面对后金部队的疯狂进攻，明军从城上用火炮、火罐与矢石下击，后金军死伤众多。尔后金兵在皇太极的决死命令之下，只好以命相搏，运车梯、强渡城濠。后金军的这种做法，对于火器充足、占据武器优势的明军来说，无异于送死。明军大炮齐发，火枪齐鸣，后金军成排倒下，尸体压着尸体，锦州城下血流成河。
这场攻城之战从早晨一直打到午后，后金部队伤亡越来越大。明军凭借坚城深壕，从城上发射火器，后金部队根本就无法靠近，更谈不上能攻破城池。到了傍晚时分，丧失理智的皇太极也慢慢恢复了冷静，眼见部队伤亡惨重，士兵一个个垂头丧气，知道这一仗自己是绝对打不赢了，于是只好下令撤军回营。
六月初五日凌晨，后金天聪汗皇太极下令开始从锦州撤军。途经小凌河城，拆毁明军工事。初六到大凌河城时又毁坏城墙以泄愤，然后向东扬长而去。就在同一天，在得知皇太极撤退的消息之后，辽东巡抚袁崇焕立即向北京报捷，上《锦州报捷疏》曰：
“仰仗天威，退敌解围，恭纾圣虑事：准总兵官赵率教飞报前事，切照五月十一日，锦州四面被围，大战三次三捷；小战二十五日，无日不战，且克。初四日，敌复益兵攻城，内用西洋巨石炮、火炮、火弹与矢石，损伤城外士卒无算。随至是夜五鼓，撤兵东行。尚在小凌河扎营，留精兵收后。太府纪与职等，发精兵防哨外。是役也，若非仗皇上天威，司礼监庙谟，令内镇纪与职，率同前锋总兵左辅、副总兵朱梅等，扼守锦州要地，安可以出奇制胜！今果解围挫锋，实内镇纪苦心鏖战，阁部秘筹，督、抚、部、道数年鼓舞将士，安能保守六年弃遗之瑕城，一月乌合之兵众，获此奇捷也。为此理合飞报等因到臣。臣看得敌来此一番，乘东江方胜之威，已机上视我宁与锦。孰知皇上中兴之伟烈，师出以律，厂臣帷幄嘉谟，诸臣人人敢死。大小数十战，解围而去。诚数十年未有之武功也！”
宁锦大捷，赵率教、纪用在锦州，满桂在宁远，英勇作战，按说都立有大功。但袁崇焕本人指挥有度，计谋有加却也是不争的事实，袁崇焕在奏章中，丝毫不为自己请功，反而把功劳推给别人，这不能不说是一种名帅之风。
宁锦之战，对于明朝的边防局势来说，有着很大的鼓舞作用。此战的战果较之上一次宁远大捷有过之而无不及，作为守城战的典范战例，宁锦之战在中国的军事史上有着重要的历史地位。然而袁崇焕虽然打了胜仗，却并没有什么好果子吃，由于在此之前，袁崇焕对于官场之中风行的崇拜魏忠贤之风毫不在意，因此在魏大太监的心里早就挂了号。此次宁锦大捷，袁和辽东守将出尽了风头，魏忠贤自然心生妒意。此时面对朝中的变化，有着多年文官生涯的袁崇焕心里也非常清楚，明白自己必须和朝中的权臣保持相对平稳的关系。在这种情况下，他不得不在一定程度上选择了妥协，加入了为魏忠贤歌功颂德的行列，不能免俗地给九千岁修建了生祠，而这也成了他为官历史上唯一一个所谓的污点。
然而令人惋惜的是，袁崇焕虽然在一定程度上选择了妥协的态度，却依然不能获得魏忠贤的谅解，反而借口他不救锦州，唆使党羽接连上疏弹劾。最后袁不光什么功劳都没得到，反而被逼请辞。
天启七年七月，木匠皇帝下旨准袁崇焕辞去官职，以王之臣代为督师兼辽东巡抚，驻宁远。而更为可笑的是，在论功行赏的行列之中，很多魏忠贤的党羽什么力都没出却反而加官晋爵，受尽好处。这种结局不光是遗憾，甚至用贻笑大方来形容也不为过。
（二）错在胡说，错在杀人
宁锦大捷过后不久，天启皇帝朱由校一命呜呼，崇祯皇帝朱由检告别之前的信王生涯，开始了意料之外的皇帝旅程。
登基之后，朱由检便展现了自己狠辣的一面，几乎是不露声色地便瓦解了魏忠贤经营数年的政治黑手党，接着又斩草除根，对魏的党羽大肆捕杀。一时之间，满朝文武都以为自己终于赶上了一位好皇帝，特别是以东林党人为代表的官员们，认为属于自己的政治春天终于到来了，一时间精神抖擞。在这种春暖花开的气象之下，辞官在家的袁崇焕也又一次迎来了自己的机会，天启七年十一月擢右都御史，视兵部添注左侍郎事。
