秦良玉无可奈何，仅以孤军于夔州迎战义军，结果溃败返乡。她的失败，标志着蜀地的沦陷。张献忠在攻克万县、重庆、成都之后称帝，建立“大西”政权。但遵义、黎州及秦良玉的石砫地区始终未归于“大西”。
崇祯十七年（1644年）三月，李自成攻入北京，崇祯帝上吊自杀，统治中国276年的朱明王朝，就此寿终正寝。秦良玉服孝痛哭，几次昏绝。张献忠向各地土司发送印信，各地土司大多接受。秦良玉接到印信，当众毁之，怒斥来者，“我的两个兄弟都为国战死，我一孱弱妇人蒙受国恩20余年，如今国家有难，我岂能以残余之年以事逆贼？！”随后，她召集部属郑重声明，“石砫一地有敢从贼者，诛灭全族！”慑于秦良玉威名，张献忠始终不敢入犯石砫。后来张献忠去世，秦良玉得以寿终。
不久，被明廷征调到湖广御敌的独子马祥麟战死于襄阳。他给秦良玉留下铁骨铮铮的遗言，“儿誓与襄阳共存亡，愿大人勿以儿安危为念！”秦良玉见到儿子的绝笔血书，泪如雨下，但随即擦干眼泪，挥笔写道，“好，好，真吾儿！”
相信看过《杨门女将》的观众都会记得，佘太君在杨府祝寿之时，沙场传来杨宗保死讯，其情其景何等类似。
1646年，清军攻占北京，大举南侵。72岁的秦良玉继续效忠于南明政权，毅然接受隆武政权“太子太保总镇关防”的官印，准备前往福建抗清，然郑芝龙叛变，隆武帝被捉，未能成行。
清顺治五年（1648年），在西南颠沛流离的南明永历帝派人加秦良玉为太子太傅，授“四川招讨使”。当时秦良玉已74岁，久卧病床，但是见到信使前来，仍然瞿然而起，拜伏受诏，“老妇人朽骨余生，实先帝恩赐，定当负弩前驱，以报皇恩！”使者大喜，即刻回朝复命，可惜的是，几日之后，也就是五月二十一日，秦良玉因病抱恨而终，南明朝廷谥号“忠贞”。
秦良玉一生传奇色彩颇浓，抗金、抗清、平定叛乱，历经明朝三代君王，东挡西杀，功勋卓著。丈夫含冤屈死，秦良玉仍然痴心不改，一心为国，其忍辱负重，以大局为重的形象更似传说中的“杨门女将”。
秦良玉一生心向中央政府，忠贞不二，破家为国，数赴国难，至死不叛国，不降清，大义凛然，为历代仁人志士叹息称绝。秦氏和马氏二族，数年之间，死于国事者甚众，堪称忠烈。她的两个兄弟先后战死，自己的亲生儿子和几个侄儿一生为国血战，或死或伤，代价惨重。秦良玉死后，其孙马万年把她葬于回龙山。
可叹的是，如此女中豪杰，“文革”中墓地也不能幸免，被“红卫兵”砸墓挖棺，干出连满清政府都没能做出的令人发指之事。这些革命小将毁墓的原因，无外乎两点：其一，秦良玉是“土司婆娘”，出身“反动”；其二，她胆敢抵抗张献忠“农民起义军”，大逆不道。
历史终有公论，奥运会火炬接力图形所选的凤纹，就出自明朝廷御赐秦良玉的平金绣龙凤袍。秦良玉请缨抗清，威震四海，屡立战功，声名远扬，为后世传颂。
清代教育家李西讴有诗《吊秦良玉四川营遗址》，“金印夙传三世将，绣旗争认四川营”，四川营为秦良玉进京勤王兵营驻地。又有诗赞曰，“一旅勤王寡妇高，平如召见荷殊遭；未曾杨邵贻巾帼，特为江山赐战袍”，“料敌如神操胜算，裙钗一例合封侯”，“慷慨勤王大义伸，桃花马上走风尘；中原方镇知多少，不及将军一女人”。
清末女英雄秋瑾有一组感怀秦良玉的诗篇，读来别有一番滋味。
其一：
古今争传女状头，谁说红颜不封侯。马家妇共沈家女，曾有威名振九州。
其二：
执掌乾坤女土司，将军才调绝尘姿。花刀帕首桃花马，不愧名称娘子师。
其三：
莫重男儿薄女儿，平台诗句赐娥媚。吾骄得此添生色，始信英雄曾有此。
著名女作家谢冰莹，曾经充分表达了对这位巾帼英雄的敬仰与怀念：
秦良玉死了，他的哥哥邦屏、弟弟民屏、儿子祥麟、媳妇凤仪，都为国家壮烈地牺牲了！她虽是一位出身儒门的闺秀，可是志安社稷，爱国忠君。她生在多事之秋的明朝，国内有土匪流寇的骚扰，国外有满骑倭奴的侵略，多少文武百官，士大夫将帅，没有不为自己的名利在明争暗斗的，有谁像秦良玉一样，一生的精神，都拿来放在安内攘外，剿贼御侮上面呢？她一生为国家奋斗，为民族牺牲，她没有过一天舒服快乐 的日子，日夜在为战事筹划。一直到死，还念念不忘保存她的 石砫，这种爱国保家的精神，非但使后世的人永远赞美，永远 敬佩，更值得我们永远怀念，永远学习的！
秦良玉25岁开始平叛，50多岁两次北上抵抗后金，这与戏文中的穆桂英年少时大破天门，50岁挂帅平定西夏，有着某些类似。秦良玉与穆氏家族一样，与播州杨氏有着剪不断理还乱的关系。播州杨氏之败，与秦良玉有着密切的关系。历史上，女人被朝廷直接封以高官的现象非常少，封以军职的就更为罕见。秦良玉的故事一定为“杨门女将”的故事小说提供了某种样板。
如今，当人们乘长江轮东下漫游三峡，船过丰都快到忠县时，就会看到被誉为世界建筑奇迹的江上明珠——石宝寨。寨上所建的十二层楼飞阁内，供奉着巾帼英雄秦良玉的塑像。这里已成为海内外游人所景仰的三峡风光，每当人们登临览胜， 必然要瞻仰这位杰出的女军事家、巾帼英雄。秦良玉一生与传说中的“杨家将”一样，南北征战，建功无数，永远值得后人称颂和崇敬。
