这一要求得以实现。9月底，一部分同学去了战训班，大部分同学仍留在同学会。10月8日晚，市委书记李华正在同学会参加同学会的执委会议，突然冲进来大批全副武装的宪兵，将葛佩琦和蒋南翔等五人以“滋事学生”的罪名，关进南京警备司令部监狱。他们向警备司令部提出强烈质问：我们爱国抗日，你们为什么要逮捕我们？
关到第七天，警备司令部只得用大汽车，把他们送到位于南京建邺路原国民党中央政治学校旧址的“南京青年战地服务训练班”，与平津的许多老同学相聚在一起。
战训班主任是陈立夫。它成立之初，中共南京市委就派地下党员顾大椿等人，以学员身份进入并建立了党支部，领导有组织联系的二十多名地下党员和二百多名民先队员，团结广大进步同学，与训练班当局的班内搞的一系列反动活动，进行了一次又一次机智果敢的斗争，并都取得了胜利。
上海沦陷，南京告急。战训班由南京撤向芜湖、南陵、青阳、贵池……直至景德镇。在大家的一再要求下，战训班当局以“行军耽误了训练计划”为口实不让毕业的阴谋又遭失败。
1938年1月上旬，葛佩琦等一百多名已获毕业证书的男学员被调往武汉，等候分配。他们立即与八路军武汉办事处秘密取得了联系，向已是中共长江局负责人的博古汇报了战训班斗争的情况，并研究了下一步如何走。当战训班副主任黄仲翔要分配他们去河南第一战区工作的时候，葛佩琦立即去找先期到达武汉的蒋南翔，要求解决党的组织关系。蒋南翔说：你还是随着大队去河南，到时候会有人找你。
1938年2月15日，正是元宵节，葛佩琦等一百人到达第一战区司令长官部的所在地郑州，当时担任第一战区司令长官部政治部主任的李世璋，是中共地下党员。得到李世璋的大力举荐，这批战训班学员被司令长官兼河南省主席程潜分别委派为民运指导员。葛佩琦与中共地下党员王振鸿、刘野亮等四十人，主动要求去接近前线的豫东商丘地区的十二个县，组织民众抗日自卫队，聚集抗日力量，保卫战区安全，支援徐州会战。离郑州前，中共河南省委委员、八路军驻开封办事处主任刘子久找葛佩琦谈了话，要他有事直接找他联系，到豫东的主要任务是抓武装。
葛佩琦等人到了商丘地区各县，国民党的县长和县党部书记长们借口地方武装已由联保主任们组成了联防队（限制共产党活动的一种组织），无需再组织民众抗日自卫队，反对民运指导员们抓武装；甚至长官部规定的民运指导员们每人每月由地方财政支付的二十元生活费，他们也借口财政困难而拖延支付。葛佩琦等人立即向程潜汇报。程潜为此特别召开了各县民运指导员、县长、县党部书记长参加的开封会议，要各县将民运工作放在第一位；若有妨碍民运工作者，必将予以严肃查处。会后，程潜以河南省主席名义，撤掉了商丘地区阻挠民运工作的六名县长，并批准了葛佩琦等人推荐的新县长，才打开了那一带“民运”工作的新局面。
1938年春天台儿庄大战之后，又发生了徐州大会战。5月24日，国民党部队自徐州败退，苏北、豫东的主要城镇也随之陷入敌手。程潜的长官部也从郑州撤至洛阳。派在豫东的四十名民运指导员中的三十九人，随着军队撤到黄泛区以西，只有葛佩琦一人仍留在商丘地区。
商丘地区的国民党党务专员和各县县党部书记长，也都已无令而逃。葛佩琦主动联合商丘地区民运专员宋克宾等人，发动各县民众抗日自卫队开展游击战，成立了豫东抗日游击司令部，宋克宾任司令，葛佩琦任政训处长。短短一个多月，就发展为一支五六千人的抗日游击队，为当时黄泛区以东惟一的一支抗日武装，拔除了日寇在陇海线上的几个据点，并收复过两座县城。
6月下旬，这支游击队派秘书李洪（中共地下党员）去洛阳向长官部汇报豫东战况。葛佩琦适时请李洪与中共河南省委取得联系，并向刘子久转达他的入党申请。7月上旬，葛佩琦接到程潜的电报，要他与宋克宾火速赴洛阳面谈。他俩带着几个卫兵越过六十里宽的黄泛区，经周口、漯河、郑州日夜兼程地赶到洛阳，受到了程潜的接见与嘉奖，洛阳各报都报道了豫东的抗战战绩。
一天晚上，李洪陪同当时为中共河南省委委员、豫西特委书记、八路军洛阳办事处主任的刘子久，来到葛佩琦独自住宿的一家旅馆。刘子久向葛佩琦宣布：“组织上已经正式批准你的入党申请。由于你是老民先队员，免除候补期，直接转为正式党员。”葛佩琦顿感周身热血沸腾，为“一二·九”运动以来的最崇高的愿望终得实现而感到无上荣幸。他决心为人类最伟大的事业献出自己的一切！
