灵璧一战，上十二卫就此瓦解，朝廷最后的精锐也随之损失殆尽，从此放眼天下，再无任何一军能与燕军抗衡。接下来，燕军势如破竹，攻下泗州，继而强渡淮水，一举洞穿由盛庸匆匆南撤后临时布置的淮河防线，淮河天堑告破。
淮河失守，长江以北便成通途。朱棣抓住时机，继续南进。此时燕军气势如虹。五月十七，燕军先锋抵达扬州。见燕军杀至，扬州卫指挥使王礼不战而降，扬州易主。
扬州乃江北第一重镇。它的丢失，在沿江诸城中产生巨大影响。随后，高邮、泰州、南通州等地守将也纷纷卸甲归降，趁这个势头，朱棣又一举拿下仪真。
得仪真后，燕军于江岸扎营，并集战船于江上，往来穿梭，旌旗遮天，一时京师大震。建文无奈，只得派宗室中德高望重的庆成郡主前往燕军营中求和，许以中分天下，但遭到已胜利在望的朱棣的断然拒绝。
建文四年六月一日，燕军再次出战，打败驻军浦子口的盛庸，拿下了长江北岸最后一个要塞，盛庸渡江南逃。当日，右府都督佥事、水军统领陈瑄率舟师归附燕王，朝廷用以守卫长江的水师也落到燕王手中。
六月三日，金陵一带阳光普照，万里无云，燕军于瓜洲誓师，起锚南渡，一举跨过长江天堑。此战中，燕军气势如虹，南军再遭惨败，主帅盛庸落荒而逃，朝廷方面拱卫京师的最后一支军队也就此覆没，镇江失守。六月八日，朱棣挥师西进，突入京畿，直至龙潭扎营。在经过了长达三年的艰苦奋战后，燕军终于杀到了金陵城下，朱棣距他的最后胜利仅只剩下一步之遥！
