代相传的蒙古活佛。1642年（明崇祯十五年，清崇德七年），蒙古和硕特首领固始汗进入西藏，配合五世达赖灭藏巴汗，驱逐了后藏的红教。1654年（清顺治二年），固始汗尊黄教领袖罗桑却吉坚赞为四世班禅（前三世出于追认），驻后藏扎什伦布寺。至此，在宗教上，黄教统一了蒙古和西藏；在政治上，蒙古统一了青藏地区。由于漠南蒙古早已归属清朝，西藏与清朝的联系也开始于清朝入关之前。固始汗入藏后，就与达赖、班禅共同遣使朝清。顺治四年（1647年），清朝派官员到达西藏，册封班禅为金刚上师。九年，达赖到达北京朝见清世祖，次年受清朝册封为“达赖喇嘛”。康熙四十八年（1709年），派侍郎赫寿信藏协助拉藏汗管理地方事务。五十二年，五世班禅被封为“班禅额尔德尼”。西藏政教合一的统治体制得到了清朝的正式承认，清朝在西藏的统治也得到确立。
噶尔丹死后，清朝让策妄布坦领其余众，停止了军事行动。策妄阿拉布坦乘机扩张，据有杜尔伯特、土尔扈特和和硕特各部的统治权，自立为准噶尔汗。康熙五十六年，准噶尔的策零敦多布率军六千从伊犁经阿里偷袭拉萨，杀拉藏汗，囚禁了拉藏汗所立达赖。五十七年，清军自青海入藏，但在那曲遭准噶尔军围攻，全军覆没。五十九年，清军从青海和四川两路入藏，原拉藏汗政权的官员也起兵响应，同年八月消灭了准噶尔军，西藏平定。
雍正六年（1782年），清朝在西藏设置了驻藏办事大臣衙门，统率驻藏官兵，督导地方行政。乾隆下六年（1751年）设立西藏地方政府——噶厦，规定凡重大行政事务及藏官的任免、藏军的调动等均应由噶厦请示达赖和驻藏大臣办理。在五十七年（1792年）击退了入侵西藏的廓尔喀军后，又在次年制定了《藏内善后章程》，确定了驻藏大臣的地位及其全面督导藏内事务和统一处理涉外事务的职权，规定达赖、班禅及各地格鲁派大知佛转世时用金瓶掣签（将最后的候选人名字放在一个金瓶中抽签决定）办法并必须受大臣监督，自噶伦（噶厦的最高官员）以下僧俗官员必须由大臣任免；《章程》对西藏的官制、军制、司法、财政、边防、差役、及对外事宜都作了明确的规定。
雍正五年，策妄阿拉布坦死后，子噶尔丹策零继位，又不断侵扰哈密、喀尔喀蒙古等地。清军虽多次取得胜利，但一直没有能够彻底平定。乾隆十年（1745年）噶尔丹策零死后，准噶尔发生内乱，势力逐渐衰落。乾隆十八年，准噶尔的阿睦尔撒纳袭杀剌麻达尔札，推达瓦齐为汗，车凌乌巴什率部降清。十九年，乾隆决定趁机进兵，以结束数十年水了的战争。阿睦尔撒纳又与达瓦齐相攻，失败后率部降清。次年，清军分兵两路，不久进占伊犁，准噶尔部基本平定。但阿睦尔撒纳又发动叛乱，而清军因天寒撤退，阿睦尔撒纳重新控制了准噶尔。乾隆二十二年清军再次进入伊犁，天山北路从此纳入清朝疆域。阿睦尔撒纳逃往俄国，不久病死。
原来在准噶尔统治下的回（维吾尔）部首领大小和卓木企图割据自立，清朝在乾隆二十四年攻下喀什噶尔和叶尔羌，大小和卓木逃往巴达克山部后被杀，天山南路也告平定，清朝统一中国的大业至此完成。
在这以前的康熙二十八年（1698年），清朝与俄国订立了《尼布楚条约》，确定了中俄东段的边界是外兴安岭和额尔古纳河。雍正五年，清朝与俄国签订《布连斯奇界约》和《恰克图条约》，规定了东起额尔古纳河及其支流开拉哩河（今海拉尔河相交处的阿巴该图，经恰克图（原苏联境内的恰克图和蒙古境内的阿尔丹布拉克），西至沙必乃达巴汉（一作沙宾达巴哈，原苏联西萨彦岭西北）的边界走向。
从秦始皇灭六国，开疆拓土，建立秦帝国开始，经过了近二千年，中国终于形成了一个北起飞萨彦岭、额尔古纳河、外兴安岭，南至南海诸岛，西起巴尔喀什湖、帕米尔高原，东至库页岛，拥有一千多万平方公里国土的空前统一的国家。
7. 内乱外患，国土沦丧
1840年（清道光二十年）以后，列强侵入中国，用武力迫使清朝签订了一系列不平等条约，攫取了中国的大片领土；甚至连条约也不签订，凭借实力造成既成事实。