葛佩琦的“铁案”是这样翻过来的身在“曹营”心在“汉”，万死而不辞（上）
离开洛阳前，刘子久给葛佩琦交代了任务：做好宋克宾和官兵们的统战工作，为新四军彭雪枫支队进驻豫东、建立抗日根据地创造条件。他并写了一封介绍信，要葛佩琦面交彭雪枫。
1938年冬，彭雪枫率部到达豫东，宋克宾等人不但表示欢迎，还送了几百套棉军衣给彭支队战士们御寒。葛佩琦单独与彭雪枫见了面，转交了刘子久的信，汇报了豫东的抗战活动和敌我情势。彭雪枫对葛佩琦的工作大加赞赏，要葛佩琦有事直接与他联系。
1939年春，彭雪枫支队在永城县境与日寇作战，牺牲了几位战士。葛佩琦代表豫东专员公署和保安司令部前往参加了追悼会。会后，彭雪枫约葛佩琦单独谈了话。这时，宋克宾的部队又扩大到一万五千多人，下分三个纵队。葛佩琦说，自己已经是一个共产党员了，老穿着国民党的军官服，觉得很不舒服，要求到自己的党的部队中去工作。彭雪枫大笑。他劝慰葛佩琦说：为了发展抗日统一战线，你继续留在宋克宾那里为党工作，比调去新四军会起更大的作用。
葛佩琦这才下了决心在国民党部队继续干下去，除非党组织有了新的派遣。
这时，程潜调任国民党军事委员会委员长天水行营主任，由洛阳到了西安。第一战区司令长官兼河南省主席由卫立煌接任。卫立煌撤了宋克宾的豫东专员兼保安司令的职，但宋克宾没有交出原来由葛佩琦帮助扩建的豫东抗日游击队。后来在程潜的支持下，这支部队改编为下辖三个师的国民党暂编第二军，宋克宾为军长，葛佩琦为政治部主任，调河北省抗日。
在河北大名、南宫之间，这支部队与扫荡的日寇频频发生战斗。由于人生地不熟，武器装备又极为悬殊，部队损失惨重，军心颇为动荡，绝大部分官兵都主张返回豫东老家。葛佩琦坚决反对。因为原来的防区已被河南省保安队接收，豫东陇海沿线又被汉奸张岚峰部队所控制，一时难有立足之地。可是宋克宾却说，张岚峰也是豫东同乡，又在西北军中共过事，不至于不给碗饭吃。
葛佩琦预感宋克宾等人有率部当汉奸的危险，想到自己是一名共产党员，绝不能被他们裹挟而去当汉奸，遂连夜只身潜出围塞，历数昼夜，越过日寇铁路封锁线，奔向彭雪枫部队原驻地永城县书案店。到了书案店，才知彭雪枫已率部东进，吴芝圃副司令还在附近一个村庄，当晚也将出发，葛佩琦立即向吴芝圃汇报了宋克宾部队的险象，并问是否可以再由他自己去把宋部的部分部队拉到永城，与新四军合作抗战。吴芝圃说，这不符合抗日统战政策，要葛佩琦尽快去西安向程潜报告，力挽宋部不当汉奸，并说，如果宋部真的投靠了敌人，你就利用程潜的关系留在天水行营，长期埋伏，等待党的新指示。
葛佩琦与吴芝圃分了手，经多日迂回跋涉到了洛阳。他想向刘子久汇报党的工作，可是没有找到刘子久；他想乘火车直奔西安，但这一带的铁路已遭黄河北岸日寇炮火破坏。他只得时而骑自行车，时而推车步行。他好不容易地到了西安，程潜闻知，立即召见。程潜说：“前方来电话宋克宾已率部叛国投敌。那个部队是你当民运指导员时组织起来的，你能不能把那个部队再拉回来？”葛佩琦说：能！程潜让他去参谋处看看有关策反的文件，听候命令。
1939年8月中旬，程潜派葛佩琦为“天水行营豫东特派员”，主要任务就是策反汉奸部队反正，并给他派了三名联络参谋和一个通信班及电台。
9月初，他们到达黄泛区以北的鹿邑县秋渠集，葛佩琦分别派遣三名参谋潜入敌占区开封、商丘、徐州，他本人也化装潜入商丘，侦察到宋克宾部队已被改编为“和平救国军第一军第三师”，宋为师长，驻商丘以东三十华里的马牧集。他同时还侦察到，他当年扩编的游击第六支队袁天柱部，也已投敌被编为“和平救国军第一军独立团”，驻商丘以南的马头集。经数月周密策划，袁天柱部于1940年2月率先反正。
接着，葛佩琦又与宋克宾的部队取得了联系。他们也答应反正。他立即把这一情况报告了天水行营。程潜复电说：及早发动，有功者奖。不久，程潜又来电说：策反工作可与何柱国军长合作进行，已另给何军长去电知照。
何柱国是豫东前线国民党骑兵第二军军长。葛佩琦知道，他正在策动“和平救国军第一军”另两个师的反正。葛佩琦仍一门心思地想把宋克宾部队拉到彭雪枫那边去，以壮大自己党的武装力量。他专程赶赴洛阳，找到了刘子久，汇报了这一新的重要军情。刘子久说：你与何柱国的这一密切合作，符合抗日统战政策，有利于抗战；你若把宋克宾部队拉到新四军去，恐怕难以成功。
