面对杨涟的上疏失败，东林党人迅即发起了更大规模的弹劾活动。御史刘业、杨玉珂、工部郎中万燝等七十多人，轮番轰炸、猛攻魏忠贤。其中尤以万燝的奏折一针见血：“忠贤尽窃大权，生杀予夺，在其掌握。致内廷外朝，止知有忠贤，不知有陛下。岂可一日尚留左右。”这几句话虽然字数不多，但却打到了魏忠贤的命门。此时早已抓狂的魏大太监立刻矫旨廷杖万燝一百，四天后，万燝便一命呜呼。
万燝之死立即起到了敲山震虎的作用，自此朝野之间迅速安静了下来，除了少数几个不怕死的依然上疏弹劾之外，大多数人都选择了闭上自己的嘴巴。但此时的魏忠贤早已经是恶生两肋，暂时的沉寂已经不能让他回心转意，他开始调动自己的一切势力，对东林党人发起了迅猛的攻击。
中书舍人吴怀贤，在家中私读杨涟的奏章，读到兴奋之处，大发牢骚说皇帝应该将魏忠贤充军发配。结果万万没想到，躲在家里也不安全，身边的杂役听见后立刻把他告发了，结果吴怀贤被魏忠贤逮捕入狱，活活打死。
这样惨烈的重手让朝野间的东林势力，第一次看到了对手的凶悍，同时也让魏忠贤清楚地意识到自己手中权力的巨大。这场由东林党人发起的大规模战争不光没把魏忠贤打垮，反而将他的流氓本质彻底激活，自此魏忠贤就如同疯狂的电脑病毒一样毫无顾虑，面对敌手再不留情。
在熬过了被弹劾的痛苦阶段和反攻初期的快感式报复之后，魏忠贤更加清楚地意识到谋略的重要，旋即开始了计划更为周密的出击，而他选择的第一个对手就是身居首辅要职的叶向高。
由于在魏忠贤反攻初期的疯狂报复中，作为首辅的叶向高曾极力拦阻，给事中章允儒、傅槐、陈良训，御使帅众、吴甡、王祚昌等人都是因为叶的援助才保下性命。因此，魏忠贤也恨死了叶向高，并且认为叶向高就是对付自己的幕后黑手、东林党的带头大哥。
与东林党大多数人的激进态度不同，叶向高做事一向老成持重，外圆内方，他对东林党人也不是一概庇护，“所建言无非欲破士大夫党比之习”，并不支持无原则的党争，在朝野之间名誉颇佳。因此，魏忠贤对叶向高虽恨之入骨，但一时也没有什么办法，于是只好在叶的外围做些盘算，希望能借力打力。
在叶向高的亲属中，有个外甥名叫林汝翥，官居御史，一次率领部下巡城，正巧碰上宫中的两位宦官当街抢劫，于是便命令手下冲上去抓住，按在地上就是一通臭揍。这件事本来没有什么大不了的，但在魏忠贤的操作之下却成了一件藐视皇帝的大事，判了一个廷杖之罪。眼见自己就要被活活打死，林汝翥也不含糊，把官帽一撇，来了个“三十六计——撒腿就跑为上”。林汝翥逃跑之后，有人告诉魏忠贤，说他是叶向高的外甥。魏忠贤灵机一动，觉得搞倒首辅的机会终于到了。于是立刻派了一批大小太监，跑到叶向高家去哭天抢地、撒泼放混，要叶家交出林汝翥来。叶向高眼见黑白颠倒，“时事不可为”，这官也他妈没法再当了，心中万念俱灰，无奈之中一咬牙，辞了官职。
叶向高的辞职使东林党人丧失了最重要的一员大将，元气大伤。魏忠贤及其阉党立刻趁机大举进攻，紧接着又把赵南星、高攀龙、杨涟、左光斗、次辅韩爌统统赶回了老家。至此魏忠贤大获全胜，东林党人则完全失去了反击的能力。紧接着，魏忠贤又把自己的党羽顾秉谦扶上首辅之位，彻底完成了对外廷的整合。
经过魏忠贤一系列暴风骤雨式的政治动作后，官场之内风向斗转，“九千岁”的称呼也应运而生，魏忠贤成了集体崇拜的偶像。而这种近乎无耻的个人崇拜最为突出的标志就是为魏忠贤建造生祠的运动。祠，就是祠堂，是祭祀祖先或先贤的宗庙。为活人建造的祠堂，称为“生祠”。
蓟辽总督阎鸣泰，在其管辖区内建了七所生祠，花费白银数十万两。这钱当然不是出自阎鸣泰的腰包，而是从军费中开支的。当时前线的军费已是捉襟见肘，至少没有富裕到可以挪作他用的程度。但又有谁敢反对如此盛举呢？又有谁能说这是非军事用途式的浪费呢？因为前方将士很有可能受此感召，从而激发士气，再创奇迹。在阎鸣泰眼里，这几十万两白银是花在刀刃上了。