中国失地最多的是在中俄边界。中俄《尼布楚条约》中将两国边界最东段乌第河以南一块列为“待议地区”，没有划定归属。俄国的势力扩张到远东后，便不经过任何谈判就占据了这一地区。库页岛一直是清朝的领土，但清朝只接受当地人的朝贡，从来不加经营，以至在俄国和日本都侵入该岛的还一无所知。直到1850年（道光三十年）俄国单方面宣布库页岛为俄国领土也未加过问。1858年（咸丰八年），通过《瑷珲条约》，俄国夺取了黑龙江北岸的土地。1860年的《北京条约》，俄国获得了《瑷珲条约》规定为“共管”的乌苏里江以东地区；并且规定库页岛上的“土人”不能再过海向清朝纳贡，实际上承认了俄国对该岛的占领。在黑龙江瑷珲（今黑河市）的东岸，有一片汉人聚居区，称为江东六十四屯，《瑷珲条约》规定仍归中国所有，条约签订后还划定了界线。但到1900年俄国占领东北后，用烧杀手段驱赶中国居民，强占了这块地方。
1868（同治七年），俄国吞并了中亚的浩（霍）罕和布鲁特。1870年，又趁阿古柏叛乱之际，占据了中国的伊犁。光绪三年（1877年），清朝出兵平定新疆，要求俄国退出伊犁。俄国以改订《北京条约》的有关条款为撤退的条件，逼清朝签订了《伊犁条约》，使中国丧失了更多的领土。根据这两个条约而进行的勘界产生了十一个具体的界约，到1884年（光绪十年）确定了从沙必乃达巴汉到乌孜别里山中的中俄边界线，大致就是今天的中苏边界。这条界线以西至巴尔喀什湖、阿亚古斯河之间的数十万平方公里土地从此不再为中国所有了。
在平定阿古柏叛乱时，刘锦棠进入帕米尔高原，将八个帕（当地地名，指以谷地为中心的地区）中的六帕收回。1884年后，俄国继续向南扩张，英国也通过其保护国阿富汗侵入帕米尔。1895年（光绪二十一年），英、俄两国在伦敦订约，瓜分了属于中国的帕米尔大部，中国内剩下一帕（今新疆塔什库尔干县）。
此外，香港从1842年（道光二十二年）起被割让给英国，以后又增加了九龙的一部分。英国和葡萄牙还“租借”了九龙的大部和澳门。英、法帝国主义在它们维持殖民统治的印度、缅甸、越南等国与中国的边界用种种手段侵占中国的领土。甲午战争失败后，根据中日《马关条约》，台湾和澎湖在1895年被日本占据，到抗日战争胜利后才由中国收回。
1851年兴起的太平天国与清朝对抗了十四年，波及十余省，并以天京（南京）为首都了建立了自己的政权。太平天国政权的疆域包括今江苏、安徽、江西、浙江、湖北的大部分或一部分，临时占据的地区更多。在此期间，清朝内部处于分裂状态。
在太平天国政权被消灭以后，清朝对内的统一并没有真正恢复。一方面，列强在沿海地区设置租界，划分了势力范围，建立了一个个国中之国。对这些地区，清朝的统治权已经部分或全部丧失。另一方面，中央政府对地方的绝对控制已成为过去，在镇压太平天国、捻军、西北“回乱”中膨胀起来的汉族武装与地方实力的结合，形成了一股足以与朝廷抗衡的政治、军事、经济力量。在列强的支持、利用和操纵下，不时出现与朝廷分庭抗礼的局面。到了末年，北洋军阀和地方实力派实际上已经掌握了清朝的大部分权力。
以上的分合大势可以说是中国史的常识，并没有什么异议。根据这些情况，我们可以作一个粗略的统计：
历代统一时间起讫表
第一标准统一时间
第二标准统一时间
年
代
起
讫
221BC－209BC
秦
108BC－22AD
西汉
50AD-184AD
东汉
280AD－301AD
西晋
589AD－616AD
隋
630AD－755AD
唐
1279AD－1351AD
元
1382AD－1644AD
明
1759AD－1840AD
1683AD－1850AD
清
合计
81年
950年
如果以历史上中国最大的疆域为范围，统一的时间是八十一年。如果把基本恢复前代的疆域、维持中原地区的和平安定作为标准，统一的时间是九百五十年（详见上表）。这九百五十年中有若干年，严格说是不能算统一的，如东汉的中期、明崇祯后期等。如果以秦始皇灭六国的公元前二二一年至清亡的一九一一年为计算阶段，第一标准的统一时间占总数的百分之四，第二标准的统一时间占总数的百分之四十五。如果从有比较确切纪年的西周共和（公元前841年）算起，前者约占百分之三，后者约占百分之三十五。