这样，葛佩琦才与何柱国紧密协作。1940年10月下旬，由何柱国的骑兵接应，三个伪军师同时反正成功，被合编为国民党新七军，削弱了在豫东的蚕食力量。
当年冬，程潜被调往重庆，天水行营改称国民党军委会西安办公厅，熊斌、蒋鼎文相继担任办公厅主任。葛佩琦以“参议”名义，继续埋首于此，听候党的指示。
1941年夏，西安办公厅、黄河水利委员会、第一战区和第五战区长官司令部、河南与安徽两个省政府的代表，组成了黄泛区勘察团，调查黄泛区民情。水利委员会的代表为主任，葛佩琦担任副主任。他们的木船时而在漂晃的高粱穗梢上前进，时而在水漫屋檐的街道中穿行；安徽淮河边上的著名城镇正阳关，也成了洪水四围的“海中龙宫”；木船从西门开进，停在一家旅店前。
经数月勘察，深入了解黄泛区的灾情和政治、经济、军事情况后，他们在报告中建议由国家拨款，以工代赈，在黄泛区西岸的河南新郑至安徽界首，修筑一条大堤，既可保住黄泛区以西大片土地不受水淹，救济灾民，还可建筑河防工事。用大堤充作繁荣黄泛区经济的运输公路。
这个建议立即被采纳而且顺利实现，对抗战、救灾不无裨益。
葛佩琦的“铁案”是这样翻过来的身在“曹营”心在“汉”，万死而不辞（中）
1942年春，西安办公厅主任蒋鼎文调任第一战区司令长官。葛佩琦遵从了党的指示，也利用与蒋鼎文的关系，随其调至第一战区司令长官部任少将参议，将主要精力投入党的地下活动。
未几，他以“第一战区司令长官部战地联络组组长”头衔，赴豫东日寇占领区搜集情报。在豫东敌占区的许多城市以及北平、上海等地，都设有联络站或联络员，各种情报源源而至。他想将这些情报首先报向延安，但遍寻据说出差的刘子久而不见。因为“皖南事变”前后，国民党反动派掀起了第二次反共高潮，我们的党中央指示凡在国民党统治区已亮明共产党员身份的同志，一律撤退到抗日民主根据地。刘子久匆促转去豫东、皖北根据地做领导工作去了，没来得及安排葛佩琦的地下组织关系。
葛佩琦当时并不明白这个中原委，他只能直去西安转延安。但到了西安，见到了北大数学系同学、中共地下党员李年。李年说，陈忠经也正在西安。早在1936年冬，葛佩琦被选为北大学生会副主席，陈忠经被选为学生会主席，“正副主席”又相聚，都欣喜异常。陈忠经与李年都劝葛佩琦留在西安一道工作，他的工作情况将由他们二人负责转报上级党的组织。
这时候，党中央的一个重要情报部门，在西安已活动一年之久。它的负责人，是从延安派来的赵耀斌，对外号称王石坚。赵耀斌请示延安后，为葛佩琦接上了组织关系，并要他直接给党的西安情报站提供敌情。葛佩琦欣然同意。
但这时候的葛佩琦，已成了豫东敌占区日本特务机关黑名单上的赫赫人物。1942年秋，当他又一次潜入商丘虎穴时，很快就被日本特务看在眼里，日本宪兵队紧急通知全城的伪军对所有城门加强岗哨，协助宪兵特务大搜捕。幸好，伪军的一位营长是中共地下党员，并曾是葛佩琦组织豫东游击队时的一名大队长，他火速通知了葛佩琦所领导的商丘联络站主任、掩护身份是伪军教导团军需主任的牛景康；牛景康又火速跑到联络站的掩蔽所陈公馆，让葛佩琦脱下伪军军服，机警地转到年久失修、部分城墙坍塌的城东北角，用一根绳子把葛佩琦放到墙外，才得以脱险。
1943年春，侵华日军总司令部为笼络汉奸部队，在南京召开了伪军师长以上军官才能参加的“高级军事会议”。葛佩琦属下的一名情报员，给豫东的一名大字不识的伪军师长当参谋和翻译。会议结束后，这位“参谋和翻译”遵照葛佩琦的事先叮嘱，将全部会议文件都带了回来交给葛佩琦。其中有一张“大东亚共荣圈”示意图，即一定要打通从朝鲜、东北、北平、武汉、广州的铁路线，从而支持进攻缅、泰、印度支那和印度的战线，并从陆地一侧以配合巩固对南洋诸岛国的占领。葛佩琦估计，日寇很可能要出兵进攻还在抗日力量控制下的平汉铁路若干重要路段，立刻将这张示意图复制了两份并附上他的分析估计，分别报给了中共西安地下情报站和国民党第一战区司令长官部，望最好及早提防。
1943年初夏，第一战区司令长官蒋鼎文把葛佩琦电召到洛阳述职，并交给他一个紧急使命：把刚刚从重庆来到洛阳的杜月笙的夫人送回上海。葛佩琦觉得这又是深入敌伪统治中心搜集情报的大好时机，就欣然从命。他们先坐了几天的汽车，后又改坐架子车通过日伪占领区到达商丘，住进了那位在伪军中当营长的地下党员开办的旅馆，然后乘火车顺利到达上海。
