熊廷弼下台之后，努尔哈赤心中大喜，立刻调集兵马，天启元年三月十二日亲率五万大军进攻沈阳。此时沈阳有守军二万余、四周要塞则驻扎着四万多增援部队，加起来比金兵人数还多出一万，只要调配得当，沈阳城完全可以凭借坚城利炮死守，根本不会轻易失陷。
面对守军的强大力量，努尔哈赤又一次表现了较为高超的指挥艺术，并没有采取一味集团猛攻的策略，反而运用了先夺城池，后灭援兵的攻城打援方针，先于十三日派小股部队诱敌出城，接着又利用诈降的部队打开沈阳城门，尽歼守兵。紧接着后金部队又先后分击明军的两路援兵，一日之内，努尔哈赤败敌六万，攻下要镇沈阳，转而挥师南下，进攻军事要塞辽阳。
和沈阳一样，在熊廷弼的领导下，辽阳的防守可谓固若金汤。并且还有上万门大炮，其中七门为重炮，一发便可毙敌兵数百人。面对这种情况，后金部队抵达辽阳之后，带兵将领均感攻坚不易，纷纷劝努尔哈赤退回赫图阿拉。然而时势造英雄，手下的将领虽然信心不足，但努尔哈赤本人却志在必得，立即宣布，“一步退时，我已死矣，你等须先杀我后退去”，并“匹马独进”。军事首领的无畏精神很快地就感染了后金部队，数万女真精兵于辽阳城下慷慨激昂。
调动了部队的作战积极性之后，努尔哈赤故伎重施，又派遣少数人马挑战，诱敌出击，而明军也真争气，果然中计，坐镇城中的辽东经略袁应泰亲督侯世禄等五位总兵官率兵出击，并在城外五里扎营。努尔哈赤见机立刻围剿明军进攻部队。紧接着，后金军连续猛攻辽阳城，原先派入城中的细作里应外合，至三月二十一日攻下辽阳，袁应泰自焚而死。
攻下辽阳之后，努尔哈赤迅速转战，率后金部队又接连攻克河东三河堡等五十多寨，及古城、新甸、宽甸、永甸、长甸、海州、金州、复州、盖州等七十余城。
辽阳和沈阳的陷落让明王朝的统治阶层大为震撼，无奈之下他们又想起了熊廷弼的种种好处，于是又命其再任辽东经略，同时任命王化贞为辽东巡抚，以期扭转战局。然而这次任命从表面上看虽然依旧是以熊廷弼为战略主官，但事实上大权却基本掌握在拥有阉党背景的王化贞手中。
对于辽东防线的军事布局，熊廷弼力主集中步兵扼守广宁（辽宁北镇），从正面牵制后金主力部队的行动；其次以天津为军事基地，集中水师主力，随时准备由水路进击辽阳附近的地区；最后在山东登州（今蓬莱）建立战舰基地，集中其余部队，适时袭扰后金的腹地。
对于熊廷弼的建议，辽东巡抚王化贞完全不予考虑，反而将主力部队依次排开，分兵扼守辽河沿岸。这种布置毫无军事常识可言，极大地分散了守军的有生力量。
天启二年努尔哈赤挥兵来袭，一举拿下广宁，王化贞踉跄出逃，熊廷弼无奈退入关内。紧接着二人一并下狱议罪。又过了没多久，熊廷弼便被诬告杀头，并且传首九边。一代名将忠心耿耿最后却落了个凄凉无比的下场，这不能不说是明朝所有官员的悲哀。从熊廷弼的死开始，辽东将领就陷入了一个怪圈——能够守城攻敌的统统没有什么好下场。在后面的日子里，孙承宗败走官场，袁崇焕被凌迟处死，其余的不是战死沙场，就是投降对手、落下了千古骂名。
辽东，成了不折不扣的“将军黑洞”！
三 宁远大捷和后金的波动
袁崇焕初露头角，皇太极走上舞台
在夺去了沈阳和辽阳之后，努尔哈赤迎来了人生的最高峰。战争让他拥有了比赫图阿拉更为雄伟的新都城——沈阳。战争让他成为了继完颜阿骨打之后、女真民族首屈一指的大英雄。然而同样是战争，也让他过早地离开了他无限热爱的草原，送他离开的人是一个生于南方的汉族年轻人，名叫袁崇焕。
我们回首明末清初的辽东军事史，有这样七个人可以真正毫无争议地名留史册——努尔哈赤、李成梁、熊廷弼、皇太极、袁崇焕、多尔衮、吴三桂。这七个人名声各异，但无一例外都在辽东这块土地上留下了属于自己的痕迹，进而影响了两个民族的历史。