在上海，他婉言谢绝杜夫人留住杜公馆的邀请，住到了“一位朋友”家。这位朋友，就是他派驻上海的地下联络员。这位联络员陪同他走了很多地方，又介绍他与不少朋友谈了话，使他耳闻目睹了上海伪币狂贬、物价疯涨、日寇大刮民脂民膏的“以战养战”、残酷坑害剥削其铁蹄下的中国人民。他回到豫东后，立即将这些“敌囊之密”分别报送给党的西安情报站和国民党第一战区司令长官部。
接着，他在商丘火车站建立了监视日寇军运中心，逐日登记陇海线上日寇来往军车的车次、去向、所载部队番号、人数、武器装备、军用物资种类及数量，等等。情报联络员及时将这些情报送给葛佩琦，葛佩琦再通过电台和密函，分别转报给战区司令长官部及党的西安地下情报网。
1944年1月，从徐州到开封，日寇军运频繁，所运物资中含有大量橡皮船等渡河器材，葛佩琦分析敌人的“打通大东亚交通线”——进攻郑州、打通平汉线的战事在即，急报党的西安地下情报网和第一战区司令长官部。长官部参谋长要葛佩琦本人速去天津、济南等地，侦察日寇调动等军情。
葛佩琦即刻动身，于2月底到达天津，了解到大批日寇已由平汉线北段南下。他由天津回到济南，又获悉每天都有日寇军车，从青岛到济南转津浦路南下。他回到商丘，又看到每天都有日寇军车从徐州来到商丘，再向西开去。他急速将这些情报分别报给战区参谋长和我党西安情报组织，为预防日寇这一箭在弦上的大举进犯，提供了十分有力的情报。
时隔不久，日寇就发起了以打通平汉铁路为重心的“中原战役”。没想到国民党部队稍加抗击即节节败退，郑州、洛阳相继落入敌手。第一战区司令长官部由洛阳撤至陕西汉中。由于撤退慌乱，长官部的电台竟与“长官部战地联络组组长”葛佩琦的电台失掉了联系。葛佩琦立即向我党西安情报组织报告了这一特殊情况，并遵从情报组织的指示，于1944年秋天回到了西安。
情报组织的负责人赵耀斌、李年等同志立即去看他。谈到日后的工作任务，赵耀斌让他尽快赶到汉中去，看看撤退到那边去的第一战区司令长官部的新动向。葛佩琦二话没说，即刻前往汉中。
到了那儿，他才知道不但司令长官蒋鼎文已离职，由国民党军委会参谋部长陈诚代理司令长官，参谋长、参谋处长、情报科长全都换了新人；而且在撤退转换中，慌乱得连许多重要的工作关系都没有一一交接，他去参谋处报到，人们都不知道长官部还有个“葛佩琦少将”。连忙翻档案，才查出他的确是这个长官部的少将参议，派往豫东的战地联络组组长。
这时，国民党三十四集团军总司令胡宗南，已兼任第一战区副司令长官，长官部即将迁往西安。三十四集团军的情报科刘科长，也被提升为长官部的情报科长。人们要葛佩琦先返回西安，与这位刘科长商谈日后的工作。可是当葛佩琦马不停蹄地返回西安，这位刘科长却说：等长官部迁来西安再说吧。
但葛佩琦一会儿也没有白等，他时时刻刻都在为自己的党操劳着。赵耀斌等同志要增建一个地下联络站——以三青团陕西团部的名义筹办一个书店。葛佩琦以“少将参议”身份积极参与筹办，使这家“西安研究书店”顺利开业。1947年3月，胡宗南率十七个旅进犯延安时，在抗战之初就奉周恩来之命打入胡宗南部，并在胡宗南身边担任侍从副官和机要秘书的熊向晖，有时就是通过这家“研究书店”向赵耀斌转递极为重要的军事情报，使胡宗南屡吃败仗而不知漏洞究竟出在哪里，最后不得不撤出延安。当然，这些都是后话。
葛佩琦的“铁案”是这样翻过来的身在“曹营”心在“汉”，万死而不辞（下）
1945年8月15日，日本天皇宣布投降。蒋介石为抢夺胜利果实，派他的王牌军青年远征军进入东北，并由远征军总司令杜聿明担任东北保安司令长官。中共中央决定抢先进军东北，建立巩固的东北根据地。这显示国共两党在东北的一场大战一触即发。在八路军、新四军的一些精锐部队纷纷向山海关外开拔之际，西安地下情报组织负责人赵耀斌与葛佩琦商谈后，同意葛佩琦搭乘美国空军飞机去徐州，再转赴北平设立地下联络站，以便向东北转移地下工作人员。
为何能搭乘美国空军飞机？
这也是葛佩琦的得力工作争来的机遇。
1945年春天，一架美军飞机在徐州附近上空被日寇飞机击落，驾驶员跳伞逃生。西安美国空军联络站知道葛佩琦熟悉徐州一带敌情，就请葛佩琦帮忙查询这位驾驶员的下落。葛佩琦通过他的豫东情报网，得知那位驾驶员已落入伪淮海省省长郝鹏举之手，扣留在徐州。美国空军联络站的克拉克先生十分感谢葛佩琦。赵耀斌就指示葛佩琦与克拉克经常保持友好联系。日寇投降后的9月下旬，克拉克约葛佩琦一道坐他们的飞机去徐州，营救了那位空军驾驶员，再乘火车去北平。
这当儿的徐州铁路枢纽，还被日本人所控制。每天北上的火车，几乎完全是日寇撤兵的军车而没有客车。但当年与葛佩琦共同策动伪军第一军反正的国民党骑兵第二军，正驻扎徐州。葛佩琦向骑兵第二军的田参谋长一说，这位参谋长让参谋处通知火车站，在北上的军车上专挂一节客车，让葛佩琦顺顺当当地到了北平。
这时候的北平，国民党的接收大员们一个个都忙着金子、票子、房子、车子、女子的“五子登科”。葛佩琦虽然身着国民党少将戎装，但没有“接收大员”头衔，没法遵照赵耀斌的指示，接收一家敌伪文化机关开办报社或书店建立地下联络站。他只能通过私人关系，在西单以南一百多米的绒线胡同西口，租下一个大四合院，以住家作掩护，接待经北平去东北的地下同志。
这些同志中，有的是经葛佩琦的一位老同学的介绍，打入东北国民党军政要害部门的。
这位老同学，就是陈忠经。1936年冬天，葛佩琦被选为北京大学学生会副主席，陈忠经被选为学生会主席。后来他长期从事地下活动，与国民党的不少军政要员常有交往，有些还成了“莫逆”。
1946年春节过后，由赵耀斌派遣、陈忠经“举荐”，李年、邢国彦、王书鼐打入国民党东北保安司令部政治部做情报工作。接着，赵耀斌又派遣葛佩琦去东北，陈忠经也向这个政治部的主任余纪忠作了介绍，余纪忠也立即表示欢迎，并送来了“派葛佩琦为东北保安司令长官司令部政治部少将督察”等派令。
正当其时，报载杜聿明下令在东北通辽枪杀中共地下党员二十九人，妄图恫吓我地下工作人员。葛佩琦置之一笑。“‘不入虎穴，焉得虎子！’为革命而死，无上光荣！”他毅然去了沈阳，坐进了杜聿明的司令部，被余纪忠任命为政治部第一组代理组长。
这个组，专管东北国民党军队的政治工作。那时所有从关内调到东北的部队，都要把部队的番号、驻地、人数、编制、主管姓名等等，书面报送长官部政治部。第一组依据这些书面报告，编成国民党东北全部驻军一览表。这个“一览表”，立即成了葛佩琦送给自己地下情报组织的重大机密材料。
国民党驻沈阳的重要头目——如省党部主任委员、省政府主席、保安长官部长官、参谋长、政治部主任、经济委员会主任等人，每两个星期都要举行一次联席会议。葛佩琦每次都跟随余纪忠参加这种会议。这也成了葛佩琦向地下组织报送机密情报的重要源泉。
1946年冬天，葛佩琦兼任国民党旅大接收委员会的宣传组长，率领宣传组进驻辽南国民党新六军防区的熊岳镇。他及时将新六军在辽南的部署和动态报给了地下情报网。
1947年春，东北人民解放军即将发起辽东南攻势时，葛佩琦代表国民党东北保安司令长官司令部政治部到安东（现名丹东）视察，将那一带的国民党军队部署及新修的防御工事等情报，立即报送我党地下组织。
1947年6月1日，北平学生发起“反饥饿、反迫害、反内战”的游行示威，沈阳学生定于6月2日游行响应。国民党东北军警、教育当局匆匆组成了制止学生游行的所谓“学生指导委员会”。葛佩琦与李年、邢国彦、王书鼐同志及时打入这个“委员会”的会议。会上有人主张对不听劝阻的学生可以开枪制止，葛佩琦等四人坚决反对。他们说，无论如何不能造成流血事件。但会议决定：当夜逮捕各校学生会负责人。一散会，葛佩琦就火速通知东北大学的三名进步学生。他们于当夜就离开了学校，敌人扑了空。
7月，东北解放军围攻四平守敌新七军。国民党东北保安长官部副长官郑洞国任前进指挥所副主任，率领榴弹炮营和坦克大队离开沈阳前往增援。担任这个前进指挥所新闻组组长的葛佩琦，在进达铁岭的当天夜晚，用军用电话向我党沈阳地下组织密报了这一情报，使围攻四平的解放军及时采取了应急措施。
不日，葛佩琦当年的北大校友傅汝霖，率领南京的国民党中央慰劳团到达四平，专要葛佩琦陪他一道看了几处伤兵医院，又一同坐飞机到了国民党新一军困守的长春。在对高级军官慰劳会的交谈中，葛佩琦获知了新一军的城防部署的动态，一回到沈阳，就向地下组织报告了这一切。
总之，在1946年春天到1947年秋天的一年半的“深入虎穴”中，葛佩琦尽管随时都有被捕杀的危险，但仍恪守一个党的地下工作者的行动守则：静似处女，动如脱兔，机智果敢，沉着冷静地获取了大量情报。这些情报，对东北人民解放军夺取许多重大战役的胜利，发挥了不可磨灭的功效。
但是，既然是“虎穴”，就难免受到“虎狼”的伤害。1947年10月初，西安情报站被西安国民党军统特务发现，赵耀斌被捕。赵耀斌在西安新华巷一号的住宅，打着胡宗南或三青团陕西分团旗号开办的《新秦日报》、西北通讯社和研究书店，都遭到了特务们的彻底搜查。被周恩来称做我们党“情报工作后‘三杰’[注1]之一的熊向晖的真实身份已完全暴露，只因军统特务头子毛人凤等人与胡宗南的关系至为深厚，他们为保住胡宗南的“声誉”，才没有向蒋介石报告，而让大吃一惊的胡宗南亲自处置，而这时，熊向晖已被胡宗南保荐去美国留学，并已经到达大洋彼岸；胡宗南为保住自己不被蒋介石痛骂一顿，也只得给这位几近十载的“亲信助手”网开一面。但是，对由西安而北平而沈阳的我们党的地下情报网的其他人员，军统特务们则力争搜捕无遗。对这种突发的危急事态，远在沈阳的葛佩琦等人却全然不知。
在1947年10月10日参加了“国庆纪念会”的当天夜晚，担任“国民党东北行辕政工处第二科科长”的李年同志、掩护地下电台的“沈阳警备司令部新闻处副处长”兼“东北通讯社”社长王书鼐同志、住在王书鼐隔壁的“辽北省长岭县县长”邢国彦同志，同时被国民党军统特务系统的“行辕二处”的人所逮捕。葛佩琦接到了李年的爱人——地下电台译电员何英芬的告急电话，立即作了急速考虑：如果黑名单上也有自己的名字，跑是跑不出去的；如果没有，也不会因为“为朋友说了几句好话”而被捕。“既入虎穴，何必怕虎”？！
第二天，他就打听出了事变的根底：“案子”是北平方面来人办的，行辕二处只是奉命协助；“案由”是共党嫌疑，被捕人员下落尚不可公开。
同时他还得知：从西安来到“东北通讯社”电台的台长，十天前就失踪了。他估计，问题可能出在这个台长身上。
得一位老朋友的帮忙，他与这位老朋友一道去拜会了东北行辕的崔处长。 这位崔处长说，在行辕内部出了共产党的“案子”，陈（诚）代主任很生气。你们过去和李年有交往的人，要特别小心自己的言行。
经过多方努力，葛佩琦终于从一名特务的妻子口中，探听出关押三位被捕同志的地点：沈阳市昆明街八十一号——国民党军统特务在沈阳的秘密监狱。他立即通知三位被捕同志家属，给他们送饭送衣物，从而得知这三位同志都已受到了严刑拷打。
不久，他的那位老朋友告诉他：据西安来人谈，赵耀斌也被捕了，“研究书店”和《新秦日报》被搜查了。同时说，他已向军统特务中等头目、沈阳市督察处处长打听过了，北平来人办了“案子”就回去了，看来不至于再扩大。督察处长知道你是程潜将军的老部下，不会因为你与李年有过来往就怀疑你。葛佩琦这才明白自己的真实身份还没有被暴露，决心留下继续为党做出新奉献。
但是地下组织和电台都被破坏了，所获新的情报统统发不出去。1948年1月中旬得知，李年等蒙难的同志，都被国民党用飞机押送到南京。到了南京，李年还给他的妻子何英芬来了信。这表明这三位同志只被当做一般的“嫌疑犯”，而且经受住了生死考验，不禁为他们庆幸！
其时我们的党在东北，已经三分天下有其二，沈阳的解放指日可待。葛佩琦利用“国民党中央宣传部东北通讯处处长”的身份做掩护，继续坚守在沈阳孤军作战：
——东北大学的几名进步学生被逮捕，他以“国民党中央宣传部东北通讯处处长”身份，把他们全都救了出来；
——他以山东同乡会理事的身份，公开向同乡中的大户募捐，救济失业同乡，并暗地动员生活困难的同乡去解放区参加大生产；
——他又以“国民党中央宣传部东北通讯处处长”名义，多次召集沈阳各报的进步记者、编辑开会，要他们揭露国民党统治区的社会黑暗和抓壮丁、拉民夫、抢征农民粮食等苛政……
在这些孤军战斗的过程中，李年的妻子何英芬带着孩子去南京营救李年，邢国彦的妻子生了孩子后去北平，接着王书鼐的妻子也去了北平与家人聚会，葛佩琦都一一帮助她们买了非常难买的飞机票和托运行李，给予精神鼓励和物质援助。
孤军战到1948年10月，葛佩琦终于迎来了可以亮明自己本是一名铁骨铮铮的共产党人的曙光：10月16日，东北解放军攻克锦州，全歼国民党东北“剿总”副总司令范汉杰及第六兵团司令卢泉以下十余万人；10月29日，在黑山、大虎山地带，又全歼国民党第九兵团司令廖耀湘部十余万人；长春守敌也起义的起义，投降的投降。
11月2日，沈阳解放。葛佩琦怀着无比兴奋的激情去寻找党的领导机关，面无愧色地回到党的怀抱。因为深入虎穴多少年一直对党的耿耿忠心，是苍天可鉴的。
葛佩琦的“铁案”是这样翻过来的苍天可鉴：他成了“党外人士”
沈阳解放伊始，党的领导机关尚未公开，他只能去沈阳市政府询问。接待人员问他有没有地下组织的介绍信。他实话实说，地下组织被敌人破坏了，他随之得到了这样的回答：没有地下组织或党员介绍信，不能接组织关系。
没法，他只得先回北平。火车不通，他只得坐马车。经受了六天刺骨寒风的吹拂，进入了“天下第一关”。这时候的东北大地和“天下第一关”均红旗飘飘，他觉得这些红旗上也有他葛佩琦的一滴血，对在沈阳没有接上关系并没有往心里去。他进了山海关步行到唐山，搭火车到了北平。
北平和平解放，辽沈、淮海、平津三大战役胜利结束。南京的国民党政府慌乱得一团糟。南京法院对关押在南京监狱中的“共党嫌疑犯”李年、王书鼐、邢国彦三人“因证据不足，宣告无罪释放”。1949年3月中旬，他们三人回到了北平。但他们与葛佩琦只有共同工作上的关系，而在组织上与葛佩琦单线联系的赵耀斌却没有回来，且情况不明，葛佩琦仍然没法接上组织关系。
4月初，他偶然在全国总工会碰见了分别近十载的入党介绍人刘子久。刘子久说，接组织关系，须经党的组织部门，便介绍他去中共中央华北局组织部。组织部的一位刘同志对葛佩琦说，这是历史遗留问题，应该解决，并拿出信纸和信封，要他给能够证明他的组织关系和工作关系的人写信。他当即分别给刘子久、李年、邢国彦写了信，交给了刘同志，刘同志要他过一段时间再去看结果。
4月中旬，葛佩琦再去华北局组织部。这位刘同志说，根据调查到的材料，只能证明他入过党，做过地下工作，但因找不到你的单线联系人赵耀斌，组织关系还不能恢复。葛佩琦要求先安置工作，刘同志说：虽然他入党十多年，但由于长期做地下工作，对党的方针政策不很熟悉，工作起来有困难，遂介绍他去华北联合大学政治研究所学习一个时期，然后再分配工作，同时继续调查处理他的组织关系。
到了华北联大政治研究所，他才明白他已成了“党外人士”：因为四五百名学员几乎都是从北京各大学来的教授、副教授、讲师和一部分社会名流，清一色的党外人士。《社会发展史纲要》、《国家与革命》、《评艾奇逊的白皮书》、《别了，司徒雷登》等等，学了半年，和后来他和监狱中人们之集体所学，除了“老三篇”和《毛主席语录》之外，几乎完全一样。
毛泽东首登天安门以其洪亮的湖南腔宣布“中华人民共和国中央人民政府成立了”之后，华北大学改称中国人民大学。过去和葛佩琦一道做地下工作的同志，大多被分配到情报总署。一位领导也要他到那里去。可是他却书生气十足，自以为是地觉得革命战争已大获全胜，再也不需要那么多情报人员了。早被批判过的少年时代“科学救国”的理念，在新的“理论指导”下复又萌动起来：只讲科学不讲革命，固然不能救国；但只讲革命不讲科学，像我们这种贫穷落后的国家也难以富强。他遂把“科学救国”改为“救国不忘科学”。
所以作如是想，是因为他当年一心要“科学救国”，才投考了北京大学物理系，并在接连不断的学生运动中以优异成绩毕了业。在沈阳频频向地下组织报送重大机密情报的过程中，还忙中偷闲地到沈阳医学院（解放后改称沈阳医科大学）教物理。现在他自认为留在人民大学教物理，是实实在在的顺理成章。虽然只给他工业经济系讲师和理化教研室物理小组长头衔，他照样忙得不亦乐乎。
他一面教课，一面编写了《物理学讲义》、写了《〈实践论〉对于自然科学工作者的启示》的论文，编写出版了《电磁感应》和《自然常识问题解答》两本书。鉴于美国率先造出原子弹、苏联首先建成原子能发电站，而我们的国家除了钱三强等老一辈物理学家在国外做过核分裂实验外，国内尚无这方面的专门实验室，致力于核物理学研究的人也不多，遂结合自己的煤炭部等单位作的“和平利用原子能”的报告，写了介绍核物理学常识的文章，并出版了《原子核常识问题解答》一书。他认为在没有枪炮声的静谧书斋中这样夜以继日地呕心沥血，与往昔之“深入虎穴”脑袋拴在裤腰带上一样，都是为自己的党和国家，为了人民的未来。
但是，这只是“剃头挑子”一头热，他还是一名“党外人士”。从1951年2月起，他几乎每个月都要挤出点时间去见党总支书记一次，要求调查恢复他的组织关系。得到的回答是“老三句”：你的问题时间长了，问题复杂，不好解决。他还直接给学校党委写过三次申诉信，并把华北局经过“函调”、确认他入过党做过地下工作的材料转给了学校党委，但他始终没有得到确切的回答，这不免使他很寒心。
寒心中也不免有点后悔：后悔全国解放之初，没有接受老同学罗竹风的劝留。他与罗竹风，从中学到大学都是同学，两个人的爱人也是中学到大学的同学。1949年6月2日，国民党在山东的最后一个据点青岛解放后，罗竹风是接管山东大学的军代表。当年暑假，葛佩琦夫妇到青岛与罗竹风重逢，罗竹风劝他留在山东大学物理系任教，葛佩琦夫人朱秀玲有点心动，认为都是老同学，容易相处。但葛佩琦为了急切找到组织关系，执意要回北平。结果，却寒心又寒心！如果留在山东大学，有担任军代表说了话算数的老同学鼎力相助，也许早就回到党的怀抱了！
但是，懊悔顶何用！？太晚了！！
葛佩琦的“铁案”是这样翻过来的苍天可鉴：他成了“党的敌人”
1957年春，“知无不言，言无不尽；言者无罪，闻者足戒”的整风运动热浪滔滔。中国人民大学党委接连两次给葛佩琦送来书面通知，要他参加“党外人士座谈会”。葛佩琦觉得他本是一个名副其实的共产党员，只是由于地下组织被破坏，单线领导人被捕而断了组织关系，党委对自己的一再申诉似乎无动于衷，凭什么要把自己列为“党外人士”？就凭自己入党近二十年来须臾未敢疏忘过的党格，也不能去参加这“党外”的座谈会。
第三次，又送来了通知，并有系总支的一位同志当面动员：校党委三次请你参加座谈会你都不去，这不太合适。这样，他才老大不情愿地跟了去。
那时候，中国人民大学校本部，还在北京城内铁狮子胡同原来段祺瑞执政府旧址、后改称张自忠路三号的大院内。到了会场，校党委书记把“言者无罪，闻者足戒；有则改之，无则加勉”的老套套又说了一遍，并说这是毛主席的教导，请大家打消顾虑，踊跃发言。在一些真正的党外人士发言之后，葛佩琦才站了起来。他就党内同志不要脱离群众，不要看不起党外知识分子，党员干部不能生活特殊化，努力克服主观主义、宗派主义、官僚主义，等等，给党委提了一些批评意见，并语重心长忧心忡忡地简略阐述了“水能载舟，亦能覆舟”的道理。
这是1957年5月24日。
5月26日，《北京日报》第二版头条，发表了中国人民大学党委会在23日和24日，连续召开讲师以上教师座谈会的消息，引题为《克服教条主义、宗教主义、骄傲自满情绪》，大字正题为《中国人民大学赶快前进！》，文后对衬的标题是：《教师继续座谈，踊跃提出意见》。
文中共有五个小插题，比较详细地报道了八位教授、讲师的发言。前四个小插题是：《不要骄傲自满》，《在学术上要充分发挥独立工作精神》，《教学和科学研究不能凭“人海战术”》，《对几个共产党员的批评》——其中指名道姓地批评了一些党员教授、系主任在学术上不民主、存在宗派主义情绪，有的甚至在大庭广众之下公然说：“近百年来，中国的科学是落后了；在座的资产阶级的学者们，你们是否感到惭愧？”
最后一个即第五个小插题是《葛佩琪（琦）谈党群关系》，其全文是：
工业经济系讲师葛佩琪（琦）的发言引起人们的注意，他认为“今天的党群关系比起1949年差了十万八千里”，他说“群众为什么对我们（党和政府）起恶感呢？因为我们做的事没有他们想像的那样好。老百姓的生活没有提高，提高的只是共产党”。他甚至提出，现在共产党工作做得好没话说，做不好，群众就可能打共产党，杀共产党的头，可能推翻他。他接着提出：现在学校领导上总爱说这个公式：大家意见很好，能处理的就处理，不能处理的就解释清楚。他认为有错就应该承认，当不了校长可以自己申请调动，自己造成的错误应该自请处分。今天不是再用这个公式的时候了。
对《北京日报》的这一报道，葛佩琦没有提出意见。虽然摘发得生硬、不周全，但这和一些领导人也常爱说的“弄得不好，就会亡党、亡国、亡头”的忧党忧国忧民之情，并没有本质之不同；而且“群众为什么对我们有恶感，因为我们做的事情没有他们想像的那样好”，显然是一个共产党员的语气。然而第二天，即5月27日，他看到了中国人民大学内部刊物《人大周报》的报道，他顿即觉得炸了头。因为它断章取义横加篡改地说他说了这样的话：“不要不相信我们知识分子。搞得好，可以；不好，群众可以打倒你们，杀共产党人；推翻你们，这不能说不爱国，因为共产党人不为人民服务。”
